[BACK]Return to imach.c CVS log [TXT] [DIR] Up to [Local Repository] / imach / src

Diff for /imach/src/imach.c between versions 1.231 and 1.232

version 1.231, 2016/08/22 07:17:15 version 1.232, 2016/08/22 14:20:21
Line 1 Line 1
 /* $Id$  /* $Id$
   $State$    $State$
   $Log$    $Log$
     Revision 1.232  2016/08/22 14:20:21  brouard
     Summary: not working
   
   Revision 1.231  2016/08/22 07:17:15  brouard    Revision 1.231  2016/08/22 07:17:15  brouard
   Summary: not working    Summary: not working
   
Line 911  int cptcovsnq=0; /**< cptcovsnq number o Line 914  int cptcovsnq=0; /**< cptcovsnq number o
 int cptcovage=0; /**< Number of covariates with age: V3*age only =1 */  int cptcovage=0; /**< Number of covariates with age: V3*age only =1 */
 int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */     int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */   
 int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results */  int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results */
 int ncoveff=0; /* Total number of effective covariates in the model */  int ncovf=0; /* Total number of effective fixed covariates (dummy of quantitative) in the model */
   int ncovv=0; /* Total number of effective (wave) varying covariates (dummy of quantitative) in the model */
   int ncova=0; /* Total number of effective (wave and stepm) varying with age covariates (dummy of quantitative) in the model */
   
   int ncoveff=0; /* Total number of effective fixed dummy covariates in the model */
 int nqfveff=0; /**< nqfveff Number of Quantitative Fixed Variables Effective */  int nqfveff=0; /**< nqfveff Number of Quantitative Fixed Variables Effective */
 int ntveff=0; /**< ntveff number of effective time varying variables */  int ntveff=0; /**< ntveff number of effective time varying variables */
 int nqtveff=0; /**< ntqveff number of effective time varying quantitative variables */  int nqtveff=0; /**< ntqveff number of effective time varying quantitative variables */
Line 1067  double ***cotvar; /* Time varying covari Line 1074  double ***cotvar; /* Time varying covari
 double ***cotqvar; /* Time varying quantitative covariate itqv */  double ***cotqvar; /* Time varying quantitative covariate itqv */
 double  idx;   double  idx; 
 int **nbcode, *Tvar; /**< model=V2 => Tvar[1]= 2 */  int **nbcode, *Tvar; /**< model=V2 => Tvar[1]= 2 */
   int *TvarF; /**< TvarF[1]=Tvar[6]=2,  TvarF[2]=Tvar[7]=7, TvarF[3]=Tvar[9]=1  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarFind; /**< TvarFind[1]=6,  TvarFind[2]=7, Tvarind[3]=9  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarV; /**< TvarV[1]=Tvar[1]=5, TvarV[2]=Tvar[2]=4  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarVind; /**< TvarVind[1]=1, TvarVind[2]=2  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarA; /**< TvarA[1]=Tvar[5]=5, TvarA[2]=Tvar[8]=1  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarAind; /**< TvarindA[1]=5, TvarAind[2]=8  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
 int *TvarFD; /**< TvarFD[1]=V1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */  int *TvarFD; /**< TvarFD[1]=V1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
 int *TvarFDind; /* TvarFDind[1]=9 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */  int *TvarFDind; /* TvarFDind[1]=9 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
 int *TvarFQ; /* TvarFQ[1]=V2 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */  int *TvarFQ; /* TvarFQ[1]=V2 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
Line 3026  double func( double *x) Line 3039  double func( double *x)
       ioffset=2+nagesqr+cptcovage;        ioffset=2+nagesqr+cptcovage;
       /* for (k=1; k<=cptcovn;k++){ /\* Simple and product covariates without age* products *\/ */        /* for (k=1; k<=cptcovn;k++){ /\* Simple and product covariates without age* products *\/ */
       for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /* Simple and product covariates without age* products */        for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /* Simple and product covariates without age* products */
         cov[++ioffset]=covar[Tvar[k]][i];                                  cov[++ioffset]=covar[Tvar[k]][i];
       }        }
       for(iqv=1; iqv <= nqfveff; iqv++){ /* Quantitatives and Fixed covariates */        for(iqv=1; iqv <= nqfveff; iqv++){ /* Quantitatives and Fixed covariates */
         cov[++ioffset]=coqvar[Tvar[iqv]][i];                                  cov[++ioffset]=coqvar[Tvar[iqv]][i];
       }        }
   
       /* In model V2+V1*V4+age*V3+V3*V2 Tvar[1] is V2, Tvar[2=V1*V4]         /* In model V2+V1*V4+age*V3+V3*V2 Tvar[1] is V2, Tvar[2=V1*V4] 
Line 3352  double funcone( double *x) Line 3365  double funcone( double *x)
   ioffset=0;    ioffset=0;
   for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){    for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
     ioffset=2+nagesqr+cptcovage;      ioffset=2+nagesqr+cptcovage;
       /* Fixed */
     /* for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i]; */      /* for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i]; */
     for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /* Simple and product fixed Dummy covariates without age* products */      /* for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /\* Simple and product fixed Dummy covariates without age* products *\/ */
       cov[++ioffset]=covar[TvarFD[k]][i];/* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, only V1 is fixed (k=6)*/      for (k=1; k<=ncovf;k++){ /* Simple and product fixed covariates without age* products */
     }        cov[ioffset+TvarFind[k]]=covar[Tvar[TvarFind[k]]][i];/* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, only V1 is fixed (k=6)*/
     for (k=1; k<=nqfveff;k++){ /* Simple and product fixed Quantitative covariates without age* products */  /*    cov[ioffset+TvarFind[1]]=covar[Tvar[TvarFind[1]]][i];  */
       cov[++ioffset]=coqvar[TvarFQ[k]][i];/* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, only V2 and V1*V2 is fixed (k=6 and 7?)*/  /*    cov[2+6]=covar[Tvar[6]][i];  */
   /*    cov[2+6]=covar[2][i]; V2  */
   /*    cov[TvarFind[2]]=covar[Tvar[TvarFind[2]]][i];  */
   /*    cov[2+7]=covar[Tvar[7]][i];  */
   /*    cov[2+7]=covar[7][i]; V7=V1*V2  */
   /*    cov[TvarFind[3]]=covar[Tvar[TvarFind[3]]][i];  */
   /*    cov[2+9]=covar[Tvar[9]][i];  */
   /*    cov[2+9]=covar[1][i]; V1  */
     }      }
       /* for (k=1; k<=nqfveff;k++){ /\* Simple and product fixed Quantitative covariates without age* products *\/ */
       /*   cov[++ioffset]=coqvar[TvarFQ[k]][i];/\* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, only V2 and V1*V2 is fixed (k=6 and 7?)*\/ */
       /* } */
     /* for(iqv=1; iqv <= nqfveff; iqv++){ /\* Quantitative fixed covariates *\/ */      /* for(iqv=1; iqv <= nqfveff; iqv++){ /\* Quantitative fixed covariates *\/ */
     /*   cov[++ioffset]=coqvar[Tvar[iqv]][i]; /\* Only V2 k=6 and V1*V2 7 *\/ */      /*   cov[++ioffset]=coqvar[Tvar[iqv]][i]; /\* Only V2 k=6 and V1*V2 7 *\/ */
     /* } */      /* } */
           
       /* Wave varying (but not age varying) */
     for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){  /* Varying with waves */      for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){  /* Varying with waves */
       for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /* Varying dummy covariates (single??)*/        for(k=1; k <= ncovv ; k++){ /* Varying  covariates (single and product but no age )*/
                                   cov[ioffset+TvarVind[k]]=cotvar[mw[mi][i]][Tvar[TvarFind[k]]][i];
                           }
         /* for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /\* Varying dummy covariates (single??)*\/ */
                                 /* iv= Tvar[Tmodelind[ioffset-2-nagesqr-cptcovage+itv]]-ncovcol-nqv; /\* Counting the # varying covariate from 1 to ntveff *\/ */                                  /* iv= Tvar[Tmodelind[ioffset-2-nagesqr-cptcovage+itv]]-ncovcol-nqv; /\* Counting the # varying covariate from 1 to ntveff *\/ */
                                 /* cov[ioffset+iv]=cotvar[mw[mi][i]][iv][i]; */                                  /* cov[ioffset+iv]=cotvar[mw[mi][i]][iv][i]; */
                                 k=ioffset-2-nagesqr-cptcovage+itv; /* position in simple model */                                  /* k=ioffset-2-nagesqr-cptcovage+itv; /\* position in simple model *\/ */
                                 cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i];                                  /* cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i]; */
                                 /* printf(" i=%d,mi=%d,itv=%d,TmodelInvind[itv]=%d,cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i]=%f\n", i, mi, itv, TmodelInvind[itv],cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i]); */                                  /* printf(" i=%d,mi=%d,itv=%d,TmodelInvind[itv]=%d,cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i]=%f\n", i, mi, itv, TmodelInvind[itv],cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i]); */
       }        /* for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /\* Varying quantitatives covariates *\/ */
       for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /* Varying quantitatives covariates */                          /*      iv=TmodelInvQind[iqtv]; /\* Counting the # varying covariate from 1 to ntveff *\/ */
                                 iv=TmodelInvQind[iqtv]; /* Counting the # varying covariate from 1 to ntveff */                          /*      /\* printf(" i=%d,mi=%d,iqtv=%d,TmodelInvQind[iqtv]=%d,cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i]=%f\n", i, mi, iqtv, TmodelInvQind[iqtv],cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i]); *\/ */
                                 /* printf(" i=%d,mi=%d,iqtv=%d,TmodelInvQind[iqtv]=%d,cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i]=%f\n", i, mi, iqtv, TmodelInvQind[iqtv],cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i]); */                          /*      cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i]; */
                                 cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i];        /* } */
       }  
       for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)        for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                 for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){                                  for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                         oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);                                          oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
Line 3416  double funcone( double *x) Line 3443  double funcone( double *x)
        * is higher than the multiple of stepm and negative otherwise.         * is higher than the multiple of stepm and negative otherwise.
        */         */
       if( s2 > nlstate && (mle <5) ){  /* Jackson */        if( s2 > nlstate && (mle <5) ){  /* Jackson */
         lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);                                  lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);
       } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */        } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */
         for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++)                                   for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++) 
           survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];                                          survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];
         lli= log(survp);                                  lli= log(survp);
       }else if (mle==1){        }else if (mle==1){
         lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */                                  lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */
       } else if(mle==2){        } else if(mle==2){
         lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* linear interpolation */                                  lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* linear interpolation */
       } else if(mle==3){  /* exponential inter-extrapolation */        } else if(mle==3){  /* exponential inter-extrapolation */
         lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* exponential inter-extrapolation */                                  lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* exponential inter-extrapolation */
       } else if (mle==4){  /* mle=4 no inter-extrapolation */        } else if (mle==4){  /* mle=4 no inter-extrapolation */
         lli=log(out[s1][s2]); /* Original formula */                                  lli=log(out[s1][s2]); /* Original formula */
       } else{  /* mle=0 back to 1 */        } else{  /* mle=0 back to 1 */
         lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */                                  lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */
         /*lli=log(out[s1][s2]); */ /* Original formula */                                  /*lli=log(out[s1][s2]); */ /* Original formula */
       } /* End of if */        } /* End of if */
       ipmx +=1;        ipmx +=1;
       sw += weight[i];        sw += weight[i];
       ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;        ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
       /*printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]); */        /*printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]); */
       if(globpr){        if(globpr){
         fprintf(ficresilk,"%9ld %6.1f %6.1f %6d %2d %2d %2d %2d %3d %15.6f %8.4f %8.3f\                                  fprintf(ficresilk,"%9ld %6.1f %6.1f %6d %2d %2d %2d %2d %3d %15.6f %8.4f %8.3f\
  %11.6f %11.6f %11.6f ", \   %11.6f %11.6f %11.6f ", \
                 num[i], agebegin, ageend, i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],weight[i]*gipmx/gsw,                                                                  num[i], agebegin, ageend, i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],weight[i]*gipmx/gsw,
                 2*weight[i]*lli,out[s1][s2],savm[s1][s2]);                                                                  2*weight[i]*lli,out[s1][s2],savm[s1][s2]);
         for(k=1,llt=0.,l=0.; k<=nlstate; k++){                                  for(k=1,llt=0.,l=0.; k<=nlstate; k++){
           llt +=ll[k]*gipmx/gsw;                                          llt +=ll[k]*gipmx/gsw;
           fprintf(ficresilk," %10.6f",-ll[k]*gipmx/gsw);                                          fprintf(ficresilk," %10.6f",-ll[k]*gipmx/gsw);
         }                                  }
         fprintf(ficresilk," %10.6f\n", -llt);                                  fprintf(ficresilk," %10.6f\n", -llt);
       }        }
     } /* end of wave */          } /* end of wave */
   } /* end of individual */  } /* end of individual */
   for(k=1,l=0.; k<=nlstate; k++) l += ll[k];  for(k=1,l=0.; k<=nlstate; k++) l += ll[k];
   /* printf("l1=%f l2=%f ",ll[1],ll[2]); */  /* printf("l1=%f l2=%f ",ll[1],ll[2]); */
   l= l*ipmx/sw; /* To get the same order of magnitude as if weight=1 for every body */  l= l*ipmx/sw; /* To get the same order of magnitude as if weight=1 for every body */
   if(globpr==0){ /* First time we count the contributions and weights */  if(globpr==0){ /* First time we count the contributions and weights */
     gipmx=ipmx;          gipmx=ipmx;
     gsw=sw;          gsw=sw;
   }  }
   return -l;  return -l;
 }  }
   
   
Line 7591  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7618  int readdata(char datafile[], int firsto
     /* Loops on waves */      /* Loops on waves */
     for (j=maxwav;j>=1;j--){      for (j=maxwav;j>=1;j--){
       for (iv=nqtv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying quantitative variables */        for (iv=nqtv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying quantitative variables */
         cutv(stra, strb, line, ' ');                                   cutv(stra, strb, line, ' '); 
         if(strb[0]=='.') { /* Missing value */                                  if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
           lval=-1;                                          lval=-1;
           cotqvar[j][iv][i]=-1; /* 0.0/0.0 */                                          cotqvar[j][iv][i]=-1; /* 0.0/0.0 */
           if(isalpha(strb[1])) { /* .m or .d Really Missing value */                                          cotvar[j][ntv+iv][i]=-1; /* For performance reasons */
             printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. If missing, you should remove this individual or impute a value.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j);                                          if(isalpha(strb[1])) { /* .m or .d Really Missing value */
             fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. If missing, you should remove this individual or impute a value.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j);fflush(ficlog);                                                  printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. If missing, you should remove this individual or impute a value.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j);
             return 1;                                                  fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. If missing, you should remove this individual or impute a value.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j);fflush(ficlog);
           }                                                  return 1;
         }else{                                          }
           errno=0;                                  }else{
           /* what_kind_of_number(strb); */                                          errno=0;
           dval=strtod(strb,&endptr);                                           /* what_kind_of_number(strb); */
           /* if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){ */                                          dval=strtod(strb,&endptr); 
           /* if(strb != endptr && *endptr == '\0') */                                          /* if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){ */
           /*    dval=dlval; */                                          /* if(strb != endptr && *endptr == '\0') */
           /* if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN)) */                                          /*    dval=dlval; */
           if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){                                          /* if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN)) */
             printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j,maxwav);                                          if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
             fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqtv, j,maxwav);fflush(ficlog);                                                  printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j,maxwav);
             return 1;                                                  fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqtv, j,maxwav);fflush(ficlog);
           }                                                  return 1;
           cotqvar[j][iv][i]=dval;                                           }
         }                                          cotqvar[j][iv][i]=dval; 
         strcpy(line,stra);                                          cotvar[j][ntv+iv][i]=dval; 
                                   }
                                   strcpy(line,stra);
       }/* end loop ntqv */        }/* end loop ntqv */
               
       for (iv=ntv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying dummies */        for (iv=ntv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying dummies */
         cutv(stra, strb, line, ' ');                                   cutv(stra, strb, line, ' '); 
         if(strb[0]=='.') { /* Missing value */                                  if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
           lval=-1;                                          lval=-1;
         }else{                                  }else{
           errno=0;                                          errno=0;
           lval=strtol(strb,&endptr,10);                                           lval=strtol(strb,&endptr,10); 
           /*    if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN))*/                                          /*      if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN))*/
           if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){                                          if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
             printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th dummy covariate out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, ntv, j,maxwav);                                                  printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th dummy covariate out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, ntv, j,maxwav);
             fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d dummy covariate out of %d measured wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, ntv,j,maxwav);fflush(ficlog);                                                  fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d dummy covariate out of %d measured wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, ntv,j,maxwav);fflush(ficlog);
             return 1;                                                  return 1;
           }                                          }
         }                                  }
         if(lval <-1 || lval >1){                                  if(lval <-1 || lval >1){
           printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \                                          printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \
  Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \   Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \
  for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \   for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \
  For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                 \   For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                                                                 \
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                         \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                                                                                                 \
         V1=1 V2=0 for (2) \n                                            \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                                                                                                                                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n                                \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                                                                                                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);
           fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \                                          fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \
  Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \   Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \
  for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \   for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \
  For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                 \   For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                                                                 \
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                         \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                                                                                                 \
         V1=1 V2=0 for (2) \n                                            \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                                                                                                                                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n                                \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                                                                                                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);
           return 1;                                          return 1;
         }                                  }
         cotvar[j][iv][i]=(double)(lval);                                  cotvar[j][iv][i]=(double)(lval);
         strcpy(line,stra);                                  strcpy(line,stra);
       }/* end loop ntv */        }/* end loop ntv */
               
       /* Statuses  at wave */        /* Statuses  at wave */
       cutv(stra, strb, line, ' ');         cutv(stra, strb, line, ' '); 
       if(strb[0]=='.') { /* Missing value */        if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
         lval=-1;                                  lval=-1;
       }else{        }else{
         errno=0;                                  errno=0;
         lval=strtol(strb,&endptr,10);                                   lval=strtol(strb,&endptr,10); 
         /*      if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN))*/                                  /*      if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN))*/
         if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){                                  if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
           printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a status of wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,j,maxwav);                                          printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a status of wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,j,maxwav);
           fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a status of wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,j,maxwav);fflush(ficlog);                                          fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a status of wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,j,maxwav);fflush(ficlog);
           return 1;                                          return 1;
         }                                  }
       }        }
               
       s[j][i]=lval;        s[j][i]=lval;
Line 8000  int decodemodel( char model[], int lasto Line 8029  int decodemodel( char model[], int lasto
       }        }
       cptcovage=0;        cptcovage=0;
       for(k=1; k<=cptcovt;k++){ /* Loop on total covariates of the model */        for(k=1; k<=cptcovt;k++){ /* Loop on total covariates of the model */
         cutl(stra,strb,modelsav,'+'); /* keeps in strb after the first '+'                                   cutl(stra,strb,modelsav,'+'); /* keeps in strb after the first '+' 
                                          modelsav==V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age stra=V2+V1+V4 */                                            modelsav==V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age stra=V2+V1+V4 */ 
         if (nbocc(modelsav,'+')==0) strcpy(strb,modelsav); /* and analyzes it */                                  if (nbocc(modelsav,'+')==0) strcpy(strb,modelsav); /* and analyzes it */
         /*      printf("i=%d a=%s b=%s sav=%s\n",i, stra,strb,modelsav);*/                                  /*      printf("i=%d a=%s b=%s sav=%s\n",i, stra,strb,modelsav);*/
         /*scanf("%d",i);*/                                  /*scanf("%d",i);*/
         if (strchr(strb,'*')) {  /**< Model includes a product V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age */                                  if (strchr(strb,'*')) {  /**< Model includes a product V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age */
           cutl(strc,strd,strb,'*'); /**< strd*strc  Vm*Vn: strb=V3*age(input) strc=age strd=V3 ; V3*V2 strc=V2, strd=V3 */                                          cutl(strc,strd,strb,'*'); /**< strd*strc  Vm*Vn: strb=V3*age(input) strc=age strd=V3 ; V3*V2 strc=V2, strd=V3 */
           if (strcmp(strc,"age")==0) { /**< Model includes age: Vn*age */                                          if (strcmp(strc,"age")==0) { /**< Model includes age: Vn*age */
             /* covar is not filled and then is empty */                                                  /* covar is not filled and then is empty */
             cptcovprod--;                                                  cptcovprod--;
             cutl(stre,strb,strd,'V'); /* strd=V3(input): stre="3" */                                                  cutl(stre,strb,strd,'V'); /* strd=V3(input): stre="3" */
             Tvar[k]=atoi(stre);  /* V2+V1+V4+V3*age Tvar[4]=3 ; V1+V2*age Tvar[2]=2; V1+V1*age Tvar[2]=1 */                                                  Tvar[k]=atoi(stre);  /* V2+V1+V4+V3*age Tvar[4]=3 ; V1+V2*age Tvar[2]=2; V1+V1*age Tvar[2]=1 */
             Typevar[k]=1;  /* 1 for age product */                                                  Typevar[k]=1;  /* 1 for age product */
             cptcovage++; /* Sums the number of covariates which include age as a product */                                                  cptcovage++; /* Sums the number of covariates which include age as a product */
             Tage[cptcovage]=k;  /* Tvar[4]=3, Tage[1] = 4 or V1+V1*age Tvar[2]=1, Tage[1]=2 */                                                  Tage[cptcovage]=k;  /* Tvar[4]=3, Tage[1] = 4 or V1+V1*age Tvar[2]=1, Tage[1]=2 */
             /*printf("stre=%s ", stre);*/                                                  /*printf("stre=%s ", stre);*/
           } else if (strcmp(strd,"age")==0) { /* or age*Vn */                                          } else if (strcmp(strd,"age")==0) { /* or age*Vn */
             cptcovprod--;                                                  cptcovprod--;
             cutl(stre,strb,strc,'V');                                                  cutl(stre,strb,strc,'V');
             Tvar[k]=atoi(stre);                                                  Tvar[k]=atoi(stre);
             Typevar[k]=1;  /* 1 for age product */                                                  Typevar[k]=1;  /* 1 for age product */
             cptcovage++;                                                  cptcovage++;
             Tage[cptcovage]=k;                                                  Tage[cptcovage]=k;
           } else {  /* Age is not in the model product V2+V1+V1*V4+V3*age+V3*V2  strb=V3*V2*/                                          } else {  /* Age is not in the model product V2+V1+V1*V4+V3*age+V3*V2  strb=V3*V2*/
             /* loops on k1=1 (V3*V2) and k1=2 V4*V3 */                                                  /* loops on k1=1 (V3*V2) and k1=2 V4*V3 */
             cptcovn++;                                                  cptcovn++;
             cptcovprodnoage++;k1++;                                                  cptcovprodnoage++;k1++;
             cutl(stre,strb,strc,'V'); /* strc= Vn, stre is n; strb=V3*V2 stre=3 strc=*/                                                  cutl(stre,strb,strc,'V'); /* strc= Vn, stre is n; strb=V3*V2 stre=3 strc=*/
             Tvar[k]=ncovcol+nqv+ntv+nqtv+k1; /* For model-covariate k tells which data-covariate to use but                                                  Tvar[k]=ncovcol+nqv+ntv+nqtv+k1; /* For model-covariate k tells which data-covariate to use but
                                    because this model-covariate is a construction we invent a new column                                                                                                                                                                                                  because this model-covariate is a construction we invent a new column
                                    which is after existing variables ncovcol+nqv+ntv+nqtv + k1                                                                                                                                                                                                  which is after existing variables ncovcol+nqv+ntv+nqtv + k1
                                    If already ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2                                                                                                                                                                                                  If already ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2
                                    Tvar[3=V1*V4]=4+1 Tvar[5=V3*V2]=4 + 2= 6, etc */                                                                                                                                                                                                  Tvar[3=V1*V4]=4+1 Tvar[5=V3*V2]=4 + 2= 6, etc */
             Typevar[k]=2;  /* 2 for double fixed dummy covariates */                                                  Typevar[k]=2;  /* 2 for double fixed dummy covariates */
             cutl(strc,strb,strd,'V'); /* strd was Vm, strc is m */                                                  cutl(strc,strb,strd,'V'); /* strd was Vm, strc is m */
             Tprod[k1]=k;  /* Tprod[1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2  */                                                  Tprod[k1]=k;  /* Tprod[1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2  */
             Tposprod[k]=k1; /* Tpsprod[3]=1, Tposprod[2]=5 */                                                  Tposprod[k]=k1; /* Tpsprod[3]=1, Tposprod[2]=5 */
             Tvard[k1][1] =atoi(strc); /* m 1 for V1*/                                                  Tvard[k1][1] =atoi(strc); /* m 1 for V1*/
             Tvard[k1][2] =atoi(stre); /* n 4 for V4*/                                                  Tvard[k1][2] =atoi(stre); /* n 4 for V4*/
             k2=k2+2;  /* k2 is initialize to -1, We want to store the n and m in Vn*Vm at the end of Tvar */                                                  k2=k2+2;  /* k2 is initialize to -1, We want to store the n and m in Vn*Vm at the end of Tvar */
             /* Tvar[cptcovt+k2]=Tvard[k1][1]; /\* Tvar[(cptcovt=4+k2=1)=5]= 1 (V1) *\/ */                                                  /* Tvar[cptcovt+k2]=Tvard[k1][1]; /\* Tvar[(cptcovt=4+k2=1)=5]= 1 (V1) *\/ */
             /* Tvar[cptcovt+k2+1]=Tvard[k1][2];  /\* Tvar[(cptcovt=4+(k2=1)+1)=6]= 4 (V4) *\/ */                                                  /* Tvar[cptcovt+k2+1]=Tvard[k1][2];  /\* Tvar[(cptcovt=4+(k2=1)+1)=6]= 4 (V4) *\/ */
             /*ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2, Tvar[3]=5, Tvar[4]=6, cptcovt=5 */              /*ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2, Tvar[3]=5, Tvar[4]=6, cptcovt=5 */
             /*                     1  2   3      4     5 | Tvar[5+1)=1, Tvar[7]=2   */                                                  /*                     1  2   3      4     5 | Tvar[5+1)=1, Tvar[7]=2   */
             for (i=1; i<=lastobs;i++){                                                  for (i=1; i<=lastobs;i++){
               /* Computes the new covariate which is a product of                                                          /* Computes the new covariate which is a product of
                  covar[n][i]* covar[m][i] and stores it at ncovol+k1 May not be defined */                                                                   covar[n][i]* covar[m][i] and stores it at ncovol+k1 May not be defined */
               covar[ncovcol+k1][i]=covar[atoi(stre)][i]*covar[atoi(strc)][i];                                                          covar[ncovcol+k1][i]=covar[atoi(stre)][i]*covar[atoi(strc)][i];
             }                                                  }
           } /* End age is not in the model */                                          } /* End age is not in the model */
         } /* End if model includes a product */                                  } /* End if model includes a product */
         else { /* no more sum */                                  else { /* no more sum */
           /*printf("d=%s c=%s b=%s\n", strd,strc,strb);*/                                          /*printf("d=%s c=%s b=%s\n", strd,strc,strb);*/
           /*  scanf("%d",i);*/                                          /*  scanf("%d",i);*/
           cutl(strd,strc,strb,'V');                                          cutl(strd,strc,strb,'V');
           ks++; /**< Number of simple covariates dummy or quantitative, fixe or varying */                                          ks++; /**< Number of simple covariates dummy or quantitative, fixe or varying */
           cptcovn++; /** V4+V3+V5: V4 and V3 timevarying dummy covariates, V5 timevarying quantitative */                                          cptcovn++; /** V4+V3+V5: V4 and V3 timevarying dummy covariates, V5 timevarying quantitative */
           Tvar[k]=atoi(strd);                                          Tvar[k]=atoi(strd);
           Typevar[k]=0;  /* 0 for simple covariates */                                          Typevar[k]=0;  /* 0 for simple covariates */
         }                                  }
         strcpy(modelsav,stra);  /* modelsav=V2+V1+V4 stra=V2+V1+V4 */                                   strcpy(modelsav,stra);  /* modelsav=V2+V1+V4 stra=V2+V1+V4 */ 
                                 /*printf("a=%s b=%s sav=%s\n", stra,strb,modelsav);                                  /*printf("a=%s b=%s sav=%s\n", stra,strb,modelsav);
                                   scanf("%d",i);*/                                    scanf("%d",i);*/
       } /* end of loop + on total covariates */        } /* end of loop + on total covariates */
Line 8100  Typevar: 0 for simple covariate (dummy, Line 8129  Typevar: 0 for simple covariate (dummy,
 Fixed[k] 0=fixed (product or simple), 1 varying, 2 fixed with age product, 3 varying with age product \n\  Fixed[k] 0=fixed (product or simple), 1 varying, 2 fixed with age product, 3 varying with age product \n\
 Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy with age product, 3 quant with age product\n",model);  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy with age product, 3 quant with age product\n",model);
   
   for(k=1, ncoveff=0, nqfveff=0, ntveff=0, nqtveff=0;k<=cptcovt; k++){ /* or cptocvt */    for(k=1, ncovf=0, ncovv=0, ncova=0, ncoveff=0, nqfveff=0, ntveff=0, nqtveff=0;k<=cptcovt; k++){ /* or cptocvt */
     if (Tvar[k] <=ncovcol && (Typevar[k]==0 || Typevar[k]==2)){ /* Simple or product fixed dummy (<=ncovcol) covariates */      if (Tvar[k] <=ncovcol && (Typevar[k]==0 || Typevar[k]==2)){ /* Simple or product fixed dummy (<=ncovcol) covariates */
       Fixed[k]= 0;        Fixed[k]= 0;
       Dummy[k]= 0;        Dummy[k]= 0;
       ncoveff++;        ncoveff++;
         ncovf++;
                         modell[k].maintype= FTYPE;                          modell[k].maintype= FTYPE;
                           TvarF[ncovf]=Tvar[k];
                           TvarFind[ncovf]=k;
       TvarFD[ncoveff]=Tvar[k]; /* TvarFD[1]=V1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */        TvarFD[ncoveff]=Tvar[k]; /* TvarFD[1]=V1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
       TvarFDind[ncoveff]=k; /* TvarFDind[1]=9 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */        TvarFDind[ncoveff]=k; /* TvarFDind[1]=9 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
     }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv && Typevar[k]==0){ /* Remind that product Vn*Vm are added in k*/ /* Only simple fixed quantitative variable */      }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv && Typevar[k]==0){ /* Remind that product Vn*Vm are added in k*/ /* Only simple fixed quantitative variable */
Line 8114  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative ( Line 8146  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (
       nqfveff++;        nqfveff++;
                         modell[k].maintype= FTYPE;                          modell[k].maintype= FTYPE;
                         modell[k].subtype= FQ;                          modell[k].subtype= FQ;
         ncovf++;
                           TvarF[ncovf]=Tvar[k];
                           TvarFind[ncovf]=k;
       TvarFQ[nqfveff]=Tvar[k]-ncovcol; /* TvarFQ[1]=V2-1=1st in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */        TvarFQ[nqfveff]=Tvar[k]-ncovcol; /* TvarFQ[1]=V2-1=1st in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
       TvarFQind[nqfveff]=k; /* TvarFQind[1]=6 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */        TvarFQind[nqfveff]=k; /* TvarFQind[1]=6 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
     }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv && Typevar[k]==0){      }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv && Typevar[k]==0){
Line 8122  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative ( Line 8157  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (
       ntveff++; /* Only simple time varying dummy variable */        ntveff++; /* Only simple time varying dummy variable */
                         modell[k].maintype= VTYPE;                          modell[k].maintype= VTYPE;
                         modell[k].subtype= VD;                          modell[k].subtype= VD;
                           ncovv++; /* Only simple time varying variables */
                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                           TvarVind[ncovv]=k;
       TvarVD[ntveff]=Tvar[k]; /* TvarVD[1]=V4  TvarVD[2]=V3 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying dummy variable */        TvarVD[ntveff]=Tvar[k]; /* TvarVD[1]=V4  TvarVD[2]=V3 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying dummy variable */
       TvarVDind[ntveff]=k; /* TvarVDind[1]=2 TvarVDind[2]=3 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying dummy variable */        TvarVDind[ntveff]=k; /* TvarVDind[1]=2 TvarVDind[2]=3 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying dummy variable */
       printf("Quasi Tmodelind[%d]=%d,Tvar[Tmodelind[%d]]=V%d, ncovcol=%d, nqv=%d,Tvar[k]- ncovcol-nqv=%d\n",ntveff,k,ntveff,Tvar[k], ncovcol, nqv,Tvar[k]- ncovcol-nqv);        printf("Quasi Tmodelind[%d]=%d,Tvar[Tmodelind[%d]]=V%d, ncovcol=%d, nqv=%d,Tvar[k]- ncovcol-nqv=%d\n",ntveff,k,ntveff,Tvar[k], ncovcol, nqv,Tvar[k]- ncovcol-nqv);
Line 8132  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative ( Line 8170  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (
                         nqtveff++;                          nqtveff++;
                         modell[k].maintype= VTYPE;                          modell[k].maintype= VTYPE;
                         modell[k].subtype= VQ;                          modell[k].subtype= VQ;
                           ncovv++; /* Only simple time varying variables */
                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                           TvarVind[ncovv]=k;
       TvarVQ[nqtveff]=Tvar[k]; /* TvarVQ[1]=V5 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */        TvarVQ[nqtveff]=Tvar[k]; /* TvarVQ[1]=V5 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */
       TvarVQind[nqtveff]=k; /* TvarVQind[1]=1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */        TvarVQind[nqtveff]=k; /* TvarVQind[1]=1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */
                         TmodelInvQind[nqtveff]=Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv;/* Only simple time varying quantitative variable */                          TmodelInvQind[nqtveff]=Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv;/* Only simple time varying quantitative variable */
Line 8139  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative ( Line 8180  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (
                         printf("Quasi TmodelQind[%d]=%d,Tvar[TmodelQind[%d]]=V%d, ncovcol=%d, nqv=%d, ntv=%d,Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv=%d\n",nqtveff,k,nqtveff,Tvar[k], ncovcol, nqv, ntv, Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv);                          printf("Quasi TmodelQind[%d]=%d,Tvar[TmodelQind[%d]]=V%d, ncovcol=%d, nqv=%d, ntv=%d,Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv=%d\n",nqtveff,k,nqtveff,Tvar[k], ncovcol, nqv, ntv, Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv);
       printf("Quasi TmodelInvQind[%d]=%d\n",k,Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv);        printf("Quasi TmodelInvQind[%d]=%d\n",k,Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv);
     }else if (Typevar[k] == 1) {  /* product with age */      }else if (Typevar[k] == 1) {  /* product with age */
                           ncova++;
                           TvarA[ncova]=Tvar[k];
                           TvarAind[ncova]=k;
       if (Tvar[k] <=ncovcol ){ /* Product age with fixed dummy covariatee */        if (Tvar[k] <=ncovcol ){ /* Product age with fixed dummy covariatee */
                                 Fixed[k]= 2;                                  Fixed[k]= 2;
                                 Dummy[k]= 2;                                  Dummy[k]= 2;
Line 8166  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative ( Line 8210  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (
       }        }
     }else if (Typevar[k] == 2) {  /* product without age */      }else if (Typevar[k] == 2) {  /* product without age */
       k1=Tposprod[k];        k1=Tposprod[k];
                           ncovv++; /* Only time varying variables */
                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                           TvarVind[ncovv]=k;
       if(Tvard[k1][1] <=ncovcol){        if(Tvard[k1][1] <=ncovcol){
                                 if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){                                  if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
                                         Fixed[k]= 1;                                          Fixed[k]= 1;
Line 8285  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative ( Line 8332  Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (
   }    }
   printf("ncoveff=%d, nqfveff=%d, ntveff=%d, nqtveff=%d, cptcovn=%d\n",ncoveff,nqfveff,ntveff,nqtveff,cptcovn);    printf("ncoveff=%d, nqfveff=%d, ntveff=%d, nqtveff=%d, cptcovn=%d\n",ncoveff,nqfveff,ntveff,nqtveff,cptcovn);
   fprintf(ficlog,"ncoveff=%d, nqfveff=%d, ntveff=%d, nqtveff=%d, cptcovn=%d\n",ncoveff,nqfveff,ntveff,nqtveff,cptcovn);    fprintf(ficlog,"ncoveff=%d, nqfveff=%d, ntveff=%d, nqtveff=%d, cptcovn=%d\n",ncoveff,nqfveff,ntveff,nqtveff,cptcovn);
     printf("ncovf=%d, ncovv=%d, ncova=%d\n",ncovf,ncovv,ncova);
     fprintf(ficlog,"ncovf=%d, ncovv=%d, ncova=%d\n",ncovf,ncovv,ncova);
   return (0); /* with covar[new additional covariate if product] and Tage if age */     return (0); /* with covar[new additional covariate if product] and Tage if age */ 
   /*endread:*/    /*endread:*/
   printf("Exiting decodemodel: ");    printf("Exiting decodemodel: ");
Line 9526  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9575  Please run with mle=-1 to get a correct
     */      */
   
         Tvar=ivector(1,NCOVMAX); /* Was 15 changed to NCOVMAX. */          Tvar=ivector(1,NCOVMAX); /* Was 15 changed to NCOVMAX. */
     TvarF=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarFind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarV=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarVind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarA=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarAind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
   TvarFD=ivector(1,NCOVMAX); /*  */    TvarFD=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
   TvarFDind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */    TvarFDind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
   TvarFQ=ivector(1,NCOVMAX); /*  */    TvarFQ=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
Line 10759  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10814  Please run with mle=-1 to get a correct
   free_ivector(Tvar,1,NCOVMAX);    free_ivector(Tvar,1,NCOVMAX);
   free_ivector(TvarFD,1,NCOVMAX);    free_ivector(TvarFD,1,NCOVMAX);
   free_ivector(TvarFDind,1,NCOVMAX);    free_ivector(TvarFDind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarF,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarFind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarV,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarVind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarA,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarAind,1,NCOVMAX);
   free_ivector(TvarFQ,1,NCOVMAX);    free_ivector(TvarFQ,1,NCOVMAX);
   free_ivector(TvarFQind,1,NCOVMAX);    free_ivector(TvarFQind,1,NCOVMAX);
   free_ivector(TvarVD,1,NCOVMAX);    free_ivector(TvarVD,1,NCOVMAX);
Removed from v.1.231  
changed lines
  Added in v.1.232

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>