[BACK]Return to imach.c CVS log [TXT] [DIR] Up to [Local Repository] / imach / src

Diff for /imach/src/imach.c between versions 1.17 and 1.18

version 1.17, 2002/02/20 17:15:02 version 1.18, 2002/02/20 17:17:09
Line 1150  void lubksb(double **a, int n, int *indx Line 1150  void lubksb(double **a, int n, int *indx
 }  }
   
 /************ Frequencies ********************/  /************ Frequencies ********************/
 void  freqsummary(char fileres[], int agemin, int agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax, int fprev1,int lprev1,double **mint,double **anint)  void  freqsummary(char fileres[], int agemin, int agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax, int fprev1,int lprev1,double **mint,double **anint, int boolprev, double dateprev1,double dateprev2)
 {  /* Some frequencies */  {  /* Some frequencies */
     
   int i, m, jk, k1, k2,i1, j1, bool, z1,z2,j;    int i, m, jk, k1,i1, j1, bool, z1,z2,j;
   double ***freq; /* Frequencies */    double ***freq; /* Frequencies */
   double *pp;    double *pp;
   double pos;    double pos, k2;
   FILE *ficresp;    FILE *ficresp;
   char fileresp[FILENAMELENGTH];    char fileresp[FILENAMELENGTH];
   
Line 1191  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1191  void  freqsummary(char fileres[], int ag
              if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]])               if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]])
                bool=0;                 bool=0;
          }           }
           if (bool==1) {           if (bool==1) {
             for(m=fprev1; m<=lprev1; m++){             if (boolprev==1){
                for(m=fprev1; m<=lprev1; m++){
                  if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;
                  if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;
                  freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];
                  freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int) agemax+3] += weight[i];
                }
              }
              else {
               for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){
              k2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.);               k2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.);
              if ((k2>=1984) && (k2<=1988.5)) {               if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {
              if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;               if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;
              if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;               if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;
              freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];               freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];
              freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int) agemax+3] += weight[i];               freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int) agemax+3] += weight[i];
              }               }
             }              }
              }
           }            }
        }         }
         if  (cptcovn>0) {          if  (cptcovn>0) {
Line 1269  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1279  void  freqsummary(char fileres[], int ag
 }  /* End of Freq */  }  /* End of Freq */
   
 /************ Prevalence ********************/  /************ Prevalence ********************/
 void prevalence(int agemin, int agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax, int fprev1,int lprev1)  void prevalence(int agemin, int agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax, int fprev1,int lprev1, double **mint,double **anint,int boolprev, double dateprev1, double dateprev2)
 {  /* Some frequencies */  {  /* Some frequencies */
     
   int i, m, jk, k1, i1, j1, bool, z1,z2,j;    int i, m, jk, k1, i1, j1, bool, z1,z2,j;
   double ***freq; /* Frequencies */    double ***freq; /* Frequencies */
   double *pp;    double *pp;
   double pos;    double pos, k2;
   
   pp=vector(1,nlstate);    pp=vector(1,nlstate);
   probs= ma3x(1,130 ,1,8, 1,8);    probs= ma3x(1,130 ,1,8, 1,8);
Line 1303  void prevalence(int agemin, int agemax, Line 1313  void prevalence(int agemin, int agemax,
               bool=0;                bool=0;
               }                }
         if (bool==1) {          if (bool==1) {
           for(m=fprev1; m<=lprev1; m++){            if (boolprev==1){
             if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;              for(m=fprev1; m<=lprev1; m++){
             if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;                if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;
             freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];                if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;
             freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int) agemax+3] += weight[i];                freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];
                 freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int) agemax+3] += weight[i];
               }
             }
             else {
               for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){
                 k2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.);
                 if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {
                   if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;
                   if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;
                   freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];
                   freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int) agemax+3] += weight[i];
                 }
               }
           }            }
         }          }
       }        }
        for(i=(int)agemin; i <= (int)agemax+3; i++){          for(i=(int)agemin; i <= (int)agemax+3; i++){
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){            for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
           for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)              for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)
             pp[jk] += freq[jk][m][i];                pp[jk] += freq[jk][m][i];
         }            }
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){            for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
           for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)              for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)
             pos += freq[jk][m][i];              pos += freq[jk][m][i];
         }          }
                 
Line 1336  void prevalence(int agemin, int agemax, Line 1359  void prevalence(int agemin, int agemax,
            }             }
          }           }
                     
          }          }
     }      }
   }    }
     
Line 1873  int main() Line 1896  int main()
   int jnais,jdc,jint4,jint1,jint2,jint3,**outcome,**adl,*tab;    int jnais,jdc,jint4,jint1,jint2,jint3,**outcome,**adl,*tab;
   int mobilav=0, fprev, lprev ,fprevfore=1, lprevfore=1,nforecast,popforecast=0;    int mobilav=0, fprev, lprev ,fprevfore=1, lprevfore=1,nforecast,popforecast=0;
   int hstepm, nhstepm;    int hstepm, nhstepm;
   int *popage;    int *popage,boolprev=0;/*boolprev=0 if date and zero if wave*/
   
   double bage, fage, age, agelim, agebase;    double bage, fage, age, agelim, agebase;
   double ftolpl=FTOL;    double ftolpl=FTOL;
Line 1889  int main() Line 1912  int main()
   double *epj, vepp;    double *epj, vepp;
   double kk1, kk2;    double kk1, kk2;
   double *popeffectif,*popcount;    double *popeffectif,*popcount;
     double dateprev1, dateprev2;
   
   char version[80]="Imach version 64b, May 2001, INED-EUROREVES ";    char version[80]="Imach version 64b, May 2001, INED-EUROREVES ";
   char *alph[]={"a","a","b","c","d","e"}, str[4];    char *alph[]={"a","a","b","c","d","e"}, str[4];
Line 1898  int main() Line 1922  int main()
 #include <sys/time.h>  #include <sys/time.h>
 #include <time.h>  #include <time.h>
   char stra[80], strb[80], strc[80], strd[80],stre[80],modelsav[80];    char stra[80], strb[80], strc[80], strd[80],stre[80],modelsav[80];
     char strfprev[10], strlprev[10];
     char strfprevfore[10], strlprevfore[10];
   /* long total_usecs;    /* long total_usecs;
   struct timeval start_time, end_time;    struct timeval start_time, end_time;
     
Line 1960  while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){ Line 1986  while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
   }    }
   ungetc(c,ficpar);    ungetc(c,ficpar);
     
   fscanf(ficpar,"fprevalence=%d lprevalence=%d pop_based=%d\n",&fprev,&lprev,&popbased);    fscanf(ficpar,"fprevalence=%s lprevalence=%s pop_based=%d\n",strfprev,strlprev,&popbased);
   fprintf(ficparo,"fprevalence=%d lprevalence=%d pop_based=%d\n",fprev,lprev,popbased);    fprintf(ficparo,"fprevalence=%s lprevalence=%s pop_based=%d\n",strfprev,strlprev,popbased);
     
     /* printf("%s %s",strfprev,strlprev);
        exit(0);*/
  while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){   while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
     ungetc(c,ficpar);      ungetc(c,ficpar);
     fgets(line, MAXLINE, ficpar);      fgets(line, MAXLINE, ficpar);
Line 1971  while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){ Line 1999  while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
   }    }
   ungetc(c,ficpar);    ungetc(c,ficpar);
     
   fscanf(ficpar,"fprevalence=%d lprevalence=%d nforecast=%d mob_average=%d\n",&fprevfore,&lprevfore,&nforecast,&mobilav);    fscanf(ficpar,"fprevalence=%s lprevalence=%s nforecast=%d mob_average=%d\n",strfprevfore,strlprevfore,&nforecast,&mobilav);
   fprintf(ficparo,"fprevalence=%d lprevalence=%d nforecast=%d mob_average=%d\n",fprevfore,lprevfore,nforecast,mobilav);    fprintf(ficparo,"fprevalence=%s lprevalence=%s nforecast=%d mob_average=%d\n",strfprevfore,strlprevfore,nforecast,mobilav);
             
     
 while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){  while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
Line 2329  printf("Total number of individuals= %d, Line 2357  printf("Total number of individuals= %d,
         
    /* Calculates basic frequencies. Computes observed prevalence at single age     /* Calculates basic frequencies. Computes observed prevalence at single age
        and prints on file fileres'p'. */         and prints on file fileres'p'. */
   freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvar,nbcode, ncodemax, fprev, lprev,mint,anint);  
        if ((nbocc(strfprev,'/')==1) && (nbocc(strlprev,'/')==1)){
   free_matrix(mint,1,maxwav,1,n);       boolprev=0;
   free_matrix(anint,1,maxwav,1,n);       cutv(stra,strb,strfprev,'/');
        dateprev1=(double)(atoi(strb)+atoi(stra)/12.);
        cutv(stra,strb,strlprev,'/');
        dateprev2=(double)(atoi(strb)+atoi(stra)/12.);
      }
      
      else if ((nbocc(strfprev,'/')==0) &&(nbocc(strlprev,'/')==0)){
        boolprev=1;
        fprev=atoi(strfprev); lprev=atoi(strlprev);
      }
       else {
         printf("Error in statement lprevalence or fprevalence\n");
         goto end;
       }
      
     freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvar,nbcode, ncodemax, fprev, lprev,mint,anint,boolprev,dateprev1,dateprev2);
     
   pmmij= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */    pmmij= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     oldms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */      oldms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
Line 2350  printf("Total number of individuals= %d, Line 2393  printf("Total number of individuals= %d,
         
     /*--------- results files --------------*/      /*--------- results files --------------*/
     fprintf(ficres,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol, stepm, ncov, nlstate, ndeath, maxwav, mle,weightopt,model);      fprintf(ficres,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol, stepm, ncov, nlstate, ndeath, maxwav, mle,weightopt,model);
    fprintf(ficres,"fprevalence=%d lprevalence=%d pop_based=%d\n",fprev,lprev,popbased);     fprintf(ficres,"fprevalence=%s lprevalence=%s pop_based=%d\n",strfprev,strlprev,popbased);
    fprintf(ficres,"fprevalence=%d lprevalence=%d nforecast=%d mob_average=%d\n",fprevfore,lprevfore,nforecast,mobilav);     fprintf(ficres,"fprevalence=%s lprevalence=%s nforecast=%d mob_average=%d\n",strfprevfore,strlprevfore,nforecast,mobilav);
   
    jk=1;     jk=1;
    fprintf(ficres,"# Parameters\n");     fprintf(ficres,"# Parameters\n");
Line 2393  printf("Total number of individuals= %d, Line 2436  printf("Total number of individuals= %d,
           fprintf(ficres,"\n");            fprintf(ficres,"\n");
         }          }
       }        }
       }       }
         
     k=1;      k=1;
     fprintf(ficres,"# Covariance\n");      fprintf(ficres,"# Covariance\n");
Line 2649  Interval (in months) between two waves: Line 2692  Interval (in months) between two waves:
         - Variances of life expectancies by age and initial health status: <a href=\"v%s\">v%s</a><br>          - Variances of life expectancies by age and initial health status: <a href=\"v%s\">v%s</a><br>
         - Health expectancies with their variances: <a href=\"t%s\">t%s</a> <br>          - Health expectancies with their variances: <a href=\"t%s\">t%s</a> <br>
         - Standard deviation of stationary prevalences: <a href=\"vpl%s\">vpl%s</a> <br>          - Standard deviation of stationary prevalences: <a href=\"vpl%s\">vpl%s</a> <br>
         - Prevalences forecasting: <a href=\"f%s\">f%s</a> <br>          - Prevalences and population forecasting: <a href=\"f%s\">f%s</a> <br>
 <br>",title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt,model,imx,jmin,jmax,jmean,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres);  <br>",title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt,model,imx,jmin,jmax,jmean,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres);
   
  fprintf(fichtm," <li>Graphs</li><p>");   fprintf(fichtm," <li>Graphs</li><p>");
Line 2797  fclose(fichtm); Line 2840  fclose(fichtm);
   }    }
   printf("Computing forecasting: result on file '%s' \n", fileresf);    printf("Computing forecasting: result on file '%s' \n", fileresf);
   
   prevalence(agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvar,nbcode, ncodemax, fprevfore, lprevfore);   if ((nbocc(strfprevfore,'/')==1) && (nbocc(strlprevfore,'/')==1)){
        boolprev=0;
        cutv(stra,strb,strfprevfore,'/');
        dateprev1=(double)(atoi(strb)+atoi(stra)/12.);
        cutv(stra,strb,strlprevfore,'/');
        dateprev2=(double)(atoi(strb)+atoi(stra)/12.);
      }
      
      else if ((nbocc(strfprevfore,'/')==0) &&(nbocc(strlprevfore,'/')==0)){
        boolprev=1;
        fprev=atoi(strfprevfore); lprev=atoi(strlprevfore);
      }
       else {
         printf("Error in statement lprevalence or fprevalence\n");
         goto end;
       }
   
  free_matrix(agev,1,maxwav,1,imx);    prevalence(agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvar,nbcode, ncodemax, fprevfore, lprevfore,mint,anint,boolprev,dateprev1,dateprev2);
    
     free_matrix(mint,1,maxwav,1,n);
     free_matrix(anint,1,maxwav,1,n);
     free_matrix(agev,1,maxwav,1,imx);
   /* Mobile average */    /* Mobile average */
   
   if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;    if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;
Removed from v.1.17  
changed lines
  Added in v.1.18

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>