[BACK]Return to imach.c CVS log [TXT] [DIR] Up to [Local Repository] / imach / src

Diff for /imach/src/imach.c between versions 1.224 and 1.233

version 1.224, 2016/07/01 13:16:01 version 1.233, 2016/08/23 07:40:50
Line 1 Line 1
 /* $Id$  /* $Id$
   $State$    $State$
   $Log$    $Log$
     Revision 1.233  2016/08/23 07:40:50  brouard
     Summary: not working
   
     Revision 1.232  2016/08/22 14:20:21  brouard
     Summary: not working
   
     Revision 1.231  2016/08/22 07:17:15  brouard
     Summary: not working
   
     Revision 1.230  2016/08/22 06:55:53  brouard
     Summary: Not working
   
     Revision 1.229  2016/07/23 09:45:53  brouard
     Summary: Completing for func too
   
     Revision 1.228  2016/07/22 17:45:30  brouard
     Summary: Fixing some arrays, still debugging
   
     Revision 1.226  2016/07/12 18:42:34  brouard
     Summary: temp
   
     Revision 1.225  2016/07/12 08:40:03  brouard
     Summary: saving but not running
   
   Revision 1.224  2016/07/01 13:16:01  brouard    Revision 1.224  2016/07/01 13:16:01  brouard
   Summary: Fixes    Summary: Fixes
   
Line 633 Line 657
   
   Short summary of the programme:    Short summary of the programme:
       
   This program computes Healthy Life Expectancies from    This program computes Healthy Life Expectancies or State-specific
   cross-longitudinal data. Cross-longitudinal data consist in: -1- a    (if states aren't health statuses) Expectancies from
   first survey ("cross") where individuals from different ages are    cross-longitudinal data. Cross-longitudinal data consist in: 
   interviewed on their health status or degree of disability (in the  
   case of a health survey which is our main interest) -2- at least a    -1- a first survey ("cross") where individuals from different ages
   second wave of interviews ("longitudinal") which measure each change    are interviewed on their health status or degree of disability (in
   (if any) in individual health status.  Health expectancies are    the case of a health survey which is our main interest)
   computed from the time spent in each health state according to a  
   model. More health states you consider, more time is necessary to reach the    -2- at least a second wave of interviews ("longitudinal") which
   Maximum Likelihood of the parameters involved in the model.  The    measure each change (if any) in individual health status.  Health
   simplest model is the multinomial logistic model where pij is the    expectancies are computed from the time spent in each health state
   probability to be observed in state j at the second wave    according to a model. More health states you consider, more time is
   conditional to be observed in state i at the first wave. Therefore    necessary to reach the Maximum Likelihood of the parameters involved
   the model is: log(pij/pii)= aij + bij*age+ cij*sex + etc , where    in the model.  The simplest model is the multinomial logistic model
   'age' is age and 'sex' is a covariate. If you want to have a more    where pij is the probability to be observed in state j at the second
   complex model than "constant and age", you should modify the program    wave conditional to be observed in state i at the first
   where the markup *Covariates have to be included here again* invites    wave. Therefore the model is: log(pij/pii)= aij + bij*age+ cij*sex +
   you to do it.  More covariates you add, slower the    etc , where 'age' is age and 'sex' is a covariate. If you want to
     have a more complex model than "constant and age", you should modify
     the program where the markup *Covariates have to be included here
     again* invites you to do it.  More covariates you add, slower the
   convergence.    convergence.
   
   The advantage of this computer programme, compared to a simple    The advantage of this computer programme, compared to a simple
Line 672 Line 699
   of the life expectancies. It also computes the period (stable) prevalence.    of the life expectancies. It also computes the period (stable) prevalence.
   
 Back prevalence and projections:  Back prevalence and projections:
  - back_prevalence_limit(double *p, double **bprlim, double ageminpar, double agemaxpar, double ftolpl, int *ncvyearp, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass, int mobilavproj)  
     Computes the back prevalence limit  for any combination     of covariate values k   - back_prevalence_limit(double *p, double **bprlim, double ageminpar,
     at any age between ageminpar and agemaxpar and returns it in **bprlim. In the loops,     double agemaxpar, double ftolpl, int *ncvyearp, double
    - **bprevalim(**bprlim, ***mobaverage, nlstate, *p, age, **oldm, **savm, **dnewm, **doldm, **dsavm, ftolpl, ncvyearp, k);     dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass, int
  - hBijx Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x     mobilavproj)
   
       Computes the back prevalence limit for any combination of
       covariate values k at any age between ageminpar and agemaxpar and
       returns it in **bprlim. In the loops,
   
      - **bprevalim(**bprlim, ***mobaverage, nlstate, *p, age, **oldm,
          **savm, **dnewm, **doldm, **dsavm, ftolpl, ncvyearp, k);
   
      - hBijx Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x
    Computes for any combination of covariates k and any age between bage and fage      Computes for any combination of covariates k and any age between bage and fage 
    p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);     p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
                         oldm=oldms;savm=savms;                          oldm=oldms;savm=savms;
          - hbxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);  
      - hbxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);
      Computes the transition matrix starting at age 'age' over       Computes the transition matrix starting at age 'age' over
      'nhstepm*hstepm*stepm' months (i.e. until       'nhstepm*hstepm*stepm' months (i.e. until
      age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying       age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying
      nhstepm*hstepm matrices. Returns p3mat[i][j][h] after calling        nhstepm*hstepm matrices. 
      p3mat[i][j][h]=matprod2(newm, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent, dnewm, doldm, dsavm,ij),\  
                                                                          1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);       Returns p3mat[i][j][h] after calling
        p3mat[i][j][h]=matprod2(newm,
        bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent, dnewm, doldm,
        dsavm,ij),\ 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
        oldm);
   
   Important routines
   
   - func (or funcone), computes logit (pij) distinguishing
     o fixed variables (single or product dummies or quantitative);
     o varying variables by:
      (1) wave (single, product dummies, quantitative), 
      (2) by age (can be month) age (done), age*age (done), age*Vn where Vn can be:
          % fixed dummy (treated) or quantitative (not done because time-consuming);
          % varying dummy (not done) or quantitative (not done);
   - Tricode which tests the modality of dummy variables (in order to warn with wrong or empty modalities)
     and returns the number of efficient covariates cptcoveff and modalities nbcode[Tvar[k]][1]= 0 and nbcode[Tvar[k]][2]= 1 usually.
   - printinghtml which outputs results like life expectancy in and from a state for a combination of modalities of dummy variables
     o There are 2*cptcoveff combinations of (0,1) for cptcoveff variables. Outputting only combinations with people, éliminating 1 1 if
       race White (0 0), Black vs White (1 0), Hispanic (0 1) and 1 1 being meaningless.
   
   
     
   Authors: Nicolas Brouard (brouard@ined.fr) and Agnès Lièvre (lievre@ined.fr).    Authors: Nicolas Brouard (brouard@ined.fr) and Agnès Lièvre (lievre@ined.fr).
            Institut national d'études démographiques, Paris.             Institut national d'études démographiques, Paris.
   This software have been partly granted by Euro-REVES, a concerted action    This software have been partly granted by Euro-REVES, a concerted action
Line 758  Back prevalence and projections: Line 816  Back prevalence and projections:
 #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
 #include <stdlib.h>  #include <stdlib.h>
 #include <string.h>  #include <string.h>
   #include <ctype.h>
   
 #ifdef _WIN32  #ifdef _WIN32
 #include <io.h>  #include <io.h>
Line 853  int nagesqr=0, nforce=0; /* nagesqr=1 if Line 912  int nagesqr=0, nforce=0; /* nagesqr=1 if
 /* Number of covariates model=V2+V1+ V3*age+V2*V4 */  /* Number of covariates model=V2+V1+ V3*age+V2*V4 */
 int cptcovn=0; /**< cptcovn number of covariates added in the model (excepting constant and age and age*product) */  int cptcovn=0; /**< cptcovn number of covariates added in the model (excepting constant and age and age*product) */
 int cptcovt=0; /**< cptcovt number of covariates added in the model (excepting constant and age) */  int cptcovt=0; /**< cptcovt number of covariates added in the model (excepting constant and age) */
 int cptcovs=0; /**< cptcovs number of simple covariates V2+V1 =2 */  int cptcovs=0; /**< cptcovs number of simple covariates in the model V2+V1 =2 */
   int cptcovsnq=0; /**< cptcovsnq number of simple covariates in the model but non quantitative V2+V1 =2 */
 int cptcovage=0; /**< Number of covariates with age: V3*age only =1 */  int cptcovage=0; /**< Number of covariates with age: V3*age only =1 */
 int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */     int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */   
 int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results */  int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results */
 int ncoveff=0; /* Total number of effective covariates in the model */  int ncovf=0; /* Total number of effective fixed covariates (dummy or quantitative) in the model */
 int nqveff=0; /**< nqveff number of effective quantitative variables */  int ncovv=0; /* Total number of effective (wave) varying covariates (dummy or quantitative) in the model */
   int ncova=0; /* Total number of effective (wave and stepm) varying with age covariates (dummy of quantitative) in the model */
   
   int ncoveff=0; /* Total number of effective fixed dummy covariates in the model */
   int nqfveff=0; /**< nqfveff Number of Quantitative Fixed Variables Effective */
 int ntveff=0; /**< ntveff number of effective time varying variables */  int ntveff=0; /**< ntveff number of effective time varying variables */
 int nqtveff=0; /**< ntqveff number of effective time varying quantitative variables */  int nqtveff=0; /**< ntqveff number of effective time varying quantitative variables */
 int cptcov=0; /* Working variable */  int cptcov=0; /* Working variable */
Line 882  int **dh; /* dh[mi][i] is number of step Line 946  int **dh; /* dh[mi][i] is number of step
 int **bh; /* bh[mi][i] is the bias (+ or -) for this individual if the delay between  int **bh; /* bh[mi][i] is the bias (+ or -) for this individual if the delay between
            * wave mi and wave mi+1 is not an exact multiple of stepm. */             * wave mi and wave mi+1 is not an exact multiple of stepm. */
 int countcallfunc=0;  /* Count the number of calls to func */  int countcallfunc=0;  /* Count the number of calls to func */
   int selected(int kvar); /* Is covariate kvar selected for printing results */
   
 double jmean=1; /* Mean space between 2 waves */  double jmean=1; /* Mean space between 2 waves */
 double **matprod2(); /* test */  double **matprod2(); /* test */
 double **oldm, **newm, **savm; /* Working pointers to matrices */  double **oldm, **newm, **savm; /* Working pointers to matrices */
Line 1006  double *agedc; Line 1072  double *agedc;
 double  **covar; /**< covar[j,i], value of jth covariate for individual i,  double  **covar; /**< covar[j,i], value of jth covariate for individual i,
                   * covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);                     * covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n); 
                   * cov[Tage[kk]+2]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*age; */                    * cov[Tage[kk]+2]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*age; */
 double **coqvar; /* Fixed quantitative covariate */  double **coqvar; /* Fixed quantitative covariate iqv */
 double ***cotvar; /* Time varying covariate */  double ***cotvar; /* Time varying covariate itv */
 double ***cotqvar; /* Time varying quantitative covariate */  double ***cotqvar; /* Time varying quantitative covariate itqv */
 double  idx;   double  idx; 
 int **nbcode, *Tvar; /**< model=V2 => Tvar[1]= 2 */  int **nbcode, *Tvar; /**< model=V2 => Tvar[1]= 2 */
   int *TvarF; /**< TvarF[1]=Tvar[6]=2,  TvarF[2]=Tvar[7]=7, TvarF[3]=Tvar[9]=1  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarFind; /**< TvarFind[1]=6,  TvarFind[2]=7, Tvarind[3]=9  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarV; /**< TvarV[1]=Tvar[1]=5, TvarV[2]=Tvar[2]=4  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarVind; /**< TvarVind[1]=1, TvarVind[2]=2  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarA; /**< TvarA[1]=Tvar[5]=5, TvarA[2]=Tvar[8]=1  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarAind; /**< TvarindA[1]=5, TvarAind[2]=8  in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarFD; /**< TvarFD[1]=V1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarFDind; /* TvarFDind[1]=9 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   int *TvarFQ; /* TvarFQ[1]=V2 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
   int *TvarFQind; /* TvarFQind[1]=6 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
   int *TvarVD; /* TvarVD[1]=V5 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
   int *TvarVDind; /* TvarVDind[1]=1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
   int *TvarVQ; /* TvarVQ[1]=V5 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */
   int *TvarVQind; /* TvarVQind[1]=1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */
   
   int *Tvarsel; /**< Selected covariates for output */
   double *Tvalsel; /**< Selected modality value of covariate for output */
   int *Typevar; /**< 0 for simple covariate (dummy, quantitative, fixed or varying), 1 for age product, 2 for  product */
   int *Fixed; /** Fixed[k] 0=fixed, 1 varying, 2 fixed with age product, 3 varying with age product */ 
   int *Dummy; /** Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy with age product, 3 quant with age product */ 
 int *Tage;  int *Tage;
   int anyvaryingduminmodel=0; /**< Any varying dummy in Model=1 yes, 0 no, to avoid a loop on waves in freq */ 
   int *Tmodelind; /** Tmodelind[Tvaraff[3]]=9 for V1 position,Tvaraff[1]@9={4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, model=V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1*/
   int *TmodelInvind; /** Tmodelind[Tvaraff[3]]=9 for V1 position,Tvaraff[1]@9={4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, model=V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1*/ 
   int *TmodelInvQind; /** Tmodelqind[1]=1 for V5(quantitative varying) position,Tvaraff[1]@9={4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, model=V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1  */
 int *Ndum; /** Freq of modality (tricode */  int *Ndum; /** Freq of modality (tricode */
 /* int **codtab;*/ /**< codtab=imatrix(1,100,1,10); */  /* int **codtab;*/ /**< codtab=imatrix(1,100,1,10); */
 int **Tvard, *Tprod, cptcovprod, *Tvaraff, *invalidvarcomb;  int **Tvard;
   int *Tprod;/**< Gives the k position of the k1 product */
   int *Tposprod; /**< Gives the k1 product from the k position */
   /* Tprod[k1=1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3
      if  V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2   TProd[k1=2]=5 (V3*V2)
      Tposprod[k]=k1 , Tposprod[3]=1, Tposprod[5]=2 
   */
   int cptcovprod, *Tvaraff, *invalidvarcomb;
 double *lsurv, *lpop, *tpop;  double *lsurv, *lpop, *tpop;
   
   #define FD 1; /* Fixed dummy covariate */
   #define FQ 2; /* Fixed quantitative covariate */
   #define FP 3; /* Fixed product covariate */
   #define FPDD 7; /* Fixed product dummy*dummy covariate */
   #define FPDQ 8; /* Fixed product dummy*quantitative covariate */
   #define FPQQ 9; /* Fixed product quantitative*quantitative covariate */
   #define VD 10; /* Varying dummy covariate */
   #define VQ 11; /* Varying quantitative covariate */
   #define VP 12; /* Varying product covariate */
   #define VPDD 13; /* Varying product dummy*dummy covariate */
   #define VPDQ 14; /* Varying product dummy*quantitative covariate */
   #define VPQQ 15; /* Varying product quantitative*quantitative covariate */
   #define APFD 16; /* Age product * fixed dummy covariate */
   #define APFQ 17; /* Age product * fixed quantitative covariate */
   #define APVD 18; /* Age product * varying dummy covariate */
   #define APVQ 19; /* Age product * varying quantitative covariate */
   
   #define FTYPE 1; /* Fixed covariate */
   #define VTYPE 2; /* Varying covariate (loop in wave) */
   #define ATYPE 2; /* Age product covariate (loop in dh within wave)*/
   
   struct kmodel{
           int maintype; /* main type */
           int subtype; /* subtype */
   };
   struct kmodel modell[NCOVMAX];
   
 double ftol=FTOL; /**< Tolerance for computing Max Likelihood */  double ftol=FTOL; /**< Tolerance for computing Max Likelihood */
 double ftolhess; /**< Tolerance for computing hessian */  double ftolhess; /**< Tolerance for computing hessian */
   
Line 1876  function value at p , and iter is the nu Line 2000  function value at p , and iter is the nu
 #ifdef LINMINORIGINAL  #ifdef LINMINORIGINAL
 #else  #else
         int *flatdir; /* Function is vanishing in that direction */          int *flatdir; /* Function is vanishing in that direction */
         int flat=0; /* Function is vanishing in that direction */          int flat=0, flatd=0; /* Function is vanishing in that direction */
 #endif  #endif
 void powell(double p[], double **xi, int n, double ftol, int *iter, double *fret,   void powell(double p[], double **xi, int n, double ftol, int *iter, double *fret, 
             double (*func)(double []))               double (*func)(double [])) 
Line 1980  void powell(double p[], double **xi, int Line 2104  void powell(double p[], double **xi, int
                                 fprintf(ficlog," x(%d)=%.12e",j,xit[j]);                                  fprintf(ficlog," x(%d)=%.12e",j,xit[j]);
       }        }
       for(j=1;j<=n;j++) {        for(j=1;j<=n;j++) {
                         printf(" p(%d)=%lf ",j,p[j]);                                  printf(" p(%d)=%.12e",j,p[j]);
                         fprintf(ficlog," p(%d)=%lf ",j,p[j]);                                  fprintf(ficlog," p(%d)=%.12e",j,p[j]);
       }        }
       printf("\n");        printf("\n");
       fprintf(ficlog,"\n");        fprintf(ficlog,"\n");
Line 1991  void powell(double p[], double **xi, int Line 2115  void powell(double p[], double **xi, int
     /* But p and xit have been updated at the end of linmin, *fret corresponds to new p, xit  */      /* But p and xit have been updated at the end of linmin, *fret corresponds to new p, xit  */
     /* New value of last point Pn is not computed, P(n-1) */      /* New value of last point Pn is not computed, P(n-1) */
       for(j=1;j<=n;j++) {        for(j=1;j<=n;j++) {
                           printf(" p(%d)=%lf flat=%d ",j,p[j],flatdir[j]);                                  if(flatdir[j] >0){
                           fprintf(ficlog," p(%d)=%lf flat=%d ",j,p[j],flatdir[j]);                                          printf(" p(%d)=%lf flat=%d ",j,p[j],flatdir[j]);
       }                                          fprintf(ficlog," p(%d)=%lf flat=%d ",j,p[j],flatdir[j]);
       printf("\n");                                  }
       fprintf(ficlog,"\n");                                  /* printf("\n"); */
                                   /* fprintf(ficlog,"\n"); */
                           }
     if (2.0*fabs(fp-(*fret)) <= ftol*(fabs(fp)+fabs(*fret))) { /* Did we reach enough precision? */      if (2.0*fabs(fp-(*fret)) <= ftol*(fabs(fp)+fabs(*fret))) { /* Did we reach enough precision? */
       /* We could compare with a chi^2. chisquare(0.95,ddl=1)=3.84 */        /* We could compare with a chi^2. chisquare(0.95,ddl=1)=3.84 */
       /* By adding age*age in a model, the new -2LL should be lower and the difference follows a */        /* By adding age*age in a model, the new -2LL should be lower and the difference follows a */
Line 2052  void powell(double p[], double **xi, int Line 2177  void powell(double p[], double **xi, int
     fptt=(*func)(ptt); /* f_3 */      fptt=(*func)(ptt); /* f_3 */
 #ifdef NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  /* No change in drections until some iterations are done */  #ifdef NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  /* No change in drections until some iterations are done */
                 if (*iter <=4) {                  if (*iter <=4) {
 #else                     #else
   #endif
 #ifdef POWELLNOF3INFF1TEST    /* skips test F3 <F1 */  #ifdef POWELLNOF3INFF1TEST    /* skips test F3 <F1 */
 #else  #else
     if (fptt < fp) { /* If extrapolated point is better, decide if we keep that new direction or not */      if (fptt < fp) { /* If extrapolated point is better, decide if we keep that new direction or not */
Line 2134  void powell(double p[], double **xi, int Line 2260  void powell(double p[], double **xi, int
                                 }                                  }
 #ifdef LINMINORIGINAL  #ifdef LINMINORIGINAL
 #else  #else
                                 printf("Flat directions\n");                                  for (j=1, flatd=0;j<=n;j++) {
                                 fprintf(ficlog,"Flat directions\n");                                          if(flatdir[j]>0)
                                 for (j=1;j<=n;j++) {                                                   flatd++;
                                         printf("flatdir[%d]=%d ",j,flatdir[j]);                                  }
                                         fprintf(ficlog,"flatdir[%d]=%d ",j,flatdir[j]);                                  if(flatd >0){
         }                                          printf("%d flat directions\n",flatd);
                                 printf("\n");                                          fprintf(ficlog,"%d flat directions\n",flatd);
                                 fprintf(ficlog,"\n");                                          for (j=1;j<=n;j++) { 
                                                   if(flatdir[j]>0){
                                                           printf("%d ",j);
                                                           fprintf(ficlog,"%d ",j);
                                                   }
                                           }
                                           printf("\n");
                                           fprintf(ficlog,"\n");
                                   }
 #endif  #endif
                                 printf("Gaining to use new average direction of P0 P%d instead of biggest increase direction %d :\n",n,ibig);                                  printf("Gaining to use new average direction of P0 P%d instead of biggest increase direction %d :\n",n,ibig);
                                 fprintf(ficlog,"Gaining to use new average direction of P0 P%d instead of biggest increase direction %d :\n",n,ibig);                                  fprintf(ficlog,"Gaining to use new average direction of P0 P%d instead of biggest increase direction %d :\n",n,ibig);
Line 2161  void powell(double p[], double **xi, int Line 2295  void powell(double p[], double **xi, int
 #else  #else
     } /* end if (fptt < fp)  */      } /* end if (fptt < fp)  */
 #endif  #endif
   #ifdef NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  /* No change in drections until some iterations are done */
                 } /*NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  No change in drections until some iterations are done */                  } /*NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  No change in drections until some iterations are done */
   #else
 #endif  #endif
   } /* loop iteration */     } /* loop iteration */ 
 }   } 
Line 2714  double ***hpxij(double ***po, int nhstep Line 2850  double ***hpxij(double ***po, int nhstep
       agexact=age+((h-1)*hstepm + (d-1))*stepm/YEARM; /* age just before transition */        agexact=age+((h-1)*hstepm + (d-1))*stepm/YEARM; /* age just before transition */
       cov[2]=agexact;        cov[2]=agexact;
       if(nagesqr==1)        if(nagesqr==1)
                                 cov[3]= agexact*agexact;          cov[3]= agexact*agexact;
       for (k=1; k<=cptcovn;k++)         for (k=1; k<=cptcovn;k++) 
                                 cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,k)];          cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,k)];
                         /* cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])]; */        /* cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])]; */
       for (k=1; k<=cptcovage;k++) /* Should start at cptcovn+1 */        for (k=1; k<=cptcovage;k++) /* Should start at cptcovn+1 */
                                 /* cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */          /* cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */
                                 cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2];          cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2];
                         /* cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k]])]*cov[2]; */        /* cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k]])]*cov[2]; */
       for (k=1; k<=cptcovprod;k++) /* Useless because included in cptcovn */        for (k=1; k<=cptcovprod;k++) /* Useless because included in cptcovn */
                                 cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)];          cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)];
                         /* cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,Tvard[k][1])]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,Tvard[k][2])]; */        /* cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,Tvard[k][1])]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,Tvard[k][2])]; */
         
         
       /*printf("hxi cptcov=%d cptcode=%d\n",cptcov,cptcode);*/        /*printf("hxi cptcov=%d cptcode=%d\n",cptcov,cptcode);*/
       /*printf("h=%d d=%d age=%f cov=%f\n",h,d,age,cov[2]);*/        /*printf("h=%d d=%d age=%f cov=%f\n",h,d,age,cov[2]);*/
                         /* right multiplication of oldm by the current matrix */                          /* right multiplication of oldm by the current matrix */
Line 2873  double ***hbxij(double ***po, int nhstep Line 3009  double ***hbxij(double ***po, int nhstep
 /*************** log-likelihood *************/  /*************** log-likelihood *************/
 double func( double *x)  double func( double *x)
 {  {
         int i, ii, j, k, mi, d, kk;    int i, ii, j, k, mi, d, kk;
         int ioffset=0;    int ioffset=0;
         double l, ll[NLSTATEMAX+1], cov[NCOVMAX+1];    double l, ll[NLSTATEMAX+1], cov[NCOVMAX+1];
         double **out;    double **out;
         double sw; /* Sum of weights */    double lli; /* Individual log likelihood */
         double lli; /* Individual log likelihood */    int s1, s2;
         int s1, s2;    int iv=0, iqv=0, itv=0, iqtv=0 ; /* Index of varying covariate, fixed quantitative cov, time varying covariate, quantitative time varying covariate */
         int iv=0, iqv=0, itv=0, iqtv=0 ; /* Index of varying covariate, fixed quantitative cov, time varying covariate */    double bbh, survp;
         double bbh, survp;    long ipmx;
         long ipmx;    double agexact;
         double agexact;    /*extern weight */
         /*extern weight */    /* We are differentiating ll according to initial status */
         /* We are differentiating ll according to initial status */    /*  for (i=1;i<=npar;i++) printf("%f ", x[i]);*/
         /*  for (i=1;i<=npar;i++) printf("%f ", x[i]);*/    /*for(i=1;i<imx;i++) 
         /*for(i=1;i<imx;i++)       printf(" %d\n",s[4][i]);
                 printf(" %d\n",s[4][i]);    */
         */  
   
         ++countcallfunc;    ++countcallfunc;
   
         cov[1]=1.;    cov[1]=1.;
   
         for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;    for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;
   ioffset=0;    ioffset=0;
         if(mle==1){    if(mle==1){
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         /* Computes the values of the ncovmodel covariates of the model        /* Computes the values of the ncovmodel covariates of the model
                                  depending if the covariates are fixed or varying (age dependent) and stores them in cov[]           depending if the covariates are fixed or varying (age dependent) and stores them in cov[]
                                  Then computes with function pmij which return a matrix p[i][j] giving the elementary probability           Then computes with function pmij which return a matrix p[i][j] giving the elementary probability
                                  to be observed in j being in i according to the model.           to be observed in j being in i according to the model.
                         */        */
                         ioffset=2+nagesqr+cptcovage;        ioffset=2+nagesqr+cptcovage;
                         /* for (k=1; k<=cptcovn;k++){ /\* Simple and product covariates without age* products *\/ */     /* Fixed */
                         for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /* Simple and product covariates without age* products */                          for (k=1; k<=ncovf;k++){ /* Simple and product fixed covariates without age* products */
                                 cov[++ioffset]=covar[Tvar[k]][i];                                  cov[ioffset+TvarFind[k]]=covar[Tvar[TvarFind[k]]][i];/* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, only V1 is fixed (k=6)*/
                         }  
                         for(iqv=1; iqv <= nqveff; iqv++){ /* Quantitatives covariates */  
                                 cov[++ioffset]=coqvar[iqv][i];  
                         }                          }
         /* In model V2+V1*V4+age*V3+V3*V2 Tvar[1] is V2, Tvar[2=V1*V4] 
                         /* In model V2+V1*V4+age*V3+V3*V2 Tvar[1] is V2, Tvar[2=V1*V4]            is 6, Tvar[3=age*V3] should not be computed because of age Tvar[4=V3*V2] 
                                  is 6, Tvar[3=age*V3] should not be computed because of age Tvar[4=V3*V2]            has been calculated etc */
                                  has been calculated etc */        /* For an individual i, wav[i] gives the number of effective waves */
                         /* For an individual i, wav[i] gives the number of effective waves */        /* We compute the contribution to Likelihood of each effective transition
                         /* We compute the contribution to Likelihood of each effective transition           mw[mi][i] is real wave of the mi th effectve wave */
                                  mw[mi][i] is real wave of the mi th effectve wave */        /* Then statuses are computed at each begin and end of an effective wave s1=s[ mw[mi][i] ][i];
                         /* Then statuses are computed at each begin and end of an effective wave s1=s[ mw[mi][i] ][i];           s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                  s2=s[mw[mi+1][i]][i];           And the iv th varying covariate is the cotvar[mw[mi+1][i]][iv][i]
                                  And the iv th varying covariate is the cotvar[mw[mi+1][i]][iv][i]           But if the variable is not in the model TTvar[iv] is the real variable effective in the model:
                                  But if the variable is not in the model TTvar[iv] is the real variable effective in the model:           meaning that decodemodel should be used cotvar[mw[mi+1][i]][TTvar[iv]][i]
                                  meaning that decodemodel should be used cotvar[mw[mi+1][i]][TTvar[iv]][i]        */
                         */        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){                                  for(k=1; k <= ncovv ; k++){ /* Varying  covariates (single and product but no age )*/
                                 for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /* Varying dummy covariates */                                          cov[ioffset+TvarVind[k]]=cotvar[mw[mi][i]][Tvar[TvarVind[k]]][i];
                                         cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][itv][i];  
                                 }  
                                 for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /* Varying quantitatives covariates */  
                                         cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i];  
                                 }                                  }
                                 /* ioffset=2+nagesqr+cptcovn+nqv+ntv+nqtv; */  
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)                                  for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){                                          for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);                                                  oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
Line 2953  double func( double *x) Line 3080  double func( double *x)
                                         oldm=newm;                                          oldm=newm;
                                 } /* end mult */                                  } /* end mult */
                                                                   
                                         /*lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);*/ /* Original formula */                                  /*lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);*/ /* Original formula */
                                 /* But now since version 0.9 we anticipate for bias at large stepm.                                  /* But now since version 0.9 we anticipate for bias at large stepm.
                                  * If stepm is larger than one month (smallest stepm) and if the exact delay                                    * If stepm is larger than one month (smallest stepm) and if the exact delay 
                                  * (in months) between two waves is not a multiple of stepm, we rounded to                                    * (in months) between two waves is not a multiple of stepm, we rounded to 
Line 3017  double func( double *x) Line 3144  double func( double *x)
 /*        else */  /*        else */
 /*          lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]); */  /*          lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]); */
 /* #endif */  /* #endif */
                                         lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);            lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);
                       
                                 } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */          } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */
                                         for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++)             for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++) 
                                                 survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];              survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];
                                         /*survp += out[s1][j]; */            /*survp += out[s1][j]; */
                                         lli= log(survp);            lli= log(survp);
                                 }          }
                                 else if  (s2==-4) {           else if  (s2==-4) { 
                                         for (j=3,survp=0. ; j<=nlstate; j++)              for (j=3,survp=0. ; j<=nlstate; j++)  
                                                 survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];              survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];
                                         lli= log(survp);             lli= log(survp); 
                                 }           } 
                                 else if  (s2==-5) {           else if  (s2==-5) { 
                                         for (j=1,survp=0. ; j<=2; j++)              for (j=1,survp=0. ; j<=2; j++)  
                                                 survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];              survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];
                                         lli= log(survp);             lli= log(survp); 
                                 }           } 
                                 else{          else{
                                         lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */            lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */
                                         /*  lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*(savm[s1][s2])):log((1.+bbh)*out[s1][s2]));*/ /* linear interpolation */            /*  lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*(savm[s1][s2])):log((1.+bbh)*out[s1][s2]));*/ /* linear interpolation */
                                 }           } 
                                 /*lli=(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]);*/          /*lli=(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]);*/
                                 /*if(lli ==000.0)*/          /*if(lli ==000.0)*/
                                 /*printf("bbh= %f lli=%f savm=%f out=%f %d\n",bbh,lli,savm[s1][s2], out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]],i); */          /*printf("bbh= %f lli=%f savm=%f out=%f %d\n",bbh,lli,savm[s1][s2], out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]],i); */
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
                                 /* if (lli < log(mytinydouble)){ */          /* if (lli < log(mytinydouble)){ */
                                 /*   printf("Close to inf lli = %.10lf <  %.10lf i= %d mi= %d, s[%d][i]=%d s1=%d s2=%d\n", lli,log(mytinydouble), i, mi,mw[mi][i], s[mw[mi][i]][i], s1,s2); */          /*   printf("Close to inf lli = %.10lf <  %.10lf i= %d mi= %d, s[%d][i]=%d s1=%d s2=%d\n", lli,log(mytinydouble), i, mi,mw[mi][i], s[mw[mi][i]][i], s1,s2); */
                                 /*   fprintf(ficlog,"Close to inf lli = %.10lf i= %d mi= %d, s[mw[mi][i]][i]=%d\n", lli, i, mi,s[mw[mi][i]][i]); */          /*   fprintf(ficlog,"Close to inf lli = %.10lf i= %d mi= %d, s[mw[mi][i]][i]=%d\n", lli, i, mi,s[mw[mi][i]][i]); */
                                 /* } */          /* } */
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         }  else if(mle==2){    }  else if(mle==2){
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         }            }
                                 for(d=0; d<=dh[mi][i]; d++){          for(d=0; d<=dh[mi][i]; d++){
                                         newm=savm;            newm=savm;
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         cov[2]=agexact;            cov[2]=agexact;
                                         if(nagesqr==1)            if(nagesqr==1)
                                                 cov[3]= agexact*agexact;              cov[3]= agexact*agexact;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                         }            }
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                         savm=oldm;            savm=oldm;
                                         oldm=newm;            oldm=newm;
                                 } /* end mult */          } /* end mult */
               
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm;           bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm; 
                                 lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*(savm[s1][s2])):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* linear interpolation */          lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*(savm[s1][s2])):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* linear interpolation */
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         }  else if(mle==3){  /* exponential inter-extrapolation */    }  else if(mle==3){  /* exponential inter-extrapolation */
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         }            }
                                 for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){          for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
                                         newm=savm;            newm=savm;
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         cov[2]=agexact;            cov[2]=agexact;
                                         if(nagesqr==1)            if(nagesqr==1)
                                                 cov[3]= agexact*agexact;              cov[3]= agexact*agexact;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                         }            }
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                         savm=oldm;            savm=oldm;
                                         oldm=newm;            oldm=newm;
                                 } /* end mult */          } /* end mult */
               
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm;           bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm; 
                                 lli= (savm[s1][s2]>1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* exponential inter-extrapolation */          lli= (savm[s1][s2]>1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* exponential inter-extrapolation */
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         }else if (mle==4){  /* ml=4 no inter-extrapolation */    }else if (mle==4){  /* ml=4 no inter-extrapolation */
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         }            }
                                 for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){          for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
                                         newm=savm;            newm=savm;
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         cov[2]=agexact;            cov[2]=agexact;
                                         if(nagesqr==1)            if(nagesqr==1)
                                                 cov[3]= agexact*agexact;              cov[3]= agexact*agexact;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                         }            }
                   
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                         savm=oldm;            savm=oldm;
                                         oldm=newm;            oldm=newm;
                                 } /* end mult */          } /* end mult */
               
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 if( s2 > nlstate){           if( s2 > nlstate){ 
                                         lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);            lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);
                                 } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */          } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */
                                         for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++)             for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++) 
                                                 survp += out[s1][j];              survp += out[s1][j];
                                         lli= log(survp);            lli= log(survp);
                                 }else{          }else{
                                         lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]); /* Original formula */            lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]); /* Original formula */
                                 }          }
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
 /*      printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]); */  /*      printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]); */
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         }else{  /* ml=5 no inter-extrapolation no jackson =0.8a */    }else{  /* ml=5 no inter-extrapolation no jackson =0.8a */
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         }            }
                                 for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){          for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
                                         newm=savm;            newm=savm;
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         cov[2]=agexact;            cov[2]=agexact;
                                         if(nagesqr==1)            if(nagesqr==1)
                                                 cov[3]= agexact*agexact;              cov[3]= agexact*agexact;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                         }            }
                   
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                         savm=oldm;            savm=oldm;
                                         oldm=newm;            oldm=newm;
                                 } /* end mult */          } /* end mult */
               
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]); /* Original formula */          lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]); /* Original formula */
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
                                 /*printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]);*/          /*printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]);*/
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         } /* End of if */    } /* End of if */
         for(k=1,l=0.; k<=nlstate; k++) l += ll[k];    for(k=1,l=0.; k<=nlstate; k++) l += ll[k];
         /* printf("l1=%f l2=%f ",ll[1],ll[2]); */    /* printf("l1=%f l2=%f ",ll[1],ll[2]); */
         l= l*ipmx/sw; /* To get the same order of magnitude as if weight=1 for every body */    l= l*ipmx/sw; /* To get the same order of magnitude as if weight=1 for every body */
         return -l;    return -l;
 }  }
   
 /*************** log-likelihood *************/  /*************** log-likelihood *************/
 double funcone( double *x)  double funcone( double *x)
 {  {
   /* Same as likeli but slower because of a lot of printf and if */    /* Same as func but slower because of a lot of printf and if */
   int i, ii, j, k, mi, d, kk;    int i, ii, j, k, mi, d, kk;
         int ioffset=0;    int ioffset=0;
   double l, ll[NLSTATEMAX+1], cov[NCOVMAX+1];    double l, ll[NLSTATEMAX+1], cov[NCOVMAX+1];
   double **out;    double **out;
   double lli; /* Individual log likelihood */    double lli; /* Individual log likelihood */
   double llt;    double llt;
   int s1, s2;    int s1, s2;
         int iv=0, iqv=0, itv=0, iqtv=0 ; /* Index of varying covariate, fixed quantitative cov, time varying covariate */    int iv=0, iqv=0, itv=0, iqtv=0 ; /* Index of varying covariate, fixed quantitative cov, time varying covariate, quantitative time varying covariate */
   
   double bbh, survp;    double bbh, survp;
   double agexact;    double agexact;
   double agebegin, ageend;    double agebegin, ageend;
Line 3226  double funcone( double *x) Line 3354  double funcone( double *x)
   for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;    for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;
   ioffset=0;    ioffset=0;
   for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){    for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                 ioffset=2+nagesqr+cptcovage;      ioffset=2+nagesqr+cptcovage;
       /* Fixed */
     /* for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i]; */      /* for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i]; */
                 for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /* Simple and product covariates without age* products */      /* for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /\* Simple and product fixed Dummy covariates without age* products *\/ */
                         cov[++ioffset]=covar[Tvar[k]][i];      for (k=1; k<=ncovf;k++){ /* Simple and product fixed covariates without age* products */
                 }        cov[ioffset+TvarFind[k]]=covar[Tvar[TvarFind[k]]][i];/* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, only V1 is fixed (k=6)*/
                 for(iqv=1; iqv <= nqveff; iqv++){ /* Quantitatives covariates */  /*    cov[ioffset+TvarFind[1]]=covar[Tvar[TvarFind[1]]][i];  */
                         cov[++ioffset]=coqvar[iqv][i];  /*    cov[2+6]=covar[Tvar[6]][i];  */
                 }  /*    cov[2+6]=covar[2][i]; V2  */
   /*    cov[TvarFind[2]]=covar[Tvar[TvarFind[2]]][i];  */
   /*    cov[2+7]=covar[Tvar[7]][i];  */
   /*    cov[2+7]=covar[7][i]; V7=V1*V2  */
   /*    cov[TvarFind[3]]=covar[Tvar[TvarFind[3]]][i];  */
   /*    cov[2+9]=covar[Tvar[9]][i];  */
   /*    cov[2+9]=covar[1][i]; V1  */
       }
       /* for (k=1; k<=nqfveff;k++){ /\* Simple and product fixed Quantitative covariates without age* products *\/ */
       /*   cov[++ioffset]=coqvar[TvarFQ[k]][i];/\* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, only V2 and V1*V2 is fixed (k=6 and 7?)*\/ */
       /* } */
       /* for(iqv=1; iqv <= nqfveff; iqv++){ /\* Quantitative fixed covariates *\/ */
       /*   cov[++ioffset]=coqvar[Tvar[iqv]][i]; /\* Only V2 k=6 and V1*V2 7 *\/ */
       /* } */
       
   
     for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){      for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){  /* Varying with waves */
                         for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /* Varying dummy covariates */      /* Wave varying (but not age varying) */
                                 cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][itv][i];        for(k=1; k <= ncovv ; k++){ /* Varying  covariates (single and product but no age )*/
                         }                                  cov[ioffset+TvarVind[k]]=cotvar[mw[mi][i]][Tvar[TvarVind[k]]][i];
                         for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /* Varying quantitatives covariates */  
                                 cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i];  
                         }                          }
         /* for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /\* Varying dummy covariates (single??)*\/ */
                                   /* iv= Tvar[Tmodelind[ioffset-2-nagesqr-cptcovage+itv]]-ncovcol-nqv; /\* Counting the # varying covariate from 1 to ntveff *\/ */
                                   /* cov[ioffset+iv]=cotvar[mw[mi][i]][iv][i]; */
                                   /* k=ioffset-2-nagesqr-cptcovage+itv; /\* position in simple model *\/ */
                                   /* cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i]; */
                                   /* printf(" i=%d,mi=%d,itv=%d,TmodelInvind[itv]=%d,cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i]=%f\n", i, mi, itv, TmodelInvind[itv],cotvar[mw[mi][i]][TmodelInvind[itv]][i]); */
         /* for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /\* Varying quantitatives covariates *\/ */
                           /*      iv=TmodelInvQind[iqtv]; /\* Counting the # varying covariate from 1 to ntveff *\/ */
                           /*      /\* printf(" i=%d,mi=%d,iqtv=%d,TmodelInvQind[iqtv]=%d,cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i]=%f\n", i, mi, iqtv, TmodelInvQind[iqtv],cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i]); *\/ */
                           /*      cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][TmodelInvQind[iqtv]][i]; */
         /* } */
       for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)        for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                 for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){                                  for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                         oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);                                          oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
Line 3261  double funcone( double *x) Line 3413  double funcone( double *x)
                                 for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {                                  for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                         cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;                                          cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                 }                                  }
                                                                   /* printf("i=%d,mi=%d,d=%d,mw[mi][i]=%d\n",i, mi,d,mw[mi][i]); */
                                 /* savm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate); */                                  /* savm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate); */
                                 out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,                                  out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                  1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                                                                                   1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
Line 3314  double funcone( double *x) Line 3466  double funcone( double *x)
                                 }                                  }
                                 fprintf(ficresilk," %10.6f\n", -llt);                                  fprintf(ficresilk," %10.6f\n", -llt);
       }        }
     } /* end of wave */          } /* end of wave */
   } /* end of individual */  } /* end of individual */
   for(k=1,l=0.; k<=nlstate; k++) l += ll[k];  for(k=1,l=0.; k<=nlstate; k++) l += ll[k];
   /* printf("l1=%f l2=%f ",ll[1],ll[2]); */  /* printf("l1=%f l2=%f ",ll[1],ll[2]); */
   l= l*ipmx/sw; /* To get the same order of magnitude as if weight=1 for every body */  l= l*ipmx/sw; /* To get the same order of magnitude as if weight=1 for every body */
   if(globpr==0){ /* First time we count the contributions and weights */  if(globpr==0){ /* First time we count the contributions and weights */
     gipmx=ipmx;          gipmx=ipmx;
     gsw=sw;          gsw=sw;
   }  }
   return -l;  return -l;
 }  }
   
   
Line 3819  void pstamp(FILE *fichier) Line 3971  void pstamp(FILE *fichier)
 }  }
   
 /************ Frequencies ********************/  /************ Frequencies ********************/
  void  freqsummary(char fileres[], int iagemin, int iagemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, \  void  freqsummary(char fileres[], int iagemin, int iagemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, \
                                                                          int *Tvaraff, int *invalidvarcomb, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, char strstart[],  \                    int *Tvaraff, int *invalidvarcomb, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, char strstart[], \
                                                                          int firstpass,  int lastpass, int stepm, int weightopt, char model[])                    int firstpass,  int lastpass, int stepm, int weightopt, char model[])
  {  /* Some frequencies */  {  /* Some frequencies */
       
          int i, m, jk, j1, bool, z1,j;    int i, m, jk, j1, bool, z1,j, k, iv;
          int iind=0, iage=0;    int iind=0, iage=0;
          int mi; /* Effective wave */    int mi; /* Effective wave */
          int first;    int first;
          double ***freq; /* Frequencies */    double ***freq; /* Frequencies */
          double *meanq;    double *meanq;
          double **meanqt;    double **meanqt;
          double *pp, **prop, *posprop, *pospropt;    double *pp, **prop, *posprop, *pospropt;
          double pos=0., posproptt=0., pospropta=0., k2, dateintsum=0,k2cpt=0;    double pos=0., posproptt=0., pospropta=0., k2, dateintsum=0,k2cpt=0;
          char fileresp[FILENAMELENGTH], fileresphtm[FILENAMELENGTH], fileresphtmfr[FILENAMELENGTH];    char fileresp[FILENAMELENGTH], fileresphtm[FILENAMELENGTH], fileresphtmfr[FILENAMELENGTH];
          double agebegin, ageend;    double agebegin, ageend;
           
          pp=vector(1,nlstate);    pp=vector(1,nlstate);
          prop=matrix(1,nlstate,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);     prop=matrix(1,nlstate,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE); 
          posprop=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state per age */     posprop=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state per age */ 
          pospropt=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state */     pospropt=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state */ 
          /* prop=matrix(1,nlstate,iagemin,iagemax+3); */    /* prop=matrix(1,nlstate,iagemin,iagemax+3); */
          meanq=vector(1,nqveff);    meanq=vector(1,nqfveff); /* Number of Quantitative Fixed Variables Effective */
          meanqt=matrix(1,lastpass,1,nqtveff);    meanqt=matrix(1,lastpass,1,nqtveff);
          strcpy(fileresp,"P_");    strcpy(fileresp,"P_");
          strcat(fileresp,fileresu);    strcat(fileresp,fileresu);
          /*strcat(fileresphtm,fileresu);*/    /*strcat(fileresphtm,fileresu);*/
          if((ficresp=fopen(fileresp,"w"))==NULL) {    if((ficresp=fopen(fileresp,"w"))==NULL) {
                  printf("Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);      printf("Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);
                  fprintf(ficlog,"Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);      fprintf(ficlog,"Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);
                  exit(0);      exit(0);
          }    }
   
          strcpy(fileresphtm,subdirfext(optionfilefiname,"PHTM_",".htm"));    strcpy(fileresphtm,subdirfext(optionfilefiname,"PHTM_",".htm"));
          if((ficresphtm=fopen(fileresphtm,"w"))==NULL) {    if((ficresphtm=fopen(fileresphtm,"w"))==NULL) {
                  printf("Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));      printf("Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));
                  fprintf(ficlog,"Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));      fprintf(ficlog,"Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));
                  fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
                  exit(70);       exit(70); 
          }    }
          else{    else{
                  fprintf(ficresphtm,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_ %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \      fprintf(ficresphtm,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_ %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \
 <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\  <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\
 Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\
                                                  fileresphtm,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);              fileresphtm,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);
          }    }
          fprintf(ficresphtm,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies and prevalence by age at begin of transition</h4>\n",fileresphtm, fileresphtm);    fprintf(ficresphtm,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies and prevalence by age at begin of transition</h4>\n",fileresphtm, fileresphtm);
           
          strcpy(fileresphtmfr,subdirfext(optionfilefiname,"PHTMFR_",".htm"));    strcpy(fileresphtmfr,subdirfext(optionfilefiname,"PHTMFR_",".htm"));
          if((ficresphtmfr=fopen(fileresphtmfr,"w"))==NULL) {    if((ficresphtmfr=fopen(fileresphtmfr,"w"))==NULL) {
                  printf("Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));      printf("Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));
                  fprintf(ficlog,"Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));      fprintf(ficlog,"Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));
                  fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
                  exit(70);       exit(70); 
          }    }
          else{    else{
                  fprintf(ficresphtmfr,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_Frequency table %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \      fprintf(ficresphtmfr,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_Frequency table %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \
 <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\  <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\
 Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\
                                                  fileresphtmfr,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);              fileresphtmfr,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);
          }    }
          fprintf(ficresphtmfr,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies of all effective transitions by age at begin of transition </h4>Unknown status is -1<br/>\n",fileresphtmfr, fileresphtmfr);    fprintf(ficresphtmfr,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies of all effective transitions by age at begin of transition </h4>Unknown status is -1<br/>\n",fileresphtmfr, fileresphtmfr);
   
          freq= ma3x(-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);  
          j1=0;  
     
          j=ncoveff;  
          if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}  
   
          first=1;  
   
          /* Detects if a combination j1 is empty: for a multinomial variable like 3 education levels:  
                         reference=low_education V1=0,V2=0  
                         med_educ                V1=1 V2=0,   
                         high_educ               V1=0 V2=1  
                         Then V1=1 and V2=1 is a noisy combination that we want to exclude for the list 2**cptcoveff   
          */  
   
          for (j1 = 1; j1 <= (int) pow(2,j); j1++){ /* Loop on covariates combination excluding varying and quantitatives */  
                  posproptt=0.;  
                  /*printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d", cptcoveff,Tvaraff[1]);  
                          scanf("%d", i);*/  
                  for (i=-5; i<=nlstate+ndeath; i++)    
                          for (jk=-5; jk<=nlstate+ndeath; jk++)    
                                  for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)  
                                          freq[i][jk][m]=0;  
         
                  for (i=1; i<=nlstate; i++)  {  
                          for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)  
                                  prop[i][m]=0;  
                          posprop[i]=0;  
                          pospropt[i]=0;  
                  }  
                  for (z1=1; z1<= nqveff; z1++) {    
                          meanq[z1]+=0.;  
                          for(m=1;m<=lastpass;m++){  
                                  meanqt[m][z1]=0.;  
                          }  
                  }  
         
                  dateintsum=0;  
                  k2cpt=0;  
      /* For that comination of covariate j1, we count and print the frequencies */  
                  for (iind=1; iind<=imx; iind++) { /* For each individual iind */  
                          bool=1;  
                          if (nqveff >0) { /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */  
                                  for (z1=1; z1<= nqveff; z1++) {    
                                          meanq[z1]+=coqvar[Tvar[z1]][iind];  
                                  }  
                                  for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++) {    
                                          /* if(Tvaraff[z1] ==-20){ */  
                                          /*      /\* sumnew+=cotvar[mw[mi][iind]][z1][iind]; *\/ */  
                                          /* }else  if(Tvaraff[z1] ==-10){ */  
                                          /*      /\* sumnew+=coqvar[z1][iind]; *\/ */  
                                          /* }else  */  
                                          if (covar[Tvaraff[z1]][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]){  
                                                  /* Tests if this individual i responded to j1 (V4=1 V3=0) */  
                                                  bool=0;  
                                                  /* printf("bool=%d i=%d, z1=%d, Tvaraff[%d]=%d, covar[Tvarff][%d]=%2f, codtabm(%d,%d)=%d, nbcode[Tvaraff][codtabm(%d,%d)=%d, j1=%d\n",   
                 bool,i,z1, z1, Tvaraff[z1],i,covar[Tvaraff[z1]][i],j1,z1,codtabm(j1,z1),  
                 j1,z1,nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)],j1);*/  
                                                  /* For j1=7 in V1+V2+V3+V4 = 0 1 1 0 and codtabm(7,3)=1 and nbcde[3][?]=1*/  
                                          }   
                                  } /* end z1 */  
                          } /* cptcovn > 0 */  
   
                          if (bool==1){ /* We selected an individual iin satisfying combination j1 */  
                                  /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){ */  
                                  for(mi=1; mi<wav[iind];mi++){  
                                          m=mw[mi][iind];  
                                          /* dh[m][iind] or dh[mw[mi][iind]][iind] is the delay between two effective (mi) waves m=mw[mi][iind]  
                                                         and mw[mi+1][iind]. dh depends on stepm. */  
                                          agebegin=agev[m][iind]; /* Age at beginning of wave before transition*/  
                                          ageend=agev[m][iind]+(dh[m][iind])*stepm/YEARM; /* Age at end of wave and transition */  
                                          if(m >=firstpass && m <=lastpass){  
                                                  k2=anint[m][iind]+(mint[m][iind]/12.);  
                                                  /*if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {*/  
                                                  if(agev[m][iind]==0) agev[m][iind]=iagemax+1;  /* All ages equal to 0 are in iagemax+1 */  
                                                  if(agev[m][iind]==1) agev[m][iind]=iagemax+2;  /* All ages equal to 1 are in iagemax+2 */  
                                                  if (s[m][iind]>0 && s[m][iind]<=nlstate)  /* If status at wave m is known and a live state */  
                                                          prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind];  /* At age of beginning of transition, where status is known */  
                                                  if (m<lastpass) {  
                                                          /* if(s[m][iind]==4 && s[m+1][iind]==4) */  
                                                          /*   printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind]); */  
                                                          if(s[m][iind]==-1)  
                                                                  printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d agebegin=%.2f ageend=%.2f, agemed=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind],agebegin, ageend, (int)((agebegin+ageend)/2.));  
                                                          freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind]; /* At age of beginning of transition, where status is known */  
                                                          /* freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)((agebegin+ageend)/2.)] += weight[iind]; */  
                                                          freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][iagemax+3] += weight[iind]; /* Total is in iagemax+3 *//* At age of beginning of transition, where status is known */  
                                                  }  
                                          }    
                                          if ((agev[m][iind]>1) && (agev[m][iind]< (iagemax+3)) && (anint[m][iind]!=9999) && (mint[m][iind]!=99)) {  
                                                  dateintsum=dateintsum+k2;  
                                                  k2cpt++;  
                                                  /* printf("iind=%ld dateintmean = %lf dateintsum=%lf k2cpt=%lf k2=%lf\n",iind, dateintsum/k2cpt, dateintsum,k2cpt, k2); */  
                                          }  
                                          /*}*/  
                                  } /* end m */  
                          } /* end bool */  
                  } /* end iind = 1 to imx */  
        /* prop[s][age] is feeded for any initial and valid live state as well as  
                                         freq[s1][s2][age] at single age of beginning the transition, for a combination j1 */  
   
   
                  /*      fprintf(ficresp, "#Count between %.lf/%.lf/%.lf and %.lf/%.lf/%.lf\n",jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2);*/  
                  pstamp(ficresp);  
                  if  (ncoveff>0) {  
                          fprintf(ficresp, "\n#********** Variable ");   
                          fprintf(ficresphtm, "\n<br/><br/><h3>********** Variable ");   
                          fprintf(ficresphtmfr, "\n<br/><br/><h3>********** Variable ");   
                          for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++){  
                                  fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);  
                                  fprintf(ficresphtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);  
                                  fprintf(ficresphtmfr, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);  
                          }  
                          fprintf(ficresp, "**********\n#");  
                          fprintf(ficresphtm, "**********</h3>\n");  
                          fprintf(ficresphtmfr, "**********</h3>\n");  
                          fprintf(ficlog, "\n#********** Variable ");   
                          for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++) fprintf(ficlog, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);  
                          fprintf(ficlog, "**********\n");  
                  }  
                  fprintf(ficresphtm,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");  
                  for(i=1; i<=nlstate;i++) {  
                          fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);  
                          fprintf(ficresphtm, "<th>Age</th><th>Prev(%d)</th><th>N(%d)</th><th>N</th>",i,i);  
                  }  
                  fprintf(ficresp, "\n");  
                  fprintf(ficresphtm, "\n");  
         
                  /* Header of frequency table by age */  
                  fprintf(ficresphtmfr,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");  
                  fprintf(ficresphtmfr,"<th>Age</th> ");  
                  for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){  
                          for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){  
                                  if(jk!=0 && m!=0)  
                                          fprintf(ficresphtmfr,"<th>%d%d</th> ",jk,m);  
                          }  
                  }  
                  fprintf(ficresphtmfr, "\n");  
         
                  /* For each age */  
                  for(iage=iagemin; iage <= iagemax+3; iage++){  
                          fprintf(ficresphtm,"<tr>");  
                          if(iage==iagemax+1){  
                                  fprintf(ficlog,"1");  
                                  fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>0</th> ");  
                          }else if(iage==iagemax+2){  
                                  fprintf(ficlog,"0");  
                                  fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Unknown</th> ");  
                          }else if(iage==iagemax+3){  
                                  fprintf(ficlog,"Total");  
                                  fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Total</th> ");  
                          }else{  
                                  if(first==1){  
                                          first=0;  
                                          printf("See log file for details...\n");  
                                  }  
                                  fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>%d</th> ",iage);  
                                  fprintf(ficlog,"Age %d", iage);  
                          }  
                          for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){  
                                  for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)  
                                          pp[jk] += freq[jk][m][iage];   
                          }  
                          for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){  
                                  for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)  
                                          pos += freq[jk][m][iage];  
                                  if(pp[jk]>=1.e-10){  
                                          if(first==1){  
                                                  printf(" %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);  
                                          }  
                                          fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);  
                                  }else{  
                                          if(first==1)  
                                                  printf(" %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);  
                                          fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);  
                                  }  
                          }  
   
                          for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){   
                                  /* posprop[jk]=0; */  
                                  for(m=0, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)/* Summing on all ages */  
                                          pp[jk] += freq[jk][m][iage];  
                          }      /* pp[jk] is the total number of transitions starting from state jk and any ending status until this age */  
   
                          for(jk=1,pos=0, pospropta=0.; jk <=nlstate ; jk++){  
                                  pos += pp[jk]; /* pos is the total number of transitions until this age */  
                                  posprop[jk] += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state  
                                                                                                                                                                          from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */  
                                  pospropta += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state  
                                                                                                                                                                          from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */  
                          }  
                          for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){  
                                  if(pos>=1.e-5){  
                                          if(first==1)  
                                                  printf(" %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);  
                                          fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);  
                                  }else{  
                                          if(first==1)  
                                                  printf(" %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);  
                                          fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);  
                                  }  
                                  if( iage <= iagemax){  
                                          if(pos>=1.e-5){  
                                                  fprintf(ficresp," %d %.5f %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);  
                                                  fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);  
                                                  /*probs[iage][jk][j1]= pp[jk]/pos;*/  
                                                  /*printf("\niage=%d jk=%d j1=%d %.5f %.0f %.0f %f",iage,jk,j1,pp[jk]/pos, pp[jk],pos,probs[iage][jk][j1]);*/  
                                          }  
                                          else{  
                                                  fprintf(ficresp," %d NaNq %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage],pospropta);  
                                                  fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>NaNq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage, prop[jk][iage],pospropta);  
                                          }  
                                  }  
                                  pospropt[jk] +=posprop[jk];  
                          } /* end loop jk */  
                          /* pospropt=0.; */  
                          for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){  
                                  for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){  
                                          if(freq[jk][m][iage] !=0 ) { /* minimizing output */  
                                                  if(first==1){  
                                                          printf(" %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);  
                                                  }  
                                                  fprintf(ficlog," %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);  
                                          }  
                                          if(jk!=0 && m!=0)  
                                                  fprintf(ficresphtmfr,"<td>%.0f</td> ",freq[jk][m][iage]);  
                                  }  
                          } /* end loop jk */  
                          posproptt=0.;   
                          for(jk=1; jk <=nlstate; jk++){  
                                  posproptt += pospropt[jk];  
                          }  
                          fprintf(ficresphtmfr,"</tr>\n ");  
                          if(iage <= iagemax){  
                                  fprintf(ficresp,"\n");  
                                  fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");  
                          }  
                          if(first==1)  
                                  printf("Others in log...\n");  
                          fprintf(ficlog,"\n");  
                  } /* end loop age iage */  
                  fprintf(ficresphtm,"<tr><th>Tot</th>");  
                  for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){  
                          if(posproptt < 1.e-5){  
                                  fprintf(ficresphtm,"<td>Nanq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk],posproptt);    
                          }else{  
                                  fprintf(ficresphtm,"<td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk]/posproptt,pospropt[jk],posproptt);     
                          }  
                  }  
                  fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");  
                  fprintf(ficresphtm,"</table>\n");  
                  fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");  
                  if(posproptt < 1.e-5){  
                          fprintf(ficresphtm,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);  
                          fprintf(ficresphtmfr,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);  
                          fprintf(ficres,"\n  This combination (%d) is not valid and no result will be produced\n\n",j1);  
                          invalidvarcomb[j1]=1;  
                  }else{  
                          fprintf(ficresphtm,"\n <p> This combination (%d) is valid and result will be produced.</p>",j1);  
                          invalidvarcomb[j1]=0;  
                  }  
                  fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");  
          } /* end selected combination of covariate j1 */  
          dateintmean=dateintsum/k2cpt;   
                    
          fclose(ficresp);  
          fclose(ficresphtm);  
          fclose(ficresphtmfr);  
          free_vector(meanq,1,nqveff);  
          free_matrix(meanqt,1,lastpass,1,nqtveff);  
          free_ma3x(freq,-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath, iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);  
          free_vector(pospropt,1,nlstate);  
          free_vector(posprop,1,nlstate);  
          free_matrix(prop,1,nlstate,iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);  
          free_vector(pp,1,nlstate);  
          /* End of freqsummary */  
  }  
   
 /************ Prevalence ********************/    freq= ma3x(-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);
  void prevalence(double ***probs, double agemin, double agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass)    j1=0;
  {    
    /* Compute observed prevalence between dateprev1 and dateprev2 by counting the number of people  
       in each health status at the date of interview (if between dateprev1 and dateprev2).  
       We still use firstpass and lastpass as another selection.  
    */  
    
    int i, m, jk, j1, bool, z1,j;  
    int mi; /* Effective wave */  
    int iage;  
    double agebegin, ageend;  
   
    double **prop;  
    double posprop;   
    double  y2; /* in fractional years */  
    int iagemin, iagemax;  
    int first; /** to stop verbosity which is redirected to log file */  
   
    iagemin= (int) agemin;  
    iagemax= (int) agemax;  
    /*pp=vector(1,nlstate);*/  
    prop=matrix(1,nlstate,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);   
    /*  freq=ma3x(-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath,iagemin,iagemax+3);*/  
    j1=0;  
     
    /*j=cptcoveff;*/  
    if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}  
     
    first=1;  
    for(j1=1; j1<= (int) pow(2,nqveff);j1++){ /* For each combination of covariate */  
      for (i=1; i<=nlstate; i++)    
        for(iage=iagemin-AGEMARGE; iage <= iagemax+3+AGEMARGE; iage++)  
          prop[i][iage]=0.0;  
       
      for (i=1; i<=imx; i++) { /* Each individual */  
        bool=1;  
        if  (cptcovn>0) {  /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */  
          for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) /* For each covariate, look at the value for individual i and checks if it is equal to the corresponding value of this covariate according to current combination j1*/  
            if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)])   
              bool=0;  
        }   
        if (bool==1) { /* For this combination of covariates values, this individual fits */  
          /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){/\* Other selection (we can limit to certain interviews*\/ */  
          for(mi=1; mi<wav[i];mi++){  
            m=mw[mi][i];  
            agebegin=agev[m][i]; /* Age at beginning of wave before transition*/  
            /* ageend=agev[m][i]+(dh[m][i])*stepm/YEARM; /\* Age at end of wave and transition *\/ */  
            if(m >=firstpass && m <=lastpass){  
              y2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.); /* Fractional date in year */  
              if ((y2>=dateprev1) && (y2<=dateprev2)) { /* Here is the main selection (fractional years) */  
                if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=iagemax+1;  
                if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=iagemax+2;  
                if((int)agev[m][i] <iagemin-AGEMARGE || (int)agev[m][i] >iagemax+3+AGEMARGE){  
                  printf("Error on individual # %d agev[m][i]=%f <%d-%d or > %d+3+%d  m=%d; either change agemin or agemax or fix data\n",i, agev[m][i],iagemin,AGEMARGE, iagemax,AGEMARGE,m);   
                  exit(1);  
                }  
                if (s[m][i]>0 && s[m][i]<=nlstate) {   
                  /*if(i>4620) printf(" i=%d m=%d s[m][i]=%d (int)agev[m][i]=%d weight[i]=%f prop=%f\n",i,m,s[m][i],(int)agev[m][m],weight[i],prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]]);*/  
                  prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];/* At age of beginning of transition, where status is known */  
                  prop[s[m][i]][iagemax+3] += weight[i];   
                } /* end valid statuses */   
              } /* end selection of dates */  
            } /* end selection of waves */  
          } /* end effective waves */  
        } /* end bool */  
      }  
      for(i=iagemin; i <= iagemax+3; i++){    
        for(jk=1,posprop=0; jk <=nlstate ; jk++) {   
          posprop += prop[jk][i];   
        }   
         
        for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){        
          if( i <=  iagemax){   
            if(posprop>=1.e-5){   
              probs[i][jk][j1]= prop[jk][i]/posprop;  
            } else{  
              if(first==1){  
                first=0;  
                printf("Warning Observed prevalence probs[%d][%d][%d]=%lf because of lack of cases\nSee others on log file...\n",jk,i,j1,probs[i][jk][j1]);  
              }  
            }  
          }   
        }/* end jk */   
      }/* end i */   
      /*} *//* end i1 */  
    } /* end j1 */  
       
    /*  free_ma3x(freq,-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath, iagemin, iagemax+3);*/    /* j=ncoveff;  /\* Only fixed dummy covariates *\/ */
    /*free_vector(pp,1,nlstate);*/    j=cptcoveff;  /* Only dummy covariates of the model */
    free_matrix(prop,1,nlstate, iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);    if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}
  }  /* End of prevalence */  
   
 /************* Waves Concatenation ***************/    first=1;
   
 void  concatwav(int wav[], int **dh, int **bh,  int **mw, int **s, double *agedc, double **agev, int  firstpass, int lastpass, int imx, int nlstate, int stepm)    /* Detects if a combination j1 is empty: for a multinomial variable like 3 education levels:
 {       reference=low_education V1=0,V2=0
   /* Concatenates waves: wav[i] is the number of effective (useful waves) of individual i.       med_educ                V1=1 V2=0, 
      Death is a valid wave (if date is known).       high_educ               V1=0 V2=1
      mw[mi][i] is the mi (mi=1 to wav[i])  effective wave of individual i       Then V1=1 and V2=1 is a noisy combination that we want to exclude for the list 2**cptcoveff 
      dh[m][i] or dh[mw[mi][i]][i] is the delay between two effective waves m=mw[mi][i]    */
      and mw[mi+1][i]. dh depends on stepm.  
      */  
   
   int i=0, mi=0, m=0, mli=0;    for (j1 = 1; j1 <= (int) pow(2,j); j1++){ /* Loop on covariates combination in order of model, excluding quantitatives V4=0, V3=0 for example, fixed or varying covariates */
   /* int j, k=0,jk, ju, jl,jmin=1e+5, jmax=-1;      posproptt=0.;
       /*printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d", cptcoveff,Tvaraff[1]);
         scanf("%d", i);*/
       for (i=-5; i<=nlstate+ndeath; i++)  
         for (jk=-5; jk<=nlstate+ndeath; jk++)  
                                   for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)
                                           freq[i][jk][m]=0;
                   
       for (i=1; i<=nlstate; i++)  {
         for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)
                                   prop[i][m]=0;
         posprop[i]=0;
         pospropt[i]=0;
       }
       /* for (z1=1; z1<= nqfveff; z1++) {   */
       /*   meanq[z1]+=0.; */
       /*   for(m=1;m<=lastpass;m++){ */
       /*  meanqt[m][z1]=0.; */
       /*   } */
       /* } */
                   
       dateintsum=0;
       k2cpt=0;
       /* For that combination of covariate j1, we count and print the frequencies in one pass */
       for (iind=1; iind<=imx; iind++) { /* For each individual iind */
         bool=1;
         if(anyvaryingduminmodel==0){ /* If All fixed covariates */
                                   if (cptcoveff >0) { /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */
             /* for (z1=1; z1<= nqfveff; z1++) {   */
             /*   meanq[z1]+=coqvar[Tvar[z1]][iind];  /\* Computes mean of quantitative with selected filter *\/ */
             /* } */
                                           for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) {  
                                                   /* if(Tvaraff[z1] ==-20){ */
                                                   /*       /\* sumnew+=cotvar[mw[mi][iind]][z1][iind]; *\/ */
                                                   /* }else  if(Tvaraff[z1] ==-10){ */
                                                   /*       /\* sumnew+=coqvar[z1][iind]; *\/ */
                                                   /* }else  */
                                                   if (covar[Tvaraff[z1]][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]){
                                                           /* Tests if this individual iind responded to j1 (V4=1 V3=0) */
                                                           bool=0;
                                                           /* printf("bool=%d i=%d, z1=%d, Tvaraff[%d]=%d, covar[Tvarff][%d]=%2f, codtabm(%d,%d)=%d, nbcode[Tvaraff][codtabm(%d,%d)=%d, j1=%d\n", 
                                                                    bool,i,z1, z1, Tvaraff[z1],i,covar[Tvaraff[z1]][i],j1,z1,codtabm(j1,z1),
                                                                    j1,z1,nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)],j1);*/
                                                           /* For j1=7 in V1+V2+V3+V4 = 0 1 1 0 and codtabm(7,3)=1 and nbcde[3][?]=1*/
                                                   } /* Onlyf fixed */
                                           } /* end z1 */
                                   } /* cptcovn > 0 */
         } /* end any */
         if (bool==1){ /* We selected an individual iind satisfying combination j1 or all fixed */
                                   /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){ */
                                   for(mi=1; mi<wav[iind];mi++){ /* For that wave */
                                           m=mw[mi][iind];
                                           if(anyvaryingduminmodel==1){ /* Some are varying covariates */
                                                   for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) {
                                                           if( Fixed[Tmodelind[z1]]==1){
                                                                   iv= Tvar[Tmodelind[z1]]-ncovcol-nqv;
                                                                   if (cotvar[m][iv][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]) /* iv=1 to ntv, right modality */
                                                                           bool=0;
                                                           }else if( Fixed[Tmodelind[z1]]== 0) { /* fixed */
                                                                   if (covar[Tvaraff[z1]][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]) {
                                                                           bool=0;
                                                                   }
                                                           }
                                                   }
                                           }/* Some are varying covariates, we tried to speed up if all fixed covariates in the model, avoiding waves loop  */
                                           /* bool =0 we keep that guy which corresponds to the combination of dummy values */
                                           if(bool==1){
                                                   /* dh[m][iind] or dh[mw[mi][iind]][iind] is the delay between two effective (mi) waves m=mw[mi][iind]
                                                            and mw[mi+1][iind]. dh depends on stepm. */
                                                   agebegin=agev[m][iind]; /* Age at beginning of wave before transition*/
                                                   ageend=agev[m][iind]+(dh[m][iind])*stepm/YEARM; /* Age at end of wave and transition */
                                                   if(m >=firstpass && m <=lastpass){
                                                           k2=anint[m][iind]+(mint[m][iind]/12.);
                                                           /*if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {*/
                                                           if(agev[m][iind]==0) agev[m][iind]=iagemax+1;  /* All ages equal to 0 are in iagemax+1 */
                                                           if(agev[m][iind]==1) agev[m][iind]=iagemax+2;  /* All ages equal to 1 are in iagemax+2 */
                                                           if (s[m][iind]>0 && s[m][iind]<=nlstate)  /* If status at wave m is known and a live state */
                                                                   prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind];  /* At age of beginning of transition, where status is known */
                                                           if (m<lastpass) {
                                                                   /* if(s[m][iind]==4 && s[m+1][iind]==4) */
                                                                   /*   printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind]); */
                                                                   if(s[m][iind]==-1)
                                                                           printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d agebegin=%.2f ageend=%.2f, agemed=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind],agebegin, ageend, (int)((agebegin+ageend)/2.));
                                                                   freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind]; /* At age of beginning of transition, where status is known */
                                                                   /* freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)((agebegin+ageend)/2.)] += weight[iind]; */
                                                                   freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][iagemax+3] += weight[iind]; /* Total is in iagemax+3 *//* At age of beginning of transition, where status is known */
                                                           }
                                                   } /* end if between passes */  
                                                   if ((agev[m][iind]>1) && (agev[m][iind]< (iagemax+3)) && (anint[m][iind]!=9999) && (mint[m][iind]!=99)) {
                                                           dateintsum=dateintsum+k2;
                                                           k2cpt++;
                                                           /* printf("iind=%ld dateintmean = %lf dateintsum=%lf k2cpt=%lf k2=%lf\n",iind, dateintsum/k2cpt, dateintsum,k2cpt, k2); */
                                                   }
                                           } /* end bool 2 */
                                   } /* end m */
         } /* end bool */
       } /* end iind = 1 to imx */
       /* prop[s][age] is feeded for any initial and valid live state as well as
          freq[s1][s2][age] at single age of beginning the transition, for a combination j1 */
                   
                   
       /*      fprintf(ficresp, "#Count between %.lf/%.lf/%.lf and %.lf/%.lf/%.lf\n",jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2);*/
       pstamp(ficresp);
       /* if  (ncoveff>0) { */
       if  (cptcoveff>0) {
         fprintf(ficresp, "\n#********** Variable "); 
         fprintf(ficresphtm, "\n<br/><br/><h3>********** Variable "); 
         fprintf(ficresphtmfr, "\n<br/><br/><h3>********** Variable "); 
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++){
                                   fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
                                   fprintf(ficresphtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
                                   fprintf(ficresphtmfr, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         }
         fprintf(ficresp, "**********\n#");
         fprintf(ficresphtm, "**********</h3>\n");
         fprintf(ficresphtmfr, "**********</h3>\n");
         fprintf(ficlog, "\n#********** Variable "); 
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficlog, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficlog, "**********\n");
       }
       fprintf(ficresphtm,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");
       for(i=1; i<=nlstate;i++) {
         fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);
         fprintf(ficresphtm, "<th>Age</th><th>Prev(%d)</th><th>N(%d)</th><th>N</th>",i,i);
       }
       fprintf(ficresp, "\n");
       fprintf(ficresphtm, "\n");
                   
       /* Header of frequency table by age */
       fprintf(ficresphtmfr,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");
       fprintf(ficresphtmfr,"<th>Age</th> ");
       for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){
         for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){
                                   if(jk!=0 && m!=0)
                                           fprintf(ficresphtmfr,"<th>%d%d</th> ",jk,m);
         }
       }
       fprintf(ficresphtmfr, "\n");
                   
       /* For each age */
       for(iage=iagemin; iage <= iagemax+3; iage++){
         fprintf(ficresphtm,"<tr>");
         if(iage==iagemax+1){
                                   fprintf(ficlog,"1");
                                   fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>0</th> ");
         }else if(iage==iagemax+2){
                                   fprintf(ficlog,"0");
                                   fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Unknown</th> ");
         }else if(iage==iagemax+3){
                                   fprintf(ficlog,"Total");
                                   fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Total</th> ");
         }else{
                                   if(first==1){
                                           first=0;
                                           printf("See log file for details...\n");
                                   }
                                   fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>%d</th> ",iage);
                                   fprintf(ficlog,"Age %d", iage);
         }
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
                                   for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)
                                           pp[jk] += freq[jk][m][iage]; 
         }
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
                                   for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)
                                           pos += freq[jk][m][iage];
                                   if(pp[jk]>=1.e-10){
                                           if(first==1){
                                                   printf(" %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);
                                           }
                                           fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);
                                   }else{
                                           if(first==1)
                                                   printf(" %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
                                           fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
                                   }
         }
                           
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){ 
                                   /* posprop[jk]=0; */
                                   for(m=0, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)/* Summing on all ages */
                                           pp[jk] += freq[jk][m][iage];
         } /* pp[jk] is the total number of transitions starting from state jk and any ending status until this age */
                           
         for(jk=1,pos=0, pospropta=0.; jk <=nlstate ; jk++){
                                   pos += pp[jk]; /* pos is the total number of transitions until this age */
                                   posprop[jk] += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state
                                                                                                                                                                           from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */
                                   pospropta += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state
                                                                                                                                                                   from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */
         }
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
                                   if(pos>=1.e-5){
                                           if(first==1)
                                                   printf(" %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);
                                           fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);
                                   }else{
                                           if(first==1)
                                                   printf(" %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
                                           fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
                                   }
                                   if( iage <= iagemax){
                                           if(pos>=1.e-5){
                                                   fprintf(ficresp," %d %.5f %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);
                                                   fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);
                                                   /*probs[iage][jk][j1]= pp[jk]/pos;*/
                                                   /*printf("\niage=%d jk=%d j1=%d %.5f %.0f %.0f %f",iage,jk,j1,pp[jk]/pos, pp[jk],pos,probs[iage][jk][j1]);*/
                                           }
                                           else{
                                                   fprintf(ficresp," %d NaNq %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage],pospropta);
                                                   fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>NaNq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage, prop[jk][iage],pospropta);
                                           }
                                   }
                                   pospropt[jk] +=posprop[jk];
         } /* end loop jk */
         /* pospropt=0.; */
         for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){
                                   for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){
                                           if(freq[jk][m][iage] !=0 ) { /* minimizing output */
                                                   if(first==1){
                                                           printf(" %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);
                                                   }
                                                   fprintf(ficlog," %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);
                                           }
                                           if(jk!=0 && m!=0)
                                                   fprintf(ficresphtmfr,"<td>%.0f</td> ",freq[jk][m][iage]);
                                   }
         } /* end loop jk */
         posproptt=0.; 
         for(jk=1; jk <=nlstate; jk++){
                                   posproptt += pospropt[jk];
         }
         fprintf(ficresphtmfr,"</tr>\n ");
         if(iage <= iagemax){
                                   fprintf(ficresp,"\n");
                                   fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");
         }
         if(first==1)
                                   printf("Others in log...\n");
         fprintf(ficlog,"\n");
       } /* end loop age iage */
       fprintf(ficresphtm,"<tr><th>Tot</th>");
       for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
         if(posproptt < 1.e-5){
                                   fprintf(ficresphtm,"<td>Nanq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk],posproptt);   
         }else{
                                   fprintf(ficresphtm,"<td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk]/posproptt,pospropt[jk],posproptt);    
         }
       }
       fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");
       fprintf(ficresphtm,"</table>\n");
       fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");
       if(posproptt < 1.e-5){
         fprintf(ficresphtm,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);
         fprintf(ficresphtmfr,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);
         fprintf(ficres,"\n  This combination (%d) is not valid and no result will be produced\n\n",j1);
         invalidvarcomb[j1]=1;
       }else{
         fprintf(ficresphtm,"\n <p> This combination (%d) is valid and result will be produced.</p>",j1);
         invalidvarcomb[j1]=0;
       }
       fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");
     } /* end selected combination of covariate j1 */
     dateintmean=dateintsum/k2cpt; 
           
     fclose(ficresp);
     fclose(ficresphtm);
     fclose(ficresphtmfr);
     free_vector(meanq,1,nqfveff);
     free_matrix(meanqt,1,lastpass,1,nqtveff);
     free_ma3x(freq,-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath, iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);
     free_vector(pospropt,1,nlstate);
     free_vector(posprop,1,nlstate);
     free_matrix(prop,1,nlstate,iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);
     free_vector(pp,1,nlstate);
     /* End of freqsummary */
   }
   
   /************ Prevalence ********************/
   void prevalence(double ***probs, double agemin, double agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass)
   {  
     /* Compute observed prevalence between dateprev1 and dateprev2 by counting the number of people
        in each health status at the date of interview (if between dateprev1 and dateprev2).
        We still use firstpass and lastpass as another selection.
     */
    
     int i, m, jk, j1, bool, z1,j, iv;
     int mi; /* Effective wave */
     int iage;
     double agebegin, ageend;
   
     double **prop;
     double posprop; 
     double  y2; /* in fractional years */
     int iagemin, iagemax;
     int first; /** to stop verbosity which is redirected to log file */
   
     iagemin= (int) agemin;
     iagemax= (int) agemax;
     /*pp=vector(1,nlstate);*/
     prop=matrix(1,nlstate,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE); 
     /*  freq=ma3x(-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath,iagemin,iagemax+3);*/
     j1=0;
     
     /*j=cptcoveff;*/
     if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}
     
     first=1;
     for(j1=1; j1<= (int) pow(2,cptcoveff);j1++){ /* For each combination of covariate */
       for (i=1; i<=nlstate; i++)  
         for(iage=iagemin-AGEMARGE; iage <= iagemax+3+AGEMARGE; iage++)
           prop[i][iage]=0.0;
       printf("Prevalence combination of varying and fixed dummies %d\n",j1);
       /* fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j1],nbcode[Tvaraff[j1]][codtabm(k,j1)]); */
       fprintf(ficlog,"Prevalence combination of varying and fixed dummies %d\n",j1);
       
       for (i=1; i<=imx; i++) { /* Each individual */
         bool=1;
         /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){/\* Other selection (we can limit to certain interviews*\/ */
         for(mi=1; mi<wav[i];mi++){ /* For this wave too look where individual can be counted V4=0 V3=0 */
           m=mw[mi][i];
           /* Tmodelind[z1]=k is the position of the varying covariate in the model, but which # within 1 to ntv? */
           /* Tvar[Tmodelind[z1]] is the n of Vn; n-ncovcol-nqv is the first time varying covariate or iv */
           for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++){
             if( Fixed[Tmodelind[z1]]==1){
               iv= Tvar[Tmodelind[z1]]-ncovcol-nqv;
               if (cotvar[m][iv][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]) /* iv=1 to ntv, right modality */
                 bool=0;
             }else if( Fixed[Tmodelind[z1]]== 0)  /* fixed */
               if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]) {
                 bool=0;
               }
           }
           if(bool==1){ /* Otherwise we skip that wave/person */
             agebegin=agev[m][i]; /* Age at beginning of wave before transition*/
             /* ageend=agev[m][i]+(dh[m][i])*stepm/YEARM; /\* Age at end of wave and transition *\/ */
             if(m >=firstpass && m <=lastpass){
               y2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.); /* Fractional date in year */
               if ((y2>=dateprev1) && (y2<=dateprev2)) { /* Here is the main selection (fractional years) */
                 if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=iagemax+1;
                 if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=iagemax+2;
                 if((int)agev[m][i] <iagemin-AGEMARGE || (int)agev[m][i] >iagemax+3+AGEMARGE){
                   printf("Error on individual # %d agev[m][i]=%f <%d-%d or > %d+3+%d  m=%d; either change agemin or agemax or fix data\n",i, agev[m][i],iagemin,AGEMARGE, iagemax,AGEMARGE,m); 
                   exit(1);
                 }
                 if (s[m][i]>0 && s[m][i]<=nlstate) { 
                   /*if(i>4620) printf(" i=%d m=%d s[m][i]=%d (int)agev[m][i]=%d weight[i]=%f prop=%f\n",i,m,s[m][i],(int)agev[m][m],weight[i],prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]]);*/
                   prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];/* At age of beginning of transition, where status is known */
                   prop[s[m][i]][iagemax+3] += weight[i]; 
                 } /* end valid statuses */ 
               } /* end selection of dates */
             } /* end selection of waves */
           } /* end bool */
         } /* end wave */
       } /* end individual */
       for(i=iagemin; i <= iagemax+3; i++){  
         for(jk=1,posprop=0; jk <=nlstate ; jk++) { 
           posprop += prop[jk][i]; 
         } 
         
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){       
           if( i <=  iagemax){ 
             if(posprop>=1.e-5){ 
               probs[i][jk][j1]= prop[jk][i]/posprop;
             } else{
               if(first==1){
                 first=0;
                 printf("Warning Observed prevalence probs[%d][%d][%d]=%lf because of lack of cases\nSee others in log file...\n",jk,i,j1,probs[i][jk][j1]);
               }
             }
           } 
         }/* end jk */ 
       }/* end i */ 
        /*} *//* end i1 */
     } /* end j1 */
     
     /*  free_ma3x(freq,-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath, iagemin, iagemax+3);*/
     /*free_vector(pp,1,nlstate);*/
     free_matrix(prop,1,nlstate, iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);
   }  /* End of prevalence */
   
   /************* Waves Concatenation ***************/
   
   void  concatwav(int wav[], int **dh, int **bh,  int **mw, int **s, double *agedc, double **agev, int  firstpass, int lastpass, int imx, int nlstate, int stepm)
   {
     /* Concatenates waves: wav[i] is the number of effective (useful waves) of individual i.
        Death is a valid wave (if date is known).
        mw[mi][i] is the mi (mi=1 to wav[i])  effective wave of individual i
        dh[m][i] or dh[mw[mi][i]][i] is the delay between two effective waves m=mw[mi][i]
        and mw[mi+1][i]. dh depends on stepm.
     */
   
     int i=0, mi=0, m=0, mli=0;
     /* int j, k=0,jk, ju, jl,jmin=1e+5, jmax=-1;
      double sum=0., jmean=0.;*/       double sum=0., jmean=0.;*/
   int first=0, firstwo=0, firsthree=0, firstfour=0, firstfiv=0;    int first=0, firstwo=0, firsthree=0, firstfour=0, firstfiv=0;
   int j, k=0,jk, ju, jl;    int j, k=0,jk, ju, jl;
Line 4280  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4460  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
 /* Treating live states */  /* Treating live states */
   for(i=1; i<=imx; i++){  /* For simple cases and if state is death */    for(i=1; i<=imx; i++){  /* For simple cases and if state is death */
     mi=0;  /* First valid wave */      mi=0;  /* First valid wave */
                 mli=0; /* Last valid wave */      mli=0; /* Last valid wave */
     m=firstpass;      m=firstpass;
     while(s[m][i] <= nlstate){  /* a live state */      while(s[m][i] <= nlstate){  /* a live state */
                         if(m >firstpass && s[m][i]==s[m-1][i] && mint[m][i]==mint[m-1][i] && anint[m][i]==anint[m-1][i]){/* Two succesive identical information on wave m */        if(m >firstpass && s[m][i]==s[m-1][i] && mint[m][i]==mint[m-1][i] && anint[m][i]==anint[m-1][i]){/* Two succesive identical information on wave m */
                                 mli=m-1;/* mw[++mi][i]=m-1; */          mli=m-1;/* mw[++mi][i]=m-1; */
                         }else if(s[m][i]>=1 || s[m][i]==-4 || s[m][i]==-5){ /* Since 0.98r4 if status=-2 vital status is really unknown, wave should be skipped */        }else if(s[m][i]>=1 || s[m][i]==-4 || s[m][i]==-5){ /* Since 0.98r4 if status=-2 vital status is really unknown, wave should be skipped */
                                 mw[++mi][i]=m;          mw[++mi][i]=m;
                                 mli=m;          mli=m;
       } /* else might be a useless wave  -1 and mi is not incremented and mw[mi] not updated */        } /* else might be a useless wave  -1 and mi is not incremented and mw[mi] not updated */
       if(m < lastpass){ /* m < lastpass, standard case */        if(m < lastpass){ /* m < lastpass, standard case */
                                 m++; /* mi gives the "effective" current wave, m the current wave, go to next wave by incrementing m */          m++; /* mi gives the "effective" current wave, m the current wave, go to next wave by incrementing m */
       }        }
                         else{ /* m >= lastpass, eventual special issue with warning */        else{ /* m >= lastpass, eventual special issue with warning */
 #ifdef UNKNOWNSTATUSNOTCONTRIBUTING  #ifdef UNKNOWNSTATUSNOTCONTRIBUTING
                                 break;          break;
 #else  #else
                                 if(s[m][i]==-1 && (int) andc[i] == 9999 && (int)anint[m][i] != 9999){          if(s[m][i]==-1 && (int) andc[i] == 9999 && (int)anint[m][i] != 9999){
                                         if(firsthree == 0){            if(firsthree == 0){
                                                 printf("Information! Unknown status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood as pi. .\nOthers in log file only\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);              printf("Information! Unknown status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood as pi. .\nOthers in log file only\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);
                                                 firsthree=1;              firsthree=1;
                                         }            }
                                         fprintf(ficlog,"Information! Unknown status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood as pi. .\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);            fprintf(ficlog,"Information! Unknown status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood as pi. .\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);
                                         mw[++mi][i]=m;            mw[++mi][i]=m;
                                         mli=m;            mli=m;
                                 }          }
                                 if(s[m][i]==-2){ /* Vital status is really unknown */          if(s[m][i]==-2){ /* Vital status is really unknown */
                                         nbwarn++;            nbwarn++;
                                         if((int)anint[m][i] == 9999){  /*  Has the vital status really been verified? */            if((int)anint[m][i] == 9999){  /*  Has the vital status really been verified? */
                                                 printf("Warning! Vital status for individual %ld (line=%d) at last wave %d interviewed at date %d/%d is unknown %d. Please, check if the vital status and the date of death %d/%d are really unknown. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], s[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], i, m);              printf("Warning! Vital status for individual %ld (line=%d) at last wave %d interviewed at date %d/%d is unknown %d. Please, check if the vital status and the date of death %d/%d are really unknown. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], s[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], i, m);
                                                 fprintf(ficlog,"Warning! Vital status for individual %ld (line=%d) at last wave %d interviewed at date %d/%d is unknown %d. Please, check if the vital status and the date of death %d/%d are really unknown. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], s[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], i, m);              fprintf(ficlog,"Warning! Vital status for individual %ld (line=%d) at last wave %d interviewed at date %d/%d is unknown %d. Please, check if the vital status and the date of death %d/%d are really unknown. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], s[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], i, m);
                                         }            }
                                         break;            break;
                                 }          }
                                 break;          break;
 #endif  #endif
                         }/* End m >= lastpass */        }/* End m >= lastpass */
     }/* end while */      }/* end while */
   
         /* mi is the last effective wave, m is lastpass, mw[j][i] gives the # of j-th effective wave for individual i */      /* mi is the last effective wave, m is lastpass, mw[j][i] gives the # of j-th effective wave for individual i */
     /* After last pass */      /* After last pass */
 /* Treating death states */  /* Treating death states */
     if (s[m][i] > nlstate){  /* In a death state */      if (s[m][i] > nlstate){  /* In a death state */
                         /* if( mint[m][i]==mdc[m][i] && anint[m][i]==andc[m][i]){ /\* same date of death and date of interview *\/ */        /* if( mint[m][i]==mdc[m][i] && anint[m][i]==andc[m][i]){ /\* same date of death and date of interview *\/ */
                         /* } */        /* } */
       mi++;     /* Death is another wave */        mi++;     /* Death is another wave */
       /* if(mi==0)  never been interviewed correctly before death */        /* if(mi==0)  never been interviewed correctly before death */
                         /* Only death is a correct wave */        /* Only death is a correct wave */
       mw[mi][i]=m;        mw[mi][i]=m;
     }      }
 #ifndef DISPATCHINGKNOWNDEATHAFTERLASTWAVE  #ifndef DISPATCHINGKNOWNDEATHAFTERLASTWAVE
                 else if ((int) andc[i] != 9999) { /* Status is negative. A death occured after lastpass, we can't take it into account because of potential bias */      else if ((int) andc[i] != 9999) { /* Status is negative. A death occured after lastpass, we can't take it into account because of potential bias */
       /* m++; */        /* m++; */
       /* mi++; */        /* mi++; */
       /* s[m][i]=nlstate+1;  /\* We are setting the status to the last of non live state *\/ */        /* s[m][i]=nlstate+1;  /\* We are setting the status to the last of non live state *\/ */
       /* mw[mi][i]=m; */        /* mw[mi][i]=m; */
       if ((int)anint[m][i]!= 9999) { /* date of last interview is known */        if ((int)anint[m][i]!= 9999) { /* date of last interview is known */
                                 if((andc[i]+moisdc[i]/12.) <=(anint[m][i]+mint[m][i]/12.)){ /* death occured before last wave and status should have been death instead of -1 */          if((andc[i]+moisdc[i]/12.) <=(anint[m][i]+mint[m][i]/12.)){ /* death occured before last wave and status should have been death instead of -1 */
                                         nbwarn++;            nbwarn++;
                                         if(firstfiv==0){            if(firstfiv==0){
                                                 printf("Warning! Death for individual %ld line=%d occurred at %d/%d before last wave %d interviewed at %d/%d and should have been coded as death instead of '%d'. This case (%d)/wave (%d) is contributing to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], s[m][i], i,m );              printf("Warning! Death for individual %ld line=%d occurred at %d/%d before last wave %d interviewed at %d/%d and should have been coded as death instead of '%d'. This case (%d)/wave (%d) is contributing to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], s[m][i], i,m );
                                                 firstfiv=1;              firstfiv=1;
                                         }else{            }else{
                                                 fprintf(ficlog,"Warning! Death for individual %ld line=%d occurred at %d/%d before last wave %d interviewed at %d/%d and should have been coded as death instead of '%d'. This case (%d)/wave (%d) is contributing to likelihood.\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], s[m][i], i,m );              fprintf(ficlog,"Warning! Death for individual %ld line=%d occurred at %d/%d before last wave %d interviewed at %d/%d and should have been coded as death instead of '%d'. This case (%d)/wave (%d) is contributing to likelihood.\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], s[m][i], i,m );
                                         }            }
                                 }else{ /* Death occured afer last wave potential bias */          }else{ /* Death occured afer last wave potential bias */
                                         nberr++;            nberr++;
                                         if(firstwo==0){            if(firstwo==0){
                                                 printf("Error! Death for individual %ld line=%d occurred at %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );              printf("Error! Death for individual %ld line=%d occurred at %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );
                                                 firstwo=1;              firstwo=1;
                                         }            }
                                         fprintf(ficlog,"Error! Death for individual %ld line=%d occurred at %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );            fprintf(ficlog,"Error! Death for individual %ld line=%d occurred at %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );
                                 }          }
       }else{ /* end date of interview is known */        }else{ /* end date of interview is known */
                                 /* death is known but not confirmed by death status at any wave */          /* death is known but not confirmed by death status at any wave */
                                 if(firstfour==0){          if(firstfour==0){
                                         printf("Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d but not confirmed by any death status for any wave, including last wave %d at unknown date %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );            printf("Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d but not confirmed by any death status for any wave, including last wave %d at unknown date %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );
                                         firstfour=1;            firstfour=1;
                                 }          }
                                 fprintf(ficlog,"Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d but not confirmed by any death status for any wave, including last wave %d at unknown date %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );          fprintf(ficlog,"Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d but not confirmed by any death status for any wave, including last wave %d at unknown date %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );
       }        }
     } /* end if date of death is known */      } /* end if date of death is known */
 #endif  #endif
Line 4367  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4547  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
     if(mi==0){      if(mi==0){
       nbwarn++;        nbwarn++;
       if(first==0){        if(first==0){
                                 printf("Warning! No valid information for individual %ld line=%d (skipped) and may be others, see log file\n",num[i],i);          printf("Warning! No valid information for individual %ld line=%d (skipped) and may be others, see log file\n",num[i],i);
                                 first=1;          first=1;
       }        }
       if(first==1){        if(first==1){
                                 fprintf(ficlog,"Warning! No valid information for individual %ld line=%d (skipped)\n",num[i],i);          fprintf(ficlog,"Warning! No valid information for individual %ld line=%d (skipped)\n",num[i],i);
       }        }
     } /* end mi==0 */      } /* end mi==0 */
   } /* End individuals */    } /* End individuals */
Line 4381  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4561  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
   for(i=1; i<=imx; i++){    for(i=1; i<=imx; i++){
     for(mi=1; mi<wav[i];mi++){      for(mi=1; mi<wav[i];mi++){
       if (stepm <=0)        if (stepm <=0)
                                 dh[mi][i]=1;          dh[mi][i]=1;
       else{        else{
                                 if (s[mw[mi+1][i]][i] > nlstate) { /* A death */          if (s[mw[mi+1][i]][i] > nlstate) { /* A death */
                                         if (agedc[i] < 2*AGESUP) {            if (agedc[i] < 2*AGESUP) {
                                                 j= rint(agedc[i]*12-agev[mw[mi][i]][i]*12);               j= rint(agedc[i]*12-agev[mw[mi][i]][i]*12); 
                                                 if(j==0) j=1;  /* Survives at least one month after exam */              if(j==0) j=1;  /* Survives at least one month after exam */
                                                 else if(j<0){              else if(j<0){
                                                         nberr++;                nberr++;
                                                         printf("Error! Negative delay (%d to death) between waves %d and %d of individual %ld at line %d who is aged %.1f with statuses from %d to %d\n ",j,mw[mi][i],mw[mi+1][i],num[i], i,agev[mw[mi][i]][i],s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);                printf("Error! Negative delay (%d to death) between waves %d and %d of individual %ld at line %d who is aged %.1f with statuses from %d to %d\n ",j,mw[mi][i],mw[mi+1][i],num[i], i,agev[mw[mi][i]][i],s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);
                                                         j=1; /* Temporary Dangerous patch */                j=1; /* Temporary Dangerous patch */
                                                         printf("   We assumed that the date of interview was correct (and not the date of death) and postponed the death %d month(s) (one stepm) after the interview. You MUST fix the contradiction between dates.\n",stepm);                printf("   We assumed that the date of interview was correct (and not the date of death) and postponed the death %d month(s) (one stepm) after the interview. You MUST fix the contradiction between dates.\n",stepm);
                                                         fprintf(ficlog,"Error! Negative delay (%d to death) between waves %d and %d of individual %ld at line %d who is aged %.1f with statuses from %d to %d\n ",j,mw[mi][i],mw[mi+1][i],num[i], i,agev[mw[mi][i]][i],s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);                fprintf(ficlog,"Error! Negative delay (%d to death) between waves %d and %d of individual %ld at line %d who is aged %.1f with statuses from %d to %d\n ",j,mw[mi][i],mw[mi+1][i],num[i], i,agev[mw[mi][i]][i],s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);
                                                         fprintf(ficlog,"   We assumed that the date of interview was correct (and not the date of death) and postponed the death %d month(s) (one stepm) after the interview. You MUST fix the contradiction between dates.\n",stepm);                fprintf(ficlog,"   We assumed that the date of interview was correct (and not the date of death) and postponed the death %d month(s) (one stepm) after the interview. You MUST fix the contradiction between dates.\n",stepm);
                                                 }              }
                                                 k=k+1;              k=k+1;
                                                 if (j >= jmax){              if (j >= jmax){
                                                         jmax=j;                jmax=j;
                                                         ijmax=i;                ijmax=i;
                                                 }              }
                                                 if (j <= jmin){              if (j <= jmin){
                                                         jmin=j;                jmin=j;
                                                         ijmin=i;                ijmin=i;
                                                 }              }
                                                 sum=sum+j;              sum=sum+j;
                                                 /*if (j<0) printf("j=%d num=%d \n",j,i);*/              /*if (j<0) printf("j=%d num=%d \n",j,i);*/
                                                 /*        printf("%d %d %d %d\n", s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i],j,i);*/              /*    printf("%d %d %d %d\n", s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i],j,i);*/
                                         }            }
                                 }          }
                                 else{          else{
                                         j= rint( (agev[mw[mi+1][i]][i]*12 - agev[mw[mi][i]][i]*12));            j= rint( (agev[mw[mi+1][i]][i]*12 - agev[mw[mi][i]][i]*12));
 /*        if (j<0) printf("%d %lf %lf %d %d %d\n", i,agev[mw[mi+1][i]][i], agev[mw[mi][i]][i],j,s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]); */  /*        if (j<0) printf("%d %lf %lf %d %d %d\n", i,agev[mw[mi+1][i]][i], agev[mw[mi][i]][i],j,s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]); */
                                                                                   
                                         k=k+1;            k=k+1;
                                         if (j >= jmax) {            if (j >= jmax) {
                                                 jmax=j;              jmax=j;
                                                 ijmax=i;              ijmax=i;
                                         }            }
                                         else if (j <= jmin){            else if (j <= jmin){
                                                 jmin=j;              jmin=j;
                                                 ijmin=i;              ijmin=i;
                                         }            }
                                         /*          if (j<10) printf("j=%d jmin=%d num=%d ",j,jmin,i); */            /*        if (j<10) printf("j=%d jmin=%d num=%d ",j,jmin,i); */
                                         /*printf("%d %lf %d %d %d\n", i,agev[mw[mi][i]][i],j,s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);*/            /*printf("%d %lf %d %d %d\n", i,agev[mw[mi][i]][i],j,s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);*/
                                         if(j<0){            if(j<0){
                                                 nberr++;              nberr++;
                                                 printf("Error! Negative delay (%d) between waves %d and %d of individual %ld at line %d who is aged %.1f with statuses from %d to %d\n ",j,mw[mi][i],mw[mi+1][i],num[i], i,agev[mw[mi][i]][i],s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);              printf("Error! Negative delay (%d) between waves %d and %d of individual %ld at line %d who is aged %.1f with statuses from %d to %d\n ",j,mw[mi][i],mw[mi+1][i],num[i], i,agev[mw[mi][i]][i],s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);
                                                 fprintf(ficlog,"Error! Negative delay (%d) between waves %d and %d of individual %ld at line %d who is aged %.1f with statuses from %d to %d\n ",j,mw[mi][i],mw[mi+1][i],num[i], i,agev[mw[mi][i]][i],s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);              fprintf(ficlog,"Error! Negative delay (%d) between waves %d and %d of individual %ld at line %d who is aged %.1f with statuses from %d to %d\n ",j,mw[mi][i],mw[mi+1][i],num[i], i,agev[mw[mi][i]][i],s[mw[mi][i]][i] ,s[mw[mi+1][i]][i]);
                                         }            }
                                         sum=sum+j;            sum=sum+j;
                                 }          }
                                 jk= j/stepm;          jk= j/stepm;
                                 jl= j -jk*stepm;          jl= j -jk*stepm;
                                 ju= j -(jk+1)*stepm;          ju= j -(jk+1)*stepm;
                                 if(mle <=1){ /* only if we use a the linear-interpoloation pseudo-likelihood */          if(mle <=1){ /* only if we use a the linear-interpoloation pseudo-likelihood */
                                         if(jl==0){            if(jl==0){
                                                 dh[mi][i]=jk;              dh[mi][i]=jk;
                                                 bh[mi][i]=0;              bh[mi][i]=0;
                                         }else{ /* We want a negative bias in order to only have interpolation ie            }else{ /* We want a negative bias in order to only have interpolation ie
                                                                         * to avoid the price of an extra matrix product in likelihood */                    * to avoid the price of an extra matrix product in likelihood */
                                                 dh[mi][i]=jk+1;              dh[mi][i]=jk+1;
                                                 bh[mi][i]=ju;              bh[mi][i]=ju;
                                         }            }
                                 }else{          }else{
                                         if(jl <= -ju){            if(jl <= -ju){
                                                 dh[mi][i]=jk;              dh[mi][i]=jk;
                                                 bh[mi][i]=jl;   /* bias is positive if real duration              bh[mi][i]=jl;       /* bias is positive if real duration
                                                                                                          * is higher than the multiple of stepm and negative otherwise.                                   * is higher than the multiple of stepm and negative otherwise.
                                                                                                          */                                   */
                                         }            }
                                         else{            else{
                                                 dh[mi][i]=jk+1;              dh[mi][i]=jk+1;
                                                 bh[mi][i]=ju;              bh[mi][i]=ju;
                                         }            }
                                         if(dh[mi][i]==0){            if(dh[mi][i]==0){
                                                 dh[mi][i]=1; /* At least one step */              dh[mi][i]=1; /* At least one step */
                                                 bh[mi][i]=ju; /* At least one step */              bh[mi][i]=ju; /* At least one step */
                                                 /*  printf(" bh=%d ju=%d jl=%d dh=%d jk=%d stepm=%d %d\n",bh[mi][i],ju,jl,dh[mi][i],jk,stepm,i);*/              /*  printf(" bh=%d ju=%d jl=%d dh=%d jk=%d stepm=%d %d\n",bh[mi][i],ju,jl,dh[mi][i],jk,stepm,i);*/
                                         }            }
                                 } /* end if mle */          } /* end if mle */
       }        }
     } /* end wave */      } /* end wave */
   }    }
   jmean=sum/k;    jmean=sum/k;
   printf("Delay (in months) between two waves Min=%d (for indiviudal %ld) Max=%d (%ld) Mean=%f\n\n ",jmin, num[ijmin], jmax, num[ijmax], jmean);    printf("Delay (in months) between two waves Min=%d (for indiviudal %ld) Max=%d (%ld) Mean=%f\n\n ",jmin, num[ijmin], jmax, num[ijmax], jmean);
   fprintf(ficlog,"Delay (in months) between two waves Min=%d (for indiviudal %d) Max=%d (%d) Mean=%f\n\n ",jmin, ijmin, jmax, ijmax, jmean);    fprintf(ficlog,"Delay (in months) between two waves Min=%d (for indiviudal %d) Max=%d (%d) Mean=%f\n\n ",jmin, ijmin, jmax, ijmax, jmean);
  }  }
   
 /*********** Tricode ****************************/  /*********** Tricode ****************************/
  void tricode(int *cptcov, int *Tvar, int **nbcode, int imx, int *Ndum)   void tricode(int *cptcov, int *Tvar, int **nbcode, int imx, int *Ndum)
Line 4491  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4671  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
   
   /* Loop on covariates without age and products and no quantitative variable */    /* Loop on covariates without age and products and no quantitative variable */
   /* for (j=1; j<=(cptcovs); j++) { /\* From model V1 + V2*age+ V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only *\/ */    /* for (j=1; j<=(cptcovs); j++) { /\* From model V1 + V2*age+ V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only *\/ */
   for (j=1; j<=(*cptcov); j++) { /* From model V1 + V2*age + V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only */    for (k=1; k<=cptcovt; k++) { /* From model V1 + V2*age + V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only */
     for (k=-1; k < maxncov; k++) Ndum[k]=0;      for (j=-1; (j < maxncov); j++) Ndum[j]=0;
     for (i=1; i<=imx; i++) { /* Loop on individuals: reads the data file to get the maximum value of the       if(Dummy[k]==0 && Typevar[k] !=1){ /* Dummy covariate and not age product */ 
                                                                                                                                 modality of this covariate Vj*/        switch(Fixed[k]) {
                         if(Tvar[j]  >=1 && Tvar[j]  <= *cptcov){ /* A real fixed covariate */        case 0: /* Testing on fixed dummy covariate, simple or product of fixed */
                                 ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]); /* ij=0 or 1 or -1. Value of the covariate Tvar[j] for individual i                                  for (i=1; i<=imx; i++) { /* Loop on individuals: reads the data file to get the maximum value of the  modality of this covariate Vj*/
                                                                                                                                                         * If product of Vn*Vm, still boolean *:                                          ij=(int)(covar[Tvar[k]][i]);
                                                                                                                                                         * If it was coded 1, 2, 3, 4 should be splitted into 3 boolean variables                                          /* ij=0 or 1 or -1. Value of the covariate Tvar[j] for individual i
                                                                                                                                                         * 1 => 0 0 0, 2 => 0 0 1, 3 => 0 1 1, 4=1 0 0   */                                           * If product of Vn*Vm, still boolean *:
                                 /* Finds for covariate j, n=Tvar[j] of Vn . ij is the                                           * If it was coded 1, 2, 3, 4 should be splitted into 3 boolean variables
                                          modality of the nth covariate of individual i. */                                           * 1 => 0 0 0, 2 => 0 0 1, 3 => 0 1 1, 4=1 0 0   */
                                 if (ij > modmaxcovj)                                          /* Finds for covariate j, n=Tvar[j] of Vn . ij is the
                                         modmaxcovj=ij;                                                    modality of the nth covariate of individual i. */
                                 else if (ij < modmincovj)                                           if (ij > modmaxcovj)
                                         modmincovj=ij;                                                   modmaxcovj=ij; 
                                 if ((ij < -1) && (ij > NCOVMAX)){                                          else if (ij < modmincovj) 
                                         printf( "Error: minimal is less than -1 or maximal is bigger than %d. Exiting. \n", NCOVMAX );                                                  modmincovj=ij; 
                                         exit(1);                                          if ((ij < -1) && (ij > NCOVMAX)){
                                 }else                                                  printf( "Error: minimal is less than -1 or maximal is bigger than %d. Exiting. \n", NCOVMAX );
                                         Ndum[ij]++; /*counts and stores the occurence of this modality 0, 1, -1*/                                                  exit(1);
       /*  If coded 1, 2, 3 , counts the number of 1 Ndum[1], number of 2, Ndum[2], etc */                                          }else
       /*printf("i=%d ij=%d Ndum[ij]=%d imx=%d",i,ij,Ndum[ij],imx);*/                                                  Ndum[ij]++; /*counts and stores the occurence of this modality 0, 1, -1*/
       /* getting the maximum value of the modality of the covariate                                          /*  If coded 1, 2, 3 , counts the number of 1 Ndum[1], number of 2, Ndum[2], etc */
                                  (should be 0 or 1 now) Tvar[j]. If V=sex and male is coded 0 and                                          /*printf("i=%d ij=%d Ndum[ij]=%d imx=%d",i,ij,Ndum[ij],imx);*/
                                  female ies 1, then modmaxcovj=1.*/                                          /* getting the maximum value of the modality of the covariate
                         }                                                   (should be 0 or 1 now) Tvar[j]. If V=sex and male is coded 0 and
                 } /* end for loop on individuals i */                                                   female ies 1, then modmaxcovj=1.
     printf(" Minimal and maximal values of %d th covariate V%d: min=%d max=%d \n", j, Tvar[j], modmincovj, modmaxcovj);                                          */
     fprintf(ficlog," Minimal and maximal values of %d th covariate V%d: min=%d max=%d \n", j, Tvar[j], modmincovj, modmaxcovj);                                  } /* end for loop on individuals i */
     cptcode=modmaxcovj;                                  printf(" Minimal and maximal values of %d th covariate V%d: min=%d max=%d \n", k, Tvar[k], modmincovj, modmaxcovj);
     /* Ndum[0] = frequency of 0 for model-covariate j, Ndum[1] frequency of 1 etc. */                                  fprintf(ficlog," Minimal and maximal values of %d th covariate V%d: min=%d max=%d \n", k, Tvar[k], modmincovj, modmaxcovj);
                 /*for (i=0; i<=cptcode; i++) {*/                                  cptcode=modmaxcovj;
     for (k=modmincovj;  k<=modmaxcovj; k++) { /* k=-1 ? 0 and 1*//* For each value k of the modality of model-cov j */                                  /* Ndum[0] = frequency of 0 for model-covariate j, Ndum[1] frequency of 1 etc. */
       printf("Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);                                  /*for (i=0; i<=cptcode; i++) {*/
       fprintf(ficlog, "Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);                                  for (j=modmincovj;  j<=modmaxcovj; j++) { /* j=-1 ? 0 and 1*//* For each value j of the modality of model-cov k */
       if( Ndum[k] != 0 ){ /* Counts if nobody answered modality k ie empty modality, we skip it and reorder */                                          printf("Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", k, Tvar[k], j, Ndum[j]);
                                 if( k != -1){                                          fprintf(ficlog, "Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", k, Tvar[k], j, Ndum[j]);
                                         ncodemax[j]++;  /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th                                          if( Ndum[j] != 0 ){ /* Counts if nobody answered modality j ie empty modality, we skip it and reorder */
                                                                                                                  covariate for which somebody answered excluding                                                   if( j != -1){
                                                                                                                  undefined. Usually 2: 0 and 1. */                                                          ncodemax[k]++;  /* ncodemax[k]= Number of modalities of the k th
                                                                                                                                    covariate for which somebody answered excluding 
                                                                                                                                    undefined. Usually 2: 0 and 1. */
                                                   }
                                                   ncodemaxwundef[k]++; /* ncodemax[j]= Number of modalities of the k th
                                                                                                                                                   covariate for which somebody answered including 
                                                                                                                                                   undefined. Usually 3: -1, 0 and 1. */
                                           }       /* In fact  ncodemax[k]=2 (dichotom. variables only) but it could be more for
                                                    * historical reasons: 3 if coded 1, 2, 3 and 4 and Ndum[2]=0 */
                                   } /* Ndum[-1] number of undefined modalities */
                           
                                   /* j is a covariate, n=Tvar[j] of Vn; Fills nbcode */
                                   /* For covariate j, modalities could be 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7. */
                                   /* If Ndum[1]=0, Ndum[2]=0, Ndum[3]= 635, Ndum[4]=0, Ndum[5]=0, Ndum[6]=27, Ndum[7]=125; */
                                   /* modmincovj=3; modmaxcovj = 7; */
                                   /* There are only 3 modalities non empty 3, 6, 7 (or 2 if 27 is too few) : ncodemax[j]=3; */
                                   /* which will be coded 0, 1, 2 which in binary on 2=3-1 digits are 0=00 1=01, 2=10; */
                             /*             defining two dummy variables: variables V1_1 and V1_2.*/
                 /* nbcode[Tvar[j]][ij]=k; */
                 /* nbcode[Tvar[j]][1]=0; */
                 /* nbcode[Tvar[j]][2]=1; */
                 /* nbcode[Tvar[j]][3]=2; */
                 /* To be continued (not working yet). */
                 ij=0; /* ij is similar to i but can jump over null modalities */
                                   for (i=modmincovj; i<=modmaxcovj; i++) { /* i= 1 to 2 for dichotomous, or from 1 to 3 or from -1 or 0 to 1 currently*/
             if (Ndum[i] == 0) { /* If nobody responded to this modality k */
                     break;
                   }
                                           ij++;
                                           nbcode[Tvar[k]][ij]=i;  /* stores the original value of modality i in an array nbcode, ij modality from 1 to last non-nul modality. nbcode[1][1]=0 nbcode[1][2]=1*/
                                           cptcode = ij; /* New max modality for covar j */
                                   } /* end of loop on modality i=-1 to 1 or more */
                                   break;
         case 1: /* Testing on varying covariate, could be simple and
                  * should look at waves or product of fixed *
                  * varying. No time to test -1, assuming 0 and 1 only */
                                   ij=0;
                                   for(i=0; i<=1;i++){
                                           nbcode[Tvar[k]][++ij]=i;
                                 }                                  }
                                 ncodemaxwundef[j]++; /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th  
                                                                                                                                 covariate for which somebody answered including   
                                                                                                                                 undefined. Usually 3: -1, 0 and 1. */  
       }  
       /* In fact  ncodemax[j]=2 (dichotom. variables only) but it could be more for  
                          * historical reasons: 3 if coded 1, 2, 3 and 4 and Ndum[2]=0 */  
     } /* Ndum[-1] number of undefined modalities */  
                   
     /* j is a covariate, n=Tvar[j] of Vn; Fills nbcode */  
     /* For covariate j, modalities could be 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7.   
        If Ndum[1]=0, Ndum[2]=0, Ndum[3]= 635, Ndum[4]=0, Ndum[5]=0, Ndum[6]=27, Ndum[7]=125;  
        modmincovj=3; modmaxcovj = 7;  
        There are only 3 modalities non empty 3, 6, 7 (or 2 if 27 is too few) : ncodemax[j]=3;  
        which will be coded 0, 1, 2 which in binary on 2=3-1 digits are 0=00 1=01, 2=10;  
        defining two dummy variables: variables V1_1 and V1_2.  
        nbcode[Tvar[j]][ij]=k;  
        nbcode[Tvar[j]][1]=0;  
        nbcode[Tvar[j]][2]=1;  
        nbcode[Tvar[j]][3]=2;  
        To be continued (not working yet).  
     */  
     ij=0; /* ij is similar to i but can jump over null modalities */  
     for (i=modmincovj; i<=modmaxcovj; i++) { /* i= 1 to 2 for dichotomous, or from 1 to 3 or from -1 or 0 to 1 currently*/  
         if (Ndum[i] == 0) { /* If nobody responded to this modality k */  
                                 break;                                  break;
                         }        default:
                         ij++;                                  break;
                         nbcode[Tvar[j]][ij]=i;  /* stores the original value of modality i in an array nbcode, ij modality from 1 to last non-nul modality.*/        } /* end switch */
                         cptcode = ij; /* New max modality for covar j */      } /* end dummy test */
     } /* end of loop on modality i=-1 to 1 or more */      
                   
     /*   for (k=0; k<= cptcode; k++) { /\* k=-1 ? k=0 to 1 *\//\* Could be 1 to 4 *\//\* cptcode=modmaxcovj *\/ */      /*   for (k=0; k<= cptcode; k++) { /\* k=-1 ? k=0 to 1 *\//\* Could be 1 to 4 *\//\* cptcode=modmaxcovj *\/ */
     /*  /\*recode from 0 *\/ */      /*  /\*recode from 0 *\/ */
     /*                               k is a modality. If we have model=V1+V1*sex  */      /*                               k is a modality. If we have model=V1+V1*sex  */
Line 4578  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4771  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
     /*   }  /\* end of loop on modality k *\/ */      /*   }  /\* end of loop on modality k *\/ */
   } /* end of loop on model-covariate j. nbcode[Tvarj][1]=0 and nbcode[Tvarj][2]=1 sets the value of covariate j*/      } /* end of loop on model-covariate j. nbcode[Tvarj][1]=0 and nbcode[Tvarj][2]=1 sets the value of covariate j*/  
       
         for (k=-1; k< maxncov; k++) Ndum[k]=0;     for (k=-1; k< maxncov; k++) Ndum[k]=0; 
       /* Look at fixed dummy (single or product) covariates to check empty modalities */
   for (i=1; i<=ncovmodel-2-nagesqr; i++) { /* -2, cste and age and eventually age*age */     for (i=1; i<=ncovmodel-2-nagesqr; i++) { /* -2, cste and age and eventually age*age */ 
                 /* Listing of all covariables in statement model to see if some covariates appear twice. For example, V1 appears twice in V1+V1*V2.*/       /* Listing of all covariables in statement model to see if some covariates appear twice. For example, V1 appears twice in V1+V1*V2.*/ 
                 ij=Tvar[i]; /* Tvar might be -1 if status was unknown */       ij=Tvar[i]; /* Tvar 5,4,3,6,5,7,1,4 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V4*age */ 
                 Ndum[ij]++; /* Might be supersed V1 + V1*age */      Ndum[ij]++; /* Count the # of 1, 2 etc: {1,1,1,2,2,1,1} because V1 once, V2 once, two V4 and V5 in above */
         } /* V4+V3+V5, Ndum[1]@5={0, 0, 1, 1, 1} */      /* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1,  {2, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0} */
             } /* V4+V3+V5, Ndum[1]@5={0, 0, 1, 1, 1} */
         ij=0;    
         for (i=0; i<=  maxncov-1; i++) { /* modmaxcovj is unknown here. Only Ndum[2(V2),3(age*V3), 5(V3*V2) 6(V1*V4) */    ij=0;
                 /*printf("Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/    /* for (i=0; i<=  maxncov-1; i++) { /\* modmaxcovj is unknown here. Only Ndum[2(V2),3(age*V3), 5(V3*V2) 6(V1*V4) *\/ */
                 if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol)){    for (k=1; k<=  cptcovt; k++) { /* modmaxcovj is unknown here. Only Ndum[2(V2),3(age*V3), 5(V3*V2) 6(V1*V4) */
                         /*printf("diff Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/      /*printf("Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/
                         Tvaraff[++ij]=i; /*For printing (unclear) */      /* if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol)){  /\* Tvar[i] <= ncovmodel ? *\/ */
                 }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv)){      if(Ndum[Tvar[k]]!=0 && Dummy[k] == 0 && Typevar[k]==0){  /* Only Dummy and non empty in the model */
                         Tvaraff[++ij]=-10; /* Dont'n know how to treat quantitative variables yet */        /* If product not in single variable we don't print results */
                 }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv+ntv)){        /*printf("diff Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/
                         Tvaraff[++ij]=i; /*For printing (unclear) */        ++ij;/* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, */
                 }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv+ntv+nqtv)){        Tvaraff[ij]=Tvar[k]; /* For printing combination *//* V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1, Tvar {5, 4, 3, 6, 5, 2, 7, 1, 1} Tvaraff={4, 3, 1} V4, V3, V1*/
                  Tvaraff[++ij]=-20; /* Dont'n know how to treat quantitative variables yet */        Tmodelind[ij]=k; /* Tmodelind: index in model of dummies Tmodelind[1]=2 V4: pos=2; V3: pos=3, V1=9 {2, 3, 9, ?, ?,} */
                 }        TmodelInvind[ij]=Tvar[k]- ncovcol-nqv; /* Inverse TmodelInvind[2=V4]=2 second dummy varying cov (V4)4-1-1 {0, 2, 1, } TmodelInvind[3]=1 */
         } /* Tvaraff[1]@5 {3, 4, -20, 0, 0} Very strange */        if(Fixed[k]!=0)
         /* ij--; */          anyvaryingduminmodel=1;
         /* cptcoveff=ij; /\*Number of total covariates*\/ */                          /* }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv)){ */
         *cptcov=ij; /*Number of total real effective covariates: effective                          /*   Tvaraff[++ij]=-10; /\* Dont'n know how to treat quantitative variables yet *\/ */
                           /* }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv+ntv)){ */
                           /*   Tvaraff[++ij]=i; /\*For printing (unclear) *\/ */
                           /* }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv+ntv+nqtv)){ */
                           /*   Tvaraff[++ij]=-20; /\* Dont'n know how to treat quantitative variables yet *\/ */
       } 
     } /* Tvaraff[1]@5 {3, 4, -20, 0, 0} Very strange */
     /* ij--; */
     /* cptcoveff=ij; /\*Number of total covariates*\/ */
     *cptcov=ij; /*Number of total real effective covariates: effective
                                                          * because they can be excluded from the model and real                                                           * because they can be excluded from the model and real
                                                          * if in the model but excluded because missing values*/                                                           * if in the model but excluded because missing values, but how to get k from ij?*/
     for(j=ij+1; j<= cptcovt; j++){
       Tvaraff[j]=0;
       Tmodelind[j]=0;
     }
     for(j=ntveff+1; j<= cptcovt; j++){
       TmodelInvind[j]=0;
     }
     /* To be sorted */
     ;
 }  }
   
   
Line 5452  To be simple, these graphs help to under Line 5663  To be simple, these graphs help to under
   
    cov[1]=1;     cov[1]=1;
    /* tj=cptcoveff; */     /* tj=cptcoveff; */
    tj = (int) pow(2,nqveff);     tj = (int) pow(2,cptcoveff);
    if (cptcovn<1) {tj=1;ncodemax[1]=1;}     if (cptcovn<1) {tj=1;ncodemax[1]=1;}
    j1=0;     j1=0;
    for(j1=1; j1<=tj;j1++){  /* For each valid combination of covariates or only once*/     for(j1=1; j1<=tj;j1++){  /* For each valid combination of covariates or only once*/
      if  (cptcovn>0) {       if  (cptcovn>0) {
        fprintf(ficresprob, "\n#********** Variable ");          fprintf(ficresprob, "\n#********** Variable "); 
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(ficresprob, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprob, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(ficresprob, "**********\n#\n");         fprintf(ficresprob, "**********\n#\n");
        fprintf(ficresprobcov, "\n#********** Variable ");          fprintf(ficresprobcov, "\n#********** Variable "); 
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(ficresprobcov, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcov, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(ficresprobcov, "**********\n#\n");         fprintf(ficresprobcov, "**********\n#\n");
                                                   
        fprintf(ficgp, "\n#********** Variable ");          fprintf(ficgp, "\n#********** Variable "); 
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(ficgp, " V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficgp, " V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(ficgp, "**********\n#\n");         fprintf(ficgp, "**********\n#\n");
                                                   
                                                   
        fprintf(fichtmcov, "\n<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">********** Variable ");          fprintf(fichtmcov, "\n<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">********** Variable "); 
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(fichtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(fichtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(fichtmcov, "**********\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");         fprintf(fichtmcov, "**********\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
                                                   
        fprintf(ficresprobcor, "\n#********** Variable ");             fprintf(ficresprobcor, "\n#********** Variable ");    
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(ficresprobcor, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcor, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(ficresprobcor, "**********\n#");             fprintf(ficresprobcor, "**********\n#");    
        if(invalidvarcomb[j1]){         if(invalidvarcomb[j1]){
          fprintf(ficgp,"\n#Combination (%d) ignored because no cases \n",j1);            fprintf(ficgp,"\n#Combination (%d) ignored because no cases \n",j1); 
Line 5740  void printinghtml(char fileresu[], char Line 5951  void printinghtml(char fileresu[], char
   
    fprintf(fichtm," \n<ul><li><b>Graphs</b></li><p>");     fprintf(fichtm," \n<ul><li><b>Graphs</b></li><p>");
   
    m=pow(2,nqveff);     m=pow(2,cptcoveff);
    if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}     if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}
   
    jj1=0;     jj1=0;
Line 5750  void printinghtml(char fileresu[], char Line 5961  void printinghtml(char fileresu[], char
      jj1++;       jj1++;
      if (cptcovn > 0) {       if (cptcovn > 0) {
        fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");         fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");
        for (cpt=1; cpt<=nqveff;cpt++){          for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++){ 
          fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);           fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);
          printf(" V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);fflush(stdout);           printf(" V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);fflush(stdout);
        }         }
          /* if(nqfveff+nqtveff 0) */ /* Test to be done */
        fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");         fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
        if(invalidvarcomb[k1]){         if(invalidvarcomb[k1]){
          fprintf(fichtm,"\n<h3>Combination (%d) ignored because no cases </h3>\n",k1);            fprintf(fichtm,"\n<h3>Combination (%d) ignored because no cases </h3>\n",k1); 
Line 5860  See page 'Matrix of variance-covariance Line 6072  See page 'Matrix of variance-covariance
    fflush(fichtm);     fflush(fichtm);
    fprintf(fichtm," <ul><li><b>Graphs</b></li><p>");     fprintf(fichtm," <ul><li><b>Graphs</b></li><p>");
   
    m=pow(2,nqveff);     m=pow(2,cptcoveff);
    if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}     if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}
   
    jj1=0;     jj1=0;
Line 5869  See page 'Matrix of variance-covariance Line 6081  See page 'Matrix of variance-covariance
      jj1++;       jj1++;
      if (cptcovn > 0) {       if (cptcovn > 0) {
        fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");         fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");
        for (cpt=1; cpt<=nqveff;cpt++)          for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++)  /**< cptcoveff number of variables */
          fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);           fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);
        fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");         fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
   
Line 5914  void printinggnuplot(char fileresu[], ch Line 6126  void printinggnuplot(char fileresu[], ch
   /*#ifdef windows */    /*#ifdef windows */
   fprintf(ficgp,"cd \"%s\" \n",pathc);    fprintf(ficgp,"cd \"%s\" \n",pathc);
   /*#endif */    /*#endif */
   m=pow(2,nqveff);    m=pow(2,cptcoveff);
   
   /* Contribution to likelihood */    /* Contribution to likelihood */
   /* Plot the probability implied in the likelihood */    /* Plot the probability implied in the likelihood */
Line 5949  void printinggnuplot(char fileresu[], ch Line 6161  void printinggnuplot(char fileresu[], ch
   strcpy(optfileres,"vpl");    strcpy(optfileres,"vpl");
   /* 1eme*/    /* 1eme*/
   for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) { /* For each live state */    for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) { /* For each live state */
     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each valid combination of covariate */      for (k1=1; k1<= m && selected(k1) ; k1 ++) { /* For each valid combination of covariate */
       /* plot [100000000000000000000:-100000000000000000000] "mysbiaspar/vplrmysbiaspar.txt to check */        /* plot [100000000000000000000:-100000000000000000000] "mysbiaspar/vplrmysbiaspar.txt to check */
       fprintf(ficgp,"\n# 1st: Period (stable) prevalence with CI: 'VPL_' files ");        fprintf(ficgp,"\n# 1st: Period (stable) prevalence with CI: 'VPL_' files ");
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate k get corresponding value lv for combination k1 */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate k get corresponding value lv for combination k1 */
         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the value of the covariate corresponding to k1 combination */          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the value of the covariate corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 5992  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6204  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
       if(backcast==1){ /* We need to get the corresponding values of the covariates involved in this combination k1 */        if(backcast==1){ /* We need to get the corresponding values of the covariates involved in this combination k1 */
         /* fprintf(ficgp,",\"%s\" every :::%d::%d u 1:($%d) t\"Backward stable prevalence\" w l lt 3",subdirf2(fileresu,"PLB_"),k1-1,k1-1,1+cpt); */          /* fprintf(ficgp,",\"%s\" every :::%d::%d u 1:($%d) t\"Backward stable prevalence\" w l lt 3",subdirf2(fileresu,"PLB_"),k1-1,k1-1,1+cpt); */
         fprintf(ficgp,",\"%s\" u 1:((",subdirf2(fileresu,"PLB_")); /* Age is in 1 */          fprintf(ficgp,",\"%s\" u 1:((",subdirf2(fileresu,"PLB_")); /* Age is in 1 */
         if(nqveff ==0){          if(cptcoveff ==0){
           fprintf(ficgp,"$%d)) t 'Backward prevalence in state %d' with line ",  2+(cpt-1),  cpt );            fprintf(ficgp,"$%d)) t 'Backward prevalence in state %d' with line ",  2+(cpt-1),  cpt );
         }else{          }else{
           kl=0;            kl=0;
           for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each combination of covariate  */            for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each combination of covariate  */
             lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */              lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */
             /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */              /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
             /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */              /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
             /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */              /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6007  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6219  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
             /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */               /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
             /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */               /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
             /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/              /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/
             if(k==nqveff){              if(k==cptcoveff){
               fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d)? $%d : 1/0) t 'Backward prevalence in state %d' with line ",kl+1, Tvaraff[k],kl+1+1,nbcode[Tvaraff[k]][lv], \                fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d)? $%d : 1/0) t 'Backward prevalence in state %d' ",kl+1, Tvaraff[k],kl+1+1,nbcode[Tvaraff[k]][lv], \
                       6+(cpt-1),  cpt );                        4+(cpt-1),  cpt );  /* 4 or 6 ?*/
             }else{              }else{
               fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d && ",kl+1, Tvaraff[k],kl+1+1,nbcode[Tvaraff[k]][lv]);                fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d && ",kl+1, Tvaraff[k],kl+1+1,nbcode[Tvaraff[k]][lv]);
               kl++;                kl++;
Line 6024  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6236  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) {     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { 
   
     fprintf(ficgp,"\n# 2nd: Total life expectancy with CI: 't' files ");      fprintf(ficgp,"\n# 2nd: Total life expectancy with CI: 't' files ");
     for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */      for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
       lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */        lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
       /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */        /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
       /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */        /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
       /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */        /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6077  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6289  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
   
     for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) {      for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) {
       fprintf(ficgp,"\n# 3d: Life expectancy with EXP_ files:  cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n# 3d: Life expectancy with EXP_ files:  cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6119  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6331  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
   
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j : 'LIJ_' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j : 'LIJ_' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6161  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6373  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each inital state  */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each inital state  */
                                                   
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j and all livestates from state i by final state j: 'lij' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j and all livestates from state i by final state j: 'lij' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
                                 lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
                                 /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                 /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                 /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
                                 vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];          vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
                                 fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);          fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\n#\n");        fprintf(ficgp,"\n#\n");
       if(invalidvarcomb[k1]){        if(invalidvarcomb[k1]){
                                 fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1);           fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                 continue;          continue;
       }        }
                                 
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,k1);        fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,k1);
       fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability to be alive\" \n\        fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability to be alive\" \n\
 set ter svg size 640, 480\n                                                                                                                                                                                     \  set ter svg size 640, 480\n                                             \
 unset log y\n                                                                                                                                                                                                                                           \  unset log y\n                                                           \
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
       k=3;        k=3;
       for (j=1; j<= nlstate ; j ++){ /* Lived in state j */        for (j=1; j<= nlstate ; j ++){ /* Lived in state j */
                                 if(j==1)          if(j==1)
                                         fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));            fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));
                                 else          else
                                         fprintf(ficgp,", '' ");            fprintf(ficgp,", '' ");
                                 l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1) +j;          l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1) +j;
                                 fprintf(ficgp," u (($1==%d && (floor($2)%%5 == 0)) ? ($3):1/0):($%d",k1,k+l);          fprintf(ficgp," u (($1==%d && (floor($2)%%5 == 0)) ? ($3):1/0):($%d",k1,k+l);
                                 /* for (i=2; i<= nlstate+ndeath ; i ++) */          /* for (i=2; i<= nlstate+ndeath ; i ++) */
                                 /*   fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+i-1); */          /*   fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+i-1); */
                                 fprintf(ficgp,") t \"l(%d,%d)\" w l",cpt,j);          fprintf(ficgp,") t \"l(%d,%d)\" w l",cpt,j);
       } /* nlstate */        } /* nlstate */
       fprintf(ficgp,", '' ");        fprintf(ficgp,", '' ");
       fprintf(ficgp," u (($1==%d && (floor($2)%%5 == 0)) ? ($3):1/0):(",k1);        fprintf(ficgp," u (($1==%d && (floor($2)%%5 == 0)) ? ($3):1/0):(",k1);
       for (j=1; j<= nlstate ; j ++){ /* Lived in state j */        for (j=1; j<= nlstate ; j ++){ /* Lived in state j */
                                 l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1) +j;          l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1) +j;
                                 if(j < nlstate)          if(j < nlstate)
                                         fprintf(ficgp,"$%d +",k+l);            fprintf(ficgp,"$%d +",k+l);
                                 else          else
                                         fprintf(ficgp,"$%d) t\"l(%d,.)\" w l",k+l,cpt);            fprintf(ficgp,"$%d) t\"l(%d,.)\" w l",k+l,cpt);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\nset out\n");        fprintf(ficgp,"\nset out\n");
     } /* end cpt state*/       } /* end cpt state*/ 
   } /* end covariate */      } /* end covariate */  
             
 /* 6eme */  /* 6eme */
   /* CV preval stable (period) for each covariate */    /* CV preval stable (period) for each covariate */
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */    for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
                                 
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
                                 lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
                                 /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                 /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                 /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
                                 vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];          vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
                                 fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);          fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\n#\n");        fprintf(ficgp,"\n#\n");
       if(invalidvarcomb[k1]){        if(invalidvarcomb[k1]){
                                 fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1);           fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                 continue;          continue;
       }        }
                                 
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,k1);        fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,k1);
       fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability\" \n\        fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability\" \n\
 set ter svg size 640, 480\n                                                                                                                                                                              \  set ter svg size 640, 480\n                                             \
 unset log y\n                                                                                                                                                                                                                                    \  unset log y\n                                                           \
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
       k=3; /* Offset */        k=3; /* Offset */
       for (i=1; i<= nlstate ; i ++){        for (i=1; i<= nlstate ; i ++){
                                 if(i==1)          if(i==1)
                                         fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));            fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));
                                 else          else
                                         fprintf(ficgp,", '' ");            fprintf(ficgp,", '' ");
                                 l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1;          l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1;
                                 fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l);          fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l);
                                 for (j=2; j<= nlstate ; j ++)          for (j=2; j<= nlstate ; j ++)
                                         fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1);            fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1);
                                 fprintf(ficgp,")) t \"prev(%d,%d)\" w l",i,cpt);          fprintf(ficgp,")) t \"prev(%d,%d)\" w l",i,cpt);
       } /* nlstate */        } /* nlstate */
       fprintf(ficgp,"\nset out\n");        fprintf(ficgp,"\nset out\n");
     } /* end cpt state*/       } /* end cpt state*/ 
   } /* end covariate */      } /* end covariate */  
             
             
 /* 7eme */  /* 7eme */
   if(backcast == 1){    if(backcast == 1){
     /* CV back preval stable (period) for each covariate */      /* CV back preval stable (period) for each covariate */
     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */      for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */
       for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */        for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
                                 fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV Back preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);          fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV Back preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
                                 for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */          for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
                                         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */            lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
                                         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */            /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */            /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
           /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */            /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
                                         vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];            vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
                                         fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);            fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
                                 }          }
                                 fprintf(ficgp,"\n#\n");          fprintf(ficgp,"\n#\n");
                                 if(invalidvarcomb[k1]){          if(invalidvarcomb[k1]){
                                         fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1);             fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                         continue;            continue;
                                 }          }
                                           
                                 fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,k1);          fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,k1);
                                 fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability\" \n\          fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability\" \n\
 set ter svg size 640, 480\n                                                                                                                                                                                     \  set ter svg size 640, 480\n                                             \
 unset log y\n                                                                                                                                                                                                                                           \  unset log y\n                                                           \
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
                                 k=3; /* Offset */          k=3; /* Offset */
                                 for (i=1; i<= nlstate ; i ++){          for (i=1; i<= nlstate ; i ++){
                                         if(i==1)            if(i==1)
                                                 fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJB_"));              fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJB_"));
                                         else            else
                                                 fprintf(ficgp,", '' ");              fprintf(ficgp,", '' ");
                                         /* l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1; */            /* l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1; */
                                         l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1)+1;            l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1)+1;
                                         /* fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l); /\* a vérifier *\/ */            /* fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l); /\* a vérifier *\/ */
                                         /* fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l+(cpt-1)+i-1); /\* a vérifier *\/ */            /* fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l+(cpt-1)+i-1); /\* a vérifier *\/ */
                                         fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d",k1,k+l+(cpt-1)+i-1); /* a vérifier */            fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d",k1,k+l+(cpt-1)+i-1); /* a vérifier */
                                         /* for (j=2; j<= nlstate ; j ++) */            /* for (j=2; j<= nlstate ; j ++) */
                                         /*      fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1); */            /*    fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1); */
                                         /*      /\* fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1); *\/ */            /*    /\* fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1); *\/ */
                                         fprintf(ficgp,") t \"bprev(%d,%d)\" w l",i,cpt);            fprintf(ficgp,") t \"bprev(%d,%d)\" w l",i,cpt);
                                 } /* nlstate */          } /* nlstate */
                                 fprintf(ficgp,"\nset out\n");          fprintf(ficgp,"\nset out\n");
       } /* end cpt state*/         } /* end cpt state*/ 
     } /* end covariate */        } /* end covariate */  
   } /* End if backcast */    } /* End if backcast */
Line 6299  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6511  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
           
     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */      for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */
       for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */        for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
                                 fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#Projection of prevalence to stable (period): 'PROJ_' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);          fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#Projection of prevalence to stable (period): 'PROJ_' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
                                 for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each correspondig covariate value  */          for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each correspondig covariate value  */
                                         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */            lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */
                                         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */            /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */            /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */            /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
                                         vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];            vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
                                         fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);            fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
                                 }          }
                                 fprintf(ficgp,"\n#\n");          fprintf(ficgp,"\n#\n");
                                 if(invalidvarcomb[k1]){          if(invalidvarcomb[k1]){
                                         fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1);             fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                         continue;            continue;
                                 }          }
                                           
                                 fprintf(ficgp,"# hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev\n ");          fprintf(ficgp,"# hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev\n ");
                                 fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,k1);          fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,k1);
                                 fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Prevalence\" \n\          fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Prevalence\" \n\
 set ter svg size 640, 480\n                                                                                                                                                                                     \  set ter svg size 640, 480\n                                             \
 unset log y\n                                                                                                                                                                                                                                           \  unset log y\n                                                           \
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
                                 for (i=1; i<= nlstate+1 ; i ++){  /* nlstate +1 p11 p21 p.1 */          for (i=1; i<= nlstate+1 ; i ++){  /* nlstate +1 p11 p21 p.1 */
                                         /*#  V1  = 1  V2 =  0 yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/            /*#  V1  = 1  V2 =  0 yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/
                                         /*#   1    2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */               /*#   1    2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */   
                                         /*# yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/            /*# yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/
                                         /*#   1       2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */               /*#   1       2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */   
                                         if(i==1){            if(i==1){
                                                 fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"F_"));              fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"F_"));
                                         }else{            }else{
                                                 fprintf(ficgp,",\\\n '' ");              fprintf(ficgp,",\\\n '' ");
                                         }            }
                                         if(nqveff ==0){ /* No covariate */            if(cptcoveff ==0){ /* No covariate */
                                                 ioffset=2; /* Age is in 2 */              ioffset=2; /* Age is in 2 */
                                                 /*# yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/              /*# yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/
                                                 /*#   1       2   3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */              /*#   1       2   3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */
                                                 /*# V1  = 1 yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/              /*# V1  = 1 yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/
                                                 /*#  1    2        3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */              /*#  1    2        3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */
                                                 fprintf(ficgp," u %d:(", ioffset);               fprintf(ficgp," u %d:(", ioffset); 
                                                 if(i==nlstate+1)              if(i==nlstate+1)
                                                         fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'pw.%d' with line ",                    \                fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'pw.%d' with line ",      \
                                                                                         ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,cpt );                        ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,cpt );
                                                 else              else
                                                         fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'p%d%d' with line ",                    \                fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'p%d%d' with line ",      \
                                                                                         ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );                        ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );
                                         }else{ /* more than 2 covariates */            }else{ /* more than 2 covariates */
                                                 if(nqveff ==1){              if(cptcoveff ==1){
                                                         ioffset=4; /* Age is in 4 */                ioffset=4; /* Age is in 4 */
                                                 }else{              }else{
                                                         ioffset=6; /* Age is in 6 */                ioffset=6; /* Age is in 6 */
                                                         /*#  V1  = 1  V2 =  0 yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/                /*#  V1  = 1  V2 =  0 yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/
                                                         /*#   1    2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */                /*#   1    2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */
                                                 }                 }   
                                                 fprintf(ficgp," u %d:(",ioffset);               fprintf(ficgp," u %d:(",ioffset); 
                                                 kl=0;              kl=0;
                                                 strcpy(gplotcondition,"(");              strcpy(gplotcondition,"(");
                                                 for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate writing the chain of conditions */              for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate writing the chain of conditions */
                                                         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate value corresponding to combination k1 and covariate k */                lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to combination k1 and covariate k */
                                                         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                                         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                                         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
                                                         vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv]; /* Value of the modality of Tvaraff[k] */                vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv]; /* Value of the modality of Tvaraff[k] */
                                                         kl++;                kl++;
                                                         sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition),"$%d==%d && $%d==%d " ,kl,Tvaraff[k], kl+1, nbcode[Tvaraff[k]][lv]);                sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition),"$%d==%d && $%d==%d " ,kl,Tvaraff[k], kl+1, nbcode[Tvaraff[k]][lv]);
                                                         kl++;                kl++;
                                                         if(k <nqveff && nqveff>1)                if(k <cptcoveff && cptcoveff>1)
                                                                 sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition)," && ");                  sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition)," && ");
                                                 }              }
                                                 strcpy(gplotcondition+strlen(gplotcondition),")");              strcpy(gplotcondition+strlen(gplotcondition),")");
                                                 /* kl=6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1); /\* 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1)=7, 6+(2-1)(2+1)+1+(1-1)=10 *\/ */              /* kl=6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1); /\* 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1)=7, 6+(2-1)(2+1)+1+(1-1)=10 *\/ */
                                                 /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */               /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
                                                 /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */               /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
                                                 /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/              /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/
                                                 if(i==nlstate+1){              if(i==nlstate+1){
                                                         fprintf(ficgp,"%s ? $%d/(1.-$%d) : 1/0) t 'p.%d' with line ", gplotcondition, \                fprintf(ficgp,"%s ? $%d/(1.-$%d) : 1/0) t 'p.%d' with line ", gplotcondition, \
                                                                                         ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,cpt );                        ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,cpt );
                                                 }else{              }else{
                                                         fprintf(ficgp,"%s ? $%d/(1.-$%d) : 1/0) t 'p%d%d' with line ", gplotcondition, \                fprintf(ficgp,"%s ? $%d/(1.-$%d) : 1/0) t 'p%d%d' with line ", gplotcondition, \
                                                                                         ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1), ioffset +1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );                        ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1), ioffset +1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );
                                                 }              }
                                         } /* end if covariate */            } /* end if covariate */
                                 } /* nlstate */          } /* nlstate */
                                 fprintf(ficgp,"\nset out\n");          fprintf(ficgp,"\nset out\n");
       } /* end cpt state*/        } /* end cpt state*/
     } /* end covariate */      } /* end covariate */
   } /* End if prevfcast */    } /* End if prevfcast */
             
             
   /* proba elementaires */    /* proba elementaires */
   fprintf(ficgp,"\n##############\n#MLE estimated parameters\n#############\n");    fprintf(ficgp,"\n##############\n#MLE estimated parameters\n#############\n");
   for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){    for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
     fprintf(ficgp,"# initial state %d\n",i);      fprintf(ficgp,"# initial state %d\n",i);
     for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){      for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){
       if (k != i) {        if (k != i) {
                                 fprintf(ficgp,"#   current state %d\n",k);          fprintf(ficgp,"#   current state %d\n",k);
                                 for(j=1; j <=ncovmodel; j++){          for(j=1; j <=ncovmodel; j++){
                                         fprintf(ficgp,"p%d=%f; ",jk,p[jk]);            fprintf(ficgp,"p%d=%f; ",jk,p[jk]);
                                         jk++;             jk++; 
                                 }          }
                                 fprintf(ficgp,"\n");          fprintf(ficgp,"\n");
       }        }
     }      }
   }    }
   fprintf(ficgp,"##############\n#\n");    fprintf(ficgp,"##############\n#\n");
             
   /*goto avoid;*/    /*goto avoid;*/
   fprintf(ficgp,"\n##############\n#Graphics of probabilities or incidences\n#############\n");    fprintf(ficgp,"\n##############\n#Graphics of probabilities or incidences\n#############\n");
   fprintf(ficgp,"# logi(p12/p11)=a12+b12*age+c12age*age+d12*V1+e12*V1*age\n");    fprintf(ficgp,"# logi(p12/p11)=a12+b12*age+c12age*age+d12*V1+e12*V1*age\n");
Line 6420  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6632  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
   fprintf(ficgp,"#\n");    fprintf(ficgp,"#\n");
   for(ng=1; ng<=3;ng++){ /* Number of graphics: first is logit, 2nd is probabilities, third is incidences per year*/    for(ng=1; ng<=3;ng++){ /* Number of graphics: first is logit, 2nd is probabilities, third is incidences per year*/
     fprintf(ficgp,"# ng=%d\n",ng);      fprintf(ficgp,"# ng=%d\n",ng);
     fprintf(ficgp,"#   jk=1 to 2^%d=%d\n",nqveff,m);      fprintf(ficgp,"#   jk=1 to 2^%d=%d\n",cptcoveff,m);
     for(jk=1; jk <=m; jk++) {      for(jk=1; jk <=m; jk++) {
       fprintf(ficgp,"#    jk=%d\n",jk);        fprintf(ficgp,"#    jk=%d\n",jk);
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" ",subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jk,ng);        fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" ",subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jk,ng);
Line 6473  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6685  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
                 }                  }
               }                }
               else                else
                 fprintf(ficgp,"+p%d*%d",i+j+nagesqr-1,nbcode[Tvar[j-2]][codtabm(jk,j-2)]);                  fprintf(ficgp,"+p%d*%d",i+j+nagesqr-1,nbcode[Tvar[j-2]][codtabm(jk,j-2)]); /* Valgrind bug nbcode */
             }              }
           }else{            }else{
             i=i-ncovmodel;              i=i-ncovmodel;
             if(ng !=1 ) /* For logit formula of log p11 is more difficult to get */              if(ng !=1 ) /* For logit formula of log p11 is more difficult to get */
               fprintf(ficgp," (1.");                fprintf(ficgp," (1.");
           }            }
                        
           if(ng != 1){            if(ng != 1){
             fprintf(ficgp,")/(1");              fprintf(ficgp,")/(1");
                            
             for(k1=1; k1 <=nlstate; k1++){               for(k1=1; k1 <=nlstate; k1++){ 
               if(nagesqr==0)                if(nagesqr==0)
                 fprintf(ficgp,"+exp(p%d+p%d*x",k3+(k1-1)*ncovmodel,k3+(k1-1)*ncovmodel+1);                  fprintf(ficgp,"+exp(p%d+p%d*x",k3+(k1-1)*ncovmodel,k3+(k1-1)*ncovmodel+1);
Line 6500  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6712  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
                   }                    }
                 }                  }
                 else                  else
                   fprintf(ficgp,"+p%d*%d",k3+(k1-1)*ncovmodel+1+j-2+nagesqr,nbcode[Tvar[j-2]][codtabm(jk,j-2)]);                    fprintf(ficgp,"+p%d*%d",k3+(k1-1)*ncovmodel+1+j-2+nagesqr,nbcode[Tvar[j-2]][codtabm(jk,j-2)]);/* Valgrind bug nbcode */
               }                }
               fprintf(ficgp,")");                fprintf(ficgp,")");
             }              }
Line 6543  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6755  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
    double *agemingood, *agemaxgood; /* Currently identical for all covariates */     double *agemingood, *agemaxgood; /* Currently identical for all covariates */
       
       
    /* modcovmax=2*nqveff;/\* Max number of modalities. We suppose  */     /* modcovmax=2*cptcoveff;/\* Max number of modalities. We suppose  */
    /*              a covariate has 2 modalities, should be equal to ncovcombmax  *\/ */     /*              a covariate has 2 modalities, should be equal to ncovcombmax  *\/ */
   
    sumnewp = vector(1,ncovcombmax);     sumnewp = vector(1,ncovcombmax);
Line 6684  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6896  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
     
   
 /************** Forecasting ******************/  /************** Forecasting ******************/
 void prevforecast(char fileres[], double anproj1, double mproj1, double jproj1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anproj2, double p[], int nqveff){  void prevforecast(char fileres[], double anproj1, double mproj1, double jproj1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anproj2, double p[], int cptcoveff){
   /* proj1, year, month, day of starting projection     /* proj1, year, month, day of starting projection 
      agemin, agemax range of age       agemin, agemax range of age
      dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed       dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed
Line 6715  void prevforecast(char fileres[], double Line 6927  void prevforecast(char fileres[], double
   printf("Computing forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresf);    printf("Computing forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresf);
   fprintf(ficlog,"Computing forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresf);    fprintf(ficlog,"Computing forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresf);
   
   if (nqveff==0) ncodemax[nqveff]=1;    if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;
   
   
   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;    stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;
Line 6736  void prevforecast(char fileres[], double Line 6948  void prevforecast(char fileres[], double
   if(jprojmean==0) jprojmean=1;    if(jprojmean==0) jprojmean=1;
   if(mprojmean==0) jprojmean=1;    if(mprojmean==0) jprojmean=1;
   
   i1=nqveff;    i1=pow(2,cptcoveff);
   if (cptcovn < 1){i1=1;}    if (cptcovn < 1){i1=1;}
       
   fprintf(ficresf,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2);     fprintf(ficresf,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2); 
       
   fprintf(ficresf,"#****** Routine prevforecast **\n");    fprintf(ficresf,"#****** Routine prevforecast **\n");
     
 /*            if (h==(int)(YEARM*yearp)){ */  /*            if (h==(int)(YEARM*yearp)){ */
   for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){    for(k=1;k<=i1;k++){
     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[nqveff];cptcod++){      if(invalidvarcomb[k]){
       k=k+1;        printf("\nCombination (%d) projection ignored because no cases \n",k); 
       fprintf(ficresf,"\n#****** hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#");        continue;
       for(j=1;j<=nqveff;j++) {      }
                                 fprintf(ficresf," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);      fprintf(ficresf,"\n#****** hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#");
       }      for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
       fprintf(ficresf," yearproj age");        fprintf(ficresf," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++){       }
                                 for(i=1; i<=nlstate;i++)                    fprintf(ficresf," yearproj age");
           fprintf(ficresf," p%d%d",i,j);      for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++){ 
                                 fprintf(ficresf," wp.%d",j);        for(i=1; i<=nlstate;i++)        
       }          fprintf(ficresf," p%d%d",i,j);
       for (yearp=0; yearp<=(anproj2-anproj1);yearp +=stepsize) {        fprintf(ficresf," wp.%d",j);
                                 fprintf(ficresf,"\n");      }
                                 fprintf(ficresf,"\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jproj1,mproj1,anproj1+yearp);         for (yearp=0; yearp<=(anproj2-anproj1);yearp +=stepsize) {
                                 for (agec=fage; agec>=(ageminpar-1); agec--){         fprintf(ficresf,"\n");
                                         nhstepm=(int) rint((agelim-agec)*YEARM/stepm);         fprintf(ficresf,"\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jproj1,mproj1,anproj1+yearp);   
                                         nhstepm = nhstepm/hstepm;         for (agec=fage; agec>=(ageminpar-1); agec--){ 
                                         p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);          nhstepm=(int) rint((agelim-agec)*YEARM/stepm); 
                                         oldm=oldms;savm=savms;          nhstepm = nhstepm/hstepm; 
                                         hpxij(p3mat,nhstepm,agec,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);          p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
                                                   oldm=oldms;savm=savms;
                                         for (h=0; h<=nhstepm; h++){          hpxij(p3mat,nhstepm,agec,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);
                                                 if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) {          
               fprintf(ficresf,"\n");          for (h=0; h<=nhstepm; h++){
               for(j=1;j<=nqveff;j++)             if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) {
                 fprintf(ficresf,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);              fprintf(ficresf,"\n");
                                                         fprintf(ficresf,"%.f %.f ",anproj1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm);              for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
                                                 }                 fprintf(ficresf,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
                                                 for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) {              fprintf(ficresf,"%.f %.f ",anproj1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm);
                                                         ppij=0.;            } 
                                                         for(i=1; i<=nlstate;i++) {            for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) {
                                                                 if (mobilav==1)               ppij=0.;
                                                                         ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agec][i][cptcod];              for(i=1; i<=nlstate;i++) {
                                                                 else {                if (mobilav==1) 
                                                                         ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agec)][i][cptcod];                  ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agec][i][k];
                                                                 }                else {
                                                                 if (h*hstepm/YEARM*stepm== yearp) {                  ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agec)][i][k];
                                                                         fprintf(ficresf," %.3f", p3mat[i][j][h]);                }
                                                                 }                if (h*hstepm/YEARM*stepm== yearp) {
                                                         } /* end i */                  fprintf(ficresf," %.3f", p3mat[i][j][h]);
                                                         if (h*hstepm/YEARM*stepm==yearp) {                }
                                                                 fprintf(ficresf," %.3f", ppij);              } /* end i */
                                                         }              if (h*hstepm/YEARM*stepm==yearp) {
                                                 }/* end j */                fprintf(ficresf," %.3f", ppij);
                                         } /* end h */              }
                                         free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);            }/* end j */
                                 } /* end agec */          } /* end h */
       } /* end yearp */          free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
     } /* end cptcod */        } /* end agec */
   } /* end  cptcov */      } /* end yearp */
     } /* end  k */
                   
   fclose(ficresf);    fclose(ficresf);
   printf("End of Computing forecasting \n");    printf("End of Computing forecasting \n");
Line 6804  void prevforecast(char fileres[], double Line 7017  void prevforecast(char fileres[], double
 }  }
   
 /* /\************** Back Forecasting ******************\/ */  /* /\************** Back Forecasting ******************\/ */
 /* void prevbackforecast(char fileres[], double anback1, double mback1, double jback1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anback2, double p[], int nqveff){ */  /* void prevbackforecast(char fileres[], double anback1, double mback1, double jback1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anback2, double p[], int cptcoveff){ */
 /*   /\* back1, year, month, day of starting backection  */  /*   /\* back1, year, month, day of starting backection  */
 /*      agemin, agemax range of age */  /*      agemin, agemax range of age */
 /*      dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed */  /*      dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed */
Line 6836  void prevforecast(char fileres[], double Line 7049  void prevforecast(char fileres[], double
 /*   printf("Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */  /*   printf("Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */
 /*   fprintf(ficlog,"Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */  /*   fprintf(ficlog,"Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */
                   
 /*   if (nqveff==0) ncodemax[nqveff]=1; */  /*   if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1; */
                   
 /*   /\* if (mobilav!=0) { *\/ */  /*   /\* if (mobilav!=0) { *\/ */
 /*   /\*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); *\/ */  /*   /\*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); *\/ */
Line 6864  void prevforecast(char fileres[], double Line 7077  void prevforecast(char fileres[], double
 /*   if(jprojmean==0) jprojmean=1; */  /*   if(jprojmean==0) jprojmean=1; */
 /*   if(mprojmean==0) jprojmean=1; */  /*   if(mprojmean==0) jprojmean=1; */
                   
 /*   i1=nqveff; */  /*   i1=cptcoveff; */
 /*   if (cptcovn < 1){i1=1;} */  /*   if (cptcovn < 1){i1=1;} */
       
 /*   fprintf(ficresfb,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2);  */  /*   fprintf(ficresfb,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2);  */
Line 6873  void prevforecast(char fileres[], double Line 7086  void prevforecast(char fileres[], double
                   
 /*      /\*           if (h==(int)(YEARM*yearp)){ *\/ */  /*      /\*           if (h==(int)(YEARM*yearp)){ *\/ */
 /*   for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */  /*   for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
 /*     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[nqveff];cptcod++){ */  /*     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){ */
 /*       k=k+1; */  /*       k=k+1; */
 /*       fprintf(ficresfb,"\n#****** hbijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#"); */  /*       fprintf(ficresfb,"\n#****** hbijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#"); */
 /*       for(j=1;j<=nqveff;j++) { */  /*       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) { */
 /*                              fprintf(ficresfb," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */  /*                              fprintf(ficresfb," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */
 /*       } */  /*       } */
 /*       fprintf(ficresfb," yearbproj age"); */  /*       fprintf(ficresfb," yearbproj age"); */
Line 6898  void prevforecast(char fileres[], double Line 7111  void prevforecast(char fileres[], double
 /*                                      for (h=0; h<=nhstepm; h++){ */  /*                                      for (h=0; h<=nhstepm; h++){ */
 /*                                              if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) { */  /*                                              if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) { */
 /*               fprintf(ficresfb,"\n"); */  /*               fprintf(ficresfb,"\n"); */
 /*               for(j=1;j<=nqveff;j++)  */  /*               for(j=1;j<=cptcoveff;j++)  */
 /*                 fprintf(ficresfb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */  /*                 fprintf(ficresfb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */
 /*                                                      fprintf(ficresfb,"%.f %.f ",anback1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm); */  /*                                                      fprintf(ficresfb,"%.f %.f ",anback1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm); */
 /*                                              }  */  /*                                              }  */
Line 6934  void prevforecast(char fileres[], double Line 7147  void prevforecast(char fileres[], double
 /* } */  /* } */
   
 /************** Forecasting *****not tested NB*************/  /************** Forecasting *****not tested NB*************/
 void populforecast(char fileres[], double anpyram,double mpyram,double jpyram,double ageminpar, double agemax,double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double agedeb, double fage, int popforecast, char popfile[], double anpyram1,double p[], int i2){  /* void populforecast(char fileres[], double anpyram,double mpyram,double jpyram,double ageminpar, double agemax,double dateprev1, double dateprev2s, int mobilav, double agedeb, double fage, int popforecast, char popfile[], double anpyram1,double p[], int i2){ */
       
   int cpt, stepsize, hstepm, nhstepm, j,k,c, cptcod, i,h;  /*   int cpt, stepsize, hstepm, nhstepm, j,k,c, cptcod, i,h; */
   int *popage;  /*   int *popage; */
   double calagedatem, agelim, kk1, kk2;  /*   double calagedatem, agelim, kk1, kk2; */
   double *popeffectif,*popcount;  /*   double *popeffectif,*popcount; */
   double ***p3mat,***tabpop,***tabpopprev;  /*   double ***p3mat,***tabpop,***tabpopprev; */
   /* double ***mobaverage; */  /*   /\* double ***mobaverage; *\/ */
   char filerespop[FILENAMELENGTH];  /*   char filerespop[FILENAMELENGTH]; */
   
   tabpop= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  /*   tabpop= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
   tabpopprev= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  /*   tabpopprev= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
   agelim=AGESUP;  /*   agelim=AGESUP; */
   calagedatem=(anpyram+mpyram/12.+jpyram/365.-dateintmean)*YEARM;  /*   calagedatem=(anpyram+mpyram/12.+jpyram/365.-dateintmean)*YEARM; */
       
   prevalence(probs, ageminpar, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);  /*   prevalence(probs, ageminpar, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass); */
       
       
   strcpy(filerespop,"POP_");   /*   strcpy(filerespop,"POP_");  */
   strcat(filerespop,fileresu);  /*   strcat(filerespop,fileresu); */
   if((ficrespop=fopen(filerespop,"w"))==NULL) {  /*   if((ficrespop=fopen(filerespop,"w"))==NULL) { */
     printf("Problem with forecast resultfile: %s\n", filerespop);  /*     printf("Problem with forecast resultfile: %s\n", filerespop); */
     fprintf(ficlog,"Problem with forecast resultfile: %s\n", filerespop);  /*     fprintf(ficlog,"Problem with forecast resultfile: %s\n", filerespop); */
   }  /*   } */
   printf("Computing forecasting: result on file '%s' \n", filerespop);  /*   printf("Computing forecasting: result on file '%s' \n", filerespop); */
   fprintf(ficlog,"Computing forecasting: result on file '%s' \n", filerespop);  /*   fprintf(ficlog,"Computing forecasting: result on file '%s' \n", filerespop); */
   
   if (nqveff==0) ncodemax[nqveff]=1;  /*   if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1; */
   
   /* if (mobilav!=0) { */  /*   /\* if (mobilav!=0) { *\/ */
   /*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */  /*   /\*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); *\/ */
   /*   if (movingaverage(probs, ageminpar, fage, mobaverage,mobilav)!=0){ */  /*   /\*   if (movingaverage(probs, ageminpar, fage, mobaverage,mobilav)!=0){ *\/ */
   /*     fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); */  /*   /\*     fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); *\/ */
   /*     printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); */  /*   /\*     printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); *\/ */
   /*   } */  /*   /\*   } *\/ */
   /* } */  /*   /\* } *\/ */
   
   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;  /*   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM; */
   if (stepm<=12) stepsize=1;  /*   if (stepm<=12) stepsize=1; */
       
   agelim=AGESUP;  /*   agelim=AGESUP; */
       
   hstepm=1;  /*   hstepm=1; */
   hstepm=hstepm/stepm;   /*   hstepm=hstepm/stepm;  */
                   
   if (popforecast==1) {  /*   if (popforecast==1) { */
     if((ficpop=fopen(popfile,"r"))==NULL) {  /*     if((ficpop=fopen(popfile,"r"))==NULL) { */
       printf("Problem with population file : %s\n",popfile);exit(0);  /*       printf("Problem with population file : %s\n",popfile);exit(0); */
       fprintf(ficlog,"Problem with population file : %s\n",popfile);exit(0);  /*       fprintf(ficlog,"Problem with population file : %s\n",popfile);exit(0); */
     }   /*     }  */
     popage=ivector(0,AGESUP);  /*     popage=ivector(0,AGESUP); */
     popeffectif=vector(0,AGESUP);  /*     popeffectif=vector(0,AGESUP); */
     popcount=vector(0,AGESUP);  /*     popcount=vector(0,AGESUP); */
           
     i=1;     /*     i=1;    */
     while ((c=fscanf(ficpop,"%d %lf\n",&popage[i],&popcount[i])) != EOF) i=i+1;  /*     while ((c=fscanf(ficpop,"%d %lf\n",&popage[i],&popcount[i])) != EOF) i=i+1; */
           
     imx=i;  /*     imx=i; */
     for (i=1; i<imx;i++) popeffectif[popage[i]]=popcount[i];  /*     for (i=1; i<imx;i++) popeffectif[popage[i]]=popcount[i]; */
   }  /*   } */
       
   for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i2;cptcov++){  /*   for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i2;cptcov++){ */
     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[nqveff];cptcod++){  /*     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){ */
       k=k+1;  /*       k=k+1; */
       fprintf(ficrespop,"\n#******");  /*       fprintf(ficrespop,"\n#******"); */
       for(j=1;j<=nqveff;j++) {  /*       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) { */
         fprintf(ficrespop," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);  /*      fprintf(ficrespop," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */
       }  /*       } */
       fprintf(ficrespop,"******\n");  /*       fprintf(ficrespop,"******\n"); */
       fprintf(ficrespop,"# Age");  /*       fprintf(ficrespop,"# Age"); */
       for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) fprintf(ficrespop," P.%d",j);  /*       for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) fprintf(ficrespop," P.%d",j); */
       if (popforecast==1)  fprintf(ficrespop," [Population]");  /*       if (popforecast==1)  fprintf(ficrespop," [Population]"); */
               
       for (cpt=0; cpt<=0;cpt++) {   /*       for (cpt=0; cpt<=0;cpt++) {  */
         fprintf(ficrespop,"\n\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jpyram,mpyram,anpyram+cpt);     /*      fprintf(ficrespop,"\n\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jpyram,mpyram,anpyram+cpt);    */
                   
         for (agedeb=(fage-((int)calagedatem %12/12.)); agedeb>=(ageminpar-((int)calagedatem %12)/12.); agedeb--){   /*      for (agedeb=(fage-((int)calagedatem %12/12.)); agedeb>=(ageminpar-((int)calagedatem %12)/12.); agedeb--){  */
           nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm);   /*        nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm);  */
           nhstepm = nhstepm/hstepm;   /*        nhstepm = nhstepm/hstepm;  */
                       
           p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  /*        p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm); */
           oldm=oldms;savm=savms;  /*        oldm=oldms;savm=savms; */
           hpxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);    /*        hpxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);   */
                       
           for (h=0; h<=nhstepm; h++){  /*        for (h=0; h<=nhstepm; h++){ */
             if (h==(int) (calagedatem+YEARM*cpt)) {  /*          if (h==(int) (calagedatem+YEARM*cpt)) { */
               fprintf(ficrespop,"\n %3.f ",agedeb+h*hstepm/YEARM*stepm);  /*            fprintf(ficrespop,"\n %3.f ",agedeb+h*hstepm/YEARM*stepm); */
             }   /*          }  */
             for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) {  /*          for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) { */
               kk1=0.;kk2=0;  /*            kk1=0.;kk2=0; */
               for(i=1; i<=nlstate;i++) {                /*            for(i=1; i<=nlstate;i++) {               */
                 if (mobilav==1)   /*              if (mobilav==1)  */
                   kk1=kk1+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agedeb+1][i][cptcod];  /*                kk1=kk1+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agedeb+1][i][cptcod]; */
                 else {  /*              else { */
                   kk1=kk1+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agedeb+1)][i][cptcod];  /*                kk1=kk1+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agedeb+1)][i][cptcod]; */
                 }  /*              } */
               }  /*            } */
               if (h==(int)(calagedatem+12*cpt)){  /*            if (h==(int)(calagedatem+12*cpt)){ */
                 tabpop[(int)(agedeb)][j][cptcod]=kk1;  /*              tabpop[(int)(agedeb)][j][cptcod]=kk1; */
                 /*fprintf(ficrespop," %.3f", kk1);  /*              /\*fprintf(ficrespop," %.3f", kk1); */
                   if (popforecast==1) fprintf(ficrespop," [%.f]", kk1*popeffectif[(int)agedeb+1]);*/  /*                if (popforecast==1) fprintf(ficrespop," [%.f]", kk1*popeffectif[(int)agedeb+1]);*\/ */
               }  /*            } */
             }  /*          } */
             for(i=1; i<=nlstate;i++){  /*          for(i=1; i<=nlstate;i++){ */
               kk1=0.;  /*            kk1=0.; */
               for(j=1; j<=nlstate;j++){  /*            for(j=1; j<=nlstate;j++){ */
                 kk1= kk1+tabpop[(int)(agedeb)][j][cptcod];   /*              kk1= kk1+tabpop[(int)(agedeb)][j][cptcod];  */
               }  /*            } */
               tabpopprev[(int)(agedeb)][i][cptcod]=tabpop[(int)(agedeb)][i][cptcod]/kk1*popeffectif[(int)(agedeb+(calagedatem+12*cpt)*hstepm/YEARM*stepm-1)];  /*            tabpopprev[(int)(agedeb)][i][cptcod]=tabpop[(int)(agedeb)][i][cptcod]/kk1*popeffectif[(int)(agedeb+(calagedatem+12*cpt)*hstepm/YEARM*stepm-1)]; */
             }  /*          } */
                           
             if (h==(int)(calagedatem+12*cpt))  /*          if (h==(int)(calagedatem+12*cpt)) */
               for(j=1; j<=nlstate;j++)   /*            for(j=1; j<=nlstate;j++)  */
                 fprintf(ficrespop," %15.2f",tabpopprev[(int)(agedeb+1)][j][cptcod]);  /*              fprintf(ficrespop," %15.2f",tabpopprev[(int)(agedeb+1)][j][cptcod]); */
           }  /*        } */
           free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  /*        free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm); */
         }  /*      } */
       }  /*       } */
               
       /******/  /*       /\******\/ */
               
       for (cpt=1; cpt<=(anpyram1-anpyram);cpt++) {   /*       for (cpt=1; cpt<=(anpyram1-anpyram);cpt++) {  */
         fprintf(ficrespop,"\n\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jpyram,mpyram,anpyram+cpt);     /*      fprintf(ficrespop,"\n\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jpyram,mpyram,anpyram+cpt);    */
         for (agedeb=(fage-((int)calagedatem %12/12.)); agedeb>=(ageminpar-((int)calagedatem %12)/12.); agedeb--){   /*      for (agedeb=(fage-((int)calagedatem %12/12.)); agedeb>=(ageminpar-((int)calagedatem %12)/12.); agedeb--){  */
           nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm);   /*        nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm);  */
           nhstepm = nhstepm/hstepm;   /*        nhstepm = nhstepm/hstepm;  */
                       
           p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  /*        p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm); */
           oldm=oldms;savm=savms;  /*        oldm=oldms;savm=savms; */
           hpxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);    /*        hpxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);   */
           for (h=0; h<=nhstepm; h++){  /*        for (h=0; h<=nhstepm; h++){ */
             if (h==(int) (calagedatem+YEARM*cpt)) {  /*          if (h==(int) (calagedatem+YEARM*cpt)) { */
               fprintf(ficresf,"\n %3.f ",agedeb+h*hstepm/YEARM*stepm);  /*            fprintf(ficresf,"\n %3.f ",agedeb+h*hstepm/YEARM*stepm); */
             }   /*          }  */
             for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) {  /*          for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) { */
               kk1=0.;kk2=0;  /*            kk1=0.;kk2=0; */
               for(i=1; i<=nlstate;i++) {                /*            for(i=1; i<=nlstate;i++) {               */
                 kk1=kk1+p3mat[i][j][h]*tabpopprev[(int)agedeb+1][i][cptcod];      /*              kk1=kk1+p3mat[i][j][h]*tabpopprev[(int)agedeb+1][i][cptcod];     */
               }  /*            } */
               if (h==(int)(calagedatem+12*cpt)) fprintf(ficresf," %15.2f", kk1);          /*            if (h==(int)(calagedatem+12*cpt)) fprintf(ficresf," %15.2f", kk1);         */
             }  /*          } */
           }  /*        } */
           free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  /*        free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm); */
         }  /*      } */
       }  /*       } */
     }   /*     }  */
   }  /*   } */
       
   /* if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */  /*   /\* if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); *\/ */
       
   if (popforecast==1) {  /*   if (popforecast==1) { */
     free_ivector(popage,0,AGESUP);  /*     free_ivector(popage,0,AGESUP); */
     free_vector(popeffectif,0,AGESUP);  /*     free_vector(popeffectif,0,AGESUP); */
     free_vector(popcount,0,AGESUP);  /*     free_vector(popcount,0,AGESUP); */
   }  /*   } */
   free_ma3x(tabpop,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  /*   free_ma3x(tabpop,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
   free_ma3x(tabpopprev,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  /*   free_ma3x(tabpopprev,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
   fclose(ficrespop);  /*   fclose(ficrespop); */
 } /* End of popforecast */  /* } /\* End of popforecast *\/ */
     
 int fileappend(FILE *fichier, char *optionfich)  int fileappend(FILE *fichier, char *optionfich)
 {  {
Line 7399  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7612  int readdata(char datafile[], int firsto
                                 cutv(stra, strb, line, ' ');                                   cutv(stra, strb, line, ' '); 
                                 if(strb[0]=='.') { /* Missing value */                                  if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
                                         lval=-1;                                          lval=-1;
                                           cotqvar[j][iv][i]=-1; /* 0.0/0.0 */
                                           cotvar[j][ntv+iv][i]=-1; /* For performance reasons */
                                           if(isalpha(strb[1])) { /* .m or .d Really Missing value */
                                                   printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. If missing, you should remove this individual or impute a value.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j);
                                                   fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. If missing, you should remove this individual or impute a value.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j);fflush(ficlog);
                                                   return 1;
                                           }
                                 }else{                                  }else{
                                         errno=0;                                          errno=0;
                                         /* what_kind_of_number(strb); */                                          /* what_kind_of_number(strb); */
Line 7413  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7633  int readdata(char datafile[], int firsto
                                                 return 1;                                                  return 1;
                                         }                                          }
                                         cotqvar[j][iv][i]=dval;                                           cotqvar[j][iv][i]=dval; 
                                           cotvar[j][ntv+iv][i]=dval; 
                                 }                                  }
                                 strcpy(line,stra);                                  strcpy(line,stra);
       }/* end loop ntqv */        }/* end loop ntqv */
                                 
       for (iv=ntv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying dummies */        for (iv=ntv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying dummies */
                                 cutv(stra, strb, line, ' ');                                   cutv(stra, strb, line, ' '); 
                                 if(strb[0]=='.') { /* Missing value */                                  if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
Line 7448  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7669  int readdata(char datafile[], int firsto
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                                                                                                 \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                                                                                                 \
         V1=1 V2=0 for (2) \n                                                                                                                                                                            \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                                                                                                                                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n                                \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                                                                                                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);
                                         return 1;                                          return 1;
                                 }                                  }
                                 cotvar[j][iv][i]=(double)(lval);                                  cotvar[j][iv][i]=(double)(lval);
                                 strcpy(line,stra);                                  strcpy(line,stra);
       }/* end loop ntv */        }/* end loop ntv */
         
       /* Statuses  at wave */        /* Statuses  at wave */
       cutv(stra, strb, line, ' ');         cutv(stra, strb, line, ' '); 
       if(strb[0]=='.') { /* Missing value */        if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
Line 7470  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7691  int readdata(char datafile[], int firsto
                                         return 1;                                          return 1;
                                 }                                  }
       }        }
              
       s[j][i]=lval;        s[j][i]=lval;
         
       /* Date of Interview */        /* Date of Interview */
       strcpy(line,stra);        strcpy(line,stra);
       cutv(stra, strb,line,' ');        cutv(stra, strb,line,' ');
       if( (iout=sscanf(strb,"%d/%d",&month, &year)) != 0){        if( (iout=sscanf(strb,"%d/%d",&month, &year)) != 0){
       }        }
       else  if( (iout=sscanf(strb,"%s.",dummy)) != 0){        else  if( (iout=sscanf(strb,"%s.",dummy)) != 0){
                                 month=99;          month=99;
                                 year=9999;          year=9999;
       }else{        }else{
                                 printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of interview (mm/yyyy or .) at wave %d.  Exiting.\n",strb, linei,i, line,j);          printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of interview (mm/yyyy or .) at wave %d.  Exiting.\n",strb, linei,i, line,j);
                                 fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of interview (mm/yyyy or .) at wave %d.  Exiting.\n",strb, linei,i, line,j);fflush(ficlog);          fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of interview (mm/yyyy or .) at wave %d.  Exiting.\n",strb, linei,i, line,j);fflush(ficlog);
                                 return 1;          return 1;
       }        }
       anint[j][i]= (double) year;         anint[j][i]= (double) year; 
       mint[j][i]= (double)month;         mint[j][i]= (double)month; 
       strcpy(line,stra);        strcpy(line,stra);
     } /* End loop on waves */      } /* End loop on waves */
       
     /* Date of death */      /* Date of death */
     cutv(stra, strb,line,' ');       cutv(stra, strb,line,' '); 
     if( (iout=sscanf(strb,"%d/%d",&month, &year)) != 0){      if( (iout=sscanf(strb,"%d/%d",&month, &year)) != 0){
Line 7500  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7721  int readdata(char datafile[], int firsto
       year=9999;        year=9999;
     }else{      }else{
       printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of death (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);        printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of death (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);
                         fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of death (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);        fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of death (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);
                         return 1;        return 1;
     }      }
     andc[i]=(double) year;       andc[i]=(double) year; 
     moisdc[i]=(double) month;       moisdc[i]=(double) month; 
Line 7517  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7738  int readdata(char datafile[], int firsto
     }else{      }else{
       printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);        printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);
       fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);        fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);
                         return 1;        return 1;
     }      }
     if (year==9999) {      if (year==9999) {
       printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy) but at least the year of birth should be given.  Exiting.\n",strb, linei,i,line);        printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy) but at least the year of birth should be given.  Exiting.\n",strb, linei,i,line);
       fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy) but at least the year of birth should be given. Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);        fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy) but at least the year of birth should be given. Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);
                         return 1;        return 1;
         
     }      }
     annais[i]=(double)(year);      annais[i]=(double)(year);
     moisnais[i]=(double)(month);       moisnais[i]=(double)(month); 
     strcpy(line,stra);      strcpy(line,stra);
       
     /* Sample weight */      /* Sample weight */
     cutv(stra, strb,line,' ');       cutv(stra, strb,line,' '); 
     errno=0;      errno=0;
Line 7541  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7762  int readdata(char datafile[], int firsto
     }      }
     weight[i]=dval;       weight[i]=dval; 
     strcpy(line,stra);      strcpy(line,stra);
       
     for (iv=nqv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on fixed quantitative variables */      for (iv=nqv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on fixed quantitative variables */
       cutv(stra, strb, line, ' ');         cutv(stra, strb, line, ' '); 
       if(strb[0]=='.') { /* Missing value */        if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
                                 lval=-1;          lval=-1;
       }else{        }else{
                                 errno=0;          errno=0;
                                 /* what_kind_of_number(strb); */          /* what_kind_of_number(strb); */
                                 dval=strtod(strb,&endptr);          dval=strtod(strb,&endptr);
                                 /* if(strb != endptr && *endptr == '\0') */          /* if(strb != endptr && *endptr == '\0') */
                                 /*   dval=dlval; */          /*   dval=dlval; */
                                 /* if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN)) */          /* if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN)) */
                                 if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){          if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
                                         printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value (out of %d) constant for all waves. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqv, maxwav);            printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value (out of %d) constant for all waves. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqv, maxwav);
                                         fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value (out of %d) constant for all waves. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqv, maxwav);fflush(ficlog);            fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value (out of %d) constant for all waves. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqv, maxwav);fflush(ficlog);
                                         return 1;            return 1;
                                 }          }
                                 coqvar[iv][i]=dval;           coqvar[iv][i]=dval; 
           covar[ncovcol+iv][i]=dval; /* including qvar in standard covar for performance reasons */ 
       }        }
       strcpy(line,stra);        strcpy(line,stra);
     }/* end loop nqv */      }/* end loop nqv */
Line 7567  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7789  int readdata(char datafile[], int firsto
     for (j=ncovcol;j>=1;j--){      for (j=ncovcol;j>=1;j--){
       cutv(stra, strb,line,' ');         cutv(stra, strb,line,' '); 
       if(strb[0]=='.') { /* Missing covariate value */        if(strb[0]=='.') { /* Missing covariate value */
                                 lval=-1;          lval=-1;
       }else{        }else{
                                 errno=0;          errno=0;
                                 lval=strtol(strb,&endptr,10);           lval=strtol(strb,&endptr,10); 
                                 if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){          if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
                                         printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a covariate value (=0 for the reference or 1 for alternative).  Exiting.\n",lval, linei,i, line);            printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a covariate value (=0 for the reference or 1 for alternative).  Exiting.\n",lval, linei,i, line);
                                         fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a covariate value (=0 for the reference or 1 for alternative).  Exiting.\n",lval, linei,i, line);fflush(ficlog);            fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a covariate value (=0 for the reference or 1 for alternative).  Exiting.\n",lval, linei,i, line);fflush(ficlog);
                                         return 1;            return 1;
                                 }          }
       }        }
       if(lval <-1 || lval >1){        if(lval <-1 || lval >1){
                                 printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \          printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \
  Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \   Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \
  for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \   for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \
  For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n \   For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                 \
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                         \
         V1=1 V2=0 for (2) \n \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);
                                 fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \          fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \
  Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \   Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \
  for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \   for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \
  For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n \   For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                 \
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                         \
         V1=1 V2=0 for (2) \n \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);
                                 return 1;          return 1;
       }        }
       covar[j][i]=(double)(lval);        covar[j][i]=(double)(lval);
       strcpy(line,stra);        strcpy(line,stra);
     }        }  
     lstra=strlen(stra);      lstra=strlen(stra);
            
     if(lstra > 9){ /* More than 2**32 or max of what printf can write with %ld */      if(lstra > 9){ /* More than 2**32 or max of what printf can write with %ld */
       stratrunc = &(stra[lstra-9]);        stratrunc = &(stra[lstra-9]);
       num[i]=atol(stratrunc);        num[i]=atol(stratrunc);
Line 7614  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7836  int readdata(char datafile[], int firsto
           
     i=i+1;      i=i+1;
   } /* End loop reading  data */    } /* End loop reading  data */
     
   *imax=i-1; /* Number of individuals */    *imax=i-1; /* Number of individuals */
   fclose(fic);    fclose(fic);
      
   return (0);    return (0);
   /* endread: */    /* endread: */
         printf("Exiting readdata: ");    printf("Exiting readdata: ");
         fclose(fic);    fclose(fic);
         return (1);    return (1);
 }  }
   
 void removespace(char *str) {  void removespace(char **stri){/*, char stro[]) {*/
   char *p1 = str, *p2 = str;    char *p1 = *stri, *p2 = *stri;
   do    do
     while (*p2 == ' ')      while (*p2 == ' ')
       p2++;        p2++;
   while (*p1++ == *p2++);    while (*p1++ == *p2++);
     *stri=p1; 
 }  }
   
 int decodemodel ( char model[], int lastobs)  int decoderesult ( char resultline[])
  /**< This routine decode the model and returns:  /**< This routine decode one result line and returns the combination # of dummy covariates only **/
   {
     int j=0, k=0;
     char resultsav[MAXLINE];
     char stra[80], strb[80], strc[80], strd[80],stre[80];
   
     removespace(&resultline);
     printf("decoderesult:%s\n",resultline);
   
     if (strstr(resultline,"v") !=0){
       printf("Error. 'v' must be in upper case 'V' result: %s ",resultline);
       fprintf(ficlog,"Error. 'v' must be in upper case result: %s ",resultline);fflush(ficlog);
       return 1;
     }
     trimbb(resultsav, resultline);
     if (strlen(resultsav) >1){
       j=nbocc(resultsav,'='); /**< j=Number of covariate values'=' */
     }
   
     for(k=1; k<=j;k++){ /* Loop on total covariates of the model */
       cutl(stra,strb,resultsav,' '); /* keeps in strb after the first ' ' 
                                        resultsav= V4=1 V5=25.1 V3=0 strb=V3=0 stra= V4=1 V5=25.1 */
       cutl(strc,strd,strb,'=');  /* strb:V4=1 strc=1 strd=V4 */
       Tvalsel[k]=atof(strc); /* 1 */
   
       cutl(strc,stre,strd,'V'); /* strd='V4' strc=4 stre='V' */;
       Tvarsel[k]=atoi(strc);
       /* Typevarsel[k]=1;  /\* 1 for age product *\/ */
       /* cptcovsel++;     */
       if (nbocc(stra,'=') >0)
         strcpy(resultsav,stra); /* and analyzes it */
     }
     return (0);
   }
   int selected( int kvar){ /* Selected combination of covariates */
     if(Tvarsel[kvar])
       return (0);
     else
       return(1);
   }
   int decodemodel( char model[], int lastobs)
    /**< This routine decodes the model and returns:
         * Model  V1+V2+V3+V8+V7*V8+V5*V6+V8*age+V3*age+age*age          * Model  V1+V2+V3+V8+V7*V8+V5*V6+V8*age+V3*age+age*age
         * - nagesqr = 1 if age*age in the model, otherwise 0.          * - nagesqr = 1 if age*age in the model, otherwise 0.
         * - cptcovt total number of covariates of the model nbocc(+)+1 = 8 excepting constant and age and age*age          * - cptcovt total number of covariates of the model nbocc(+)+1 = 8 excepting constant and age and age*age
Line 7650  int decodemodel ( char model[], int last Line 7914  int decodemodel ( char model[], int last
         */          */
 {  {
   int i, j, k, ks;    int i, j, k, ks;
   int  j1, k1, k2;    int  j1, k1, k2, k3, k4;
   char modelsav[80];    char modelsav[80];
   char stra[80], strb[80], strc[80], strd[80],stre[80];    char stra[80], strb[80], strc[80], strd[80],stre[80];
   char *strpt;    char *strpt;
Line 7679  int decodemodel ( char model[], int last Line 7943  int decodemodel ( char model[], int last
  'model=1+age+age*age+V1.' or 'model=1+age+age*age+V1+V1*age.', please swap as well as \n \   'model=1+age+age*age+V1.' or 'model=1+age+age*age+V1+V1*age.', please swap as well as \n \
  corresponding column of parameters.\n",model); fflush(ficlog);   corresponding column of parameters.\n",model); fflush(ficlog);
                                 return 1;                                  return 1;
                         }        }
   
       nagesqr=1;        nagesqr=1;
       if (strstr(model,"+age*age") !=0)        if (strstr(model,"+age*age") !=0)
                                 substrchaine(modelsav, model, "+age*age");                                  substrchaine(modelsav, model, "+age*age");
Line 7695  int decodemodel ( char model[], int last Line 7958  int decodemodel ( char model[], int last
       j1=nbocc(modelsav,'*'); /**< j1=Number of '*' */        j1=nbocc(modelsav,'*'); /**< j1=Number of '*' */
       cptcovs=j+1-j1; /**<  Number of simple covariates V1+V1*age+V3 +V3*V4+age*age=> V1 + V3 =5-3=2  */        cptcovs=j+1-j1; /**<  Number of simple covariates V1+V1*age+V3 +V3*V4+age*age=> V1 + V3 =5-3=2  */
       cptcovt= j+1; /* Number of total covariates in the model, not including        cptcovt= j+1; /* Number of total covariates in the model, not including
                                                                                  * cst, age and age*age                        * cst, age and age*age 
                                                                                  * V1+V1*age+ V3 + V3*V4+age*age=> 3+1=4*/                       * V1+V1*age+ V3 + V3*V4+age*age=> 3+1=4*/
                         /* including age products which are counted in cptcovage.        /* including age products which are counted in cptcovage.
                          * but the covariates which are products must be treated          * but the covariates which are products must be treated 
                          * separately: ncovn=4- 2=2 (V1+V3). */         * separately: ncovn=4- 2=2 (V1+V3). */
       cptcovprod=j1; /**< Number of products  V1*V2 +v3*age = 2 */        cptcovprod=j1; /**< Number of products  V1*V2 +v3*age = 2 */
       cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age: V3*V4 =1  */        cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age: V3*V4 =1  */
         
             
       /*   Design        /*   Design
        *  V1   V2   V3   V4  V5  V6  V7  V8  V9 Weight         *  V1   V2   V3   V4  V5  V6  V7  V8  V9 Weight
        *  <          ncovcol=8                >         *  <          ncovcol=8                >
Line 7737  int decodemodel ( char model[], int last Line 8000  int decodemodel ( char model[], int last
        *       {2,   1,     4,      8,    5,      6,     3,       7}         *       {2,   1,     4,      8,    5,      6,     3,       7}
        * Struct []         * Struct []
        */         */
         
       /* This loop fills the array Tvar from the string 'model'.*/        /* This loop fills the array Tvar from the string 'model'.*/
       /* j is the number of + signs in the model V1+V2+V3 j=2 i=3 to 1 */        /* j is the number of + signs in the model V1+V2+V3 j=2 i=3 to 1 */
       /*   modelsav=V2+V1+V4+age*V3 strb=age*V3 stra=V2+V1+V4  */        /*   modelsav=V2+V1+V4+age*V3 strb=age*V3 stra=V2+V1+V4  */
Line 7752  int decodemodel ( char model[], int last Line 8015  int decodemodel ( char model[], int last
       /* for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k])]]*cov[2]; */        /* for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k])]]*cov[2]; */
       /*        /*
        * Treating invertedly V2+V1+V3*age+V2*V4 is as if written V2*V4 +V3*age + V1 + V2 */         * Treating invertedly V2+V1+V3*age+V2*V4 is as if written V2*V4 +V3*age + V1 + V2 */
       for(k=cptcovt; k>=1;k--) /**< Number of covariates */        for(k=cptcovt; k>=1;k--){ /**< Number of covariates not including constant and age, neither age*age*/
         Tvar[k]=0;          Tvar[k]=0; Tprod[k]=0; Tposprod[k]=0;
         }
       cptcovage=0;        cptcovage=0;
       for(k=1; k<=cptcovt;k++){ /* Loop on total covariates of the model */        for(k=1; k<=cptcovt;k++){ /* Loop on total covariates of the model */
                                 cutl(stra,strb,modelsav,'+'); /* keeps in strb after the first '+'                                   cutl(stra,strb,modelsav,'+'); /* keeps in strb after the first '+' 
                                                                                                                                                                  modelsav==V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age stra=V2+V1+V4 */                                            modelsav==V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age stra=V2+V1+V4 */ 
                                 if (nbocc(modelsav,'+')==0) strcpy(strb,modelsav); /* and analyzes it */                                  if (nbocc(modelsav,'+')==0) strcpy(strb,modelsav); /* and analyzes it */
                                 /*      printf("i=%d a=%s b=%s sav=%s\n",i, stra,strb,modelsav);*/                                  /*      printf("i=%d a=%s b=%s sav=%s\n",i, stra,strb,modelsav);*/
                                 /*scanf("%d",i);*/                                  /*scanf("%d",i);*/
Line 7768  int decodemodel ( char model[], int last Line 8032  int decodemodel ( char model[], int last
                                                 cptcovprod--;                                                  cptcovprod--;
                                                 cutl(stre,strb,strd,'V'); /* strd=V3(input): stre="3" */                                                  cutl(stre,strb,strd,'V'); /* strd=V3(input): stre="3" */
                                                 Tvar[k]=atoi(stre);  /* V2+V1+V4+V3*age Tvar[4]=3 ; V1+V2*age Tvar[2]=2; V1+V1*age Tvar[2]=1 */                                                  Tvar[k]=atoi(stre);  /* V2+V1+V4+V3*age Tvar[4]=3 ; V1+V2*age Tvar[2]=2; V1+V1*age Tvar[2]=1 */
                                                   Typevar[k]=1;  /* 1 for age product */
                                                 cptcovage++; /* Sums the number of covariates which include age as a product */                                                  cptcovage++; /* Sums the number of covariates which include age as a product */
                                                 Tage[cptcovage]=k;  /* Tvar[4]=3, Tage[1] = 4 or V1+V1*age Tvar[2]=1, Tage[1]=2 */                                                  Tage[cptcovage]=k;  /* Tvar[4]=3, Tage[1] = 4 or V1+V1*age Tvar[2]=1, Tage[1]=2 */
                                                 /*printf("stre=%s ", stre);*/                                                  /*printf("stre=%s ", stre);*/
Line 7775  int decodemodel ( char model[], int last Line 8040  int decodemodel ( char model[], int last
                                                 cptcovprod--;                                                  cptcovprod--;
                                                 cutl(stre,strb,strc,'V');                                                  cutl(stre,strb,strc,'V');
                                                 Tvar[k]=atoi(stre);                                                  Tvar[k]=atoi(stre);
                                                   Typevar[k]=1;  /* 1 for age product */
                                                 cptcovage++;                                                  cptcovage++;
                                                 Tage[cptcovage]=k;                                                  Tage[cptcovage]=k;
                                         } else {  /* Age is not in the model product V2+V1+V1*V4+V3*age+V3*V2  strb=V3*V2*/                                          } else {  /* Age is not in the model product V2+V1+V1*V4+V3*age+V3*V2  strb=V3*V2*/
Line 7782  int decodemodel ( char model[], int last Line 8048  int decodemodel ( char model[], int last
                                                 cptcovn++;                                                  cptcovn++;
                                                 cptcovprodnoage++;k1++;                                                  cptcovprodnoage++;k1++;
                                                 cutl(stre,strb,strc,'V'); /* strc= Vn, stre is n; strb=V3*V2 stre=3 strc=*/                                                  cutl(stre,strb,strc,'V'); /* strc= Vn, stre is n; strb=V3*V2 stre=3 strc=*/
                                                 Tvar[k]=ncovcol+k1; /* For model-covariate k tells which data-covariate to use but                                                  Tvar[k]=ncovcol+nqv+ntv+nqtv+k1; /* For model-covariate k tells which data-covariate to use but
                                                                                                                                          because this model-covariate is a construction we invent a new column                                                                                                                                                                                                  because this model-covariate is a construction we invent a new column
                                                                                                                                          ncovcol + k1                                                                                                                                                                                                  which is after existing variables ncovcol+nqv+ntv+nqtv + k1
                                                                                                                                          If already ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2                                                                                                                                                                                                  If already ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2
                                                                                                                                          Tvar[3=V1*V4]=4+1 Tvar[5=V3*V2]=4 + 2= 6, etc */                                                                                                                                                                                                  Tvar[3=V1*V4]=4+1 Tvar[5=V3*V2]=4 + 2= 6, etc */
                                                   Typevar[k]=2;  /* 2 for double fixed dummy covariates */
                                                 cutl(strc,strb,strd,'V'); /* strd was Vm, strc is m */                                                  cutl(strc,strb,strd,'V'); /* strd was Vm, strc is m */
                                                 Tprod[k1]=k;  /* Tprod[1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2  */                                                  Tprod[k1]=k;  /* Tprod[1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2  */
                                                   Tposprod[k]=k1; /* Tpsprod[3]=1, Tposprod[2]=5 */
                                                 Tvard[k1][1] =atoi(strc); /* m 1 for V1*/                                                  Tvard[k1][1] =atoi(strc); /* m 1 for V1*/
                                                 Tvard[k1][2] =atoi(stre); /* n 4 for V4*/                                                  Tvard[k1][2] =atoi(stre); /* n 4 for V4*/
                                                 k2=k2+2;                                                  k2=k2+2;  /* k2 is initialize to -1, We want to store the n and m in Vn*Vm at the end of Tvar */
                                                 Tvar[cptcovt+k2]=Tvard[k1][1]; /* Tvar[(cptcovt=4+k2=1)=5]= 1 (V1) */                                                  /* Tvar[cptcovt+k2]=Tvard[k1][1]; /\* Tvar[(cptcovt=4+k2=1)=5]= 1 (V1) *\/ */
                                                 Tvar[cptcovt+k2+1]=Tvard[k1][2];  /* Tvar[(cptcovt=4+(k2=1)+1)=6]= 4 (V4) */                                                  /* Tvar[cptcovt+k2+1]=Tvard[k1][2];  /\* Tvar[(cptcovt=4+(k2=1)+1)=6]= 4 (V4) *\/ */
               /*ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2, Tvar[3]=5, Tvar[4]=6, cptcovt=5 */
                                                   /*                     1  2   3      4     5 | Tvar[5+1)=1, Tvar[7]=2   */
                                                 for (i=1; i<=lastobs;i++){                                                  for (i=1; i<=lastobs;i++){
                                                         /* Computes the new covariate which is a product of                                                          /* Computes the new covariate which is a product of
                                                                  covar[n][i]* covar[m][i] and stores it at ncovol+k1 May not be defined */                                                                   covar[n][i]* covar[m][i] and stores it at ncovol+k1 May not be defined */
Line 7805  int decodemodel ( char model[], int last Line 8075  int decodemodel ( char model[], int last
                                         /*printf("d=%s c=%s b=%s\n", strd,strc,strb);*/                                          /*printf("d=%s c=%s b=%s\n", strd,strc,strb);*/
                                         /*  scanf("%d",i);*/                                          /*  scanf("%d",i);*/
                                         cutl(strd,strc,strb,'V');                                          cutl(strd,strc,strb,'V');
                                         ks++; /**< Number of simple covariates */                                          ks++; /**< Number of simple covariates dummy or quantitative, fixe or varying */
                                         cptcovn++;                                          cptcovn++; /** V4+V3+V5: V4 and V3 timevarying dummy covariates, V5 timevarying quantitative */
                                         Tvar[k]=atoi(strd);                                          Tvar[k]=atoi(strd);
                                           Typevar[k]=0;  /* 0 for simple covariates */
                                 }                                  }
                                 strcpy(modelsav,stra);  /* modelsav=V2+V1+V4 stra=V2+V1+V4 */                                   strcpy(modelsav,stra);  /* modelsav=V2+V1+V4 stra=V2+V1+V4 */ 
                                 /*printf("a=%s b=%s sav=%s\n", stra,strb,modelsav);                                  /*printf("a=%s b=%s sav=%s\n", stra,strb,modelsav);
                                         scanf("%d",i);*/                                    scanf("%d",i);*/
       } /* end of loop + on total covariates */        } /* end of loop + on total covariates */
     } /* end if strlen(modelsave == 0) age*age might exist */      } /* end if strlen(modelsave == 0) age*age might exist */
   } /* end if strlen(model == 0) */    } /* end if strlen(model == 0) */
       
   /*The number n of Vn is stored in Tvar. cptcovage =number of age covariate. Tage gives the position of age. cptcovprod= number of products.    /*The number n of Vn is stored in Tvar. cptcovage =number of age covariate. Tage gives the position of age. cptcovprod= number of products.
     If model=V1+V1*age then Tvar[1]=1 Tvar[2]=1 cptcovage=1 Tage[1]=2 cptcovprod=0*/      If model=V1+V1*age then Tvar[1]=1 Tvar[2]=1 cptcovage=1 Tage[1]=2 cptcovprod=0*/
     
   /* printf("tvar1=%d tvar2=%d tvar3=%d cptcovage=%d Tage=%d",Tvar[1],Tvar[2],Tvar[3],cptcovage,Tage[1]);    /* printf("tvar1=%d tvar2=%d tvar3=%d cptcovage=%d Tage=%d",Tvar[1],Tvar[2],Tvar[3],cptcovage,Tage[1]);
                  printf("cptcovprod=%d ", cptcovprod);       printf("cptcovprod=%d ", cptcovprod);
                  fprintf(ficlog,"cptcovprod=%d ", cptcovprod);       fprintf(ficlog,"cptcovprod=%d ", cptcovprod);
        scanf("%d ",i);*/
                  scanf("%d ",i);*/  
 /* Dispatching in quantitative and time varying covariates */  
   /* Until here, decodemodel knows only the grammar (simple, product, age*) of the model but not what kind
         for(k=1, ncoveff=0, nqveff=0, ntveff=0, nqtveff=0;k<=cptcovn; k++){ /* or cptocvt */     of variable (dummy vs quantitative, fixed vs time varying) is behind. But we know the # of each. */
                 if (Tvar[k] <=ncovcol){  /* ncovcol= 1, nqv=1 | ntv=2, nqtv= 1  = 5 possible variables data: 2 fixed 3, varying
                         ncoveff++;     model=        V5 + V4 +V3 + V4*V3 + V5*age + V2 + V1*V2 + V1*age + V5*age, V1 is not used saving its place
                 }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv){     k =           1    2   3     4       5       6      7      8        9
                         nqveff++;     Tvar[k]=      5    4   3 1+1+2+1+1=6 5       2      7      1        5
                 }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv){     Typevar[k]=   0    0   0     2       1       0      2      1        1
                         ntveff++;     Fixed[k]      1    1   1     1       3       0    0 or 2   2        3
                 }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){     Dummy[k]      1    0   0     0       3       1      1      2        3
             Tmodelind[combination of covar]=k;
   */  
   /* Dispatching between quantitative and time varying covariates */
     /* If Tvar[k] >ncovcol it is a product */
     /* Tvar[k] is the value n of Vn with n varying for 1 to nvcol, or p  Vp=Vn*Vm for product */
           /* Computing effective variables, ie used by the model, that is from the cptcovt variables */
     printf("Model=%s\n\
   Typevar: 0 for simple covariate (dummy, quantitative, fixed or varying), 1 for age product, 2 for  product \n\
   Fixed[k] 0=fixed (product or simple), 1 varying, 2 fixed with age product, 3 varying with age product \n\
   Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy with age product, 3 quant with age product\n",model);
     fprintf(ficlog,"Model=%s\n\
   Typevar: 0 for simple covariate (dummy, quantitative, fixed or varying), 1 for age product, 2 for  product \n\
   Fixed[k] 0=fixed (product or simple), 1 varying, 2 fixed with age product, 3 varying with age product \n\
   Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy with age product, 3 quant with age product\n",model);
   
     for(k=1, ncovf=0, ncovv=0, ncova=0, ncoveff=0, nqfveff=0, ntveff=0, nqtveff=0;k<=cptcovt; k++){ /* or cptocvt */
       if (Tvar[k] <=ncovcol && (Typevar[k]==0 || Typevar[k]==2)){ /* Simple or product fixed dummy (<=ncovcol) covariates */
         Fixed[k]= 0;
         Dummy[k]= 0;
         ncoveff++;
         ncovf++;
                           modell[k].maintype= FTYPE;
                           TvarF[ncovf]=Tvar[k];
                           TvarFind[ncovf]=k;
         TvarFD[ncoveff]=Tvar[k]; /* TvarFD[1]=V1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
         TvarFDind[ncoveff]=k; /* TvarFDind[1]=9 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
       }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv && Typevar[k]==0){ /* Remind that product Vn*Vm are added in k*/ /* Only simple fixed quantitative variable */
         Fixed[k]= 0;
         Dummy[k]= 1;
         nqfveff++;
                           modell[k].maintype= FTYPE;
                           modell[k].subtype= FQ;
         ncovf++;
                           TvarF[ncovf]=Tvar[k];
                           TvarFind[ncovf]=k;
         TvarFQ[nqfveff]=Tvar[k]-ncovcol; /* TvarFQ[1]=V2-1=1st in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
         TvarFQind[nqfveff]=k; /* TvarFQind[1]=6 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple fixed quantitative variable */
       }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv && Typevar[k]==0){
         Fixed[k]= 1;
         Dummy[k]= 0;
         ntveff++; /* Only simple time varying dummy variable */
                           modell[k].maintype= VTYPE;
                           modell[k].subtype= VD;
                           ncovv++; /* Only simple time varying variables */
                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                           TvarVind[ncovv]=k;
         TvarVD[ntveff]=Tvar[k]; /* TvarVD[1]=V4  TvarVD[2]=V3 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying dummy variable */
         TvarVDind[ntveff]=k; /* TvarVDind[1]=2 TvarVDind[2]=3 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying dummy variable */
         printf("Quasi Tmodelind[%d]=%d,Tvar[Tmodelind[%d]]=V%d, ncovcol=%d, nqv=%d,Tvar[k]- ncovcol-nqv=%d\n",ntveff,k,ntveff,Tvar[k], ncovcol, nqv,Tvar[k]- ncovcol-nqv);
         printf("Quasi TmodelInvind[%d]=%d\n",k,Tvar[k]- ncovcol-nqv);
       }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv  && Typevar[k]==0){ /* Only simple time varying quantitative variable V5*/
                           Fixed[k]= 1;
                           Dummy[k]= 1;
                         nqtveff++;                          nqtveff++;
                 }else                          modell[k].maintype= VTYPE;
                         printf("Error in effective covariates \n");                          modell[k].subtype= VQ;
         }                          ncovv++; /* Only simple time varying variables */
                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                           TvarVind[ncovv]=k;
         TvarVQ[nqtveff]=Tvar[k]; /* TvarVQ[1]=V5 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */
         TvarVQind[nqtveff]=k; /* TvarVQind[1]=1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */
                           TmodelInvQind[nqtveff]=Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv;/* Only simple time varying quantitative variable */
                           /* Tmodeliqind[k]=nqtveff;/\* Only simple time varying quantitative variable *\/ */
                           printf("Quasi TmodelQind[%d]=%d,Tvar[TmodelQind[%d]]=V%d, ncovcol=%d, nqv=%d, ntv=%d,Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv=%d\n",nqtveff,k,nqtveff,Tvar[k], ncovcol, nqv, ntv, Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv);
         printf("Quasi TmodelInvQind[%d]=%d\n",k,Tvar[k]- ncovcol-nqv-ntv);
       }else if (Typevar[k] == 1) {  /* product with age */
                           ncova++;
                           TvarA[ncova]=Tvar[k];
                           TvarAind[ncova]=k;
         if (Tvar[k] <=ncovcol ){ /* Product age with fixed dummy covariatee */
                                   Fixed[k]= 2;
                                   Dummy[k]= 2;
                                   modell[k].maintype= ATYPE;
                                   modell[k].subtype= APFD;
                                   /* ncoveff++; */
         }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv) { /* Remind that product Vn*Vm are added in k*/
                                   Fixed[k]= 2;
                                   Dummy[k]= 3;
                                   modell[k].maintype= ATYPE;
                                   modell[k].subtype= APFQ;                /*      Product age * fixed quantitative */
                                   /* nqfveff++;  /\* Only simple fixed quantitative variable *\/ */
         }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv ){
                                   Fixed[k]= 3;
                                   Dummy[k]= 2;
                                   modell[k].maintype= ATYPE;
                                   modell[k].subtype= APVD;                /*      Product age * varying dummy */
                                   /* ntveff++; /\* Only simple time varying dummy variable *\/ */
         }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
                                   Fixed[k]= 3;
                                   Dummy[k]= 3;
                                   modell[k].maintype= ATYPE;
                                   modell[k].subtype= APVQ;                /*      Product age * varying quantitative */
                                   /* nqtveff++;/\* Only simple time varying quantitative variable *\/ */
         }
       }else if (Typevar[k] == 2) {  /* product without age */
         k1=Tposprod[k];
         if(Tvard[k1][1] <=ncovcol){
                                   if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 0;
                                           modell[k].maintype= FTYPE;
                                           modell[k].subtype= FPDD;                /*      Product fixed dummy * fixed dummy */
                                           ncovf++; /* Fixed variables without age */
                                           TvarF[ncovf]=Tvar[k];
                                           TvarFind[ncovf]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv){
                                           Fixed[k]= 0;  /* or 2 ?*/
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= FTYPE;
                                           modell[k].subtype= FPDQ;                /*      Product fixed dummy * fixed quantitative */
                                           ncovf++; /* Varying variables without age */
                                           TvarF[ncovf]=Tvar[k];
                                           TvarFind[ncovf]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 0;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDD;                /*      Product fixed dummy * varying dummy */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDQ;                /*      Product fixed dummy * varying quantitative */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   } 
         }else if(Tvard[k1][1] <=ncovcol+nqv){
                                   if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
                                           Fixed[k]= 0;  /* or 2 ?*/
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= FTYPE;
                                           modell[k].subtype= FPDQ;                /*      Product fixed quantitative * fixed dummy */
                                           ncovf++; /* Fixed variables without age */
                                           TvarF[ncovf]=Tvar[k];
                                           TvarFind[ncovf]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDQ;                /*      Product fixed quantitative * varying dummy */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPQQ;                /*      Product fixed quantitative * varying quantitative */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   } 
         }else if(Tvard[k1][1] <=ncovcol+nqv+ntv){
                                   if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDD;                /*      Product time varying dummy * fixed dummy */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDQ;                /*      Product time varying dummy * fixed quantitative */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 0;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDD;                /*      Product time varying dummy * time varying dummy */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDQ;                /*      Product time varying dummy * time varying quantitative */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   } 
         }else if(Tvard[k1][1] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
                                   if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDQ;                /*      Product time varying quantitative * fixed dummy */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPQQ;                /*      Product time varying quantitative * fixed quantitative */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPDQ;                /*      Product time varying quantitative * time varying dummy */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
                                           Fixed[k]= 1;
                                           Dummy[k]= 1;
                                           modell[k].maintype= VTYPE;
                                           modell[k].subtype= VPQQ;                /*      Product time varying quantitative * time varying quantitative */
                                           ncovv++; /* Varying variables without age */
                                           TvarV[ncovv]=Tvar[k];
                                           TvarVind[ncovv]=k;
                                   } 
         }else{
                                   printf("Error unknown type of covariate: Tvard[%d][1]=%d,Tvard[%d][2]=%d\n",k1,Tvard[k1][1],k1,Tvard[k1][2]);
                                   fprintf(ficlog,"Error unknown type of covariate: Tvard[%d][1]=%d,Tvard[%d][2]=%d\n",k1,Tvard[k1][1],k1,Tvard[k1][2]);
         } /* end k1 */
       }else{
         printf("Error, current version can't treat for performance reasons, Tvar[%d]=%d, Typevar[%d]=%d\n", k, Tvar[k], k, Typevar[k]);
         fprintf(ficlog,"Error, current version can't treat for performance reasons, Tvar[%d]=%d, Typevar[%d]=%d\n", k, Tvar[k], k, Typevar[k]);
       }
       printf("Decodemodel, k=%d, Tvar[%d]=V%d,Typevar=%d, Fixed=%d, Dummy=%d\n",k, k,Tvar[k],Typevar[k],Fixed[k],Dummy[k]);
       printf("           modell[%d].maintype=%d, modell[%d].subtype=%d\n",k,modell[k].maintype,k,modell[k].subtype);
       fprintf(ficlog,"Decodemodel, k=%d, Tvar[%d]=V%d,Typevar=%d, Fixed=%d, Dummy=%d\n",k, k,Tvar[k],Typevar[k],Fixed[k],Dummy[k]);
     }
     /* Searching for doublons in the model */
     for(k1=1; k1<= cptcovt;k1++){
       for(k2=1; k2 <k1;k2++){
         if((Typevar[k1]==Typevar[k2]) && (Fixed[Tvar[k1]]==Fixed[Tvar[k2]]) && (Dummy[Tvar[k1]]==Dummy[Tvar[k2]] )){
                                   if((Typevar[k1] == 0 || Typevar[k1] == 1)){ /* Simple or age product */
                                           if(Tvar[k1]==Tvar[k2]){
                                                   printf("Error duplication in the model=%s at positions (+) %d and %d, Tvar[%d]=V%d, Tvar[%d]=V%d, Typevar=%d, Fixed=%d, Dummy=%d\n", model, k1,k2, k1, Tvar[k1], k2, Tvar[k2],Typevar[k1],Fixed[Tvar[k1]],Dummy[Tvar[k1]]);
                                                   fprintf(ficlog,"Error duplication in the model=%s at positions (+) %d and %d, Tvar[%d]=V%d, Tvar[%d]=V%d, Typevar=%d, Fixed=%d, Dummy=%d\n", model, k1,k2, k1, Tvar[k1], k2, Tvar[k2],Typevar[k1],Fixed[Tvar[k1]],Dummy[Tvar[k1]]); fflush(ficlog);
                                                   return(1);
                                           }
                                   }else if (Typevar[k1] ==2){
                                           k3=Tposprod[k1];
                                           k4=Tposprod[k2];
                                           if( ((Tvard[k3][1]== Tvard[k4][1])&&(Tvard[k3][2]== Tvard[k4][2])) || ((Tvard[k3][1]== Tvard[k4][2])&&(Tvard[k3][2]== Tvard[k4][1])) ){
                                                   printf("Error duplication in the model=%s at positions (+) %d and %d, V%d*V%d, Typevar=%d, Fixed=%d, Dummy=%d\n",model, k1,k2, Tvard[k3][1], Tvard[k3][2],Typevar[k1],Fixed[Tvar[k1]],Dummy[Tvar[k1]]);
                                                   fprintf(ficlog,"Error duplication in the model=%s at positions (+) %d and %d, V%d*V%d, Typevar=%d, Fixed=%d, Dummy=%d\n",model, k1,k2, Tvard[k3][1], Tvard[k3][2],Typevar[k1],Fixed[Tvar[k1]],Dummy[Tvar[k1]]); fflush(ficlog);
                                                   return(1);
                                           }
                                   }
         }
       }
     }
     printf("ncoveff=%d, nqfveff=%d, ntveff=%d, nqtveff=%d, cptcovn=%d\n",ncoveff,nqfveff,ntveff,nqtveff,cptcovn);
     fprintf(ficlog,"ncoveff=%d, nqfveff=%d, ntveff=%d, nqtveff=%d, cptcovn=%d\n",ncoveff,nqfveff,ntveff,nqtveff,cptcovn);
     printf("ncovf=%d, ncovv=%d, ncova=%d\n",ncovf,ncovv,ncova);
     fprintf(ficlog,"ncovf=%d, ncovv=%d, ncova=%d\n",ncovf,ncovv,ncova);
   return (0); /* with covar[new additional covariate if product] and Tage if age */     return (0); /* with covar[new additional covariate if product] and Tage if age */ 
   /*endread:*/    /*endread:*/
         printf("Exiting decodemodel: ");    printf("Exiting decodemodel: ");
         return (1);    return (1);
 }  }
   
 int calandcheckages(int imx, int maxwav, double *agemin, double *agemax, int *nberr, int *nbwarn )  int calandcheckages(int imx, int maxwav, double *agemin, double *agemax, int *nberr, int *nbwarn )
Line 8164  int prevalence_limit(double *p, double * Line 8695  int prevalence_limit(double *p, double *
     printf("Problem with period (stable) prevalence resultfile: %s\n", filerespl);return 1;      printf("Problem with period (stable) prevalence resultfile: %s\n", filerespl);return 1;
     fprintf(ficlog,"Problem with period (stable) prevalence resultfile: %s\n", filerespl);return 1;      fprintf(ficlog,"Problem with period (stable) prevalence resultfile: %s\n", filerespl);return 1;
   }    }
   printf("Computing period (stable) prevalence: result on file '%s' \n", filerespl);    printf("\nComputing period (stable) prevalence: result on file '%s' \n", filerespl);
   fprintf(ficlog,"Computing period (stable) prevalence: result on file '%s' \n", filerespl);    fprintf(ficlog,"\nComputing period (stable) prevalence: result on file '%s' \n", filerespl);
   pstamp(ficrespl);    pstamp(ficrespl);
   fprintf(ficrespl,"# Period (stable) prevalence. Precision given by ftolpl=%g \n", ftolpl);    fprintf(ficrespl,"# Period (stable) prevalence. Precision given by ftolpl=%g \n", ftolpl);
   fprintf(ficrespl,"#Age ");    fprintf(ficrespl,"#Age ");
Line 8177  int prevalence_limit(double *p, double * Line 8708  int prevalence_limit(double *p, double *
   agebase=ageminpar;    agebase=ageminpar;
   agelim=agemaxpar;    agelim=agemaxpar;
   
   i1=pow(2,ncoveff);    /* i1=pow(2,ncoveff); */
     i1=pow(2,cptcoveff); /* Number of dummy covariates */
   if (cptcovn < 1){i1=1;}    if (cptcovn < 1){i1=1;}
   
   for(k=1; k<=i1;k++){    for(k=1; k<=i1;k++){
Line 8190  int prevalence_limit(double *p, double * Line 8722  int prevalence_limit(double *p, double *
     fprintf(ficrespl,"#******");      fprintf(ficrespl,"#******");
     printf("#******");      printf("#******");
     fprintf(ficlog,"#******");      fprintf(ficlog,"#******");
     for(j=1;j<=nqveff;j++) {      for(j=1;j<=cptcoveff ;j++) {/* all covariates */
       fprintf(ficrespl," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficrespl," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); /* Here problem for varying dummy*/
       printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
     }      }
     fprintf(ficrespl,"******\n");      fprintf(ficrespl,"******\n");
     printf("******\n");      printf("******\n");
     fprintf(ficlog,"******\n");      fprintf(ficlog,"******\n");
                 if(invalidvarcomb[k]){      if(invalidvarcomb[k]){
                                                 printf("\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k);         printf("\nCombination (%d) ignored because no case \n",k); 
                                                 fprintf(ficrespl,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k);         fprintf(ficrespl,"#Combination (%d) ignored because no case \n",k); 
                                                 fprintf(ficlog,"\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k);         fprintf(ficlog,"\nCombination (%d) ignored because no case \n",k); 
                                                 continue;                                                  continue;
                 }      }
   
     fprintf(ficrespl,"#Age ");      fprintf(ficrespl,"#Age ");
     for(j=1;j<=nqveff;j++) {      for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
       fprintf(ficrespl,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficrespl,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
     }      }
     for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficrespl,"  %d-%d   ",i,i);      for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficrespl,"  %d-%d   ",i,i);
     fprintf(ficrespl,"Total Years_to_converge\n");      fprintf(ficrespl,"Total Years_to_converge\n");
               
     for (age=agebase; age<=agelim; age++){      for (age=agebase; age<=agelim; age++){
       /* for (age=agebase; age<=agebase; age++){ */        /* for (age=agebase; age<=agebase; age++){ */
       prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, ncvyearp, k);        prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, ncvyearp, k);
       fprintf(ficrespl,"%.0f ",age );        fprintf(ficrespl,"%.0f ",age );
       for(j=1;j<=nqveff;j++)        for(j=1;j<=cptcoveff;j++)
                                                         fprintf(ficrespl,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficrespl,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       tot=0.;        tot=0.;
       for(i=1; i<=nlstate;i++){        for(i=1; i<=nlstate;i++){
                                                         tot +=  prlim[i][i];          tot +=  prlim[i][i];
                                                         fprintf(ficrespl," %.5f", prlim[i][i]);          fprintf(ficrespl," %.5f", prlim[i][i]);
       }        }
       fprintf(ficrespl," %.3f %d\n", tot, *ncvyearp);        fprintf(ficrespl," %.3f %d\n", tot, *ncvyearp);
     } /* Age */      } /* Age */
Line 8264  int back_prevalence_limit(double *p, dou Line 8796  int back_prevalence_limit(double *p, dou
   agelim=agemaxpar;    agelim=agemaxpar;
       
       
   i1=pow(2,nqveff);    i1=pow(2,cptcoveff);
   if (cptcovn < 1){i1=1;}    if (cptcovn < 1){i1=1;}
     
         for(k=1; k<=i1;k++){     for(k=1; k<=i1;k++){ 
   /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */  
     /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=1;cptcov++){ */  
     //for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){  
     /* k=k+1; */  
     /* to clean */  
     //printf("cptcov=%d cptcod=%d codtab=%d\n",cptcov, cptcod,codtabm(cptcod,cptcov));      //printf("cptcov=%d cptcod=%d codtab=%d\n",cptcov, cptcod,codtabm(cptcod,cptcov));
     fprintf(ficresplb,"#******");      fprintf(ficresplb,"#******");
     printf("#******");      printf("#******");
     fprintf(ficlog,"#******");      fprintf(ficlog,"#******");
     for(j=1;j<=nqveff;j++) {      for(j=1;j<=cptcoveff ;j++) {/* all covariates */
       fprintf(ficresplb," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficresplb," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
Line 8285  int back_prevalence_limit(double *p, dou Line 8812  int back_prevalence_limit(double *p, dou
     fprintf(ficresplb,"******\n");      fprintf(ficresplb,"******\n");
     printf("******\n");      printf("******\n");
     fprintf(ficlog,"******\n");      fprintf(ficlog,"******\n");
                 if(invalidvarcomb[k]){      if(invalidvarcomb[k]){
                                                 printf("\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k);         printf("\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k); 
                                                 fprintf(ficresplb,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k);         fprintf(ficresplb,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k); 
                                                 fprintf(ficlog,"\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k);         fprintf(ficlog,"\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k); 
                                                 continue;        continue;
                 }      }
           
     fprintf(ficresplb,"#Age ");      fprintf(ficresplb,"#Age ");
     for(j=1;j<=nqveff;j++) {      for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
       fprintf(ficresplb,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficresplb,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
     }      }
     for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficresplb,"  %d-%d   ",i,i);      for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficresplb,"  %d-%d   ",i,i);
Line 8305  int back_prevalence_limit(double *p, dou Line 8832  int back_prevalence_limit(double *p, dou
       if(mobilavproj > 0){        if(mobilavproj > 0){
         /* bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, ageminpar, agemaxpar, oldm, savm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */          /* bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, ageminpar, agemaxpar, oldm, savm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */
         /* bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, oldm, savm, dnewm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */          /* bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, oldm, savm, dnewm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */
                                 bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, ftolpl, ncvyearp, k);          bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, ftolpl, ncvyearp, k);
       }else if (mobilavproj == 0){        }else if (mobilavproj == 0){
                                 printf("There is no chance to get back prevalence limit if data aren't non zero and summing to 1, please try a non null mobil_average(=%d) parameter or mobil_average=-1 if you want to try at your own risk.\n",mobilavproj);          printf("There is no chance to get back prevalence limit if data aren't non zero and summing to 1, please try a non null mobil_average(=%d) parameter or mobil_average=-1 if you want to try at your own risk.\n",mobilavproj);
                                 fprintf(ficlog,"There is no chance to get back prevalence limit if data aren't non zero and summing to 1, please try a non null mobil_average(=%d) parameter or mobil_average=-1 if you want to try at your own risk.\n",mobilavproj);          fprintf(ficlog,"There is no chance to get back prevalence limit if data aren't non zero and summing to 1, please try a non null mobil_average(=%d) parameter or mobil_average=-1 if you want to try at your own risk.\n",mobilavproj);
                                 exit(1);          exit(1);
       }else{        }else{
                                 /* bprevalim(bprlim, probs, nlstate, p, age, oldm, savm, dnewm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */          /* bprevalim(bprlim, probs, nlstate, p, age, oldm, savm, dnewm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */
                                 bprevalim(bprlim, probs, nlstate, p, age, ftolpl, ncvyearp, k);          bprevalim(bprlim, probs, nlstate, p, age, ftolpl, ncvyearp, k);
       }        }
       fprintf(ficresplb,"%.0f ",age );        fprintf(ficresplb,"%.0f ",age );
       for(j=1;j<=nqveff;j++)        for(j=1;j<=cptcoveff;j++)
                                 fprintf(ficresplb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficresplb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       tot=0.;        tot=0.;
       for(i=1; i<=nlstate;i++){        for(i=1; i<=nlstate;i++){
                                 tot +=  bprlim[i][i];          tot +=  bprlim[i][i];
                                 fprintf(ficresplb," %.5f", bprlim[i][i]);          fprintf(ficresplb," %.5f", bprlim[i][i]);
       }        }
       fprintf(ficresplb," %.3f %d\n", tot, *ncvyearp);        fprintf(ficresplb," %.3f %d\n", tot, *ncvyearp);
     } /* Age */      } /* Age */
Line 8363  int hPijx(double *p, int bage, int fage) Line 8890  int hPijx(double *p, int bage, int fage)
     /* hstepm=1;   aff par mois*/      /* hstepm=1;   aff par mois*/
     pstamp(ficrespij);      pstamp(ficrespij);
     fprintf(ficrespij,"#****** h Pij x Probability to be in state j at age x+h being in i at x ");      fprintf(ficrespij,"#****** h Pij x Probability to be in state j at age x+h being in i at x ");
     i1= pow(2,nqveff);      i1= pow(2,cptcoveff);
                 /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */                  /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
                 /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */                  /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */
                 /*      k=k+1;  */                  /*      k=k+1;  */
     for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
       fprintf(ficrespij,"\n#****** ");        fprintf(ficrespij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++)         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
         fprintf(ficrespij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficrespij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficrespij,"******\n");        fprintf(ficrespij,"******\n");
               
Line 8435  int hPijx(double *p, int bage, int fage) Line 8962  int hPijx(double *p, int bage, int fage)
   /* hstepm=1;   aff par mois*/    /* hstepm=1;   aff par mois*/
   pstamp(ficrespijb);    pstamp(ficrespijb);
   fprintf(ficrespijb,"#****** h Pij x Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x ");    fprintf(ficrespijb,"#****** h Pij x Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x ");
   i1= pow(2,nqveff);    i1= pow(2,cptcoveff);
   /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */    /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
   /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */    /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */
   /*    k=k+1;  */    /*    k=k+1;  */
   for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){    for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
     fprintf(ficrespijb,"\n#****** ");      fprintf(ficrespijb,"\n#****** ");
     for(j=1;j<=nqveff;j++)      for(j=1;j<=cptcoveff;j++)
       fprintf(ficrespijb,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficrespijb,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
     fprintf(ficrespijb,"******\n");      fprintf(ficrespijb,"******\n");
     if(invalidvarcomb[k]){      if(invalidvarcomb[k]){
Line 8526  int main(int argc, char *argv[]) Line 9053  int main(int argc, char *argv[])
   char path[MAXLINE],pathc[MAXLINE],pathcd[MAXLINE],pathtot[MAXLINE];    char path[MAXLINE],pathc[MAXLINE],pathcd[MAXLINE],pathtot[MAXLINE];
   
   char model[MAXLINE], modeltemp[MAXLINE];    char model[MAXLINE], modeltemp[MAXLINE];
     char resultline[MAXLINE];
     
   char pathr[MAXLINE], pathimach[MAXLINE];     char pathr[MAXLINE], pathimach[MAXLINE]; 
   char *tok, *val; /* pathtot */    char *tok, *val; /* pathtot */
   int firstobs=1, lastobs=10;    int firstobs=1, lastobs=10;
Line 8836  int main(int argc, char *argv[]) Line 9365  int main(int argc, char *argv[])
   
         
   covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);  /**< used in readdata */    covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);  /**< used in readdata */
   coqvar=matrix(1,nqv,1,n);  /**< used in readdata */    coqvar=matrix(1,nqv,1,n);  /**< Fixed quantitative covariate */
   cotvar=ma3x(1,maxwav,1,ntv,1,n);  /**< used in readdata */    cotvar=ma3x(1,maxwav,1,ntv+nqtv,1,n);  /**< Time varying covariate (dummy and quantitative)*/
   cotqvar=ma3x(1,maxwav,1,nqtv,1,n);  /**< used in readdata */    cotqvar=ma3x(1,maxwav,1,nqtv,1,n);  /**< Time varying quantitative covariate */
   cptcovn=0; /*Number of covariates, i.e. number of '+' in model statement plus one, indepently of n in Vn*/    cptcovn=0; /*Number of covariates, i.e. number of '+' in model statement plus one, indepently of n in Vn*/
   /* v1+v2+v3+v2*v4+v5*age makes cptcovn = 5    /* v1+v2+v3+v2*v4+v5*age makes cptcovn = 5
      v1+v2*age+v2*v3 makes cptcovn = 3       v1+v2*age+v2*v3 makes cptcovn = 3
Line 8988  run imach with mle=-1 to get a correct t Line 9517  run imach with mle=-1 to get a correct t
                                   
     /* Scans npar lines */      /* Scans npar lines */
     for(i=1; i <=npar; i++){      for(i=1; i <=npar; i++){
       count=fscanf(ficpar,"%1d%1d%1d",&i1,&j1,&jk);        count=fscanf(ficpar,"%1d%1d%d",&i1,&j1,&jk);
       if(count != 3){        if(count != 3){
                                 printf("Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\          printf("Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\
 This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\  This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);
                                 fprintf(ficlog,"Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\          fprintf(ficlog,"Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\
 This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\  This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);
                                 exit(1);          exit(1);
       }else{        }else{
                                 if(mle==1)          if(mle==1)
                                         printf("%1d%1d%1d",i1,j1,jk);            printf("%1d%1d%d",i1,j1,jk);
                         }        }
       fprintf(ficlog,"%1d%1d%1d",i1,j1,jk);        fprintf(ficlog,"%1d%1d%d",i1,j1,jk);
       fprintf(ficparo,"%1d%1d%1d",i1,j1,jk);        fprintf(ficparo,"%1d%1d%d",i1,j1,jk);
       for(j=1; j <=i; j++){        for(j=1; j <=i; j++){
                                 fscanf(ficpar," %le",&matcov[i][j]);          fscanf(ficpar," %le",&matcov[i][j]);
                                 if(mle==1){          if(mle==1){
                                         printf(" %.5le",matcov[i][j]);            printf(" %.5le",matcov[i][j]);
                                 }          }
                                 fprintf(ficlog," %.5le",matcov[i][j]);          fprintf(ficlog," %.5le",matcov[i][j]);
                                 fprintf(ficparo," %.5le",matcov[i][j]);          fprintf(ficparo," %.5le",matcov[i][j]);
       }        }
       fscanf(ficpar,"\n");        fscanf(ficpar,"\n");
       numlinepar++;        numlinepar++;
Line 9021  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9550  Please run with mle=-1 to get a correct
     /* End of read covariance matrix npar lines */      /* End of read covariance matrix npar lines */
     for(i=1; i <=npar; i++)      for(i=1; i <=npar; i++)
       for(j=i+1;j<=npar;j++)        for(j=i+1;j<=npar;j++)
                                 matcov[i][j]=matcov[j][i];          matcov[i][j]=matcov[j][i];
           
     if(mle==1)      if(mle==1)
       printf("\n");        printf("\n");
Line 9080  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9609  Please run with mle=-1 to get a correct
         k=2 V1 Tvar[k=2]= 1 (from V1)          k=2 V1 Tvar[k=2]= 1 (from V1)
         k=1 Tvar[1]=2 (from V2)          k=1 Tvar[1]=2 (from V2)
     */      */
   Tvar=ivector(1,NCOVMAX); /* Was 15 changed to NCOVMAX. */  
           Tvar=ivector(1,NCOVMAX); /* Was 15 changed to NCOVMAX. */
     TvarF=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarFind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarV=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarVind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarA=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarAind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarFD=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarFDind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarFQ=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarFQind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarVD=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarVDind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarVQ=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     TvarVQind=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
   
     Tvalsel=vector(1,NCOVMAX); /*  */
     Tvarsel=ivector(1,NCOVMAX); /*  */
     Typevar=ivector(-1,NCOVMAX); /* -1 to 2 */
     Fixed=ivector(-1,NCOVMAX); /* -1 to 3 */
     Dummy=ivector(-1,NCOVMAX); /* -1 to 3 */
   /*  V2+V1+V4+age*V3 is a model with 4 covariates (3 plus signs).     /*  V2+V1+V4+age*V3 is a model with 4 covariates (3 plus signs). 
       For each model-covariate stores the data-covariate id. Tvar[1]=2, Tvar[2]=1, Tvar[3]=4,         For each model-covariate stores the data-covariate id. Tvar[1]=2, Tvar[2]=1, Tvar[3]=4, 
       Tvar[4=age*V3] is 3 and 'age' is recorded in Tage.        Tvar[4=age*V3] is 3 and 'age' is recorded in Tage.
Line 9090  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9640  Please run with mle=-1 to get a correct
     ncovcol + k1      ncovcol + k1
     If already ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3      If already ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3
     Tvar[3=V1*V4]=4+1 etc */      Tvar[3=V1*V4]=4+1 etc */
   Tprod=ivector(1,NCOVMAX); /* Gives the position of a product */    Tprod=ivector(1,NCOVMAX); /* Gives the k position of the k1 product */
     Tposprod=ivector(1,NCOVMAX); /* Gives the k1 product from the k position */
   /* Tprod[k1=1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3    /* Tprod[k1=1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3
      if  V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2   TProd[k1=2]=5 (V3*V2)       if  V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2   TProd[k1=2]=5 (V3*V2)
        Tposprod[k]=k1 , Tposprod[3]=1, Tposprod[5]=2 
   */    */
   Tvaraff=ivector(1,NCOVMAX); /* Unclear */    Tvaraff=ivector(1,NCOVMAX); /* Unclear */
   Tvard=imatrix(1,NCOVMAX,1,2); /* n=Tvard[k1][1]  and m=Tvard[k1][2] gives the couple n,m of the k1 th product Vn*Vm    Tvard=imatrix(1,NCOVMAX,1,2); /* n=Tvard[k1][1]  and m=Tvard[k1][2] gives the couple n,m of the k1 th product Vn*Vm
Line 9102  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9654  Please run with mle=-1 to get a correct
                          4 covariates (3 plus signs)                           4 covariates (3 plus signs)
                          Tage[1=V3*age]= 4; Tage[2=age*V4] = 3                           Tage[1=V3*age]= 4; Tage[2=age*V4] = 3
                       */                          */  
     Tmodelind=ivector(1,NCOVMAX);/** gives the k model position of an
                                   * individual dummy, fixed or varying:
                                   * Tmodelind[Tvaraff[3]]=9,Tvaraff[1]@9={4,
                                   * 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0},
                                   * model=V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 , 
                                   * V1 df, V2 qf, V3 & V4 dv, V5 qv
                                   * Tmodelind[1]@9={9,0,3,2,}*/
     TmodelInvind=ivector(1,NCOVMAX); /* TmodelInvind=Tvar[k]- ncovcol-nqv={5-2-1=2,*/
     TmodelInvQind=ivector(1,NCOVMAX);/** gives the k model position of an
                                   * individual quantitative, fixed or varying:
                                   * Tmodelqind[1]=1,Tvaraff[1]@9={4,
                                   * 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0},
                                   * model=V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1*/
 /* Main decodemodel */  /* Main decodemodel */
   
   
Line 9161  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9725  Please run with mle=-1 to get a correct
   nbcode=imatrix(0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);     nbcode=imatrix(0,NCOVMAX,0,NCOVMAX); 
   ncodemax[1]=1;    ncodemax[1]=1;
   Ndum =ivector(-1,NCOVMAX);      Ndum =ivector(-1,NCOVMAX);  
         cptcoveff=0;    cptcoveff=0;
   if (ncovmodel-nagesqr > 2 ){ /* That is if covariate other than cst, age and age*age */    if (ncovmodel-nagesqr > 2 ){ /* That is if covariate other than cst, age and age*age */
     tricode(&cptcoveff,Tvar,nbcode,imx, Ndum); /**< Fills nbcode[Tvar[j]][l]; */      tricode(&cptcoveff,Tvar,nbcode,imx, Ndum); /**< Fills nbcode[Tvar[j]][l]; */
         }    }
             
         ncovcombmax=pow(2,cptcoveff);    ncovcombmax=pow(2,cptcoveff);
         invalidvarcomb=ivector(1, ncovcombmax);     invalidvarcomb=ivector(1, ncovcombmax); 
         for(i=1;i<ncovcombmax;i++)    for(i=1;i<ncovcombmax;i++)
                 invalidvarcomb[i]=0;      invalidvarcomb[i]=0;
     
   /* Nbcode gives the value of the lth modality (currently 1 to 2) of jth covariate, in    /* Nbcode gives the value of the lth modality (currently 1 to 2) of jth covariate, in
      V2+V1*age, there are 3 covariates Tvar[2]=1 (V1).*/       V2+V1*age, there are 3 covariates Tvar[2]=1 (V1).*/
   /* 1 to ncodemax[j] which is the maximum value of this jth covariate */    /* 1 to ncodemax[j] which is the maximum value of this jth covariate */
     
   /*  codtab=imatrix(1,100,1,10);*/ /* codtab[h,k]=( (h-1) - mod(k-1,2**(k-1) )/2**(k-1) */    /*  codtab=imatrix(1,100,1,10);*/ /* codtab[h,k]=( (h-1) - mod(k-1,2**(k-1) )/2**(k-1) */
   /*printf(" codtab[1,1],codtab[100,10]=%d,%d\n", codtab[1][1],codtabm(100,10));*/    /*printf(" codtab[1,1],codtab[100,10]=%d,%d\n", codtab[1][1],codtabm(100,10));*/
   /* codtab gives the value 1 or 2 of the hth combination of k covariates (1 or 2).*/    /* codtab gives the value 1 or 2 of the hth combination of k covariates (1 or 2).*/
Line 9333  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d La Line 9897  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d La
   /* Calculates basic frequencies. Computes observed prevalence at single age     /* Calculates basic frequencies. Computes observed prevalence at single age 
                  and for any valid combination of covariates                   and for any valid combination of covariates
      and prints on file fileres'p'. */       and prints on file fileres'p'. */
   freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvaraff, invalidvarcomb, nbcode, ncodemax,mint,anint,strstart,    \    freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvaraff, invalidvarcomb, nbcode, ncodemax,mint,anint,strstart, \
                                                         firstpass, lastpass,  stepm,  weightopt, model);                firstpass, lastpass,  stepm,  weightopt, model);
   
   fprintf(fichtm,"\n");    fprintf(fichtm,"\n");
   fprintf(fichtm,"<br>Total number of observations=%d <br>\n\    fprintf(fichtm,"<br>Total number of observations=%d <br>\n\
Line 9367  Interval (in months) between two waves: Line 9931  Interval (in months) between two waves:
     for (i=1; i<=imx; i++){      for (i=1; i<=imx; i++){
       dcwave[i]=-1;        dcwave[i]=-1;
       for (m=firstpass; m<=lastpass; m++)        for (m=firstpass; m<=lastpass; m++)
                                 if (s[m][i]>nlstate) {          if (s[m][i]>nlstate) {
                                         dcwave[i]=m;            dcwave[i]=m;
                                         /*      printf("i=%d j=%d s=%d dcwave=%d\n",i,j, s[j][i],dcwave[i]);*/            /*    printf("i=%d j=%d s=%d dcwave=%d\n",i,j, s[j][i],dcwave[i]);*/
                                         break;            break;
                                 }          }
     }      }
                       
     for (i=1; i<=imx; i++) {      for (i=1; i<=imx; i++) {
       if (wav[i]>0){        if (wav[i]>0){
                                 ageexmed[i]=agev[mw[1][i]][i];          ageexmed[i]=agev[mw[1][i]][i];
                                 j=wav[i];          j=wav[i];
                                 agecens[i]=1.;           agecens[i]=1.; 
                                           
                                 if (ageexmed[i]> 1 && wav[i] > 0){          if (ageexmed[i]> 1 && wav[i] > 0){
                                         agecens[i]=agev[mw[j][i]][i];            agecens[i]=agev[mw[j][i]][i];
                                         cens[i]= 1;            cens[i]= 1;
                                 }else if (ageexmed[i]< 1)           }else if (ageexmed[i]< 1) 
                                         cens[i]= -1;            cens[i]= -1;
                                 if (agedc[i]< AGESUP && agedc[i]>1 && dcwave[i]>firstpass && dcwave[i]<=lastpass)          if (agedc[i]< AGESUP && agedc[i]>1 && dcwave[i]>firstpass && dcwave[i]<=lastpass)
                                         cens[i]=0 ;            cens[i]=0 ;
       }        }
       else cens[i]=-1;        else cens[i]=-1;
     }      }
           
     for (i=1;i<=NDIM;i++) {      for (i=1;i<=NDIM;i++) {
       for (j=1;j<=NDIM;j++)        for (j=1;j<=NDIM;j++)
                                 ximort[i][j]=(i == j ? 1.0 : 0.0);          ximort[i][j]=(i == j ? 1.0 : 0.0);
     }      }
           
     /*p[1]=0.0268; p[NDIM]=0.083;*/      /*p[1]=0.0268; p[NDIM]=0.083;*/
Line 9616  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10180  Please run with mle=-1 to get a correct
     fprintf(ficlog,"# Parameters nlstate*nlstate*ncov a12*1 + b12 * age + ...\n");      fprintf(ficlog,"# Parameters nlstate*nlstate*ncov a12*1 + b12 * age + ...\n");
     for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){      for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
       for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){        for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){
                                 if (k != i) {          if (k != i) {
                                         printf("%d%d ",i,k);            printf("%d%d ",i,k);
                                         fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);            fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);
                                         fprintf(ficres,"%1d%1d ",i,k);            fprintf(ficres,"%1d%1d ",i,k);
                                         for(j=1; j <=ncovmodel; j++){            for(j=1; j <=ncovmodel; j++){
                                                 printf("%12.7f ",p[jk]);              printf("%12.7f ",p[jk]);
                                                 fprintf(ficlog,"%12.7f ",p[jk]);              fprintf(ficlog,"%12.7f ",p[jk]);
                                                 fprintf(ficres,"%12.7f ",p[jk]);              fprintf(ficres,"%12.7f ",p[jk]);
                                                 jk++;               jk++; 
                                         }            }
                                         printf("\n");            printf("\n");
                                         fprintf(ficlog,"\n");            fprintf(ficlog,"\n");
                                         fprintf(ficres,"\n");            fprintf(ficres,"\n");
                                 }          }
       }        }
     }      }
     if(mle != 0){      if(mle != 0){
Line 9639  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10203  Please run with mle=-1 to get a correct
       printf("Parameters and 95%% confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W .\n But be careful that parameters are highly correlated because incidence of disability is highly correlated to incidence of recovery.\n It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");        printf("Parameters and 95%% confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W .\n But be careful that parameters are highly correlated because incidence of disability is highly correlated to incidence of recovery.\n It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");
       fprintf(ficlog, "Parameters, Wald tests and Wald-based confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W \n  It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");        fprintf(ficlog, "Parameters, Wald tests and Wald-based confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W \n  It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");
       for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){        for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
                                 for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){          for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){
                                         if (k != i) {            if (k != i) {
                                                 printf("%d%d ",i,k);              printf("%d%d ",i,k);
                                                 fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);              fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);
                                                 for(j=1; j <=ncovmodel; j++){              for(j=1; j <=ncovmodel; j++){
                                                         printf("%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));                printf("%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));
                                                         fprintf(ficlog,"%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));                fprintf(ficlog,"%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));
                                                         jk++;                 jk++; 
                                                 }              }
                                                 printf("\n");              printf("\n");
                                                 fprintf(ficlog,"\n");              fprintf(ficlog,"\n");
                                         }            }
                                 }          }
       }        }
     } /* end of hesscov and Wald tests */      } /* end of hesscov and Wald tests */
                       
     /*  */      /*  */
     fprintf(ficres,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      fprintf(ficres,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     printf("# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      printf("# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     fprintf(ficlog,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      fprintf(ficlog,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){      for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
       for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){        for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){
                                 if (j!=i) {          if (j!=i) {
                                         fprintf(ficres,"%1d%1d",i,j);            fprintf(ficres,"%1d%1d",i,j);
                                         printf("%1d%1d",i,j);            printf("%1d%1d",i,j);
                                         fprintf(ficlog,"%1d%1d",i,j);            fprintf(ficlog,"%1d%1d",i,j);
                                         for(k=1; k<=ncovmodel;k++){            for(k=1; k<=ncovmodel;k++){
                                                 printf(" %.5e",delti[jk]);              printf(" %.5e",delti[jk]);
                                                 fprintf(ficlog," %.5e",delti[jk]);              fprintf(ficlog," %.5e",delti[jk]);
                                                 fprintf(ficres," %.5e",delti[jk]);              fprintf(ficres," %.5e",delti[jk]);
                                                 jk++;              jk++;
                                         }            }
                                         printf("\n");            printf("\n");
                                         fprintf(ficlog,"\n");            fprintf(ficlog,"\n");
                                         fprintf(ficres,"\n");            fprintf(ficres,"\n");
                                 }          }
       }        }
     }      }
           
Line 9698  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10262  Please run with mle=-1 to get a correct
     for(itimes=1;itimes<=2;itimes++){      for(itimes=1;itimes<=2;itimes++){
       jj=0;        jj=0;
       for(i=1; i <=nlstate; i++){        for(i=1; i <=nlstate; i++){
                                 for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){          for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){
                                         if(j==i) continue;            if(j==i) continue;
                                         for(k=1; k<=ncovmodel;k++){            for(k=1; k<=ncovmodel;k++){
                                                 jj++;              jj++;
                                                 ca[0]= k+'a'-1;ca[1]='\0';              ca[0]= k+'a'-1;ca[1]='\0';
                                                 if(itimes==1){              if(itimes==1){
                                                         if(mle>=1)                if(mle>=1)
                                                                 printf("#%1d%1d%d",i,j,k);                  printf("#%1d%1d%d",i,j,k);
                                                         fprintf(ficlog,"#%1d%1d%d",i,j,k);                fprintf(ficlog,"#%1d%1d%d",i,j,k);
                                                         fprintf(ficres,"#%1d%1d%d",i,j,k);                fprintf(ficres,"#%1d%1d%d",i,j,k);
                                                 }else{              }else{
                                                         if(mle>=1)                if(mle>=1)
                                                                 printf("%1d%1d%d",i,j,k);                  printf("%1d%1d%d",i,j,k);
                                                         fprintf(ficlog,"%1d%1d%d",i,j,k);                fprintf(ficlog,"%1d%1d%d",i,j,k);
                                                         fprintf(ficres,"%1d%1d%d",i,j,k);                fprintf(ficres,"%1d%1d%d",i,j,k);
                                                 }              }
                                                 ll=0;              ll=0;
                                                 for(li=1;li <=nlstate; li++){              for(li=1;li <=nlstate; li++){
                                                         for(lj=1;lj <=nlstate+ndeath; lj++){                for(lj=1;lj <=nlstate+ndeath; lj++){
                                                                 if(lj==li) continue;                  if(lj==li) continue;
                                                                 for(lk=1;lk<=ncovmodel;lk++){                  for(lk=1;lk<=ncovmodel;lk++){
                                                                         ll++;                    ll++;
                                                                         if(ll<=jj){                    if(ll<=jj){
                                                                                 cb[0]= lk +'a'-1;cb[1]='\0';                      cb[0]= lk +'a'-1;cb[1]='\0';
                                                                                 if(ll<jj){                      if(ll<jj){
                                                                                         if(itimes==1){                        if(itimes==1){
                                                                                                 if(mle>=1)                          if(mle>=1)
                                                                                                         printf(" Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                            printf(" Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                                                                                                 fprintf(ficlog," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                          fprintf(ficlog," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                                                                                                 fprintf(ficres," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                          fprintf(ficres," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                                                                                         }else{                        }else{
                                                                                                 if(mle>=1)                          if(mle>=1)
                                                                                                         printf(" %.5e",matcov[jj][ll]);                             printf(" %.5e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                                 fprintf(ficlog," %.5e",matcov[jj][ll]);                           fprintf(ficlog," %.5e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                                 fprintf(ficres," %.5e",matcov[jj][ll]);                           fprintf(ficres," %.5e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                         }                        }
                                                                                 }else{                      }else{
                                                                                         if(itimes==1){                        if(itimes==1){
                                                                                                 if(mle>=1)                          if(mle>=1)
                                                                                                         printf(" Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                            printf(" Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                                                                                                 fprintf(ficlog," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                          fprintf(ficlog," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                                                                                                 fprintf(ficres," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                          fprintf(ficres," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                                                                                         }else{                        }else{
                                                                                                 if(mle>=1)                          if(mle>=1)
                                                                                                         printf(" %.7e",matcov[jj][ll]);                             printf(" %.7e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                                 fprintf(ficlog," %.7e",matcov[jj][ll]);                           fprintf(ficlog," %.7e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                                 fprintf(ficres," %.7e",matcov[jj][ll]);                           fprintf(ficres," %.7e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                         }                        }
                                                                                 }                      }
                                                                         }                    }
                                                                 } /* end lk */                  } /* end lk */
                                                         } /* end lj */                } /* end lj */
                                                 } /* end li */              } /* end li */
                                                 if(mle>=1)              if(mle>=1)
                                                         printf("\n");                printf("\n");
                                                 fprintf(ficlog,"\n");              fprintf(ficlog,"\n");
                                                 fprintf(ficres,"\n");              fprintf(ficres,"\n");
                                                 numlinepar++;              numlinepar++;
                                         } /* end k*/            } /* end k*/
                                 } /*end j */          } /*end j */
       } /* end i */        } /* end i */
     } /* end itimes */      } /* end itimes */
           
     fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
     fflush(ficres);      fflush(ficres);
                 while(fgets(line, MAXLINE, ficpar)) {      while(fgets(line, MAXLINE, ficpar)) {
                         /* If line starts with a # it is a comment */        /* If line starts with a # it is a comment */
                         if (line[0] == '#') {        if (line[0] == '#') {
                                 numlinepar++;          numlinepar++;
                                 fputs(line,stdout);          fputs(line,stdout);
                                 fputs(line,ficparo);          fputs(line,ficparo);
                                 fputs(line,ficlog);          fputs(line,ficlog);
                                 continue;          continue;
                         }else        }else
                                 break;          break;
                 }      }
                       
     /* while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){ */      /* while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){ */
     /*   ungetc(c,ficpar); */      /*   ungetc(c,ficpar); */
     /*   fgets(line, MAXLINE, ficpar); */      /*   fgets(line, MAXLINE, ficpar); */
Line 9785  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10349  Please run with mle=-1 to get a correct
           
     estepm=0;      estepm=0;
     if((num_filled=sscanf(line,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm, &ftolpl)) !=EOF){      if((num_filled=sscanf(line,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm, &ftolpl)) !=EOF){
                                 
                         if (num_filled != 6) {        if (num_filled != 6) {
                                 printf("Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);          printf("Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);
                                 fprintf(ficlog,"Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);          fprintf(ficlog,"Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);
                                 goto end;          goto end;
                         }        }
                         printf("agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",ageminpar,agemaxpar, bage, fage, estepm, ftolpl);        printf("agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",ageminpar,agemaxpar, bage, fage, estepm, ftolpl);
                 }      }
                 /* ftolpl=6*ftol*1.e5; /\* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit *\/ */      /* ftolpl=6*ftol*1.e5; /\* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit *\/ */
                 /*ftolpl=6.e-4;*/ /* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit */      /*ftolpl=6.e-4;*/ /* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit */
                       
     /* fscanf(ficpar,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm); */      /* fscanf(ficpar,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm); */
     if (estepm==0 || estepm < stepm) estepm=stepm;      if (estepm==0 || estepm < stepm) estepm=stepm;
     if (fage <= 2) {      if (fage <= 2) {
Line 9868  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10432  Please run with mle=-1 to get a correct
     fprintf(ficres,"backcast=%d starting-back-date=%.lf/%.lf/%.lf final-back-date=%.lf/%.lf/%.lf mobil_average=%d\n",backcast,jback1,mback1,anback1,jback2,mback2,anback2,mobilavproj);      fprintf(ficres,"backcast=%d starting-back-date=%.lf/%.lf/%.lf final-back-date=%.lf/%.lf/%.lf mobil_average=%d\n",backcast,jback1,mback1,anback1,jback2,mback2,anback2,mobilavproj);
     /* day and month of proj2 are not used but only year anproj2.*/      /* day and month of proj2 are not used but only year anproj2.*/
           
       /* Results */
       while(fgets(line, MAXLINE, ficpar)) {
         /* If line starts with a # it is a comment */
         if (line[0] == '#') {
           numlinepar++;
           fputs(line,stdout);
           fputs(line,ficparo);
           fputs(line,ficlog);
           continue;
         }else
           break;
       }
       while((num_filled=sscanf(line,"result:%[^\n]\n",resultline)) !=EOF){
         if (num_filled == 0)
           resultline[0]='\0';
         else if (num_filled != 1){
           printf("ERROR %d: result line should be at minimum 'result=' %s\n",num_filled, line);
         }
         printf("Result %d: result line should be at minimum 'line=' %s, result=%s\n",num_filled, line, resultline);
         decoderesult(resultline);
         while(fgets(line, MAXLINE, ficpar)) {
           /* If line starts with a # it is a comment */
           if (line[0] == '#') {
             numlinepar++;
             fputs(line,stdout);
             fputs(line,ficparo);
             fputs(line,ficlog);
             continue;
           }else
             break;
         }
         if (feof(ficpar))
           break;
         else{ /* Processess output results for this combination of covariate values */
         }                            
       }
   
   
           
                 /* freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint); */      /* freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint); */
     /* ,dateprev1,dateprev2,jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2); */      /* ,dateprev1,dateprev2,jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2); */
           
     replace_back_to_slash(pathc,pathcd); /* Even gnuplot wants a / */      replace_back_to_slash(pathc,pathcd); /* Even gnuplot wants a / */
     if(ageminpar == AGEOVERFLOW ||agemaxpar == -AGEOVERFLOW){      if(ageminpar == AGEOVERFLOW ||agemaxpar == -AGEOVERFLOW){
                         printf("Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\        printf("Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\
 This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\  This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);
                         fprintf(ficlog,"Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\        fprintf(ficlog,"Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\
 This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\  This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);
     }else{      }else{
       printinggnuplot(fileresu, optionfilefiname,ageminpar,agemaxpar,fage, prevfcast, backcast, pathc,p);        printinggnuplot(fileresu, optionfilefiname,ageminpar,agemaxpar,fage, prevfcast, backcast, pathc,p);
     }      }
     printinghtml(fileresu,title,datafile, firstpass, lastpass, stepm, weightopt, \      printinghtml(fileresu,title,datafile, firstpass, lastpass, stepm, weightopt, \
                                                                  model,imx,jmin,jmax,jmean,rfileres,popforecast,prevfcast,backcast, estepm, \                   model,imx,jmin,jmax,jmean,rfileres,popforecast,prevfcast,backcast, estepm, \
                                                                  jprev1,mprev1,anprev1,dateprev1,jprev2,mprev2,anprev2,dateprev2);                   jprev1,mprev1,anprev1,dateprev1,jprev2,mprev2,anprev2,dateprev2);
                                   
                 /*------------ free_vector  -------------*/      /*------------ free_vector  -------------*/
                 /*  chdir(path); */      /*  chdir(path); */
                                   
     /* free_ivector(wav,1,imx); */  /* Moved after last prevalence call */      /* free_ivector(wav,1,imx); */  /* Moved after last prevalence call */
     /* free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx); */      /* free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx); */
Line 9915  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10517  Please run with mle=-1 to get a correct
     /*#include "hpijx.h"*/      /*#include "hpijx.h"*/
     hPijx(p, bage, fage);      hPijx(p, bage, fage);
     fclose(ficrespij);      fclose(ficrespij);
       
     /* ncovcombmax=  pow(2,cptcoveff); */      /* ncovcombmax=  pow(2,cptcoveff); */
     /*-------------- Variance of one-step probabilities---*/      /*-------------- Variance of one-step probabilities---*/
     k=1;      k=1;
     varprob(optionfilefiname, matcov, p, delti, nlstate, bage, fage,k,Tvar,nbcode, ncodemax,strstart);      varprob(optionfilefiname, matcov, p, delti, nlstate, bage, fage,k,Tvar,nbcode, ncodemax,strstart);
       
     /* Prevalence for each covariates in probs[age][status][cov] */      /* Prevalence for each covariates in probs[age][status][cov] */
     probs= ma3x(1,AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);      probs= ma3x(1,AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);
     for(i=1;i<=AGESUP;i++)      for(i=1;i<=AGESUP;i++)
       for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) /* ndeath is useless but a necessity to be compared with mobaverages */        for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) /* ndeath is useless but a necessity to be compared with mobaverages */
                                 for(k=1;k<=ncovcombmax;k++)          for(k=1;k<=ncovcombmax;k++)
                                         probs[i][j][k]=0.;            probs[i][j][k]=0.;
     prevalence(probs, ageminpar, agemaxpar, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);      prevalence(probs, ageminpar, agemaxpar, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);
     if (mobilav!=0 ||mobilavproj !=0 ) {      if (mobilav!=0 ||mobilavproj !=0 ) {
       mobaverages= ma3x(1, AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);        mobaverages= ma3x(1, AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);
                         for(i=1;i<=AGESUP;i++)        for(i=1;i<=AGESUP;i++)
                                 for(j=1;j<=nlstate;j++)          for(j=1;j<=nlstate;j++)
                                         for(k=1;k<=ncovcombmax;k++)            for(k=1;k<=ncovcombmax;k++)
                                                 mobaverages[i][j][k]=0.;              mobaverages[i][j][k]=0.;
       mobaverage=mobaverages;        mobaverage=mobaverages;
       if (mobilav!=0) {        if (mobilav!=0) {
                                 if (movingaverage(probs, ageminpar, agemaxpar, mobaverage, mobilav)!=0){          if (movingaverage(probs, ageminpar, agemaxpar, mobaverage, mobilav)!=0){
                                         fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);            fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);
                                         printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);            printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);
                                 }          }
       }        }
       /* /\* Prevalence for each covariates in probs[age][status][cov] *\/ */        /* /\* Prevalence for each covariates in probs[age][status][cov] *\/ */
       /* prevalence(probs, ageminpar, agemaxpar, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass); */        /* prevalence(probs, ageminpar, agemaxpar, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass); */
       else if (mobilavproj !=0) {        else if (mobilavproj !=0) {
                                 if (movingaverage(probs, ageminpar, agemaxpar, mobaverage, mobilavproj)!=0){          if (movingaverage(probs, ageminpar, agemaxpar, mobaverage, mobilavproj)!=0){
                                         fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilavproj=%d\n",mobilavproj);            fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilavproj=%d\n",mobilavproj);
                                         printf(" Error in movingaverage mobilavproj=%d\n",mobilavproj);            printf(" Error in movingaverage mobilavproj=%d\n",mobilavproj);
                                 }          }
       }        }
     }/* end if moving average */      }/* end if moving average */
                       
     /*---------- Forecasting ------------------*/      /*---------- Forecasting ------------------*/
     /*if((stepm == 1) && (strcmp(model,".")==0)){*/      /*if((stepm == 1) && (strcmp(model,".")==0)){*/
     if(prevfcast==1){      if(prevfcast==1){
       /*    if(stepm ==1){*/        /*    if(stepm ==1){*/
       prevforecast(fileresu, anproj1, mproj1, jproj1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj, bage, fage, firstpass, lastpass, anproj2, p, nqveff);        prevforecast(fileresu, anproj1, mproj1, jproj1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj, bage, fage, firstpass, lastpass, anproj2, p, cptcoveff);
     }      }
     if(backcast==1){      if(backcast==1){
       ddnewms=matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);                ddnewms=matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);        
Line 9973  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10575  Please run with mle=-1 to get a correct
       free_matrix(bprlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */        free_matrix(bprlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */
   
       /* prevbackforecast(fileresu, anback1, mback1, jback1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj,        /* prevbackforecast(fileresu, anback1, mback1, jback1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj,
          bage, fage, firstpass, lastpass, anback2, p, nqveff); */           bage, fage, firstpass, lastpass, anback2, p, cptcoveff); */
       free_matrix(ddnewms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);        free_matrix(ddnewms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
       free_matrix(ddsavms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);        free_matrix(ddsavms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
       free_matrix(ddoldms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);        free_matrix(ddoldms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
Line 9999  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10601  Please run with mle=-1 to get a correct
     printf("Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(stdout);      printf("Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(ficlog);
                                   
     for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){ /* For any combination of dummy covariates, fixed and varying */
       fprintf(ficreseij,"\n#****** ");        fprintf(ficreseij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
                                 fprintf(ficreseij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficreseij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }        }
       fprintf(ficreseij,"******\n");        fprintf(ficreseij,"******\n");
               
Line 10016  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10618  Please run with mle=-1 to get a correct
     printf("done evsij\n");fflush(stdout);      printf("done evsij\n");fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"done evsij\n");fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"done evsij\n");fflush(ficlog);
                                   
     /*---------- Health expectancies and variances ------------*/      /*---------- State-specific expectancies and variances ------------*/
                                   
                                   
     strcpy(filerest,"T_");      strcpy(filerest,"T_");
Line 10032  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10634  Please run with mle=-1 to get a correct
     strcpy(fileresstde,"STDE_");      strcpy(fileresstde,"STDE_");
     strcat(fileresstde,fileresu);      strcat(fileresstde,fileresu);
     if((ficresstdeij=fopen(fileresstde,"w"))==NULL) {      if((ficresstdeij=fopen(fileresstde,"w"))==NULL) {
       printf("Problem with Health Exp. and std errors resultfile: %s\n", fileresstde); exit(0);        printf("Problem with State specific Exp. and std errors resultfile: %s\n", fileresstde); exit(0);
       fprintf(ficlog,"Problem with Health Exp. and std errors resultfile: %s\n", fileresstde); exit(0);        fprintf(ficlog,"Problem with State specific Exp. and std errors resultfile: %s\n", fileresstde); exit(0);
     }      }
     printf("  Computing Health Expectancies and standard errors: result on file '%s' \n", fileresstde);      printf("  Computing State-specific Expectancies and standard errors: result on file '%s' \n", fileresstde);
     fprintf(ficlog,"  Computing Health Expectancies and standard errors: result on file '%s' \n", fileresstde);      fprintf(ficlog,"  Computing State-specific Expectancies and standard errors: result on file '%s' \n", fileresstde);
   
     strcpy(filerescve,"CVE_");      strcpy(filerescve,"CVE_");
     strcat(filerescve,fileresu);      strcat(filerescve,fileresu);
     if((ficrescveij=fopen(filerescve,"w"))==NULL) {      if((ficrescveij=fopen(filerescve,"w"))==NULL) {
       printf("Problem with Covar. Health Exp. resultfile: %s\n", filerescve); exit(0);        printf("Problem with Covar. State-specific Exp. resultfile: %s\n", filerescve); exit(0);
       fprintf(ficlog,"Problem with Covar. Health Exp. resultfile: %s\n", filerescve); exit(0);        fprintf(ficlog,"Problem with Covar. State-specific Exp. resultfile: %s\n", filerescve); exit(0);
     }      }
     printf("    Computing Covar. of Health Expectancies: result on file '%s' \n", filerescve);      printf("    Computing Covar. of State-specific Expectancies: result on file '%s' \n", filerescve);
     fprintf(ficlog,"    Computing Covar. of Health Expectancies: result on file '%s' \n", filerescve);      fprintf(ficlog,"    Computing Covar. of State-specific Expectancies: result on file '%s' \n", filerescve);
   
     strcpy(fileresv,"V_");      strcpy(fileresv,"V_");
     strcat(fileresv,fileresu);      strcat(fileresv,fileresu);
Line 10053  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10655  Please run with mle=-1 to get a correct
       printf("Problem with variance resultfile: %s\n", fileresv);exit(0);        printf("Problem with variance resultfile: %s\n", fileresv);exit(0);
       fprintf(ficlog,"Problem with variance resultfile: %s\n", fileresv);exit(0);        fprintf(ficlog,"Problem with variance resultfile: %s\n", fileresv);exit(0);
     }      }
     printf("      Computing Variance-covariance of DFLEs: file '%s' ... ", fileresv);fflush(stdout);      printf("      Computing Variance-covariance of State-specific Expectancies: file '%s' ... ", fileresv);fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"      Computing Variance-covariance of DFLEs: file '%s' ... ", fileresv);fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"      Computing Variance-covariance of State-specific Expectancies: file '%s' ... ", fileresv);fflush(ficlog);
   
     /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){      /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){
       for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/        for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/
                       
     for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
         printf("\n#****** ");
       fprintf(ficrest,"\n#****** ");        fprintf(ficrest,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++)         fprintf(ficlog,"\n#****** ");
                                 fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        for(j=1;j<=cptcoveff;j++){ 
           printf("V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
           fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
           fprintf(ficlog,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
         }
       fprintf(ficrest,"******\n");        fprintf(ficrest,"******\n");
         fprintf(ficlog,"******\n");
         printf("******\n");
               
       fprintf(ficresstdeij,"\n#****** ");        fprintf(ficresstdeij,"\n#****** ");
       fprintf(ficrescveij,"\n#****** ");        fprintf(ficrescveij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
                                 fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
                                 fprintf(ficrescveij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficrescveij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }        }
       fprintf(ficresstdeij,"******\n");        fprintf(ficresstdeij,"******\n");
       fprintf(ficrescveij,"******\n");        fprintf(ficrescveij,"******\n");
               
       fprintf(ficresvij,"\n#****** ");        fprintf(ficresvij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++)         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
                                 fprintf(ficresvij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficresvij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficresvij,"******\n");        fprintf(ficresvij,"******\n");
               
       eij=ma3x(1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int) fage);        eij=ma3x(1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int) fage);
       oldm=oldms;savm=savms;        oldm=oldms;savm=savms;
       printf(" cvevsij %d, ",k);        printf(" cvevsij combination#=%d, ",k);
       fprintf(ficlog, " cvevsij %d, ",k);        fprintf(ficlog, " cvevsij combination#=%d, ",k);
       cvevsij(eij, p, nlstate, stepm, (int) bage, (int)fage, oldm, savm, k, estepm, delti, matcov, strstart);        cvevsij(eij, p, nlstate, stepm, (int) bage, (int)fage, oldm, savm, k, estepm, delti, matcov, strstart);
       printf(" end cvevsij \n ");        printf(" end cvevsij \n ");
       fprintf(ficlog, " end cvevsij \n ");        fprintf(ficlog, " end cvevsij \n ");
Line 10096  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10705  Please run with mle=-1 to get a correct
               
               
       for(vpopbased=0; vpopbased <= popbased; vpopbased++){ /* Done for vpopbased=0 and vpopbased=1 if popbased==1*/        for(vpopbased=0; vpopbased <= popbased; vpopbased++){ /* Done for vpopbased=0 and vpopbased=1 if popbased==1*/
                                 oldm=oldms;savm=savms; /* ZZ Segmentation fault */          oldm=oldms;savm=savms; /* ZZ Segmentation fault */
                                 cptcod= 0; /* To be deleted */          cptcod= 0; /* To be deleted */
                                 printf("varevsij %d \n",vpopbased);          printf("varevsij vpopbased=%d \n",vpopbased);
                                 fprintf(ficlog, "varevsij %d \n",vpopbased);          fprintf(ficlog, "varevsij vpopbased=%d \n",vpopbased);
                                 varevsij(optionfilefiname, vareij, matcov, p, delti, nlstate, stepm, (int) bage, (int) fage, oldm, savm, prlim, ftolpl, &ncvyear, k, estepm, cptcov,cptcod,vpopbased,mobilav, strstart); /* cptcod not initialized Intel */          varevsij(optionfilefiname, vareij, matcov, p, delti, nlstate, stepm, (int) bage, (int) fage, oldm, savm, prlim, ftolpl, &ncvyear, k, estepm, cptcov,cptcod,vpopbased,mobilav, strstart); /* cptcod not initialized Intel */
                                 fprintf(ficrest,"# Total life expectancy with std error and decomposition into time to be expected in each health state\n#  (weighted average of eij where weights are ");          fprintf(ficrest,"# Total life expectancy with std error and decomposition into time to be expected in each health state\n#  (weighted average of eij where weights are ");
                                 if(vpopbased==1)          if(vpopbased==1)
                                         fprintf(ficrest,"the age specific prevalence observed (cross-sectionally) in the population i.e cross-sectionally\n in each health state (popbased=1) (mobilav=%d)\n",mobilav);            fprintf(ficrest,"the age specific prevalence observed (cross-sectionally) in the population i.e cross-sectionally\n in each health state (popbased=1) (mobilav=%d)\n",mobilav);
                                 else          else
                                         fprintf(ficrest,"the age specific period (stable) prevalences in each health state \n");            fprintf(ficrest,"the age specific period (stable) prevalences in each health state \n");
                                 fprintf(ficrest,"# Age popbased mobilav e.. (std) ");          fprintf(ficrest,"# Age popbased mobilav e.. (std) ");
                                 for (i=1;i<=nlstate;i++) fprintf(ficrest,"e.%d (std) ",i);          for (i=1;i<=nlstate;i++) fprintf(ficrest,"e.%d (std) ",i);
                                 fprintf(ficrest,"\n");          fprintf(ficrest,"\n");
                                 /* printf("Which p?\n"); for(i=1;i<=npar;i++)printf("p[i=%d]=%lf,",i,p[i]);printf("\n"); */          /* printf("Which p?\n"); for(i=1;i<=npar;i++)printf("p[i=%d]=%lf,",i,p[i]);printf("\n"); */
                                 epj=vector(1,nlstate+1);          epj=vector(1,nlstate+1);
                                 printf("Computing age specific period (stable) prevalences in each health state \n");          printf("Computing age specific period (stable) prevalences in each health state \n");
                                 fprintf(ficlog,"Computing age specific period (stable) prevalences in each health state \n");          fprintf(ficlog,"Computing age specific period (stable) prevalences in each health state \n");
                                 for(age=bage; age <=fage ;age++){          for(age=bage; age <=fage ;age++){
                                         prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, &ncvyear, k); /*ZZ Is it the correct prevalim */            prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, &ncvyear, k); /*ZZ Is it the correct prevalim */
                                         if (vpopbased==1) {            if (vpopbased==1) {
                                                 if(mobilav ==0){              if(mobilav ==0){
                                                         for(i=1; i<=nlstate;i++)                for(i=1; i<=nlstate;i++)
                                                                 prlim[i][i]=probs[(int)age][i][k];                  prlim[i][i]=probs[(int)age][i][k];
                                                 }else{ /* mobilav */               }else{ /* mobilav */ 
                                                         for(i=1; i<=nlstate;i++)                for(i=1; i<=nlstate;i++)
                                                                 prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][k];                  prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][k];
                                                 }              }
                                         }            }
                       
                                         fprintf(ficrest," %4.0f %d %d",age, vpopbased, mobilav);            fprintf(ficrest," %4.0f %d %d",age, vpopbased, mobilav);
                                         /* fprintf(ficrest," %4.0f %d %d %d %d",age, vpopbased, mobilav,Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */ /* to be done */            /* fprintf(ficrest," %4.0f %d %d %d %d",age, vpopbased, mobilav,Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */ /* to be done */
                                         /* printf(" age %4.0f ",age); */            /* printf(" age %4.0f ",age); */
                                         for(j=1, epj[nlstate+1]=0.;j <=nlstate;j++){            for(j=1, epj[nlstate+1]=0.;j <=nlstate;j++){
                                                 for(i=1, epj[j]=0.;i <=nlstate;i++) {              for(i=1, epj[j]=0.;i <=nlstate;i++) {
                                                         epj[j] += prlim[i][i]*eij[i][j][(int)age];                epj[j] += prlim[i][i]*eij[i][j][(int)age];
                                                         /*ZZZ  printf("%lf %lf ", prlim[i][i] ,eij[i][j][(int)age]);*/                /*ZZZ  printf("%lf %lf ", prlim[i][i] ,eij[i][j][(int)age]);*/
                                                         /* printf("%lf %lf ", prlim[i][i] ,eij[i][j][(int)age]); */                /* printf("%lf %lf ", prlim[i][i] ,eij[i][j][(int)age]); */
                                                 }              }
                                                 epj[nlstate+1] +=epj[j];              epj[nlstate+1] +=epj[j];
                                         }            }
                                         /* printf(" age %4.0f \n",age); */            /* printf(" age %4.0f \n",age); */
                       
                                         for(i=1, vepp=0.;i <=nlstate;i++)            for(i=1, vepp=0.;i <=nlstate;i++)
                                                 for(j=1;j <=nlstate;j++)              for(j=1;j <=nlstate;j++)
                                                         vepp += vareij[i][j][(int)age];                vepp += vareij[i][j][(int)age];
                                         fprintf(ficrest," %7.3f (%7.3f)", epj[nlstate+1],sqrt(vepp));            fprintf(ficrest," %7.3f (%7.3f)", epj[nlstate+1],sqrt(vepp));
                                         for(j=1;j <=nlstate;j++){            for(j=1;j <=nlstate;j++){
                                                 fprintf(ficrest," %7.3f (%7.3f)", epj[j],sqrt(vareij[j][j][(int)age]));              fprintf(ficrest," %7.3f (%7.3f)", epj[j],sqrt(vareij[j][j][(int)age]));
                                         }            }
                                         fprintf(ficrest,"\n");            fprintf(ficrest,"\n");
                                 }          }
       } /* End vpopbased */        } /* End vpopbased */
       free_ma3x(eij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);        free_ma3x(eij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);
       free_ma3x(vareij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);        free_ma3x(vareij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);
Line 10156  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10765  Please run with mle=-1 to get a correct
               
       /*}*/        /*}*/
     } /* End k */      } /* End k */
     free_vector(weight,1,n);  
     free_imatrix(Tvard,1,NCOVMAX,1,2);  
     free_imatrix(s,1,maxwav+1,1,n);  
     free_matrix(anint,1,maxwav,1,n);   
     free_matrix(mint,1,maxwav,1,n);  
     free_ivector(cod,1,n);  
     free_ivector(tab,1,NCOVMAX);  
     fclose(ficresstdeij);  
     fclose(ficrescveij);  
     fclose(ficresvij);  
     fclose(ficrest);  
     printf("done Health expectancies\n");fflush(stdout);  
     fprintf(ficlog,"done Health expectancies\n");fflush(ficlog);  
     fclose(ficpar);  
     
     /*------- Variance of period (stable) prevalence------*/     
   
       printf("done State-specific expectancies\n");fflush(stdout);
       fprintf(ficlog,"done State-specific expectancies\n");fflush(ficlog);
   
       /*------- Variance of period (stable) prevalence------*/   
       
     strcpy(fileresvpl,"VPL_");      strcpy(fileresvpl,"VPL_");
     strcat(fileresvpl,fileresu);      strcat(fileresvpl,fileresu);
     if((ficresvpl=fopen(fileresvpl,"w"))==NULL) {      if((ficresvpl=fopen(fileresvpl,"w"))==NULL) {
Line 10181  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10779  Please run with mle=-1 to get a correct
     }      }
     printf("Computing Variance-covariance of period (stable) prevalence: file '%s' ...", fileresvpl);fflush(stdout);      printf("Computing Variance-covariance of period (stable) prevalence: file '%s' ...", fileresvpl);fflush(stdout);
     fprintf(ficlog, "Computing Variance-covariance of period (stable) prevalence: file '%s' ...", fileresvpl);fflush(ficlog);      fprintf(ficlog, "Computing Variance-covariance of period (stable) prevalence: file '%s' ...", fileresvpl);fflush(ficlog);
       
     /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){      /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){
       for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/        for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/
                 
     for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
         fprintf(ficresvpl,"\n#****** ");        fprintf(ficresvpl,"\n#****** ");
                         for(j=1;j<=nqveff;j++)         printf("\n#****** ");
                                 fprintf(ficresvpl,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficlog,"\n#****** ");
                         fprintf(ficresvpl,"******\n");        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
                 fprintf(ficresvpl,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
                         varpl=matrix(1,nlstate,(int) bage, (int) fage);          fprintf(ficlog,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
                         oldm=oldms;savm=savms;          printf("V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
                         varprevlim(fileres, varpl, matcov, p, delti, nlstate, stepm, (int) bage, (int) fage, oldm, savm, prlim, ftolpl, &ncvyear, k, strstart);        }
                         free_matrix(varpl,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);        fprintf(ficresvpl,"******\n");
         printf("******\n");
         fprintf(ficlog,"******\n");
         
         varpl=matrix(1,nlstate,(int) bage, (int) fage);
         oldm=oldms;savm=savms;
         varprevlim(fileres, varpl, matcov, p, delti, nlstate, stepm, (int) bage, (int) fage, oldm, savm, prlim, ftolpl, &ncvyear, k, strstart);
         free_matrix(varpl,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);
       /*}*/        /*}*/
     }      }
                       
     fclose(ficresvpl);      fclose(ficresvpl);
     printf("done variance-covariance of period prevalence\n");fflush(stdout);      printf("done variance-covariance of period prevalence\n");fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"done variance-covariance of period prevalence\n");fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"done variance-covariance of period prevalence\n");fflush(ficlog);
       
       free_vector(weight,1,n);
       free_imatrix(Tvard,1,NCOVMAX,1,2);
       free_imatrix(s,1,maxwav+1,1,n);
       free_matrix(anint,1,maxwav,1,n); 
       free_matrix(mint,1,maxwav,1,n);
       free_ivector(cod,1,n);
       free_ivector(tab,1,NCOVMAX);
       fclose(ficresstdeij);
       fclose(ficrescveij);
       fclose(ficresvij);
       fclose(ficrest);
       fclose(ficpar);
       
       
     /*---------- End : free ----------------*/      /*---------- End : free ----------------*/
     if (mobilav!=0 ||mobilavproj !=0)      if (mobilav!=0 ||mobilavproj !=0)
       free_ma3x(mobaverages,1, AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax); /* We need to have a squared matrix with prevalence of the dead! */        free_ma3x(mobaverages,1, AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax); /* We need to have a squared matrix with prevalence of the dead! */
Line 10209  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10828  Please run with mle=-1 to get a correct
     free_matrix(prlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */      free_matrix(prlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */
     free_matrix(pmmij,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);      free_matrix(pmmij,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
   }  /* mle==-3 arrives here for freeing */    }  /* mle==-3 arrives here for freeing */
  /* endfree:*/    /* endfree:*/
     free_matrix(oldms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);    free_matrix(oldms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
     free_matrix(newms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);    free_matrix(newms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
     free_matrix(savms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);    free_matrix(savms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
     free_ma3x(cotqvar,1,maxwav,1,nqtv,1,n);    free_ma3x(cotqvar,1,maxwav,1,nqtv,1,n);
     free_ma3x(cotvar,1,maxwav,1,ntv,1,n);    free_ma3x(cotvar,1,maxwav,1,ntv+nqtv,1,n);
     free_matrix(coqvar,1,maxwav,1,n);    free_matrix(coqvar,1,maxwav,1,n);
     free_matrix(covar,0,NCOVMAX,1,n);    free_matrix(covar,0,NCOVMAX,1,n);
     free_matrix(matcov,1,npar,1,npar);    free_matrix(matcov,1,npar,1,npar);
     free_matrix(hess,1,npar,1,npar);    free_matrix(hess,1,npar,1,npar);
     /*free_vector(delti,1,npar);*/    /*free_vector(delti,1,npar);*/
     free_ma3x(delti3,1,nlstate,1, nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel);     free_ma3x(delti3,1,nlstate,1, nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel); 
     free_matrix(agev,1,maxwav,1,imx);    free_matrix(agev,1,maxwav,1,imx);
     free_ma3x(param,1,nlstate,1, nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel);    free_ma3x(param,1,nlstate,1, nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel);
     
     free_ivector(ncodemax,1,NCOVMAX);    free_ivector(ncodemax,1,NCOVMAX);
     free_ivector(ncodemaxwundef,1,NCOVMAX);    free_ivector(ncodemaxwundef,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tvar,1,NCOVMAX);    free_ivector(Dummy,-1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tprod,1,NCOVMAX);    free_ivector(Fixed,-1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tvaraff,1,NCOVMAX);    free_ivector(Typevar,-1,NCOVMAX);
     free_ivector(invalidvarcomb,1,ncovcombmax);    free_ivector(Tvar,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tage,1,NCOVMAX);    free_ivector(TvarFD,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarFDind,1,NCOVMAX);
     free_imatrix(nbcode,0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);    free_ivector(TvarF,1,NCOVMAX);
     /* free_imatrix(codtab,1,100,1,10); */    free_ivector(TvarFind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarV,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarVind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarA,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarAind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarFQ,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarFQind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarVD,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarVDind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarVQ,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TvarVQind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tvarsel,1,NCOVMAX);
     free_vector(Tvalsel,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tposprod,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tprod,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tvaraff,1,NCOVMAX);
     free_ivector(invalidvarcomb,1,ncovcombmax);
     free_ivector(Tage,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tmodelind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TmodelInvind,1,NCOVMAX);
     free_ivector(TmodelInvQind,1,NCOVMAX);
     
     free_imatrix(nbcode,0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);
     /* free_imatrix(codtab,1,100,1,10); */
   fflush(fichtm);    fflush(fichtm);
   fflush(ficgp);    fflush(ficgp);
       
     
   if((nberr >0) || (nbwarn>0)){    if((nberr >0) || (nbwarn>0)){
     printf("End of Imach with %d errors and/or %d warnings. Please look at the log file for details.\n",nberr,nbwarn);      printf("End of Imach with %d errors and/or %d warnings. Please look at the log file for details.\n",nberr,nbwarn);
     fprintf(ficlog,"End of Imach with %d errors and/or warnings %d. Please look at the log file for details.\n",nberr,nbwarn);      fprintf(ficlog,"End of Imach with %d errors and/or warnings %d. Please look at the log file for details.\n",nberr,nbwarn);
Line 10255  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10897  Please run with mle=-1 to get a correct
   printf("Local time at start %s\nLocal time at end   %s",strstart, strtend);     printf("Local time at start %s\nLocal time at end   %s",strstart, strtend); 
   fprintf(ficlog,"Local time at start %s\nLocal time at end   %s\n",strstart, strtend);     fprintf(ficlog,"Local time at start %s\nLocal time at end   %s\n",strstart, strtend); 
   printf("Total time used %s\n", asc_diff_time(rend_time -rstart_time,tmpout));    printf("Total time used %s\n", asc_diff_time(rend_time -rstart_time,tmpout));
     
   printf("Total time was %.0lf Sec.\n", difftime(rend_time,rstart_time));    printf("Total time was %.0lf Sec.\n", difftime(rend_time,rstart_time));
   fprintf(ficlog,"Total time used %s\n", asc_diff_time(rend_time -rstart_time,tmpout));    fprintf(ficlog,"Total time used %s\n", asc_diff_time(rend_time -rstart_time,tmpout));
   fprintf(ficlog,"Total time was %.0lf Sec.\n", difftime(rend_time,rstart_time));    fprintf(ficlog,"Total time was %.0lf Sec.\n", difftime(rend_time,rstart_time));
Line 10268  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10910  Please run with mle=-1 to get a correct
   fclose(ficgp);    fclose(ficgp);
   fclose(ficlog);    fclose(ficlog);
   /*------ End -----------*/    /*------ End -----------*/
     
     
    printf("Before Current directory %s!\n",pathcd);    printf("Before Current directory %s!\n",pathcd);
 #ifdef WIN32  #ifdef WIN32
    if (_chdir(pathcd) != 0)    if (_chdir(pathcd) != 0)
            printf("Can't move to directory %s!\n",path);      printf("Can't move to directory %s!\n",path);
    if(_getcwd(pathcd,MAXLINE) > 0)    if(_getcwd(pathcd,MAXLINE) > 0)
 #else  #else
    if(chdir(pathcd) != 0)      if(chdir(pathcd) != 0)
            printf("Can't move to directory %s!\n", path);        printf("Can't move to directory %s!\n", path);
    if (getcwd(pathcd, MAXLINE) > 0)    if (getcwd(pathcd, MAXLINE) > 0)
 #endif   #endif 
     printf("Current directory %s!\n",pathcd);      printf("Current directory %s!\n",pathcd);
   /*strcat(plotcmd,CHARSEPARATOR);*/    /*strcat(plotcmd,CHARSEPARATOR);*/
Line 10304  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10946  Please run with mle=-1 to get a correct
       
   sprintf(plotcmd,"%s %s",pplotcmd, optionfilegnuplot);    sprintf(plotcmd,"%s %s",pplotcmd, optionfilegnuplot);
   printf("Starting graphs with: '%s'\n",plotcmd);fflush(stdout);    printf("Starting graphs with: '%s'\n",plotcmd);fflush(stdout);
     
   if((outcmd=system(plotcmd)) != 0){    if((outcmd=system(plotcmd)) != 0){
     printf("gnuplot command might not be in your path: '%s', err=%d\n", plotcmd, outcmd);      printf("gnuplot command might not be in your path: '%s', err=%d\n", plotcmd, outcmd);
     printf("\n Trying if gnuplot resides on the same directory that IMaCh\n");      printf("\n Trying if gnuplot resides on the same directory that IMaCh\n");
Line 10332  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10974  Please run with mle=-1 to get a correct
     else if (z[0] == 'g') system(plotcmd);      else if (z[0] == 'g') system(plotcmd);
     else if (z[0] == 'q') exit(0);      else if (z[0] == 'q') exit(0);
   }    }
   end:  end:
   while (z[0] != 'q') {    while (z[0] != 'q') {
     printf("\nType  q for exiting: "); fflush(stdout);      printf("\nType  q for exiting: "); fflush(stdout);
     scanf("%s",z);      scanf("%s",z);
Removed from v.1.224  
changed lines
  Added in v.1.233

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>