[BACK]Return to imach.c CVS log [TXT] [DIR] Up to [Local Repository] / imach / src

Diff for /imach/src/imach.c between versions 1.224 and 1.226

version 1.224, 2016/07/01 13:16:01 version 1.226, 2016/07/12 18:42:34
Line 1 Line 1
 /* $Id$  /* $Id$
   $State$    $State$
   $Log$    $Log$
     Revision 1.226  2016/07/12 18:42:34  brouard
     Summary: temp
   
     Revision 1.225  2016/07/12 08:40:03  brouard
     Summary: saving but not running
   
   Revision 1.224  2016/07/01 13:16:01  brouard    Revision 1.224  2016/07/01 13:16:01  brouard
   Summary: Fixes    Summary: Fixes
   
Line 686  Back prevalence and projections: Line 692  Back prevalence and projections:
      age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying       age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying
      nhstepm*hstepm matrices. Returns p3mat[i][j][h] after calling        nhstepm*hstepm matrices. Returns p3mat[i][j][h] after calling 
      p3mat[i][j][h]=matprod2(newm, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent, dnewm, doldm, dsavm,ij),\       p3mat[i][j][h]=matprod2(newm, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent, dnewm, doldm, dsavm,ij),\
                                                                          1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);       1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);
   
   Important routines
   
   - func (or funcone), computes logit (pij) distinguishing
     o fixed variables (single or product dummies or quantitative);
     o varying variables by:
      (1) wave (single, product dummies, quantitative), 
      (2) by age (can be month) age (done), age*age (done), age*Vn where Vn can be:
          % fixed dummy (treated) or quantitative (not done because time-consuming);
          % varying dummy (not done) or quantitative (not done);
   - Tricode which tests the modality of dummy variables (in order to warn with wrong or empty modalities)
     and returns the number of efficient covariates cptcoveff and modalities nbcode[Tvar[k]][1]= 0 and nbcode[Tvar[k]][2]= 1 usually.
   - printinghtml which outputs results like life expectancy in and from a state for a combination of modalities of dummy variables
     o There are 2*cptcoveff combinations of (0,1) for cptcoveff variables. Outputting only combinations with people, éliminating 1 1 if
       race White (0 0), Black vs White (1 0), Hispanic (0 1) and 1 1 being meaningless.
   
   
     
   Authors: Nicolas Brouard (brouard@ined.fr) and Agnès Lièvre (lievre@ined.fr).    Authors: Nicolas Brouard (brouard@ined.fr) and Agnès Lièvre (lievre@ined.fr).
            Institut national d'études démographiques, Paris.             Institut national d'études démographiques, Paris.
   This software have been partly granted by Euro-REVES, a concerted action    This software have been partly granted by Euro-REVES, a concerted action
Line 758  Back prevalence and projections: Line 781  Back prevalence and projections:
 #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
 #include <stdlib.h>  #include <stdlib.h>
 #include <string.h>  #include <string.h>
   #include <ctype.h>
   
 #ifdef _WIN32  #ifdef _WIN32
 #include <io.h>  #include <io.h>
Line 853  int nagesqr=0, nforce=0; /* nagesqr=1 if Line 877  int nagesqr=0, nforce=0; /* nagesqr=1 if
 /* Number of covariates model=V2+V1+ V3*age+V2*V4 */  /* Number of covariates model=V2+V1+ V3*age+V2*V4 */
 int cptcovn=0; /**< cptcovn number of covariates added in the model (excepting constant and age and age*product) */  int cptcovn=0; /**< cptcovn number of covariates added in the model (excepting constant and age and age*product) */
 int cptcovt=0; /**< cptcovt number of covariates added in the model (excepting constant and age) */  int cptcovt=0; /**< cptcovt number of covariates added in the model (excepting constant and age) */
 int cptcovs=0; /**< cptcovs number of simple covariates V2+V1 =2 */  int cptcovs=0; /**< cptcovs number of simple covariates in the model V2+V1 =2 */
   int cptcovsnq=0; /**< cptcovsnq number of simple covariates in the model but non quantitative V2+V1 =2 */
 int cptcovage=0; /**< Number of covariates with age: V3*age only =1 */  int cptcovage=0; /**< Number of covariates with age: V3*age only =1 */
 int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */     int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */   
 int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results */  int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results */
 int ncoveff=0; /* Total number of effective covariates in the model */  int ncoveff=0; /* Total number of effective covariates in the model */
 int nqveff=0; /**< nqveff number of effective quantitative variables */  int nqfveff=0; /**< nqfveff Number of Quantitative Fixed Variables Effective */
 int ntveff=0; /**< ntveff number of effective time varying variables */  int ntveff=0; /**< ntveff number of effective time varying variables */
 int nqtveff=0; /**< ntqveff number of effective time varying quantitative variables */  int nqtveff=0; /**< ntqveff number of effective time varying quantitative variables */
 int cptcov=0; /* Working variable */  int cptcov=0; /* Working variable */
Line 1006  double *agedc; Line 1031  double *agedc;
 double  **covar; /**< covar[j,i], value of jth covariate for individual i,  double  **covar; /**< covar[j,i], value of jth covariate for individual i,
                   * covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);                     * covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n); 
                   * cov[Tage[kk]+2]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*age; */                    * cov[Tage[kk]+2]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*age; */
 double **coqvar; /* Fixed quantitative covariate */  double **coqvar; /* Fixed quantitative covariate iqv */
 double ***cotvar; /* Time varying covariate */  double ***cotvar; /* Time varying covariate itv */
 double ***cotqvar; /* Time varying quantitative covariate */  double ***cotqvar; /* Time varying quantitative covariate itqv */
 double  idx;   double  idx; 
 int **nbcode, *Tvar; /**< model=V2 => Tvar[1]= 2 */  int **nbcode, *Tvar; /**< model=V2 => Tvar[1]= 2 */
   int *Typevar; /**< 0 for simple covariate (dummy, quantitative, fixed or varying), 1 for age product, 2 for  product */
   int *Fixed; /** Fixed[Tvar[k]] 0=fixed, 1 varying, 2 fixed with age product, 3 varying with age product */ 
   int *Dummy; /** Dummy[Tvar[k]] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy with age product, 3 quant with age product */ 
 int *Tage;  int *Tage;
 int *Ndum; /** Freq of modality (tricode */  int *Ndum; /** Freq of modality (tricode */
 /* int **codtab;*/ /**< codtab=imatrix(1,100,1,10); */  /* int **codtab;*/ /**< codtab=imatrix(1,100,1,10); */
Line 1876  function value at p , and iter is the nu Line 1904  function value at p , and iter is the nu
 #ifdef LINMINORIGINAL  #ifdef LINMINORIGINAL
 #else  #else
         int *flatdir; /* Function is vanishing in that direction */          int *flatdir; /* Function is vanishing in that direction */
         int flat=0; /* Function is vanishing in that direction */          int flat=0, flatd=0; /* Function is vanishing in that direction */
 #endif  #endif
 void powell(double p[], double **xi, int n, double ftol, int *iter, double *fret,   void powell(double p[], double **xi, int n, double ftol, int *iter, double *fret, 
             double (*func)(double []))               double (*func)(double [])) 
Line 1980  void powell(double p[], double **xi, int Line 2008  void powell(double p[], double **xi, int
                                 fprintf(ficlog," x(%d)=%.12e",j,xit[j]);                                  fprintf(ficlog," x(%d)=%.12e",j,xit[j]);
       }        }
       for(j=1;j<=n;j++) {        for(j=1;j<=n;j++) {
                         printf(" p(%d)=%lf ",j,p[j]);                                  printf(" p(%d)=%.12e",j,p[j]);
                         fprintf(ficlog," p(%d)=%lf ",j,p[j]);                                  fprintf(ficlog," p(%d)=%.12e",j,p[j]);
       }        }
       printf("\n");        printf("\n");
       fprintf(ficlog,"\n");        fprintf(ficlog,"\n");
Line 1991  void powell(double p[], double **xi, int Line 2019  void powell(double p[], double **xi, int
     /* But p and xit have been updated at the end of linmin, *fret corresponds to new p, xit  */      /* But p and xit have been updated at the end of linmin, *fret corresponds to new p, xit  */
     /* New value of last point Pn is not computed, P(n-1) */      /* New value of last point Pn is not computed, P(n-1) */
       for(j=1;j<=n;j++) {        for(j=1;j<=n;j++) {
                           printf(" p(%d)=%lf flat=%d ",j,p[j],flatdir[j]);                                  if(flatdir[j] >0){
                           fprintf(ficlog," p(%d)=%lf flat=%d ",j,p[j],flatdir[j]);                                          printf(" p(%d)=%lf flat=%d ",j,p[j],flatdir[j]);
       }                                          fprintf(ficlog," p(%d)=%lf flat=%d ",j,p[j],flatdir[j]);
       printf("\n");                                  }
       fprintf(ficlog,"\n");                                  /* printf("\n"); */
                                   /* fprintf(ficlog,"\n"); */
                           }
     if (2.0*fabs(fp-(*fret)) <= ftol*(fabs(fp)+fabs(*fret))) { /* Did we reach enough precision? */      if (2.0*fabs(fp-(*fret)) <= ftol*(fabs(fp)+fabs(*fret))) { /* Did we reach enough precision? */
       /* We could compare with a chi^2. chisquare(0.95,ddl=1)=3.84 */        /* We could compare with a chi^2. chisquare(0.95,ddl=1)=3.84 */
       /* By adding age*age in a model, the new -2LL should be lower and the difference follows a */        /* By adding age*age in a model, the new -2LL should be lower and the difference follows a */
Line 2052  void powell(double p[], double **xi, int Line 2081  void powell(double p[], double **xi, int
     fptt=(*func)(ptt); /* f_3 */      fptt=(*func)(ptt); /* f_3 */
 #ifdef NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  /* No change in drections until some iterations are done */  #ifdef NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  /* No change in drections until some iterations are done */
                 if (*iter <=4) {                  if (*iter <=4) {
 #else                     #else
   #endif
 #ifdef POWELLNOF3INFF1TEST    /* skips test F3 <F1 */  #ifdef POWELLNOF3INFF1TEST    /* skips test F3 <F1 */
 #else  #else
     if (fptt < fp) { /* If extrapolated point is better, decide if we keep that new direction or not */      if (fptt < fp) { /* If extrapolated point is better, decide if we keep that new direction or not */
Line 2134  void powell(double p[], double **xi, int Line 2164  void powell(double p[], double **xi, int
                                 }                                  }
 #ifdef LINMINORIGINAL  #ifdef LINMINORIGINAL
 #else  #else
                                 printf("Flat directions\n");                                  for (j=1, flatd=0;j<=n;j++) {
                                 fprintf(ficlog,"Flat directions\n");                                          if(flatdir[j]>0)
                                 for (j=1;j<=n;j++) {                                                   flatd++;
                                         printf("flatdir[%d]=%d ",j,flatdir[j]);                                  }
                                         fprintf(ficlog,"flatdir[%d]=%d ",j,flatdir[j]);                                  if(flatd >0){
         }                                          printf("%d flat directions\n",flatd);
                                 printf("\n");                                          fprintf(ficlog,"%d flat directions\n",flatd);
                                 fprintf(ficlog,"\n");                                          for (j=1;j<=n;j++) { 
                                                   if(flatdir[j]>0){
                                                           printf("%d ",j);
                                                           fprintf(ficlog,"%d ",j);
                                                   }
                                           }
                                           printf("\n");
                                           fprintf(ficlog,"\n");
                                   }
 #endif  #endif
                                 printf("Gaining to use new average direction of P0 P%d instead of biggest increase direction %d :\n",n,ibig);                                  printf("Gaining to use new average direction of P0 P%d instead of biggest increase direction %d :\n",n,ibig);
                                 fprintf(ficlog,"Gaining to use new average direction of P0 P%d instead of biggest increase direction %d :\n",n,ibig);                                  fprintf(ficlog,"Gaining to use new average direction of P0 P%d instead of biggest increase direction %d :\n",n,ibig);
Line 2161  void powell(double p[], double **xi, int Line 2199  void powell(double p[], double **xi, int
 #else  #else
     } /* end if (fptt < fp)  */      } /* end if (fptt < fp)  */
 #endif  #endif
   #ifdef NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  /* No change in drections until some iterations are done */
                 } /*NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  No change in drections until some iterations are done */                  } /*NODIRECTIONCHANGEDUNTILNITER  No change in drections until some iterations are done */
   #else
 #endif  #endif
   } /* loop iteration */     } /* loop iteration */ 
 }   } 
Line 2873  double ***hbxij(double ***po, int nhstep Line 2913  double ***hbxij(double ***po, int nhstep
 /*************** log-likelihood *************/  /*************** log-likelihood *************/
 double func( double *x)  double func( double *x)
 {  {
         int i, ii, j, k, mi, d, kk;    int i, ii, j, k, mi, d, kk;
         int ioffset=0;    int ioffset=0;
         double l, ll[NLSTATEMAX+1], cov[NCOVMAX+1];    double l, ll[NLSTATEMAX+1], cov[NCOVMAX+1];
         double **out;    double **out;
         double sw; /* Sum of weights */    double sw; /* Sum of weights */
         double lli; /* Individual log likelihood */    double lli; /* Individual log likelihood */
         int s1, s2;    int s1, s2;
         int iv=0, iqv=0, itv=0, iqtv=0 ; /* Index of varying covariate, fixed quantitative cov, time varying covariate */    int iv=0, iqv=0, itv=0, iqtv=0 ; /* Index of varying covariate, fixed quantitative cov, time varying covariate, quatitative time varying covariate */
         double bbh, survp;    double bbh, survp;
         long ipmx;    long ipmx;
         double agexact;    double agexact;
         /*extern weight */    /*extern weight */
         /* We are differentiating ll according to initial status */    /* We are differentiating ll according to initial status */
         /*  for (i=1;i<=npar;i++) printf("%f ", x[i]);*/    /*  for (i=1;i<=npar;i++) printf("%f ", x[i]);*/
         /*for(i=1;i<imx;i++)     /*for(i=1;i<imx;i++) 
                 printf(" %d\n",s[4][i]);      printf(" %d\n",s[4][i]);
         */    */
   
         ++countcallfunc;    ++countcallfunc;
   
         cov[1]=1.;    cov[1]=1.;
   
         for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;    for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;
   ioffset=0;    ioffset=0;
         if(mle==1){    if(mle==1){
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         /* Computes the values of the ncovmodel covariates of the model        /* Computes the values of the ncovmodel covariates of the model
                                  depending if the covariates are fixed or varying (age dependent) and stores them in cov[]           depending if the covariates are fixed or varying (age dependent) and stores them in cov[]
                                  Then computes with function pmij which return a matrix p[i][j] giving the elementary probability           Then computes with function pmij which return a matrix p[i][j] giving the elementary probability
                                  to be observed in j being in i according to the model.           to be observed in j being in i according to the model.
                         */        */
                         ioffset=2+nagesqr+cptcovage;        ioffset=2+nagesqr+cptcovage;
                         /* for (k=1; k<=cptcovn;k++){ /\* Simple and product covariates without age* products *\/ */        /* for (k=1; k<=cptcovn;k++){ /\* Simple and product covariates without age* products *\/ */
                         for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /* Simple and product covariates without age* products */        for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /* Simple and product covariates without age* products */
                                 cov[++ioffset]=covar[Tvar[k]][i];          cov[++ioffset]=covar[Tvar[k]][i];
                         }        }
                         for(iqv=1; iqv <= nqveff; iqv++){ /* Quantitatives covariates */        for(iqv=1; iqv <= nqfveff; iqv++){ /* Quantitatives and Fixed covariates */
                                 cov[++ioffset]=coqvar[iqv][i];          cov[++ioffset]=coqvar[iqv][i];
                         }        }
   
                         /* In model V2+V1*V4+age*V3+V3*V2 Tvar[1] is V2, Tvar[2=V1*V4]         /* In model V2+V1*V4+age*V3+V3*V2 Tvar[1] is V2, Tvar[2=V1*V4] 
                                  is 6, Tvar[3=age*V3] should not be computed because of age Tvar[4=V3*V2]            is 6, Tvar[3=age*V3] should not be computed because of age Tvar[4=V3*V2] 
                                  has been calculated etc */           has been calculated etc */
                         /* For an individual i, wav[i] gives the number of effective waves */        /* For an individual i, wav[i] gives the number of effective waves */
                         /* We compute the contribution to Likelihood of each effective transition        /* We compute the contribution to Likelihood of each effective transition
                                  mw[mi][i] is real wave of the mi th effectve wave */           mw[mi][i] is real wave of the mi th effectve wave */
                         /* Then statuses are computed at each begin and end of an effective wave s1=s[ mw[mi][i] ][i];        /* Then statuses are computed at each begin and end of an effective wave s1=s[ mw[mi][i] ][i];
                                  s2=s[mw[mi+1][i]][i];           s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                  And the iv th varying covariate is the cotvar[mw[mi+1][i]][iv][i]           And the iv th varying covariate is the cotvar[mw[mi+1][i]][iv][i]
                                  But if the variable is not in the model TTvar[iv] is the real variable effective in the model:           But if the variable is not in the model TTvar[iv] is the real variable effective in the model:
                                  meaning that decodemodel should be used cotvar[mw[mi+1][i]][TTvar[iv]][i]           meaning that decodemodel should be used cotvar[mw[mi+1][i]][TTvar[iv]][i]
                         */        */
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /* Varying dummy covariates */          for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /* Varying dummy covariates */
                                         cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][itv][i];            cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][itv][i];
                                 }          }
                                 for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /* Varying quantitatives covariates */          for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /* Varying quantitatives covariates */
                                         cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i];            if(cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i] == -1){
                                 }              printf("i=%d, mi=%d, iqtv=%d, cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i]=%f",i,mi,iqtv,cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i]);
                                 /* ioffset=2+nagesqr+cptcovn+nqv+ntv+nqtv; */            }
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)            cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i];
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){          }
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);          /* ioffset=2+nagesqr+cptcovn+nqv+ntv+nqtv; */
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         }            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                 for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         newm=savm;              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            }
                                         cov[2]=agexact;          for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
                                         if(nagesqr==1)            newm=savm;
                                                 cov[3]= agexact*agexact;  /* Should be changed here */            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            cov[2]=agexact;
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact; /* Tage[kk] gives the data-covariate associated with age */            if(nagesqr==1)
                                         }              cov[3]= agexact*agexact;  /* Should be changed here */
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact; /* Tage[kk] gives the data-covariate associated with age */
                                         savm=oldm;            }
                                         oldm=newm;            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                 } /* end mult */                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
             savm=oldm;
             oldm=newm;
           } /* end mult */
                                                                   
                                         /*lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);*/ /* Original formula */          /*lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);*/ /* Original formula */
                                 /* But now since version 0.9 we anticipate for bias at large stepm.          /* But now since version 0.9 we anticipate for bias at large stepm.
                                  * If stepm is larger than one month (smallest stepm) and if the exact delay            * If stepm is larger than one month (smallest stepm) and if the exact delay 
                                  * (in months) between two waves is not a multiple of stepm, we rounded to            * (in months) between two waves is not a multiple of stepm, we rounded to 
                                  * the nearest (and in case of equal distance, to the lowest) interval but now           * the nearest (and in case of equal distance, to the lowest) interval but now
                                  * we keep into memory the bias bh[mi][i] and also the previous matrix product           * we keep into memory the bias bh[mi][i] and also the previous matrix product
                                  * (i.e to dh[mi][i]-1) saved in 'savm'. Then we inter(extra)polate the           * (i.e to dh[mi][i]-1) saved in 'savm'. Then we inter(extra)polate the
                                  * probability in order to take into account the bias as a fraction of the way           * probability in order to take into account the bias as a fraction of the way
                                  * from savm to out if bh is negative or even beyond if bh is positive. bh varies           * from savm to out if bh is negative or even beyond if bh is positive. bh varies
                                  * -stepm/2 to stepm/2 .           * -stepm/2 to stepm/2 .
                                  * For stepm=1 the results are the same as for previous versions of Imach.           * For stepm=1 the results are the same as for previous versions of Imach.
                                  * For stepm > 1 the results are less biased than in previous versions.            * For stepm > 1 the results are less biased than in previous versions. 
                                  */           */
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm;           bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm; 
                                 /* bias bh is positive if real duration          /* bias bh is positive if real duration
                                  * is higher than the multiple of stepm and negative otherwise.           * is higher than the multiple of stepm and negative otherwise.
                                  */           */
                                 /* lli= (savm[s1][s2]>1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2]));*/          /* lli= (savm[s1][s2]>1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2]));*/
                                 if( s2 > nlstate){           if( s2 > nlstate){ 
                                         /* i.e. if s2 is a death state and if the date of death is known             /* i.e. if s2 is a death state and if the date of death is known 
                                                  then the contribution to the likelihood is the probability to                then the contribution to the likelihood is the probability to 
                                                  die between last step unit time and current  step unit time,                die between last step unit time and current  step unit time, 
                                                  which is also equal to probability to die before dh                which is also equal to probability to die before dh 
                                                  minus probability to die before dh-stepm .                minus probability to die before dh-stepm . 
                                                  In version up to 0.92 likelihood was computed               In version up to 0.92 likelihood was computed
                                                  as if date of death was unknown. Death was treated as any other               as if date of death was unknown. Death was treated as any other
                                                  health state: the date of the interview describes the actual state               health state: the date of the interview describes the actual state
                                                  and not the date of a change in health state. The former idea was               and not the date of a change in health state. The former idea was
                                                  to consider that at each interview the state was recorded               to consider that at each interview the state was recorded
                                                  (healthy, disable or death) and IMaCh was corrected; but when we               (healthy, disable or death) and IMaCh was corrected; but when we
                                                  introduced the exact date of death then we should have modified               introduced the exact date of death then we should have modified
                                                  the contribution of an exact death to the likelihood. This new               the contribution of an exact death to the likelihood. This new
                                                  contribution is smaller and very dependent of the step unit               contribution is smaller and very dependent of the step unit
                                                  stepm. It is no more the probability to die between last interview               stepm. It is no more the probability to die between last interview
                                                  and month of death but the probability to survive from last               and month of death but the probability to survive from last
                                                  interview up to one month before death multiplied by the               interview up to one month before death multiplied by the
                                                  probability to die within a month. Thanks to Chris               probability to die within a month. Thanks to Chris
                                                  Jackson for correcting this bug.  Former versions increased               Jackson for correcting this bug.  Former versions increased
                                                  mortality artificially. The bad side is that we add another loop               mortality artificially. The bad side is that we add another loop
                                                  which slows down the processing. The difference can be up to 10%               which slows down the processing. The difference can be up to 10%
                                                  lower mortality.               lower mortality.
                                         */            */
                                         /* If, at the beginning of the maximization mostly, the            /* If, at the beginning of the maximization mostly, the
                                                  cumulative probability or probability to be dead is               cumulative probability or probability to be dead is
                                                  constant (ie = 1) over time d, the difference is equal to               constant (ie = 1) over time d, the difference is equal to
                                                  0.  out[s1][3] = savm[s1][3]: probability, being at state               0.  out[s1][3] = savm[s1][3]: probability, being at state
                                                  s1 at precedent wave, to be dead a month before current               s1 at precedent wave, to be dead a month before current
                                                  wave is equal to probability, being at state s1 at               wave is equal to probability, being at state s1 at
                                                  precedent wave, to be dead at mont of the current               precedent wave, to be dead at mont of the current
                                                  wave. Then the observed probability (that this person died)               wave. Then the observed probability (that this person died)
                                                  is null according to current estimated parameter. In fact,               is null according to current estimated parameter. In fact,
                                                  it should be very low but not zero otherwise the log go to               it should be very low but not zero otherwise the log go to
                                                  infinity.               infinity.
                                         */            */
 /* #ifdef INFINITYORIGINAL */  /* #ifdef INFINITYORIGINAL */
 /*          lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]); */  /*          lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]); */
 /* #else */  /* #else */
Line 3017  double func( double *x) Line 3060  double func( double *x)
 /*        else */  /*        else */
 /*          lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]); */  /*          lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]); */
 /* #endif */  /* #endif */
                                         lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);            lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);
                       
                                 } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */          } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */
                                         for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++)             for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++) 
                                                 survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];              survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];
                                         /*survp += out[s1][j]; */            /*survp += out[s1][j]; */
                                         lli= log(survp);            lli= log(survp);
                                 }          }
                                 else if  (s2==-4) {           else if  (s2==-4) { 
                                         for (j=3,survp=0. ; j<=nlstate; j++)              for (j=3,survp=0. ; j<=nlstate; j++)  
                                                 survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];              survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];
                                         lli= log(survp);             lli= log(survp); 
                                 }           } 
                                 else if  (s2==-5) {           else if  (s2==-5) { 
                                         for (j=1,survp=0. ; j<=2; j++)              for (j=1,survp=0. ; j<=2; j++)  
                                                 survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];              survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];
                                         lli= log(survp);             lli= log(survp); 
                                 }           } 
                                 else{          else{
                                         lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */            lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */
                                         /*  lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*(savm[s1][s2])):log((1.+bbh)*out[s1][s2]));*/ /* linear interpolation */            /*  lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*(savm[s1][s2])):log((1.+bbh)*out[s1][s2]));*/ /* linear interpolation */
                                 }           } 
                                 /*lli=(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]);*/          /*lli=(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]);*/
                                 /*if(lli ==000.0)*/          /*if(lli ==000.0)*/
                                 /*printf("bbh= %f lli=%f savm=%f out=%f %d\n",bbh,lli,savm[s1][s2], out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]],i); */          /*printf("bbh= %f lli=%f savm=%f out=%f %d\n",bbh,lli,savm[s1][s2], out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]],i); */
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
                                 /* if (lli < log(mytinydouble)){ */          /* if (lli < log(mytinydouble)){ */
                                 /*   printf("Close to inf lli = %.10lf <  %.10lf i= %d mi= %d, s[%d][i]=%d s1=%d s2=%d\n", lli,log(mytinydouble), i, mi,mw[mi][i], s[mw[mi][i]][i], s1,s2); */          /*   printf("Close to inf lli = %.10lf <  %.10lf i= %d mi= %d, s[%d][i]=%d s1=%d s2=%d\n", lli,log(mytinydouble), i, mi,mw[mi][i], s[mw[mi][i]][i], s1,s2); */
                                 /*   fprintf(ficlog,"Close to inf lli = %.10lf i= %d mi= %d, s[mw[mi][i]][i]=%d\n", lli, i, mi,s[mw[mi][i]][i]); */          /*   fprintf(ficlog,"Close to inf lli = %.10lf i= %d mi= %d, s[mw[mi][i]][i]=%d\n", lli, i, mi,s[mw[mi][i]][i]); */
                                 /* } */          /* } */
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         }  else if(mle==2){    }  else if(mle==2){
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         }            }
                                 for(d=0; d<=dh[mi][i]; d++){          for(d=0; d<=dh[mi][i]; d++){
                                         newm=savm;            newm=savm;
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         cov[2]=agexact;            cov[2]=agexact;
                                         if(nagesqr==1)            if(nagesqr==1)
                                                 cov[3]= agexact*agexact;              cov[3]= agexact*agexact;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                         }            }
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                         savm=oldm;            savm=oldm;
                                         oldm=newm;            oldm=newm;
                                 } /* end mult */          } /* end mult */
               
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm;           bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm; 
                                 lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*(savm[s1][s2])):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* linear interpolation */          lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*(savm[s1][s2])):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* linear interpolation */
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         }  else if(mle==3){  /* exponential inter-extrapolation */    }  else if(mle==3){  /* exponential inter-extrapolation */
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         }            }
                                 for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){          for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
                                         newm=savm;            newm=savm;
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         cov[2]=agexact;            cov[2]=agexact;
                                         if(nagesqr==1)            if(nagesqr==1)
                                                 cov[3]= agexact*agexact;              cov[3]= agexact*agexact;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                         }            }
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                         savm=oldm;            savm=oldm;
                                         oldm=newm;            oldm=newm;
                                 } /* end mult */          } /* end mult */
               
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm;           bbh=(double)bh[mi][i]/(double)stepm; 
                                 lli= (savm[s1][s2]>1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* exponential inter-extrapolation */          lli= (savm[s1][s2]>1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* exponential inter-extrapolation */
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         }else if (mle==4){  /* ml=4 no inter-extrapolation */    }else if (mle==4){  /* ml=4 no inter-extrapolation */
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         }            }
                                 for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){          for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
                                         newm=savm;            newm=savm;
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         cov[2]=agexact;            cov[2]=agexact;
                                         if(nagesqr==1)            if(nagesqr==1)
                                                 cov[3]= agexact*agexact;              cov[3]= agexact*agexact;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                         }            }
                   
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                         savm=oldm;            savm=oldm;
                                         oldm=newm;            oldm=newm;
                                 } /* end mult */          } /* end mult */
               
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 if( s2 > nlstate){           if( s2 > nlstate){ 
                                         lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);            lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);
                                 } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */          } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */
                                         for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++)             for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++) 
                                                 survp += out[s1][j];              survp += out[s1][j];
                                         lli= log(survp);            lli= log(survp);
                                 }else{          }else{
                                         lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]); /* Original formula */            lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]); /* Original formula */
                                 }          }
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
 /*      printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]); */  /*      printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]); */
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         }else{  /* ml=5 no inter-extrapolation no jackson =0.8a */    }else{  /* ml=5 no inter-extrapolation no jackson =0.8a */
                 for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){      for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                         for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i];
                         for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
                                 for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){            for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                                 oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                                 savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);              savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         }            }
                                 for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){          for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
                                         newm=savm;            newm=savm;
                                         agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;            agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                         cov[2]=agexact;            cov[2]=agexact;
                                         if(nagesqr==1)            if(nagesqr==1)
                                                 cov[3]= agexact*agexact;              cov[3]= agexact*agexact;
                                         for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {            for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                                 cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;              cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                         }            }
                   
                                         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,            out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                          1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                         1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                         savm=oldm;            savm=oldm;
                                         oldm=newm;            oldm=newm;
                                 } /* end mult */          } /* end mult */
               
                                 s1=s[mw[mi][i]][i];          s1=s[mw[mi][i]][i];
                                 s2=s[mw[mi+1][i]][i];          s2=s[mw[mi+1][i]][i];
                                 lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]); /* Original formula */          lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]); /* Original formula */
                                 ipmx +=1;          ipmx +=1;
                                 sw += weight[i];          sw += weight[i];
                                 ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;          ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
                                 /*printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]);*/          /*printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]);*/
                         } /* end of wave */        } /* end of wave */
                 } /* end of individual */      } /* end of individual */
         } /* End of if */    } /* End of if */
         for(k=1,l=0.; k<=nlstate; k++) l += ll[k];    for(k=1,l=0.; k<=nlstate; k++) l += ll[k];
         /* printf("l1=%f l2=%f ",ll[1],ll[2]); */    /* printf("l1=%f l2=%f ",ll[1],ll[2]); */
         l= l*ipmx/sw; /* To get the same order of magnitude as if weight=1 for every body */    l= l*ipmx/sw; /* To get the same order of magnitude as if weight=1 for every body */
         return -l;    return -l;
 }  }
   
 /*************** log-likelihood *************/  /*************** log-likelihood *************/
Line 3226  double funcone( double *x) Line 3269  double funcone( double *x)
   for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;    for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;
   ioffset=0;    ioffset=0;
   for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){    for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
                 ioffset=2+nagesqr+cptcovage;      ioffset=2+nagesqr+cptcovage;
     /* for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i]; */      /* for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+nagesqr+k]=covar[Tvar[k]][i]; */
                 for (k=1; k<=ncoveff;k++){ /* Simple and product covariates without age* products */      for (k=1; k<=ncoveff+nqfveff;k++){ /* Simple and product fixed covariates without age* products */
                         cov[++ioffset]=covar[Tvar[k]][i];        cov[++ioffset]=covar[Tvar[k]][i];
                 }      }
                 for(iqv=1; iqv <= nqveff; iqv++){ /* Quantitatives covariates */      for(iqv=1; iqv <= nqfveff; iqv++){ /* Quantitative fixed covariates */
                         cov[++ioffset]=coqvar[iqv][i];        cov[++ioffset]=coqvar[Tvar[iqv]][i];
                 }      }
       
     for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){      for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){  /* Varying with waves */
                         for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /* Varying dummy covariates */        for(itv=1; itv <= ntveff; itv++){ /* Varying dummy covariates */
                                 cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][itv][i];          cov[ioffset+itv]=cotvar[mw[mi][i]][itv][i];
                         }        }
                         for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /* Varying quantitatives covariates */        for(iqtv=1; iqtv <= nqtveff; iqtv++){ /* Varying quantitatives covariates */
                                 cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i];          cov[ioffset+ntveff+iqtv]=cotqvar[mw[mi][i]][iqtv][i];
                         }        }
       for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)        for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                                 for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){          for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                                         oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);            oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                         savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);            savm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
                                 }          }
               
       agebegin=agev[mw[mi][i]][i]; /* Age at beginning of effective wave */        agebegin=agev[mw[mi][i]][i]; /* Age at beginning of effective wave */
       ageend=agev[mw[mi][i]][i] + (dh[mi][i])*stepm/YEARM; /* Age at end of effective wave and at the end of transition */        ageend=agev[mw[mi][i]][i] + (dh[mi][i])*stepm/YEARM; /* Age at end of effective wave and at the end of transition */
       for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){  /* Delay between two effective waves */        for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){  /* Delay between two effective waves */
                                 /*dh[m][i] or dh[mw[mi][i]][i] is the delay between two effective waves m=mw[mi][i]          /*dh[m][i] or dh[mw[mi][i]][i] is the delay between two effective waves m=mw[mi][i]
                                         and mw[mi+1][i]. dh depends on stepm.*/            and mw[mi+1][i]. dh depends on stepm.*/
                                 newm=savm;          newm=savm;
                                 agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;          agexact=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
                                 cov[2]=agexact;          cov[2]=agexact;
                                 if(nagesqr==1)          if(nagesqr==1)
                                         cov[3]= agexact*agexact;            cov[3]= agexact*agexact;
                                 for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {          for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                                         cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;            cov[Tage[kk]+2+nagesqr]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*agexact;
                                 }          }
                                           /* printf("i=%d,mi=%d,d=%d,mw[mi][i]=%d\n",i, mi,d,mw[mi][i]); */
                                 /* savm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate); */          /* savm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate); */
                                 out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,          out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
                                                                                  1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                       1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
                                 /* out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, */          /* out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, */
                                 /*           1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate)); */          /*           1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate)); */
                                 savm=oldm;          savm=oldm;
                                 oldm=newm;          oldm=newm;
       } /* end mult */        } /* end mult */
               
       s1=s[mw[mi][i]][i];        s1=s[mw[mi][i]][i];
Line 3282  double funcone( double *x) Line 3325  double funcone( double *x)
        * is higher than the multiple of stepm and negative otherwise.         * is higher than the multiple of stepm and negative otherwise.
        */         */
       if( s2 > nlstate && (mle <5) ){  /* Jackson */        if( s2 > nlstate && (mle <5) ){  /* Jackson */
                                 lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);          lli=log(out[s1][s2] - savm[s1][s2]);
       } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */        } else if  ( s2==-1 ) { /* alive */
                                 for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++)           for (j=1,survp=0. ; j<=nlstate; j++) 
                                         survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];            survp += (1.+bbh)*out[s1][j]- bbh*savm[s1][j];
                                 lli= log(survp);          lli= log(survp);
       }else if (mle==1){        }else if (mle==1){
                                 lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */          lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */
       } else if(mle==2){        } else if(mle==2){
                                 lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* linear interpolation */          lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* linear interpolation */
       } else if(mle==3){  /* exponential inter-extrapolation */        } else if(mle==3){  /* exponential inter-extrapolation */
                                 lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* exponential inter-extrapolation */          lli= (savm[s1][s2]>(double)1.e-8 ?(1.+bbh)*log(out[s1][s2])- bbh*log(savm[s1][s2]):log((1.+bbh)*out[s1][s2])); /* exponential inter-extrapolation */
       } else if (mle==4){  /* mle=4 no inter-extrapolation */        } else if (mle==4){  /* mle=4 no inter-extrapolation */
                                 lli=log(out[s1][s2]); /* Original formula */          lli=log(out[s1][s2]); /* Original formula */
       } else{  /* mle=0 back to 1 */        } else{  /* mle=0 back to 1 */
                                 lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */          lli= log((1.+bbh)*out[s1][s2]- bbh*savm[s1][s2]); /* linear interpolation */
                                 /*lli=log(out[s1][s2]); */ /* Original formula */          /*lli=log(out[s1][s2]); */ /* Original formula */
       } /* End of if */        } /* End of if */
       ipmx +=1;        ipmx +=1;
       sw += weight[i];        sw += weight[i];
       ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;        ll[s[mw[mi][i]][i]] += 2*weight[i]*lli;
       /*printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]); */        /*printf("i=%6d s1=%1d s2=%1d mi=%1d mw=%1d dh=%3d prob=%10.6f w=%6.4f out=%10.6f sav=%10.6f\n",i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],out[s1][s2],savm[s1][s2]); */
       if(globpr){        if(globpr){
                                 fprintf(ficresilk,"%9ld %6.1f %6.1f %6d %2d %2d %2d %2d %3d %15.6f %8.4f %8.3f\          fprintf(ficresilk,"%9ld %6.1f %6.1f %6d %2d %2d %2d %2d %3d %15.6f %8.4f %8.3f\
  %11.6f %11.6f %11.6f ", \   %11.6f %11.6f %11.6f ", \
                                                                 num[i], agebegin, ageend, i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],weight[i]*gipmx/gsw,                  num[i], agebegin, ageend, i,s1,s2,mi,mw[mi][i],dh[mi][i],exp(lli),weight[i],weight[i]*gipmx/gsw,
                                                                 2*weight[i]*lli,out[s1][s2],savm[s1][s2]);                  2*weight[i]*lli,out[s1][s2],savm[s1][s2]);
                                 for(k=1,llt=0.,l=0.; k<=nlstate; k++){          for(k=1,llt=0.,l=0.; k<=nlstate; k++){
                                         llt +=ll[k]*gipmx/gsw;            llt +=ll[k]*gipmx/gsw;
                                         fprintf(ficresilk," %10.6f",-ll[k]*gipmx/gsw);            fprintf(ficresilk," %10.6f",-ll[k]*gipmx/gsw);
                                 }          }
                                 fprintf(ficresilk," %10.6f\n", -llt);          fprintf(ficresilk," %10.6f\n", -llt);
       }        }
     } /* end of wave */      } /* end of wave */
   } /* end of individual */    } /* end of individual */
Line 3819  void pstamp(FILE *fichier) Line 3862  void pstamp(FILE *fichier)
 }  }
   
 /************ Frequencies ********************/  /************ Frequencies ********************/
  void  freqsummary(char fileres[], int iagemin, int iagemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, \  void  freqsummary(char fileres[], int iagemin, int iagemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, \
                                                                          int *Tvaraff, int *invalidvarcomb, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, char strstart[],  \                    int *Tvaraff, int *invalidvarcomb, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, char strstart[], \
                                                                          int firstpass,  int lastpass, int stepm, int weightopt, char model[])                    int firstpass,  int lastpass, int stepm, int weightopt, char model[])
  {  /* Some frequencies */  {  /* Some frequencies */
       
          int i, m, jk, j1, bool, z1,j;    int i, m, jk, j1, bool, z1,j;
          int iind=0, iage=0;    int iind=0, iage=0;
          int mi; /* Effective wave */    int mi; /* Effective wave */
          int first;    int first;
          double ***freq; /* Frequencies */    double ***freq; /* Frequencies */
          double *meanq;    double *meanq;
          double **meanqt;    double **meanqt;
          double *pp, **prop, *posprop, *pospropt;    double *pp, **prop, *posprop, *pospropt;
          double pos=0., posproptt=0., pospropta=0., k2, dateintsum=0,k2cpt=0;    double pos=0., posproptt=0., pospropta=0., k2, dateintsum=0,k2cpt=0;
          char fileresp[FILENAMELENGTH], fileresphtm[FILENAMELENGTH], fileresphtmfr[FILENAMELENGTH];    char fileresp[FILENAMELENGTH], fileresphtm[FILENAMELENGTH], fileresphtmfr[FILENAMELENGTH];
          double agebegin, ageend;    double agebegin, ageend;
           
          pp=vector(1,nlstate);    pp=vector(1,nlstate);
          prop=matrix(1,nlstate,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);     prop=matrix(1,nlstate,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE); 
          posprop=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state per age */     posprop=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state per age */ 
          pospropt=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state */     pospropt=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state */ 
          /* prop=matrix(1,nlstate,iagemin,iagemax+3); */    /* prop=matrix(1,nlstate,iagemin,iagemax+3); */
          meanq=vector(1,nqveff);    meanq=vector(1,nqfveff); /* Number of Quantitative Fixed Variables Effective */
          meanqt=matrix(1,lastpass,1,nqtveff);    meanqt=matrix(1,lastpass,1,nqtveff);
          strcpy(fileresp,"P_");    strcpy(fileresp,"P_");
          strcat(fileresp,fileresu);    strcat(fileresp,fileresu);
          /*strcat(fileresphtm,fileresu);*/    /*strcat(fileresphtm,fileresu);*/
          if((ficresp=fopen(fileresp,"w"))==NULL) {    if((ficresp=fopen(fileresp,"w"))==NULL) {
                  printf("Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);      printf("Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);
                  fprintf(ficlog,"Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);      fprintf(ficlog,"Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);
                  exit(0);      exit(0);
          }    }
   
          strcpy(fileresphtm,subdirfext(optionfilefiname,"PHTM_",".htm"));    strcpy(fileresphtm,subdirfext(optionfilefiname,"PHTM_",".htm"));
          if((ficresphtm=fopen(fileresphtm,"w"))==NULL) {    if((ficresphtm=fopen(fileresphtm,"w"))==NULL) {
                  printf("Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));      printf("Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));
                  fprintf(ficlog,"Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));      fprintf(ficlog,"Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));
                  fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
                  exit(70);       exit(70); 
          }    }
          else{    else{
                  fprintf(ficresphtm,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_ %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \      fprintf(ficresphtm,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_ %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \
 <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\  <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\
 Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\
                                                  fileresphtm,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);              fileresphtm,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);
          }    }
          fprintf(ficresphtm,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies and prevalence by age at begin of transition</h4>\n",fileresphtm, fileresphtm);    fprintf(ficresphtm,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies and prevalence by age at begin of transition</h4>\n",fileresphtm, fileresphtm);
           
          strcpy(fileresphtmfr,subdirfext(optionfilefiname,"PHTMFR_",".htm"));    strcpy(fileresphtmfr,subdirfext(optionfilefiname,"PHTMFR_",".htm"));
          if((ficresphtmfr=fopen(fileresphtmfr,"w"))==NULL) {    if((ficresphtmfr=fopen(fileresphtmfr,"w"))==NULL) {
                  printf("Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));      printf("Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));
                  fprintf(ficlog,"Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));      fprintf(ficlog,"Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));
                  fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
                  exit(70);       exit(70); 
          }    }
          else{    else{
                  fprintf(ficresphtmfr,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_Frequency table %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \      fprintf(ficresphtmfr,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_Frequency table %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \
 <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\  <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\
 Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\
                                                  fileresphtmfr,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);              fileresphtmfr,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);
          }    }
          fprintf(ficresphtmfr,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies of all effective transitions by age at begin of transition </h4>Unknown status is -1<br/>\n",fileresphtmfr, fileresphtmfr);    fprintf(ficresphtmfr,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies of all effective transitions by age at begin of transition </h4>Unknown status is -1<br/>\n",fileresphtmfr, fileresphtmfr);
   
          freq= ma3x(-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);    freq= ma3x(-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);
          j1=0;    j1=0;
       
          j=ncoveff;    j=ncoveff;
          if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}    if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}
   
          first=1;    first=1;
   
          /* Detects if a combination j1 is empty: for a multinomial variable like 3 education levels:    /* Detects if a combination j1 is empty: for a multinomial variable like 3 education levels:
                         reference=low_education V1=0,V2=0       reference=low_education V1=0,V2=0
                         med_educ                V1=1 V2=0,        med_educ                V1=1 V2=0, 
                         high_educ               V1=0 V2=1       high_educ               V1=0 V2=1
                         Then V1=1 and V2=1 is a noisy combination that we want to exclude for the list 2**cptcoveff        Then V1=1 and V2=1 is a noisy combination that we want to exclude for the list 2**cptcoveff 
          */    */
   
          for (j1 = 1; j1 <= (int) pow(2,j); j1++){ /* Loop on covariates combination excluding varying and quantitatives */    for (j1 = 1; j1 <= (int) pow(2,j); j1++){ /* Loop on covariates combination excluding varying and quantitatives */
                  posproptt=0.;      posproptt=0.;
                  /*printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d", cptcoveff,Tvaraff[1]);      /*printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d", cptcoveff,Tvaraff[1]);
                          scanf("%d", i);*/        scanf("%d", i);*/
                  for (i=-5; i<=nlstate+ndeath; i++)        for (i=-5; i<=nlstate+ndeath; i++)  
                          for (jk=-5; jk<=nlstate+ndeath; jk++)          for (jk=-5; jk<=nlstate+ndeath; jk++)  
                                  for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)          for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)
                                          freq[i][jk][m]=0;            freq[i][jk][m]=0;
               
                  for (i=1; i<=nlstate; i++)  {      for (i=1; i<=nlstate; i++)  {
                          for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)        for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)
                                  prop[i][m]=0;          prop[i][m]=0;
                          posprop[i]=0;        posprop[i]=0;
                          pospropt[i]=0;        pospropt[i]=0;
                  }      }
                  for (z1=1; z1<= nqveff; z1++) {        for (z1=1; z1<= nqfveff; z1++) {  
                          meanq[z1]+=0.;        meanq[z1]+=0.;
                          for(m=1;m<=lastpass;m++){        for(m=1;m<=lastpass;m++){
                                  meanqt[m][z1]=0.;          meanqt[m][z1]=0.;
                          }        }
                  }      }
         
                  dateintsum=0;  
                  k2cpt=0;  
      /* For that comination of covariate j1, we count and print the frequencies */  
                  for (iind=1; iind<=imx; iind++) { /* For each individual iind */  
                          bool=1;  
                          if (nqveff >0) { /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */  
                                  for (z1=1; z1<= nqveff; z1++) {    
                                          meanq[z1]+=coqvar[Tvar[z1]][iind];  
                                  }  
                                  for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++) {    
                                          /* if(Tvaraff[z1] ==-20){ */  
                                          /*      /\* sumnew+=cotvar[mw[mi][iind]][z1][iind]; *\/ */  
                                          /* }else  if(Tvaraff[z1] ==-10){ */  
                                          /*      /\* sumnew+=coqvar[z1][iind]; *\/ */  
                                          /* }else  */  
                                          if (covar[Tvaraff[z1]][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]){  
                                                  /* Tests if this individual i responded to j1 (V4=1 V3=0) */  
                                                  bool=0;  
                                                  /* printf("bool=%d i=%d, z1=%d, Tvaraff[%d]=%d, covar[Tvarff][%d]=%2f, codtabm(%d,%d)=%d, nbcode[Tvaraff][codtabm(%d,%d)=%d, j1=%d\n",   
                 bool,i,z1, z1, Tvaraff[z1],i,covar[Tvaraff[z1]][i],j1,z1,codtabm(j1,z1),  
                 j1,z1,nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)],j1);*/  
                                                  /* For j1=7 in V1+V2+V3+V4 = 0 1 1 0 and codtabm(7,3)=1 and nbcde[3][?]=1*/  
                                          }   
                                  } /* end z1 */  
                          } /* cptcovn > 0 */  
   
                          if (bool==1){ /* We selected an individual iin satisfying combination j1 */  
                                  /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){ */  
                                  for(mi=1; mi<wav[iind];mi++){  
                                          m=mw[mi][iind];  
                                          /* dh[m][iind] or dh[mw[mi][iind]][iind] is the delay between two effective (mi) waves m=mw[mi][iind]  
                                                         and mw[mi+1][iind]. dh depends on stepm. */  
                                          agebegin=agev[m][iind]; /* Age at beginning of wave before transition*/  
                                          ageend=agev[m][iind]+(dh[m][iind])*stepm/YEARM; /* Age at end of wave and transition */  
                                          if(m >=firstpass && m <=lastpass){  
                                                  k2=anint[m][iind]+(mint[m][iind]/12.);  
                                                  /*if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {*/  
                                                  if(agev[m][iind]==0) agev[m][iind]=iagemax+1;  /* All ages equal to 0 are in iagemax+1 */  
                                                  if(agev[m][iind]==1) agev[m][iind]=iagemax+2;  /* All ages equal to 1 are in iagemax+2 */  
                                                  if (s[m][iind]>0 && s[m][iind]<=nlstate)  /* If status at wave m is known and a live state */  
                                                          prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind];  /* At age of beginning of transition, where status is known */  
                                                  if (m<lastpass) {  
                                                          /* if(s[m][iind]==4 && s[m+1][iind]==4) */  
                                                          /*   printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind]); */  
                                                          if(s[m][iind]==-1)  
                                                                  printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d agebegin=%.2f ageend=%.2f, agemed=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind],agebegin, ageend, (int)((agebegin+ageend)/2.));  
                                                          freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind]; /* At age of beginning of transition, where status is known */  
                                                          /* freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)((agebegin+ageend)/2.)] += weight[iind]; */  
                                                          freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][iagemax+3] += weight[iind]; /* Total is in iagemax+3 *//* At age of beginning of transition, where status is known */  
                                                  }  
                                          }    
                                          if ((agev[m][iind]>1) && (agev[m][iind]< (iagemax+3)) && (anint[m][iind]!=9999) && (mint[m][iind]!=99)) {  
                                                  dateintsum=dateintsum+k2;  
                                                  k2cpt++;  
                                                  /* printf("iind=%ld dateintmean = %lf dateintsum=%lf k2cpt=%lf k2=%lf\n",iind, dateintsum/k2cpt, dateintsum,k2cpt, k2); */  
                                          }  
                                          /*}*/  
                                  } /* end m */  
                          } /* end bool */  
                  } /* end iind = 1 to imx */  
        /* prop[s][age] is feeded for any initial and valid live state as well as  
                                         freq[s1][s2][age] at single age of beginning the transition, for a combination j1 */  
   
   
                  /*      fprintf(ficresp, "#Count between %.lf/%.lf/%.lf and %.lf/%.lf/%.lf\n",jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2);*/  
                  pstamp(ficresp);  
                  if  (ncoveff>0) {  
                          fprintf(ficresp, "\n#********** Variable ");   
                          fprintf(ficresphtm, "\n<br/><br/><h3>********** Variable ");   
                          fprintf(ficresphtmfr, "\n<br/><br/><h3>********** Variable ");   
                          for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++){  
                                  fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);  
                                  fprintf(ficresphtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);  
                                  fprintf(ficresphtmfr, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);  
                          }  
                          fprintf(ficresp, "**********\n#");  
                          fprintf(ficresphtm, "**********</h3>\n");  
                          fprintf(ficresphtmfr, "**********</h3>\n");  
                          fprintf(ficlog, "\n#********** Variable ");   
                          for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++) fprintf(ficlog, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);  
                          fprintf(ficlog, "**********\n");  
                  }  
                  fprintf(ficresphtm,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");  
                  for(i=1; i<=nlstate;i++) {  
                          fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);  
                          fprintf(ficresphtm, "<th>Age</th><th>Prev(%d)</th><th>N(%d)</th><th>N</th>",i,i);  
                  }  
                  fprintf(ficresp, "\n");  
                  fprintf(ficresphtm, "\n");  
         
                  /* Header of frequency table by age */  
                  fprintf(ficresphtmfr,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");  
                  fprintf(ficresphtmfr,"<th>Age</th> ");  
                  for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){  
                          for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){  
                                  if(jk!=0 && m!=0)  
                                          fprintf(ficresphtmfr,"<th>%d%d</th> ",jk,m);  
                          }  
                  }  
                  fprintf(ficresphtmfr, "\n");  
               
                  /* For each age */      dateintsum=0;
                  for(iage=iagemin; iage <= iagemax+3; iage++){      k2cpt=0;
                          fprintf(ficresphtm,"<tr>");      /* For that comination of covariate j1, we count and print the frequencies */
                          if(iage==iagemax+1){      for (iind=1; iind<=imx; iind++) { /* For each individual iind */
                                  fprintf(ficlog,"1");        bool=1;
                                  fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>0</th> ");        if (nqfveff >0) { /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */
                          }else if(iage==iagemax+2){          for (z1=1; z1<= nqfveff; z1++) {  
                                  fprintf(ficlog,"0");            meanq[z1]+=coqvar[Tvar[z1]][iind];
                                  fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Unknown</th> ");          }
                          }else if(iage==iagemax+3){          for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++) {  
                                  fprintf(ficlog,"Total");            /* if(Tvaraff[z1] ==-20){ */
                                  fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Total</th> ");            /*     /\* sumnew+=cotvar[mw[mi][iind]][z1][iind]; *\/ */
                          }else{            /* }else  if(Tvaraff[z1] ==-10){ */
                                  if(first==1){            /*     /\* sumnew+=coqvar[z1][iind]; *\/ */
                                          first=0;            /* }else  */
                                          printf("See log file for details...\n");            if (covar[Tvaraff[z1]][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]){
                                  }              /* Tests if this individual i responded to j1 (V4=1 V3=0) */
                                  fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>%d</th> ",iage);              bool=0;
                                  fprintf(ficlog,"Age %d", iage);              /* printf("bool=%d i=%d, z1=%d, Tvaraff[%d]=%d, covar[Tvarff][%d]=%2f, codtabm(%d,%d)=%d, nbcode[Tvaraff][codtabm(%d,%d)=%d, j1=%d\n", 
                          }                 bool,i,z1, z1, Tvaraff[z1],i,covar[Tvaraff[z1]][i],j1,z1,codtabm(j1,z1),
                          for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){                 j1,z1,nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)],j1);*/
                                  for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)              /* For j1=7 in V1+V2+V3+V4 = 0 1 1 0 and codtabm(7,3)=1 and nbcde[3][?]=1*/
                                          pp[jk] += freq[jk][m][iage];             } 
                          }          } /* end z1 */
                          for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){        } /* cptcovn > 0 */
                                  for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)  
                                          pos += freq[jk][m][iage];        if (bool==1){ /* We selected an individual iin satisfying combination j1 */
                                  if(pp[jk]>=1.e-10){          /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){ */
                                          if(first==1){          for(mi=1; mi<wav[iind];mi++){
                                                  printf(" %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);            m=mw[mi][iind];
                                          }            /* dh[m][iind] or dh[mw[mi][iind]][iind] is the delay between two effective (mi) waves m=mw[mi][iind]
                                          fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);               and mw[mi+1][iind]. dh depends on stepm. */
                                  }else{            agebegin=agev[m][iind]; /* Age at beginning of wave before transition*/
                                          if(first==1)            ageend=agev[m][iind]+(dh[m][iind])*stepm/YEARM; /* Age at end of wave and transition */
                                                  printf(" %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);            if(m >=firstpass && m <=lastpass){
                                          fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);              k2=anint[m][iind]+(mint[m][iind]/12.);
                                  }              /*if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {*/
                          }              if(agev[m][iind]==0) agev[m][iind]=iagemax+1;  /* All ages equal to 0 are in iagemax+1 */
               if(agev[m][iind]==1) agev[m][iind]=iagemax+2;  /* All ages equal to 1 are in iagemax+2 */
                          for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){               if (s[m][iind]>0 && s[m][iind]<=nlstate)  /* If status at wave m is known and a live state */
                                  /* posprop[jk]=0; */                prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind];  /* At age of beginning of transition, where status is known */
                                  for(m=0, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)/* Summing on all ages */              if (m<lastpass) {
                                          pp[jk] += freq[jk][m][iage];                /* if(s[m][iind]==4 && s[m+1][iind]==4) */
                          }      /* pp[jk] is the total number of transitions starting from state jk and any ending status until this age */                /*   printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind]); */
                 if(s[m][iind]==-1)
                          for(jk=1,pos=0, pospropta=0.; jk <=nlstate ; jk++){                  printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d agebegin=%.2f ageend=%.2f, agemed=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind],agebegin, ageend, (int)((agebegin+ageend)/2.));
                                  pos += pp[jk]; /* pos is the total number of transitions until this age */                freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind]; /* At age of beginning of transition, where status is known */
                                  posprop[jk] += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state                /* freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)((agebegin+ageend)/2.)] += weight[iind]; */
                                                                                                                                                                          from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */                freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][iagemax+3] += weight[iind]; /* Total is in iagemax+3 *//* At age of beginning of transition, where status is known */
                                  pospropta += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state              }
                                                                                                                                                                          from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */            }  
                          }            if ((agev[m][iind]>1) && (agev[m][iind]< (iagemax+3)) && (anint[m][iind]!=9999) && (mint[m][iind]!=99)) {
                          for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){              dateintsum=dateintsum+k2;
                                  if(pos>=1.e-5){              k2cpt++;
                                          if(first==1)              /* printf("iind=%ld dateintmean = %lf dateintsum=%lf k2cpt=%lf k2=%lf\n",iind, dateintsum/k2cpt, dateintsum,k2cpt, k2); */
                                                  printf(" %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);            }
                                          fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);            /*}*/
                                  }else{          } /* end m */
                                          if(first==1)        } /* end bool */
                                                  printf(" %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);      } /* end iind = 1 to imx */
                                          fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);      /* prop[s][age] is feeded for any initial and valid live state as well as
                                  }         freq[s1][s2][age] at single age of beginning the transition, for a combination j1 */
                                  if( iage <= iagemax){  
                                          if(pos>=1.e-5){  
                                                  fprintf(ficresp," %d %.5f %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);      /*      fprintf(ficresp, "#Count between %.lf/%.lf/%.lf and %.lf/%.lf/%.lf\n",jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2);*/
                                                  fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);      pstamp(ficresp);
                                                  /*probs[iage][jk][j1]= pp[jk]/pos;*/      if  (ncoveff>0) {
                                                  /*printf("\niage=%d jk=%d j1=%d %.5f %.0f %.0f %f",iage,jk,j1,pp[jk]/pos, pp[jk],pos,probs[iage][jk][j1]);*/        fprintf(ficresp, "\n#********** Variable "); 
                                          }        fprintf(ficresphtm, "\n<br/><br/><h3>********** Variable "); 
                                          else{        fprintf(ficresphtmfr, "\n<br/><br/><h3>********** Variable "); 
                                                  fprintf(ficresp," %d NaNq %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage],pospropta);        for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++){
                                                  fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>NaNq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage, prop[jk][iage],pospropta);          fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
                                          }          fprintf(ficresphtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
                                  }          fprintf(ficresphtmfr, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
                                  pospropt[jk] +=posprop[jk];        }
                          } /* end loop jk */        fprintf(ficresp, "**********\n#");
                          /* pospropt=0.; */        fprintf(ficresphtm, "**********</h3>\n");
                          for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){        fprintf(ficresphtmfr, "**********</h3>\n");
                                  for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){        fprintf(ficlog, "\n#********** Variable "); 
                                          if(freq[jk][m][iage] !=0 ) { /* minimizing output */        for (z1=1; z1<=ncoveff; z1++) fprintf(ficlog, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
                                                  if(first==1){        fprintf(ficlog, "**********\n");
                                                          printf(" %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);      }
                                                  }      fprintf(ficresphtm,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");
                                                  fprintf(ficlog," %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);      for(i=1; i<=nlstate;i++) {
                                          }        fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);
                                          if(jk!=0 && m!=0)        fprintf(ficresphtm, "<th>Age</th><th>Prev(%d)</th><th>N(%d)</th><th>N</th>",i,i);
                                                  fprintf(ficresphtmfr,"<td>%.0f</td> ",freq[jk][m][iage]);      }
                                  }      fprintf(ficresp, "\n");
                          } /* end loop jk */      fprintf(ficresphtm, "\n");
                          posproptt=0.;         
                          for(jk=1; jk <=nlstate; jk++){      /* Header of frequency table by age */
                                  posproptt += pospropt[jk];      fprintf(ficresphtmfr,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");
                          }      fprintf(ficresphtmfr,"<th>Age</th> ");
                          fprintf(ficresphtmfr,"</tr>\n ");      for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){
                          if(iage <= iagemax){        for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){
                                  fprintf(ficresp,"\n");          if(jk!=0 && m!=0)
                                  fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");            fprintf(ficresphtmfr,"<th>%d%d</th> ",jk,m);
                          }        }
                          if(first==1)      }
                                  printf("Others in log...\n");      fprintf(ficresphtmfr, "\n");
                          fprintf(ficlog,"\n");        
                  } /* end loop age iage */      /* For each age */
                  fprintf(ficresphtm,"<tr><th>Tot</th>");      for(iage=iagemin; iage <= iagemax+3; iage++){
                  for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){        fprintf(ficresphtm,"<tr>");
                          if(posproptt < 1.e-5){        if(iage==iagemax+1){
                                  fprintf(ficresphtm,"<td>Nanq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk],posproptt);            fprintf(ficlog,"1");
                          }else{          fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>0</th> ");
                                  fprintf(ficresphtm,"<td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk]/posproptt,pospropt[jk],posproptt);           }else if(iage==iagemax+2){
                          }          fprintf(ficlog,"0");
                  }          fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Unknown</th> ");
                  fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");        }else if(iage==iagemax+3){
                  fprintf(ficresphtm,"</table>\n");          fprintf(ficlog,"Total");
                  fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");          fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Total</th> ");
                  if(posproptt < 1.e-5){        }else{
                          fprintf(ficresphtm,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);          if(first==1){
                          fprintf(ficresphtmfr,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);            first=0;
                          fprintf(ficres,"\n  This combination (%d) is not valid and no result will be produced\n\n",j1);            printf("See log file for details...\n");
                          invalidvarcomb[j1]=1;          }
                  }else{          fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>%d</th> ",iage);
                          fprintf(ficresphtm,"\n <p> This combination (%d) is valid and result will be produced.</p>",j1);          fprintf(ficlog,"Age %d", iage);
                          invalidvarcomb[j1]=0;        }
                  }        for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
                  fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");          for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)
          } /* end selected combination of covariate j1 */            pp[jk] += freq[jk][m][iage]; 
          dateintmean=dateintsum/k2cpt;         }
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
           for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)
             pos += freq[jk][m][iage];
           if(pp[jk]>=1.e-10){
             if(first==1){
               printf(" %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);
             }
             fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);
           }else{
             if(first==1)
               printf(" %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
             fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
           }
         }
   
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){ 
           /* posprop[jk]=0; */
           for(m=0, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)/* Summing on all ages */
             pp[jk] += freq[jk][m][iage];
         } /* pp[jk] is the total number of transitions starting from state jk and any ending status until this age */
   
         for(jk=1,pos=0, pospropta=0.; jk <=nlstate ; jk++){
           pos += pp[jk]; /* pos is the total number of transitions until this age */
           posprop[jk] += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state
                                             from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */
           pospropta += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state
                                           from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */
         }
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
           if(pos>=1.e-5){
             if(first==1)
               printf(" %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);
             fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);
           }else{
             if(first==1)
               printf(" %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
             fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
           }
           if( iage <= iagemax){
             if(pos>=1.e-5){
               fprintf(ficresp," %d %.5f %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);
               fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);
               /*probs[iage][jk][j1]= pp[jk]/pos;*/
               /*printf("\niage=%d jk=%d j1=%d %.5f %.0f %.0f %f",iage,jk,j1,pp[jk]/pos, pp[jk],pos,probs[iage][jk][j1]);*/
             }
             else{
               fprintf(ficresp," %d NaNq %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage],pospropta);
               fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>NaNq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage, prop[jk][iage],pospropta);
             }
           }
           pospropt[jk] +=posprop[jk];
         } /* end loop jk */
         /* pospropt=0.; */
         for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){
           for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){
             if(freq[jk][m][iage] !=0 ) { /* minimizing output */
               if(first==1){
                 printf(" %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);
               }
               fprintf(ficlog," %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);
             }
             if(jk!=0 && m!=0)
               fprintf(ficresphtmfr,"<td>%.0f</td> ",freq[jk][m][iage]);
           }
         } /* end loop jk */
         posproptt=0.; 
         for(jk=1; jk <=nlstate; jk++){
           posproptt += pospropt[jk];
         }
         fprintf(ficresphtmfr,"</tr>\n ");
         if(iage <= iagemax){
           fprintf(ficresp,"\n");
           fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");
         }
         if(first==1)
           printf("Others in log...\n");
         fprintf(ficlog,"\n");
       } /* end loop age iage */
       fprintf(ficresphtm,"<tr><th>Tot</th>");
       for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
         if(posproptt < 1.e-5){
           fprintf(ficresphtm,"<td>Nanq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk],posproptt);   
         }else{
           fprintf(ficresphtm,"<td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk]/posproptt,pospropt[jk],posproptt);    
         }
       }
       fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");
       fprintf(ficresphtm,"</table>\n");
       fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");
       if(posproptt < 1.e-5){
         fprintf(ficresphtm,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);
         fprintf(ficresphtmfr,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);
         fprintf(ficres,"\n  This combination (%d) is not valid and no result will be produced\n\n",j1);
         invalidvarcomb[j1]=1;
       }else{
         fprintf(ficresphtm,"\n <p> This combination (%d) is valid and result will be produced.</p>",j1);
         invalidvarcomb[j1]=0;
       }
       fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");
     } /* end selected combination of covariate j1 */
     dateintmean=dateintsum/k2cpt; 
                                     
          fclose(ficresp);    fclose(ficresp);
          fclose(ficresphtm);    fclose(ficresphtm);
          fclose(ficresphtmfr);    fclose(ficresphtmfr);
          free_vector(meanq,1,nqveff);    free_vector(meanq,1,nqfveff);
          free_matrix(meanqt,1,lastpass,1,nqtveff);    free_matrix(meanqt,1,lastpass,1,nqtveff);
          free_ma3x(freq,-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath, iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);    free_ma3x(freq,-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath, iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);
          free_vector(pospropt,1,nlstate);    free_vector(pospropt,1,nlstate);
          free_vector(posprop,1,nlstate);    free_vector(posprop,1,nlstate);
          free_matrix(prop,1,nlstate,iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);    free_matrix(prop,1,nlstate,iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);
          free_vector(pp,1,nlstate);    free_vector(pp,1,nlstate);
          /* End of freqsummary */    /* End of freqsummary */
  }  }
   
 /************ Prevalence ********************/  /************ Prevalence ********************/
  void prevalence(double ***probs, double agemin, double agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass)   void prevalence(double ***probs, double agemin, double agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass)
Line 4189  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d La Line 4232  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d La
    if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}     if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}
       
    first=1;     first=1;
    for(j1=1; j1<= (int) pow(2,nqveff);j1++){ /* For each combination of covariate */     for(j1=1; j1<= (int) pow(2,cptcoveff);j1++){ /* For each combination of covariate */
      for (i=1; i<=nlstate; i++)         for (i=1; i<=nlstate; i++)  
        for(iage=iagemin-AGEMARGE; iage <= iagemax+3+AGEMARGE; iage++)         for(iage=iagemin-AGEMARGE; iage <= iagemax+3+AGEMARGE; iage++)
          prop[i][iage]=0.0;           prop[i][iage]=0.0;
Line 4197  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d La Line 4240  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d La
      for (i=1; i<=imx; i++) { /* Each individual */       for (i=1; i<=imx; i++) { /* Each individual */
        bool=1;         bool=1;
        if  (cptcovn>0) {  /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */         if  (cptcovn>0) {  /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */
          for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) /* For each covariate, look at the value for individual i and checks if it is equal to the corresponding value of this covariate according to current combination j1*/           for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) /* For each covariate, look at the value for individual i and checks if it is equal to the corresponding value of this covariate according to current combination j1*/
            if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)])              if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]) 
              bool=0;               bool=0;
        }          } 
Line 4491  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4534  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
   
   /* Loop on covariates without age and products and no quantitative variable */    /* Loop on covariates without age and products and no quantitative variable */
   /* for (j=1; j<=(cptcovs); j++) { /\* From model V1 + V2*age+ V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only *\/ */    /* for (j=1; j<=(cptcovs); j++) { /\* From model V1 + V2*age+ V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only *\/ */
   for (j=1; j<=(*cptcov); j++) { /* From model V1 + V2*age + V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only */    for (j=1; j<=cptcovsnq; j++) { /* From model V1 + V2*age + V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only */
     for (k=-1; k < maxncov; k++) Ndum[k]=0;      for (k=-1; k < maxncov; k++) Ndum[k]=0;
     for (i=1; i<=imx; i++) { /* Loop on individuals: reads the data file to get the maximum value of the       for (i=1; i<=imx; i++) { /* Loop on individuals: reads the data file to get the maximum value of the 
                                                                                                                                 modality of this covariate Vj*/                                  modality of this covariate Vj*/
                         if(Tvar[j]  >=1 && Tvar[j]  <= *cptcov){ /* A real fixed covariate */        switch(Typevar[j]) {
                                 ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]); /* ij=0 or 1 or -1. Value of the covariate Tvar[j] for individual i        case 1: /* A real fixed dummy covariate */
                                                                                                                                                         * If product of Vn*Vm, still boolean *:          ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]); /* ij=0 or 1 or -1. Value of the covariate Tvar[j] for individual i
                                                                                                                                                         * If it was coded 1, 2, 3, 4 should be splitted into 3 boolean variables                                        * If product of Vn*Vm, still boolean *:
                                                                                                                                                         * 1 => 0 0 0, 2 => 0 0 1, 3 => 0 1 1, 4=1 0 0   */                                        * If it was coded 1, 2, 3, 4 should be splitted into 3 boolean variables
                                 /* Finds for covariate j, n=Tvar[j] of Vn . ij is the                                        * 1 => 0 0 0, 2 => 0 0 1, 3 => 0 1 1, 4=1 0 0   */
                                          modality of the nth covariate of individual i. */          /* Finds for covariate j, n=Tvar[j] of Vn . ij is the
                                 if (ij > modmaxcovj)             modality of the nth covariate of individual i. */
                                         modmaxcovj=ij;           if (ij > modmaxcovj)
                                 else if (ij < modmincovj)             modmaxcovj=ij; 
                                         modmincovj=ij;           else if (ij < modmincovj) 
                                 if ((ij < -1) && (ij > NCOVMAX)){            modmincovj=ij; 
                                         printf( "Error: minimal is less than -1 or maximal is bigger than %d. Exiting. \n", NCOVMAX );          if ((ij < -1) && (ij > NCOVMAX)){
                                         exit(1);            printf( "Error: minimal is less than -1 or maximal is bigger than %d. Exiting. \n", NCOVMAX );
                                 }else            exit(1);
                                         Ndum[ij]++; /*counts and stores the occurence of this modality 0, 1, -1*/          }else
       /*  If coded 1, 2, 3 , counts the number of 1 Ndum[1], number of 2, Ndum[2], etc */            Ndum[ij]++; /*counts and stores the occurence of this modality 0, 1, -1*/
       /*printf("i=%d ij=%d Ndum[ij]=%d imx=%d",i,ij,Ndum[ij],imx);*/          /*  If coded 1, 2, 3 , counts the number of 1 Ndum[1], number of 2, Ndum[2], etc */
       /* getting the maximum value of the modality of the covariate          /*printf("i=%d ij=%d Ndum[ij]=%d imx=%d",i,ij,Ndum[ij],imx);*/
                                  (should be 0 or 1 now) Tvar[j]. If V=sex and male is coded 0 and          /* getting the maximum value of the modality of the covariate
                                  female ies 1, then modmaxcovj=1.*/             (should be 0 or 1 now) Tvar[j]. If V=sex and male is coded 0 and
                         }             female ies 1, then modmaxcovj=1.*/
                 } /* end for loop on individuals i */          break;
         case 2:
           break;
   
         }
       } /* end for loop on individuals i */
     printf(" Minimal and maximal values of %d th covariate V%d: min=%d max=%d \n", j, Tvar[j], modmincovj, modmaxcovj);      printf(" Minimal and maximal values of %d th covariate V%d: min=%d max=%d \n", j, Tvar[j], modmincovj, modmaxcovj);
     fprintf(ficlog," Minimal and maximal values of %d th covariate V%d: min=%d max=%d \n", j, Tvar[j], modmincovj, modmaxcovj);      fprintf(ficlog," Minimal and maximal values of %d th covariate V%d: min=%d max=%d \n", j, Tvar[j], modmincovj, modmaxcovj);
     cptcode=modmaxcovj;      cptcode=modmaxcovj;
     /* Ndum[0] = frequency of 0 for model-covariate j, Ndum[1] frequency of 1 etc. */      /* Ndum[0] = frequency of 0 for model-covariate j, Ndum[1] frequency of 1 etc. */
                 /*for (i=0; i<=cptcode; i++) {*/      /*for (i=0; i<=cptcode; i++) {*/
     for (k=modmincovj;  k<=modmaxcovj; k++) { /* k=-1 ? 0 and 1*//* For each value k of the modality of model-cov j */      for (k=modmincovj;  k<=modmaxcovj; k++) { /* k=-1 ? 0 and 1*//* For each value k of the modality of model-cov j */
       printf("Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);        printf("Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);
       fprintf(ficlog, "Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);        fprintf(ficlog, "Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);
       if( Ndum[k] != 0 ){ /* Counts if nobody answered modality k ie empty modality, we skip it and reorder */        if( Ndum[k] != 0 ){ /* Counts if nobody answered modality k ie empty modality, we skip it and reorder */
                                 if( k != -1){          if( k != -1){
                                         ncodemax[j]++;  /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th            ncodemax[j]++;  /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th
                                                                                                                  covariate for which somebody answered excluding                                covariate for which somebody answered excluding 
                                                                                                                  undefined. Usually 2: 0 and 1. */                               undefined. Usually 2: 0 and 1. */
                                 }          }
                                 ncodemaxwundef[j]++; /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th          ncodemaxwundef[j]++; /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th
                                                                                                                                 covariate for which somebody answered including                                   covariate for which somebody answered including 
                                                                                                                                 undefined. Usually 3: -1, 0 and 1. */                                  undefined. Usually 3: -1, 0 and 1. */
       }        }
       /* In fact  ncodemax[j]=2 (dichotom. variables only) but it could be more for        /* In fact  ncodemax[j]=2 (dichotom. variables only) but it could be more for
                          * historical reasons: 3 if coded 1, 2, 3 and 4 and Ndum[2]=0 */         * historical reasons: 3 if coded 1, 2, 3 and 4 and Ndum[2]=0 */
     } /* Ndum[-1] number of undefined modalities */      } /* Ndum[-1] number of undefined modalities */
                       
     /* j is a covariate, n=Tvar[j] of Vn; Fills nbcode */      /* j is a covariate, n=Tvar[j] of Vn; Fills nbcode */
     /* For covariate j, modalities could be 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7.       /* For covariate j, modalities could be 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7. 
        If Ndum[1]=0, Ndum[2]=0, Ndum[3]= 635, Ndum[4]=0, Ndum[5]=0, Ndum[6]=27, Ndum[7]=125;         If Ndum[1]=0, Ndum[2]=0, Ndum[3]= 635, Ndum[4]=0, Ndum[5]=0, Ndum[6]=27, Ndum[7]=125;
Line 4555  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4603  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
     */      */
     ij=0; /* ij is similar to i but can jump over null modalities */      ij=0; /* ij is similar to i but can jump over null modalities */
     for (i=modmincovj; i<=modmaxcovj; i++) { /* i= 1 to 2 for dichotomous, or from 1 to 3 or from -1 or 0 to 1 currently*/      for (i=modmincovj; i<=modmaxcovj; i++) { /* i= 1 to 2 for dichotomous, or from 1 to 3 or from -1 or 0 to 1 currently*/
         if (Ndum[i] == 0) { /* If nobody responded to this modality k */        if (Ndum[i] == 0) { /* If nobody responded to this modality k */
                                 break;          break;
                         }        }
                         ij++;        ij++;
                         nbcode[Tvar[j]][ij]=i;  /* stores the original value of modality i in an array nbcode, ij modality from 1 to last non-nul modality.*/        nbcode[Tvar[j]][ij]=i;  /* stores the original value of modality i in an array nbcode, ij modality from 1 to last non-nul modality.*/
                         cptcode = ij; /* New max modality for covar j */        cptcode = ij; /* New max modality for covar j */
     } /* end of loop on modality i=-1 to 1 or more */      } /* end of loop on modality i=-1 to 1 or more */
                       
     /*   for (k=0; k<= cptcode; k++) { /\* k=-1 ? k=0 to 1 *\//\* Could be 1 to 4 *\//\* cptcode=modmaxcovj *\/ */      /*   for (k=0; k<= cptcode; k++) { /\* k=-1 ? k=0 to 1 *\//\* Could be 1 to 4 *\//\* cptcode=modmaxcovj *\/ */
     /*  /\*recode from 0 *\/ */      /*  /\*recode from 0 *\/ */
     /*                               k is a modality. If we have model=V1+V1*sex  */      /*                               k is a modality. If we have model=V1+V1*sex  */
Line 4578  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4626  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
     /*   }  /\* end of loop on modality k *\/ */      /*   }  /\* end of loop on modality k *\/ */
   } /* end of loop on model-covariate j. nbcode[Tvarj][1]=0 and nbcode[Tvarj][2]=1 sets the value of covariate j*/      } /* end of loop on model-covariate j. nbcode[Tvarj][1]=0 and nbcode[Tvarj][2]=1 sets the value of covariate j*/  
       
         for (k=-1; k< maxncov; k++) Ndum[k]=0;     for (k=-1; k< maxncov; k++) Ndum[k]=0; 
       
   for (i=1; i<=ncovmodel-2-nagesqr; i++) { /* -2, cste and age and eventually age*age */     for (i=1; i<=ncovmodel-2-nagesqr; i++) { /* -2, cste and age and eventually age*age */ 
                 /* Listing of all covariables in statement model to see if some covariates appear twice. For example, V1 appears twice in V1+V1*V2.*/       /* Listing of all covariables in statement model to see if some covariates appear twice. For example, V1 appears twice in V1+V1*V2.*/ 
                 ij=Tvar[i]; /* Tvar might be -1 if status was unknown */       ij=Tvar[i]; /* Tvar might be -1 if status was unknown */ 
                 Ndum[ij]++; /* Might be supersed V1 + V1*age */      Ndum[ij]++; /* Might be supersed V1 + V1*age */
         } /* V4+V3+V5, Ndum[1]@5={0, 0, 1, 1, 1} */    } /* V4+V3+V5, Ndum[1]@5={0, 0, 1, 1, 1} */
             
         ij=0;    ij=0;
         for (i=0; i<=  maxncov-1; i++) { /* modmaxcovj is unknown here. Only Ndum[2(V2),3(age*V3), 5(V3*V2) 6(V1*V4) */    for (i=0; i<=  maxncov-1; i++) { /* modmaxcovj is unknown here. Only Ndum[2(V2),3(age*V3), 5(V3*V2) 6(V1*V4) */
                 /*printf("Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/      /*printf("Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/
                 if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol)){      if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol)){
                         /*printf("diff Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/        /*printf("diff Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/
                         Tvaraff[++ij]=i; /*For printing (unclear) */        Tvaraff[++ij]=i; /*For printing (unclear) */
                 }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv)){      }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv)){
                         Tvaraff[++ij]=-10; /* Dont'n know how to treat quantitative variables yet */        Tvaraff[++ij]=-10; /* Dont'n know how to treat quantitative variables yet */
                 }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv+ntv)){      }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv+ntv)){
                         Tvaraff[++ij]=i; /*For printing (unclear) */        Tvaraff[++ij]=i; /*For printing (unclear) */
                 }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv+ntv+nqtv)){      }else if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol+nqv+ntv+nqtv)){
                  Tvaraff[++ij]=-20; /* Dont'n know how to treat quantitative variables yet */        Tvaraff[++ij]=-20; /* Dont'n know how to treat quantitative variables yet */
                 }      }
         } /* Tvaraff[1]@5 {3, 4, -20, 0, 0} Very strange */    } /* Tvaraff[1]@5 {3, 4, -20, 0, 0} Very strange */
         /* ij--; */    /* ij--; */
         /* cptcoveff=ij; /\*Number of total covariates*\/ */    /* cptcoveff=ij; /\*Number of total covariates*\/ */
         *cptcov=ij; /*Number of total real effective covariates: effective    *cptcov=ij; /*Number of total real effective covariates: effective
                                                          * because they can be excluded from the model and real                 * because they can be excluded from the model and real
                                                          * if in the model but excluded because missing values*/                 * if in the model but excluded because missing values*/
 }  }
   
   
Line 5452  To be simple, these graphs help to under Line 5500  To be simple, these graphs help to under
   
    cov[1]=1;     cov[1]=1;
    /* tj=cptcoveff; */     /* tj=cptcoveff; */
    tj = (int) pow(2,nqveff);     tj = (int) pow(2,cptcoveff);
    if (cptcovn<1) {tj=1;ncodemax[1]=1;}     if (cptcovn<1) {tj=1;ncodemax[1]=1;}
    j1=0;     j1=0;
    for(j1=1; j1<=tj;j1++){  /* For each valid combination of covariates or only once*/     for(j1=1; j1<=tj;j1++){  /* For each valid combination of covariates or only once*/
      if  (cptcovn>0) {       if  (cptcovn>0) {
        fprintf(ficresprob, "\n#********** Variable ");          fprintf(ficresprob, "\n#********** Variable "); 
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(ficresprob, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprob, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(ficresprob, "**********\n#\n");         fprintf(ficresprob, "**********\n#\n");
        fprintf(ficresprobcov, "\n#********** Variable ");          fprintf(ficresprobcov, "\n#********** Variable "); 
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(ficresprobcov, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcov, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(ficresprobcov, "**********\n#\n");         fprintf(ficresprobcov, "**********\n#\n");
                                                   
        fprintf(ficgp, "\n#********** Variable ");          fprintf(ficgp, "\n#********** Variable "); 
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(ficgp, " V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficgp, " V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(ficgp, "**********\n#\n");         fprintf(ficgp, "**********\n#\n");
                                                   
                                                   
        fprintf(fichtmcov, "\n<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">********** Variable ");          fprintf(fichtmcov, "\n<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">********** Variable "); 
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(fichtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(fichtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(fichtmcov, "**********\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");         fprintf(fichtmcov, "**********\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
                                                   
        fprintf(ficresprobcor, "\n#********** Variable ");             fprintf(ficresprobcor, "\n#********** Variable ");    
        for (z1=1; z1<=nqveff; z1++) fprintf(ficresprobcor, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcor, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
        fprintf(ficresprobcor, "**********\n#");             fprintf(ficresprobcor, "**********\n#");    
        if(invalidvarcomb[j1]){         if(invalidvarcomb[j1]){
          fprintf(ficgp,"\n#Combination (%d) ignored because no cases \n",j1);            fprintf(ficgp,"\n#Combination (%d) ignored because no cases \n",j1); 
Line 5740  void printinghtml(char fileresu[], char Line 5788  void printinghtml(char fileresu[], char
   
    fprintf(fichtm," \n<ul><li><b>Graphs</b></li><p>");     fprintf(fichtm," \n<ul><li><b>Graphs</b></li><p>");
   
    m=pow(2,nqveff);     m=pow(2,cptcoveff);
    if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}     if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}
   
    jj1=0;     jj1=0;
Line 5750  void printinghtml(char fileresu[], char Line 5798  void printinghtml(char fileresu[], char
      jj1++;       jj1++;
      if (cptcovn > 0) {       if (cptcovn > 0) {
        fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");         fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");
        for (cpt=1; cpt<=nqveff;cpt++){          for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++){ 
          fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);           fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);
          printf(" V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);fflush(stdout);           printf(" V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);fflush(stdout);
        }         }
Line 5860  See page 'Matrix of variance-covariance Line 5908  See page 'Matrix of variance-covariance
    fflush(fichtm);     fflush(fichtm);
    fprintf(fichtm," <ul><li><b>Graphs</b></li><p>");     fprintf(fichtm," <ul><li><b>Graphs</b></li><p>");
   
    m=pow(2,nqveff);     m=pow(2,cptcoveff);
    if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}     if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}
   
    jj1=0;     jj1=0;
Line 5869  See page 'Matrix of variance-covariance Line 5917  See page 'Matrix of variance-covariance
      jj1++;       jj1++;
      if (cptcovn > 0) {       if (cptcovn > 0) {
        fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");         fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");
        for (cpt=1; cpt<=nqveff;cpt++)          for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++)  /**< cptcoveff number of variables */
          fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);           fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);
        fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");         fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
   
Line 5914  void printinggnuplot(char fileresu[], ch Line 5962  void printinggnuplot(char fileresu[], ch
   /*#ifdef windows */    /*#ifdef windows */
   fprintf(ficgp,"cd \"%s\" \n",pathc);    fprintf(ficgp,"cd \"%s\" \n",pathc);
   /*#endif */    /*#endif */
   m=pow(2,nqveff);    m=pow(2,cptcoveff);
   
   /* Contribution to likelihood */    /* Contribution to likelihood */
   /* Plot the probability implied in the likelihood */    /* Plot the probability implied in the likelihood */
Line 5952  void printinggnuplot(char fileresu[], ch Line 6000  void printinggnuplot(char fileresu[], ch
     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each valid combination of covariate */      for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each valid combination of covariate */
       /* plot [100000000000000000000:-100000000000000000000] "mysbiaspar/vplrmysbiaspar.txt to check */        /* plot [100000000000000000000:-100000000000000000000] "mysbiaspar/vplrmysbiaspar.txt to check */
       fprintf(ficgp,"\n# 1st: Period (stable) prevalence with CI: 'VPL_' files ");        fprintf(ficgp,"\n# 1st: Period (stable) prevalence with CI: 'VPL_' files ");
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate k get corresponding value lv for combination k1 */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate k get corresponding value lv for combination k1 */
         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the value of the covariate corresponding to k1 combination */          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the value of the covariate corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 5992  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6040  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
       if(backcast==1){ /* We need to get the corresponding values of the covariates involved in this combination k1 */        if(backcast==1){ /* We need to get the corresponding values of the covariates involved in this combination k1 */
         /* fprintf(ficgp,",\"%s\" every :::%d::%d u 1:($%d) t\"Backward stable prevalence\" w l lt 3",subdirf2(fileresu,"PLB_"),k1-1,k1-1,1+cpt); */          /* fprintf(ficgp,",\"%s\" every :::%d::%d u 1:($%d) t\"Backward stable prevalence\" w l lt 3",subdirf2(fileresu,"PLB_"),k1-1,k1-1,1+cpt); */
         fprintf(ficgp,",\"%s\" u 1:((",subdirf2(fileresu,"PLB_")); /* Age is in 1 */          fprintf(ficgp,",\"%s\" u 1:((",subdirf2(fileresu,"PLB_")); /* Age is in 1 */
         if(nqveff ==0){          if(cptcoveff ==0){
           fprintf(ficgp,"$%d)) t 'Backward prevalence in state %d' with line ",  2+(cpt-1),  cpt );            fprintf(ficgp,"$%d)) t 'Backward prevalence in state %d' with line ",  2+(cpt-1),  cpt );
         }else{          }else{
           kl=0;            kl=0;
           for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each combination of covariate  */            for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each combination of covariate  */
             lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */              lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */
             /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */              /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
             /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */              /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
             /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */              /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6007  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6055  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
             /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */               /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
             /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */               /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
             /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/              /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/
             if(k==nqveff){              if(k==cptcoveff){
               fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d)? $%d : 1/0) t 'Backward prevalence in state %d' with line ",kl+1, Tvaraff[k],kl+1+1,nbcode[Tvaraff[k]][lv], \                fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d)? $%d : 1/0) t 'Backward prevalence in state %d' with line ",kl+1, Tvaraff[k],kl+1+1,nbcode[Tvaraff[k]][lv], \
                       6+(cpt-1),  cpt );                        6+(cpt-1),  cpt );
             }else{              }else{
Line 6024  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6072  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) {     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { 
   
     fprintf(ficgp,"\n# 2nd: Total life expectancy with CI: 't' files ");      fprintf(ficgp,"\n# 2nd: Total life expectancy with CI: 't' files ");
     for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */      for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
       lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */        lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
       /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */        /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
       /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */        /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
       /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */        /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6077  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6125  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
   
     for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) {      for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) {
       fprintf(ficgp,"\n# 3d: Life expectancy with EXP_ files:  cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n# 3d: Life expectancy with EXP_ files:  cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6119  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u Line 6167  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u
   
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j : 'LIJ_' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j : 'LIJ_' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6161  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6209  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each inital state  */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each inital state  */
                                                   
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j and all livestates from state i by final state j: 'lij' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j and all livestates from state i by final state j: 'lij' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
                                 lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                  lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
                                 /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                  /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                 /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                  /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                 /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                  /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6211  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6259  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
                                                   
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
                                 lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                  lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
                                 /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                  /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                 /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                  /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                 /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                  /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6253  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6301  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */      for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */
       for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */        for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
                                 fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV Back preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);                                  fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV Back preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
                                 for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate and each value */                                  for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
                                         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
                                         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
           /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */            /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6300  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6348  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */      for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */
       for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */        for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
                                 fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#Projection of prevalence to stable (period): 'PROJ_' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);                                  fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#Projection of prevalence to stable (period): 'PROJ_' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
                                 for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each correspondig covariate value  */                                  for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each correspondig covariate value  */
                                         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */                                          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */
                                         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6330  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6378  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
                                         }else{                                          }else{
                                                 fprintf(ficgp,",\\\n '' ");                                                  fprintf(ficgp,",\\\n '' ");
                                         }                                          }
                                         if(nqveff ==0){ /* No covariate */                                          if(cptcoveff ==0){ /* No covariate */
                                                 ioffset=2; /* Age is in 2 */                                                  ioffset=2; /* Age is in 2 */
                                                 /*# yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/                                                  /*# yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/
                                                 /*#   1       2   3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */                                                  /*#   1       2   3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */
Line 6344  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6392  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
                                                         fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'p%d%d' with line ",                    \                                                          fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'p%d%d' with line ",                    \
                                                                                         ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );                                                                                          ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );
                                         }else{ /* more than 2 covariates */                                          }else{ /* more than 2 covariates */
                                                 if(nqveff ==1){                                                  if(cptcoveff ==1){
                                                         ioffset=4; /* Age is in 4 */                                                          ioffset=4; /* Age is in 4 */
                                                 }else{                                                  }else{
                                                         ioffset=6; /* Age is in 6 */                                                          ioffset=6; /* Age is in 6 */
Line 6354  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6402  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
                                                 fprintf(ficgp," u %d:(",ioffset);                                                   fprintf(ficgp," u %d:(",ioffset); 
                                                 kl=0;                                                  kl=0;
                                                 strcpy(gplotcondition,"(");                                                  strcpy(gplotcondition,"(");
                                                 for (k=1; k<=nqveff; k++){    /* For each covariate writing the chain of conditions */                                                  for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate writing the chain of conditions */
                                                         lv= decodtabm(k1,k,nqveff); /* Should be the covariate value corresponding to combination k1 and covariate k */                                                          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to combination k1 and covariate k */
                                                         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                                          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                                         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                                          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                                         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                                          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
Line 6363  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6411  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
                                                         kl++;                                                          kl++;
                                                         sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition),"$%d==%d && $%d==%d " ,kl,Tvaraff[k], kl+1, nbcode[Tvaraff[k]][lv]);                                                          sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition),"$%d==%d && $%d==%d " ,kl,Tvaraff[k], kl+1, nbcode[Tvaraff[k]][lv]);
                                                         kl++;                                                          kl++;
                                                         if(k <nqveff && nqveff>1)                                                          if(k <cptcoveff && cptcoveff>1)
                                                                 sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition)," && ");                                                                  sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition)," && ");
                                                 }                                                  }
                                                 strcpy(gplotcondition+strlen(gplotcondition),")");                                                  strcpy(gplotcondition+strlen(gplotcondition),")");
Line 6420  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6468  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
   fprintf(ficgp,"#\n");    fprintf(ficgp,"#\n");
   for(ng=1; ng<=3;ng++){ /* Number of graphics: first is logit, 2nd is probabilities, third is incidences per year*/    for(ng=1; ng<=3;ng++){ /* Number of graphics: first is logit, 2nd is probabilities, third is incidences per year*/
     fprintf(ficgp,"# ng=%d\n",ng);      fprintf(ficgp,"# ng=%d\n",ng);
     fprintf(ficgp,"#   jk=1 to 2^%d=%d\n",nqveff,m);      fprintf(ficgp,"#   jk=1 to 2^%d=%d\n",cptcoveff,m);
     for(jk=1; jk <=m; jk++) {      for(jk=1; jk <=m; jk++) {
       fprintf(ficgp,"#    jk=%d\n",jk);        fprintf(ficgp,"#    jk=%d\n",jk);
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" ",subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jk,ng);        fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" ",subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jk,ng);
Line 6473  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6521  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
                 }                  }
               }                }
               else                else
                 fprintf(ficgp,"+p%d*%d",i+j+nagesqr-1,nbcode[Tvar[j-2]][codtabm(jk,j-2)]);                                          fprintf(ficgp,"+p%d*%d",i+j+nagesqr-1,nbcode[Tvar[j-2]][codtabm(jk,j-2)]); /* Valgrind bug nbcode */
             }              }
           }else{            }else{
             i=i-ncovmodel;              i=i-ncovmodel;
Line 6500  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6548  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
                   }                    }
                 }                  }
                 else                  else
                   fprintf(ficgp,"+p%d*%d",k3+(k1-1)*ncovmodel+1+j-2+nagesqr,nbcode[Tvar[j-2]][codtabm(jk,j-2)]);                    fprintf(ficgp,"+p%d*%d",k3+(k1-1)*ncovmodel+1+j-2+nagesqr,nbcode[Tvar[j-2]][codtabm(jk,j-2)]);/* Valgrind bug nbcode */
               }                }
               fprintf(ficgp,")");                fprintf(ficgp,")");
             }              }
Line 6543  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6591  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
    double *agemingood, *agemaxgood; /* Currently identical for all covariates */     double *agemingood, *agemaxgood; /* Currently identical for all covariates */
       
       
    /* modcovmax=2*nqveff;/\* Max number of modalities. We suppose  */     /* modcovmax=2*cptcoveff;/\* Max number of modalities. We suppose  */
    /*              a covariate has 2 modalities, should be equal to ncovcombmax  *\/ */     /*              a covariate has 2 modalities, should be equal to ncovcombmax  *\/ */
   
    sumnewp = vector(1,ncovcombmax);     sumnewp = vector(1,ncovcombmax);
Line 6684  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6732  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
     
   
 /************** Forecasting ******************/  /************** Forecasting ******************/
 void prevforecast(char fileres[], double anproj1, double mproj1, double jproj1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anproj2, double p[], int nqveff){  void prevforecast(char fileres[], double anproj1, double mproj1, double jproj1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anproj2, double p[], int cptcoveff){
   /* proj1, year, month, day of starting projection     /* proj1, year, month, day of starting projection 
      agemin, agemax range of age       agemin, agemax range of age
      dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed       dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed
Line 6715  void prevforecast(char fileres[], double Line 6763  void prevforecast(char fileres[], double
   printf("Computing forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresf);    printf("Computing forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresf);
   fprintf(ficlog,"Computing forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresf);    fprintf(ficlog,"Computing forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresf);
   
   if (nqveff==0) ncodemax[nqveff]=1;    if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;
   
   
   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;    stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;
Line 6736  void prevforecast(char fileres[], double Line 6784  void prevforecast(char fileres[], double
   if(jprojmean==0) jprojmean=1;    if(jprojmean==0) jprojmean=1;
   if(mprojmean==0) jprojmean=1;    if(mprojmean==0) jprojmean=1;
   
   i1=nqveff;    i1=cptcoveff;
   if (cptcovn < 1){i1=1;}    if (cptcovn < 1){i1=1;}
       
   fprintf(ficresf,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2);     fprintf(ficresf,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2); 
Line 6745  void prevforecast(char fileres[], double Line 6793  void prevforecast(char fileres[], double
   
 /*            if (h==(int)(YEARM*yearp)){ */  /*            if (h==(int)(YEARM*yearp)){ */
   for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){    for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){
     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[nqveff];cptcod++){      for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){
       k=k+1;        k=k+1;
       fprintf(ficresf,"\n#****** hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#");        fprintf(ficresf,"\n#****** hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#");
       for(j=1;j<=nqveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
                                 fprintf(ficresf," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresf," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }        }
       fprintf(ficresf," yearproj age");        fprintf(ficresf," yearproj age");
Line 6770  void prevforecast(char fileres[], double Line 6818  void prevforecast(char fileres[], double
                                         for (h=0; h<=nhstepm; h++){                                          for (h=0; h<=nhstepm; h++){
                                                 if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) {                                                  if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) {
               fprintf(ficresf,"\n");                fprintf(ficresf,"\n");
               for(j=1;j<=nqveff;j++)                 for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
                 fprintf(ficresf,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                  fprintf(ficresf,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
                                                         fprintf(ficresf,"%.f %.f ",anproj1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm);                                                          fprintf(ficresf,"%.f %.f ",anproj1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm);
                                                 }                                                   } 
Line 6804  void prevforecast(char fileres[], double Line 6852  void prevforecast(char fileres[], double
 }  }
   
 /* /\************** Back Forecasting ******************\/ */  /* /\************** Back Forecasting ******************\/ */
 /* void prevbackforecast(char fileres[], double anback1, double mback1, double jback1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anback2, double p[], int nqveff){ */  /* void prevbackforecast(char fileres[], double anback1, double mback1, double jback1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anback2, double p[], int cptcoveff){ */
 /*   /\* back1, year, month, day of starting backection  */  /*   /\* back1, year, month, day of starting backection  */
 /*      agemin, agemax range of age */  /*      agemin, agemax range of age */
 /*      dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed */  /*      dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed */
Line 6836  void prevforecast(char fileres[], double Line 6884  void prevforecast(char fileres[], double
 /*   printf("Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */  /*   printf("Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */
 /*   fprintf(ficlog,"Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */  /*   fprintf(ficlog,"Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */
                   
 /*   if (nqveff==0) ncodemax[nqveff]=1; */  /*   if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1; */
                   
 /*   /\* if (mobilav!=0) { *\/ */  /*   /\* if (mobilav!=0) { *\/ */
 /*   /\*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); *\/ */  /*   /\*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); *\/ */
Line 6864  void prevforecast(char fileres[], double Line 6912  void prevforecast(char fileres[], double
 /*   if(jprojmean==0) jprojmean=1; */  /*   if(jprojmean==0) jprojmean=1; */
 /*   if(mprojmean==0) jprojmean=1; */  /*   if(mprojmean==0) jprojmean=1; */
                   
 /*   i1=nqveff; */  /*   i1=cptcoveff; */
 /*   if (cptcovn < 1){i1=1;} */  /*   if (cptcovn < 1){i1=1;} */
       
 /*   fprintf(ficresfb,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2);  */  /*   fprintf(ficresfb,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2);  */
Line 6873  void prevforecast(char fileres[], double Line 6921  void prevforecast(char fileres[], double
                   
 /*      /\*           if (h==(int)(YEARM*yearp)){ *\/ */  /*      /\*           if (h==(int)(YEARM*yearp)){ *\/ */
 /*   for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */  /*   for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
 /*     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[nqveff];cptcod++){ */  /*     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){ */
 /*       k=k+1; */  /*       k=k+1; */
 /*       fprintf(ficresfb,"\n#****** hbijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#"); */  /*       fprintf(ficresfb,"\n#****** hbijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#"); */
 /*       for(j=1;j<=nqveff;j++) { */  /*       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) { */
 /*                              fprintf(ficresfb," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */  /*                              fprintf(ficresfb," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */
 /*       } */  /*       } */
 /*       fprintf(ficresfb," yearbproj age"); */  /*       fprintf(ficresfb," yearbproj age"); */
Line 6898  void prevforecast(char fileres[], double Line 6946  void prevforecast(char fileres[], double
 /*                                      for (h=0; h<=nhstepm; h++){ */  /*                                      for (h=0; h<=nhstepm; h++){ */
 /*                                              if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) { */  /*                                              if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) { */
 /*               fprintf(ficresfb,"\n"); */  /*               fprintf(ficresfb,"\n"); */
 /*               for(j=1;j<=nqveff;j++)  */  /*               for(j=1;j<=cptcoveff;j++)  */
 /*                 fprintf(ficresfb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */  /*                 fprintf(ficresfb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */
 /*                                                      fprintf(ficresfb,"%.f %.f ",anback1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm); */  /*                                                      fprintf(ficresfb,"%.f %.f ",anback1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm); */
 /*                                              }  */  /*                                              }  */
Line 6961  void populforecast(char fileres[], doubl Line 7009  void populforecast(char fileres[], doubl
   printf("Computing forecasting: result on file '%s' \n", filerespop);    printf("Computing forecasting: result on file '%s' \n", filerespop);
   fprintf(ficlog,"Computing forecasting: result on file '%s' \n", filerespop);    fprintf(ficlog,"Computing forecasting: result on file '%s' \n", filerespop);
   
   if (nqveff==0) ncodemax[nqveff]=1;    if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;
   
   /* if (mobilav!=0) { */    /* if (mobilav!=0) { */
   /*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */    /*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
Line 6996  void populforecast(char fileres[], doubl Line 7044  void populforecast(char fileres[], doubl
   }    }
       
   for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i2;cptcov++){    for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i2;cptcov++){
     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[nqveff];cptcod++){      for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){
       k=k+1;        k=k+1;
       fprintf(ficrespop,"\n#******");        fprintf(ficrespop,"\n#******");
       for(j=1;j<=nqveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
         fprintf(ficrespop," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficrespop," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }        }
       fprintf(ficrespop,"******\n");        fprintf(ficrespop,"******\n");
Line 7396  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7444  int readdata(char datafile[], int firsto
     /* Loops on waves */      /* Loops on waves */
     for (j=maxwav;j>=1;j--){      for (j=maxwav;j>=1;j--){
       for (iv=nqtv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying quantitative variables */        for (iv=nqtv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying quantitative variables */
                                 cutv(stra, strb, line, ' ');           cutv(stra, strb, line, ' '); 
                                 if(strb[0]=='.') { /* Missing value */          if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
                                         lval=-1;            lval=-1;
                                 }else{            cotqvar[j][iv][i]=-1; /* 0.0/0.0 */
                                         errno=0;            if(isalpha(strb[1])) { /* .m or .d Really Missing value */
                                         /* what_kind_of_number(strb); */              printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. If missing, you should remove this individual or impute a value.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j);
                                         dval=strtod(strb,&endptr);               fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. If missing, you should remove this individual or impute a value.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j);fflush(ficlog);
                                         /* if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){ */              return 1;
                                         /* if(strb != endptr && *endptr == '\0') */            }
                                         /*    dval=dlval; */          }else{
                                         /* if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN)) */            errno=0;
                                         if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){            /* what_kind_of_number(strb); */
                                                 printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j,maxwav);            dval=strtod(strb,&endptr); 
                                                 fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqtv, j,maxwav);fflush(ficlog);            /* if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){ */
                                                 return 1;            /* if(strb != endptr && *endptr == '\0') */
                                         }            /*    dval=dlval; */
                                         cotqvar[j][iv][i]=dval;             /* if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN)) */
                                 }            if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
                                 strcpy(line,stra);              printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, nqtv, j,maxwav);
               fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqtv, j,maxwav);fflush(ficlog);
               return 1;
             }
             cotqvar[j][iv][i]=dval; 
           }
           strcpy(line,stra);
       }/* end loop ntqv */        }/* end loop ntqv */
                                 
       for (iv=ntv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying dummies */        for (iv=ntv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on time varying dummies */
                                 cutv(stra, strb, line, ' ');           cutv(stra, strb, line, ' '); 
                                 if(strb[0]=='.') { /* Missing value */          if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
                                         lval=-1;            lval=-1;
                                 }else{          }else{
                                         errno=0;            errno=0;
                                         lval=strtol(strb,&endptr,10);             lval=strtol(strb,&endptr,10); 
                                         /*      if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN))*/            /*    if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN))*/
                                         if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){            if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
                                                 printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th dummy covariate out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, ntv, j,maxwav);              printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th dummy covariate out of %d measured at wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, ntv, j,maxwav);
                                                 fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d dummy covariate out of %d measured wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, ntv,j,maxwav);fflush(ficlog);              fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d dummy covariate out of %d measured wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,iv, ntv,j,maxwav);fflush(ficlog);
                                                 return 1;              return 1;
                                         }            }
                                 }          }
                                 if(lval <-1 || lval >1){          if(lval <-1 || lval >1){
                                         printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \            printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \
  Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \   Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \
  for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \   for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \
  For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                                                                 \   For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                 \
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                                                                                                 \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                         \
         V1=1 V2=0 for (2) \n                                                                                                                                                                            \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n                                                                                                                                \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);
                                         fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \            fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \
  Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \   Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \
  for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \   for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \
  For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                                                                 \   For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                 \
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                                                                                                 \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                         \
         V1=1 V2=0 for (2) \n                                                                                                                                                                            \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n                                \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);
                                         return 1;            return 1;
                                 }          }
                                 cotvar[j][iv][i]=(double)(lval);          cotvar[j][iv][i]=(double)(lval);
                                 strcpy(line,stra);          strcpy(line,stra);
       }/* end loop ntv */        }/* end loop ntv */
         
       /* Statuses  at wave */        /* Statuses  at wave */
       cutv(stra, strb, line, ' ');         cutv(stra, strb, line, ' '); 
       if(strb[0]=='.') { /* Missing value */        if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
                                 lval=-1;          lval=-1;
       }else{        }else{
                                 errno=0;          errno=0;
                                 lval=strtol(strb,&endptr,10);           lval=strtol(strb,&endptr,10); 
                                 /*      if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN))*/          /*      if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN))*/
                                 if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){          if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
                                         printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a status of wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,j,maxwav);            printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a status of wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,j,maxwav);
                                         fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a status of wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,j,maxwav);fflush(ficlog);            fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a status of wave %d. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line,j,maxwav);fflush(ficlog);
                                         return 1;            return 1;
                                 }          }
       }        }
              
       s[j][i]=lval;        s[j][i]=lval;
         
       /* Date of Interview */        /* Date of Interview */
       strcpy(line,stra);        strcpy(line,stra);
       cutv(stra, strb,line,' ');        cutv(stra, strb,line,' ');
       if( (iout=sscanf(strb,"%d/%d",&month, &year)) != 0){        if( (iout=sscanf(strb,"%d/%d",&month, &year)) != 0){
       }        }
       else  if( (iout=sscanf(strb,"%s.",dummy)) != 0){        else  if( (iout=sscanf(strb,"%s.",dummy)) != 0){
                                 month=99;          month=99;
                                 year=9999;          year=9999;
       }else{        }else{
                                 printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of interview (mm/yyyy or .) at wave %d.  Exiting.\n",strb, linei,i, line,j);          printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of interview (mm/yyyy or .) at wave %d.  Exiting.\n",strb, linei,i, line,j);
                                 fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of interview (mm/yyyy or .) at wave %d.  Exiting.\n",strb, linei,i, line,j);fflush(ficlog);          fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of interview (mm/yyyy or .) at wave %d.  Exiting.\n",strb, linei,i, line,j);fflush(ficlog);
                                 return 1;          return 1;
       }        }
       anint[j][i]= (double) year;         anint[j][i]= (double) year; 
       mint[j][i]= (double)month;         mint[j][i]= (double)month; 
       strcpy(line,stra);        strcpy(line,stra);
     } /* End loop on waves */      } /* End loop on waves */
       
     /* Date of death */      /* Date of death */
     cutv(stra, strb,line,' ');       cutv(stra, strb,line,' '); 
     if( (iout=sscanf(strb,"%d/%d",&month, &year)) != 0){      if( (iout=sscanf(strb,"%d/%d",&month, &year)) != 0){
Line 7500  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7554  int readdata(char datafile[], int firsto
       year=9999;        year=9999;
     }else{      }else{
       printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of death (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);        printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of death (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);
                         fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of death (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);        fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of death (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);
                         return 1;        return 1;
     }      }
     andc[i]=(double) year;       andc[i]=(double) year; 
     moisdc[i]=(double) month;       moisdc[i]=(double) month; 
Line 7517  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7571  int readdata(char datafile[], int firsto
     }else{      }else{
       printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);        printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);
       fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);        fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy or .).  Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);
                         return 1;        return 1;
     }      }
     if (year==9999) {      if (year==9999) {
       printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy) but at least the year of birth should be given.  Exiting.\n",strb, linei,i,line);        printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy) but at least the year of birth should be given.  Exiting.\n",strb, linei,i,line);
       fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy) but at least the year of birth should be given. Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);        fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a date of birth (mm/yyyy) but at least the year of birth should be given. Exiting.\n",strb, linei,i,line);fflush(ficlog);
                         return 1;        return 1;
         
     }      }
     annais[i]=(double)(year);      annais[i]=(double)(year);
     moisnais[i]=(double)(month);       moisnais[i]=(double)(month); 
     strcpy(line,stra);      strcpy(line,stra);
       
     /* Sample weight */      /* Sample weight */
     cutv(stra, strb,line,' ');       cutv(stra, strb,line,' '); 
     errno=0;      errno=0;
Line 7541  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7595  int readdata(char datafile[], int firsto
     }      }
     weight[i]=dval;       weight[i]=dval; 
     strcpy(line,stra);      strcpy(line,stra);
       
     for (iv=nqv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on fixed quantitative variables */      for (iv=nqv;iv>=1;iv--){  /* Loop  on fixed quantitative variables */
       cutv(stra, strb, line, ' ');         cutv(stra, strb, line, ' '); 
       if(strb[0]=='.') { /* Missing value */        if(strb[0]=='.') { /* Missing value */
                                 lval=-1;          lval=-1;
       }else{        }else{
                                 errno=0;          errno=0;
                                 /* what_kind_of_number(strb); */          /* what_kind_of_number(strb); */
                                 dval=strtod(strb,&endptr);          dval=strtod(strb,&endptr);
                                 /* if(strb != endptr && *endptr == '\0') */          /* if(strb != endptr && *endptr == '\0') */
                                 /*   dval=dlval; */          /*   dval=dlval; */
                                 /* if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN)) */          /* if (errno == ERANGE && (lval == LONG_MAX || lval == LONG_MIN)) */
                                 if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){          if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
                                         printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value (out of %d) constant for all waves. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqv, maxwav);            printf("Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value (out of %d) constant for all waves. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqv, maxwav);
                                         fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value (out of %d) constant for all waves. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqv, maxwav);fflush(ficlog);            fprintf(ficlog,"Error reading data around '%s' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be the %d th quantitative value (out of %d) constant for all waves. Setting maxwav=%d might be wrong.  Exiting.\n", strb, linei,i,line, iv, nqv, maxwav);fflush(ficlog);
                                         return 1;            return 1;
                                 }          }
                                 coqvar[iv][i]=dval;           coqvar[iv][i]=dval; 
           covar[ncovcol+iv][i]=dval; /* including qvar in standard covar for performance reasons */ 
       }        }
       strcpy(line,stra);        strcpy(line,stra);
     }/* end loop nqv */      }/* end loop nqv */
Line 7567  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7622  int readdata(char datafile[], int firsto
     for (j=ncovcol;j>=1;j--){      for (j=ncovcol;j>=1;j--){
       cutv(stra, strb,line,' ');         cutv(stra, strb,line,' '); 
       if(strb[0]=='.') { /* Missing covariate value */        if(strb[0]=='.') { /* Missing covariate value */
                                 lval=-1;          lval=-1;
       }else{        }else{
                                 errno=0;          errno=0;
                                 lval=strtol(strb,&endptr,10);           lval=strtol(strb,&endptr,10); 
                                 if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){          if( strb[0]=='\0' || (*endptr != '\0')){
                                         printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a covariate value (=0 for the reference or 1 for alternative).  Exiting.\n",lval, linei,i, line);            printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a covariate value (=0 for the reference or 1 for alternative).  Exiting.\n",lval, linei,i, line);
                                         fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a covariate value (=0 for the reference or 1 for alternative).  Exiting.\n",lval, linei,i, line);fflush(ficlog);            fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\nShould be a covariate value (=0 for the reference or 1 for alternative).  Exiting.\n",lval, linei,i, line);fflush(ficlog);
                                         return 1;            return 1;
                                 }          }
       }        }
       if(lval <-1 || lval >1){        if(lval <-1 || lval >1){
                                 printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \          printf("Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \
  Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \   Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \
  for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \   for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \
  For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n \   For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                 \
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                         \
         V1=1 V2=0 for (2) \n \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);
                                 fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \          fprintf(ficlog,"Error reading data around '%ld' at line number %d for individual %d, '%s'\n \
  Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \   Should be a value of %d(nth) covariate (0 should be the value for the reference and 1\n \
  for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \   for the alternative. IMaCh does not build design variables automatically, do it yourself.\n \
  For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n \   For example, for multinomial values like 1, 2 and 3,\n                 \
  build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n \   build V1=0 V2=0 for the reference value (1),\n                         \
         V1=1 V2=0 for (2) \n \          V1=1 V2=0 for (2) \n                                            \
  and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \   and V1=0 V2=1 for (3). V1=1 V2=1 should not exist and the corresponding\n \
  output of IMaCh is often meaningless.\n \   output of IMaCh is often meaningless.\n                                \
  Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);   Exiting.\n",lval,linei, i,line,j);fflush(ficlog);
                                 return 1;          return 1;
       }        }
       covar[j][i]=(double)(lval);        covar[j][i]=(double)(lval);
       strcpy(line,stra);        strcpy(line,stra);
     }        }  
     lstra=strlen(stra);      lstra=strlen(stra);
            
     if(lstra > 9){ /* More than 2**32 or max of what printf can write with %ld */      if(lstra > 9){ /* More than 2**32 or max of what printf can write with %ld */
       stratrunc = &(stra[lstra-9]);        stratrunc = &(stra[lstra-9]);
       num[i]=atol(stratrunc);        num[i]=atol(stratrunc);
Line 7614  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7669  int readdata(char datafile[], int firsto
           
     i=i+1;      i=i+1;
   } /* End loop reading  data */    } /* End loop reading  data */
     
   *imax=i-1; /* Number of individuals */    *imax=i-1; /* Number of individuals */
   fclose(fic);    fclose(fic);
      
   return (0);    return (0);
   /* endread: */    /* endread: */
         printf("Exiting readdata: ");    printf("Exiting readdata: ");
         fclose(fic);    fclose(fic);
         return (1);    return (1);
 }  }
   
 void removespace(char *str) {  void removespace(char *str) {
Line 7672  int decodemodel ( char model[], int last Line 7727  int decodemodel ( char model[], int last
     if ((strpt=strstr(model,"age*age")) !=0){      if ((strpt=strstr(model,"age*age")) !=0){
       printf(" strpt=%s, model=%s\n",strpt, model);        printf(" strpt=%s, model=%s\n",strpt, model);
       if(strpt != model){        if(strpt != model){
                                 printf("Error in model: 'model=%s'; 'age*age' should in first place before other covariates\n \          printf("Error in model: 'model=%s'; 'age*age' should in first place before other covariates\n \
  'model=1+age+age*age+V1.' or 'model=1+age+age*age+V1+V1*age.', please swap as well as \n \   'model=1+age+age*age+V1.' or 'model=1+age+age*age+V1+V1*age.', please swap as well as \n \
  corresponding column of parameters.\n",model);   corresponding column of parameters.\n",model);
                                 fprintf(ficlog,"Error in model: 'model=%s'; 'age*age' should in first place before other covariates\n \          fprintf(ficlog,"Error in model: 'model=%s'; 'age*age' should in first place before other covariates\n \
  'model=1+age+age*age+V1.' or 'model=1+age+age*age+V1+V1*age.', please swap as well as \n \   'model=1+age+age*age+V1.' or 'model=1+age+age*age+V1+V1*age.', please swap as well as \n \
  corresponding column of parameters.\n",model); fflush(ficlog);   corresponding column of parameters.\n",model); fflush(ficlog);
                                 return 1;          return 1;
                         }        }
   
       nagesqr=1;        nagesqr=1;
       if (strstr(model,"+age*age") !=0)        if (strstr(model,"+age*age") !=0)
                                 substrchaine(modelsav, model, "+age*age");          substrchaine(modelsav, model, "+age*age");
       else if (strstr(model,"age*age+") !=0)        else if (strstr(model,"age*age+") !=0)
                                 substrchaine(modelsav, model, "age*age+");          substrchaine(modelsav, model, "age*age+");
       else         else 
                                 substrchaine(modelsav, model, "age*age");          substrchaine(modelsav, model, "age*age");
     }else      }else
       nagesqr=0;        nagesqr=0;
     if (strlen(modelsav) >1){      if (strlen(modelsav) >1){
Line 7695  int decodemodel ( char model[], int last Line 7749  int decodemodel ( char model[], int last
       j1=nbocc(modelsav,'*'); /**< j1=Number of '*' */        j1=nbocc(modelsav,'*'); /**< j1=Number of '*' */
       cptcovs=j+1-j1; /**<  Number of simple covariates V1+V1*age+V3 +V3*V4+age*age=> V1 + V3 =5-3=2  */        cptcovs=j+1-j1; /**<  Number of simple covariates V1+V1*age+V3 +V3*V4+age*age=> V1 + V3 =5-3=2  */
       cptcovt= j+1; /* Number of total covariates in the model, not including        cptcovt= j+1; /* Number of total covariates in the model, not including
                                                                                  * cst, age and age*age                        * cst, age and age*age 
                                                                                  * V1+V1*age+ V3 + V3*V4+age*age=> 3+1=4*/                       * V1+V1*age+ V3 + V3*V4+age*age=> 3+1=4*/
                         /* including age products which are counted in cptcovage.        /* including age products which are counted in cptcovage.
                          * but the covariates which are products must be treated          * but the covariates which are products must be treated 
                          * separately: ncovn=4- 2=2 (V1+V3). */         * separately: ncovn=4- 2=2 (V1+V3). */
       cptcovprod=j1; /**< Number of products  V1*V2 +v3*age = 2 */        cptcovprod=j1; /**< Number of products  V1*V2 +v3*age = 2 */
       cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age: V3*V4 =1  */        cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age: V3*V4 =1  */
         
             
       /*   Design        /*   Design
        *  V1   V2   V3   V4  V5  V6  V7  V8  V9 Weight         *  V1   V2   V3   V4  V5  V6  V7  V8  V9 Weight
        *  <          ncovcol=8                >         *  <          ncovcol=8                >
Line 7737  int decodemodel ( char model[], int last Line 7791  int decodemodel ( char model[], int last
        *       {2,   1,     4,      8,    5,      6,     3,       7}         *       {2,   1,     4,      8,    5,      6,     3,       7}
        * Struct []         * Struct []
        */         */
         
       /* This loop fills the array Tvar from the string 'model'.*/        /* This loop fills the array Tvar from the string 'model'.*/
       /* j is the number of + signs in the model V1+V2+V3 j=2 i=3 to 1 */        /* j is the number of + signs in the model V1+V2+V3 j=2 i=3 to 1 */
       /*   modelsav=V2+V1+V4+age*V3 strb=age*V3 stra=V2+V1+V4  */        /*   modelsav=V2+V1+V4+age*V3 strb=age*V3 stra=V2+V1+V4  */
Line 7752  int decodemodel ( char model[], int last Line 7806  int decodemodel ( char model[], int last
       /* for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k])]]*cov[2]; */        /* for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k])]]*cov[2]; */
       /*        /*
        * Treating invertedly V2+V1+V3*age+V2*V4 is as if written V2*V4 +V3*age + V1 + V2 */         * Treating invertedly V2+V1+V3*age+V2*V4 is as if written V2*V4 +V3*age + V1 + V2 */
       for(k=cptcovt; k>=1;k--) /**< Number of covariates */        for(k=cptcovt; k>=1;k--) /**< Number of covariates not including constant and age, neither age*age*/
         Tvar[k]=0;          Tvar[k]=0;
       cptcovage=0;        cptcovage=0;
       for(k=1; k<=cptcovt;k++){ /* Loop on total covariates of the model */        for(k=1; k<=cptcovt;k++){ /* Loop on total covariates of the model */
                                 cutl(stra,strb,modelsav,'+'); /* keeps in strb after the first '+'           cutl(stra,strb,modelsav,'+'); /* keeps in strb after the first '+' 
                                                                                                                                                                  modelsav==V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age stra=V2+V1+V4 */                                            modelsav==V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age stra=V2+V1+V4 */ 
                                 if (nbocc(modelsav,'+')==0) strcpy(strb,modelsav); /* and analyzes it */          if (nbocc(modelsav,'+')==0) strcpy(strb,modelsav); /* and analyzes it */
                                 /*      printf("i=%d a=%s b=%s sav=%s\n",i, stra,strb,modelsav);*/          /*      printf("i=%d a=%s b=%s sav=%s\n",i, stra,strb,modelsav);*/
                                 /*scanf("%d",i);*/          /*scanf("%d",i);*/
                                 if (strchr(strb,'*')) {  /**< Model includes a product V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age */          if (strchr(strb,'*')) {  /**< Model includes a product V2+V1+V4+V3*age strb=V3*age */
                                         cutl(strc,strd,strb,'*'); /**< strd*strc  Vm*Vn: strb=V3*age(input) strc=age strd=V3 ; V3*V2 strc=V2, strd=V3 */            cutl(strc,strd,strb,'*'); /**< strd*strc  Vm*Vn: strb=V3*age(input) strc=age strd=V3 ; V3*V2 strc=V2, strd=V3 */
                                         if (strcmp(strc,"age")==0) { /**< Model includes age: Vn*age */            if (strcmp(strc,"age")==0) { /**< Model includes age: Vn*age */
                                                 /* covar is not filled and then is empty */              /* covar is not filled and then is empty */
                                                 cptcovprod--;              cptcovprod--;
                                                 cutl(stre,strb,strd,'V'); /* strd=V3(input): stre="3" */              cutl(stre,strb,strd,'V'); /* strd=V3(input): stre="3" */
                                                 Tvar[k]=atoi(stre);  /* V2+V1+V4+V3*age Tvar[4]=3 ; V1+V2*age Tvar[2]=2; V1+V1*age Tvar[2]=1 */              Tvar[k]=atoi(stre);  /* V2+V1+V4+V3*age Tvar[4]=3 ; V1+V2*age Tvar[2]=2; V1+V1*age Tvar[2]=1 */
                                                 cptcovage++; /* Sums the number of covariates which include age as a product */              Typevar[k]=1;  /* 1 for age product */
                                                 Tage[cptcovage]=k;  /* Tvar[4]=3, Tage[1] = 4 or V1+V1*age Tvar[2]=1, Tage[1]=2 */              cptcovage++; /* Sums the number of covariates which include age as a product */
                                                 /*printf("stre=%s ", stre);*/              Tage[cptcovage]=k;  /* Tvar[4]=3, Tage[1] = 4 or V1+V1*age Tvar[2]=1, Tage[1]=2 */
                                         } else if (strcmp(strd,"age")==0) { /* or age*Vn */              /*printf("stre=%s ", stre);*/
                                                 cptcovprod--;            } else if (strcmp(strd,"age")==0) { /* or age*Vn */
                                                 cutl(stre,strb,strc,'V');              cptcovprod--;
                                                 Tvar[k]=atoi(stre);              cutl(stre,strb,strc,'V');
                                                 cptcovage++;              Tvar[k]=atoi(stre);
                                                 Tage[cptcovage]=k;              Typevar[k]=1;  /* 1 for age product */
                                         } else {  /* Age is not in the model product V2+V1+V1*V4+V3*age+V3*V2  strb=V3*V2*/              cptcovage++;
                                                 /* loops on k1=1 (V3*V2) and k1=2 V4*V3 */              Tage[cptcovage]=k;
                                                 cptcovn++;            } else {  /* Age is not in the model product V2+V1+V1*V4+V3*age+V3*V2  strb=V3*V2*/
                                                 cptcovprodnoage++;k1++;              /* loops on k1=1 (V3*V2) and k1=2 V4*V3 */
                                                 cutl(stre,strb,strc,'V'); /* strc= Vn, stre is n; strb=V3*V2 stre=3 strc=*/              cptcovn++;
                                                 Tvar[k]=ncovcol+k1; /* For model-covariate k tells which data-covariate to use but              cptcovprodnoage++;k1++;
                                                                                                                                          because this model-covariate is a construction we invent a new column              cutl(stre,strb,strc,'V'); /* strc= Vn, stre is n; strb=V3*V2 stre=3 strc=*/
                                                                                                                                          ncovcol + k1              Tvar[k]=ncovcol+nqv+ntv+nqtv+k1; /* For model-covariate k tells which data-covariate to use but
                                                                                                                                          If already ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2                                     because this model-covariate is a construction we invent a new column
                                                                                                                                          Tvar[3=V1*V4]=4+1 Tvar[5=V3*V2]=4 + 2= 6, etc */                                     which is after existing variables ncovcol+nqv+ntv+nqtv + k1
                                                 cutl(strc,strb,strd,'V'); /* strd was Vm, strc is m */                                     If already ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2
                                                 Tprod[k1]=k;  /* Tprod[1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2  */                                     Tvar[3=V1*V4]=4+1 Tvar[5=V3*V2]=4 + 2= 6, etc */
                                                 Tvard[k1][1] =atoi(strc); /* m 1 for V1*/              Typevar[k]=2;  /* 2 for double fixed dummy covariates */
                                                 Tvard[k1][2] =atoi(stre); /* n 4 for V4*/              cutl(strc,strb,strd,'V'); /* strd was Vm, strc is m */
                                                 k2=k2+2;              Tprod[k1]=k;  /* Tprod[1]=3(=V1*V4) for V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2  */
                                                 Tvar[cptcovt+k2]=Tvard[k1][1]; /* Tvar[(cptcovt=4+k2=1)=5]= 1 (V1) */              Tvard[k1][1] =atoi(strc); /* m 1 for V1*/
                                                 Tvar[cptcovt+k2+1]=Tvard[k1][2];  /* Tvar[(cptcovt=4+(k2=1)+1)=6]= 4 (V4) */              Tvard[k1][2] =atoi(stre); /* n 4 for V4*/
                                                 for (i=1; i<=lastobs;i++){              k2=k2+2;  /* k2 is initialize to -1, We want to store the n and m in Vn*Vm at the end of Tvar */
                                                         /* Computes the new covariate which is a product of              /* Tvar[cptcovt+k2]=Tvard[k1][1]; /\* Tvar[(cptcovt=4+k2=1)=5]= 1 (V1) *\/ */
                                                                  covar[n][i]* covar[m][i] and stores it at ncovol+k1 May not be defined */              /* Tvar[cptcovt+k2+1]=Tvard[k1][2];  /\* Tvar[(cptcovt=4+(k2=1)+1)=6]= 4 (V4) *\/ */
                                                         covar[ncovcol+k1][i]=covar[atoi(stre)][i]*covar[atoi(strc)][i];              /*ncovcol=4 and model=V2+V1+V1*V4+age*V3+V3*V2, Tvar[3]=5, Tvar[4]=6, cptcovt=5 */
                                                 }              /*                     1  2   3      4     5 | Tvar[5+1)=1, Tvar[7]=2   */
                                         } /* End age is not in the model */              for (i=1; i<=lastobs;i++){
                                 } /* End if model includes a product */                /* Computes the new covariate which is a product of
                                 else { /* no more sum */                   covar[n][i]* covar[m][i] and stores it at ncovol+k1 May not be defined */
                                         /*printf("d=%s c=%s b=%s\n", strd,strc,strb);*/                covar[ncovcol+k1][i]=covar[atoi(stre)][i]*covar[atoi(strc)][i];
                                         /*  scanf("%d",i);*/              }
                                         cutl(strd,strc,strb,'V');            } /* End age is not in the model */
                                         ks++; /**< Number of simple covariates */          } /* End if model includes a product */
                                         cptcovn++;          else { /* no more sum */
                                         Tvar[k]=atoi(strd);            /*printf("d=%s c=%s b=%s\n", strd,strc,strb);*/
                                 }            /*  scanf("%d",i);*/
                                 strcpy(modelsav,stra);  /* modelsav=V2+V1+V4 stra=V2+V1+V4 */             cutl(strd,strc,strb,'V');
             ks++; /**< Number of simple covariates*/
             cptcovn++; /** V4+V3+V5: V4 and V3 timevarying dummy covariates, V5 timevarying quantitative */
             Tvar[k]=atoi(strd);
             Typevar[k]=0;  /* 0 for simple covariates */
           }
           strcpy(modelsav,stra);  /* modelsav=V2+V1+V4 stra=V2+V1+V4 */ 
                                 /*printf("a=%s b=%s sav=%s\n", stra,strb,modelsav);                                  /*printf("a=%s b=%s sav=%s\n", stra,strb,modelsav);
                                         scanf("%d",i);*/                                    scanf("%d",i);*/
       } /* end of loop + on total covariates */        } /* end of loop + on total covariates */
     } /* end if strlen(modelsave == 0) age*age might exist */      } /* end if strlen(modelsave == 0) age*age might exist */
   } /* end if strlen(model == 0) */    } /* end if strlen(model == 0) */
       
   /*The number n of Vn is stored in Tvar. cptcovage =number of age covariate. Tage gives the position of age. cptcovprod= number of products.    /*The number n of Vn is stored in Tvar. cptcovage =number of age covariate. Tage gives the position of age. cptcovprod= number of products.
     If model=V1+V1*age then Tvar[1]=1 Tvar[2]=1 cptcovage=1 Tage[1]=2 cptcovprod=0*/      If model=V1+V1*age then Tvar[1]=1 Tvar[2]=1 cptcovage=1 Tage[1]=2 cptcovprod=0*/
     
   /* printf("tvar1=%d tvar2=%d tvar3=%d cptcovage=%d Tage=%d",Tvar[1],Tvar[2],Tvar[3],cptcovage,Tage[1]);    /* printf("tvar1=%d tvar2=%d tvar3=%d cptcovage=%d Tage=%d",Tvar[1],Tvar[2],Tvar[3],cptcovage,Tage[1]);
                  printf("cptcovprod=%d ", cptcovprod);       printf("cptcovprod=%d ", cptcovprod);
                  fprintf(ficlog,"cptcovprod=%d ", cptcovprod);       fprintf(ficlog,"cptcovprod=%d ", cptcovprod);
        scanf("%d ",i);*/
                  scanf("%d ",i);*/  
 /* Dispatching in quantitative and time varying covariates */  
   /* Decodemodel knows only the grammar (simple, product, age*) of the model but not what kind
         for(k=1, ncoveff=0, nqveff=0, ntveff=0, nqtveff=0;k<=cptcovn; k++){ /* or cptocvt */     of variable (dummy vs quantitative, fixed vs time varying) is behind */
                 if (Tvar[k] <=ncovcol){  /* ncovcol= 1, nqv=1 | ntv=2, nqtv= 1  = 5 possible variables data: 2 fixed 3, varying
                         ncoveff++;     model=        V5 + V4 +V3 + V4*V3 + V5*age + V2 + V1*V2 + V1*age + V5*age, V1 is not used saving its place
                 }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv){     k =           1    2   3     4       5       6      7      8        9
                         nqveff++;     Tvar[k]=      5    4   3 1+1+2+1+1=6 5       2      7      1        5
                 }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv){     Typevar[k]=   0    0   0     2       1       0      2      1        1
                         ntveff++;     Fixed[Tvar[k]]1    1   1     1       2       0      1      2        3
                 }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){     Dummy[Tvar[k]]1    0   0     0       2       1      1      2        3
                         nqtveff++;  */  
                 }else  /* Dispatching between quantitative and time varying covariates */
                         printf("Error in effective covariates \n");    /* If Tvar[k] >ncovcol it is a product */
     /* Tvar[k] is the value n of Vn with n varying for 1 to nvcol, or p  Vp=Vn*Vm for product */
           /* Computing effective variables, ie used by the model, that is from the cptcovt variables */
     for(k=1, ncoveff=0, nqfveff=0, ntveff=0, nqtveff=0;k<=cptcovt; k++){ /* or cptocvt */
       if (Tvar[k] <=ncovcol && (Typevar[k]==0 || Typevar[k]==2)){ /* Simple or product fixed dummy covariatee */
         Fixed[Tvar[k]]= 0;
         Dummy[Tvar[k]]= 0;
         ncoveff++;
       }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv && Typevar[k]==0){ /* Remind that product Vn*Vm are added in k*/
         Fixed[Tvar[k]]= 0;
         Dummy[Tvar[k]]= 1;
         nqfveff++;  /* Only simple fixed quantitative variable */
       }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv && Typevar[k]==0){
         Fixed[Tvar[k]]= 1;
         Dummy[Tvar[k]]= 0;
         ntveff++; /* Only simple time varying dummy variable */
       }else if( Tvar[k] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
         if( Typevar[k]==0){
           Fixed[Tvar[k]]= 1;
           Dummy[Tvar[k]]= 1;
           nqtveff++;/* Only simple time varying quantitative variable */
         }
       }else if (Typevar[k] == 2) {
         for(k1=1; k1 <= cptcovprodnoage; k1++){
           if(Tvard[k1][1] <=ncovcol){
             if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 0;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv){
               Fixed[Tvar[k]]= 0;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 0;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             } 
           }else if(Tvard[k1][1] <=ncovcol+nqv){
             if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
               Fixed[Tvar[k]]= 0;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv){
               Fixed[Tvar[k]]= 0;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             } 
           }else if(Tvard[k1][1] <=ncovcol+nqv+ntv){
             if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 0;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             } 
           }else if(Tvard[k1][1] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
             if(Tvard[k1][2] <=ncovcol){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             }else if(Tvard[k1][2] <=ncovcol+nqv+ntv+nqtv){
               Fixed[Tvar[k]]= 1;
               Dummy[Tvar[k]]= 1;
             } 
           }else{
             printf("Error unknown type of covariate: Tvard[%d][1]=%d,Tvard[%d][2]=%d\n",k1,Tvard[k1][1],k1,Tvard[k1][2]);
             fprintf(ficlog,"Error unknown type of covariate: Tvard[%d][1]=%d,Tvard[%d][2]=%d\n",k1,Tvard[k1][1],k1,Tvard[k1][2]);
         }          }
         } /* end k1 */
       }else{
         printf("Error, current version can't treat for performance reasons, Tvar[%d]=%d, Typevar[%d]=%d\n", k, Tvar[k], k, Typevar[k]);
         fprintf(ficlog,"Error, current version can't treat for performance reasons, Tvar[%d]=%d, Typevar[%d]=%d\n", k, Tvar[k], k, Typevar[k]);
       }
       printf("Decodemodel, k=%d, Tvar[%d]=V%d,Typevar=%d, Fixed=%d, Dummy=%d\n",k, k,Tvar[k],Typevar[k],Fixed[Tvar[k]],Dummy[Tvar[k]]);
       fprintf(ficlog,"Decodemodel, k=%d, Tvar[%d]=V%d,Typevar=%d, Fixed=%d, Dummy=%d\n",k, k,Tvar[k],Typevar[k],Fixed[Tvar[k]],Dummy[Tvar[k]]);
     }
     printf("Model=%s\n\
   Typevar: 0 for simple covariate (dummy, quantitative, fixed or varying), 1 for age product, 2 for  product \n\
   Fixed[Tvar[k]] 0=fixed, 1 varying, 2 fixed with age product, 3 varying with age product \n\
   Dummy[Tvar[k]] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy with age product, 3 quant with age product\n",model);
   
     printf("ncoveff=%d, nqfveff=%d, ntveff=%d, nqtveff=%d, cptcovn=%d\n",ncoveff,nqfveff,ntveff,nqtveff,cptcovn);
     fprintf(ficlog,"ncoveff=%d, nqfveff=%d, ntveff=%d, nqtveff=%d, cptcovn=%d\n",ncoveff,nqfveff,ntveff,nqtveff,cptcovn);
   return (0); /* with covar[new additional covariate if product] and Tage if age */     return (0); /* with covar[new additional covariate if product] and Tage if age */ 
   /*endread:*/    /*endread:*/
         printf("Exiting decodemodel: ");    printf("Exiting decodemodel: ");
         return (1);    return (1);
 }  }
   
 int calandcheckages(int imx, int maxwav, double *agemin, double *agemax, int *nberr, int *nbwarn )  int calandcheckages(int imx, int maxwav, double *agemin, double *agemax, int *nberr, int *nbwarn )
Line 8190  int prevalence_limit(double *p, double * Line 8346  int prevalence_limit(double *p, double *
     fprintf(ficrespl,"#******");      fprintf(ficrespl,"#******");
     printf("#******");      printf("#******");
     fprintf(ficlog,"#******");      fprintf(ficlog,"#******");
     for(j=1;j<=nqveff;j++) {      for(j=1;j<=nqfveff;j++) {
       fprintf(ficrespl," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficrespl," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
Line 8206  int prevalence_limit(double *p, double * Line 8362  int prevalence_limit(double *p, double *
                 }                  }
   
     fprintf(ficrespl,"#Age ");      fprintf(ficrespl,"#Age ");
     for(j=1;j<=nqveff;j++) {      for(j=1;j<=nqfveff;j++) {
       fprintf(ficrespl,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficrespl,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
     }      }
     for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficrespl,"  %d-%d   ",i,i);      for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficrespl,"  %d-%d   ",i,i);
Line 8216  int prevalence_limit(double *p, double * Line 8372  int prevalence_limit(double *p, double *
       /* for (age=agebase; age<=agebase; age++){ */        /* for (age=agebase; age<=agebase; age++){ */
       prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, ncvyearp, k);        prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, ncvyearp, k);
       fprintf(ficrespl,"%.0f ",age );        fprintf(ficrespl,"%.0f ",age );
       for(j=1;j<=nqveff;j++)        for(j=1;j<=nqfveff;j++)
                                                         fprintf(ficrespl,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                                          fprintf(ficrespl,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       tot=0.;        tot=0.;
       for(i=1; i<=nlstate;i++){        for(i=1; i<=nlstate;i++){
Line 8264  int back_prevalence_limit(double *p, dou Line 8420  int back_prevalence_limit(double *p, dou
   agelim=agemaxpar;    agelim=agemaxpar;
       
       
   i1=pow(2,nqveff);    i1=pow(2,nqfveff);
   if (cptcovn < 1){i1=1;}    if (cptcovn < 1){i1=1;}
   
         for(k=1; k<=i1;k++){           for(k=1; k<=i1;k++){ 
Line 8277  int back_prevalence_limit(double *p, dou Line 8433  int back_prevalence_limit(double *p, dou
     fprintf(ficresplb,"#******");      fprintf(ficresplb,"#******");
     printf("#******");      printf("#******");
     fprintf(ficlog,"#******");      fprintf(ficlog,"#******");
     for(j=1;j<=nqveff;j++) {      for(j=1;j<=nqfveff;j++) {
       fprintf(ficresplb," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficresplb," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
Line 8293  int back_prevalence_limit(double *p, dou Line 8449  int back_prevalence_limit(double *p, dou
                 }                  }
           
     fprintf(ficresplb,"#Age ");      fprintf(ficresplb,"#Age ");
     for(j=1;j<=nqveff;j++) {      for(j=1;j<=nqfveff;j++) {
       fprintf(ficresplb,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficresplb,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
     }      }
     for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficresplb,"  %d-%d   ",i,i);      for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficresplb,"  %d-%d   ",i,i);
Line 8315  int back_prevalence_limit(double *p, dou Line 8471  int back_prevalence_limit(double *p, dou
                                 bprevalim(bprlim, probs, nlstate, p, age, ftolpl, ncvyearp, k);                                  bprevalim(bprlim, probs, nlstate, p, age, ftolpl, ncvyearp, k);
       }        }
       fprintf(ficresplb,"%.0f ",age );        fprintf(ficresplb,"%.0f ",age );
       for(j=1;j<=nqveff;j++)        for(j=1;j<=nqfveff;j++)
                                 fprintf(ficresplb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresplb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       tot=0.;        tot=0.;
       for(i=1; i<=nlstate;i++){        for(i=1; i<=nlstate;i++){
Line 8363  int hPijx(double *p, int bage, int fage) Line 8519  int hPijx(double *p, int bage, int fage)
     /* hstepm=1;   aff par mois*/      /* hstepm=1;   aff par mois*/
     pstamp(ficrespij);      pstamp(ficrespij);
     fprintf(ficrespij,"#****** h Pij x Probability to be in state j at age x+h being in i at x ");      fprintf(ficrespij,"#****** h Pij x Probability to be in state j at age x+h being in i at x ");
     i1= pow(2,nqveff);      i1= pow(2,nqfveff);
                 /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */                  /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
                 /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */                  /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */
                 /*      k=k+1;  */                  /*      k=k+1;  */
     for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,nqfveff); k++){
       fprintf(ficrespij,"\n#****** ");        fprintf(ficrespij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++)         for(j=1;j<=nqfveff;j++) 
         fprintf(ficrespij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);          fprintf(ficrespij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficrespij,"******\n");        fprintf(ficrespij,"******\n");
               
Line 8435  int hPijx(double *p, int bage, int fage) Line 8591  int hPijx(double *p, int bage, int fage)
   /* hstepm=1;   aff par mois*/    /* hstepm=1;   aff par mois*/
   pstamp(ficrespijb);    pstamp(ficrespijb);
   fprintf(ficrespijb,"#****** h Pij x Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x ");    fprintf(ficrespijb,"#****** h Pij x Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x ");
   i1= pow(2,nqveff);    i1= pow(2,nqfveff);
   /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */    /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
   /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */    /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */
   /*    k=k+1;  */    /*    k=k+1;  */
   for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){    for (k=1; k <= (int) pow(2,nqfveff); k++){
     fprintf(ficrespijb,"\n#****** ");      fprintf(ficrespijb,"\n#****** ");
     for(j=1;j<=nqveff;j++)      for(j=1;j<=nqfveff;j++)
       fprintf(ficrespijb,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficrespijb,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
     fprintf(ficrespijb,"******\n");      fprintf(ficrespijb,"******\n");
     if(invalidvarcomb[k]){      if(invalidvarcomb[k]){
Line 8836  int main(int argc, char *argv[]) Line 8992  int main(int argc, char *argv[])
   
         
   covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);  /**< used in readdata */    covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);  /**< used in readdata */
   coqvar=matrix(1,nqv,1,n);  /**< used in readdata */    coqvar=matrix(1,nqv,1,n);  /**< Fixed quantitative covariate */
   cotvar=ma3x(1,maxwav,1,ntv,1,n);  /**< used in readdata */    cotvar=ma3x(1,maxwav,1,ntv,1,n);  /**< Time varying covariate */
   cotqvar=ma3x(1,maxwav,1,nqtv,1,n);  /**< used in readdata */    cotqvar=ma3x(1,maxwav,1,nqtv,1,n);  /**< Time varying quantitative covariate */
   cptcovn=0; /*Number of covariates, i.e. number of '+' in model statement plus one, indepently of n in Vn*/    cptcovn=0; /*Number of covariates, i.e. number of '+' in model statement plus one, indepently of n in Vn*/
   /* v1+v2+v3+v2*v4+v5*age makes cptcovn = 5    /* v1+v2+v3+v2*v4+v5*age makes cptcovn = 5
      v1+v2*age+v2*v3 makes cptcovn = 3       v1+v2*age+v2*v3 makes cptcovn = 3
Line 8988  run imach with mle=-1 to get a correct t Line 9144  run imach with mle=-1 to get a correct t
                                   
     /* Scans npar lines */      /* Scans npar lines */
     for(i=1; i <=npar; i++){      for(i=1; i <=npar; i++){
       count=fscanf(ficpar,"%1d%1d%1d",&i1,&j1,&jk);        count=fscanf(ficpar,"%1d%1d%d",&i1,&j1,&jk);
       if(count != 3){        if(count != 3){
                                 printf("Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\          printf("Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\
 This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\  This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);
                                 fprintf(ficlog,"Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\          fprintf(ficlog,"Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\
 This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\  This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);
                                 exit(1);          exit(1);
       }else{        }else{
                                 if(mle==1)          if(mle==1)
                                         printf("%1d%1d%1d",i1,j1,jk);            printf("%1d%1d%d",i1,j1,jk);
                         }        }
       fprintf(ficlog,"%1d%1d%1d",i1,j1,jk);        fprintf(ficlog,"%1d%1d%d",i1,j1,jk);
       fprintf(ficparo,"%1d%1d%1d",i1,j1,jk);        fprintf(ficparo,"%1d%1d%d",i1,j1,jk);
       for(j=1; j <=i; j++){        for(j=1; j <=i; j++){
                                 fscanf(ficpar," %le",&matcov[i][j]);          fscanf(ficpar," %le",&matcov[i][j]);
                                 if(mle==1){          if(mle==1){
                                         printf(" %.5le",matcov[i][j]);            printf(" %.5le",matcov[i][j]);
                                 }          }
                                 fprintf(ficlog," %.5le",matcov[i][j]);          fprintf(ficlog," %.5le",matcov[i][j]);
                                 fprintf(ficparo," %.5le",matcov[i][j]);          fprintf(ficparo," %.5le",matcov[i][j]);
       }        }
       fscanf(ficpar,"\n");        fscanf(ficpar,"\n");
       numlinepar++;        numlinepar++;
Line 9021  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9177  Please run with mle=-1 to get a correct
     /* End of read covariance matrix npar lines */      /* End of read covariance matrix npar lines */
     for(i=1; i <=npar; i++)      for(i=1; i <=npar; i++)
       for(j=i+1;j<=npar;j++)        for(j=i+1;j<=npar;j++)
                                 matcov[i][j]=matcov[j][i];          matcov[i][j]=matcov[j][i];
           
     if(mle==1)      if(mle==1)
       printf("\n");        printf("\n");
Line 9081  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9237  Please run with mle=-1 to get a correct
         k=1 Tvar[1]=2 (from V2)          k=1 Tvar[1]=2 (from V2)
     */      */
   Tvar=ivector(1,NCOVMAX); /* Was 15 changed to NCOVMAX. */    Tvar=ivector(1,NCOVMAX); /* Was 15 changed to NCOVMAX. */
     Typevar=ivector(-1,NCOVMAX); /* -1 to 2 */
     Fixed=ivector(-1,NCOVMAX); /* -1 to 3 */
     Dummy=ivector(-1,NCOVMAX); /* -1 to 3 */
   /*  V2+V1+V4+age*V3 is a model with 4 covariates (3 plus signs).     /*  V2+V1+V4+age*V3 is a model with 4 covariates (3 plus signs). 
       For each model-covariate stores the data-covariate id. Tvar[1]=2, Tvar[2]=1, Tvar[3]=4,         For each model-covariate stores the data-covariate id. Tvar[1]=2, Tvar[2]=1, Tvar[3]=4, 
       Tvar[4=age*V3] is 3 and 'age' is recorded in Tage.        Tvar[4=age*V3] is 3 and 'age' is recorded in Tage.
Line 9161  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9320  Please run with mle=-1 to get a correct
   nbcode=imatrix(0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);     nbcode=imatrix(0,NCOVMAX,0,NCOVMAX); 
   ncodemax[1]=1;    ncodemax[1]=1;
   Ndum =ivector(-1,NCOVMAX);      Ndum =ivector(-1,NCOVMAX);  
         cptcoveff=0;    cptcoveff=0;
   if (ncovmodel-nagesqr > 2 ){ /* That is if covariate other than cst, age and age*age */    if (ncovmodel-nagesqr > 2 ){ /* That is if covariate other than cst, age and age*age */
     tricode(&cptcoveff,Tvar,nbcode,imx, Ndum); /**< Fills nbcode[Tvar[j]][l]; */      tricode(&cptcoveff,Tvar,nbcode,imx, Ndum); /**< Fills nbcode[Tvar[j]][l]; */
         }          }
Line 9367  Interval (in months) between two waves: Line 9526  Interval (in months) between two waves:
     for (i=1; i<=imx; i++){      for (i=1; i<=imx; i++){
       dcwave[i]=-1;        dcwave[i]=-1;
       for (m=firstpass; m<=lastpass; m++)        for (m=firstpass; m<=lastpass; m++)
                                 if (s[m][i]>nlstate) {          if (s[m][i]>nlstate) {
                                         dcwave[i]=m;            dcwave[i]=m;
                                         /*      printf("i=%d j=%d s=%d dcwave=%d\n",i,j, s[j][i],dcwave[i]);*/            /*    printf("i=%d j=%d s=%d dcwave=%d\n",i,j, s[j][i],dcwave[i]);*/
                                         break;            break;
                                 }          }
     }      }
                       
     for (i=1; i<=imx; i++) {      for (i=1; i<=imx; i++) {
       if (wav[i]>0){        if (wav[i]>0){
                                 ageexmed[i]=agev[mw[1][i]][i];          ageexmed[i]=agev[mw[1][i]][i];
                                 j=wav[i];          j=wav[i];
                                 agecens[i]=1.;           agecens[i]=1.; 
                                           
                                 if (ageexmed[i]> 1 && wav[i] > 0){          if (ageexmed[i]> 1 && wav[i] > 0){
                                         agecens[i]=agev[mw[j][i]][i];            agecens[i]=agev[mw[j][i]][i];
                                         cens[i]= 1;            cens[i]= 1;
                                 }else if (ageexmed[i]< 1)           }else if (ageexmed[i]< 1) 
                                         cens[i]= -1;            cens[i]= -1;
                                 if (agedc[i]< AGESUP && agedc[i]>1 && dcwave[i]>firstpass && dcwave[i]<=lastpass)          if (agedc[i]< AGESUP && agedc[i]>1 && dcwave[i]>firstpass && dcwave[i]<=lastpass)
                                         cens[i]=0 ;            cens[i]=0 ;
       }        }
       else cens[i]=-1;        else cens[i]=-1;
     }      }
           
     for (i=1;i<=NDIM;i++) {      for (i=1;i<=NDIM;i++) {
       for (j=1;j<=NDIM;j++)        for (j=1;j<=NDIM;j++)
                                 ximort[i][j]=(i == j ? 1.0 : 0.0);          ximort[i][j]=(i == j ? 1.0 : 0.0);
     }      }
           
     /*p[1]=0.0268; p[NDIM]=0.083;*/      /*p[1]=0.0268; p[NDIM]=0.083;*/
Line 9616  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9775  Please run with mle=-1 to get a correct
     fprintf(ficlog,"# Parameters nlstate*nlstate*ncov a12*1 + b12 * age + ...\n");      fprintf(ficlog,"# Parameters nlstate*nlstate*ncov a12*1 + b12 * age + ...\n");
     for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){      for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
       for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){        for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){
                                 if (k != i) {          if (k != i) {
                                         printf("%d%d ",i,k);            printf("%d%d ",i,k);
                                         fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);            fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);
                                         fprintf(ficres,"%1d%1d ",i,k);            fprintf(ficres,"%1d%1d ",i,k);
                                         for(j=1; j <=ncovmodel; j++){            for(j=1; j <=ncovmodel; j++){
                                                 printf("%12.7f ",p[jk]);              printf("%12.7f ",p[jk]);
                                                 fprintf(ficlog,"%12.7f ",p[jk]);              fprintf(ficlog,"%12.7f ",p[jk]);
                                                 fprintf(ficres,"%12.7f ",p[jk]);              fprintf(ficres,"%12.7f ",p[jk]);
                                                 jk++;               jk++; 
                                         }            }
                                         printf("\n");            printf("\n");
                                         fprintf(ficlog,"\n");            fprintf(ficlog,"\n");
                                         fprintf(ficres,"\n");            fprintf(ficres,"\n");
                                 }          }
       }        }
     }      }
     if(mle != 0){      if(mle != 0){
Line 9639  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9798  Please run with mle=-1 to get a correct
       printf("Parameters and 95%% confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W .\n But be careful that parameters are highly correlated because incidence of disability is highly correlated to incidence of recovery.\n It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");        printf("Parameters and 95%% confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W .\n But be careful that parameters are highly correlated because incidence of disability is highly correlated to incidence of recovery.\n It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");
       fprintf(ficlog, "Parameters, Wald tests and Wald-based confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W \n  It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");        fprintf(ficlog, "Parameters, Wald tests and Wald-based confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W \n  It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");
       for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){        for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
                                 for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){          for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){
                                         if (k != i) {            if (k != i) {
                                                 printf("%d%d ",i,k);              printf("%d%d ",i,k);
                                                 fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);              fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);
                                                 for(j=1; j <=ncovmodel; j++){              for(j=1; j <=ncovmodel; j++){
                                                         printf("%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));                printf("%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));
                                                         fprintf(ficlog,"%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));                fprintf(ficlog,"%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));
                                                         jk++;                 jk++; 
                                                 }              }
                                                 printf("\n");              printf("\n");
                                                 fprintf(ficlog,"\n");              fprintf(ficlog,"\n");
                                         }            }
                                 }          }
       }        }
     } /* end of hesscov and Wald tests */      } /* end of hesscov and Wald tests */
                       
     /*  */      /*  */
     fprintf(ficres,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      fprintf(ficres,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     printf("# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      printf("# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     fprintf(ficlog,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      fprintf(ficlog,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){      for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
       for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){        for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){
                                 if (j!=i) {          if (j!=i) {
                                         fprintf(ficres,"%1d%1d",i,j);            fprintf(ficres,"%1d%1d",i,j);
                                         printf("%1d%1d",i,j);            printf("%1d%1d",i,j);
                                         fprintf(ficlog,"%1d%1d",i,j);            fprintf(ficlog,"%1d%1d",i,j);
                                         for(k=1; k<=ncovmodel;k++){            for(k=1; k<=ncovmodel;k++){
                                                 printf(" %.5e",delti[jk]);              printf(" %.5e",delti[jk]);
                                                 fprintf(ficlog," %.5e",delti[jk]);              fprintf(ficlog," %.5e",delti[jk]);
                                                 fprintf(ficres," %.5e",delti[jk]);              fprintf(ficres," %.5e",delti[jk]);
                                                 jk++;              jk++;
                                         }            }
                                         printf("\n");            printf("\n");
                                         fprintf(ficlog,"\n");            fprintf(ficlog,"\n");
                                         fprintf(ficres,"\n");            fprintf(ficres,"\n");
                                 }          }
       }        }
     }      }
           
Line 9698  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9857  Please run with mle=-1 to get a correct
     for(itimes=1;itimes<=2;itimes++){      for(itimes=1;itimes<=2;itimes++){
       jj=0;        jj=0;
       for(i=1; i <=nlstate; i++){        for(i=1; i <=nlstate; i++){
                                 for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){          for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){
                                         if(j==i) continue;            if(j==i) continue;
                                         for(k=1; k<=ncovmodel;k++){            for(k=1; k<=ncovmodel;k++){
                                                 jj++;              jj++;
                                                 ca[0]= k+'a'-1;ca[1]='\0';              ca[0]= k+'a'-1;ca[1]='\0';
                                                 if(itimes==1){              if(itimes==1){
                                                         if(mle>=1)                if(mle>=1)
                                                                 printf("#%1d%1d%d",i,j,k);                  printf("#%1d%1d%d",i,j,k);
                                                         fprintf(ficlog,"#%1d%1d%d",i,j,k);                fprintf(ficlog,"#%1d%1d%d",i,j,k);
                                                         fprintf(ficres,"#%1d%1d%d",i,j,k);                fprintf(ficres,"#%1d%1d%d",i,j,k);
                                                 }else{              }else{
                                                         if(mle>=1)                if(mle>=1)
                                                                 printf("%1d%1d%d",i,j,k);                  printf("%1d%1d%d",i,j,k);
                                                         fprintf(ficlog,"%1d%1d%d",i,j,k);                fprintf(ficlog,"%1d%1d%d",i,j,k);
                                                         fprintf(ficres,"%1d%1d%d",i,j,k);                fprintf(ficres,"%1d%1d%d",i,j,k);
                                                 }              }
                                                 ll=0;              ll=0;
                                                 for(li=1;li <=nlstate; li++){              for(li=1;li <=nlstate; li++){
                                                         for(lj=1;lj <=nlstate+ndeath; lj++){                for(lj=1;lj <=nlstate+ndeath; lj++){
                                                                 if(lj==li) continue;                  if(lj==li) continue;
                                                                 for(lk=1;lk<=ncovmodel;lk++){                  for(lk=1;lk<=ncovmodel;lk++){
                                                                         ll++;                    ll++;
                                                                         if(ll<=jj){                    if(ll<=jj){
                                                                                 cb[0]= lk +'a'-1;cb[1]='\0';                      cb[0]= lk +'a'-1;cb[1]='\0';
                                                                                 if(ll<jj){                      if(ll<jj){
                                                                                         if(itimes==1){                        if(itimes==1){
                                                                                                 if(mle>=1)                          if(mle>=1)
                                                                                                         printf(" Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                            printf(" Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                                                                                                 fprintf(ficlog," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                          fprintf(ficlog," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                                                                                                 fprintf(ficres," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                          fprintf(ficres," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                                                                                         }else{                        }else{
                                                                                                 if(mle>=1)                          if(mle>=1)
                                                                                                         printf(" %.5e",matcov[jj][ll]);                             printf(" %.5e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                                 fprintf(ficlog," %.5e",matcov[jj][ll]);                           fprintf(ficlog," %.5e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                                 fprintf(ficres," %.5e",matcov[jj][ll]);                           fprintf(ficres," %.5e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                         }                        }
                                                                                 }else{                      }else{
                                                                                         if(itimes==1){                        if(itimes==1){
                                                                                                 if(mle>=1)                          if(mle>=1)
                                                                                                         printf(" Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                            printf(" Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                                                                                                 fprintf(ficlog," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                          fprintf(ficlog," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                                                                                                 fprintf(ficres," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                          fprintf(ficres," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                                                                                         }else{                        }else{
                                                                                                 if(mle>=1)                          if(mle>=1)
                                                                                                         printf(" %.7e",matcov[jj][ll]);                             printf(" %.7e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                                 fprintf(ficlog," %.7e",matcov[jj][ll]);                           fprintf(ficlog," %.7e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                                 fprintf(ficres," %.7e",matcov[jj][ll]);                           fprintf(ficres," %.7e",matcov[jj][ll]); 
                                                                                         }                        }
                                                                                 }                      }
                                                                         }                    }
                                                                 } /* end lk */                  } /* end lk */
                                                         } /* end lj */                } /* end lj */
                                                 } /* end li */              } /* end li */
                                                 if(mle>=1)              if(mle>=1)
                                                         printf("\n");                printf("\n");
                                                 fprintf(ficlog,"\n");              fprintf(ficlog,"\n");
                                                 fprintf(ficres,"\n");              fprintf(ficres,"\n");
                                                 numlinepar++;              numlinepar++;
                                         } /* end k*/            } /* end k*/
                                 } /*end j */          } /*end j */
       } /* end i */        } /* end i */
     } /* end itimes */      } /* end itimes */
           
     fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
     fflush(ficres);      fflush(ficres);
                 while(fgets(line, MAXLINE, ficpar)) {      while(fgets(line, MAXLINE, ficpar)) {
                         /* If line starts with a # it is a comment */        /* If line starts with a # it is a comment */
                         if (line[0] == '#') {        if (line[0] == '#') {
                                 numlinepar++;          numlinepar++;
                                 fputs(line,stdout);          fputs(line,stdout);
                                 fputs(line,ficparo);          fputs(line,ficparo);
                                 fputs(line,ficlog);          fputs(line,ficlog);
                                 continue;          continue;
                         }else        }else
                                 break;          break;
                 }      }
                       
     /* while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){ */      /* while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){ */
     /*   ungetc(c,ficpar); */      /*   ungetc(c,ficpar); */
     /*   fgets(line, MAXLINE, ficpar); */      /*   fgets(line, MAXLINE, ficpar); */
Line 9785  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9944  Please run with mle=-1 to get a correct
           
     estepm=0;      estepm=0;
     if((num_filled=sscanf(line,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm, &ftolpl)) !=EOF){      if((num_filled=sscanf(line,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm, &ftolpl)) !=EOF){
                                 
                         if (num_filled != 6) {        if (num_filled != 6) {
                                 printf("Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);          printf("Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);
                                 fprintf(ficlog,"Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);          fprintf(ficlog,"Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);
                                 goto end;          goto end;
                         }        }
                         printf("agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",ageminpar,agemaxpar, bage, fage, estepm, ftolpl);        printf("agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",ageminpar,agemaxpar, bage, fage, estepm, ftolpl);
                 }      }
                 /* ftolpl=6*ftol*1.e5; /\* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit *\/ */      /* ftolpl=6*ftol*1.e5; /\* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit *\/ */
                 /*ftolpl=6.e-4;*/ /* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit */      /*ftolpl=6.e-4;*/ /* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit */
                       
     /* fscanf(ficpar,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm); */      /* fscanf(ficpar,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm); */
     if (estepm==0 || estepm < stepm) estepm=stepm;      if (estepm==0 || estepm < stepm) estepm=stepm;
     if (fage <= 2) {      if (fage <= 2) {
Line 9884  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10043  Please run with mle=-1 to get a correct
       printinggnuplot(fileresu, optionfilefiname,ageminpar,agemaxpar,fage, prevfcast, backcast, pathc,p);        printinggnuplot(fileresu, optionfilefiname,ageminpar,agemaxpar,fage, prevfcast, backcast, pathc,p);
     }      }
     printinghtml(fileresu,title,datafile, firstpass, lastpass, stepm, weightopt, \      printinghtml(fileresu,title,datafile, firstpass, lastpass, stepm, weightopt, \
                                                                  model,imx,jmin,jmax,jmean,rfileres,popforecast,prevfcast,backcast, estepm, \                   model,imx,jmin,jmax,jmean,rfileres,popforecast,prevfcast,backcast, estepm, \
                                                                  jprev1,mprev1,anprev1,dateprev1,jprev2,mprev2,anprev2,dateprev2);                   jprev1,mprev1,anprev1,dateprev1,jprev2,mprev2,anprev2,dateprev2);
                                   
                 /*------------ free_vector  -------------*/      /*------------ free_vector  -------------*/
                 /*  chdir(path); */      /*  chdir(path); */
                                   
     /* free_ivector(wav,1,imx); */  /* Moved after last prevalence call */      /* free_ivector(wav,1,imx); */  /* Moved after last prevalence call */
     /* free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx); */      /* free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx); */
Line 9925  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10084  Please run with mle=-1 to get a correct
     probs= ma3x(1,AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);      probs= ma3x(1,AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);
     for(i=1;i<=AGESUP;i++)      for(i=1;i<=AGESUP;i++)
       for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) /* ndeath is useless but a necessity to be compared with mobaverages */        for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) /* ndeath is useless but a necessity to be compared with mobaverages */
                                 for(k=1;k<=ncovcombmax;k++)          for(k=1;k<=ncovcombmax;k++)
                                         probs[i][j][k]=0.;            probs[i][j][k]=0.;
     prevalence(probs, ageminpar, agemaxpar, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);      prevalence(probs, ageminpar, agemaxpar, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);
     if (mobilav!=0 ||mobilavproj !=0 ) {      if (mobilav!=0 ||mobilavproj !=0 ) {
       mobaverages= ma3x(1, AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);        mobaverages= ma3x(1, AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);
Line 9955  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10114  Please run with mle=-1 to get a correct
     /*if((stepm == 1) && (strcmp(model,".")==0)){*/      /*if((stepm == 1) && (strcmp(model,".")==0)){*/
     if(prevfcast==1){      if(prevfcast==1){
       /*    if(stepm ==1){*/        /*    if(stepm ==1){*/
       prevforecast(fileresu, anproj1, mproj1, jproj1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj, bage, fage, firstpass, lastpass, anproj2, p, nqveff);        prevforecast(fileresu, anproj1, mproj1, jproj1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj, bage, fage, firstpass, lastpass, anproj2, p, cptcoveff);
     }      }
     if(backcast==1){      if(backcast==1){
       ddnewms=matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);                ddnewms=matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);        
Line 9973  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10132  Please run with mle=-1 to get a correct
       free_matrix(bprlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */        free_matrix(bprlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */
   
       /* prevbackforecast(fileresu, anback1, mback1, jback1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj,        /* prevbackforecast(fileresu, anback1, mback1, jback1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj,
          bage, fage, firstpass, lastpass, anback2, p, nqveff); */           bage, fage, firstpass, lastpass, anback2, p, cptcoveff); */
       free_matrix(ddnewms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);        free_matrix(ddnewms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
       free_matrix(ddsavms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);        free_matrix(ddsavms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
       free_matrix(ddoldms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);        free_matrix(ddoldms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
Line 9999  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10158  Please run with mle=-1 to get a correct
     printf("Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(stdout);      printf("Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(ficlog);
                                   
     for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
       fprintf(ficreseij,"\n#****** ");        fprintf(ficreseij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
                                 fprintf(ficreseij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficreseij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }        }
       fprintf(ficreseij,"******\n");        fprintf(ficreseij,"******\n");
Line 10059  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10218  Please run with mle=-1 to get a correct
     /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){      /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){
       for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/        for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/
                       
     for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
       fprintf(ficrest,"\n#****** ");        fprintf(ficrest,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++)         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
                                 fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficrest,"******\n");        fprintf(ficrest,"******\n");
               
       fprintf(ficresstdeij,"\n#****** ");        fprintf(ficresstdeij,"\n#****** ");
       fprintf(ficrescveij,"\n#****** ");        fprintf(ficrescveij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
                                 fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
                                 fprintf(ficrescveij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficrescveij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }        }
Line 10075  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10234  Please run with mle=-1 to get a correct
       fprintf(ficrescveij,"******\n");        fprintf(ficrescveij,"******\n");
               
       fprintf(ficresvij,"\n#****** ");        fprintf(ficresvij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=nqveff;j++)         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
                                 fprintf(ficresvij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresvij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficresvij,"******\n");        fprintf(ficresvij,"******\n");
               
Line 10185  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10344  Please run with mle=-1 to get a correct
     /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){      /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){
       for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/        for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/
                       
     for (k=1; k <= (int) pow(2,nqveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
         fprintf(ficresvpl,"\n#****** ");          fprintf(ficresvpl,"\n#****** ");
                         for(j=1;j<=nqveff;j++)                           for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
                                 fprintf(ficresvpl,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresvpl,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
                         fprintf(ficresvpl,"******\n");                          fprintf(ficresvpl,"******\n");
               
Line 10226  Please run with mle=-1 to get a correct Line 10385  Please run with mle=-1 to get a correct
   
     free_ivector(ncodemax,1,NCOVMAX);      free_ivector(ncodemax,1,NCOVMAX);
     free_ivector(ncodemaxwundef,1,NCOVMAX);      free_ivector(ncodemaxwundef,1,NCOVMAX);
       free_ivector(Dummy,-1,NCOVMAX);
       free_ivector(Fixed,-1,NCOVMAX);
       free_ivector(Typevar,-1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tvar,1,NCOVMAX);      free_ivector(Tvar,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tprod,1,NCOVMAX);      free_ivector(Tprod,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tvaraff,1,NCOVMAX);      free_ivector(Tvaraff,1,NCOVMAX);
Removed from v.1.224  
changed lines
  Added in v.1.226

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>