[BACK]Return to imach.c CVS log [TXT] [DIR] Up to [Local Repository] / imach / src

Diff for /imach/src/imach.c between versions 1.7 and 1.20

version 1.7, 2001/05/02 17:50:24 version 1.20, 2002/02/20 17:22:01
Line 8 Line 8
   Health expectancies are computed from the transistions observed between    Health expectancies are computed from the transistions observed between
   waves and are computed for each degree of severity of disability (number    waves and are computed for each degree of severity of disability (number
   of life states). More degrees you consider, more time is necessary to    of life states). More degrees you consider, more time is necessary to
   reach the Maximum Likelihood of the parameters involved in the model.    reach the Maximum Likelihood of the parameters involved in the model.
   The simplest model is the multinomial logistic model where pij is    The simplest model is the multinomial logistic model where pij is
   the probabibility to be observed in state j at the second wave conditional    the probabibility to be observed in state j at the second wave conditional
   to be observed in state i at the first wave. Therefore the model is:    to be observed in state i at the first wave. Therefore the model is:
Line 22 Line 22
   delay between waves is not identical for each individual, or if some    delay between waves is not identical for each individual, or if some
   individual missed an interview, the information is not rounded or lost, but    individual missed an interview, the information is not rounded or lost, but
   taken into account using an interpolation or extrapolation.    taken into account using an interpolation or extrapolation.
   hPijx is the probability to be    hPijx is the probability to be
   observed in state i at age x+h conditional to the observed state i at age    observed in state i at age x+h conditional to the observed state i at age
   x. The delay 'h' can be split into an exact number (nh*stepm) of    x. The delay 'h' can be split into an exact number (nh*stepm) of
   unobserved intermediate  states. This elementary transition (by month or    unobserved intermediate  states. This elementary transition (by month or
Line 68 Line 68
   
   
 int nvar;  int nvar;
 static int cptcov;  int cptcovn, cptcovage=0, cptcoveff=0,cptcov;
 int cptcovn, cptcovage=0, cptcoveff=0;  
 int npar=NPARMAX;  int npar=NPARMAX;
 int nlstate=2; /* Number of live states */  int nlstate=2; /* Number of live states */
 int ndeath=1; /* Number of dead states */  int ndeath=1; /* Number of dead states */
 int ncovmodel, ncov;     /* Total number of covariables including constant a12*1 +b12*x ncovmodel=2 */  int ncovmodel, ncov;     /* Total number of covariables including constant a12*1 +b12*x ncovmodel=2 */
   int popbased=0;
   
 int *wav; /* Number of waves for this individuual 0 is possible */  int *wav; /* Number of waves for this individuual 0 is possible */
 int maxwav; /* Maxim number of waves */  int maxwav; /* Maxim number of waves */
   int jmin, jmax; /* min, max spacing between 2 waves */
 int mle, weightopt;  int mle, weightopt;
 int **mw; /* mw[mi][i] is number of the mi wave for this individual */  int **mw; /* mw[mi][i] is number of the mi wave for this individual */
 int **dh; /* dh[mi][i] is number of steps between mi,mi+1 for this individual */  int **dh; /* dh[mi][i] is number of steps between mi,mi+1 for this individual */
   double jmean; /* Mean space between 2 waves */
 double **oldm, **newm, **savm; /* Working pointers to matrices */  double **oldm, **newm, **savm; /* Working pointers to matrices */
 double **oldms, **newms, **savms; /* Fixed working pointers to matrices */  double **oldms, **newms, **savms; /* Fixed working pointers to matrices */
 FILE *fic,*ficpar, *ficparo,*ficres,  *ficrespl, *ficrespij, *ficrest;  FILE *fic,*ficpar, *ficparo,*ficres,  *ficrespl, *ficrespij, *ficrest,*ficresf;
 FILE *ficgp, *fichtm;  FILE *ficgp, *fichtm,*ficresprob,*ficpop;
 FILE *ficreseij;  FILE *ficreseij;
   char filerese[FILENAMELENGTH];    char filerese[FILENAMELENGTH];
  FILE  *ficresvij;   FILE  *ficresvij;
Line 126  int stepm; Line 128  int stepm;
 int m,nb;  int m,nb;
 int *num, firstpass=0, lastpass=4,*cod, *ncodemax, *Tage;  int *num, firstpass=0, lastpass=4,*cod, *ncodemax, *Tage;
 double **agev,*moisnais, *annais, *moisdc, *andc,**mint, **anint;  double **agev,*moisnais, *annais, *moisdc, *andc,**mint, **anint;
 double **pmmij;  double **pmmij, ***probs, ***mobaverage;
   double dateintmean=0;
   
 double *weight;  double *weight;
 int **s; /* Status */  int **s; /* Status */
Line 666  double **prevalim(double **prlim, int nl Line 669  double **prevalim(double **prlim, int nl
         cov[2+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtab[ij][Tvard[k][1]]]*nbcode[Tvard[k][2]][codtab[ij][Tvard[k][2]]];          cov[2+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtab[ij][Tvard[k][1]]]*nbcode[Tvard[k][2]][codtab[ij][Tvard[k][2]]];
   
       /*printf("ij=%d cptcovprod=%d tvar=%d ", ij, cptcovprod, Tvar[1]);*/        /*printf("ij=%d cptcovprod=%d tvar=%d ", ij, cptcovprod, Tvar[1]);*/
   
       /*printf("ij=%d cov[3]=%lf cov[4]=%lf \n",ij, cov[3],cov[4]);*/        /*printf("ij=%d cov[3]=%lf cov[4]=%lf \n",ij, cov[3],cov[4]);*/
   
     out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);      out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);
Line 693  double **prevalim(double **prlim, int nl Line 695  double **prevalim(double **prlim, int nl
   }    }
 }  }
   
 /*************** transition probabilities **********/  /*************** transition probabilities ***************/
   
 double **pmij(double **ps, double *cov, int ncovmodel, double *x, int nlstate )  double **pmij(double **ps, double *cov, int ncovmodel, double *x, int nlstate )
 {  {
Line 716  double **pmij(double **ps, double *cov, Line 718  double **pmij(double **ps, double *cov,
         s2 += x[(i-1)*nlstate*ncovmodel+(j-2)*ncovmodel+nc+(i-1)*(ndeath-1)*ncovmodel]*cov[nc];          s2 += x[(i-1)*nlstate*ncovmodel+(j-2)*ncovmodel+nc+(i-1)*(ndeath-1)*ncovmodel]*cov[nc];
         /*printf("Int j>i s1=%.17e, s2=%.17e %lx %lx\n",s1,s2,s1,s2);*/          /*printf("Int j>i s1=%.17e, s2=%.17e %lx %lx\n",s1,s2,s1,s2);*/
       }        }
       ps[i][j]=s2;        ps[i][j]=(s2);
     }      }
   }    }
       /*ps[3][2]=1;*/
   
   for(i=1; i<= nlstate; i++){    for(i=1; i<= nlstate; i++){
      s1=0;       s1=0;
     for(j=1; j<i; j++)      for(j=1; j<i; j++)
Line 740  double **pmij(double **ps, double *cov, Line 744  double **pmij(double **ps, double *cov,
     }      }
   }    }
   
   
   /*   for(ii=1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){    /*   for(ii=1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){
     for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){      for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){
      printf("%lf ",ps[ii][jj]);       printf("%lf ",ps[ii][jj]);
Line 757  double **pmij(double **ps, double *cov, Line 762  double **pmij(double **ps, double *cov,
   
 double **matprod2(double **out, double **in,long nrl, long nrh, long ncl, long nch, long ncolol, long ncoloh, double **b)  double **matprod2(double **out, double **in,long nrl, long nrh, long ncl, long nch, long ncolol, long ncoloh, double **b)
 {  {
   /* Computes the matric product of in(1,nrh-nrl+1)(1,nch-ncl+1) times    /* Computes the matrix product of in(1,nrh-nrl+1)(1,nch-ncl+1) times
      b(1,nch-ncl+1)(1,ncoloh-ncolol+1) into out(...) */       b(1,nch-ncl+1)(1,ncoloh-ncolol+1) into out(...) */
   /* in, b, out are matrice of pointers which should have been initialized    /* in, b, out are matrice of pointers which should have been initialized
      before: only the contents of out is modified. The function returns       before: only the contents of out is modified. The function returns
Line 804  double ***hpxij(double ***po, int nhstep Line 809  double ***hpxij(double ***po, int nhstep
       cov[1]=1.;        cov[1]=1.;
       cov[2]=age+((h-1)*hstepm + (d-1))*stepm/YEARM;        cov[2]=age+((h-1)*hstepm + (d-1))*stepm/YEARM;
       for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+k]=nbcode[Tvar[k]][codtab[ij][Tvar[k]]];        for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+k]=nbcode[Tvar[k]][codtab[ij][Tvar[k]]];
 for (k=1; k<=cptcovage;k++)        for (k=1; k<=cptcovage;k++)
         cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2];          cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2];
    for (k=1; k<=cptcovprod;k++)        for (k=1; k<=cptcovprod;k++)
         cov[2+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtab[ij][Tvard[k][1]]]*nbcode[Tvard[k][2]][codtab[ij][Tvard[k][2]]];          cov[2+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtab[ij][Tvard[k][1]]]*nbcode[Tvard[k][2]][codtab[ij][Tvard[k][2]]];
   
   
Line 841  double func( double *x) Line 846  double func( double *x)
   /* We are differentiating ll according to initial status */    /* We are differentiating ll according to initial status */
   /*  for (i=1;i<=npar;i++) printf("%f ", x[i]);*/    /*  for (i=1;i<=npar;i++) printf("%f ", x[i]);*/
   /*for(i=1;i<imx;i++)    /*for(i=1;i<imx;i++)
 printf(" %d\n",s[4][i]);      printf(" %d\n",s[4][i]);
   */    */
   cov[1]=1.;    cov[1]=1.;
   
   for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;    for(k=1; k<=nlstate; k++) ll[k]=0.;
   for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){    for (i=1,ipmx=0, sw=0.; i<=imx; i++){
     for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+k]=covar[Tvar[k]][i];      for (k=1; k<=cptcovn;k++) cov[2+k]=covar[Tvar[k]][i];
        for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){      for(mi=1; mi<= wav[i]-1; mi++){
       for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)        for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
         for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);          for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
             for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){        for(d=0; d<dh[mi][i]; d++){
               newm=savm;          newm=savm;
               cov[2]=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;          cov[2]=agev[mw[mi][i]][i]+d*stepm/YEARM;
               for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {          for (kk=1; kk<=cptcovage;kk++) {
                  cov[Tage[kk]+2]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*cov[2];            cov[Tage[kk]+2]=covar[Tvar[Tage[kk]]][i]*cov[2];
                  /*printf("%d %d",kk,Tage[kk]);*/          }
               }         
               /*cov[4]=covar[1][i]*cov[2];scanf("%d", i);*/          out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,
               /*cov[3]=pow(cov[2],2)/1000.;*/                       1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
           savm=oldm;
           out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,          oldm=newm;
                        1,nlstate+ndeath,pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));         
           savm=oldm;         
           oldm=newm;  
   
   
       } /* end mult */        } /* end mult */
           
       lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);        lli=log(out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);
       /* printf(" %f ",out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);*/        /* printf(" %f ",out[s[mw[mi][i]][i]][s[mw[mi+1][i]][i]]);*/
       ipmx +=1;        ipmx +=1;
Line 916  void hesscov(double **matcov, double p[] Line 918  void hesscov(double **matcov, double p[]
   void lubksb(double **a, int npar, int *indx, double b[]) ;    void lubksb(double **a, int npar, int *indx, double b[]) ;
   void ludcmp(double **a, int npar, int *indx, double *d) ;    void ludcmp(double **a, int npar, int *indx, double *d) ;
   
   
   hess=matrix(1,npar,1,npar);    hess=matrix(1,npar,1,npar);
   
   printf("\nCalculation of the hessian matrix. Wait...\n");    printf("\nCalculation of the hessian matrix. Wait...\n");
Line 924  void hesscov(double **matcov, double p[] Line 925  void hesscov(double **matcov, double p[]
     printf("%d",i);fflush(stdout);      printf("%d",i);fflush(stdout);
     hess[i][i]=hessii(p,ftolhess,i,delti);      hess[i][i]=hessii(p,ftolhess,i,delti);
     /*printf(" %f ",p[i]);*/      /*printf(" %f ",p[i]);*/
       /*printf(" %lf ",hess[i][i]);*/
   }    }
    
   for (i=1;i<=npar;i++) {    for (i=1;i<=npar;i++) {
     for (j=1;j<=npar;j++)  {      for (j=1;j<=npar;j++)  {
       if (j>i) {        if (j>i) {
         printf(".%d%d",i,j);fflush(stdout);          printf(".%d%d",i,j);fflush(stdout);
         hess[i][j]=hessij(p,delti,i,j);          hess[i][j]=hessij(p,delti,i,j);
         hess[j][i]=hess[i][j];          hess[j][i]=hess[i][j];    
           /*printf(" %lf ",hess[i][j]);*/
       }        }
     }      }
   }    }
Line 1035  double hessii( double x[], double delta, Line 1038  double hessii( double x[], double delta,
     }      }
   }    }
   delti[theta]=delts;    delti[theta]=delts;
   return res;    return res;
     
 }  }
   
Line 1148  void lubksb(double **a, int n, int *indx Line 1151  void lubksb(double **a, int n, int *indx
 }  }
   
 /************ Frequencies ********************/  /************ Frequencies ********************/
 void  freqsummary(char fileres[], int agemin, int agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax)  void  freqsummary(char fileres[], int agemin, int agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, double dateprev1,double dateprev2)
 {  /* Some frequencies */  {  /* Some frequencies */
     
   int i, m, jk, k1, i1, j1, bool, z1,z2,j;    int i, m, jk, k1,i1, j1, bool, z1,z2,j;
   double ***freq; /* Frequencies */    double ***freq; /* Frequencies */
   double *pp;    double *pp;
   double pos;    double pos, k2, dateintsum=0,k2cpt=0;
   FILE *ficresp;    FILE *ficresp;
   char fileresp[FILENAMELENGTH];    char fileresp[FILENAMELENGTH];
   
   pp=vector(1,nlstate);    pp=vector(1,nlstate);
     probs= ma3x(1,AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);
   strcpy(fileresp,"p");    strcpy(fileresp,"p");
   strcat(fileresp,fileres);    strcat(fileresp,fileres);
   if((ficresp=fopen(fileresp,"w"))==NULL) {    if((ficresp=fopen(fileresp,"w"))==NULL) {
Line 1175  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1178  void  freqsummary(char fileres[], int ag
   for(k1=1; k1<=j;k1++){    for(k1=1; k1<=j;k1++){
    for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){     for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){
        j1++;         j1++;
          /*printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d", cptcoveff,Tvaraff[1]);
            scanf("%d", i);*/
         for (i=-1; i<=nlstate+ndeath; i++)            for (i=-1; i<=nlstate+ndeath; i++)  
          for (jk=-1; jk<=nlstate+ndeath; jk++)             for (jk=-1; jk<=nlstate+ndeath; jk++)  
            for(m=agemin; m <= agemax+3; m++)             for(m=agemin; m <= agemax+3; m++)
              freq[i][jk][m]=0;               freq[i][jk][m]=0;
          
           dateintsum=0;
           k2cpt=0;
        for (i=1; i<=imx; i++) {         for (i=1; i<=imx; i++) {
          bool=1;           bool=1;
          if  (cptcovn>0) {           if  (cptcovn>0) {
            for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++)             for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++)
              if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]]) bool=0;               if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]])
                  bool=0;
          }           }
           if (bool==1) {           if (bool==1) {
            for(m=firstpass; m<=lastpass-1; m++){             for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){
              if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;               k2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.);
              if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;               if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {
              freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];                 if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;
              freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int) agemax+3] += weight[i];                 if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;
                  freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];
                  freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int) agemax+3] += weight[i];
                  if ((agev[m][i]>1) && (agev[m][i]< (agemax+3))) {
                    dateintsum=dateintsum+k2;
                    k2cpt++;
                  }
   
                }
            }             }
          }           }
        }         }
         if  (cptcovn>0) {          if  (cptcovn>0) {
          fprintf(ficresp, "\n#********** Variable ");           fprintf(ficresp, "\n#********** Variable ");
          for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]]);           for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]]);
        }  
        fprintf(ficresp, "**********\n#");         fprintf(ficresp, "**********\n#");
           }
        for(i=1; i<=nlstate;i++)         for(i=1; i<=nlstate;i++)
          fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);           fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);
        fprintf(ficresp, "\n");         fprintf(ficresp, "\n");
Line 1212  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1227  void  freqsummary(char fileres[], int ag
       printf("Age %d", i);        printf("Age %d", i);
     for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){      for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
       for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)        for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)
         pp[jk] += freq[jk][m][i];          pp[jk] += freq[jk][m][i];
     }      }
     for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){      for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
       for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)        for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)
Line 1222  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1237  void  freqsummary(char fileres[], int ag
       else        else
         printf(" %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);          printf(" %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
     }      }
     for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){  
       for(m=1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)       for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
         for(m=0, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)
         pp[jk] += freq[jk][m][i];          pp[jk] += freq[jk][m][i];
     }       }
   
     for(jk=1,pos=0; jk <=nlstate ; jk++)      for(jk=1,pos=0; jk <=nlstate ; jk++)
       pos += pp[jk];        pos += pp[jk];
     for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){      for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
Line 1234  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1251  void  freqsummary(char fileres[], int ag
       else        else
         printf(" %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);          printf(" %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
       if( i <= (int) agemax){        if( i <= (int) agemax){
         if(pos>=1.e-5)          if(pos>=1.e-5){
           fprintf(ficresp," %d %.5f %.0f %.0f",i,pp[jk]/pos, pp[jk],pos);            fprintf(ficresp," %d %.5f %.0f %.0f",i,pp[jk]/pos, pp[jk],pos);
             probs[i][jk][j1]= pp[jk]/pos;
             /*printf("\ni=%d jk=%d j1=%d %.5f %.0f %.0f %f",i,jk,j1,pp[jk]/pos, pp[jk],pos,probs[i][jk][j1]);*/
           }
       else        else
           fprintf(ficresp," %d NaNq %.0f %.0f",i,pp[jk],pos);            fprintf(ficresp," %d NaNq %.0f %.0f",i,pp[jk],pos);
       }        }
Line 1249  void  freqsummary(char fileres[], int ag Line 1269  void  freqsummary(char fileres[], int ag
     }      }
     }      }
  }   }
     dateintmean=dateintsum/k2cpt;
     
   fclose(ficresp);    fclose(ficresp);
   free_ma3x(freq,-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath,(int) agemin,(int) agemax+3);    free_ma3x(freq,-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath,(int) agemin,(int) agemax+3);
   free_vector(pp,1,nlstate);    free_vector(pp,1,nlstate);
   
     /* End of Freq */
   }
   
   /************ Prevalence ********************/
   void prevalence(int agemin, int agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, double dateprev1,double dateprev2, double calagedate)
   {  /* Some frequencies */
    
     int i, m, jk, k1, i1, j1, bool, z1,z2,j;
     double ***freq; /* Frequencies */
     double *pp;
     double pos, k2;
   
     pp=vector(1,nlstate);
     probs= ma3x(1,AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);
    
     freq=ma3x(-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath,agemin,agemax+3);
     j1=0;
    
     j=cptcoveff;
     if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}
    
    for(k1=1; k1<=j;k1++){
       for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){
         j1++;
    
         for (i=-1; i<=nlstate+ndeath; i++)  
           for (jk=-1; jk<=nlstate+ndeath; jk++)  
             for(m=agemin; m <= agemax+3; m++)
               freq[i][jk][m]=0;
        
         for (i=1; i<=imx; i++) {
           bool=1;
           if  (cptcovn>0) {
             for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++)
               if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtab[j1][z1]])
                 bool=0;
           }
           if (bool==1) {
             for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){
               k2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.);
               if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {
                 if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=agemax+1;
                 if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=agemax+2;
                 freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)(agev[m][i]+1-((int)calagedate %12)/12.)] += weight[i];
                 freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)(agemax+3+1)] += weight[i];  
               }
             }
           }
         }
        
           for(i=(int)agemin; i <= (int)agemax+3; i++){
             for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
               for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)
                 pp[jk] += freq[jk][m][i];
             }
             for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
               for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)
               pos += freq[jk][m][i];
           }
          
            for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
              for(m=0, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)
                pp[jk] += freq[jk][m][i];
            }
            
            for(jk=1,pos=0; jk <=nlstate ; jk++) pos += pp[jk];
   
            for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){          
              if( i <= (int) agemax){
                if(pos>=1.e-5){
                  probs[i][jk][j1]= pp[jk]/pos;
                }
              }
            }
            
           }
       }
     }
    
    
     free_ma3x(freq,-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath,(int) agemin,(int) agemax+3);
     free_vector(pp,1,nlstate);
    
 }  /* End of Freq */  }  /* End of Freq */
   
 /************* Waves Concatenation ***************/  /************* Waves Concatenation ***************/
Line 1268  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 1372  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
      */       */
   
   int i, mi, m;    int i, mi, m;
   int j, k=0,jk, ju, jl,jmin=1e+5, jmax=-1;    /* int j, k=0,jk, ju, jl,jmin=1e+5, jmax=-1;
 float sum=0.;       double sum=0., jmean=0.;*/
   
     int j, k=0,jk, ju, jl;
     double sum=0.;
     jmin=1e+5;
     jmax=-1;
     jmean=0.;
   for(i=1; i<=imx; i++){    for(i=1; i<=imx; i++){
     mi=0;      mi=0;
     m=firstpass;      m=firstpass;
Line 1300  float sum=0.; Line 1409  float sum=0.;
         dh[mi][i]=1;          dh[mi][i]=1;
       else{        else{
         if (s[mw[mi+1][i]][i] > nlstate) {          if (s[mw[mi+1][i]][i] > nlstate) {
             if (agedc[i] < 2*AGESUP) {
           j= rint(agedc[i]*12-agev[mw[mi][i]][i]*12);            j= rint(agedc[i]*12-agev[mw[mi][i]][i]*12);
           if(j=0) j=1;  /* Survives at least one month after exam */            if(j==0) j=1;  /* Survives at least one month after exam */
             k=k+1;
             if (j >= jmax) jmax=j;
             if (j <= jmin) jmin=j;
             sum=sum+j;
             /* if (j<10) printf("j=%d num=%d ",j,i); */
             }
         }          }
         else{          else{
           j= rint( (agev[mw[mi+1][i]][i]*12 - agev[mw[mi][i]][i]*12));            j= rint( (agev[mw[mi+1][i]][i]*12 - agev[mw[mi][i]][i]*12));
           k=k+1;            k=k+1;
           if (j >= jmax) jmax=j;            if (j >= jmax) jmax=j;
           else if (j <= jmin)jmin=j;            else if (j <= jmin)jmin=j;
             /*   if (j<10) printf("j=%d jmin=%d num=%d ",j,jmin,i); */
           sum=sum+j;            sum=sum+j;
         }          }
         jk= j/stepm;          jk= j/stepm;
Line 1322  float sum=0.; Line 1439  float sum=0.;
       }        }
     }      }
   }    }
   printf("Delay (in months) between two waves Min=%d Max=%d Mean=%f\n\n ",jmin, jmax,sum/k);    jmean=sum/k;
 }    printf("Delay (in months) between two waves Min=%d Max=%d Mean=%f\n\n ",jmin, jmax,jmean);
    }
 /*********** Tricode ****************************/  /*********** Tricode ****************************/
 void tricode(int *Tvar, int **nbcode, int imx)  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, int imx)
 {  {
Line 1338  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in Line 1456  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in
     for (i=1; i<=imx; i++) {      for (i=1; i<=imx; i++) {
       ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]);        ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]);
       Ndum[ij]++;        Ndum[ij]++;
         /*printf("i=%d ij=%d Ndum[ij]=%d imx=%d",i,ij,Ndum[ij],imx);*/
       if (ij > cptcode) cptcode=ij;        if (ij > cptcode) cptcode=ij;
     }      }
   
     /*printf("cptcode=%d cptcovn=%d ",cptcode,cptcovn);*/  
     for (i=0; i<=cptcode; i++) {      for (i=0; i<=cptcode; i++) {
       if(Ndum[i]!=0) ncodemax[j]++;        if(Ndum[i]!=0) ncodemax[j]++;
     }      }
     ij=1;      ij=1;
   
   
     for (i=1; i<=ncodemax[j]; i++) {      for (i=1; i<=ncodemax[j]; i++) {
       for (k=0; k<=19; k++) {        for (k=0; k<=19; k++) {
         if (Ndum[k] != 0) {          if (Ndum[k] != 0) {
           nbcode[Tvar[j]][ij]=k;            nbcode[Tvar[j]][ij]=k;
           /*   printf("ij=%d ",nbcode[Tvar[2]][1]);*/  
           ij++;            ij++;
         }          }
         if (ij > ncodemax[j]) break;          if (ij > ncodemax[j]) break;
       }          }  
     }      }
   }      }  
  for (i=1; i<=10; i++) {  
    for (k=0; k<19; k++) Ndum[k]=0;
   
    for (i=1; i<=ncovmodel-2; i++) {
       ij=Tvar[i];        ij=Tvar[i];
       Ndum[ij]++;        Ndum[ij]++;
     }      }
   
  ij=1;   ij=1;
  for (i=1; i<=cptcovn; i++) {   for (i=1; i<=10; i++) {
    if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncov)){     if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncov)){
      Tvaraff[i]=ij;       Tvaraff[ij]=i;
    ij++;       ij++;
    }     }
  }   }
     
  for (j=1; j<=(cptcovn+2*cptcovprod); j++) {      cptcoveff=ij-1;
    if ((Tvar[j]>= cptcoveff) && (Tvar[j] <=ncov)) cptcoveff=Tvar[j];  
    /*printf("j=%d %d\n",j,Tvar[j]);*/  
  }  
    
  /* printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d %d\n",cptcoveff, Tvaraff[1],Tvaraff[2]);  
     scanf("%d",i);*/  
 }  }
   
 /*********** Health Expectancies ****************/  /*********** Health Expectancies ****************/
Line 1438  void varevsij(char fileres[], double *** Line 1554  void varevsij(char fileres[], double ***
   double **dnewm,**doldm;    double **dnewm,**doldm;
   int i, j, nhstepm, hstepm, h;    int i, j, nhstepm, hstepm, h;
   int k, cptcode;    int k, cptcode;
    double *xp;    double *xp;
   double **gp, **gm;    double **gp, **gm;
   double ***gradg, ***trgradg;    double ***gradg, ***trgradg;
   double ***p3mat;    double ***p3mat;
Line 1474  void varevsij(char fileres[], double *** Line 1590  void varevsij(char fileres[], double ***
       }        }
       hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);          hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);  
       prevalim(prlim,nlstate,xp,age,oldm,savm,ftolpl,ij);        prevalim(prlim,nlstate,xp,age,oldm,savm,ftolpl,ij);
   
         if (popbased==1) {
           for(i=1; i<=nlstate;i++)
             prlim[i][i]=probs[(int)age][i][ij];
         }
        
       for(j=1; j<= nlstate; j++){        for(j=1; j<= nlstate; j++){
         for(h=0; h<=nhstepm; h++){          for(h=0; h<=nhstepm; h++){
           for(i=1, gp[h][j]=0.;i<=nlstate;i++)            for(i=1, gp[h][j]=0.;i<=nlstate;i++)
Line 1485  void varevsij(char fileres[], double *** Line 1607  void varevsij(char fileres[], double ***
         xp[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:0);          xp[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:0);
       hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);          hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);  
       prevalim(prlim,nlstate,xp,age,oldm,savm,ftolpl,ij);        prevalim(prlim,nlstate,xp,age,oldm,savm,ftolpl,ij);
   
         if (popbased==1) {
           for(i=1; i<=nlstate;i++)
             prlim[i][i]=probs[(int)age][i][ij];
         }
   
       for(j=1; j<= nlstate; j++){        for(j=1; j<= nlstate; j++){
         for(h=0; h<=nhstepm; h++){          for(h=0; h<=nhstepm; h++){
           for(i=1, gm[h][j]=0.;i<=nlstate;i++)            for(i=1, gm[h][j]=0.;i<=nlstate;i++)
             gm[h][j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][h];              gm[h][j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][h];
         }          }
       }        }
   
       for(j=1; j<= nlstate; j++)        for(j=1; j<= nlstate; j++)
         for(h=0; h<=nhstepm; h++){          for(h=0; h<=nhstepm; h++){
           gradg[h][theta][j]= (gp[h][j]-gm[h][j])/2./delti[theta];            gradg[h][theta][j]= (gp[h][j]-gm[h][j])/2./delti[theta];
Line 1620  void varprevlim(char fileres[], double * Line 1749  void varprevlim(char fileres[], double *
   
 }  }
   
   /************ Variance of one-step probabilities  ******************/
   void varprob(char fileres[], double **matcov, double x[], double delti[], int nlstate, double bage, double fage, int ij)
   {
     int i, j;
     int k=0, cptcode;
     double **dnewm,**doldm;
     double *xp;
     double *gp, *gm;
     double **gradg, **trgradg;
     double age,agelim, cov[NCOVMAX];
     int theta;
     char fileresprob[FILENAMELENGTH];
   
     strcpy(fileresprob,"prob");
     strcat(fileresprob,fileres);
     if((ficresprob=fopen(fileresprob,"w"))==NULL) {
       printf("Problem with resultfile: %s\n", fileresprob);
     }
     printf("Computing variance of one-step probabilities: result on file '%s' \n",fileresprob);
    
   
     xp=vector(1,npar);
     dnewm=matrix(1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),1,npar);
     doldm=matrix(1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));
    
     cov[1]=1;
     for (age=bage; age<=fage; age ++){
       cov[2]=age;
       gradg=matrix(1,npar,1,9);
       trgradg=matrix(1,9,1,npar);
       gp=vector(1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));
       gm=vector(1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));
      
       for(theta=1; theta <=npar; theta++){
         for(i=1; i<=npar; i++)
           xp[i] = x[i] + (i==theta ?delti[theta]:0);
        
         pmij(pmmij,cov,ncovmodel,xp,nlstate);
      
         k=0;
         for(i=1; i<= (nlstate+ndeath); i++){
           for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){
              k=k+1;
             gp[k]=pmmij[i][j];
           }
         }
   
         for(i=1; i<=npar; i++)
           xp[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:0);
      
   
         pmij(pmmij,cov,ncovmodel,xp,nlstate);
         k=0;
         for(i=1; i<=(nlstate+ndeath); i++){
           for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){
             k=k+1;
             gm[k]=pmmij[i][j];
           }
         }
        
          for(i=1; i<= (nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath); i++)
              gradg[theta][i]=(gp[i]-gm[i])/2./delti[theta];  
       }
   
        for(j=1; j<=(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath);j++)
         for(theta=1; theta <=npar; theta++)
         trgradg[j][theta]=gradg[theta][j];
    
        matprod2(dnewm,trgradg,1,9,1,npar,1,npar,matcov);
        matprod2(doldm,dnewm,1,9,1,npar,1,9,gradg);
   
        pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate);
   
        k=0;
        for(i=1; i<=(nlstate+ndeath); i++){
          for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){
            k=k+1;
            gm[k]=pmmij[i][j];
           }
        }
        
        /*printf("\n%d ",(int)age);
        for (i=1; i<=(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath-1);i++){
          
   
          printf("%e [%e ;%e] ",gm[i],gm[i]-2*sqrt(doldm[i][i]),gm[i]+2*sqrt(doldm[i][i]));
        }*/
   
     fprintf(ficresprob,"\n%d ",(int)age);
   
     for (i=1; i<=(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath-1);i++){
       if (i== 2) fprintf(ficresprob,"%.3e %.3e ",gm[i],doldm[i][i]);
   if (i== 4) fprintf(ficresprob,"%.3e %.3e ",gm[i],doldm[i][i]);
     }
   
       free_vector(gp,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));
       free_vector(gm,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));
       free_matrix(trgradg,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),1,npar);
       free_matrix(gradg,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),1,npar);
   }
    free_vector(xp,1,npar);
   fclose(ficresprob);
    exit(0);
   }
   
 /***********************************************/  /***********************************************/
 /**************** Main Program *****************/  /**************** Main Program *****************/
Line 1630  void varprevlim(char fileres[], double * Line 1862  void varprevlim(char fileres[], double *
 int main()  int main()
 {  {
   
   int i,j, k, n=MAXN,iter,m,size,cptcode, aaa, cptcod;    int i,j, k, n=MAXN,iter,m,size,cptcode, cptcod;
   double agedeb, agefin,hf;    double agedeb, agefin,hf;
   double agemin=1.e20, agemax=-1.e20;    double agemin=1.e20, agemax=-1.e20;
   
Line 1642  int main() Line 1874  int main()
   int *indx;    int *indx;
   char line[MAXLINE], linepar[MAXLINE];    char line[MAXLINE], linepar[MAXLINE];
   char title[MAXLINE];    char title[MAXLINE];
   char optionfile[FILENAMELENGTH], datafile[FILENAMELENGTH],  filerespl[FILENAMELENGTH];    char optionfile[FILENAMELENGTH], datafile[FILENAMELENGTH],  filerespl[FILENAMELENGTH], optionfilehtm[FILENAMELENGTH];
   char fileres[FILENAMELENGTH], filerespij[FILENAMELENGTH], filereso[FILENAMELENGTH];    char fileres[FILENAMELENGTH], filerespij[FILENAMELENGTH], filereso[FILENAMELENGTH], fileresf[FILENAMELENGTH];
   char filerest[FILENAMELENGTH];    char filerest[FILENAMELENGTH];
   char fileregp[FILENAMELENGTH];    char fileregp[FILENAMELENGTH];
     char popfile[FILENAMELENGTH];
   char path[80],pathc[80],pathcd[80],pathtot[80],model[20];    char path[80],pathc[80],pathcd[80],pathtot[80],model[20];
   int firstobs=1, lastobs=10;    int firstobs=1, lastobs=10;
   int sdeb, sfin; /* Status at beginning and end */    int sdeb, sfin; /* Status at beginning and end */
   int c,  h , cpt,l;    int c,  h , cpt,l;
   int ju,jl, mi;    int ju,jl, mi;
   int i1,j1, k1,k2,k3,jk,aa,bb, stepsize, ij;    int i1,j1, k1,k2,k3,jk,aa,bb, stepsize, ij;
   int jnais,jdc,jint4,jint1,jint2,jint3,**outcome,**adl,*tab;    int jnais,jdc,jint4,jint1,jint2,jint3,**outcome,**adl,*tab;
      int mobilav=0,popforecast=0;
   int hstepm, nhstepm;    int hstepm, nhstepm;
     int *popage;/*boolprev=0 if date and zero if wave*/
     double jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2;
   
   double bage, fage, age, agelim, agebase;    double bage, fage, age, agelim, agebase;
   double ftolpl=FTOL;    double ftolpl=FTOL;
   double **prlim;    double **prlim;
Line 1667  int main() Line 1903  int main()
   double ***eij, ***vareij;    double ***eij, ***vareij;
   double **varpl; /* Variances of prevalence limits by age */    double **varpl; /* Variances of prevalence limits by age */
   double *epj, vepp;    double *epj, vepp;
   char version[80]="Imach version 62c, May 1999, INED-EUROREVES ";    double kk1, kk2;
     double *popeffectif,*popcount;
     double dateprev1, dateprev2,jproj1,mproj1,anproj1,jproj2,mproj2,anproj2,jprojmean,mprojmean,anprojmean, calagedate;
     double yp,yp1,yp2;
   
     char version[80]="Imach version 64b, May 2001, INED-EUROREVES ";
   char *alph[]={"a","a","b","c","d","e"}, str[4];    char *alph[]={"a","a","b","c","d","e"}, str[4];
   
   
   char z[1]="c", occ;    char z[1]="c", occ;
 #include <sys/time.h>  #include <sys/time.h>
 #include <time.h>  #include <time.h>
   char stra[80], strb[80], strc[80], strd[80],stre[80],modelsav[80];    char stra[80], strb[80], strc[80], strd[80],stre[80],modelsav[80];
    
   /* long total_usecs;    /* long total_usecs;
   struct timeval start_time, end_time;    struct timeval start_time, end_time;
     
   gettimeofday(&start_time, (struct timezone*)0); */ /* at first time */    gettimeofday(&start_time, (struct timezone*)0); */ /* at first time */
   
   
   printf("\nIMACH, Version 0.64a");    printf("\nIMACH, Version 0.7");
   printf("\nEnter the parameter file name: ");    printf("\nEnter the parameter file name: ");
   
 #ifdef windows  #ifdef windows
Line 1728  split(pathtot, path,optionfile); Line 1971  split(pathtot, path,optionfile);
   fscanf(ficpar,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%lf stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n",title, datafile, &lastobs, &firstpass,&lastpass,&ftol, &stepm, &ncov, &nlstate,&ndeath, &maxwav, &mle, &weightopt,model);    fscanf(ficpar,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%lf stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n",title, datafile, &lastobs, &firstpass,&lastpass,&ftol, &stepm, &ncov, &nlstate,&ndeath, &maxwav, &mle, &weightopt,model);
   printf("title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol, stepm, ncov, nlstate,ndeath, maxwav, mle, weightopt,model);    printf("title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol, stepm, ncov, nlstate,ndeath, maxwav, mle, weightopt,model);
   fprintf(ficparo,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol,stepm,ncov,nlstate,ndeath,maxwav, mle, weightopt,model);    fprintf(ficparo,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol,stepm,ncov,nlstate,ndeath,maxwav, mle, weightopt,model);
   while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
   covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);          ungetc(c,ficpar);
   if (strlen(model)<=1) cptcovn=0;      fgets(line, MAXLINE, ficpar);
   else {      puts(line);
     j=0;      fputs(line,ficparo);
     j=nbocc(model,'+');  
     cptcovn=j+1;  
   }    }
     ungetc(c,ficpar);
    
      
     covar=matrix(0,NCOVMAX,1,n);
     cptcovn=0;
     if (strlen(model)>1) cptcovn=nbocc(model,'+')+1;
   
   ncovmodel=2+cptcovn;    ncovmodel=2+cptcovn;
   nvar=ncovmodel-1; /* Suppressing age as a basic covariate */    nvar=ncovmodel-1; /* Suppressing age as a basic covariate */
Line 1766  split(pathtot, path,optionfile); Line 2013  split(pathtot, path,optionfile);
       fprintf(ficparo,"\n");        fprintf(ficparo,"\n");
     }      }
     
   npar= (nlstate+ndeath-1)*nlstate*ncovmodel;      npar= (nlstate+ndeath-1)*nlstate*ncovmodel;
   
   p=param[1][1];    p=param[1][1];
     
   /* Reads comments: lines beginning with '#' */    /* Reads comments: lines beginning with '#' */
Line 1856  split(pathtot, path,optionfile); Line 2104  split(pathtot, path,optionfile);
     tab=ivector(1,NCOVMAX);      tab=ivector(1,NCOVMAX);
     ncodemax=ivector(1,8);      ncodemax=ivector(1,8);
   
     i=1;      i=1;
     while (fgets(line, MAXLINE, fic) != NULL)    {      while (fgets(line, MAXLINE, fic) != NULL)    {
       if ((i >= firstobs) && (i <=lastobs)) {        if ((i >= firstobs) && (i <=lastobs)) {
                 
Line 1878  split(pathtot, path,optionfile); Line 2126  split(pathtot, path,optionfile);
           cutv(stra, strb,line,' '); covar[j][i]=(double)(atoi(strb)); strcpy(line,stra);            cutv(stra, strb,line,' '); covar[j][i]=(double)(atoi(strb)); strcpy(line,stra);
         }          }
         num[i]=atol(stra);          num[i]=atol(stra);
          
         /*printf("%d %.lf %.lf %.lf %.lf/%.lf %.lf/%.lf %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d\n",num[i],(covar[1][i]), (covar[2][i]), (weight[i]), (moisnais[i]), (annais[i]), (moisdc[i]), (andc[i]), (mint[1][i]), (anint[1][i]), (s[1][i]),  (mint[2][i]), (anint[2][i]), (s[2][i]),  (mint[3][i]), (anint[3][i]), (s[3][i]),  (mint[4][i]), (anint[4][i]), (s[4][i]));*/          /*if((s[2][i]==2) && (s[3][i]==-1)&&(s[4][i]==9)){
             printf("%d %.lf %.lf %.lf %.lf/%.lf %.lf/%.lf %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d\n",num[i],(covar[1][i]), (covar[2][i]),weight[i], (moisnais[i]), (annais[i]), (moisdc[i]), (andc[i]), (mint[1][i]), (anint[1][i]), (s[1][i]),  (mint[2][i]), (anint[2][i]), (s[2][i]),  (mint[3][i]), (anint[3][i]), (s[3][i]),  (mint[4][i]), (anint[4][i]), (s[4][i])); ij=ij+1;}*/
   
         i=i+1;          i=i+1;
       }        }
     }      }
       /* printf("ii=%d", ij);
     /*scanf("%d",i);*/         scanf("%d",i);*/
   imx=i-1; /* Number of individuals */    imx=i-1; /* Number of individuals */
   
     /* for (i=1; i<=imx; i++){
       if ((s[1][i]==3) && (s[2][i]==2)) s[2][i]=3;
       if ((s[2][i]==3) && (s[3][i]==2)) s[3][i]=3;
       if ((s[3][i]==3) && (s[4][i]==2)) s[4][i]=3;
       }
   
       for (i=1; i<=imx; i++)
       if (covar[1][i]==0) printf("%d %.lf %.lf %.lf %.lf/%.lf %.lf/%.lf %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d %.lf/%.lf %d\n",num[i],(covar[1][i]), (covar[2][i]), (weight[i]), (moisnais[i]), (annais[i]), (moisdc[i]), (andc[i]), (mint[1][i]), (anint[1][i]), (s[1][i]),  (mint[2][i]), (anint[2][i]), (s[2][i]),  (mint[3][i]), (anint[3][i]), (s[3][i]),  (mint[4][i]), (anint[4][i]), (s[4][i]));*/
   
   /* Calculation of the number of parameter from char model*/    /* Calculation of the number of parameter from char model*/
   Tvar=ivector(1,15);    Tvar=ivector(1,15);
   Tprod=ivector(1,15);    Tprod=ivector(1,15);
Line 1902  split(pathtot, path,optionfile); Line 2160  split(pathtot, path,optionfile);
     cptcovn=j+1;      cptcovn=j+1;
     cptcovprod=j1;      cptcovprod=j1;
         
      
     strcpy(modelsav,model);      strcpy(modelsav,model);
    if (j==0) {      if ((strcmp(model,"age")==0) || (strcmp(model,"age*age")==0)){
       if (j1==0){        printf("Error. Non available option model=%s ",model);
         cutv(stra,strb,modelsav,'V');        goto end;
         Tvar[1]=atoi(strb);      }
       }     
       else if (j1==1) {      for(i=(j+1); i>=1;i--){
         cutv(stra,strb,modelsav,'*');        cutv(stra,strb,modelsav,'+');
         Tage[1]=1; cptcovage++;        if (nbocc(modelsav,'+')==0) strcpy(strb,modelsav);
         if (strcmp(stra,"age")==0) {        /*      printf("i=%d a=%s b=%s sav=%s\n",i, stra,strb,modelsav);*/
         /*scanf("%d",i);*/
         if (strchr(strb,'*')) {
           cutv(strd,strc,strb,'*');
           if (strcmp(strc,"age")==0) {
           cptcovprod--;            cptcovprod--;
           cutv(strd,strc,strb,'V');            cutv(strb,stre,strd,'V');
           Tvar[1]=atoi(strc);            Tvar[i]=atoi(stre);
             cptcovage++;
               Tage[cptcovage]=i;
               /*printf("stre=%s ", stre);*/
         }          }
         else if (strcmp(strb,"age")==0) {          else if (strcmp(strd,"age")==0) {
           cptcovprod--;            cptcovprod--;
           cutv(strd,strc,stra,'V');            cutv(strb,stre,strc,'V');
           Tvar[1]=atoi(strc);            Tvar[i]=atoi(stre);
             cptcovage++;
             Tage[cptcovage]=i;
         }          }
         else {          else {
           cutv(strd,strc,strb,'V');            cutv(strb,stre,strc,'V');
           cutv(stre,strd,stra,'V');            Tvar[i]=ncov+k1;
           Tvar[1]=ncov+1;            cutv(strb,strc,strd,'V');
             Tprod[k1]=i;
             Tvard[k1][1]=atoi(strc);
             Tvard[k1][2]=atoi(stre);
             Tvar[cptcovn+k2]=Tvard[k1][1];
             Tvar[cptcovn+k2+1]=Tvard[k1][2];
           for (k=1; k<=lastobs;k++)            for (k=1; k<=lastobs;k++)
               covar[ncov+1][k]=covar[atoi(strc)][k]*covar[atoi(strd)][k];              covar[ncov+k1][k]=covar[atoi(stre)][k]*covar[atoi(strc)][k];
             k1++;
             k2=k2+2;
         }          }
         /*printf("%s %s %s\n", stra,strb,modelsav);  
 printf("%d ",Tvar[1]);  
 scanf("%d",i);*/  
       }  
     }  
    else {  
       for(i=j; i>=1;i--){  
         cutv(stra,strb,modelsav,'+');  
         /*printf("%s %s %s\n", stra,strb,modelsav);  
           scanf("%d",i);*/  
         if (strchr(strb,'*')) {  
           cutv(strd,strc,strb,'*');  
           if (strcmp(strc,"age")==0) {  
             cptcovprod--;  
             cutv(strb,stre,strd,'V');  
             Tvar[i+1]=atoi(stre);  
             cptcovage++;  
             Tage[cptcovage]=i+1;  
             printf("stre=%s ", stre);  
           }  
           else if (strcmp(strd,"age")==0) {  
             cptcovprod--;  
             cutv(strb,stre,strc,'V');  
             Tvar[i+1]=atoi(stre);  
             cptcovage++;  
             Tage[cptcovage]=i+1;  
           }  
           else {  
             cutv(strb,stre,strc,'V');  
             Tvar[i+1]=ncov+k1;  
             cutv(strb,strc,strd,'V');  
             Tprod[k1]=i+1;  
             Tvard[k1][1]=atoi(strc);  
             Tvard[k1][2]=atoi(stre);  
             Tvar[cptcovn+k2]=Tvard[k1][1];  
             Tvar[cptcovn+k2+1]=Tvard[k1][2];  
             for (k=1; k<=lastobs;k++)  
               covar[ncov+k1][k]=covar[atoi(stre)][k]*covar[atoi(strc)][k];  
             k1++;  
             k2=k2+2;  
           }  
         }  
         else {  
           cutv(strd,strc,strb,'V');  
           /* printf("%s %s %s", strd,strc,strb);*/  
           Tvar[i+1]=atoi(strc);  
         }  
         strcpy(modelsav,stra);    
       }        }
       cutv(strd,strc,stra,'V');        else {
       Tvar[1]=atoi(strc);          /*printf("d=%s c=%s b=%s\n", strd,strc,strb);*/
          /*  scanf("%d",i);*/
         cutv(strd,strc,strb,'V');
         Tvar[i]=atoi(strc);
         }
         strcpy(modelsav,stra);  
         /*printf("a=%s b=%s sav=%s\n", stra,strb,modelsav);
           scanf("%d",i);*/
     }      }
   }  }
   /* for (i=1; i<=5; i++)   
      printf("i=%d %d ",i,Tvar[i]);*/    /*printf("tvar1=%d tvar2=%d tvar3=%d cptcovage=%d Tage=%d",Tvar[1],Tvar[2],Tvar[3],cptcovage,Tage[1]);
   /* printf("tvar=%d %d cptcovage=%d %d",Tvar[1],Tvar[2],cptcovage,Tage[1]);*/    printf("cptcovprod=%d ", cptcovprod);
  /*printf("cptcovprod=%d ", cptcovprod);*/    scanf("%d ",i);*/
   /*  scanf("%d ",i);*/  
     fclose(fic);      fclose(fic);
   
     /*  if(mle==1){*/      /*  if(mle==1){*/
Line 1994  scanf("%d",i);*/ Line 2227  scanf("%d",i);*/
     }      }
     /*-calculation of age at interview from date of interview and age at death -*/      /*-calculation of age at interview from date of interview and age at death -*/
     agev=matrix(1,maxwav,1,imx);      agev=matrix(1,maxwav,1,imx);
   
      for (i=1; i<=imx; i++)
        for(m=2; (m<= maxwav); m++)
          if ((mint[m][i]== 99) && (s[m][i] <= nlstate)){
            anint[m][i]=9999;
            s[m][i]=-1;
          }
         
     for (i=1; i<=imx; i++)  {      for (i=1; i<=imx; i++)  {
       agedc[i]=(moisdc[i]/12.+andc[i])-(moisnais[i]/12.+annais[i]);        agedc[i]=(moisdc[i]/12.+andc[i])-(moisnais[i]/12.+annais[i]);
Line 2003  scanf("%d",i);*/ Line 2243  scanf("%d",i);*/
             if(agedc[i]>0)              if(agedc[i]>0)
               if(moisdc[i]!=99 && andc[i]!=9999)                if(moisdc[i]!=99 && andc[i]!=9999)
               agev[m][i]=agedc[i];                agev[m][i]=agedc[i];
             else{              else {
                 if (andc[i]!=9999){
               printf("Warning negative age at death: %d line:%d\n",num[i],i);                printf("Warning negative age at death: %d line:%d\n",num[i],i);
               agev[m][i]=-1;                agev[m][i]=-1;
                 }
             }              }
           }            }
           else if(s[m][i] !=9){ /* Should no more exist */            else if(s[m][i] !=9){ /* Should no more exist */
Line 2048  printf("Total number of individuals= %d, Line 2290  printf("Total number of individuals= %d,
     free_imatrix(outcome,1,maxwav+1,1,n);      free_imatrix(outcome,1,maxwav+1,1,n);
     free_vector(moisnais,1,n);      free_vector(moisnais,1,n);
     free_vector(annais,1,n);      free_vector(annais,1,n);
     free_matrix(mint,1,maxwav,1,n);      /* free_matrix(mint,1,maxwav,1,n);
     free_matrix(anint,1,maxwav,1,n);         free_matrix(anint,1,maxwav,1,n);*/
     free_vector(moisdc,1,n);      free_vector(moisdc,1,n);
     free_vector(andc,1,n);      free_vector(andc,1,n);
   
Line 2063  printf("Total number of individuals= %d, Line 2305  printf("Total number of individuals= %d,
   
   
       Tcode=ivector(1,100);        Tcode=ivector(1,100);
       nbcode=imatrix(1,nvar,1,8);        nbcode=imatrix(0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);
       ncodemax[1]=1;        ncodemax[1]=1;
       if (cptcovn > 0) tricode(Tvar,nbcode,imx);        if (cptcovn > 0) tricode(Tvar,nbcode,imx);
             
Line 2081  printf("Total number of individuals= %d, Line 2323  printf("Total number of individuals= %d,
        }         }
      }       }
    }     }
   
   
    /*for(i=1; i <=m ;i++){  
      for(k=1; k <=cptcovn; k++){  
        printf("i=%d k=%d %d %d",i,k,codtab[i][k], cptcoveff);  
      }  
      printf("\n");  
    }  
    scanf("%d",i);*/  
         
    /* Calculates basic frequencies. Computes observed prevalence at single age     /* Calculates basic frequencies. Computes observed prevalence at single age
        and prints on file fileres'p'. */         and prints on file fileres'p'. */
   freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvar,nbcode, ncodemax);  
   
      
      
     pmmij= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */      pmmij= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     oldms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */      oldms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     newms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */      newms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     savms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */      savms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     oldm=oldms; newm=newms; savm=savms; /* Keeps fixed addresses to free */      oldm=oldms; newm=newms; savm=savms; /* Keeps fixed addresses to free */
           
     /* For Powell, parameters are in a vector p[] starting at p[1]      /* For Powell, parameters are in a vector p[] starting at p[1]
        so we point p on param[1][1] so that p[1] maps on param[1][1][1] */         so we point p on param[1][1] so that p[1] maps on param[1][1][1] */
     p=param[1][1]; /* *(*(*(param +1)+1)+0) */      p=param[1][1]; /* *(*(*(param +1)+1)+0) */
Line 2110  printf("Total number of individuals= %d, Line 2344  printf("Total number of individuals= %d,
     }      }
         
     /*--------- results files --------------*/      /*--------- results files --------------*/
     fprintf(ficres,"\ntitle=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol, stepm, ncov, nlstate, ndeath, maxwav, mle,weightopt,model);      fprintf(ficres,"title=%s datafile=%s lastobs=%d firstpass=%d lastpass=%d\nftol=%e stepm=%d ncov=%d nlstate=%d ndeath=%d maxwav=%d mle=%d weight=%d\nmodel=%s\n", title, datafile, lastobs, firstpass,lastpass,ftol, stepm, ncov, nlstate, ndeath, maxwav, mle,weightopt,model);
       
   
    jk=1;     jk=1;
    fprintf(ficres,"# Parameters\n");     fprintf(ficres,"# Parameters\n");
    printf("# Parameters\n");     printf("# Parameters\n");
Line 2152  printf("Total number of individuals= %d, Line 2387  printf("Total number of individuals= %d,
           fprintf(ficres,"\n");            fprintf(ficres,"\n");
         }          }
       }        }
       }       }
         
     k=1;      k=1;
     fprintf(ficres,"# Covariance\n");      fprintf(ficres,"# Covariance\n");
Line 2188  printf("Total number of individuals= %d, Line 2423  printf("Total number of individuals= %d,
       fage = agemax;        fage = agemax;
     }      }
   
     fprintf(ficres,"# agemin agemax for life expectancy, bage fage (if mle==0 ie no data nor Max likelihood).\n");      fprintf(ficres,"# agemin agemax for life expectancy.\n");
   
     fprintf(ficres,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f\n",agemin,agemax,bage,fage);      fprintf(ficres,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f\n",agemin,agemax,bage,fage);
       fprintf(ficparo,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f\n",agemin,agemax,bage,fage);
    
       while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
       ungetc(c,ficpar);
       fgets(line, MAXLINE, ficpar);
       puts(line);
       fputs(line,ficparo);
     }
     ungetc(c,ficpar);
    
     fscanf(ficpar,"begin-prev-date=%lf/%lf/%lf end-prev-date=%lf/%lf/%lf mob_average=%d\n",&jprev1, &mprev1,&anprev1,&jprev2, &mprev2,&anprev2,&mobilav);
     fprintf(ficparo,"begin-prev-date=%.lf/%.lf/%.lf end-prev-date=%.lf/%.lf/%.lf mob_average=%d\n",jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2,mobilav);
    fprintf(ficres,"begin-prev-date=%.lf/%.lf/%.lf end-prev-date=%.lf/%.lf/%.lf mob_average=%d\n",jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2,mobilav);
        
     while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
       ungetc(c,ficpar);
       fgets(line, MAXLINE, ficpar);
       puts(line);
       fputs(line,ficparo);
     }
     ungetc(c,ficpar);
    
   
         dateprev1=anprev1+mprev1/12.+jprev1/365.;
 /*------------ gnuplot -------------*/     dateprev2=anprev2+mprev2/12.+jprev2/365.;
   
     fscanf(ficpar,"pop_based=%d\n",&popbased);
      fprintf(ficparo,"pop_based=%d\n",popbased);  
      fprintf(ficres,"pop_based=%d\n",popbased);  
   
     while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
       ungetc(c,ficpar);
       fgets(line, MAXLINE, ficpar);
       puts(line);
       fputs(line,ficparo);
     }
     ungetc(c,ficpar);
     fscanf(ficpar,"popforecast=%d popfile=%s starting-proj-date=%lf/%lf/%lf final-proj-date=%lf/%lf/%lf\n",&popforecast,popfile,&jproj1,&mproj1,&anproj1,&jproj2,&mproj2,&anproj2);
   fprintf(ficparo,"popforecast=%d popfile=%s starting-proj-date=%.lf/%.lf/%.lf final-proj-date=%.lf/%.lf/%.lf\n",popforecast,popfile,jproj1,mproj1,anproj1,jproj2,mproj2,anproj2);
   fprintf(ficres,"popforecast=%d popfile=%s starting-proj-date=%.lf/%.lf/%.lf final-proj-date=%.lf/%.lf/%.lf\n",popforecast,popfile,jproj1,mproj1,anproj1,jproj2,mproj2,anproj2);
   
    freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvar,nbcode, ncodemax,mint,anint,dateprev1,dateprev2);
   
    /*------------ gnuplot -------------*/
 chdir(pathcd);  chdir(pathcd);
   if((ficgp=fopen("graph.plt","w"))==NULL) {    if((ficgp=fopen("graph.plt","w"))==NULL) {
     printf("Problem with file graph.gp");goto end;      printf("Problem with file graph.gp");goto end;
Line 2296  fprintf(ficgp,"\nset out \"v%s%d%d.gif\" Line 2573  fprintf(ficgp,"\nset out \"v%s%d%d.gif\"
       fprintf(ficgp,")) t\"prev(%d,%d)\" w l\n",cpt+1,cpt+1);          fprintf(ficgp,")) t\"prev(%d,%d)\" w l\n",cpt+1,cpt+1);  
       fprintf(ficgp,"set out \"p%s%d%d.gif\" \nreplot\n\n",strtok(optionfile, "."),cpt,k1);        fprintf(ficgp,"set out \"p%s%d%d.gif\" \nreplot\n\n",strtok(optionfile, "."),cpt,k1);
     }      }
   }    }  
   
   /* proba elementaires */    /* proba elementaires */
    for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){     for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
Line 2357  ij=1; Line 2634  ij=1;
   fclose(ficgp);    fclose(ficgp);
         
 chdir(path);  chdir(path);
     free_matrix(agev,1,maxwav,1,imx);     
     free_ivector(wav,1,imx);      free_ivector(wav,1,imx);
     free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+1,1,imx);      free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+1,1,imx);
     free_imatrix(mw,1,lastpass-firstpass+1,1,imx);      free_imatrix(mw,1,lastpass-firstpass+1,1,imx);  
      
     free_imatrix(s,1,maxwav+1,1,n);  
      
      
     free_ivector(num,1,n);      free_ivector(num,1,n);
     free_vector(agedc,1,n);      free_vector(agedc,1,n);
     free_vector(weight,1,n);  
     /*free_matrix(covar,1,NCOVMAX,1,n);*/      /*free_matrix(covar,1,NCOVMAX,1,n);*/
     fclose(ficparo);      fclose(ficparo);
     fclose(ficres);      fclose(ficres);
Line 2392  chdir(path); Line 2664  chdir(path);
   fprintf(ficparo,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f\n",agemin,agemax,bage,fage);    fprintf(ficparo,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f\n",agemin,agemax,bage,fage);
 /*--------- index.htm --------*/  /*--------- index.htm --------*/
   
   if((fichtm=fopen("index.htm","w"))==NULL)    {    strcpy(optionfilehtm,optionfile);
     printf("Problem with index.htm \n");goto end;    strcat(optionfilehtm,".htm");
     if((fichtm=fopen(optionfilehtm,"w"))==NULL)    {
       printf("Problem with %s \n",optionfilehtm);goto end;
   }    }
   
  fprintf(fichtm,"<body><ul> Imach, Version 0.64a<hr> <li>Outputs files<br><br>\n   fprintf(fichtm,"<body><ul> <font size=\"6\">Imach, Version 0.7 </font> <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">
   Titre=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=%s<br>
   Total number of observations=%d <br>
   Interval (in months) between two waves: Min=%d Max=%d Mean=%.2lf<br>
   <hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">
   <li>Outputs files<br><br>\n
         - Observed prevalence in each state: <a href=\"p%s\">p%s</a> <br>\n          - Observed prevalence in each state: <a href=\"p%s\">p%s</a> <br>\n
 - Estimated parameters and the covariance matrix: <a href=\"%s\">%s</a> <br>  - Estimated parameters and the covariance matrix: <a href=\"%s\">%s</a> <br>
         - Stationary prevalence in each state: <a href=\"pl%s\">pl%s</a> <br>          - Stationary prevalence in each state: <a href=\"pl%s\">pl%s</a> <br>
Line 2405  chdir(path); Line 2684  chdir(path);
         - Life expectancies by age and initial health status: <a href=\"e%s\">e%s</a> <br>          - Life expectancies by age and initial health status: <a href=\"e%s\">e%s</a> <br>
         - Variances of life expectancies by age and initial health status: <a href=\"v%s\">v%s</a><br>          - Variances of life expectancies by age and initial health status: <a href=\"v%s\">v%s</a><br>
         - Health expectancies with their variances: <a href=\"t%s\">t%s</a> <br>          - Health expectancies with their variances: <a href=\"t%s\">t%s</a> <br>
         - Standard deviation of stationary prevalences: <a href=\"vpl%s\">vpl%s</a> <br><br>",fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres);          - Standard deviation of stationary prevalences: <a href=\"vpl%s\">vpl%s</a> <br>
           - Prevalences and population forecasting: <a href=\"f%s\">f%s</a> <br>
   <br>",title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt,model,imx,jmin,jmax,jmean,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres,fileres);
   
  fprintf(fichtm," <li>Graphs</li>\n<p>");   fprintf(fichtm," <li>Graphs</li><p>");
   
  m=cptcoveff;   m=cptcoveff;
  if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}   if (cptcovn < 1) {m=1;ncodemax[1]=1;}
Line 2417  chdir(path); Line 2698  chdir(path);
    for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){     for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){
        j1++;         j1++;
        if (cptcovn > 0) {         if (cptcovn > 0) {
          fprintf(fichtm,"<hr>************ Results for covariates");           fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");
          for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++)           for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++)
            fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtab[j1][cpt]]);             fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtab[j1][cpt]]);
          fprintf(fichtm," ************\n<hr>");           fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
        }         }
        fprintf(fichtm,"<br>- Probabilities: pe%s%d.gif<br>         fprintf(fichtm,"<br>- Probabilities: pe%s%d.gif<br>
 <img src=\"pe%s%d.gif\">",strtok(optionfile, "."),j1,strtok(optionfile, "."),j1);      <img src=\"pe%s%d.gif\">",strtok(optionfile, "."),j1,strtok(optionfile, "."),j1);    
Line 2490  fclose(fichtm); Line 2771  fclose(fichtm);
       }        }
     }      }
   fclose(ficrespl);    fclose(ficrespl);
   
   /*------------- h Pij x at various ages ------------*/    /*------------- h Pij x at various ages ------------*/
     
   strcpy(filerespij,"pij");  strcat(filerespij,fileres);    strcpy(filerespij,"pij");  strcat(filerespij,fileres);
Line 2499  fclose(fichtm); Line 2781  fclose(fichtm);
   printf("Computing pij: result on file '%s' \n", filerespij);    printf("Computing pij: result on file '%s' \n", filerespij);
     
   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;    stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;
   if (stepm<=24) stepsize=2;    /*if (stepm<=24) stepsize=2;*/
   
   agelim=AGESUP;    agelim=AGESUP;
   hstepm=stepsize*YEARM; /* Every year of age */    hstepm=stepsize*YEARM; /* Every year of age */
Line 2538  fclose(fichtm); Line 2820  fclose(fichtm);
     }      }
   }    }
   
     /* varprob(fileres, matcov, p, delti, nlstate, (int) bage, (int) fage,k);*/
   
   fclose(ficrespij);    fclose(ficrespij);
   
     /*---------- Forecasting ------------------*/
     calagedate=(anproj1+mproj1/12.+jproj1/365.-dateintmean)*YEARM;
   
     prevalence(agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvar,nbcode, ncodemax,mint,anint,dateprev1,dateprev2, calagedate);
   
   
     strcpy(fileresf,"f");
     strcat(fileresf,fileres);
     if((ficresf=fopen(fileresf,"w"))==NULL) {
       printf("Problem with forecast resultfile: %s\n", fileresf);goto end;
     }
     printf("Computing forecasting: result on file '%s' \n", fileresf);
   
     free_matrix(mint,1,maxwav,1,n);
     free_matrix(anint,1,maxwav,1,n);
     free_matrix(agev,1,maxwav,1,imx);
     /* Mobile average */
   
     if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;
   
     if (mobilav==1) {
       mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);
       for (agedeb=bage+3; agedeb<=fage-2; agedeb++)
         for (i=1; i<=nlstate;i++)
           for (cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++)
             mobaverage[(int)agedeb][i][cptcod]=0.;
      
       for (agedeb=bage+4; agedeb<=fage; agedeb++){
         for (i=1; i<=nlstate;i++){
           for (cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){
             for (cpt=0;cpt<=4;cpt++){
               mobaverage[(int)agedeb-2][i][cptcod]=mobaverage[(int)agedeb-2][i][cptcod]+probs[(int)agedeb-cpt][i][cptcod];
             }
             mobaverage[(int)agedeb-2][i][cptcod]=mobaverage[(int)agedeb-2][i][cptcod]/5;
           }
         }
       }  
     }
   
     stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;
     if (stepm<=12) stepsize=1;
   
     agelim=AGESUP;
     /*hstepm=stepsize*YEARM; *//* Every year of age */
     hstepm=1;
     hstepm=hstepm/stepm; /* Typically 2 years, = 2 years/6 months = 4 */
     yp1=modf(dateintmean,&yp);
     anprojmean=yp;
     yp2=modf((yp1*12),&yp);
     mprojmean=yp;
     yp1=modf((yp2*30.5),&yp);
     jprojmean=yp;
     if(jprojmean==0) jprojmean=1;
     if(mprojmean==0) jprojmean=1;
   
     fprintf(ficresf,"# Estimated date of observed prevalence: %.lf/%.lf/%.lf ",jprojmean,mprojmean,anprojmean);
   
     if (popforecast==1) {
       if((ficpop=fopen(popfile,"r"))==NULL)    {
         printf("Problem with population file : %s\n",popfile);goto end;
       }
       popage=ivector(0,AGESUP);
       popeffectif=vector(0,AGESUP);
       popcount=vector(0,AGESUP);
   
       i=1;  
       while ((c=fscanf(ficpop,"%d %lf\n",&popage[i],&popcount[i])) != EOF)
         {
           i=i+1;
         }
       imx=i;
      
       for (i=1; i<imx;i++) popeffectif[popage[i]]=popcount[i];
     }
   
     for(cptcov=1;cptcov<=i1;cptcov++){
       for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){
         k=k+1;
         fprintf(ficresf,"\n#******");
         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
           fprintf(ficresf," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtab[k][j]]);
         }
         fprintf(ficresf,"******\n");
         fprintf(ficresf,"# StartingAge FinalAge");
         for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) fprintf(ficresf," P.%d",j);
         if (popforecast==1)  fprintf(ficresf," [Population]");
    
         for (cpt=0; cpt<=5;cpt++) {
           fprintf(ficresf,"\n");
     fprintf(ficresf,"\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jproj1,mproj1,anproj1+cpt);  
         for (agedeb=(fage-((int)calagedate %12/12.)); agedeb>=(bage-((int)calagedate %12)/12.); agedeb--){ /* If stepm=6 months */
           nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm);
           nhstepm = nhstepm/hstepm;
           /*printf("agedeb=%.lf stepm=%d hstepm=%d nhstepm=%d \n",agedeb,stepm,hstepm,nhstepm);*/
   
           p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
           oldm=oldms;savm=savms;
           hpxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);  
                  
           for (h=0; h<=nhstepm; h++){
             if (h==(int) (calagedate+YEARM*cpt)) {
               fprintf(ficresf,"\n %.f ",agedeb+h*hstepm/YEARM*stepm);
             }
             for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) {
               kk1=0.;kk2=0;
               for(i=1; i<=nlstate;i++) {        
                 if (mobilav==1)
                   kk1=kk1+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agedeb+1][i][cptcod];
                 else {
                   kk1=kk1+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agedeb+1)][i][cptcod];
                   /* fprintf(ficresf," p3=%.3f p=%.3f ", p3mat[i][j][h], probs[(int)(agedeb)+1][i][cptcod]);*/
                 }
   
                 if (popforecast==1) kk2=kk1*popeffectif[(int)agedeb];
               }
            
               if (h==(int)(calagedate+12*cpt)){
                 fprintf(ficresf," %.3f", kk1);
                
                 if (popforecast==1) fprintf(ficresf," [%.f]", kk2);
               }
             }
           }
           free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
         }
         }
       }
     }
     if (mobilav==1) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);
     if (popforecast==1) {
       free_ivector(popage,0,AGESUP);
       free_vector(popeffectif,0,AGESUP);
       free_vector(popcount,0,AGESUP);
     }
     free_imatrix(s,1,maxwav+1,1,n);
     free_vector(weight,1,n);
     fclose(ficresf);
   /*---------- Health expectancies and variances ------------*/    /*---------- Health expectancies and variances ------------*/
   
   strcpy(filerest,"t");    strcpy(filerest,"t");
Line 2599  fclose(fichtm); Line 3020  fclose(fichtm);
       epj=vector(1,nlstate+1);        epj=vector(1,nlstate+1);
       for(age=bage; age <=fage ;age++){        for(age=bage; age <=fage ;age++){
         prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm,ftolpl,k);          prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm,ftolpl,k);
           if (popbased==1) {
             for(i=1; i<=nlstate;i++)
               prlim[i][i]=probs[(int)age][i][k];
           }
          
         fprintf(ficrest," %.0f",age);          fprintf(ficrest," %.0f",age);
         for(j=1, epj[nlstate+1]=0.;j <=nlstate;j++){          for(j=1, epj[nlstate+1]=0.;j <=nlstate;j++){
           for(i=1, epj[j]=0.;i <=nlstate;i++) {            for(i=1, epj[j]=0.;i <=nlstate;i++) {
Line 2618  fclose(fichtm); Line 3044  fclose(fichtm);
     }      }
   }    }
                 
          
   
   
  fclose(ficreseij);   fclose(ficreseij);
  fclose(ficresvij);   fclose(ficresvij);
   fclose(ficrest);    fclose(ficrest);
Line 2663  strcpy(fileresvpl,"vpl"); Line 3092  strcpy(fileresvpl,"vpl");
   free_matrix(oldms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);    free_matrix(oldms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
   free_matrix(newms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);    free_matrix(newms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
   free_matrix(savms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);    free_matrix(savms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
     
   free_matrix(matcov,1,npar,1,npar);    free_matrix(matcov,1,npar,1,npar);
   free_vector(delti,1,npar);    free_vector(delti,1,npar);
     
Line 2676  strcpy(fileresvpl,"vpl"); Line 3105  strcpy(fileresvpl,"vpl");
   /*printf("Total time was %d uSec.\n", total_usecs);*/    /*printf("Total time was %d uSec.\n", total_usecs);*/
   /*------ End -----------*/    /*------ End -----------*/
   
   
  end:   end:
 #ifdef windows  #ifdef windows
  chdir(pathcd);   chdir(pathcd);
 #endif  #endif
  system("wgnuplot graph.plt");   
    system("..\\gp37mgw\\wgnuplot graph.plt");
   
 #ifdef windows  #ifdef windows
   while (z[0] != 'q') {    while (z[0] != 'q') {
Line 2690  strcpy(fileresvpl,"vpl"); Line 3121  strcpy(fileresvpl,"vpl");
     if (z[0] == 'c') system("./imach");      if (z[0] == 'c') system("./imach");
     else if (z[0] == 'e') {      else if (z[0] == 'e') {
       chdir(path);        chdir(path);
       system("index.htm");        system(optionfilehtm);
     }      }
     else if (z[0] == 'q') exit(0);      else if (z[0] == 'q') exit(0);
   }    }
Removed from v.1.7  
changed lines
  Added in v.1.20

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>