[BACK]Return to imach.c CVS log [TXT] [DIR] Up to [Local Repository] / imach / src

Diff for /imach/src/imach.c between versions 1.217 and 1.221

version 1.217, 2015/12/23 17:18:31 version 1.221, 2016/02/15 23:35:36
Line 1 Line 1
 /* $Id$  /* $Id$
   $State$    $State$
   $Log$    $Log$
     Revision 1.221  2016/02/15 23:35:36  brouard
     Summary: minor bug
   
     Revision 1.219  2016/02/15 00:48:12  brouard
     *** empty log message ***
   
     Revision 1.218  2016/02/12 11:29:23  brouard
     Summary: 0.99 Back projections
   
   Revision 1.217  2015/12/23 17:18:31  brouard    Revision 1.217  2015/12/23 17:18:31  brouard
   Summary: Experimental backcast    Summary: Experimental backcast
   
Line 651 Line 660
   hPijx.    hPijx.
   
   Also this programme outputs the covariance matrix of the parameters but also    Also this programme outputs the covariance matrix of the parameters but also
   of the life expectancies. It also computes the period (stable) prevalence.     of the life expectancies. It also computes the period (stable) prevalence.
     
   Back prevalence and projections:
    - back_prevalence_limit(double *p, double **bprlim, double ageminpar, double agemaxpar, double ftolpl, int *ncvyearp, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass, int mobilavproj)
       Computes the back prevalence limit  for any combination     of covariate values k
       at any age between ageminpar and agemaxpar and returns it in **bprlim. In the loops,
      - **bprevalim(**bprlim, ***mobaverage, nlstate, *p, age, **oldm, **savm, **dnewm, **doldm, **dsavm, ftolpl, ncvyearp, k);
    - hBijx Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x
      Computes for any combination of covariates k and any age between bage and fage 
      p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
                           oldm=oldms;savm=savms;
            - hbxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);
        Computes the transition matrix starting at age 'age' over
        'nhstepm*hstepm*stepm' months (i.e. until
        age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying
        nhstepm*hstepm matrices. Returns p3mat[i][j][h] after calling 
        p3mat[i][j][h]=matprod2(newm, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent, dnewm, doldm, dsavm,ij),\
                                                                            1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);
   
   Authors: Nicolas Brouard (brouard@ined.fr) and Agnès Lièvre (lievre@ined.fr).    Authors: Nicolas Brouard (brouard@ined.fr) and Agnès Lièvre (lievre@ined.fr).
            Institut national d'études démographiques, Paris.             Institut national d'études démographiques, Paris.
   This software have been partly granted by Euro-REVES, a concerted action    This software have been partly granted by Euro-REVES, a concerted action
Line 713 Line 739
 /* #define DEBUGLINMIN */  /* #define DEBUGLINMIN */
 /* #define DEBUGHESS */  /* #define DEBUGHESS */
 #define DEBUGHESSIJ  #define DEBUGHESSIJ
 /* #define LINMINORIGINAL  /\* Don't use loop on scale in linmin (accepting nan)*\/ */  #define LINMINORIGINAL  /* Don't use loop on scale in linmin (accepting nan)*/
 #define POWELL /* Instead of NLOPT */  #define POWELL /* Instead of NLOPT */
 #define POWELLF1F3 /* Skip test */  #define POWELLF1F3 /* Skip test */
 /* #define POWELLORIGINAL /\* Don't use Directest to decide new direction but original Powell test *\/ */  /* #define POWELLORIGINAL /\* Don't use Directest to decide new direction but original Powell test *\/ */
Line 789  typedef struct { Line 815  typedef struct {
 #define decodtabm(h,k,cptcoveff) (((h-1) >> (k-1)) & 1) +1   #define decodtabm(h,k,cptcoveff) (((h-1) >> (k-1)) & 1) +1 
 #define MAXN 20000  #define MAXN 20000
 #define YEARM 12. /**< Number of months per year */  #define YEARM 12. /**< Number of months per year */
 #define AGESUP 130  /* #define AGESUP 130 */
   #define AGESUP 150
   #define AGEMARGE 25 /* Marge for agemin and agemax for(iage=agemin-AGEMARGE; iage <= agemax+3+AGEMARGE; iage++) */
 #define AGEBASE 40  #define AGEBASE 40
 #define AGEOVERFLOW 1.e20  #define AGEOVERFLOW 1.e20
 #define AGEGOMP 10 /**< Minimal age for Gompertz adjustment */  #define AGEGOMP 10 /**< Minimal age for Gompertz adjustment */
Line 821  int cptcovage=0; /**< Number of covariat Line 849  int cptcovage=0; /**< Number of covariat
 int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */     int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */   
 int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results */  int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results */
 int cptcov=0; /* Working variable */  int cptcov=0; /* Working variable */
   int ncovcombmax=NCOVMAX; /* Maximum calculated number of covariate combination = pow(2, cptcoveff) */
 int npar=NPARMAX;  int npar=NPARMAX;
 int nlstate=2; /* Number of live states */  int nlstate=2; /* Number of live states */
 int ndeath=1; /* Number of dead states */  int ndeath=1; /* Number of dead states */
Line 843  double jmean=1; /* Mean space between 2 Line 872  double jmean=1; /* Mean space between 2
 double **matprod2(); /* test */  double **matprod2(); /* test */
 double **oldm, **newm, **savm; /* Working pointers to matrices */  double **oldm, **newm, **savm; /* Working pointers to matrices */
 double **oldms, **newms, **savms; /* Fixed working pointers to matrices */  double **oldms, **newms, **savms; /* Fixed working pointers to matrices */
   double   **ddnewms, **ddoldms, **ddsavms; /* for freeing later */
   
 /*FILE *fic ; */ /* Used in readdata only */  /*FILE *fic ; */ /* Used in readdata only */
 FILE *ficpar, *ficparo,*ficres, *ficresp, *ficresphtm, *ficresphtmfr, *ficrespl, *ficresplb,*ficrespij, *ficrespijb, *ficrest,*ficresf, *ficresfb,*ficrespop;  FILE *ficpar, *ficparo,*ficres, *ficresp, *ficresphtm, *ficresphtmfr, *ficrespl, *ficresplb,*ficrespij, *ficrespijb, *ficrest,*ficresf, *ficresfb,*ficrespop;
 FILE *ficlog, *ficrespow;  FILE *ficlog, *ficrespow;
Line 950  int *ncodemaxwundef;  /* ncodemax[j]= Nu Line 981  int *ncodemaxwundef;  /* ncodemax[j]= Nu
                              covariate for which somebody answered including                                covariate for which somebody answered including 
                              undefined. Usually 3: -1, 0 and 1. */                               undefined. Usually 3: -1, 0 and 1. */
 double **agev,*moisnais, *annais, *moisdc, *andc,**mint, **anint;  double **agev,*moisnais, *annais, *moisdc, *andc,**mint, **anint;
 double **pmmij, ***probs;  double **pmmij, ***probs; /* Global pointer */
   double ***mobaverage, ***mobaverages; /* New global variable */
 double *ageexmed,*agecens;  double *ageexmed,*agecens;
 double dateintmean=0;  double dateintmean=0;
   
Line 965  int **nbcode, *Tvar; /**< model=V2 => Tv Line 997  int **nbcode, *Tvar; /**< model=V2 => Tv
 int *Tage;  int *Tage;
 int *Ndum; /** Freq of modality (tricode */  int *Ndum; /** Freq of modality (tricode */
 /* int **codtab;*/ /**< codtab=imatrix(1,100,1,10); */  /* int **codtab;*/ /**< codtab=imatrix(1,100,1,10); */
 int **Tvard, *Tprod, cptcovprod, *Tvaraff;  int **Tvard, *Tprod, cptcovprod, *Tvaraff, *invalidvarcomb;
 double *lsurv, *lpop, *tpop;  double *lsurv, *lpop, *tpop;
   
 double ftol=FTOL; /**< Tolerance for computing Max Likelihood */  double ftol=FTOL; /**< Tolerance for computing Max Likelihood */
Line 2033  void powell(double p[], double **xi, int Line 2065  void powell(double p[], double **xi, int
   
 double **prevalim(double **prlim, int nlstate, double x[], double age, double **oldm, double **savm, double ftolpl, int *ncvyear, int ij)  double **prevalim(double **prlim, int nlstate, double x[], double age, double **oldm, double **savm, double ftolpl, int *ncvyear, int ij)
 {  {
   /* Computes the prevalence limit in each live state at age x by left multiplying the unit    /* Computes the prevalence limit in each live state at age x and for covariate ij by left multiplying the unit
      matrix by transitions matrix until convergence is reached with precision ftolpl */       matrix by transitions matrix until convergence is reached with precision ftolpl */
   /* Wx= Wx-1 Px-1= Wx-2 Px-2 Px-1  = Wx-n Px-n ... Px-2 Px-1 I */    /* Wx= Wx-1 Px-1= Wx-2 Px-2 Px-1  = Wx-n Px-n ... Px-2 Px-1 I */
   /* Wx is row vector: population in state 1, population in state 2, population dead */    /* Wx is row vector: population in state 1, population in state 2, population dead */
Line 2056  double **prevalim(double **prlim, int nl Line 2088  double **prevalim(double **prlim, int nl
   int i, ii,j,k;    int i, ii,j,k;
   double *min, *max, *meandiff, maxmax,sumnew=0.;    double *min, *max, *meandiff, maxmax,sumnew=0.;
   /* double **matprod2(); */ /* test */    /* double **matprod2(); */ /* test */
   double **out, cov[NCOVMAX+1], **pmij();    double **out, cov[NCOVMAX+1], **pmij(); /* **pmmij is a global variable feeded with oldms etc */
   double **newm;    double **newm;
   double agefin, delaymax=200. ; /* 100 Max number of years to converge */    double agefin, delaymax=200. ; /* 100 Max number of years to converge */
   int ncvloop=0;    int ncvloop=0;
Line 2065  double **prevalim(double **prlim, int nl Line 2097  double **prevalim(double **prlim, int nl
   max=vector(1,nlstate);    max=vector(1,nlstate);
   meandiff=vector(1,nlstate);    meandiff=vector(1,nlstate);
   
           /* Starting with matrix unity */
   for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)    for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
     for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){      for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
       oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);        oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
Line 2083  double **prevalim(double **prlim, int nl Line 2116  double **prevalim(double **prlim, int nl
       cov[3]= agefin*agefin;;        cov[3]= agefin*agefin;;
     for (k=1; k<=cptcovn;k++) {      for (k=1; k<=cptcovn;k++) {
       /* cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])]; */        /* cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])]; */
                           /* Here comes the value of the covariate 'ij' */
       cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,k)];        cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,k)];
       /* printf("prevalim ij=%d k=%d Tvar[%d]=%d nbcode=%d cov=%lf codtabm(%d,Tvar[%d])=%d \n",ij,k, k, Tvar[k],nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])],cov[2+k], ij, k, codtabm(ij,Tvar[k])]); */        /* printf("prevalim ij=%d k=%d Tvar[%d]=%d nbcode=%d cov=%lf codtabm(%d,Tvar[%d])=%d \n",ij,k, k, Tvar[k],nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])],cov[2+k], ij, k, codtabm(ij,Tvar[k])]); */
     }      }
Line 2098  double **prevalim(double **prlim, int nl Line 2132  double **prevalim(double **prlim, int nl
     /*printf("ij=%d cov[3]=%lf \n",ij, cov[3]);*/      /*printf("ij=%d cov[3]=%lf \n",ij, cov[3]);*/
     /* savm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate); */      /* savm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate); */
     /* out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm); /\* Bug Valgrind *\/ */      /* out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm); /\* Bug Valgrind *\/ */
                   /* age and covariate values of ij are in 'cov' */
     out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm); /* Bug Valgrind */      out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm); /* Bug Valgrind */
           
     savm=oldm;      savm=oldm;
Line 2147  Earliest age to start was %d-%d=%d, ncvl Line 2182  Earliest age to start was %d-%d=%d, ncvl
   
  /**** Back Prevalence limit (stable or period prevalence)  ****************/   /**** Back Prevalence limit (stable or period prevalence)  ****************/
   
 double **bprevalim(double **bprlim, int nlstate, double x[], double age, double **oldm, double **savm, double ftolpl, int *ncvyear, int ij)   /* double **bprevalim(double **bprlim, double ***prevacurrent, int nlstate, double x[], double age, double ageminpar, double agemaxpar, double **oldm, double **savm, double **dnewm, double **doldm, double **dsavm, double ftolpl, int *ncvyear, int ij) */
    /* double **bprevalim(double **bprlim, double ***prevacurrent, int nlstate, double x[], double age, double **oldm, double **savm, double **dnewm, double **doldm, double **dsavm, double ftolpl, int *ncvyear, int ij) */
    double **bprevalim(double **bprlim, double ***prevacurrent, int nlstate, double x[], double age, double ftolpl, int *ncvyear, int ij)
 {  {
   /* Computes the prevalence limit in each live state at age x by left multiplying the unit    /* Computes the prevalence limit in each live state at age x and covariate ij by left multiplying the unit
      matrix by transitions matrix until convergence is reached with precision ftolpl */       matrix by transitions matrix until convergence is reached with precision ftolpl */
   /* Wx= Wx-1 Px-1= Wx-2 Px-2 Px-1  = Wx-n Px-n ... Px-2 Px-1 I */    /* Wx= Wx-1 Px-1= Wx-2 Px-2 Px-1  = Wx-n Px-n ... Px-2 Px-1 I */
   /* Wx is row vector: population in state 1, population in state 2, population dead */    /* Wx is row vector: population in state 1, population in state 2, population dead */
Line 2174  double **bprevalim(double **bprlim, int Line 2211  double **bprevalim(double **bprlim, int
   /* double **matprod2(); */ /* test */    /* double **matprod2(); */ /* test */
   double **out, cov[NCOVMAX+1], **bmij();    double **out, cov[NCOVMAX+1], **bmij();
   double **newm;    double **newm;
     double         **dnewm, **doldm, **dsavm;  /* for use */
     double         **oldm, **savm;  /* for use */
   
   double agefin, delaymax=200. ; /* 100 Max number of years to converge */    double agefin, delaymax=200. ; /* 100 Max number of years to converge */
   int ncvloop=0;    int ncvloop=0;
       
Line 2181  double **bprevalim(double **bprlim, int Line 2221  double **bprevalim(double **bprlim, int
   max=vector(1,nlstate);    max=vector(1,nlstate);
   meandiff=vector(1,nlstate);    meandiff=vector(1,nlstate);
   
   for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)          dnewm=ddnewms; doldm=ddoldms; dsavm=ddsavms;
     for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){          oldm=oldms; savm=savms;
   
           /* Starting with matrix unity */
           for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++)
                   for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
       oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);        oldm[ii][j]=(ii==j ? 1.0 : 0.0);
     }      }
       
Line 2190  double **bprevalim(double **bprlim, int Line 2234  double **bprevalim(double **bprlim, int
       
   /* Even if hstepm = 1, at least one multiplication by the unit matrix */    /* Even if hstepm = 1, at least one multiplication by the unit matrix */
   /* Start at agefin= age, computes the matrix of passage and loops decreasing agefin until convergence is reached */    /* Start at agefin= age, computes the matrix of passage and loops decreasing agefin until convergence is reached */
   for(agefin=age+stepm/YEARM; agefin<=age+delaymax; agefin=agefin+stepm/YEARM){    /* for(agefin=age+stepm/YEARM; agefin<=age+delaymax; agefin=agefin+stepm/YEARM){ /\* A changer en age *\/ */
     for(agefin=age; agefin<AGESUP; agefin=agefin+stepm/YEARM){ /* A changer en age */
     ncvloop++;      ncvloop++;
     newm=savm;      newm=savm; /* oldm should be kept from previous iteration or unity at start */
                   /* newm points to the allocated table savm passed by the function it can be written, savm could be reallocated */
     /* Covariates have to be included here again */      /* Covariates have to be included here again */
     cov[2]=agefin;      cov[2]=agefin;
     if(nagesqr==1)      if(nagesqr==1)
Line 2214  double **bprevalim(double **bprlim, int Line 2260  double **bprevalim(double **bprlim, int
     /*printf("ij=%d cov[3]=%lf \n",ij, cov[3]);*/      /*printf("ij=%d cov[3]=%lf \n",ij, cov[3]);*/
     /* savm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate); */      /* savm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate); */
     /* out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm); /\* Bug Valgrind *\/ */      /* out=matprod2(newm, pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm); /\* Bug Valgrind *\/ */
     out=matprod2(newm, oldm ,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate)); /* Bug Valgrind */                  /* ij should be linked to the correct index of cov */
                       /* age and covariate values ij are in 'cov', but we need to pass
                    * ij for the observed prevalence at age and status and covariate
                    * number:  prevacurrent[(int)agefin][ii][ij]
                    */
       /* out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent, ageminpar, agemaxpar, dnewm, doldm, dsavm,ij)); /\* Bug Valgrind *\/ */
       /* out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent, dnewm, doldm, dsavm,ij)); /\* Bug Valgrind *\/ */
       out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent,ij)); /* Bug Valgrind */
     savm=oldm;      savm=oldm;
     oldm=newm;      oldm=newm;
   
     for(j=1; j<=nlstate; j++){      for(j=1; j<=nlstate; j++){
       max[j]=0.;        max[j]=0.;
       min[j]=1.;        min[j]=1.;
     }      }
       /* sumnew=0; */  
       /* for(k=1; k<=ndeath; k++) sumnew+=newm[i][nlstate+k]; */  
     for(j=1; j<=nlstate; j++){       for(j=1; j<=nlstate; j++){ 
       for(i=1;i<=nlstate;i++){        for(i=1;i<=nlstate;i++){
         /* bprlim[i][j]= newm[i][j]/(1-sumnew); */                                  /* bprlim[i][j]= newm[i][j]/(1-sumnew); */
         bprlim[i][j]= newm[i][j];                                  bprlim[i][j]= newm[i][j];
         max[i]=FMAX(max[i],bprlim[i][j]);                                  max[i]=FMAX(max[i],bprlim[i][j]); /* Max in line */
         min[i]=FMIN(min[i],bprlim[i][j]);                                  min[i]=FMIN(min[i],bprlim[i][j]);
       }        }
     }      }
                   
     maxmax=0.;      maxmax=0.;
     for(i=1; i<=nlstate; i++){      for(i=1; i<=nlstate; i++){
       meandiff[i]=(max[i]-min[i])/(max[i]+min[i])*2.; /* mean difference for each column */        meandiff[i]=(max[i]-min[i])/(max[i]+min[i])*2.; /* mean difference for each column */
Line 2241  double **bprevalim(double **bprlim, int Line 2290  double **bprevalim(double **bprlim, int
       /* printf("Back age= %d meandiff[%d]=%f, agefin=%d max[%d]=%f min[%d]=%f maxmax=%f\n", (int)age, i, meandiff[i],(int)agefin, i, max[i], i, min[i],maxmax); */        /* printf("Back age= %d meandiff[%d]=%f, agefin=%d max[%d]=%f min[%d]=%f maxmax=%f\n", (int)age, i, meandiff[i],(int)agefin, i, max[i], i, min[i],maxmax); */
     } /* j loop */      } /* j loop */
     *ncvyear= -( (int)age- (int)agefin);      *ncvyear= -( (int)age- (int)agefin);
     /* printf("Back maxmax=%lf ncvloop=%d, age=%d, agefin=%d ncvyear=%d \n", maxmax, ncvloop, (int)age, (int)agefin, *ncvyear); */      /* printf("Back maxmax=%lf ncvloop=%d, age=%d, agefin=%d ncvyear=%d \n", maxmax, ncvloop, (int)age, (int)agefin, *ncvyear);*/
     if(maxmax < ftolpl){      if(maxmax < ftolpl){
       printf("OK Back maxmax=%lf ncvloop=%d, age=%d, agefin=%d ncvyear=%d \n", maxmax, ncvloop, (int)age, (int)agefin, *ncvyear);        /* printf("OK Back maxmax=%lf ncvloop=%d, age=%d, agefin=%d ncvyear=%d \n", maxmax, ncvloop, (int)age, (int)agefin, *ncvyear); */
       free_vector(min,1,nlstate);        free_vector(min,1,nlstate);
       free_vector(max,1,nlstate);        free_vector(max,1,nlstate);
       free_vector(meandiff,1,nlstate);        free_vector(meandiff,1,nlstate);
Line 2282  double **pmij(double **ps, double *cov, Line 2331  double **pmij(double **ps, double *cov,
   /*double t34;*/    /*double t34;*/
   int i,j, nc, ii, jj;    int i,j, nc, ii, jj;
   
     for(i=1; i<= nlstate; i++){          for(i=1; i<= nlstate; i++){
       for(j=1; j<i;j++){                  for(j=1; j<i;j++){
         for (nc=1, lnpijopii=0.;nc <=ncovmodel; nc++){                          for (nc=1, lnpijopii=0.;nc <=ncovmodel; nc++){
           /*lnpijopii += param[i][j][nc]*cov[nc];*/                                  /*lnpijopii += param[i][j][nc]*cov[nc];*/
           lnpijopii += x[nc+((i-1)*(nlstate+ndeath-1)+j-1)*ncovmodel]*cov[nc];                                  lnpijopii += x[nc+((i-1)*(nlstate+ndeath-1)+j-1)*ncovmodel]*cov[nc];
 /*       printf("Int j<i s1=%.17e, lnpijopii=%.17e\n",s1,lnpijopii); */                                  /*       printf("Int j<i s1=%.17e, lnpijopii=%.17e\n",s1,lnpijopii); */
                           }
                           ps[i][j]=lnpijopii; /* In fact ln(pij/pii) */
                           /*      printf("s1=%.17e, lnpijopii=%.17e\n",s1,lnpijopii); */
                   }
                   for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath;j++){
                           for (nc=1, lnpijopii=0.;nc <=ncovmodel; nc++){
                                   /*lnpijopii += x[(i-1)*nlstate*ncovmodel+(j-2)*ncovmodel+nc+(i-1)*(ndeath-1)*ncovmodel]*cov[nc];*/
                                   lnpijopii += x[nc + ((i-1)*(nlstate+ndeath-1)+(j-2))*ncovmodel]*cov[nc];
                                   /*        printf("Int j>i s1=%.17e, lnpijopii=%.17e %lx %lx\n",s1,lnpijopii,s1,lnpijopii); */
                           }
                           ps[i][j]=lnpijopii; /* In fact ln(pij/pii) */
                   }
         }          }
         ps[i][j]=lnpijopii; /* In fact ln(pij/pii) */    
 /*      printf("s1=%.17e, lnpijopii=%.17e\n",s1,lnpijopii); */          for(i=1; i<= nlstate; i++){
       }                  s1=0;
       for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath;j++){                  for(j=1; j<i; j++){
         for (nc=1, lnpijopii=0.;nc <=ncovmodel; nc++){                          s1+=exp(ps[i][j]); /* In fact sums pij/pii */
           /*lnpijopii += x[(i-1)*nlstate*ncovmodel+(j-2)*ncovmodel+nc+(i-1)*(ndeath-1)*ncovmodel]*cov[nc];*/                          /*printf("debug1 %d %d ps=%lf exp(ps)=%lf s1+=%lf\n",i,j,ps[i][j],exp(ps[i][j]),s1); */
           lnpijopii += x[nc + ((i-1)*(nlstate+ndeath-1)+(j-2))*ncovmodel]*cov[nc];                  }
 /*        printf("Int j>i s1=%.17e, lnpijopii=%.17e %lx %lx\n",s1,lnpijopii,s1,lnpijopii); */                  for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath; j++){
                           s1+=exp(ps[i][j]); /* In fact sums pij/pii */
                           /*printf("debug2 %d %d ps=%lf exp(ps)=%lf s1+=%lf\n",i,j,ps[i][j],exp(ps[i][j]),s1); */
                   }
                   /* s1= sum_{j<>i} pij/pii=(1-pii)/pii and thus pii is known from s1 */
                   ps[i][i]=1./(s1+1.);
                   /* Computing other pijs */
                   for(j=1; j<i; j++)
                           ps[i][j]= exp(ps[i][j])*ps[i][i];
                   for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath; j++)
                           ps[i][j]= exp(ps[i][j])*ps[i][i];
                   /* ps[i][nlstate+1]=1.-s1- ps[i][i];*/ /* Sum should be 1 */
           } /* end i */
     
           for(ii=nlstate+1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){
                   for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){
                           ps[ii][jj]=0;
                           ps[ii][ii]=1;
                   }
         }          }
         ps[i][j]=lnpijopii; /* In fact ln(pij/pii) */    
       }    
     }          /* for(ii=1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){ */
               /*   for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){ */
     for(i=1; i<= nlstate; i++){          /*      printf(" pmij  ps[%d][%d]=%lf ",ii,jj,ps[ii][jj]); */
       s1=0;          /*   } */
       for(j=1; j<i; j++){          /*   printf("\n "); */
         s1+=exp(ps[i][j]); /* In fact sums pij/pii */          /* } */
         /*printf("debug1 %d %d ps=%lf exp(ps)=%lf s1+=%lf\n",i,j,ps[i][j],exp(ps[i][j]),s1); */          /* printf("\n ");printf("%lf ",cov[2]);*/
       }          /*
       for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath; j++){                  for(i=1; i<= npar; i++) printf("%f ",x[i]);
         s1+=exp(ps[i][j]); /* In fact sums pij/pii */                  goto end;*/
         /*printf("debug2 %d %d ps=%lf exp(ps)=%lf s1+=%lf\n",i,j,ps[i][j],exp(ps[i][j]),s1); */          return ps;
       }  
       /* s1= sum_{j<>i} pij/pii=(1-pii)/pii and thus pii is known from s1 */  
       ps[i][i]=1./(s1+1.);  
       /* Computing other pijs */  
       for(j=1; j<i; j++)  
         ps[i][j]= exp(ps[i][j])*ps[i][i];  
       for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath; j++)  
         ps[i][j]= exp(ps[i][j])*ps[i][i];  
       /* ps[i][nlstate+1]=1.-s1- ps[i][i];*/ /* Sum should be 1 */  
     } /* end i */  
       
     for(ii=nlstate+1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){  
       for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){  
         ps[ii][jj]=0;  
         ps[ii][ii]=1;  
       }  
     }  
       
       
     /* for(ii=1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){ */  
     /*   for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){ */  
     /*  printf(" pmij  ps[%d][%d]=%lf ",ii,jj,ps[ii][jj]); */  
     /*   } */  
     /*   printf("\n "); */  
     /* } */  
     /* printf("\n ");printf("%lf ",cov[2]);*/  
     /*  
       for(i=1; i<= npar; i++) printf("%f ",x[i]);  
       goto end;*/  
     return ps;  
 }  }
   
   /*************** backward transition probabilities ***************/ 
   
    /* double **bmij(double **ps, double *cov, int ncovmodel, double *x, int nlstate,  double ***prevacurrent, double ageminpar, double agemaxpar, double ***dnewm, double **doldm, double **dsavm, int ij ) */
   /* double **bmij(double **ps, double *cov, int ncovmodel, double *x, int nlstate,  double ***prevacurrent, double ***dnewm, double **doldm, double **dsavm, int ij ) */
    double **bmij(double **ps, double *cov, int ncovmodel, double *x, int nlstate,  double ***prevacurrent, int ij )
   {
           /* Computes the backward probability at age agefin and covariate ij
            * and returns in **ps as well as **bmij.
            */
     int i, ii, j,k;
   
           double **out, **pmij();
           double sumnew=0.;
     double agefin;
   
           double **dnewm, **dsavm, **doldm;
           double **bbmij;
   
     doldm=ddoldms; /* global pointers */
           dnewm=ddnewms;
           dsavm=ddsavms;
   
           agefin=cov[2];
           /* bmij *//* age is cov[2], ij is included in cov, but we need for
                    the observed prevalence (with this covariate ij) */
           dsavm=pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate);
           /* We do have the matrix Px in savm  and we need pij */
           for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                   sumnew=0.; /* w1 p11 + w2 p21 only on live states */
                   for (ii=1;ii<=nlstate;ii++){
                           sumnew+=dsavm[ii][j]*prevacurrent[(int)agefin][ii][ij];
                   } /* sumnew is (N11+N21)/N..= N.1/N.. = sum on i of w_i pij */
                   for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++){
                           if(sumnew >= 1.e-10){
                                   /* if(agefin >= agemaxpar && agefin <= agemaxpar+stepm/YEARM){ */
                                   /*      doldm[ii][j]=(ii==j ? 1./sumnew : 0.0); */
                                   /* }else if(agefin >= agemaxpar+stepm/YEARM){ */
                                   /*      doldm[ii][j]=(ii==j ? 1./sumnew : 0.0); */
                                   /* }else */
                                           doldm[ii][j]=(ii==j ? 1./sumnew : 0.0);
                           }else{
                                   printf("ii=%d, i=%d, doldm=%lf dsavm=%lf, probs=%lf, sumnew=%lf,agefin=%d\n",ii,j,doldm[ii][j],dsavm[ii][j],prevacurrent[(int)agefin][ii][ij],sumnew, (int)agefin);
                           }
                   } /*End ii */
           } /* End j, At the end doldm is diag[1/(w_1p1i+w_2 p2i)] */
                   /* left Product of this diag matrix by dsavm=Px (newm=dsavm*doldm) */
           bbmij=matprod2(dnewm, dsavm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, doldm); /* Bug Valgrind */
           /* dsavm=doldm; /\* dsavm is now diag [1/(w_1p1i+w_2 p2i)] but can be overwritten*\/ */
           /* doldm=dnewm; /\* doldm is now Px * diag [1/(w_1p1i+w_2 p2i)] *\/ */
           /* dnewm=dsavm; /\* doldm is now Px * diag [1/(w_1p1i+w_2 p2i)] *\/ */
           /* left Product of this matrix by diag matrix of prevalences (savm) */
           for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
                   for (ii=1;ii<=nlstate+ndeath;ii++){
                           dsavm[ii][j]=(ii==j ? prevacurrent[(int)agefin][ii][ij] : 0.0);
                   }
           } /* End j, At the end oldm is diag[1/(w_1p1i+w_2 p2i)] */
           ps=matprod2(doldm, dsavm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, dnewm); /* Bug Valgrind */
           /* newm or out is now diag[w_i] * Px * diag [1/(w_1p1i+w_2 p2i)] */
           /* end bmij */
           return ps; 
   }
 /*************** transition probabilities ***************/   /*************** transition probabilities ***************/ 
   
 double **bmij(double **ps, double *cov, int ncovmodel, double *x, int nlstate )  double **bpmij(double **ps, double *cov, int ncovmodel, double *x, int nlstate )
 {  {
   /* According to parameters values stored in x and the covariate's values stored in cov,    /* According to parameters values stored in x and the covariate's values stored in cov,
      computes the probability to be observed in state j being in state i by appying the       computes the probability to be observed in state j being in state i by appying the
Line 2364  double **bmij(double **ps, double *cov, Line 2474  double **bmij(double **ps, double *cov,
   /*double t34;*/    /*double t34;*/
   int i,j, nc, ii, jj;    int i,j, nc, ii, jj;
   
     for(i=1; i<= nlstate; i++){          for(i=1; i<= nlstate; i++){
       for(j=1; j<i;j++){                  for(j=1; j<i;j++){
         for (nc=1, lnpijopii=0.;nc <=ncovmodel; nc++){                          for (nc=1, lnpijopii=0.;nc <=ncovmodel; nc++){
           /*lnpijopii += param[i][j][nc]*cov[nc];*/                                  /*lnpijopii += param[i][j][nc]*cov[nc];*/
           lnpijopii += x[nc+((i-1)*(nlstate+ndeath-1)+j-1)*ncovmodel]*cov[nc];                                  lnpijopii += x[nc+((i-1)*(nlstate+ndeath-1)+j-1)*ncovmodel]*cov[nc];
 /*       printf("Int j<i s1=%.17e, lnpijopii=%.17e\n",s1,lnpijopii); */                                  /*       printf("Int j<i s1=%.17e, lnpijopii=%.17e\n",s1,lnpijopii); */
                           }
                           ps[i][j]=lnpijopii; /* In fact ln(pij/pii) */
                           /*      printf("s1=%.17e, lnpijopii=%.17e\n",s1,lnpijopii); */
                   }
                   for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath;j++){
                           for (nc=1, lnpijopii=0.;nc <=ncovmodel; nc++){
                                   /*lnpijopii += x[(i-1)*nlstate*ncovmodel+(j-2)*ncovmodel+nc+(i-1)*(ndeath-1)*ncovmodel]*cov[nc];*/
                                   lnpijopii += x[nc + ((i-1)*(nlstate+ndeath-1)+(j-2))*ncovmodel]*cov[nc];
                                   /*        printf("Int j>i s1=%.17e, lnpijopii=%.17e %lx %lx\n",s1,lnpijopii,s1,lnpijopii); */
                           }
                           ps[i][j]=lnpijopii; /* In fact ln(pij/pii) */
                   }
         }          }
         ps[i][j]=lnpijopii; /* In fact ln(pij/pii) */          
 /*      printf("s1=%.17e, lnpijopii=%.17e\n",s1,lnpijopii); */          for(i=1; i<= nlstate; i++){
       }                  s1=0;
       for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath;j++){                  for(j=1; j<i; j++){
         for (nc=1, lnpijopii=0.;nc <=ncovmodel; nc++){                          s1+=exp(ps[i][j]); /* In fact sums pij/pii */
           /*lnpijopii += x[(i-1)*nlstate*ncovmodel+(j-2)*ncovmodel+nc+(i-1)*(ndeath-1)*ncovmodel]*cov[nc];*/                          /*printf("debug1 %d %d ps=%lf exp(ps)=%lf s1+=%lf\n",i,j,ps[i][j],exp(ps[i][j]),s1); */
           lnpijopii += x[nc + ((i-1)*(nlstate+ndeath-1)+(j-2))*ncovmodel]*cov[nc];                  }
 /*        printf("Int j>i s1=%.17e, lnpijopii=%.17e %lx %lx\n",s1,lnpijopii,s1,lnpijopii); */                  for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath; j++){
                           s1+=exp(ps[i][j]); /* In fact sums pij/pii */
                           /*printf("debug2 %d %d ps=%lf exp(ps)=%lf s1+=%lf\n",i,j,ps[i][j],exp(ps[i][j]),s1); */
                   }
                   /* s1= sum_{j<>i} pij/pii=(1-pii)/pii and thus pii is known from s1 */
                   ps[i][i]=1./(s1+1.);
                   /* Computing other pijs */
                   for(j=1; j<i; j++)
                           ps[i][j]= exp(ps[i][j])*ps[i][i];
                   for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath; j++)
                           ps[i][j]= exp(ps[i][j])*ps[i][i];
                   /* ps[i][nlstate+1]=1.-s1- ps[i][i];*/ /* Sum should be 1 */
           } /* end i */
           
           for(ii=nlstate+1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){
                   for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){
                           ps[ii][jj]=0;
                           ps[ii][ii]=1;
                   }
         }          }
         ps[i][j]=lnpijopii; /* In fact ln(pij/pii) */          /* Added for backcast */ /* Transposed matrix too */
       }          for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){
     }                  s1=0.;
                       for(ii=1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){
     for(i=1; i<= nlstate; i++){                          s1+=ps[ii][jj];
       s1=0;                  }
       for(j=1; j<i; j++){                  for(ii=1; ii<= nlstate; ii++){
         s1+=exp(ps[i][j]); /* In fact sums pij/pii */                          ps[ii][jj]=ps[ii][jj]/s1;
         /*printf("debug1 %d %d ps=%lf exp(ps)=%lf s1+=%lf\n",i,j,ps[i][j],exp(ps[i][j]),s1); */                  }
       }          }
       for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath; j++){          /* Transposition */
         s1+=exp(ps[i][j]); /* In fact sums pij/pii */          for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){
         /*printf("debug2 %d %d ps=%lf exp(ps)=%lf s1+=%lf\n",i,j,ps[i][j],exp(ps[i][j]),s1); */                  for(ii=jj; ii<= nlstate+ndeath; ii++){
       }                          s1=ps[ii][jj];
       /* s1= sum_{j<>i} pij/pii=(1-pii)/pii and thus pii is known from s1 */                          ps[ii][jj]=ps[jj][ii];
       ps[i][i]=1./(s1+1.);                          ps[jj][ii]=s1;
       /* Computing other pijs */                  }
       for(j=1; j<i; j++)          }
         ps[i][j]= exp(ps[i][j])*ps[i][i];          /* for(ii=1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){ */
       for(j=i+1; j<=nlstate+ndeath; j++)          /*   for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){ */
         ps[i][j]= exp(ps[i][j])*ps[i][i];          /*      printf(" pmij  ps[%d][%d]=%lf ",ii,jj,ps[ii][jj]); */
       /* ps[i][nlstate+1]=1.-s1- ps[i][i];*/ /* Sum should be 1 */          /*   } */
     } /* end i */          /*   printf("\n "); */
               /* } */
     for(ii=nlstate+1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){          /* printf("\n ");printf("%lf ",cov[2]);*/
       for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){          /*
         ps[ii][jj]=0;                  for(i=1; i<= npar; i++) printf("%f ",x[i]);
         ps[ii][ii]=1;                  goto end;*/
       }          return ps;
     }  
     /* Added for backcast */  
     for(jj=1; jj<= nlstate; jj++){  
       s1=0.;  
       for(ii=1; ii<= nlstate; ii++){  
         s1+=ps[ii][jj];  
       }  
       for(ii=1; ii<= nlstate; ii++){  
         ps[ii][jj]=ps[ii][jj]/s1;  
       }  
     }  
        
     /* for(ii=1; ii<= nlstate+ndeath; ii++){ */  
     /*   for(jj=1; jj<= nlstate+ndeath; jj++){ */  
     /*  printf(" pmij  ps[%d][%d]=%lf ",ii,jj,ps[ii][jj]); */  
     /*   } */  
     /*   printf("\n "); */  
     /* } */  
     /* printf("\n ");printf("%lf ",cov[2]);*/  
     /*  
       for(i=1; i<= npar; i++) printf("%f ",x[i]);  
       goto end;*/  
     return ps;  
 }  }
   
   
Line 2459  double **matprod2(double **out, double * Line 2576  double **matprod2(double **out, double *
   
 double ***hpxij(double ***po, int nhstepm, double age, int hstepm, double *x, int nlstate, int stepm, double **oldm, double **savm, int ij )  double ***hpxij(double ***po, int nhstepm, double age, int hstepm, double *x, int nlstate, int stepm, double **oldm, double **savm, int ij )
 {  {
   /* Computes the transition matrix starting at age 'age' over     /* Computes the transition matrix starting at age 'age' and combination of covariate values corresponding to ij over 
      'nhstepm*hstepm*stepm' months (i.e. until       'nhstepm*hstepm*stepm' months (i.e. until
      age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying        age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying 
      nhstepm*hstepm matrices.        nhstepm*hstepm matrices. 
Line 2492  double ***hpxij(double ***po, int nhstep Line 2609  double ***hpxij(double ***po, int nhstep
       agexact=age+((h-1)*hstepm + (d-1))*stepm/YEARM; /* age just before transition */        agexact=age+((h-1)*hstepm + (d-1))*stepm/YEARM; /* age just before transition */
       cov[2]=agexact;        cov[2]=agexact;
       if(nagesqr==1)        if(nagesqr==1)
         cov[3]= agexact*agexact;                                  cov[3]= agexact*agexact;
       for (k=1; k<=cptcovn;k++)         for (k=1; k<=cptcovn;k++) 
         cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,k)];                                  cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,k)];
         /* cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])]; */                          /* cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])]; */
       for (k=1; k<=cptcovage;k++) /* Should start at cptcovn+1 */        for (k=1; k<=cptcovage;k++) /* Should start at cptcovn+1 */
         /* cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */                                  /* cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */
         cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2];                                  cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2];
         /* cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k]])]*cov[2]; */                          /* cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k]])]*cov[2]; */
       for (k=1; k<=cptcovprod;k++) /* Useless because included in cptcovn */        for (k=1; k<=cptcovprod;k++) /* Useless because included in cptcovn */
         cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)];                                  cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)];
         /* cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,Tvard[k][1])]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,Tvard[k][2])]; */                          /* cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,Tvard[k][1])]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,Tvard[k][2])]; */
   
   
       /*printf("hxi cptcov=%d cptcode=%d\n",cptcov,cptcode);*/        /*printf("hxi cptcov=%d cptcode=%d\n",cptcov,cptcode);*/
       /*printf("h=%d d=%d age=%f cov=%f\n",h,d,age,cov[2]);*/        /*printf("h=%d d=%d age=%f cov=%f\n",h,d,age,cov[2]);*/
                           /* right multiplication of oldm by the current matrix */
       out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,         out=matprod2(newm,oldm,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, 
                    pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));                     pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate));
       /* if((int)age == 70){ */        /* if((int)age == 70){ */
Line 2528  double ***hpxij(double ***po, int nhstep Line 2646  double ***hpxij(double ***po, int nhstep
     }      }
     for(i=1; i<=nlstate+ndeath; i++)      for(i=1; i<=nlstate+ndeath; i++)
       for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) {        for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) {
         po[i][j][h]=newm[i][j];                                  po[i][j][h]=newm[i][j];
         /*if(h==nhstepm) printf("po[%d][%d][%d]=%f ",i,j,h,po[i][j][h]);*/                                  /*if(h==nhstepm) printf("po[%d][%d][%d]=%f ",i,j,h,po[i][j][h]);*/
       }        }
     /*printf("h=%d ",h);*/      /*printf("h=%d ",h);*/
   } /* end h */    } /* end h */
 /*     printf("\n H=%d \n",h); */          /*     printf("\n H=%d \n",h); */
   return po;    return po;
 }  }
   
 /************* Higher Back Matrix Product ***************/  /************* Higher Back Matrix Product ***************/
   /* double ***hbxij(double ***po, int nhstepm, double age, int hstepm, double *x, double ***prevacurrent, int nlstate, int stepm, double **oldm, double **savm, double **dnewm, double **doldm, double **dsavm, int ij ) */
 double ***hbxij(double ***po, int nhstepm, double age, int hstepm, double *x, int nlstate, int stepm, double **oldm, double **savm, int ij )   double ***hbxij(double ***po, int nhstepm, double age, int hstepm, double *x, double ***prevacurrent, int nlstate, int stepm, int ij )
 {  {
   /* Computes the transition matrix starting at age 'age' over     /* Computes the transition matrix starting at age 'age' over
      'nhstepm*hstepm*stepm' months (i.e. until       'nhstepm*hstepm*stepm' months (i.e. until
      age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying        age (in years)  age+nhstepm*hstepm*stepm/12) by multiplying
      nhstepm*hstepm matrices.        nhstepm*hstepm matrices.
      Output is stored in matrix po[i][j][h] for h every 'hstepm' step        Output is stored in matrix po[i][j][h] for h every 'hstepm' step
      (typically every 2 years instead of every month which is too big        (typically every 2 years instead of every month which is too big
      for the memory).       for the memory).
      Model is determined by parameters x and covariates have to be        Model is determined by parameters x and covariates have to be
      included manually here.        included manually here.
   
      */       */
   
Line 2558  double ***hbxij(double ***po, int nhstep Line 2676  double ***hbxij(double ***po, int nhstep
   double **newm;    double **newm;
   double agexact;    double agexact;
   double agebegin, ageend;    double agebegin, ageend;
           double **oldm, **savm;
   
           oldm=oldms;savm=savms;
   /* Hstepm could be zero and should return the unit matrix */    /* Hstepm could be zero and should return the unit matrix */
   for (i=1;i<=nlstate+ndeath;i++)    for (i=1;i<=nlstate+ndeath;i++)
     for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){      for (j=1;j<=nlstate+ndeath;j++){
Line 2575  double ***hbxij(double ***po, int nhstep Line 2695  double ***hbxij(double ***po, int nhstep
       /* agexact=age+((h-1)*hstepm + (d-1))*stepm/YEARM; /\* age just before transition *\/ */        /* agexact=age+((h-1)*hstepm + (d-1))*stepm/YEARM; /\* age just before transition *\/ */
       cov[2]=agexact;        cov[2]=agexact;
       if(nagesqr==1)        if(nagesqr==1)
         cov[3]= agexact*agexact;                                  cov[3]= agexact*agexact;
       for (k=1; k<=cptcovn;k++)         for (k=1; k<=cptcovn;k++)
         cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,k)];                                  cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,k)];
         /* cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])]; */                          /* cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(ij,Tvar[k])]; */
       for (k=1; k<=cptcovage;k++) /* Should start at cptcovn+1 */        for (k=1; k<=cptcovage;k++) /* Should start at cptcovn+1 */
         /* cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */                                  /* cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */
         cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2];                                  cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2];
         /* cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k]])]*cov[2]; */                          /* cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,Tvar[Tage[k]])]*cov[2]; */
       for (k=1; k<=cptcovprod;k++) /* Useless because included in cptcovn */        for (k=1; k<=cptcovprod;k++) /* Useless because included in cptcovn */
         cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)];                                  cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)];
         /* cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,Tvard[k][1])]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,Tvard[k][2])]; */                          /* cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,Tvard[k][1])]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,Tvard[k][2])]; */
                           
                           
       /*printf("hxi cptcov=%d cptcode=%d\n",cptcov,cptcode);*/        /*printf("hxi cptcov=%d cptcode=%d\n",cptcov,cptcode);*/
       /*printf("h=%d d=%d age=%f cov=%f\n",h,d,age,cov[2]);*/        /*printf("h=%d d=%d age=%f cov=%f\n",h,d,age,cov[2]);*/
       out=matprod2(newm, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate),1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,         /* Careful transposed matrix */
                   oldm);                          /* age is in cov[2] */
         /* out=matprod2(newm, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent, dnewm, doldm, dsavm,ij),\ */
                           /*                                               1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm); */
         out=matprod2(newm, bmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate,prevacurrent,ij),\
                                                                            1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath, oldm);
       /* if((int)age == 70){ */        /* if((int)age == 70){ */
       /*        printf(" Backward hbxij age=%d agexact=%f d=%d nhstepm=%d hstepm=%d\n", (int) age, agexact, d, nhstepm, hstepm); */        /*        printf(" Backward hbxij age=%d agexact=%f d=%d nhstepm=%d hstepm=%d\n", (int) age, agexact, d, nhstepm, hstepm); */
       /*        for(i=1; i<=nlstate+ndeath; i++) { */        /*        for(i=1; i<=nlstate+ndeath; i++) { */
Line 2611  double ***hbxij(double ***po, int nhstep Line 2735  double ***hbxij(double ***po, int nhstep
     }      }
     for(i=1; i<=nlstate+ndeath; i++)      for(i=1; i<=nlstate+ndeath; i++)
       for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) {        for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) {
         po[i][j][h]=newm[i][j];                                  po[i][j][h]=newm[i][j];
         /*if(h==nhstepm) printf("po[%d][%d][%d]=%f ",i,j,h,po[i][j][h]);*/                                  /*if(h==nhstepm) printf("po[%d][%d][%d]=%f ",i,j,h,po[i][j][h]);*/
       }        }
     /*printf("h=%d ",h);*/      /*printf("h=%d ",h);*/
   } /* end h */    } /* end h */
 /*     printf("\n H=%d \n",h); */          /*     printf("\n H=%d \n",h); */
   return po;    return po;
 }  }
   
Line 3393  double hessij( double x[], double **hess Line 3517  double hessij( double x[], double **hess
       kmax=kmax+10;        kmax=kmax+10;
     }      }
     if(kmax >=10 || firstime ==1){      if(kmax >=10 || firstime ==1){
       printf("Warning: directions %d-%d, you are not estimating the Hessian at the exact maximum likelihood; increase ftol=%.2e\n",thetai,thetaj, ftol);        printf("Warning: directions %d-%d, you are not estimating the Hessian at the exact maximum likelihood; you may increase ftol=%.2e\n",thetai,thetaj, ftol);
       fprintf(ficlog,"Warning: directions %d-%d, you are not estimating the Hessian at the exact maximum likelihood; increase ftol=%.2e\n",thetai,thetaj, ftol);        fprintf(ficlog,"Warning: directions %d-%d, you are not estimating the Hessian at the exact maximum likelihood; you may increase ftol=%.2e\n",thetai,thetaj, ftol);
       printf("%d %d k=%d, k1=%.12e k2=%.12e k3=%.12e k4=%.12e delti*k=%.12e deltj*k=%.12e, xi-de*k=%.12e xj-de*k=%.12e  res=%.12e k1234=%.12e,k1-2=%.12e,k3-4=%.12e\n",thetai,thetaj,k,k1,k2,k3,k4,delti[thetai]/k,delti[thetaj]/k,x[thetai]-delti[thetai]/k,x[thetaj]-delti[thetaj]/k, res,k1-k2-k3+k4,k1-k2,k3-k4);        printf("%d %d k=%d, k1=%.12e k2=%.12e k3=%.12e k4=%.12e delti*k=%.12e deltj*k=%.12e, xi-de*k=%.12e xj-de*k=%.12e  res=%.12e k1234=%.12e,k1-2=%.12e,k3-4=%.12e\n",thetai,thetaj,k,k1,k2,k3,k4,delti[thetai]/k,delti[thetaj]/k,x[thetai]-delti[thetai]/k,x[thetaj]-delti[thetaj]/k, res,k1-k2-k3+k4,k1-k2,k3-k4);
       fprintf(ficlog,"%d %d k=%d, k1=%.12e k2=%.12e k3=%.12e k4=%.12e delti*k=%.12e deltj*k=%.12e, xi-de*k=%.12e xj-de*k=%.12e  res=%.12e k1234=%.12e,k1-2=%.12e,k3-4=%.12e\n",thetai,thetaj,k,k1,k2,k3,k4,delti[thetai]/k,delti[thetaj]/k,x[thetai]-delti[thetai]/k,x[thetaj]-delti[thetaj]/k, res,k1-k2-k3+k4,k1-k2,k3-k4);        fprintf(ficlog,"%d %d k=%d, k1=%.12e k2=%.12e k3=%.12e k4=%.12e delti*k=%.12e deltj*k=%.12e, xi-de*k=%.12e xj-de*k=%.12e  res=%.12e k1234=%.12e,k1-2=%.12e,k3-4=%.12e\n",thetai,thetaj,k,k1,k2,k3,k4,delti[thetai]/k,delti[thetaj]/k,x[thetai]-delti[thetai]/k,x[thetaj]-delti[thetaj]/k, res,k1-k2-k3+k4,k1-k2,k3-k4);
     }      }
Line 3550  void pstamp(FILE *fichier) Line 3674  void pstamp(FILE *fichier)
 }  }
   
 /************ Frequencies ********************/  /************ Frequencies ********************/
 void  freqsummary(char fileres[], int iagemin, int iagemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, \   void  freqsummary(char fileres[], int iagemin, int iagemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, \
                   int *Tvaraff, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, char strstart[],\                                                                           int *Tvaraff, int *invalidvarcomb, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, char strstart[],  \
                   int firstpass,  int lastpass, int stepm, int weightopt, char model[])                                                                           int firstpass,  int lastpass, int stepm, int weightopt, char model[])
 {  /* Some frequencies */   {  /* Some frequencies */
       
   int i, m, jk, j1, bool, z1,j;           int i, m, jk, j1, bool, z1,j;
   int mi; /* Effective wave */           int iind=0, iage=0;
   int first;           int mi; /* Effective wave */
   double ***freq; /* Frequencies */           int first;
   double *pp, **prop;           double ***freq; /* Frequencies */
   double pos,posprop, k2, dateintsum=0,k2cpt=0;           double *pp, **prop, *posprop, *pospropt;
   char fileresp[FILENAMELENGTH], fileresphtm[FILENAMELENGTH], fileresphtmfr[FILENAMELENGTH];           double pos=0., posproptt=0., pospropta=0., k2, dateintsum=0,k2cpt=0;
   double agebegin, ageend;           char fileresp[FILENAMELENGTH], fileresphtm[FILENAMELENGTH], fileresphtmfr[FILENAMELENGTH];
                double agebegin, ageend;
   pp=vector(1,nlstate);      
   prop=matrix(1,nlstate,iagemin,iagemax+3);           pp=vector(1,nlstate);
   strcpy(fileresp,"P_");           prop=matrix(1,nlstate,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE); 
   strcat(fileresp,fileresu);           posprop=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state per age */ 
   /*strcat(fileresphtm,fileresu);*/           pospropt=vector(1,nlstate); /* Counting the number of transition starting from a live state */ 
   if((ficresp=fopen(fileresp,"w"))==NULL) {           /* prop=matrix(1,nlstate,iagemin,iagemax+3); */
     printf("Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);           strcpy(fileresp,"P_");
     fprintf(ficlog,"Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);           strcat(fileresp,fileresu);
     exit(0);           /*strcat(fileresphtm,fileresu);*/
   }           if((ficresp=fopen(fileresp,"w"))==NULL) {
                    printf("Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);
   strcpy(fileresphtm,subdirfext(optionfilefiname,"PHTM_",".htm"));                   fprintf(ficlog,"Problem with prevalence resultfile: %s\n", fileresp);
   if((ficresphtm=fopen(fileresphtm,"w"))==NULL) {                   exit(0);
     printf("Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));           }
     fprintf(ficlog,"Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));  
     fflush(ficlog);           strcpy(fileresphtm,subdirfext(optionfilefiname,"PHTM_",".htm"));
     exit(70);            if((ficresphtm=fopen(fileresphtm,"w"))==NULL) {
   }                   printf("Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));
   else{                   fprintf(ficlog,"Problem with prevalence HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtm,strerror(errno));
     fprintf(ficresphtm,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_ %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \                   fflush(ficlog);
                    exit(70); 
            }
            else{
                    fprintf(ficresphtm,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_ %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \
 <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\  <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\
 Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\
           fileresphtm,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);                                                   fileresphtm,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);
   }           }
     fprintf(ficresphtm,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies and prevalence by age at begin of transition</h4>\n",fileresphtm, fileresphtm);           fprintf(ficresphtm,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies and prevalence by age at begin of transition</h4>\n",fileresphtm, fileresphtm);
           
   strcpy(fileresphtmfr,subdirfext(optionfilefiname,"PHTMFR_",".htm"));           strcpy(fileresphtmfr,subdirfext(optionfilefiname,"PHTMFR_",".htm"));
   if((ficresphtmfr=fopen(fileresphtmfr,"w"))==NULL) {           if((ficresphtmfr=fopen(fileresphtmfr,"w"))==NULL) {
     printf("Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));                   printf("Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));
     fprintf(ficlog,"Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));                   fprintf(ficlog,"Problem with frequency table HTM resultfile '%s' with errno='%s'\n",fileresphtmfr,strerror(errno));
     fflush(ficlog);                   fflush(ficlog);
     exit(70);                    exit(70); 
   }           }
   else{           else{
     fprintf(ficresphtmfr,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_Frequency table %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \                   fprintf(ficresphtmfr,"<html><head>\n<title>IMaCh PHTM_Frequency table %s</title></head>\n <body><font size=\"2\">%s <br> %s</font> \
 <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\  <hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\"> \n\
 Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age+%s<br>\n",\
           fileresphtmfr,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);                                                   fileresphtmfr,version,fullversion,title,datafile,firstpass,lastpass,stepm, weightopt, model);
   }           }
   fprintf(ficresphtmfr,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies of all effective transitions by age at begin of transition </h4>Unknown status is -1<br/>\n",fileresphtmfr, fileresphtmfr);           fprintf(ficresphtmfr,"Current page is file <a href=\"%s\">%s</a><br>\n\n<h4>Frequencies of all effective transitions by age at begin of transition </h4>Unknown status is -1<br/>\n",fileresphtmfr, fileresphtmfr);
   
   freq= ma3x(-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath,iagemin,iagemax+3);           freq= ma3x(-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);
   j1=0;           j1=0;
       
   j=cptcoveff;           j=cptcoveff;
   if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}           if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}
   
            first=1;
   
            /* Detects if a combination j1 is empty: for a multinomial variable like 3 education levels:
                           reference=low_education V1=0,V2=0
                           med_educ                V1=1 V2=0, 
                           high_educ               V1=0 V2=1
                           Then V1=1 and V2=1 is a noisy combination that we want to exclude for the list 2**cptcoveff 
            */
   
   first=1;           for (j1 = 1; j1 <= (int) pow(2,cptcoveff); j1++){ /* Loop on covariates combination */
                    posproptt=0.;
                    /*printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d", cptcoveff,Tvaraff[1]);
                            scanf("%d", i);*/
                    for (i=-5; i<=nlstate+ndeath; i++)  
                            for (jk=-5; jk<=nlstate+ndeath; jk++)  
                                    for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)
                                            freq[i][jk][m]=0;
         
                    for (i=1; i<=nlstate; i++)  {
                            for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)
                                    prop[i][m]=0;
                            posprop[i]=0;
                            pospropt[i]=0;
                    }
         
                    dateintsum=0;
                    k2cpt=0;
   
   for (j1 = 1; j1 <= (int) pow(2,cptcoveff); j1++){ /* Loop on covariates combination */                   for (iind=1; iind<=imx; iind++) { /* For each individual iind */
       /*printf("cptcoveff=%d Tvaraff=%d", cptcoveff,Tvaraff[1]);                           bool=1;
         scanf("%d", i);*/                           if (cptcovn>0) { /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */
       for (i=-5; i<=nlstate+ndeath; i++)                                     for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) {      
         for (jk=-5; jk<=nlstate+ndeath; jk++)                                             if (covar[Tvaraff[z1]][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]){
           for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)                                                   /* Tests if the value of each of the covariates of i is equal to filter j1 */
             freq[i][jk][m]=0;                                                   bool=0;
                                                          /* printf("bool=%d i=%d, z1=%d, Tvaraff[%d]=%d, covar[Tvarff][%d]=%2f, codtabm(%d,%d)=%d, nbcode[Tvaraff][codtabm(%d,%d)=%d, j1=%d\n", 
       for (i=1; i<=nlstate; i++)    
         for(m=iagemin; m <= iagemax+3; m++)  
           prop[i][m]=0;  
         
       dateintsum=0;  
       k2cpt=0;  
       for (i=1; i<=imx; i++) { /* For each individual i */  
         bool=1;  
         if (cptcovn>0) { /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */  
           for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++)         
             if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]){  
                 /* Tests if the value of each of the covariates of i is equal to filter j1 */  
               bool=0;  
               /* printf("bool=%d i=%d, z1=%d, Tvaraff[%d]=%d, covar[Tvarff][%d]=%2f, codtabm(%d,%d)=%d, nbcode[Tvaraff][codtabm(%d,%d)=%d, j1=%d\n",   
                 bool,i,z1, z1, Tvaraff[z1],i,covar[Tvaraff[z1]][i],j1,z1,codtabm(j1,z1),                  bool,i,z1, z1, Tvaraff[z1],i,covar[Tvaraff[z1]][i],j1,z1,codtabm(j1,z1),
                 j1,z1,nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)],j1);*/                  j1,z1,nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)],j1);*/
               /* For j1=7 in V1+V2+V3+V4 = 0 1 1 0 and codtabm(7,3)=1 and nbcde[3][?]=1*/                                                   /* For j1=7 in V1+V2+V3+V4 = 0 1 1 0 and codtabm(7,3)=1 and nbcde[3][?]=1*/
             }                                            } 
         } /* cptcovn > 0 */                                   } /* end z1 */
                            } /* cptcovn > 0 */
         if (bool==1){  
           /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){ */                           if (bool==1){
           for(mi=1; mi<wav[i];mi++){                                   /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){ */
             m=mw[mi][i];                                   for(mi=1; mi<wav[iind];mi++){
             /* dh[m][i] or dh[mw[mi][i]][i] is the delay between two effective (mi) waves m=mw[mi][i]                                           m=mw[mi][iind];
                and mw[mi+1][i]. dh depends on stepm. */                                           /* dh[m][iind] or dh[mw[mi][iind]][iind] is the delay between two effective (mi) waves m=mw[mi][iind]
             agebegin=agev[m][i]; /* Age at beginning of wave before transition*/                                                          and mw[mi+1][iind]. dh depends on stepm. */
             ageend=agev[m][i]+(dh[m][i])*stepm/YEARM; /* Age at end of wave and transition */                                           agebegin=agev[m][iind]; /* Age at beginning of wave before transition*/
             if(m >=firstpass && m <=lastpass){                                           ageend=agev[m][iind]+(dh[m][iind])*stepm/YEARM; /* Age at end of wave and transition */
               k2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.);                                           if(m >=firstpass && m <=lastpass){
               /*if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {*/                                                   k2=anint[m][iind]+(mint[m][iind]/12.);
               if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=iagemax+1;  /* All ages equal to 0 are in iagemax+1 */                                                   /*if ((k2>=dateprev1) && (k2<=dateprev2)) {*/
               if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=iagemax+2;  /* All ages equal to 1 are in iagemax+2 */                                                   if(agev[m][iind]==0) agev[m][iind]=iagemax+1;  /* All ages equal to 0 are in iagemax+1 */
               if (s[m][i]>0 && s[m][i]<=nlstate)  /* If status at wave m is known and a live state */                                                   if(agev[m][iind]==1) agev[m][iind]=iagemax+2;  /* All ages equal to 1 are in iagemax+2 */
                 prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];  /* At age of beginning of transition, where status is known */                                                   if (s[m][iind]>0 && s[m][iind]<=nlstate)  /* If status at wave m is known and a live state */
               if (m<lastpass) {                                                           prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind];  /* At age of beginning of transition, where status is known */
                 /* if(s[m][i]==4 && s[m+1][i]==4) */                                                   if (m<lastpass) {
                 /*   printf(" num=%ld m=%d, i=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d\n", num[i], m, i,s[m][i],s[m+1][i], (int)agev[m][i]); */                                                           /* if(s[m][iind]==4 && s[m+1][iind]==4) */
                 if(s[m][i]==-1)                                                           /*   printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind]); */
                   printf(" num=%ld m=%d, i=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d agebegin=%.2f ageend=%.2f, agemed=%d\n", num[i], m, i,s[m][i],s[m+1][i], (int)agev[m][i],agebegin, ageend, (int)((agebegin+ageend)/2.));                                                           if(s[m][iind]==-1)
                 freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i]; /* At age of beginning of transition, where status is known */                                                                   printf(" num=%ld m=%d, iind=%d s1=%d s2=%d agev at m=%d agebegin=%.2f ageend=%.2f, agemed=%d\n", num[iind], m, iind,s[m][iind],s[m+1][iind], (int)agev[m][iind],agebegin, ageend, (int)((agebegin+ageend)/2.));
                 /* freq[s[m][i]][s[m+1][i]][(int)((agebegin+ageend)/2.)] += weight[i]; */                                                           freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind]; /* At age of beginning of transition, where status is known */
                 freq[s[m][i]][s[m+1][i]][iagemax+3] += weight[i]; /* Total is in iagemax+3 *//* At age of beginning of transition, where status is known */                                                           /* freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][(int)((agebegin+ageend)/2.)] += weight[iind]; */
               }                                                           freq[s[m][iind]][s[m+1][iind]][iagemax+3] += weight[iind]; /* Total is in iagemax+3 *//* At age of beginning of transition, where status is known */
             }                                                     }
             if ((agev[m][i]>1) && (agev[m][i]< (iagemax+3)) && (anint[m][i]!=9999) && (mint[m][i]!=99)) {                                           }  
               dateintsum=dateintsum+k2;                                           if ((agev[m][iind]>1) && (agev[m][iind]< (iagemax+3)) && (anint[m][iind]!=9999) && (mint[m][iind]!=99)) {
               k2cpt++;                                                   dateintsum=dateintsum+k2;
               /* printf("i=%ld dateintmean = %lf dateintsum=%lf k2cpt=%lf k2=%lf\n",i, dateintsum/k2cpt, dateintsum,k2cpt, k2); */                                                   k2cpt++;
             }                                                   /* printf("iind=%ld dateintmean = %lf dateintsum=%lf k2cpt=%lf k2=%lf\n",iind, dateintsum/k2cpt, dateintsum,k2cpt, k2); */
             /*}*/                                           }
           } /* end m */                                           /*}*/
         } /* end bool */                                   } /* end m */
       } /* end i = 1 to imx */                           } /* end bool */
                           } /* end iind = 1 to imx */
       /*      fprintf(ficresp, "#Count between %.lf/%.lf/%.lf and %.lf/%.lf/%.lf\n",jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2);*/         /* prop[s][age] is feeded for any initial and valid live state as well as
       pstamp(ficresp);                                          freq[s1][s2][age] at single age of beginning the transition, for a combination j1 */
       if  (cptcovn>0) {  
         fprintf(ficresp, "\n#********** Variable ");   
         fprintf(ficresphtm, "\n<br/><br/><h3>********** Variable ");                    /*      fprintf(ficresp, "#Count between %.lf/%.lf/%.lf and %.lf/%.lf/%.lf\n",jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2);*/
         fprintf(ficresphtmfr, "\n<br/><br/><h3>********** Variable ");                    pstamp(ficresp);
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++){                   if  (cptcovn>0) {
           fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                           fprintf(ficresp, "\n#********** Variable "); 
           fprintf(ficresphtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                           fprintf(ficresphtm, "\n<br/><br/><h3>********** Variable "); 
           fprintf(ficresphtmfr, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                           fprintf(ficresphtmfr, "\n<br/><br/><h3>********** Variable "); 
         }                           for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++){
           fprintf(ficresp, "**********\n#");                                   fprintf(ficresp, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficresphtm, "**********</h3>\n");                                   fprintf(ficresphtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficresphtmfr, "**********</h3>\n");                                   fprintf(ficresphtmfr, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficlog, "\n#********** Variable ");                            }
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficlog, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                           fprintf(ficresp, "**********\n#");
         fprintf(ficlog, "**********\n");                           fprintf(ficresphtm, "**********</h3>\n");
       }                           fprintf(ficresphtmfr, "**********</h3>\n");
       fprintf(ficresphtm,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");                           fprintf(ficlog, "\n#********** Variable "); 
       for(i=1; i<=nlstate;i++) {                           for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficlog, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);                           fprintf(ficlog, "**********\n");
         fprintf(ficresphtm, "<th>Age</th><th>Prev(%d)</th><th>N(%d)</th><th>N</th>",i,i);                   }
       }                   fprintf(ficresphtm,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");
       fprintf(ficresp, "\n");                   for(i=1; i<=nlstate;i++) {
       fprintf(ficresphtm, "\n");                           fprintf(ficresp, " Age Prev(%d) N(%d) N",i,i);
                                  fprintf(ficresphtm, "<th>Age</th><th>Prev(%d)</th><th>N(%d)</th><th>N</th>",i,i);
       /* Header of frequency table by age */                   }
       fprintf(ficresphtmfr,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");                   fprintf(ficresp, "\n");
       fprintf(ficresphtmfr,"<th>Age</th> ");                   fprintf(ficresphtm, "\n");
       for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){  
         for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){  
           if(jk!=0 && m!=0)  
             fprintf(ficresphtmfr,"<th>%d%d</th> ",jk,m);  
         }  
       }  
       fprintf(ficresphtmfr, "\n");  
               
       /* For each age */                   /* Header of frequency table by age */
       for(i=iagemin; i <= iagemax+3; i++){                   fprintf(ficresphtmfr,"<table style=\"text-align:center; border: 1px solid\">");
         fprintf(ficresphtm,"<tr>");                   fprintf(ficresphtmfr,"<th>Age</th> ");
         if(i==iagemax+1){                   for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){
           fprintf(ficlog,"1");                           for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){
           fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>0</th> ");                                   if(jk!=0 && m!=0)
         }else if(i==iagemax+2){                                           fprintf(ficresphtmfr,"<th>%d%d</th> ",jk,m);
           fprintf(ficlog,"0");                           }
           fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Unknown</th> ");                   }
         }else if(i==iagemax+3){                   fprintf(ficresphtmfr, "\n");
           fprintf(ficlog,"Total");        
           fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Total</th> ");                   /* For each age */
         }else{                   for(iage=iagemin; iage <= iagemax+3; iage++){
           if(first==1){                           fprintf(ficresphtm,"<tr>");
             first=0;                           if(iage==iagemax+1){
             printf("See log file for details...\n");                                   fprintf(ficlog,"1");
           }                                   fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>0</th> ");
           fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>%d</th> ",i);                           }else if(iage==iagemax+2){
           fprintf(ficlog,"Age %d", i);                                   fprintf(ficlog,"0");
         }                                   fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Unknown</th> ");
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){                           }else if(iage==iagemax+3){
           for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)                                   fprintf(ficlog,"Total");
             pp[jk] += freq[jk][m][i];                                    fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>Total</th> ");
         }                           }else{
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){                                   if(first==1){
           for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)                                           first=0;
             pos += freq[jk][m][i];                                           printf("See log file for details...\n");
           if(pp[jk]>=1.e-10){                                   }
             if(first==1){                                   fprintf(ficresphtmfr,"<tr><th>%d</th> ",iage);
               printf(" %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);                                   fprintf(ficlog,"Age %d", iage);
             }                           }
             fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);                           for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
           }else{                                   for(m=-1, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath ; m++)
             if(first==1)                                           pp[jk] += freq[jk][m][iage]; 
               printf(" %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);                           }
             fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);                           for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
           }                                   for(m=-1, pos=0; m <=0 ; m++)
         }                                           pos += freq[jk][m][iage];
                                    if(pp[jk]>=1.e-10){
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){                                           if(first==1){
           for(m=0, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)                                                   printf(" %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);
             pp[jk] += freq[jk][m][i];                                           }
         }                                                  fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pos/pp[jk]);
         for(jk=1,pos=0,posprop=0; jk <=nlstate ; jk++){                                   }else{
           pos += pp[jk];                                           if(first==1)
           posprop += prop[jk][i];                                                   printf(" %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
         }                                           fprintf(ficlog," %d.=%.0f loss[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
         for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){                                   }
           if(pos>=1.e-5){                           }
             if(first==1)  
               printf(" %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);                           for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){ 
             fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);                                   /* posprop[jk]=0; */
           }else{                                   for(m=0, pp[jk]=0; m <=nlstate+ndeath; m++)/* Summing on all ages */
             if(first==1)                                           pp[jk] += freq[jk][m][iage];
               printf(" %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);                           }      /* pp[jk] is the total number of transitions starting from state jk and any ending status until this age */
             fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);  
           }                           for(jk=1,pos=0, pospropta=0.; jk <=nlstate ; jk++){
           if( i <= iagemax){                                   pos += pp[jk]; /* pos is the total number of transitions until this age */
             if(pos>=1.e-5){                                   posprop[jk] += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state
               fprintf(ficresp," %d %.5f %.0f %.0f",i,prop[jk][i]/posprop, prop[jk][i],posprop);                                                                                                                                                                           from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */
               fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",i,prop[jk][i]/posprop, prop[jk][i],posprop);                                   pospropta += prop[jk][iage]; /* prop is the number of transitions from a live state
               /*probs[i][jk][j1]= pp[jk]/pos;*/                                                                                                                                                                           from jk at age iage prop[s[m][iind]][(int)agev[m][iind]] += weight[iind] */
               /*printf("\ni=%d jk=%d j1=%d %.5f %.0f %.0f %f",i,jk,j1,pp[jk]/pos, pp[jk],pos,probs[i][jk][j1]);*/                           }
             }                           for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
             else{                                   if(pos>=1.e-5){
               fprintf(ficresp," %d NaNq %.0f %.0f",i,prop[jk][i],posprop);                                           if(first==1)
               fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>NaNq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",i, prop[jk][i],posprop);                                                   printf(" %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);
             }                                           fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=%.1f%%",jk,pp[jk],jk,100*pp[jk]/pos);
           }                                   }else{
         }                                           if(first==1)
                                                            printf(" %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
         for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){                                           fprintf(ficlog," %d.=%.0f prev[%d]=NaNQ%%",jk,pp[jk],jk);
           for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){                                   }
             if(freq[jk][m][i] !=0 ) { /* minimizing output */                                   if( iage <= iagemax){
               if(first==1){                                           if(pos>=1.e-5){
                 printf(" %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][i]);                                                   fprintf(ficresp," %d %.5f %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);
               }                                                   fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage,prop[jk][iage]/pospropta, prop[jk][iage],pospropta);
               fprintf(ficlog," %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][i]);                                                   /*probs[iage][jk][j1]= pp[jk]/pos;*/
             }                                                   /*printf("\niage=%d jk=%d j1=%d %.5f %.0f %.0f %f",iage,jk,j1,pp[jk]/pos, pp[jk],pos,probs[iage][jk][j1]);*/
             if(jk!=0 && m!=0)                                           }
               fprintf(ficresphtmfr,"<td>%.0f</td> ",freq[jk][m][i]);                                           else{
           }                                                   fprintf(ficresp," %d NaNq %.0f %.0f",iage,prop[jk][iage],pospropta);
         }                                                   fprintf(ficresphtm,"<th>%d</th><td>NaNq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",iage, prop[jk][iage],pospropta);
         fprintf(ficresphtmfr,"</tr>\n ");                                           }
         if(i <= iagemax){                                   }
           fprintf(ficresp,"\n");                                   pospropt[jk] +=posprop[jk];
           fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");                           } /* end loop jk */
         }                           /* pospropt=0.; */
         if(first==1)                           for(jk=-1; jk <=nlstate+ndeath; jk++){
           printf("Others in log...\n");                                   for(m=-1; m <=nlstate+ndeath; m++){
         fprintf(ficlog,"\n");                                           if(freq[jk][m][iage] !=0 ) { /* minimizing output */
       } /* end loop i */                                                   if(first==1){
       fprintf(ficresphtm,"</table>\n");                                                           printf(" %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);
       fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");                                                   }
       /*}*/                                                   fprintf(ficlog," %d%d=%.0f",jk,m,freq[jk][m][iage]);
   } /* end j1 */                                           }
   dateintmean=dateintsum/k2cpt;                                            if(jk!=0 && m!=0)
                                                     fprintf(ficresphtmfr,"<td>%.0f</td> ",freq[jk][m][iage]);
   fclose(ficresp);                                   }
   fclose(ficresphtm);                           } /* end loop jk */
   fclose(ficresphtmfr);                           posproptt=0.; 
   free_ma3x(freq,-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath, iagemin, iagemax+3);                           for(jk=1; jk <=nlstate; jk++){
   free_vector(pp,1,nlstate);                                   posproptt += pospropt[jk];
   free_matrix(prop,1,nlstate,iagemin, iagemax+3);                           }
   /* End of Freq */                           fprintf(ficresphtmfr,"</tr>\n ");
 }                           if(iage <= iagemax){
                                    fprintf(ficresp,"\n");
                                    fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");
                            }
                            if(first==1)
                                    printf("Others in log...\n");
                            fprintf(ficlog,"\n");
                    } /* end loop age iage */
                    fprintf(ficresphtm,"<tr><th>Tot</th>");
                    for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){
                            if(posproptt < 1.e-5){
                                    fprintf(ficresphtm,"<td>Nanq</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk],posproptt);  
                            }else{
                                    fprintf(ficresphtm,"<td>%.5f</td><td>%.0f</td><td>%.0f</td>",pospropt[jk]/posproptt,pospropt[jk],posproptt);   
                            }
                    }
                    fprintf(ficresphtm,"</tr>\n");
                    fprintf(ficresphtm,"</table>\n");
                    fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");
                    if(posproptt < 1.e-5){
                            fprintf(ficresphtm,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);
                            fprintf(ficresphtmfr,"\n <p><b> This combination (%d) is not valid and no result will be produced</b></p>",j1);
                            fprintf(ficres,"\n  This combination (%d) is not valid and no result will be produced\n\n",j1);
                            invalidvarcomb[j1]=1;
                    }else{
                            fprintf(ficresphtm,"\n <p> This combination (%d) is valid and result will be produced.</p>",j1);
                            invalidvarcomb[j1]=0;
                    }
                    fprintf(ficresphtmfr,"</table>\n");
            } /* end selected combination of covariate j1 */
            dateintmean=dateintsum/k2cpt; 
                    
            fclose(ficresp);
            fclose(ficresphtm);
            fclose(ficresphtmfr);
            free_ma3x(freq,-5,nlstate+ndeath,-5,nlstate+ndeath, iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);
            free_vector(pospropt,1,nlstate);
            free_vector(posprop,1,nlstate);
            free_matrix(prop,1,nlstate,iagemin-AGEMARGE, iagemax+3+AGEMARGE);
            free_vector(pp,1,nlstate);
            /* End of Freq */
    }
   
 /************ Prevalence ********************/  /************ Prevalence ********************/
 void prevalence(double ***probs, double agemin, double agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass)  void prevalence(double ***probs, double agemin, double agemax, int **s, double **agev, int nlstate, int imx, int *Tvar, int **nbcode, int *ncodemax,double **mint,double **anint, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass)
Line 3842  void prevalence(double ***probs, double Line 4016  void prevalence(double ***probs, double
   iagemin= (int) agemin;    iagemin= (int) agemin;
   iagemax= (int) agemax;    iagemax= (int) agemax;
   /*pp=vector(1,nlstate);*/    /*pp=vector(1,nlstate);*/
   prop=matrix(1,nlstate,iagemin,iagemax+3);     prop=matrix(1,nlstate,iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE); 
   /*  freq=ma3x(-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath,iagemin,iagemax+3);*/    /*  freq=ma3x(-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath,iagemin,iagemax+3);*/
   j1=0;    j1=0;
       
Line 3850  void prevalence(double ***probs, double Line 4024  void prevalence(double ***probs, double
   if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}    if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}
       
   first=1;    first=1;
   for(j1=1; j1<= (int) pow(2,cptcoveff);j1++){    for(j1=1; j1<= (int) pow(2,cptcoveff);j1++){ /* For each combination of covariate */
     for (i=1; i<=nlstate; i++)        for (i=1; i<=nlstate; i++)  
       for(iage=iagemin; iage <= iagemax+3; iage++)        for(iage=iagemin-AGEMARGE; iage <= iagemax+3+AGEMARGE; iage++)
         prop[i][iage]=0.0;                                  prop[i][iage]=0.0;
           
     for (i=1; i<=imx; i++) { /* Each individual */      for (i=1; i<=imx; i++) { /* Each individual */
       bool=1;        bool=1;
       if  (cptcovn>0) {  /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */        if  (cptcovn>0) {  /* Filter is here: Must be looked at for model=V1+V2+V3+V4 */
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++)                                   for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) /* For each covariate, look at the value for individual i and checks if it is equal to the corresponding value of this covariate according to current combination j1*/
           if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)])                                           if (covar[Tvaraff[z1]][i]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]) 
             bool=0;                                                  bool=0;
       }         } 
       if (bool==1) {         if (bool==1) { /* For this combination of covariates values, this individual fits */
         /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){/\* Other selection (we can limit to certain interviews*\/ */                                  /* for(m=firstpass; m<=lastpass; m++){/\* Other selection (we can limit to certain interviews*\/ */
         for(mi=1; mi<wav[i];mi++){                                  for(mi=1; mi<wav[i];mi++){
           m=mw[mi][i];                                          m=mw[mi][i];
           agebegin=agev[m][i]; /* Age at beginning of wave before transition*/                                          agebegin=agev[m][i]; /* Age at beginning of wave before transition*/
           /* ageend=agev[m][i]+(dh[m][i])*stepm/YEARM; /\* Age at end of wave and transition *\/ */                                          /* ageend=agev[m][i]+(dh[m][i])*stepm/YEARM; /\* Age at end of wave and transition *\/ */
           if(m >=firstpass && m <=lastpass){                                          if(m >=firstpass && m <=lastpass){
             y2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.); /* Fractional date in year */                                                  y2=anint[m][i]+(mint[m][i]/12.); /* Fractional date in year */
             if ((y2>=dateprev1) && (y2<=dateprev2)) { /* Here is the main selection (fractional years) */                                                  if ((y2>=dateprev1) && (y2<=dateprev2)) { /* Here is the main selection (fractional years) */
               if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=iagemax+1;                                                          if(agev[m][i]==0) agev[m][i]=iagemax+1;
               if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=iagemax+2;                                                          if(agev[m][i]==1) agev[m][i]=iagemax+2;
               if((int)agev[m][i] <iagemin || (int)agev[m][i] >iagemax+3) printf("Error on individual =%d agev[m][i]=%f m=%d\n",i, agev[m][i],m);                                                           if((int)agev[m][i] <iagemin-AGEMARGE || (int)agev[m][i] >iagemax+3+AGEMARGE){
               if (s[m][i]>0 && s[m][i]<=nlstate) {                                                                   printf("Error on individual # %d agev[m][i]=%f <%d-%d or > %d+3+%d  m=%d; either change agemin or agemax or fix data\n",i, agev[m][i],iagemin,AGEMARGE, iagemax,AGEMARGE,m); 
                 /*if(i>4620) printf(" i=%d m=%d s[m][i]=%d (int)agev[m][i]=%d weight[i]=%f prop=%f\n",i,m,s[m][i],(int)agev[m][m],weight[i],prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]]);*/                                                                  exit(1);
                 prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];/* At age of beginning of transition, where status is known */                                                          }
                 prop[s[m][i]][iagemax+3] += weight[i];                                                           if (s[m][i]>0 && s[m][i]<=nlstate) { 
               } /* end valid statuses */                                                                   /*if(i>4620) printf(" i=%d m=%d s[m][i]=%d (int)agev[m][i]=%d weight[i]=%f prop=%f\n",i,m,s[m][i],(int)agev[m][m],weight[i],prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]]);*/
             } /* end selection of dates */                                                                  prop[s[m][i]][(int)agev[m][i]] += weight[i];/* At age of beginning of transition, where status is known */
           } /* end selection of waves */                                                                  prop[s[m][i]][iagemax+3] += weight[i]; 
         } /* end effective waves */                                                          } /* end valid statuses */ 
                                                   } /* end selection of dates */
                                           } /* end selection of waves */
                                   } /* end effective waves */
       } /* end bool */        } /* end bool */
     }      }
     for(i=iagemin; i <= iagemax+3; i++){        for(i=iagemin; i <= iagemax+3; i++){  
       for(jk=1,posprop=0; jk <=nlstate ; jk++) {         for(jk=1,posprop=0; jk <=nlstate ; jk++) { 
         posprop += prop[jk][i];                                   posprop += prop[jk][i]; 
       }         } 
               
       for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){               for(jk=1; jk <=nlstate ; jk++){       
         if( i <=  iagemax){                                   if( i <=  iagemax){ 
           if(posprop>=1.e-5){                                           if(posprop>=1.e-5){ 
             probs[i][jk][j1]= prop[jk][i]/posprop;                                                  probs[i][jk][j1]= prop[jk][i]/posprop;
           } else{                                          } else{
             if(first==1){                                                  if(first==1){
               first=0;                                                          first=0;
               printf("Warning Observed prevalence probs[%d][%d][%d]=%lf because of lack of cases\nSee others on log file...\n",jk,i,j1,probs[i][jk][j1]);                                                          printf("Warning Observed prevalence probs[%d][%d][%d]=%lf because of lack of cases\nSee others on log file...\n",jk,i,j1,probs[i][jk][j1]);
             }                                                  }
           }                                          }
         }                                   } 
       }/* end jk */         }/* end jk */ 
     }/* end i */       }/* end i */ 
     /*} *//* end i1 */      /*} *//* end i1 */
Line 3907  void prevalence(double ***probs, double Line 4084  void prevalence(double ***probs, double
       
   /*  free_ma3x(freq,-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath, iagemin, iagemax+3);*/    /*  free_ma3x(freq,-1,nlstate+ndeath,-1,nlstate+ndeath, iagemin, iagemax+3);*/
   /*free_vector(pp,1,nlstate);*/    /*free_vector(pp,1,nlstate);*/
   free_matrix(prop,1,nlstate, iagemin,iagemax+3);    free_matrix(prop,1,nlstate, iagemin-AGEMARGE,iagemax+3+AGEMARGE);
 }  /* End of prevalence */  }  /* End of prevalence */
   
 /************* Waves Concatenation ***************/  /************* Waves Concatenation ***************/
Line 3924  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4101  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
   int i, mi, m;    int i, mi, m;
   /* int j, k=0,jk, ju, jl,jmin=1e+5, jmax=-1;    /* int j, k=0,jk, ju, jl,jmin=1e+5, jmax=-1;
      double sum=0., jmean=0.;*/       double sum=0., jmean=0.;*/
   int first, firstwo, firsthree;    int first, firstwo, firsthree, firstfour;
   int j, k=0,jk, ju, jl;    int j, k=0,jk, ju, jl;
   double sum=0.;    double sum=0.;
   first=0;    first=0;
   firstwo=0;    firstwo=0;
   firsthree=0;    firsthree=0;
     firstfour=0;
   jmin=100000;    jmin=100000;
   jmax=-1;    jmax=-1;
   jmean=0.;    jmean=0.;
Line 3944  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4122  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
         if(s[m][i]==-1 && (int) andc[i] == 9999 && (int)anint[m][i] != 9999){          if(s[m][i]==-1 && (int) andc[i] == 9999 && (int)anint[m][i] != 9999){
           if(firsthree == 0){            if(firsthree == 0){
             printf("Information! Unknown health status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);              printf("Information! Unknown health status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);
             fprintf(ficlog,"Information! Unknown status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);  
             firsthree=1;              firsthree=1;
           }else{  
             fprintf(ficlog,"Information! Unknown status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);  
           }            }
             fprintf(ficlog,"Information! Unknown status for individual %ld line=%d occurred at last wave %d at known date %d/%d. Please, check if your unknown date of death %d/%d means a live state %d at wave %d. This case(%d)/wave(%d) contributes to the likelihood.\n",num[i],i,lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], (int) moisdc[i], (int) andc[i], s[m][i], m, i, m);
           mw[++mi][i]=m;            mw[++mi][i]=m;
         }          }
         if(s[m][i]==-2){ /* Vital status is really unknown */          if(s[m][i]==-2){ /* Vital status is really unknown */
Line 3977  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4153  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
       /* s[m][i]=nlstate+1;  /\* We are setting the status to the last of non live state *\/ */        /* s[m][i]=nlstate+1;  /\* We are setting the status to the last of non live state *\/ */
       /* mw[mi][i]=m; */        /* mw[mi][i]=m; */
       nberr++;        nberr++;
       if(firstwo==0){        if ((int)anint[m][i]!= 9999) { /* date of last interview is known */
         printf("Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );          if(firstwo==0){
         fprintf(ficlog,"Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );            printf("Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );
         firstwo=1;            firstwo=1;
       }else if(firstwo==1){          }
         fprintf(ficlog,"Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );          fprintf(ficlog,"Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d after last wave %d interviewed at %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );
         }else{ /* end date of interview is known */
           /* death is known but not confirmed by death status at any wave */
           if(firstfour==0){
             printf("Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d but not confirmed by any death status for any wave, including last wave %d at unknown date %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\nOthers in log file only\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );
             firstfour=1;
           }
           fprintf(ficlog,"Error! Death for individual %ld line=%d  occurred %d/%d but not confirmed by any death status for any wave, including last wave %d at unknown date %d/%d. Potential bias if other individuals are still alive at this date but ignored. This case (%d)/wave (%d) is skipped, no contribution to likelihood.\n",num[i],i,(int) moisdc[i], (int) andc[i], lastpass,(int)mint[m][i],(int)anint[m][i], i,m );
       }        }
     }      }
     wav[i]=mi;      wav[i]=mi;
Line 4091  void  concatwav(int wav[], int **dh, int Line 4274  void  concatwav(int wav[], int **dh, int
  }   }
   
 /*********** Tricode ****************************/  /*********** Tricode ****************************/
 void tricode(int *Tvar, int **nbcode, int imx, int *Ndum)   void tricode(int *cptcov, int *Tvar, int **nbcode, int imx, int *Ndum)
 {  {
   /**< Uses cptcovn+2*cptcovprod as the number of covariates */    /**< Uses cptcovn+2*cptcovprod as the number of covariates */
   /*      Tvar[i]=atoi(stre);  find 'n' in Vn and stores in Tvar. If model=V2+V1 Tvar[1]=2 and Tvar[2]=1     /*      Tvar[i]=atoi(stre);  find 'n' in Vn and stores in Tvar. If model=V2+V1 Tvar[1]=2 and Tvar[2]=1 
    * Boring subroutine which should only output nbcode[Tvar[j]][k]     * Boring subroutine which should only output nbcode[Tvar[j]][k]
    * Tvar[5] in V2+V1+V3*age+V2*V4 is 2 (V2)     * Tvar[5] in V2+V1+V3*age+V2*V4 is 2 (V2)
    * nbcode[Tvar[j]][1]=      * nbcode[Tvar[5]][1]= nbcode[2][1]=0, nbcode[2][2]=1 (usually);
   */    */
   
   int ij=1, k=0, j=0, i=0, maxncov=NCOVMAX;    int ij=1, k=0, j=0, i=0, maxncov=NCOVMAX;
Line 4106  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in Line 4289  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in
   int modmincovj=0; /* Modality min of covariates j */    int modmincovj=0; /* Modality min of covariates j */
   
   
   cptcoveff=0;     /* cptcoveff=0;  */
           *cptcov=0;
     
   for (k=1; k <= maxncov; k++) ncodemax[k]=0; /* Horrible constant again replaced by NCOVMAX */    for (k=1; k <= maxncov; k++) ncodemax[k]=0; /* Horrible constant again replaced by NCOVMAX */
   
Line 4114  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in Line 4298  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in
   for (j=1; j<=(cptcovs); j++) { /* From model V1 + V2*age+ V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only */    for (j=1; j<=(cptcovs); j++) { /* From model V1 + V2*age+ V3 + V3*V4 keeps V1 + V3 = 2 only */
     for (k=-1; k < maxncov; k++) Ndum[k]=0;      for (k=-1; k < maxncov; k++) Ndum[k]=0;
     for (i=1; i<=imx; i++) { /* Loop on individuals: reads the data file to get the maximum value of the       for (i=1; i<=imx; i++) { /* Loop on individuals: reads the data file to get the maximum value of the 
                                modality of this covariate Vj*/                                                                                                                                   modality of this covariate Vj*/ 
       ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]); /* ij=0 or 1 or -1. Value of the covariate Tvar[j] for individual i        ij=(int)(covar[Tvar[j]][i]); /* ij=0 or 1 or -1. Value of the covariate Tvar[j] for individual i
                                     * If product of Vn*Vm, still boolean *:                                                                                                                                                  * If product of Vn*Vm, still boolean *:
                                     * If it was coded 1, 2, 3, 4 should be splitted into 3 boolean variables                                                                                                                                                  * If it was coded 1, 2, 3, 4 should be splitted into 3 boolean variables
                                     * 1 => 0 0 0, 2 => 0 0 1, 3 => 0 1 1, 4=1 0 0   */                                                                                                                                                  * 1 => 0 0 0, 2 => 0 0 1, 3 => 0 1 1, 4=1 0 0   */
       /* Finds for covariate j, n=Tvar[j] of Vn . ij is the        /* Finds for covariate j, n=Tvar[j] of Vn . ij is the
                                       modality of the nth covariate of individual i. */                                        modality of the nth covariate of individual i. */
       if (ij > modmaxcovj)        if (ij > modmaxcovj)
         modmaxcovj=ij;           modmaxcovj=ij; 
       else if (ij < modmincovj)         else if (ij < modmincovj) 
         modmincovj=ij;                                   modmincovj=ij; 
       if ((ij < -1) && (ij > NCOVMAX)){        if ((ij < -1) && (ij > NCOVMAX)){
         printf( "Error: minimal is less than -1 or maximal is bigger than %d. Exiting. \n", NCOVMAX );                                  printf( "Error: minimal is less than -1 or maximal is bigger than %d. Exiting. \n", NCOVMAX );
         exit(1);                                  exit(1);
       }else        }else
       Ndum[ij]++; /*counts and stores the occurence of this modality 0, 1, -1*/        Ndum[ij]++; /*counts and stores the occurence of this modality 0, 1, -1*/
       /*  If coded 1, 2, 3 , counts the number of 1 Ndum[1], number of 2, Ndum[2], etc */        /*  If coded 1, 2, 3 , counts the number of 1 Ndum[1], number of 2, Ndum[2], etc */
Line 4145  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in Line 4329  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in
       printf("Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);        printf("Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);
       fprintf(ficlog, "Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);        fprintf(ficlog, "Frequencies of covariates %d ie V%d with value %d: %d\n", j, Tvar[j], k, Ndum[k]);
       if( Ndum[k] != 0 ){ /* Counts if nobody answered modality k ie empty modality, we skip it and reorder */        if( Ndum[k] != 0 ){ /* Counts if nobody answered modality k ie empty modality, we skip it and reorder */
         if( k != -1){                                  if( k != -1){
           ncodemax[j]++;  /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th                                          ncodemax[j]++;  /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th
                              covariate for which somebody answered excluding                                                                                                                    covariate for which somebody answered excluding 
                              undefined. Usually 2: 0 and 1. */                                                                                                                   undefined. Usually 2: 0 and 1. */
         }                                  }
         ncodemaxwundef[j]++; /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th                                  ncodemaxwundef[j]++; /* ncodemax[j]= Number of modalities of the j th
                              covariate for which somebody answered including                                                                                                                                   covariate for which somebody answered including 
                              undefined. Usually 3: -1, 0 and 1. */                                                                                                                                  undefined. Usually 3: -1, 0 and 1. */
       }        }
       /* In fact  ncodemax[j]=2 (dichotom. variables only) but it could be more for        /* In fact  ncodemax[j]=2 (dichotom. variables only) but it could be more for
          historical reasons: 3 if coded 1, 2, 3 and 4 and Ndum[2]=0 */                                   historical reasons: 3 if coded 1, 2, 3 and 4 and Ndum[2]=0 */
     } /* Ndum[-1] number of undefined modalities */      } /* Ndum[-1] number of undefined modalities */
                   
     /* j is a covariate, n=Tvar[j] of Vn; Fills nbcode */      /* j is a covariate, n=Tvar[j] of Vn; Fills nbcode */
     /* For covariate j, modalities could be 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7.       /* For covariate j, modalities could be 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7. 
        If Ndum[1]=0, Ndum[2]=0, Ndum[3]= 635, Ndum[4]=0, Ndum[5]=0, Ndum[6]=27, Ndum[7]=125;         If Ndum[1]=0, Ndum[2]=0, Ndum[3]= 635, Ndum[4]=0, Ndum[5]=0, Ndum[6]=27, Ndum[7]=125;
Line 4174  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in Line 4358  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in
     ij=0; /* ij is similar to i but can jump over null modalities */      ij=0; /* ij is similar to i but can jump over null modalities */
     for (i=modmincovj; i<=modmaxcovj; i++) { /* i= 1 to 2 for dichotomous, or from 1 to 3 or from -1 or 0 to 1 currently*/      for (i=modmincovj; i<=modmaxcovj; i++) { /* i= 1 to 2 for dichotomous, or from 1 to 3 or from -1 or 0 to 1 currently*/
         if (Ndum[i] == 0) { /* If nobody responded to this modality k */          if (Ndum[i] == 0) { /* If nobody responded to this modality k */
           break;                                  break;
         }                          }
         ij++;          ij++;
         nbcode[Tvar[j]][ij]=i;  /* stores the original value of modality i in an array nbcode, ij modality from 1 to last non-nul modality.*/          nbcode[Tvar[j]][ij]=i;  /* stores the original value of modality i in an array nbcode, ij modality from 1 to last non-nul modality.*/
         cptcode = ij; /* New max modality for covar j */          cptcode = ij; /* New max modality for covar j */
Line 4196  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in Line 4380  void tricode(int *Tvar, int **nbcode, in
     /*   }  /\* end of loop on modality k *\/ */      /*   }  /\* end of loop on modality k *\/ */
   } /* end of loop on model-covariate j. nbcode[Tvarj][1]=0 and nbcode[Tvarj][2]=1 sets the value of covariate j*/      } /* end of loop on model-covariate j. nbcode[Tvarj][1]=0 and nbcode[Tvarj][2]=1 sets the value of covariate j*/  
       
  for (k=-1; k< maxncov; k++) Ndum[k]=0;           for (k=-1; k< maxncov; k++) Ndum[k]=0; 
       
   for (i=1; i<=ncovmodel-2-nagesqr; i++) { /* -2, cste and age and eventually age*age */     for (i=1; i<=ncovmodel-2-nagesqr; i++) { /* -2, cste and age and eventually age*age */ 
    /* Listing of all covariables in statement model to see if some covariates appear twice. For example, V1 appears twice in V1+V1*V2.*/                   /* Listing of all covariables in statement model to see if some covariates appear twice. For example, V1 appears twice in V1+V1*V2.*/ 
    ij=Tvar[i]; /* Tvar might be -1 if status was unknown */                   ij=Tvar[i]; /* Tvar might be -1 if status was unknown */ 
    Ndum[ij]++; /* Might be supersed V1 + V1*age */                  Ndum[ij]++; /* Might be supersed V1 + V1*age */
  }           } 
           
  ij=0;          ij=0;
  for (i=0; i<=  maxncov-1; i++) { /* modmaxcovj is unknown here. Only Ndum[2(V2),3(age*V3), 5(V3*V2) 6(V1*V4) */          for (i=0; i<=  maxncov-1; i++) { /* modmaxcovj is unknown here. Only Ndum[2(V2),3(age*V3), 5(V3*V2) 6(V1*V4) */
    /*printf("Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/                  /*printf("Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/
    if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol)){                  if((Ndum[i]!=0) && (i<=ncovcol)){
      ij++;                          ij++;
      /*printf("diff Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/                          /*printf("diff Ndum[%d]=%d\n",i, Ndum[i]);*/
      Tvaraff[ij]=i; /*For printing (unclear) */                          Tvaraff[ij]=i; /*For printing (unclear) */
    }else{                  }else{
        /* Tvaraff[ij]=0; */                          /* Tvaraff[ij]=0; */
    }                  }
  }          }
  /* ij--; */          /* ij--; */
  cptcoveff=ij; /*Number of total covariates*/          /* cptcoveff=ij; /\*Number of total covariates*\/ */
           *cptcov=ij; /*Number of total covariates*/
           
 }  }
   
   
Line 4429  void cvevsij(double ***eij, double x[], Line 4614  void cvevsij(double ***eij, double x[],
     /* Typically if 20 years nstepm = 20*12/6=40 stepm */       /* Typically if 20 years nstepm = 20*12/6=40 stepm */ 
     /* if (stepm >= YEARM) hstepm=1;*/      /* if (stepm >= YEARM) hstepm=1;*/
     nhstepma = nstepma/hstepm;/* Expressed in hstepm, typically nhstepma=40/4=10 */      nhstepma = nstepma/hstepm;/* Expressed in hstepm, typically nhstepma=40/4=10 */
                   
     /* If stepm=6 months */      /* If stepm=6 months */
     /* Computed by stepm unit matrices, product of hstepma matrices, stored      /* Computed by stepm unit matrices, product of hstepma matrices, stored
        in an array of nhstepma length: nhstepma=10, hstepm=4, stepm=6 months */         in an array of nhstepma length: nhstepma=10, hstepm=4, stepm=6 months */
           
     hf=hstepm*stepm/YEARM;  /* Duration of hstepm expressed in year unit. */      hf=hstepm*stepm/YEARM;  /* Duration of hstepm expressed in year unit. */
                   
     /* Computing  Variances of health expectancies */      /* Computing  Variances of health expectancies */
     /* Gradient is computed with plus gp and minus gm. Code is duplicated in order to      /* Gradient is computed with plus gp and minus gm. Code is duplicated in order to
        decrease memory allocation */         decrease memory allocation */
     for(theta=1; theta <=npar; theta++){      for(theta=1; theta <=npar; theta++){
       for(i=1; i<=npar; i++){         for(i=1; i<=npar; i++){ 
         xp[i] = x[i] + (i==theta ?delti[theta]:0);                                  xp[i] = x[i] + (i==theta ?delti[theta]:0);
         xm[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:0);                                  xm[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:0);
       }        }
       hpxij(p3matp,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, cij);          hpxij(p3matp,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, cij);  
       hpxij(p3matm,nhstepm,age,hstepm,xm,nlstate,stepm,oldm,savm, cij);          hpxij(p3matm,nhstepm,age,hstepm,xm,nlstate,stepm,oldm,savm, cij);  
                             
       for(j=1; j<= nlstate; j++){        for(j=1; j<= nlstate; j++){
         for(i=1; i<=nlstate; i++){                                  for(i=1; i<=nlstate; i++){
           for(h=0; h<=nhstepm-1; h++){                                          for(h=0; h<=nhstepm-1; h++){
             gp[h][(j-1)*nlstate + i] = (p3matp[i][j][h]+p3matp[i][j][h+1])/2.;                                                  gp[h][(j-1)*nlstate + i] = (p3matp[i][j][h]+p3matp[i][j][h+1])/2.;
             gm[h][(j-1)*nlstate + i] = (p3matm[i][j][h]+p3matm[i][j][h+1])/2.;                                                  gm[h][(j-1)*nlstate + i] = (p3matm[i][j][h]+p3matm[i][j][h+1])/2.;
           }                                          }
         }                                  }
       }        }
                                
       for(ij=1; ij<= nlstate*nlstate; ij++)        for(ij=1; ij<= nlstate*nlstate; ij++)
         for(h=0; h<=nhstepm-1; h++){                                  for(h=0; h<=nhstepm-1; h++){
           gradg[h][theta][ij]= (gp[h][ij]-gm[h][ij])/2./delti[theta];                                          gradg[h][theta][ij]= (gp[h][ij]-gm[h][ij])/2./delti[theta];
         }                                  }
     }/* End theta */      }/* End theta */
           
           
     for(h=0; h<=nhstepm-1; h++)      for(h=0; h<=nhstepm-1; h++)
       for(j=1; j<=nlstate*nlstate;j++)        for(j=1; j<=nlstate*nlstate;j++)
         for(theta=1; theta <=npar; theta++)                                  for(theta=1; theta <=npar; theta++)
           trgradg[h][j][theta]=gradg[h][theta][j];                                          trgradg[h][j][theta]=gradg[h][theta][j];
           
                   
      for(ij=1;ij<=nlstate*nlstate;ij++)                  for(ij=1;ij<=nlstate*nlstate;ij++)
       for(ji=1;ji<=nlstate*nlstate;ji++)        for(ji=1;ji<=nlstate*nlstate;ji++)
         varhe[ij][ji][(int)age] =0.;                                  varhe[ij][ji][(int)age] =0.;
                   
      printf("%d|",(int)age);fflush(stdout);                  printf("%d|",(int)age);fflush(stdout);
      fprintf(ficlog,"%d|",(int)age);fflush(ficlog);                  fprintf(ficlog,"%d|",(int)age);fflush(ficlog);
      for(h=0;h<=nhstepm-1;h++){                  for(h=0;h<=nhstepm-1;h++){
       for(k=0;k<=nhstepm-1;k++){        for(k=0;k<=nhstepm-1;k++){
         matprod2(dnewm,trgradg[h],1,nlstate*nlstate,1,npar,1,npar,matcov);                                  matprod2(dnewm,trgradg[h],1,nlstate*nlstate,1,npar,1,npar,matcov);
         matprod2(doldm,dnewm,1,nlstate*nlstate,1,npar,1,nlstate*nlstate,gradg[k]);                                  matprod2(doldm,dnewm,1,nlstate*nlstate,1,npar,1,nlstate*nlstate,gradg[k]);
         for(ij=1;ij<=nlstate*nlstate;ij++)                                  for(ij=1;ij<=nlstate*nlstate;ij++)
           for(ji=1;ji<=nlstate*nlstate;ji++)                                          for(ji=1;ji<=nlstate*nlstate;ji++)
             varhe[ij][ji][(int)age] += doldm[ij][ji]*hf*hf;                                                  varhe[ij][ji][(int)age] += doldm[ij][ji]*hf*hf;
       }        }
     }      }
                   
     /* Computing expectancies */      /* Computing expectancies */
     hpxij(p3matm,nhstepm,age,hstepm,x,nlstate,stepm,oldm, savm, cij);        hpxij(p3matm,nhstepm,age,hstepm,x,nlstate,stepm,oldm, savm, cij);  
     for(i=1; i<=nlstate;i++)      for(i=1; i<=nlstate;i++)
       for(j=1; j<=nlstate;j++)        for(j=1; j<=nlstate;j++)
         for (h=0, eij[i][j][(int)age]=0; h<=nhstepm-1; h++){                                  for (h=0, eij[i][j][(int)age]=0; h<=nhstepm-1; h++){
           eij[i][j][(int)age] += (p3matm[i][j][h]+p3matm[i][j][h+1])/2.0*hf;                                          eij[i][j][(int)age] += (p3matm[i][j][h]+p3matm[i][j][h+1])/2.0*hf;
                                                     
           /* if((int)age==70)printf("i=%2d,j=%2d,h=%2d,age=%3d,%9.4f,%9.4f,%9.4f\n",i,j,h,(int)age,p3mat[i][j][h],hf,eij[i][j][(int)age]);*/                                          /* if((int)age==70)printf("i=%2d,j=%2d,h=%2d,age=%3d,%9.4f,%9.4f,%9.4f\n",i,j,h,(int)age,p3mat[i][j][h],hf,eij[i][j][(int)age]);*/
                                           
         }                                  }
                   
     fprintf(ficresstdeij,"%3.0f",age );      fprintf(ficresstdeij,"%3.0f",age );
     for(i=1; i<=nlstate;i++){      for(i=1; i<=nlstate;i++){
       eip=0.;        eip=0.;
       vip=0.;        vip=0.;
       for(j=1; j<=nlstate;j++){        for(j=1; j<=nlstate;j++){
         eip += eij[i][j][(int)age];                                  eip += eij[i][j][(int)age];
         for(k=1; k<=nlstate;k++) /* Sum on j and k of cov(eij,eik) */                                  for(k=1; k<=nlstate;k++) /* Sum on j and k of cov(eij,eik) */
           vip += varhe[(j-1)*nlstate+i][(k-1)*nlstate+i][(int)age];                                          vip += varhe[(j-1)*nlstate+i][(k-1)*nlstate+i][(int)age];
         fprintf(ficresstdeij," %9.4f (%.4f)", eij[i][j][(int)age], sqrt(varhe[(j-1)*nlstate+i][(j-1)*nlstate+i][(int)age]) );                                  fprintf(ficresstdeij," %9.4f (%.4f)", eij[i][j][(int)age], sqrt(varhe[(j-1)*nlstate+i][(j-1)*nlstate+i][(int)age]) );
       }        }
       fprintf(ficresstdeij," %9.4f (%.4f)", eip, sqrt(vip));        fprintf(ficresstdeij," %9.4f (%.4f)", eip, sqrt(vip));
     }      }
     fprintf(ficresstdeij,"\n");      fprintf(ficresstdeij,"\n");
                   
     fprintf(ficrescveij,"%3.0f",age );      fprintf(ficrescveij,"%3.0f",age );
     for(i=1; i<=nlstate;i++)      for(i=1; i<=nlstate;i++)
       for(j=1; j<=nlstate;j++){        for(j=1; j<=nlstate;j++){
         cptj= (j-1)*nlstate+i;                                  cptj= (j-1)*nlstate+i;
         for(i2=1; i2<=nlstate;i2++)                                  for(i2=1; i2<=nlstate;i2++)
           for(j2=1; j2<=nlstate;j2++){                                          for(j2=1; j2<=nlstate;j2++){
             cptj2= (j2-1)*nlstate+i2;                                                  cptj2= (j2-1)*nlstate+i2;
             if(cptj2 <= cptj)                                                  if(cptj2 <= cptj)
               fprintf(ficrescveij," %.4f", varhe[cptj][cptj2][(int)age]);                                                          fprintf(ficrescveij," %.4f", varhe[cptj][cptj2][(int)age]);
           }                                          }
       }        }
     fprintf(ficrescveij,"\n");      fprintf(ficrescveij,"\n");
                      
   }    }
   free_matrix(gm,0,nhstepm,1,nlstate*nlstate);    free_matrix(gm,0,nhstepm,1,nlstate*nlstate);
   free_matrix(gp,0,nhstepm,1,nlstate*nlstate);    free_matrix(gp,0,nhstepm,1,nlstate*nlstate);
Line 4532  void cvevsij(double ***eij, double x[], Line 4717  void cvevsij(double ***eij, double x[],
   free_ma3x(p3matp,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);    free_ma3x(p3matp,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
   printf("\n");    printf("\n");
   fprintf(ficlog,"\n");    fprintf(ficlog,"\n");
           
   free_vector(xm,1,npar);    free_vector(xm,1,npar);
   free_vector(xp,1,npar);    free_vector(xp,1,npar);
   free_matrix(dnewm,1,nlstate*nlstate,1,npar);    free_matrix(dnewm,1,nlstate*nlstate,1,npar);
   free_matrix(doldm,1,nlstate*nlstate,1,nlstate*nlstate);    free_matrix(doldm,1,nlstate*nlstate,1,nlstate*nlstate);
   free_ma3x(varhe,1,nlstate*nlstate,1,nlstate*nlstate,(int) bage, (int)fage);    free_ma3x(varhe,1,nlstate*nlstate,1,nlstate*nlstate,(int) bage, (int)fage);
 }  }
    
 /************ Variance ******************/  /************ Variance ******************/
  void varevsij(char optionfilefiname[], double ***vareij, double **matcov, double x[], double delti[], int nlstate, int stepm, double bage, double fage, double **oldm, double **savm, double **prlim, double ftolpl, int *ncvyearp, int ij, int estepm, int cptcov, int cptcod, int popbased, int mobilav, char strstart[])   void varevsij(char optionfilefiname[], double ***vareij, double **matcov, double x[], double delti[], int nlstate, int stepm, double bage, double fage, double **oldm, double **savm, double **prlim, double ftolpl, int *ncvyearp, int ij, int estepm, int cptcov, int cptcod, int popbased, int mobilav, char strstart[])
 {   {
   /* Variance of health expectancies */     /* Variance of health expectancies */
   /*  double **prevalim(double **prlim, int nlstate, double *xp, double age, double **oldm, double ** savm,double ftolpl);*/     /*  double **prevalim(double **prlim, int nlstate, double *xp, double age, double **oldm, double ** savm,double ftolpl);*/
   /* double **newm;*/     /* double **newm;*/
   /* int movingaverage(double ***probs, double bage,double fage, double ***mobaverage, int mobilav)*/     /* int movingaverage(double ***probs, double bage,double fage, double ***mobaverage, int mobilav)*/
     
      /* int movingaverage(); */
      double **dnewm,**doldm;
      double **dnewmp,**doldmp;
      int i, j, nhstepm, hstepm, h, nstepm ;
      int k;
      double *xp;
      double **gp, **gm;  /* for var eij */
      double ***gradg, ***trgradg; /*for var eij */
      double **gradgp, **trgradgp; /* for var p point j */
      double *gpp, *gmp; /* for var p point j */
      double **varppt; /* for var p point j nlstate to nlstate+ndeath */
      double ***p3mat;
      double age,agelim, hf;
      /* double ***mobaverage; */
      int theta;
      char digit[4];
      char digitp[25];
   
      char fileresprobmorprev[FILENAMELENGTH];
   
      if(popbased==1){
        if(mobilav!=0)
          strcpy(digitp,"-POPULBASED-MOBILAV_");
        else strcpy(digitp,"-POPULBASED-NOMOBIL_");
      }
      else 
        strcpy(digitp,"-STABLBASED_");
   
      /* if (mobilav!=0) { */
      /*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
      /*   if (movingaverage(probs, bage, fage, mobaverage,mobilav)!=0){ */
      /*     fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); */
      /*     printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); */
      /*   } */
      /* } */
   
      strcpy(fileresprobmorprev,"PRMORPREV-"); 
      sprintf(digit,"%-d",ij);
      /*printf("DIGIT=%s, ij=%d ijr=%-d|\n",digit, ij,ij);*/
      strcat(fileresprobmorprev,digit); /* Tvar to be done */
      strcat(fileresprobmorprev,digitp); /* Popbased or not, mobilav or not */
      strcat(fileresprobmorprev,fileresu);
      if((ficresprobmorprev=fopen(fileresprobmorprev,"w"))==NULL) {
        printf("Problem with resultfile: %s\n", fileresprobmorprev);
        fprintf(ficlog,"Problem with resultfile: %s\n", fileresprobmorprev);
      }
      printf("Computing total mortality p.j=w1*p1j+w2*p2j+..: result on file '%s' \n",fileresprobmorprev);
      fprintf(ficlog,"Computing total mortality p.j=w1*p1j+w2*p2j+..: result on file '%s' \n",fileresprobmorprev);
      pstamp(ficresprobmorprev);
      fprintf(ficresprobmorprev,"# probabilities of dying before estepm=%d months for people of exact age and weighted probabilities w1*p1j+w2*p2j+... stand dev in()\n",estepm);
      fprintf(ficresprobmorprev,"# Age cov=%-d",ij);
      for(j=nlstate+1; j<=(nlstate+ndeath);j++){
        fprintf(ficresprobmorprev," p.%-d SE",j);
        for(i=1; i<=nlstate;i++)
          fprintf(ficresprobmorprev," w%1d p%-d%-d",i,i,j);
      }  
      fprintf(ficresprobmorprev,"\n");
     
      fprintf(ficgp,"\n# Routine varevsij");
      fprintf(ficgp,"\nunset title \n");
      /* fprintf(fichtm, "#Local time at start: %s", strstart);*/
      fprintf(fichtm,"\n<li><h4> Computing probabilities of dying over estepm months as a weighted average (i.e global mortality independent of initial healh state)</h4></li>\n");
      fprintf(fichtm,"\n<br>%s  <br>\n",digitp);
      /*   } */
      varppt = matrix(nlstate+1,nlstate+ndeath,nlstate+1,nlstate+ndeath);
      pstamp(ficresvij);
      fprintf(ficresvij,"# Variance and covariance of health expectancies e.j \n#  (weighted average of eij where weights are ");
      if(popbased==1)
        fprintf(ficresvij,"the age specific prevalence observed (cross-sectionally) in the population i.e cross-sectionally\n in each health state (popbased=1) (mobilav=%d\n",mobilav);
      else
        fprintf(ficresvij,"the age specific period (stable) prevalences in each health state \n");
      fprintf(ficresvij,"# Age");
      for(i=1; i<=nlstate;i++)
        for(j=1; j<=nlstate;j++)
          fprintf(ficresvij," Cov(e.%1d, e.%1d)",i,j);
      fprintf(ficresvij,"\n");
   
      xp=vector(1,npar);
      dnewm=matrix(1,nlstate,1,npar);
      doldm=matrix(1,nlstate,1,nlstate);
      dnewmp= matrix(nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar);
      doldmp= matrix(nlstate+1,nlstate+ndeath,nlstate+1,nlstate+ndeath);
   
      gradgp=matrix(1,npar,nlstate+1,nlstate+ndeath);
      gpp=vector(nlstate+1,nlstate+ndeath);
      gmp=vector(nlstate+1,nlstate+ndeath);
      trgradgp =matrix(nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar); /* mu or p point j*/
       
   int movingaverage();     if(estepm < stepm){
   double **dnewm,**doldm;       printf ("Problem %d lower than %d\n",estepm, stepm);
   double **dnewmp,**doldmp;     }
   int i, j, nhstepm, hstepm, h, nstepm ;     else  hstepm=estepm;   
   int k;     /* For example we decided to compute the life expectancy with the smallest unit */
   double *xp;     /* hstepm beeing the number of stepms, if hstepm=1 the length of hstepm is stepm. 
   double **gp, **gm;  /* for var eij */        nhstepm is the number of hstepm from age to agelim 
   double ***gradg, ***trgradg; /*for var eij */        nstepm is the number of stepm from age to agelim. 
   double **gradgp, **trgradgp; /* for var p point j */        Look at function hpijx to understand why because of memory size limitations, 
   double *gpp, *gmp; /* for var p point j */        we decided (b) to get a life expectancy respecting the most precise curvature of the
   double **varppt; /* for var p point j nlstate to nlstate+ndeath */        survival function given by stepm (the optimization length). Unfortunately it
   double ***p3mat;        means that if the survival funtion is printed every two years of age and if
   double age,agelim, hf;        you sum them up and add 1 year (area under the trapezoids) you won't get the same 
   double ***mobaverage;        results. So we changed our mind and took the option of the best precision.
   int theta;     */
   char digit[4];     hstepm=hstepm/stepm; /* Typically in stepm units, if stepm=6 & estepm=24 , = 24/6 months = 4 */ 
   char digitp[25];     agelim = AGESUP;
      for (age=bage; age<=fage; age ++){ /* If stepm=6 months */
        nstepm=(int) rint((agelim-age)*YEARM/stepm); /* Typically 20 years = 20*12/6=40 */ 
        nhstepm = nstepm/hstepm;/* Expressed in hstepm, typically nhstepm=40/4=10 */
        p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
        gradg=ma3x(0,nhstepm,1,npar,1,nlstate);
        gp=matrix(0,nhstepm,1,nlstate);
        gm=matrix(0,nhstepm,1,nlstate);
                   
                   
        for(theta=1; theta <=npar; theta++){
          for(i=1; i<=npar; i++){ /* Computes gradient x + delta*/
            xp[i] = x[i] + (i==theta ?delti[theta]:0);
          }
                           
          prevalim(prlim,nlstate,xp,age,oldm,savm,ftolpl,ncvyearp,ij);
                           
          if (popbased==1) {
            if(mobilav ==0){
              for(i=1; i<=nlstate;i++)
                prlim[i][i]=probs[(int)age][i][ij];
            }else{ /* mobilav */ 
              for(i=1; i<=nlstate;i++)
                prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][ij];
            }
          }
                           
          hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);  /* Returns p3mat[i][j][h] for h=1 to nhstepm */
          for(j=1; j<= nlstate; j++){
            for(h=0; h<=nhstepm; h++){
              for(i=1, gp[h][j]=0.;i<=nlstate;i++)
                gp[h][j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][h];
            }
          }
          /* Next for computing probability of death (h=1 means
             computed over hstepm matrices product = hstepm*stepm months) 
             as a weighted average of prlim.
          */
          for(j=nlstate+1;j<=nlstate+ndeath;j++){
            for(i=1,gpp[j]=0.; i<= nlstate; i++)
              gpp[j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][1];
          }    
          /* end probability of death */
                           
          for(i=1; i<=npar; i++) /* Computes gradient x - delta */
            xp[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:0);
                           
          prevalim(prlim,nlstate,xp,age,oldm,savm,ftolpl,ncvyearp, ij);
                           
          if (popbased==1) {
            if(mobilav ==0){
              for(i=1; i<=nlstate;i++)
                prlim[i][i]=probs[(int)age][i][ij];
            }else{ /* mobilav */ 
              for(i=1; i<=nlstate;i++)
                prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][ij];
            }
          }
                           
          hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);  
                           
          for(j=1; j<= nlstate; j++){  /* Sum of wi * eij = e.j */
            for(h=0; h<=nhstepm; h++){
              for(i=1, gm[h][j]=0.;i<=nlstate;i++)
                gm[h][j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][h];
            }
          }
          /* This for computing probability of death (h=1 means
             computed over hstepm matrices product = hstepm*stepm months) 
             as a weighted average of prlim.
          */
          for(j=nlstate+1;j<=nlstate+ndeath;j++){
            for(i=1,gmp[j]=0.; i<= nlstate; i++)
              gmp[j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][1];
          }    
          /* end probability of death */
                           
          for(j=1; j<= nlstate; j++) /* vareij */
            for(h=0; h<=nhstepm; h++){
              gradg[h][theta][j]= (gp[h][j]-gm[h][j])/2./delti[theta];
            }
                           
          for(j=nlstate+1; j<= nlstate+ndeath; j++){ /* var mu */
            gradgp[theta][j]= (gpp[j]-gmp[j])/2./delti[theta];
          }
                           
        } /* End theta */
                   
        trgradg =ma3x(0,nhstepm,1,nlstate,1,npar); /* veij */
                   
        for(h=0; h<=nhstepm; h++) /* veij */
          for(j=1; j<=nlstate;j++)
            for(theta=1; theta <=npar; theta++)
              trgradg[h][j][theta]=gradg[h][theta][j];
                   
        for(j=nlstate+1; j<=nlstate+ndeath;j++) /* mu */
          for(theta=1; theta <=npar; theta++)
            trgradgp[j][theta]=gradgp[theta][j];
                   
                   
        hf=hstepm*stepm/YEARM;  /* Duration of hstepm expressed in year unit. */
        for(i=1;i<=nlstate;i++)
          for(j=1;j<=nlstate;j++)
            vareij[i][j][(int)age] =0.;
                   
        for(h=0;h<=nhstepm;h++){
          for(k=0;k<=nhstepm;k++){
            matprod2(dnewm,trgradg[h],1,nlstate,1,npar,1,npar,matcov);
            matprod2(doldm,dnewm,1,nlstate,1,npar,1,nlstate,gradg[k]);
            for(i=1;i<=nlstate;i++)
              for(j=1;j<=nlstate;j++)
                vareij[i][j][(int)age] += doldm[i][j]*hf*hf;
          }
        }
                   
        /* pptj */
        matprod2(dnewmp,trgradgp,nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar,1,npar,matcov);
        matprod2(doldmp,dnewmp,nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar,nlstate+1,nlstate+ndeath,gradgp);
        for(j=nlstate+1;j<=nlstate+ndeath;j++)
          for(i=nlstate+1;i<=nlstate+ndeath;i++)
            varppt[j][i]=doldmp[j][i];
        /* end ppptj */
        /*  x centered again */
                   
        prevalim(prlim,nlstate,x,age,oldm,savm,ftolpl,ncvyearp,ij);
                   
        if (popbased==1) {
          if(mobilav ==0){
            for(i=1; i<=nlstate;i++)
              prlim[i][i]=probs[(int)age][i][ij];
          }else{ /* mobilav */ 
            for(i=1; i<=nlstate;i++)
              prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][ij];
          }
        }
                   
        /* This for computing probability of death (h=1 means
           computed over hstepm (estepm) matrices product = hstepm*stepm months) 
           as a weighted average of prlim.
        */
        hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,x,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);  
        for(j=nlstate+1;j<=nlstate+ndeath;j++){
          for(i=1,gmp[j]=0.;i<= nlstate; i++) 
            gmp[j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][1]; 
        }    
        /* end probability of death */
                   
        fprintf(ficresprobmorprev,"%3d %d ",(int) age, ij);
        for(j=nlstate+1; j<=(nlstate+ndeath);j++){
          fprintf(ficresprobmorprev," %11.3e %11.3e",gmp[j], sqrt(varppt[j][j]));
          for(i=1; i<=nlstate;i++){
            fprintf(ficresprobmorprev," %11.3e %11.3e ",prlim[i][i],p3mat[i][j][1]);
          }
        } 
        fprintf(ficresprobmorprev,"\n");
                   
        fprintf(ficresvij,"%.0f ",age );
        for(i=1; i<=nlstate;i++)
          for(j=1; j<=nlstate;j++){
            fprintf(ficresvij," %.4f", vareij[i][j][(int)age]);
          }
        fprintf(ficresvij,"\n");
        free_matrix(gp,0,nhstepm,1,nlstate);
        free_matrix(gm,0,nhstepm,1,nlstate);
        free_ma3x(gradg,0,nhstepm,1,npar,1,nlstate);
        free_ma3x(trgradg,0,nhstepm,1,nlstate,1,npar);
        free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
      } /* End age */
      free_vector(gpp,nlstate+1,nlstate+ndeath);
      free_vector(gmp,nlstate+1,nlstate+ndeath);
      free_matrix(gradgp,1,npar,nlstate+1,nlstate+ndeath);
      free_matrix(trgradgp,nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar); /* mu or p point j*/
      /* fprintf(ficgp,"\nunset parametric;unset label; set ter png small size 320, 240"); */
      fprintf(ficgp,"\nunset parametric;unset label; set ter svg size 640, 480");
      /* for(j=nlstate+1; j<= nlstate+ndeath; j++){ *//* Only the first actually */
      fprintf(ficgp,"\n set log y; unset log x;set xlabel \"Age\"; set ylabel \"Force of mortality (year-1)\";");
      fprintf(ficgp,"\nset out \"%s%s.svg\";",subdirf3(optionfilefiname,"VARMUPTJGR-",digitp),digit);
      /*   fprintf(ficgp,"\n plot \"%s\"  u 1:($3*%6.3f) not w l 1 ",fileresprobmorprev,YEARM/estepm); */
      /*   fprintf(ficgp,"\n replot \"%s\"  u 1:(($3+1.96*$4)*%6.3f) t \"95\%% interval\" w l 2 ",fileresprobmorprev,YEARM/estepm); */
      /*   fprintf(ficgp,"\n replot \"%s\"  u 1:(($3-1.96*$4)*%6.3f) not w l 2 ",fileresprobmorprev,YEARM/estepm); */
      fprintf(ficgp,"\n plot \"%s\"  u 1:($3) not w l lt 1 ",subdirf(fileresprobmorprev));
      fprintf(ficgp,"\n replot \"%s\"  u 1:(($3+1.96*$4)) t \"95%% interval\" w l lt 2 ",subdirf(fileresprobmorprev));
      fprintf(ficgp,"\n replot \"%s\"  u 1:(($3-1.96*$4)) not w l lt 2 ",subdirf(fileresprobmorprev));
      fprintf(fichtm,"\n<br> File (multiple files are possible if covariates are present): <A href=\"%s\">%s</a>\n",subdirf(fileresprobmorprev),subdirf(fileresprobmorprev));
      fprintf(fichtm,"\n<br> Probability is computed over estepm=%d months. <br> <img src=\"%s%s.svg\"> <br>\n", estepm,subdirf3(optionfilefiname,"VARMUPTJGR-",digitp),digit);
      /*  fprintf(fichtm,"\n<br> Probability is computed over estepm=%d months and then divided by estepm and multiplied by %.0f in order to have the probability to die over a year <br> <img src=\"varmuptjgr%s%s.svg\"> <br>\n", stepm,YEARM,digitp,digit);
       */
      /*   fprintf(ficgp,"\nset out \"varmuptjgr%s%s%s.svg\";replot;",digitp,optionfilefiname,digit); */
      fprintf(ficgp,"\nset out;\nset out \"%s%s.svg\";replot;set out;\n",subdirf3(optionfilefiname,"VARMUPTJGR-",digitp),digit);
   
   char fileresprobmorprev[FILENAMELENGTH];     free_vector(xp,1,npar);
      free_matrix(doldm,1,nlstate,1,nlstate);
      free_matrix(dnewm,1,nlstate,1,npar);
      free_matrix(doldmp,nlstate+1,nlstate+ndeath,nlstate+1,nlstate+ndeath);
      free_matrix(dnewmp,nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar);
      free_matrix(varppt,nlstate+1,nlstate+ndeath,nlstate+1,nlstate+ndeath);
      /* if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
      fclose(ficresprobmorprev);
      fflush(ficgp);
      fflush(fichtm); 
    }  /* end varevsij */
   
   if(popbased==1){  /************ Variance of prevlim ******************/
     if(mobilav!=0)   void varprevlim(char fileres[], double **varpl, double **matcov, double x[], double delti[], int nlstate, int stepm, double bage, double fage, double **oldm, double **savm, double **prlim, double ftolpl, int *ncvyearp, int ij, char strstart[])
       strcpy(digitp,"-POPULBASED-MOBILAV_");  {
     else strcpy(digitp,"-POPULBASED-NOMOBIL_");    /* Variance of prevalence limit  for each state ij using current parameters x[] and estimates of neighbourhood give by delti*/
   }    /*  double **prevalim(double **prlim, int nlstate, double *xp, double age, double **oldm, double **savm,double ftolpl);*/
   else   
     strcpy(digitp,"-STABLBASED_");  
   
   if (mobilav!=0) {  
     mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  
     if (movingaverage(probs, bage, fage, mobaverage,mobilav)!=0){  
       fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);  
       printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);  
     }  
   }  
   
   strcpy(fileresprobmorprev,"PRMORPREV-");     double **dnewm,**doldm;
   sprintf(digit,"%-d",ij);    int i, j, nhstepm, hstepm;
   /*printf("DIGIT=%s, ij=%d ijr=%-d|\n",digit, ij,ij);*/    double *xp;
   strcat(fileresprobmorprev,digit); /* Tvar to be done */    double *gp, *gm;
   strcat(fileresprobmorprev,digitp); /* Popbased or not, mobilav or not */    double **gradg, **trgradg;
   strcat(fileresprobmorprev,fileresu);    double **mgm, **mgp;
   if((ficresprobmorprev=fopen(fileresprobmorprev,"w"))==NULL) {    double age,agelim;
     printf("Problem with resultfile: %s\n", fileresprobmorprev);    int theta;
     fprintf(ficlog,"Problem with resultfile: %s\n", fileresprobmorprev);    
   }    pstamp(ficresvpl);
   printf("Computing total mortality p.j=w1*p1j+w2*p2j+..: result on file '%s' \n",fileresprobmorprev);    fprintf(ficresvpl,"# Standard deviation of period (stable) prevalences \n");
   fprintf(ficlog,"Computing total mortality p.j=w1*p1j+w2*p2j+..: result on file '%s' \n",fileresprobmorprev);    fprintf(ficresvpl,"# Age");
   pstamp(ficresprobmorprev);  
   fprintf(ficresprobmorprev,"# probabilities of dying before estepm=%d months for people of exact age and weighted probabilities w1*p1j+w2*p2j+... stand dev in()\n",estepm);  
   fprintf(ficresprobmorprev,"# Age cov=%-d",ij);  
   for(j=nlstate+1; j<=(nlstate+ndeath);j++){  
     fprintf(ficresprobmorprev," p.%-d SE",j);  
     for(i=1; i<=nlstate;i++)  
       fprintf(ficresprobmorprev," w%1d p%-d%-d",i,i,j);  
   }    
   fprintf(ficresprobmorprev,"\n");  
     
   fprintf(ficgp,"\n# Routine varevsij");  
   fprintf(ficgp,"\nunset title \n");  
 /* fprintf(fichtm, "#Local time at start: %s", strstart);*/  
   fprintf(fichtm,"\n<li><h4> Computing probabilities of dying over estepm months as a weighted average (i.e global mortality independent of initial healh state)</h4></li>\n");  
   fprintf(fichtm,"\n<br>%s  <br>\n",digitp);  
 /*   } */  
   varppt = matrix(nlstate+1,nlstate+ndeath,nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   pstamp(ficresvij);  
   fprintf(ficresvij,"# Variance and covariance of health expectancies e.j \n#  (weighted average of eij where weights are ");  
   if(popbased==1)  
     fprintf(ficresvij,"the age specific prevalence observed (cross-sectionally) in the population i.e cross-sectionally\n in each health state (popbased=1) (mobilav=%d\n",mobilav);  
   else  
     fprintf(ficresvij,"the age specific period (stable) prevalences in each health state \n");  
   fprintf(ficresvij,"# Age");  
   for(i=1; i<=nlstate;i++)    for(i=1; i<=nlstate;i++)
     for(j=1; j<=nlstate;j++)        fprintf(ficresvpl," %1d-%1d",i,i);
       fprintf(ficresvij," Cov(e.%1d, e.%1d)",i,j);    fprintf(ficresvpl,"\n");
   fprintf(ficresvij,"\n");  
   
   xp=vector(1,npar);  
   dnewm=matrix(1,nlstate,1,npar);  
   doldm=matrix(1,nlstate,1,nlstate);  
   dnewmp= matrix(nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar);  
   doldmp= matrix(nlstate+1,nlstate+ndeath,nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   
   gradgp=matrix(1,npar,nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   gpp=vector(nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   gmp=vector(nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   trgradgp =matrix(nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar); /* mu or p point j*/  
     
   if(estepm < stepm){  
     printf ("Problem %d lower than %d\n",estepm, stepm);  
   }  
   else  hstepm=estepm;     
   /* For example we decided to compute the life expectancy with the smallest unit */  
   /* hstepm beeing the number of stepms, if hstepm=1 the length of hstepm is stepm.   
      nhstepm is the number of hstepm from age to agelim   
      nstepm is the number of stepm from age to agelim.   
      Look at function hpijx to understand why because of memory size limitations,   
      we decided (b) to get a life expectancy respecting the most precise curvature of the  
      survival function given by stepm (the optimization length). Unfortunately it  
      means that if the survival funtion is printed every two years of age and if  
      you sum them up and add 1 year (area under the trapezoids) you won't get the same   
      results. So we changed our mind and took the option of the best precision.  
   */  
   hstepm=hstepm/stepm; /* Typically in stepm units, if stepm=6 & estepm=24 , = 24/6 months = 4 */   
   agelim = AGESUP;  
   for (age=bage; age<=fage; age ++){ /* If stepm=6 months */  
     nstepm=(int) rint((agelim-age)*YEARM/stepm); /* Typically 20 years = 20*12/6=40 */   
     nhstepm = nstepm/hstepm;/* Expressed in hstepm, typically nhstepm=40/4=10 */  
     p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  
     gradg=ma3x(0,nhstepm,1,npar,1,nlstate);  
     gp=matrix(0,nhstepm,1,nlstate);  
     gm=matrix(0,nhstepm,1,nlstate);  
   
   
     for(theta=1; theta <=npar; theta++){  
       for(i=1; i<=npar; i++){ /* Computes gradient x + delta*/  
         xp[i] = x[i] + (i==theta ?delti[theta]:0);  
       }  
   
       prevalim(prlim,nlstate,xp,age,oldm,savm,ftolpl,ncvyearp,ij);  
   
       if (popbased==1) {  
         if(mobilav ==0){  
           for(i=1; i<=nlstate;i++)  
             prlim[i][i]=probs[(int)age][i][ij];  
         }else{ /* mobilav */   
           for(i=1; i<=nlstate;i++)  
             prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][ij];  
         }  
       }  
     
       hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);  /* Returns p3mat[i][j][h] for h=1 to nhstepm */  
       for(j=1; j<= nlstate; j++){  
         for(h=0; h<=nhstepm; h++){  
           for(i=1, gp[h][j]=0.;i<=nlstate;i++)  
             gp[h][j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][h];  
         }  
       }  
       /* Next for computing probability of death (h=1 means  
          computed over hstepm matrices product = hstepm*stepm months)   
          as a weighted average of prlim.  
       */  
       for(j=nlstate+1;j<=nlstate+ndeath;j++){  
         for(i=1,gpp[j]=0.; i<= nlstate; i++)  
           gpp[j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][1];  
       }      
       /* end probability of death */  
   
       for(i=1; i<=npar; i++) /* Computes gradient x - delta */  
         xp[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:0);  
   
       prevalim(prlim,nlstate,xp,age,oldm,savm,ftolpl,ncvyearp, ij);  
    
       if (popbased==1) {  
         if(mobilav ==0){  
           for(i=1; i<=nlstate;i++)  
             prlim[i][i]=probs[(int)age][i][ij];  
         }else{ /* mobilav */   
           for(i=1; i<=nlstate;i++)  
             prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][ij];  
         }  
       }  
   
       hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,xp,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);    
   
       for(j=1; j<= nlstate; j++){  /* Sum of wi * eij = e.j */  
         for(h=0; h<=nhstepm; h++){  
           for(i=1, gm[h][j]=0.;i<=nlstate;i++)  
             gm[h][j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][h];  
         }  
       }  
       /* This for computing probability of death (h=1 means  
          computed over hstepm matrices product = hstepm*stepm months)   
          as a weighted average of prlim.  
       */  
       for(j=nlstate+1;j<=nlstate+ndeath;j++){  
         for(i=1,gmp[j]=0.; i<= nlstate; i++)  
          gmp[j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][1];  
       }      
       /* end probability of death */  
   
       for(j=1; j<= nlstate; j++) /* vareij */  
         for(h=0; h<=nhstepm; h++){  
           gradg[h][theta][j]= (gp[h][j]-gm[h][j])/2./delti[theta];  
         }  
   
       for(j=nlstate+1; j<= nlstate+ndeath; j++){ /* var mu */  
         gradgp[theta][j]= (gpp[j]-gmp[j])/2./delti[theta];  
       }  
   
     } /* End theta */  
   
     trgradg =ma3x(0,nhstepm,1,nlstate,1,npar); /* veij */  
   
     for(h=0; h<=nhstepm; h++) /* veij */  
       for(j=1; j<=nlstate;j++)  
         for(theta=1; theta <=npar; theta++)  
           trgradg[h][j][theta]=gradg[h][theta][j];  
   
     for(j=nlstate+1; j<=nlstate+ndeath;j++) /* mu */  
       for(theta=1; theta <=npar; theta++)  
         trgradgp[j][theta]=gradgp[theta][j];  
     
   
     hf=hstepm*stepm/YEARM;  /* Duration of hstepm expressed in year unit. */  
     for(i=1;i<=nlstate;i++)  
       for(j=1;j<=nlstate;j++)  
         vareij[i][j][(int)age] =0.;  
   
     for(h=0;h<=nhstepm;h++){  
       for(k=0;k<=nhstepm;k++){  
         matprod2(dnewm,trgradg[h],1,nlstate,1,npar,1,npar,matcov);  
         matprod2(doldm,dnewm,1,nlstate,1,npar,1,nlstate,gradg[k]);  
         for(i=1;i<=nlstate;i++)  
           for(j=1;j<=nlstate;j++)  
             vareij[i][j][(int)age] += doldm[i][j]*hf*hf;  
       }  
     }  
     
     /* pptj */  
     matprod2(dnewmp,trgradgp,nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar,1,npar,matcov);  
     matprod2(doldmp,dnewmp,nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar,nlstate+1,nlstate+ndeath,gradgp);  
     for(j=nlstate+1;j<=nlstate+ndeath;j++)  
       for(i=nlstate+1;i<=nlstate+ndeath;i++)  
         varppt[j][i]=doldmp[j][i];  
     /* end ppptj */  
     /*  x centered again */  
   
     prevalim(prlim,nlstate,x,age,oldm,savm,ftolpl,ncvyearp,ij);  
    
     if (popbased==1) {  
       if(mobilav ==0){  
         for(i=1; i<=nlstate;i++)  
           prlim[i][i]=probs[(int)age][i][ij];  
       }else{ /* mobilav */   
         for(i=1; i<=nlstate;i++)  
           prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][ij];  
       }  
     }  
                
     /* This for computing probability of death (h=1 means  
        computed over hstepm (estepm) matrices product = hstepm*stepm months)   
        as a weighted average of prlim.  
     */  
     hpxij(p3mat,nhstepm,age,hstepm,x,nlstate,stepm,oldm,savm, ij);    
     for(j=nlstate+1;j<=nlstate+ndeath;j++){  
       for(i=1,gmp[j]=0.;i<= nlstate; i++)   
         gmp[j] += prlim[i][i]*p3mat[i][j][1];   
     }      
     /* end probability of death */  
   
     fprintf(ficresprobmorprev,"%3d %d ",(int) age, ij);  
     for(j=nlstate+1; j<=(nlstate+ndeath);j++){  
       fprintf(ficresprobmorprev," %11.3e %11.3e",gmp[j], sqrt(varppt[j][j]));  
       for(i=1; i<=nlstate;i++){  
         fprintf(ficresprobmorprev," %11.3e %11.3e ",prlim[i][i],p3mat[i][j][1]);  
       }  
     }   
     fprintf(ficresprobmorprev,"\n");  
   
     fprintf(ficresvij,"%.0f ",age );  
     for(i=1; i<=nlstate;i++)  
       for(j=1; j<=nlstate;j++){  
         fprintf(ficresvij," %.4f", vareij[i][j][(int)age]);  
       }  
     fprintf(ficresvij,"\n");  
     free_matrix(gp,0,nhstepm,1,nlstate);  
     free_matrix(gm,0,nhstepm,1,nlstate);  
     free_ma3x(gradg,0,nhstepm,1,npar,1,nlstate);  
     free_ma3x(trgradg,0,nhstepm,1,nlstate,1,npar);  
     free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  
   } /* End age */  
   free_vector(gpp,nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   free_vector(gmp,nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   free_matrix(gradgp,1,npar,nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   free_matrix(trgradgp,nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar); /* mu or p point j*/  
   /* fprintf(ficgp,"\nunset parametric;unset label; set ter png small size 320, 240"); */  
   fprintf(ficgp,"\nunset parametric;unset label; set ter svg size 640, 480");  
   /* for(j=nlstate+1; j<= nlstate+ndeath; j++){ *//* Only the first actually */  
   fprintf(ficgp,"\n set log y; unset log x;set xlabel \"Age\"; set ylabel \"Force of mortality (year-1)\";");  
   fprintf(ficgp,"\nset out \"%s%s.svg\";",subdirf3(optionfilefiname,"VARMUPTJGR-",digitp),digit);  
 /*   fprintf(ficgp,"\n plot \"%s\"  u 1:($3*%6.3f) not w l 1 ",fileresprobmorprev,YEARM/estepm); */  
 /*   fprintf(ficgp,"\n replot \"%s\"  u 1:(($3+1.96*$4)*%6.3f) t \"95\%% interval\" w l 2 ",fileresprobmorprev,YEARM/estepm); */  
 /*   fprintf(ficgp,"\n replot \"%s\"  u 1:(($3-1.96*$4)*%6.3f) not w l 2 ",fileresprobmorprev,YEARM/estepm); */  
   fprintf(ficgp,"\n plot \"%s\"  u 1:($3) not w l lt 1 ",subdirf(fileresprobmorprev));  
   fprintf(ficgp,"\n replot \"%s\"  u 1:(($3+1.96*$4)) t \"95%% interval\" w l lt 2 ",subdirf(fileresprobmorprev));  
   fprintf(ficgp,"\n replot \"%s\"  u 1:(($3-1.96*$4)) not w l lt 2 ",subdirf(fileresprobmorprev));  
   fprintf(fichtm,"\n<br> File (multiple files are possible if covariates are present): <A href=\"%s\">%s</a>\n",subdirf(fileresprobmorprev),subdirf(fileresprobmorprev));  
   fprintf(fichtm,"\n<br> Probability is computed over estepm=%d months. <br> <img src=\"%s%s.svg\"> <br>\n", estepm,subdirf3(optionfilefiname,"VARMUPTJGR-",digitp),digit);  
   /*  fprintf(fichtm,"\n<br> Probability is computed over estepm=%d months and then divided by estepm and multiplied by %.0f in order to have the probability to die over a year <br> <img src=\"varmuptjgr%s%s.svg\"> <br>\n", stepm,YEARM,digitp,digit);  
 */  
 /*   fprintf(ficgp,"\nset out \"varmuptjgr%s%s%s.svg\";replot;",digitp,optionfilefiname,digit); */  
   fprintf(ficgp,"\nset out;\nset out \"%s%s.svg\";replot;set out;\n",subdirf3(optionfilefiname,"VARMUPTJGR-",digitp),digit);  
   
   free_vector(xp,1,npar);  
   free_matrix(doldm,1,nlstate,1,nlstate);  
   free_matrix(dnewm,1,nlstate,1,npar);  
   free_matrix(doldmp,nlstate+1,nlstate+ndeath,nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   free_matrix(dnewmp,nlstate+1,nlstate+ndeath,1,npar);  
   free_matrix(varppt,nlstate+1,nlstate+ndeath,nlstate+1,nlstate+ndeath);  
   if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  
   fclose(ficresprobmorprev);  
   fflush(ficgp);  
   fflush(fichtm);   
 }  /* end varevsij */  
   
 /************ Variance of prevlim ******************/  
  void varprevlim(char fileres[], double **varpl, double **matcov, double x[], double delti[], int nlstate, int stepm, double bage, double fage, double **oldm, double **savm, double **prlim, double ftolpl, int *ncvyearp, int ij, char strstart[])  
 {  
   /* Variance of prevalence limit  for each state ij using current parameters x[] and estimates of neighbourhood give by delti*/  
   /*  double **prevalim(double **prlim, int nlstate, double *xp, double age, double **oldm, double **savm,double ftolpl);*/  
   
   double **dnewm,**doldm;  
   int i, j, nhstepm, hstepm;  
   double *xp;  
   double *gp, *gm;  
   double **gradg, **trgradg;  
   double **mgm, **mgp;  
   double age,agelim;  
   int theta;  
     
   pstamp(ficresvpl);  
   fprintf(ficresvpl,"# Standard deviation of period (stable) prevalences \n");  
   fprintf(ficresvpl,"# Age");  
   for(i=1; i<=nlstate;i++)  
       fprintf(ficresvpl," %1d-%1d",i,i);  
   fprintf(ficresvpl,"\n");  
   
   xp=vector(1,npar);    xp=vector(1,npar);
   dnewm=matrix(1,nlstate,1,npar);    dnewm=matrix(1,nlstate,1,npar);
Line 5068  To be simple, these graphs help to under Line 5253  To be simple, these graphs help to under
   tj = (int) pow(2,cptcoveff);    tj = (int) pow(2,cptcoveff);
   if (cptcovn<1) {tj=1;ncodemax[1]=1;}    if (cptcovn<1) {tj=1;ncodemax[1]=1;}
   j1=0;    j1=0;
   for(j1=1; j1<=tj;j1++){    for(j1=1; j1<=tj;j1++){  /* For each valid combination of covariates */
     /*for(i1=1; i1<=ncodemax[t];i1++){ */                  if  (cptcovn>0) {
     /*j1++;*/                          fprintf(ficresprob, "\n#********** Variable "); 
       if  (cptcovn>0) {                          for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprob, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficresprob, "\n#********** Variable ");                           fprintf(ficresprob, "**********\n#\n");
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprob, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                          fprintf(ficresprobcov, "\n#********** Variable "); 
         fprintf(ficresprob, "**********\n#\n");                          for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcov, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficresprobcov, "\n#********** Variable ");                           fprintf(ficresprobcov, "**********\n#\n");
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcov, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                          
         fprintf(ficresprobcov, "**********\n#\n");                          fprintf(ficgp, "\n#********** Variable "); 
                                   for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficgp, " V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficgp, "\n#********** Variable ");                           fprintf(ficgp, "**********\n#\n");
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficgp, " V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                          
         fprintf(ficgp, "**********\n#\n");                          
                                   fprintf(fichtmcov, "\n<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">********** Variable "); 
                                   for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(fichtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(fichtmcov, "\n<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">********** Variable ");                           fprintf(fichtmcov, "**********\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(fichtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                          
         fprintf(fichtmcov, "**********\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");                          fprintf(ficresprobcor, "\n#********** Variable ");    
                                   for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcor, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);
         fprintf(ficresprobcor, "\n#********** Variable ");                              fprintf(ficresprobcor, "**********\n#");    
         for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcor, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]);                          if(invalidvarcomb[j1]){
         fprintf(ficresprobcor, "**********\n#");                                fprintf(ficgp,"\n#Combination (%d) ignored because no cases \n",j1); 
       }                            fprintf(fichtmcov,"\n<h3>Combination (%d) ignored because no cases </h3>\n",j1); 
                                   continue;
       gradg=matrix(1,npar,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));                          }
       trgradg=matrix(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,npar);                  }
       gp=vector(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));                  gradg=matrix(1,npar,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));
       gm=vector(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));                  trgradg=matrix(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,npar);
       for (age=bage; age<=fage; age ++){                   gp=vector(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));
         cov[2]=age;                  gm=vector(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));
         if(nagesqr==1)                  for (age=bage; age<=fage; age ++){ 
           cov[3]= age*age;                          cov[2]=age;
         for (k=1; k<=cptcovn;k++) {                          if(nagesqr==1)
           cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(j1,k)];                                  cov[3]= age*age;
           /*cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(j1,Tvar[k])];*//* j1 1 2 3 4                          for (k=1; k<=cptcovn;k++) {
                                                          * 1  1 1 1 1                                  cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(j1,k)];
                                                          * 2  2 1 1 1                                  /*cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(j1,Tvar[k])];*//* j1 1 2 3 4
                                                          * 3  1 2 1 1                                                                                                                                                                                                                                                                           * 1  1 1 1 1
                                                          */                                                                                                                                                                                                                                                                           * 2  2 1 1 1
           /* nbcode[1][1]=0 nbcode[1][2]=1;*/                                                                                                                                                                                                                                                                           * 3  1 2 1 1
         }                                                                                                                                                                                                                                                                           */
         /* for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */                                  /* nbcode[1][1]=0 nbcode[1][2]=1;*/
         for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2];                          }
         for (k=1; k<=cptcovprod;k++)                          /* for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */
           cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)];                          for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2];
                                   for (k=1; k<=cptcovprod;k++)
                                       cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)];
         for(theta=1; theta <=npar; theta++){                          
           for(i=1; i<=npar; i++)                          
             xp[i] = x[i] + (i==theta ?delti[theta]:(double)0);                          for(theta=1; theta <=npar; theta++){
                                             for(i=1; i<=npar; i++)
           pmij(pmmij,cov,ncovmodel,xp,nlstate);                                          xp[i] = x[i] + (i==theta ?delti[theta]:(double)0);
                                             
           k=0;                                  pmij(pmmij,cov,ncovmodel,xp,nlstate);
           for(i=1; i<= (nlstate); i++){                                  
             for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){                                  k=0;
               k=k+1;                                  for(i=1; i<= (nlstate); i++){
               gp[k]=pmmij[i][j];                                          for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){
             }                                                  k=k+1;
           }                                                  gp[k]=pmmij[i][j];
                                                     }
           for(i=1; i<=npar; i++)                                  }
             xp[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:(double)0);                                  
                                       for(i=1; i<=npar; i++)
           pmij(pmmij,cov,ncovmodel,xp,nlstate);                                          xp[i] = x[i] - (i==theta ?delti[theta]:(double)0);
           k=0;                                  
           for(i=1; i<=(nlstate); i++){                                  pmij(pmmij,cov,ncovmodel,xp,nlstate);
             for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){                                  k=0;
               k=k+1;                                  for(i=1; i<=(nlstate); i++){
               gm[k]=pmmij[i][j];                                          for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){
             }                                                  k=k+1;
           }                                                  gm[k]=pmmij[i][j];
                                                }
           for(i=1; i<= (nlstate)*(nlstate+ndeath); i++)                                   }
             gradg[theta][i]=(gp[i]-gm[i])/(double)2./delti[theta];                                    
         }                                  for(i=1; i<= (nlstate)*(nlstate+ndeath); i++) 
                                           gradg[theta][i]=(gp[i]-gm[i])/(double)2./delti[theta];  
         for(j=1; j<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);j++)                          }
           for(theta=1; theta <=npar; theta++)  
             trgradg[j][theta]=gradg[theta][j];                          for(j=1; j<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);j++)
                                           for(theta=1; theta <=npar; theta++)
         matprod2(dnewm,trgradg,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,npar,1,npar,matcov);                                           trgradg[j][theta]=gradg[theta][j];
         matprod2(doldm,dnewm,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,npar,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),gradg);                          
                           matprod2(dnewm,trgradg,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,npar,1,npar,matcov); 
         pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate);                          matprod2(doldm,dnewm,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,npar,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),gradg);
                                   
         k=0;                          pmij(pmmij,cov,ncovmodel,x,nlstate);
         for(i=1; i<=(nlstate); i++){                          
           for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){                          k=0;
             k=k+1;                          for(i=1; i<=(nlstate); i++){
             mu[k][(int) age]=pmmij[i][j];                                  for(j=1; j<=(nlstate+ndeath);j++){
           }                                          k=k+1;
         }                                          mu[k][(int) age]=pmmij[i][j];
                                   }
                           }
         for(i=1;i<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);i++)          for(i=1;i<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);i++)
           for(j=1;j<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);j++)                                  for(j=1;j<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);j++)
             varpij[i][j][(int)age] = doldm[i][j];                                          varpij[i][j][(int)age] = doldm[i][j];
                           
         /*printf("\n%d ",(int)age);                          /*printf("\n%d ",(int)age);
           for (i=1; i<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);i++){                                  for (i=1; i<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);i++){
           printf("%e [%e ;%e] ",gm[i],gm[i]-2*sqrt(doldm[i][i]),gm[i]+2*sqrt(doldm[i][i]));                                  printf("%e [%e ;%e] ",gm[i],gm[i]-2*sqrt(doldm[i][i]),gm[i]+2*sqrt(doldm[i][i]));
           fprintf(ficlog,"%e [%e ;%e] ",gm[i],gm[i]-2*sqrt(doldm[i][i]),gm[i]+2*sqrt(doldm[i][i]));                                  fprintf(ficlog,"%e [%e ;%e] ",gm[i],gm[i]-2*sqrt(doldm[i][i]),gm[i]+2*sqrt(doldm[i][i]));
           }*/                                  }*/
                           
         fprintf(ficresprob,"\n%d ",(int)age);                          fprintf(ficresprob,"\n%d ",(int)age);
         fprintf(ficresprobcov,"\n%d ",(int)age);                          fprintf(ficresprobcov,"\n%d ",(int)age);
         fprintf(ficresprobcor,"\n%d ",(int)age);                          fprintf(ficresprobcor,"\n%d ",(int)age);
                           
         for (i=1; i<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);i++)                          for (i=1; i<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);i++)
           fprintf(ficresprob,"%11.3e (%11.3e) ",mu[i][(int) age],sqrt(varpij[i][i][(int)age]));                                  fprintf(ficresprob,"%11.3e (%11.3e) ",mu[i][(int) age],sqrt(varpij[i][i][(int)age]));
         for (i=1; i<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);i++){                          for (i=1; i<=(nlstate)*(nlstate+ndeath);i++){
           fprintf(ficresprobcov,"%11.3e ",mu[i][(int) age]);                                  fprintf(ficresprobcov,"%11.3e ",mu[i][(int) age]);
           fprintf(ficresprobcor,"%11.3e ",mu[i][(int) age]);                                  fprintf(ficresprobcor,"%11.3e ",mu[i][(int) age]);
         }                          }
         i=0;                          i=0;
         for (k=1; k<=(nlstate);k++){                          for (k=1; k<=(nlstate);k++){
           for (l=1; l<=(nlstate+ndeath);l++){                                   for (l=1; l<=(nlstate+ndeath);l++){ 
             i++;                                          i++;
             fprintf(ficresprobcov,"\n%d %d-%d",(int)age,k,l);                                          fprintf(ficresprobcov,"\n%d %d-%d",(int)age,k,l);
             fprintf(ficresprobcor,"\n%d %d-%d",(int)age,k,l);                                          fprintf(ficresprobcor,"\n%d %d-%d",(int)age,k,l);
             for (j=1; j<=i;j++){                                          for (j=1; j<=i;j++){
               /* printf(" k=%d l=%d i=%d j=%d\n",k,l,i,j);fflush(stdout); */                                                  /* printf(" k=%d l=%d i=%d j=%d\n",k,l,i,j);fflush(stdout); */
               fprintf(ficresprobcov," %11.3e",varpij[i][j][(int)age]);                                                  fprintf(ficresprobcov," %11.3e",varpij[i][j][(int)age]);
               fprintf(ficresprobcor," %11.3e",varpij[i][j][(int) age]/sqrt(varpij[i][i][(int) age])/sqrt(varpij[j][j][(int)age]));                                                  fprintf(ficresprobcor," %11.3e",varpij[i][j][(int) age]/sqrt(varpij[i][i][(int) age])/sqrt(varpij[j][j][(int)age]));
             }                                          }
           }                                  }
         }/* end of loop for state */                          }/* end of loop for state */
       } /* end of loop for age */                  } /* end of loop for age */
       free_vector(gp,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));                  free_vector(gp,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));
       free_vector(gm,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));                  free_vector(gm,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath));
       free_matrix(trgradg,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),1,npar);                  free_matrix(trgradg,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),1,npar);
       free_matrix(gradg,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),1,npar);                  free_matrix(gradg,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),1,npar);
             
       /* Confidence intervalle of pij  */                  /* Confidence intervalle of pij  */
       /*                  /*
         fprintf(ficgp,"\nunset parametric;unset label");                          fprintf(ficgp,"\nunset parametric;unset label");
         fprintf(ficgp,"\nset log y;unset log x; set xlabel \"Age\";set ylabel \"probability (year-1)\"");                          fprintf(ficgp,"\nset log y;unset log x; set xlabel \"Age\";set ylabel \"probability (year-1)\"");
         fprintf(ficgp,"\nset ter png small\nset size 0.65,0.65");                          fprintf(ficgp,"\nset ter png small\nset size 0.65,0.65");
         fprintf(fichtm,"\n<br>Probability with  confidence intervals expressed in year<sup>-1</sup> :<a href=\"pijgr%s.png\">pijgr%s.png</A>, ",optionfilefiname,optionfilefiname);                          fprintf(fichtm,"\n<br>Probability with  confidence intervals expressed in year<sup>-1</sup> :<a href=\"pijgr%s.png\">pijgr%s.png</A>, ",optionfilefiname,optionfilefiname);
         fprintf(fichtm,"\n<br><img src=\"pijgr%s.png\"> ",optionfilefiname);                          fprintf(fichtm,"\n<br><img src=\"pijgr%s.png\"> ",optionfilefiname);
         fprintf(ficgp,"\nset out \"pijgr%s.png\"",optionfilefiname);                          fprintf(ficgp,"\nset out \"pijgr%s.png\"",optionfilefiname);
         fprintf(ficgp,"\nplot \"%s\" every :::%d::%d u 1:2 \"\%%lf",k1,k2,xfilevarprob);                          fprintf(ficgp,"\nplot \"%s\" every :::%d::%d u 1:2 \"\%%lf",k1,k2,xfilevarprob);
       */                  */
                   
       /* Drawing ellipsoids of confidence of two variables p(k1-l1,k2-l2)*/                  /* Drawing ellipsoids of confidence of two variables p(k1-l1,k2-l2)*/
       first1=1;first2=2;                  first1=1;first2=2;
       for (k2=1; k2<=(nlstate);k2++){                  for (k2=1; k2<=(nlstate);k2++){
         for (l2=1; l2<=(nlstate+ndeath);l2++){                           for (l2=1; l2<=(nlstate+ndeath);l2++){ 
           if(l2==k2) continue;                                  if(l2==k2) continue;
           j=(k2-1)*(nlstate+ndeath)+l2;                                  j=(k2-1)*(nlstate+ndeath)+l2;
           for (k1=1; k1<=(nlstate);k1++){                                  for (k1=1; k1<=(nlstate);k1++){
             for (l1=1; l1<=(nlstate+ndeath);l1++){                                           for (l1=1; l1<=(nlstate+ndeath);l1++){ 
               if(l1==k1) continue;                                                  if(l1==k1) continue;
               i=(k1-1)*(nlstate+ndeath)+l1;                                                  i=(k1-1)*(nlstate+ndeath)+l1;
               if(i<=j) continue;                                                  if(i<=j) continue;
               for (age=bage; age<=fage; age ++){                                                   for (age=bage; age<=fage; age ++){ 
                 if ((int)age %5==0){                                                          if ((int)age %5==0){
                   v1=varpij[i][i][(int)age]/stepm*YEARM/stepm*YEARM;                                                                  v1=varpij[i][i][(int)age]/stepm*YEARM/stepm*YEARM;
                   v2=varpij[j][j][(int)age]/stepm*YEARM/stepm*YEARM;                                                                  v2=varpij[j][j][(int)age]/stepm*YEARM/stepm*YEARM;
                   cv12=varpij[i][j][(int)age]/stepm*YEARM/stepm*YEARM;                                                                  cv12=varpij[i][j][(int)age]/stepm*YEARM/stepm*YEARM;
                   mu1=mu[i][(int) age]/stepm*YEARM ;                                                                  mu1=mu[i][(int) age]/stepm*YEARM ;
                   mu2=mu[j][(int) age]/stepm*YEARM;                                                                  mu2=mu[j][(int) age]/stepm*YEARM;
                   c12=cv12/sqrt(v1*v2);                                                                  c12=cv12/sqrt(v1*v2);
                   /* Computing eigen value of matrix of covariance */                                                                  /* Computing eigen value of matrix of covariance */
                   lc1=((v1+v2)+sqrt((v1+v2)*(v1+v2) - 4*(v1*v2-cv12*cv12)))/2.;                                                                  lc1=((v1+v2)+sqrt((v1+v2)*(v1+v2) - 4*(v1*v2-cv12*cv12)))/2.;
                   lc2=((v1+v2)-sqrt((v1+v2)*(v1+v2) - 4*(v1*v2-cv12*cv12)))/2.;                                                                  lc2=((v1+v2)-sqrt((v1+v2)*(v1+v2) - 4*(v1*v2-cv12*cv12)))/2.;
                   if ((lc2 <0) || (lc1 <0) ){                                                                  if ((lc2 <0) || (lc1 <0) ){
                     if(first2==1){                                                                          if(first2==1){
                       first1=0;                                                                                  first1=0;
                     printf("Strange: j1=%d One eigen value of 2x2 matrix of covariance is negative, lc1=%11.3e, lc2=%11.3e, v1=%11.3e, v2=%11.3e, cv12=%11.3e.\n It means that the matrix was not well estimated (varpij), for i=%2d, j=%2d, age=%4d .\n See files %s and %s. Probably WRONG RESULTS. See log file for details...\n", j1, lc1, lc2, v1, v2, cv12, i, j, (int)age,fileresprobcov, fileresprobcor);                                                                                  printf("Strange: j1=%d One eigen value of 2x2 matrix of covariance is negative, lc1=%11.3e, lc2=%11.3e, v1=%11.3e, v2=%11.3e, cv12=%11.3e.\n It means that the matrix was not well estimated (varpij), for i=%2d, j=%2d, age=%4d .\n See files %s and %s. Probably WRONG RESULTS. See log file for details...\n", j1, lc1, lc2, v1, v2, cv12, i, j, (int)age,fileresprobcov, fileresprobcor);
                     }                                                                          }
                     fprintf(ficlog,"Strange: j1=%d One eigen value of 2x2 matrix of covariance is negative, lc1=%11.3e, lc2=%11.3e, v1=%11.3e, v2=%11.3e, cv12=%11.3e.\n It means that the matrix was not well estimated (varpij), for i=%2d, j=%2d, age=%4d .\n See files %s and %s. Probably WRONG RESULTS.\n", j1, lc1, lc2, v1, v2, cv12, i, j, (int)age,fileresprobcov, fileresprobcor);fflush(ficlog);                                                                          fprintf(ficlog,"Strange: j1=%d One eigen value of 2x2 matrix of covariance is negative, lc1=%11.3e, lc2=%11.3e, v1=%11.3e, v2=%11.3e, cv12=%11.3e.\n It means that the matrix was not well estimated (varpij), for i=%2d, j=%2d, age=%4d .\n See files %s and %s. Probably WRONG RESULTS.\n", j1, lc1, lc2, v1, v2, cv12, i, j, (int)age,fileresprobcov, fileresprobcor);fflush(ficlog);
                     /* lc1=fabs(lc1); */ /* If we want to have them positive */                                                                          /* lc1=fabs(lc1); */ /* If we want to have them positive */
                     /* lc2=fabs(lc2); */                                                                          /* lc2=fabs(lc2); */
                   }                                                                  }
                                                                   
                   /* Eigen vectors */                                                                  /* Eigen vectors */
                   v11=(1./sqrt(1+(v1-lc1)*(v1-lc1)/cv12/cv12));                                                                  v11=(1./sqrt(1+(v1-lc1)*(v1-lc1)/cv12/cv12));
                   /*v21=sqrt(1.-v11*v11); *//* error */                                                                  /*v21=sqrt(1.-v11*v11); *//* error */
                   v21=(lc1-v1)/cv12*v11;                                                                  v21=(lc1-v1)/cv12*v11;
                   v12=-v21;                                                                  v12=-v21;
                   v22=v11;                                                                  v22=v11;
                   tnalp=v21/v11;                                                                  tnalp=v21/v11;
                   if(first1==1){                                                                  if(first1==1){
                     first1=0;                                                                          first1=0;
                     printf("%d %d%d-%d%d mu %.4e %.4e Var %.4e %.4e cor %.3f cov %.4e Eig %.3e %.3e 1stv %.3f %.3f tang %.3f\nOthers in log...\n",(int) age,k1,l1,k2,l2,mu1,mu2,v1,v2,c12,cv12,lc1,lc2,v11,v21,tnalp);                                                                          printf("%d %d%d-%d%d mu %.4e %.4e Var %.4e %.4e cor %.3f cov %.4e Eig %.3e %.3e 1stv %.3f %.3f tang %.3f\nOthers in log...\n",(int) age,k1,l1,k2,l2,mu1,mu2,v1,v2,c12,cv12,lc1,lc2,v11,v21,tnalp);
                   }                                                                  }
                   fprintf(ficlog,"%d %d%d-%d%d mu %.4e %.4e Var %.4e %.4e cor %.3f cov %.4e Eig %.3e %.3e 1stv %.3f %.3f tan %.3f\n",(int) age,k1,l1,k2,l2,mu1,mu2,v1,v2,c12,cv12,lc1,lc2,v11,v21,tnalp);                                                                  fprintf(ficlog,"%d %d%d-%d%d mu %.4e %.4e Var %.4e %.4e cor %.3f cov %.4e Eig %.3e %.3e 1stv %.3f %.3f tan %.3f\n",(int) age,k1,l1,k2,l2,mu1,mu2,v1,v2,c12,cv12,lc1,lc2,v11,v21,tnalp);
                   /*printf(fignu*/                                                                  /*printf(fignu*/
                   /* mu1+ v11*lc1*cost + v12*lc2*sin(t) */                                                                  /* mu1+ v11*lc1*cost + v12*lc2*sin(t) */
                   /* mu2+ v21*lc1*cost + v22*lc2*sin(t) */                                                                  /* mu2+ v21*lc1*cost + v22*lc2*sin(t) */
                   if(first==1){                                                                  if(first==1){
                     first=0;                                                                          first=0;
                     fprintf(ficgp,"\n# Ellipsoids of confidence\n#\n");                                                                          fprintf(ficgp,"\n# Ellipsoids of confidence\n#\n");
                     fprintf(ficgp,"\nset parametric;unset label");                                                                          fprintf(ficgp,"\nset parametric;unset label");
                     fprintf(ficgp,"\nset log y;set log x; set xlabel \"p%1d%1d (year-1)\";set ylabel \"p%1d%1d (year-1)\"",k1,l1,k2,l2);                                                                          fprintf(ficgp,"\nset log y;set log x; set xlabel \"p%1d%1d (year-1)\";set ylabel \"p%1d%1d (year-1)\"",k1,l1,k2,l2);
                     fprintf(ficgp,"\nset ter svg size 640, 480");                                                                          fprintf(ficgp,"\nset ter svg size 640, 480");
                     fprintf(fichtmcov,"\n<br>Ellipsoids of confidence cov(p%1d%1d,p%1d%1d) expressed in year<sup>-1</sup>\                                                                          fprintf(fichtmcov,"\n<br>Ellipsoids of confidence cov(p%1d%1d,p%1d%1d) expressed in year<sup>-1</sup>\
  :<a href=\"%s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg\">\   :<a href=\"%s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg\">                                                                                                                                           \
 %s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg</A>, ",k1,l1,k2,l2,\  %s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg</A>, ",k1,l1,k2,l2,\
                             subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2,\                                                                                                          subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2, \
                             subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2);                                                                                                          subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2);
                     fprintf(fichtmcov,"\n<br><img src=\"%s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg\"> ",subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2);                                                                          fprintf(fichtmcov,"\n<br><img src=\"%s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg\"> ",subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2);
                     fprintf(fichtmcov,"\n<br> Correlation at age %d (%.3f),",(int) age, c12);                                                                          fprintf(fichtmcov,"\n<br> Correlation at age %d (%.3f),",(int) age, c12);
                     fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg\"",subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2);                                                                          fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg\"",subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2);
                     fprintf(ficgp,"\nset label \"%d\" at %11.3e,%11.3e center",(int) age, mu1,mu2);                      fprintf(ficgp,"\nset label \"%d\" at %11.3e,%11.3e center",(int) age, mu1,mu2);
                     fprintf(ficgp,"\n# Age %d, p%1d%1d - p%1d%1d",(int) age, k1,l1,k2,l2);                      fprintf(ficgp,"\n# Age %d, p%1d%1d - p%1d%1d",(int) age, k1,l1,k2,l2);
                     fprintf(ficgp,"\nplot [-pi:pi] %11.3e+ %.3f*(%11.3e*%11.3e*cos(t)+%11.3e*%11.3e*sin(t)), %11.3e +%.3f*(%11.3e*%11.3e*cos(t)+%11.3e*%11.3e*sin(t)) not",\                      fprintf(ficgp,"\nplot [-pi:pi] %11.3e+ %.3f*(%11.3e*%11.3e*cos(t)+%11.3e*%11.3e*sin(t)), %11.3e +%.3f*(%11.3e*%11.3e*cos(t)+%11.3e*%11.3e*sin(t)) not",     \
                             mu1,std,v11,sqrt(lc1),v12,sqrt(lc2),\                                                                  mu1,std,v11,sqrt(lc1),v12,sqrt(lc2),                                                                            \
                             mu2,std,v21,sqrt(lc1),v22,sqrt(lc2));                                                                  mu2,std,v21,sqrt(lc1),v22,sqrt(lc2));
                   }else{                                                                  }else{
                     first=0;                                                                          first=0;
                     fprintf(fichtmcov," %d (%.3f),",(int) age, c12);                                                                          fprintf(fichtmcov," %d (%.3f),",(int) age, c12);
                     fprintf(ficgp,"\n# Age %d, p%1d%1d - p%1d%1d",(int) age, k1,l1,k2,l2);                                                                          fprintf(ficgp,"\n# Age %d, p%1d%1d - p%1d%1d",(int) age, k1,l1,k2,l2);
                     fprintf(ficgp,"\nset label \"%d\" at %11.3e,%11.3e center",(int) age, mu1,mu2);                                                                          fprintf(ficgp,"\nset label \"%d\" at %11.3e,%11.3e center",(int) age, mu1,mu2);
                     fprintf(ficgp,"\nreplot %11.3e+ %.3f*(%11.3e*%11.3e*cos(t)+%11.3e*%11.3e*sin(t)), %11.3e +%.3f*(%11.3e*%11.3e*cos(t)+%11.3e*%11.3e*sin(t)) not",\                                                                          fprintf(ficgp,"\nreplot %11.3e+ %.3f*(%11.3e*%11.3e*cos(t)+%11.3e*%11.3e*sin(t)), %11.3e +%.3f*(%11.3e*%11.3e*cos(t)+%11.3e*%11.3e*sin(t)) not", \
                             mu1,std,v11,sqrt(lc1),v12,sqrt(lc2),\                                                                                                          mu1,std,v11,sqrt(lc1),v12,sqrt(lc2),                                    \
                             mu2,std,v21,sqrt(lc1),v22,sqrt(lc2));                                                                                                          mu2,std,v21,sqrt(lc1),v22,sqrt(lc2));
                   }/* if first */                                                                  }/* if first */
                 } /* age mod 5 */                                                          } /* age mod 5 */
               } /* end loop age */                                                  } /* end loop age */
               fprintf(ficgp,"\nset out;\nset out \"%s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg\";replot;set out;",subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2);                                                  fprintf(ficgp,"\nset out;\nset out \"%s_%d%1d%1d-%1d%1d.svg\";replot;set out;",subdirf2(optionfilefiname,"VARPIJGR_"), j1,k1,l1,k2,l2);
               first=1;                                                  first=1;
             } /*l12 */                                          } /*l12 */
           } /* k12 */                                  } /* k12 */
         } /*l1 */                          } /*l1 */
       }/* k1 */                  }/* k1 */
       /* } */ /* loop covariates */          }  /* loop on combination of covariates j1 */
   }  
   free_ma3x(varpij,1,nlstate,1,nlstate+ndeath,(int) bage, (int)fage);    free_ma3x(varpij,1,nlstate,1,nlstate+ndeath,(int) bage, (int)fage);
   free_matrix(mu,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),(int) bage, (int)fage);    free_matrix(mu,1,(nlstate+ndeath)*(nlstate+ndeath),(int) bage, (int)fage);
   free_matrix(doldm,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));    free_matrix(doldm,1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));
Line 5357  fprintf(fichtm," \n<ul><li><b>Graphs</b> Line 5543  fprintf(fichtm," \n<ul><li><b>Graphs</b>
   
  jj1=0;   jj1=0;
  for(k1=1; k1<=m;k1++){   for(k1=1; k1<=m;k1++){
   
    /* for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){ */     /* for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){ */
      jj1++;           jj1++;
      if (cptcovn > 0) {           if (cptcovn > 0) {
        fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");                   fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");
        for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++){                    for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++){ 
          fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);                           fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);
          printf(" V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);fflush(stdout);                           printf(" V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);fflush(stdout);
        }                   }
        fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");                   fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
      }                   if(invalidvarcomb[k1]){
      /* aij, bij */                           fprintf(fichtm,"\n<h3>Combination (%d) ignored because no cases </h3>\n",k1); 
      fprintf(fichtm,"<br>- Logit model (yours is: 1+age+%s), for example: logit(pij)=log(pij/pii)= aij+ bij age + V1 age + etc. as a function of age: <a href=\"%s_%d-1.svg\">%s_%d-1.svg</a><br> \                           printf("\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                            continue;
                    }
            }
            /* aij, bij */
            fprintf(fichtm,"<br>- Logit model (yours is: 1+age+%s), for example: logit(pij)=log(pij/pii)= aij+ bij age + V1 age + etc. as a function of age: <a href=\"%s_%d-1.svg\">%s_%d-1.svg</a><br> \
 <img src=\"%s_%d-1.svg\">",model,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1);  <img src=\"%s_%d-1.svg\">",model,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1);
      /* Pij */           /* Pij */
      fprintf(fichtm,"<br>\n- P<sub>ij</sub> or conditional probabilities to be observed in state j being in state i, %d (stepm) months before: <a href=\"%s_%d-2.svg\">%s_%d-2.svg</a><br> \           fprintf(fichtm,"<br>\n- P<sub>ij</sub> or conditional probabilities to be observed in state j being in state i, %d (stepm) months before: <a href=\"%s_%d-2.svg\">%s_%d-2.svg</a><br> \
 <img src=\"%s_%d-2.svg\">",stepm,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1);       <img src=\"%s_%d-2.svg\">",stepm,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1);     
      /* Quasi-incidences */           /* Quasi-incidences */
      fprintf(fichtm,"<br>\n- I<sub>ij</sub> or Conditional probabilities to be observed in state j being in state i %d (stepm) months\           fprintf(fichtm,"<br>\n- I<sub>ij</sub> or Conditional probabilities to be observed in state j being in state i %d (stepm) months\
  before but expressed in per year i.e. quasi incidences if stepm is small and probabilities too,\   before but expressed in per year i.e. quasi incidences if stepm is small and probabilities too, \
  incidence (rates) are the limit when h tends to zero of the ratio of the probability  <sub>h</sub>P<sub>ij</sub> \   incidence (rates) are the limit when h tends to zero of the ratio of the probability  <sub>h</sub>P<sub>ij</sub> \
 divided by h: <sub>h</sub>P<sub>ij</sub>/h : <a href=\"%s_%d-3.svg\">%s_%d-3.svg</a><br> \  divided by h: <sub>h</sub>P<sub>ij</sub>/h : <a href=\"%s_%d-3.svg\">%s_%d-3.svg</a><br> \
 <img src=\"%s_%d-3.svg\">",stepm,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1);   <img src=\"%s_%d-3.svg\">",stepm,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PE_"),jj1); 
      /* Survival functions (period) in state j */           /* Survival functions (period) in state j */
      for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){           for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){
        fprintf(fichtm,"<br>\n- Survival functions in state %d. Or probability to survive in state %d being in state (1 to %d) at different ages. <a href=\"%s%d_%d.svg\">%s%d_%d.svg</a><br> \                   fprintf(fichtm,"<br>\n- Survival functions in state %d. Or probability to survive in state %d being in state (1 to %d) at different ages. <a href=\"%s%d_%d.svg\">%s%d_%d.svg</a><br> \
 <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", cpt, cpt, nlstate, subdirf2(optionfilefiname,"LIJ_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"LIJ_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"LIJ_"),cpt,jj1);  <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", cpt, cpt, nlstate, subdirf2(optionfilefiname,"LIJ_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"LIJ_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"LIJ_"),cpt,jj1);
      }           }
      /* State specific survival functions (period) */           /* State specific survival functions (period) */
      for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){           for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){
        fprintf(fichtm,"<br>\n- Survival functions from state %d in each live state and total.\                   fprintf(fichtm,"<br>\n- Survival functions from state %d in each live state and total.\
  Or probability to survive in various states (1 to %d) being in state %d at different ages.\   Or probability to survive in various states (1 to %d) being in state %d at different ages.     \
  <a href=\"%s%d_%d.svg\">%s%d_%d.svg</a><br> <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", cpt, nlstate, cpt, subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,jj1);   <a href=\"%s%d_%d.svg\">%s%d_%d.svg</a><br> <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", cpt, nlstate, cpt, subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,jj1);
      }           }
      /* Period (stable) prevalence in each health state */           /* Period (stable) prevalence in each health state */
      for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){           for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){
        fprintf(fichtm,"<br>\n- Convergence to period (stable) prevalence in state %d. Or probability to be in state %d being in state (1 to %d) at different ages. <a href=\"%s_%d-%d.svg\">%s_%d-%d.svg</a><br> \                   fprintf(fichtm,"<br>\n- Convergence to period (stable) prevalence in state %d. Or probability to be in state %d being in state (1 to %d) at different ages. <a href=\"%s_%d-%d.svg\">%s_%d-%d.svg</a><br> \
 <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", cpt, cpt, nlstate, subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,jj1);  <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", cpt, cpt, nlstate, subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,jj1);
      }           }
     if(backcast==1){           if(backcast==1){
      /* Period (stable) back prevalence in each health state */       /* Period (stable) back prevalence in each health state */
      for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){       for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){
        fprintf(fichtm,"<br>\n- Convergence to period (stable) back prevalence in state %d. Or probability to be in state %d being in state (1 to %d) at different ages. <a href=\"%s_%d-%d.svg\">%s_%d-%d.svg</a><br> \         fprintf(fichtm,"<br>\n- Convergence to period (stable) back prevalence in state %d. Or probability to be in state %d being in state (1 to %d) at different ages. <a href=\"%s_%d-%d.svg\">%s_%d-%d.svg</a><br> \
 <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", cpt, cpt, nlstate, subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,jj1);  <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", cpt, cpt, nlstate, subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,jj1);
      }       }
     }           }
     if(prevfcast==1){           if(prevfcast==1){
       /* Projection of prevalence up to period (stable) prevalence in each health state */                   /* Projection of prevalence up to period (stable) prevalence in each health state */
       for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){                   for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++){
         fprintf(fichtm,"<br>\n- Projection of cross-sectional prevalence (estimated with cases observed from %.1f to %.1f) up to period (stable) prevalence in state %d. Or probability to be in state %d being in state (1 to %d) at different ages. <a href=\"%s%d_%d.svg\">%s%d_%d.svg</a><br> \                           fprintf(fichtm,"<br>\n- Projection of cross-sectional prevalence (estimated with cases observed from %.1f to %.1f) up to period (stable) prevalence in state %d. Or probability to be in state %d being in state (1 to %d) at different ages. <a href=\"%s%d_%d.svg\">%s%d_%d.svg</a><br> \
 <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", dateprev1, dateprev2, cpt, cpt, nlstate, subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,jj1);  <img src=\"%s_%d-%d.svg\">", dateprev1, dateprev2, cpt, cpt, nlstate, subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,jj1);
       }                   }
     }           }
            
      for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++) {           for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++) {
        fprintf(fichtm,"\n<br>- Life expectancy by health state (%d) at initial age and its decomposition into health expectancies in each alive state (1 to %d) (or area under each survival functions): <a href=\"%s_%d%d.svg\">%s_%d%d.svg</a> <br> \                   fprintf(fichtm,"\n<br>- Life expectancy by health state (%d) at initial age and its decomposition into health expectancies in each alive state (1 to %d) (or area under each survival functions): <a href=\"%s_%d%d.svg\">%s_%d%d.svg</a> <br> \
 <img src=\"%s_%d%d.svg\">",cpt,nlstate,subdirf2(optionfilefiname,"EXP_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"EXP_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"EXP_"),cpt,jj1);  <img src=\"%s_%d%d.svg\">",cpt,nlstate,subdirf2(optionfilefiname,"EXP_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"EXP_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"EXP_"),cpt,jj1);
      }           }
    /* } /\* end i1 *\/ */     /* } /\* end i1 *\/ */
  }/* End k1 */   }/* End k1 */
  fprintf(fichtm,"</ul>");   fprintf(fichtm,"</ul>");
Line 5471  See page 'Matrix of variance-covariance Line 5663  See page 'Matrix of variance-covariance
   
  jj1=0;   jj1=0;
  for(k1=1; k1<=m;k1++){   for(k1=1; k1<=m;k1++){
    /* for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){ */    /* for(i1=1; i1<=ncodemax[k1];i1++){ */
      jj1++;                   jj1++;
      if (cptcovn > 0) {       if (cptcovn > 0) {
        fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");         fprintf(fichtm,"<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">************ Results for covariates");
        for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++)          for (cpt=1; cpt<=cptcoveff;cpt++) 
          fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);                                                           fprintf(fichtm," V%d=%d ",Tvaraff[cpt],nbcode[Tvaraff[cpt]][codtabm(jj1,cpt)]);
        fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");         fprintf(fichtm," ************\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
   
                            if(invalidvarcomb[k1]){
                                    fprintf(fichtm,"\n<h4>Combination (%d) ignored because no cases </h4>\n",k1); 
                                    continue;
                            }
      }       }
      for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++) {       for(cpt=1; cpt<=nlstate;cpt++) {
        fprintf(fichtm,"<br>- Observed (cross-sectional) and period (incidence based) \         fprintf(fichtm,"\n<br>- Observed (cross-sectional) and period (incidence based) \
 prevalence (with 95%% confidence interval) in state (%d): <a href=\"%s_%d%d.svg\"> %s_%d-%d.svg <br>\  prevalence (with 95%% confidence interval) in state (%d): <a href=\"%s_%d-%d.svg\"> %s_%d-%d.svg</a>\n <br>\
 <img src=\"%s_%d-%d.svg\">",cpt,subdirf2(optionfilefiname,"V_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"V_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"V_"),cpt,jj1);    <img src=\"%s_%d-%d.svg\">",cpt,subdirf2(optionfilefiname,"V_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"V_"),cpt,jj1,subdirf2(optionfilefiname,"V_"),cpt,jj1);  
      }       }
      fprintf(fichtm,"\n<br>- Total life expectancy by age and \       fprintf(fichtm,"\n<br>- Total life expectancy by age and \
 health expectancies in states (1) and (2). If popbased=1 the smooth (due to the model) \  health expectancies in states (1) and (2). If popbased=1 the smooth (due to the model) \
 true period expectancies (those weighted with period prevalences are also\  true period expectancies (those weighted with period prevalences are also\
  drawn in addition to the population based expectancies computed using\   drawn in addition to the population based expectancies computed using\
  observed and cahotic prevalences:  <a href=\"%s_%d.svg\">%s_%d.svg<br>\   observed and cahotic prevalences:  <a href=\"%s_%d.svg\">%s_%d.svg</a>\n<br>\
 <img src=\"%s_%d.svg\">",subdirf2(optionfilefiname,"E_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"E_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"E_"),jj1);  <img src=\"%s_%d.svg\">",subdirf2(optionfilefiname,"E_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"E_"),jj1,subdirf2(optionfilefiname,"E_"),jj1);
    /* } /\* end i1 *\/ */     /* } /\* end i1 *\/ */
  }/* End k1 */   }/* End k1 */
Line 5497  true period expectancies (those weighted Line 5694  true period expectancies (those weighted
 }  }
   
 /******************* Gnuplot file **************/  /******************* Gnuplot file **************/
     void printinggnuplot(char fileresu[], char optionfilefiname[], double ageminpar, double agemaxpar, double fage , int prevfcast, char pathc[], double p[]){   void printinggnuplot(char fileresu[], char optionfilefiname[], double ageminpar, double agemaxpar, double fage , int prevfcast, int backcast, char pathc[], double p[]){
   
   char dirfileres[132],optfileres[132];    char dirfileres[132],optfileres[132];
           char gplotcondition[132];
   int cpt=0,k1=0,i=0,k=0,j=0,jk=0,k2=0,k3=0,ij=0,l=0;    int cpt=0,k1=0,i=0,k=0,j=0,jk=0,k2=0,k3=0,ij=0,l=0;
   int lv=0, vlv=0, kl=0;    int lv=0, vlv=0, kl=0;
   int ng=0;    int ng=0;
   int vpopbased;    int vpopbased;
           int ioffset; /* variable offset for columns */
   
 /*   if((ficgp=fopen(optionfilegnuplot,"a"))==NULL) { */  /*   if((ficgp=fopen(optionfilegnuplot,"a"))==NULL) { */
 /*     printf("Problem with file %s",optionfilegnuplot); */  /*     printf("Problem with file %s",optionfilegnuplot); */
 /*     fprintf(ficlog,"Problem with file %s",optionfilegnuplot); */  /*     fprintf(ficlog,"Problem with file %s",optionfilegnuplot); */
Line 5533  true period expectancies (those weighted Line 5733  true period expectancies (those weighted
       fprintf(ficgp,"unset log;\n# plot weighted, mean weight should have point size of 0.5\n plot  \"%s\"",subdirf(fileresilk));        fprintf(ficgp,"unset log;\n# plot weighted, mean weight should have point size of 0.5\n plot  \"%s\"",subdirf(fileresilk));
       fprintf(ficgp,"  u  2:($5 == %d && $6==%d ? $10 : 1/0):($12/4.):6 t \"p%d%d\" with points pointtype 7 ps variable lc variable \\\n",i,1,i,1);        fprintf(ficgp,"  u  2:($5 == %d && $6==%d ? $10 : 1/0):($12/4.):6 t \"p%d%d\" with points pointtype 7 ps variable lc variable \\\n",i,1,i,1);
       for (j=2; j<= nlstate+ndeath ; j ++) {        for (j=2; j<= nlstate+ndeath ; j ++) {
         fprintf(ficgp,",\\\n \"\" u  2:($5 == %d && $6==%d ? $10 : 1/0):($12/4.):6 t \"p%d%d\" with points pointtype 7 ps variable lc variable ",i,j,i,j);                                  fprintf(ficgp,",\\\n \"\" u  2:($5 == %d && $6==%d ? $10 : 1/0):($12/4.):6 t \"p%d%d\" with points pointtype 7 ps variable lc variable ",i,j,i,j);
       }        }
       fprintf(ficgp,";\nset out; unset ylabel;\n");         fprintf(ficgp,";\nset out; unset ylabel;\n"); 
     }      }
Line 5547  true period expectancies (those weighted Line 5747  true period expectancies (those weighted
   strcpy(optfileres,"vpl");    strcpy(optfileres,"vpl");
  /* 1eme*/   /* 1eme*/
   for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) { /* For each live state */    for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) { /* For each live state */
     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each combination of covariate */      for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each valid combination of covariate */
       /* plot [100000000000000000000:-100000000000000000000] "mysbiaspar/vplrmysbiaspar.txt to check */        /* plot [100000000000000000000:-100000000000000000000] "mysbiaspar/vplrmysbiaspar.txt to check */
       fprintf(ficgp,"\n# 1st: Period (stable) prevalence with CI: 'VPL_' files ");        fprintf(ficgp,"\n# 1st: Period (stable) prevalence with CI: 'VPL_' files ");
       for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate k get corresponding value lv for combination k1 */
         lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                  lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the value of the covariate corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                  /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                  /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                  /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
         vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];                                  vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv]; /* vlv is the value of the covariate lv, 0 or 1 */
         fprintf(ficgp," V%d=%d ",k,vlv);                          /* For each combination of covariate k1 (V1=1, V3=0), we printed the current covariate k and its value vlv */
                                   fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\n#\n");        fprintf(ficgp,"\n#\n");
                           if(invalidvarcomb[k1]){
      fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"V_"),cpt,k1);                                                  fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
      fprintf(ficgp,"\n#set out \"V_%s_%d-%d.svg\" \n",optionfilefiname,cpt,k1);                                                  continue;
      fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \n\                          }
 set ylabel \"Probability\" \n\  
 set ter svg size 640, 480\n\                          fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"V_"),cpt,k1);
                           fprintf(ficgp,"\n#set out \"V_%s_%d-%d.svg\" \n",optionfilefiname,cpt,k1);
                           fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \n\
   set ylabel \"Probability\" \n   \
   set ter svg size 640, 480\n     \
 plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u 1:2 \"%%lf",ageminpar,fage,subdirf2(fileresu,"VPL_"),k1-1,k1-1);  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u 1:2 \"%%lf",ageminpar,fage,subdirf2(fileresu,"VPL_"),k1-1,k1-1);
                           
      for (i=1; i<= nlstate ; i ++) {                          for (i=1; i<= nlstate ; i ++) {
        if (i==cpt) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");                                  if (i==cpt) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");
        else        fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");                                  else        fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");
      }                          }
      fprintf(ficgp,"\" t\"Period (stable) prevalence\" w l lt 0,\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2+1.96*$3) \"%%lf",subdirf2(fileresu,"VPL_"),k1-1,k1-1);                          fprintf(ficgp,"\" t\"Period (stable) prevalence\" w l lt 0,\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2+1.96*$3) \"%%lf",subdirf2(fileresu,"VPL_"),k1-1,k1-1);
      for (i=1; i<= nlstate ; i ++) {                          for (i=1; i<= nlstate ; i ++) {
        if (i==cpt) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");                                  if (i==cpt) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");
        else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");                                  else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");
      }                           } 
      fprintf(ficgp,"\" t\"95%% CI\" w l lt 1,\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2-1.96*$3) \"%%lf",subdirf2(fileresu,"VPL_"),k1-1,k1-1);                           fprintf(ficgp,"\" t\"95%% CI\" w l lt 1,\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2-1.96*$3) \"%%lf",subdirf2(fileresu,"VPL_"),k1-1,k1-1); 
      for (i=1; i<= nlstate ; i ++) {                          for (i=1; i<= nlstate ; i ++) {
        if (i==cpt) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");                                  if (i==cpt) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");
        else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");                                  else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");
      }                            }  
      fprintf(ficgp,"\" t\"\" w l lt 1,\"%s\" every :::%d::%d u 1:($%d) t\"Observed prevalence \" w l lt 2",subdirf2(fileresu,"P_"),k1-1,k1-1,2+4*(cpt-1));                          fprintf(ficgp,"\" t\"\" w l lt 1,\"%s\" every :::%d::%d u 1:($%d) t\"Observed prevalence\" w l lt 2",subdirf2(fileresu,"P_"),k1-1,k1-1,2+4*(cpt-1));
      fprintf(ficgp,"\nset out \n");                          if(backcast==1){ /* We need to get the corresponding values of the covariates involved in this combination k1 */
                                   /* fprintf(ficgp,",\"%s\" every :::%d::%d u 1:($%d) t\"Backward stable prevalence\" w l lt 3",subdirf2(fileresu,"PLB_"),k1-1,k1-1,1+cpt); */
                                   fprintf(ficgp,",\"%s\" u 1:((",subdirf2(fileresu,"PLB_")); /* Age is in 1 */
                                   kl=0;
                                   for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each combination of covariate  */
                                           lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */
                                           /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                           /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                           /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
                                           vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
                                           kl++;
                                           /* kl=6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1); /\* 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1)=7, 6+(2-1)(2+1)+1+(1-1)=10 *\/ */
                                           /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
                                           /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
                                           /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/
                                           if(k==cptcoveff){
                                                           fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d)? $%d : 1/0) t 'Backward prevalence in state %d' with line ",kl+1, Tvaraff[k],kl+1+1,nbcode[Tvaraff[k]][lv], \
                                                                                           6+(cpt-1),  cpt );
                                           }else{
                                                   fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d && ",kl+1, Tvaraff[k],kl+1+1,nbcode[Tvaraff[k]][lv]);
                                                   kl++;
                                           }
                                   } /* end covariate */
                           }
                           fprintf(ficgp,"\nset out \n");
     } /* k1 */      } /* k1 */
   } /* cpt */    } /* cpt */
   /*2 eme*/    /*2 eme*/
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) {     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { 
   
       fprintf(ficgp,"\n# 2nd: Total life expectancy with CI: 't' files ");        fprintf(ficgp,"\n# 2nd: Total life expectancy with CI: 't' files ");
       for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                  lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                  /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                  /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                  /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
         vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];                                  vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
         fprintf(ficgp," V%d=%d ",k,vlv);                                  fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\n#\n");        fprintf(ficgp,"\n#\n");
                           if(invalidvarcomb[k1]){
     fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"E_"),k1);                                                  fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
     for(vpopbased=0; vpopbased <= popbased; vpopbased++){ /* Done for vpopbased=0 and vpopbased=1 if popbased==1*/                                                  continue;
       if(vpopbased==0)                          }
         fprintf(ficgp,"set ylabel \"Years\" \nset ter svg size 640, 480\nplot [%.f:%.f] ",ageminpar,fage);                          
       else                          fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"E_"),k1);
         fprintf(ficgp,"\nreplot ");                          for(vpopbased=0; vpopbased <= popbased; vpopbased++){ /* Done for vpopbased=0 and vpopbased=1 if popbased==1*/
       for (i=1; i<= nlstate+1 ; i ++) {                                  if(vpopbased==0)
         k=2*i;                                          fprintf(ficgp,"set ylabel \"Years\" \nset ter svg size 640, 480\nplot [%.f:%.f] ",ageminpar,fage);
         fprintf(ficgp,"\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2==%d && $4!=0 ?$4 : 1/0) \"%%lf %%lf %%lf",subdirf2(fileresu,"T_"),k1-1,k1-1, vpopbased);                                  else
         for (j=1; j<= nlstate+1 ; j ++) {                                          fprintf(ficgp,"\nreplot ");
           if (j==i) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");                                  for (i=1; i<= nlstate+1 ; i ++) {
           else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");                                          k=2*i;
         }                                             fprintf(ficgp,"\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2==%d && $4!=0 ?$4 : 1/0) \"%%lf %%lf %%lf",subdirf2(fileresu,"T_"),k1-1,k1-1, vpopbased);
         if (i== 1) fprintf(ficgp,"\" t\"TLE\" w l lt %d, \\\n",i);                                          for (j=1; j<= nlstate+1 ; j ++) {
         else fprintf(ficgp,"\" t\"LE in state (%d)\" w l lt %d, \\\n",i-1,i+1);                                                  if (j==i) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");
         fprintf(ficgp,"\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2==%d && $4!=0 ? $4-$5*2 : 1/0) \"%%lf %%lf %%lf",subdirf2(fileresu,"T_"),k1-1,k1-1,vpopbased);                                                  else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");
         for (j=1; j<= nlstate+1 ; j ++) {                                          }   
           if (j==i) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");                                          if (i== 1) fprintf(ficgp,"\" t\"TLE\" w l lt %d, \\\n",i);
           else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");                                          else fprintf(ficgp,"\" t\"LE in state (%d)\" w l lt %d, \\\n",i-1,i+1);
         }                                             fprintf(ficgp,"\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2==%d && $4!=0 ? $4-$5*2 : 1/0) \"%%lf %%lf %%lf",subdirf2(fileresu,"T_"),k1-1,k1-1,vpopbased);
         fprintf(ficgp,"\" t\"\" w l lt 0,");                                          for (j=1; j<= nlstate+1 ; j ++) {
         fprintf(ficgp,"\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2==%d && $4!=0 ? $4+$5*2 : 1/0) \"%%lf %%lf %%lf",subdirf2(fileresu,"T_"),k1-1,k1-1,vpopbased);                                                  if (j==i) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");
         for (j=1; j<= nlstate+1 ; j ++) {                                                  else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");
           if (j==i) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");                                          }   
           else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");                                          fprintf(ficgp,"\" t\"\" w l lt 0,");
         }                                             fprintf(ficgp,"\"%s\" every :::%d::%d u 1:($2==%d && $4!=0 ? $4+$5*2 : 1/0) \"%%lf %%lf %%lf",subdirf2(fileresu,"T_"),k1-1,k1-1,vpopbased);
         if (i== (nlstate+1)) fprintf(ficgp,"\" t\"\" w l lt 0");                                          for (j=1; j<= nlstate+1 ; j ++) {
         else fprintf(ficgp,"\" t\"\" w l lt 0,\\\n");                                                  if (j==i) fprintf(ficgp," %%lf (%%lf)");
       } /* state */                                                  else fprintf(ficgp," %%*lf (%%*lf)");
     } /* vpopbased */                                          }   
     fprintf(ficgp,"\nset out;set out \"%s_%d.svg\"; replot; set out; \n",subdirf2(optionfilefiname,"E_"),k1); /* Buggy gnuplot */                                          if (i== (nlstate+1)) fprintf(ficgp,"\" t\"\" w l lt 0");
                                           else fprintf(ficgp,"\" t\"\" w l lt 0,\\\n");
                                   } /* state */
                           } /* vpopbased */
                           fprintf(ficgp,"\nset out;set out \"%s_%d.svg\"; replot; set out; \n",subdirf2(optionfilefiname,"E_"),k1); /* Buggy gnuplot */
   } /* k1 */    } /* k1 */
           
           
   /*3eme*/    /*3eme*/
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) {     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { 
   
     for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) {      for (cpt=1; cpt<= nlstate ; cpt ++) {
       fprintf(ficgp,"\n# 3d: Life expectancy with EXP_ files:  cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n# 3d: Life expectancy with EXP_ files:  cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                  lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                  /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                  /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                  /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
         vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];                                  vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
         fprintf(ficgp," V%d=%d ",k,vlv);                                  fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\n#\n");        fprintf(ficgp,"\n#\n");
                           if(invalidvarcomb[k1]){
                                                   fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                                   continue;
                           }
                           
       /*       k=2+nlstate*(2*cpt-2); */        /*       k=2+nlstate*(2*cpt-2); */
       k=2+(nlstate+1)*(cpt-1);        k=2+(nlstate+1)*(cpt-1);
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"EXP_"),cpt,k1);        fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"EXP_"),cpt,k1);
       fprintf(ficgp,"set ter svg size 640, 480\n\        fprintf(ficgp,"set ter svg size 640, 480\n\
 plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u 1:%d t \"e%d1\" w l",ageminpar,fage,subdirf2(fileresu,"E_"),k1-1,k1-1,k,cpt);  plot [%.f:%.f] \"%s\" every :::%d::%d u 1:%d t \"e%d1\" w l",ageminpar,fage,subdirf2(fileresu,"E_"),k1-1,k1-1,k,cpt);
       /*fprintf(ficgp,",\"e%s\" every :::%d::%d u 1:($%d-2*$%d) \"\%%lf ",fileres,k1-1,k1-1,k,k+1);        /*fprintf(ficgp,",\"e%s\" every :::%d::%d u 1:($%d-2*$%d) \"\%%lf ",fileres,k1-1,k1-1,k,k+1);
         for (i=1; i<= nlstate*2 ; i ++) fprintf(ficgp,"\%%lf (\%%lf) ");                                  for (i=1; i<= nlstate*2 ; i ++) fprintf(ficgp,"\%%lf (\%%lf) ");
         fprintf(ficgp,"\" t \"e%d1\" w l",cpt);                                  fprintf(ficgp,"\" t \"e%d1\" w l",cpt);
         fprintf(ficgp,",\"e%s\" every :::%d::%d u 1:($%d+2*$%d) \"\%%lf ",fileres,k1-1,k1-1,k,k+1);                                  fprintf(ficgp,",\"e%s\" every :::%d::%d u 1:($%d+2*$%d) \"\%%lf ",fileres,k1-1,k1-1,k,k+1);
         for (i=1; i<= nlstate*2 ; i ++) fprintf(ficgp,"\%%lf (\%%lf) ");                                  for (i=1; i<= nlstate*2 ; i ++) fprintf(ficgp,"\%%lf (\%%lf) ");
         fprintf(ficgp,"\" t \"e%d1\" w l",cpt);                                  fprintf(ficgp,"\" t \"e%d1\" w l",cpt);
                                           
       */        */
       for (i=1; i< nlstate ; i ++) {        for (i=1; i< nlstate ; i ++) {
         fprintf(ficgp," ,\"%s\" every :::%d::%d u 1:%d t \"e%d%d\" w l",subdirf2(fileresu,"E_"),k1-1,k1-1,k+i,cpt,i+1);                                  fprintf(ficgp," ,\"%s\" every :::%d::%d u 1:%d t \"e%d%d\" w l",subdirf2(fileresu,"E_"),k1-1,k1-1,k+i,cpt,i+1);
         /*      fprintf(ficgp," ,\"%s\" every :::%d::%d u 1:%d t \"e%d%d\" w l",subdirf2(fileres,"e"),k1-1,k1-1,k+2*i,cpt,i+1);*/                                  /*      fprintf(ficgp," ,\"%s\" every :::%d::%d u 1:%d t \"e%d%d\" w l",subdirf2(fileres,"e"),k1-1,k1-1,k+2*i,cpt,i+1);*/
                                           
       }         } 
       fprintf(ficgp," ,\"%s\" every :::%d::%d u 1:%d t \"e%d.\" w l",subdirf2(fileresu,"E_"),k1-1,k1-1,k+nlstate,cpt);        fprintf(ficgp," ,\"%s\" every :::%d::%d u 1:%d t \"e%d.\" w l",subdirf2(fileresu,"E_"),k1-1,k1-1,k+nlstate,cpt);
     }      }
   }    }
       
           /* 4eme */
   /* Survival functions (period) from state i in state j by initial state i */    /* Survival functions (period) from state i in state j by initial state i */
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each multivariate if any */    for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each multivariate if any */
   
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j : 'LIJ_' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j : 'LIJ_' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                  lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                  /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                  /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                  /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
         vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];                                  vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
         fprintf(ficgp," V%d=%d ",k,vlv);                                  fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\n#\n");        fprintf(ficgp,"\n#\n");
                           if(invalidvarcomb[k1]){
                                                           fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                                           continue;
                           }
                           
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"LIJ_"),cpt,k1);        fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"LIJ_"),cpt,k1);
       fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability to be alive\" \n\        fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability to be alive\" \n\
 set ter svg size 640, 480\n\  set ter svg size 640, 480\n                                                                                                                                                                                     \
 unset log y\n\  unset log y\n                                                                                                                                                                                                                                           \
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
       k=3;        k=3;
       for (i=1; i<= nlstate ; i ++){        for (i=1; i<= nlstate ; i ++){
         if(i==1){                                  if(i==1){
           fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));                                          fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));
         }else{                                  }else{
           fprintf(ficgp,", '' ");                                          fprintf(ficgp,", '' ");
         }                                  }
         l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1;                                  l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1;
         fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l);                                  fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l);
         for (j=2; j<= nlstate+ndeath ; j ++)                                  for (j=2; j<= nlstate+ndeath ; j ++)
           fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1);                                          fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1);
         fprintf(ficgp,")) t \"l(%d,%d)\" w l",i,cpt);                                  fprintf(ficgp,")) t \"l(%d,%d)\" w l",i,cpt);
       } /* nlstate */        } /* nlstate */
       fprintf(ficgp,"\nset out\n");        fprintf(ficgp,"\nset out\n");
     } /* end cpt state*/       } /* end cpt state*/ 
   } /* end covariate */      } /* end covariate */  
           
   /* 5eme */
   /* Survival functions (period) from state i in state j by final state j */    /* Survival functions (period) from state i in state j by final state j */
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate if any */    for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate if any */
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each inital state  */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each inital state  */
   
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j and all livestates from state i by final state j: 'lij' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n# Survival functions in state j and all livestates from state i by final state j: 'lij' files, cov=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                  lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                  /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                  /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                  /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
         vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];                                  vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
         fprintf(ficgp," V%d=%d ",k,vlv);                                  fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\n#\n");        fprintf(ficgp,"\n#\n");
                           if(invalidvarcomb[k1]){
                                                   fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                                   continue;
                           }
                           
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,k1);        fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"LIJT_"),cpt,k1);
       fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability to be alive\" \n\        fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability to be alive\" \n\
 set ter svg size 640, 480\n\  set ter svg size 640, 480\n                                                                                                                                                                                     \
 unset log y\n\  unset log y\n                                                                                                                                                                                                                                           \
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
       k=3;        k=3;
       for (j=1; j<= nlstate ; j ++){ /* Lived in state j */        for (j=1; j<= nlstate ; j ++){ /* Lived in state j */
         if(j==1)                                  if(j==1)
           fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));                                          fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));
         else                                  else
           fprintf(ficgp,", '' ");                                          fprintf(ficgp,", '' ");
         l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1) +j;                                  l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1) +j;
         fprintf(ficgp," u (($1==%d && (floor($2)%%5 == 0)) ? ($3):1/0):($%d",k1,k+l);                                  fprintf(ficgp," u (($1==%d && (floor($2)%%5 == 0)) ? ($3):1/0):($%d",k1,k+l);
         /* for (i=2; i<= nlstate+ndeath ; i ++) */                                  /* for (i=2; i<= nlstate+ndeath ; i ++) */
         /*   fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+i-1); */                                  /*   fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+i-1); */
         fprintf(ficgp,") t \"l(%d,%d)\" w l",cpt,j);                                  fprintf(ficgp,") t \"l(%d,%d)\" w l",cpt,j);
       } /* nlstate */        } /* nlstate */
       fprintf(ficgp,", '' ");        fprintf(ficgp,", '' ");
       fprintf(ficgp," u (($1==%d && (floor($2)%%5 == 0)) ? ($3):1/0):(",k1);        fprintf(ficgp," u (($1==%d && (floor($2)%%5 == 0)) ? ($3):1/0):(",k1);
       for (j=1; j<= nlstate ; j ++){ /* Lived in state j */        for (j=1; j<= nlstate ; j ++){ /* Lived in state j */
         l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1) +j;                                  l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1) +j;
         if(j < nlstate)                                  if(j < nlstate)
           fprintf(ficgp,"$%d +",k+l);                                          fprintf(ficgp,"$%d +",k+l);
         else                                  else
           fprintf(ficgp,"$%d) t\"l(%d,.)\" w l",k+l,cpt);                                          fprintf(ficgp,"$%d) t\"l(%d,.)\" w l",k+l,cpt);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\nset out\n");        fprintf(ficgp,"\nset out\n");
     } /* end cpt state*/       } /* end cpt state*/ 
   } /* end covariate */      } /* end covariate */  
           
   /* 6eme */
   /* CV preval stable (period) for each covariate */    /* CV preval stable (period) for each covariate */
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */    for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */      for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
   
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);        fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
       for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */        for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
         lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */                                  lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                  /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                  /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                  /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
         vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];                                  vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
         fprintf(ficgp," V%d=%d ",k,vlv);                                  fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
       }        }
       fprintf(ficgp,"\n#\n");        fprintf(ficgp,"\n#\n");
                           if(invalidvarcomb[k1]){
                                                   fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                                   continue;
                           }
   
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,k1);        fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"P_"),cpt,k1);
       fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability\" \n\        fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability\" \n\
Line 5769  unset log y\n\ Line 6026  unset log y\n\
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
       k=3; /* Offset */        k=3; /* Offset */
       for (i=1; i<= nlstate ; i ++){        for (i=1; i<= nlstate ; i ++){
         if(i==1)                                  if(i==1)
           fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));                                          fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJ_"));
         else                                  else
           fprintf(ficgp,", '' ");                                          fprintf(ficgp,", '' ");
         l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1;                                  l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1;
         fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l);                                  fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l);
         for (j=2; j<= nlstate ; j ++)                                  for (j=2; j<= nlstate ; j ++)
           fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1);                                          fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1);
         fprintf(ficgp,")) t \"prev(%d,%d)\" w l",i,cpt);                                  fprintf(ficgp,")) t \"prev(%d,%d)\" w l",i,cpt);
       } /* nlstate */        } /* nlstate */
       fprintf(ficgp,"\nset out\n");        fprintf(ficgp,"\nset out\n");
     } /* end cpt state*/       } /* end cpt state*/ 
   } /* end covariate */      } /* end covariate */  
   
     /* CV back preval stable (period) for each covariate */  
   for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */  
     for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */  
       fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV Back preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);  
       for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */  
         lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */  
         /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */  
         /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */  
         /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */  
         vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];  
         fprintf(ficgp," V%d=%d ",k,vlv);  
       }  
       fprintf(ficgp,"\n#\n");  
   
       fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,k1);  /* 7eme */
       fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability\" \n\    if(backcast == 1){
 set ter svg size 640, 480\n\      /* CV back preval stable (period) for each covariate */
 unset log y\n\      for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */
         for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
                                   fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#CV Back preval stable (period): 'pij' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
                                   for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate and each value */
                                           lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate number corresponding to k1 combination */
                                           /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                                           /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                                           /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
                                           vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
                                           fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
                                   }
                                   fprintf(ficgp,"\n#\n");
                                   if(invalidvarcomb[k1]){
                                                                   fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
                                                                   continue;
                                   }
                                   
                                   fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"PB_"),cpt,k1);
                                   fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Probability\" \n\
   set ter svg size 640, 480\n                                                                                                                                                                                     \
   unset log y\n                                                                                                                                                                                                                                           \
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
       k=3; /* Offset */                                  k=3; /* Offset */
       for (i=1; i<= nlstate ; i ++){                                  for (i=1; i<= nlstate ; i ++){
         if(i==1)                                          if(i==1)
           fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJB_"));                                                  fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"PIJB_"));
         else                                          else
           fprintf(ficgp,", '' ");                                                  fprintf(ficgp,", '' ");
         l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1;                                          /* l=(nlstate+ndeath)*(i-1)+1; */
         fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l); /* a vérifier */                                          l=(nlstate+ndeath)*(cpt-1)+1;
         for (j=2; j<= nlstate ; j ++)                                          /* fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l); /\* a vérifier *\/ */
           fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1);                                          /* fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d/($%d",k1,k+l+(cpt-1),k+l+(cpt-1)+i-1); /\* a vérifier *\/ */
         fprintf(ficgp,")) t \"prev(%d,%d)\" w l",i,cpt);                                          fprintf(ficgp," u ($1==%d ? ($3):1/0):($%d",k1,k+l+(cpt-1)+i-1); /* a vérifier */
       } /* nlstate */                                          /* for (j=2; j<= nlstate ; j ++) */
       fprintf(ficgp,"\nset out\n");                                          /*      fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1); */
     } /* end cpt state*/                                           /*      /\* fprintf(ficgp,"+$%d",k+l+j-1); *\/ */
   } /* end covariate */                                            fprintf(ficgp,") t \"bprev(%d,%d)\" w l",i,cpt);
                                   } /* nlstate */
                                   fprintf(ficgp,"\nset out\n");
         } /* end cpt state*/ 
       } /* end covariate */  
     } /* End if backcast */
     
           /* 8eme */
   if(prevfcast==1){    if(prevfcast==1){
   /* Projection from cross-sectional to stable (period) for each covariate */      /* Projection from cross-sectional to stable (period) for each covariate */
       
     for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */      for (k1=1; k1<= m ; k1 ++) { /* For each covariate combination (1 to m=2**k), if any covariate is present */
       for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */        for (cpt=1; cpt<=nlstate ; cpt ++) { /* For each life state */
         fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#Projection of prevalence to stable (period): 'PROJ_' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);                                  fprintf(ficgp,"\n#\n#\n#Projection of prevalence to stable (period): 'PROJ_' files, covariatecombination#=%d state=%d",k1, cpt);
         for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each correspondig covariate value  */                                  for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each correspondig covariate value  */
           lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */                                          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */
           /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
           /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
           /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
           vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];                                          vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv];
           fprintf(ficgp," V%d=%d ",k,vlv);                                          fprintf(ficgp," V%d=%d ",Tvaraff[k],vlv);
         }                                  }
         fprintf(ficgp,"\n#\n");                                  fprintf(ficgp,"\n#\n");
                                           if(invalidvarcomb[k1]){
         fprintf(ficgp,"# hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev\n ");                                                                  fprintf(ficgp,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k1); 
         fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,k1);                                                                  continue;
         fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Prevalence\" \n\                                  }
 set ter svg size 640, 480\n\                                  
 unset log y\n\                                  fprintf(ficgp,"# hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev\n ");
                                   fprintf(ficgp,"\nset out \"%s_%d-%d.svg\" \n",subdirf2(optionfilefiname,"PROJ_"),cpt,k1);
                                   fprintf(ficgp,"set xlabel \"Age\" \nset ylabel \"Prevalence\" \n\
   set ter svg size 640, 480\n     \
   unset log y\n   \
 plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar);
         for (i=1; i<= nlstate+1 ; i ++){  /* nlstate +1 p11 p21 p.1 */                                  for (i=1; i<= nlstate+1 ; i ++){  /* nlstate +1 p11 p21 p.1 */
           /*#  V1  = 1  V2 =  0 yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/                                          /*#  V1  = 1  V2 =  0 yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/
           /*#   1    2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */                                             /*#   1    2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */   
           /*# yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/                                          /*# yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/
           /*#   1       2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */                                             /*#   1       2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */   
           if(i==1){                                          if(i==1){
             fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"F_"));                                                  fprintf(ficgp,"\"%s\"",subdirf2(fileresu,"F_"));
           }else{                                          }else{
             fprintf(ficgp,",\\\n '' ");                                                  fprintf(ficgp,",\\\n '' ");
           }                                          }
           if(cptcoveff ==0){ /* No covariate */                                          if(cptcoveff ==0){ /* No covariate */
             fprintf(ficgp," u 2:("); /* Age is in 2 */                                                  ioffset=2; /* Age is in 2 */
             /*# yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/                                                  /*# yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/
             /*#   1       2   3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */                                                  /*#   1       2   3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */
             if(i==nlstate+1)                                                  /*# V1  = 1 yearproj age p11 p21 p31 p.1 p12 p22 p32 p.2 p13 p23 p33 p.3 p14 p24 p34 p.4*/
               fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'p.%d' with line ", \                                                  /*#  1    2        3   4   5  6    7  8   9   10  11  12  13  14  15  16  17  18 */
                         2+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  2+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,cpt );                                                  fprintf(ficgp," u %d:(", ioffset); 
             else                                                  if(i==nlstate+1)
               fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'p%d%d' with line ", \                                                          fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'pw.%d' with line ",                    \
                       2+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  2+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );                                                                                          ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,cpt );
           }else{                                                  else
             fprintf(ficgp,"u 6:(("); /* Age is in 6 */                                                          fprintf(ficgp," $%d/(1.-$%d)) t 'p%d%d' with line ",                    \
             /*#  V1  = 1  V2 =  0 yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/                                                                                          ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );
             /*#   1    2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */                                             }else{ /* more than 2 covariates */
             kl=0;                                                  if(cptcoveff ==1){
             for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate  */                                                          ioffset=4; /* Age is in 4 */
               lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to k1 combination and kth covariate */                                                  }else{
               /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */                                                          ioffset=6; /* Age is in 6 */
               /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */                                                  /*#  V1  = 1  V2 =  0 yearproj age p11 p21 p.1 p12 p22 p.2 p13 p23 p.3*/
               /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */                                                  /*#   1    2   3    4    5      6  7   8   9   10   11 12  13   14  15 */
               vlv= nbcode[Tvaraff[lv]][lv];                                                  }   
               kl++;                                                  fprintf(ficgp," u %d:(",ioffset); 
               /* kl=6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1); /\* 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1)=7, 6+(2-1)(2+1)+1+(1-1)=10 *\/ */                                                  kl=0;
               /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */                                                   strcpy(gplotcondition,"(");
               /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */                                                   for (k=1; k<=cptcoveff; k++){    /* For each covariate writing the chain of conditions */
               /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/                                                          lv= decodtabm(k1,k,cptcoveff); /* Should be the covariate value corresponding to combination k1 and covariate k */
               if(k==cptcoveff)                                                          /* decodtabm(1,1,4) = 1 because h=1  k= (1) 1  1  1 */
                 if(i==nlstate+1)                                                          /* decodtabm(1,2,4) = 1 because h=1  k=  1 (1) 1  1 */
                   fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d)? $%d/(1.-$%d) : 1/0) t 'p.%d' with line ",kl, k,kl+1,nbcode[Tvaraff[lv]][lv], \                                                          /* decodtabm(13,3,4)= 2 because h=13 k=  1  1 (2) 2 */
                           6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,cpt );                                                          vlv= nbcode[Tvaraff[k]][lv]; /* Value of the modality of Tvaraff[k] */
                 else                                                          kl++;
                   fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d)? $%d/(1.-$%d) : 1/0) t 'p%d%d' with line ",kl, k,kl+1,nbcode[Tvaraff[lv]][lv], \                                                          sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition),"$%d==%d && $%d==%d " ,kl,Tvaraff[k], kl+1, nbcode[Tvaraff[k]][lv]);
                           6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );                                                          kl++;
               else{                                                          if(k <cptcoveff && cptcoveff>1)
                 fprintf(ficgp,"$%d==%d && $%d==%d && ",kl, k,kl+1,nbcode[Tvaraff[lv]][lv]);                                                                  sprintf(gplotcondition+strlen(gplotcondition)," && ");
                 kl++;                                                  }
               }                                                  strcpy(gplotcondition+strlen(gplotcondition),")");
             } /* end covariate */                                                  /* kl=6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1); /\* 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1)=7, 6+(2-1)(2+1)+1+(1-1)=10 *\/ */
           } /* end if covariate */                                                  /*6+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+(1-1)*(2+1)+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
         } /* nlstate */                                                  /*6+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate; 6+1+(1-1) +(2+1)*2=13 */ 
         fprintf(ficgp,"\nset out\n");                                                  /* ''  u 6:(($1==1 && $2==0 && $3==2 && $4==0)? $9/(1.-$15) : 1/0):($5==2000? 3:2) t 'p.1' with line lc variable*/
       } /* end cpt state*/                                                  if(i==nlstate+1){
     } /* end covariate */                                                          fprintf(ficgp,"%s ? $%d/(1.-$%d) : 1/0) t 'p.%d' with line ", gplotcondition, \
   } /* End if prevfcast */                                                                                          ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1),  ioffset+1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,cpt );
                                                   }else{
                                                                   fprintf(ficgp,"%s ? $%d/(1.-$%d) : 1/0) t 'p%d%d' with line ", gplotcondition, \
   /* proba elementaires */                                                                                                  ioffset+(cpt-1)*(nlstate+1)+1+(i-1), ioffset +1+(i-1)+(nlstate+1)*nlstate,i,cpt );
   fprintf(ficgp,"\n##############\n#MLE estimated parameters\n#############\n");                                                  }
                                           } /* end if covariate */
                                   } /* nlstate */
                                   fprintf(ficgp,"\nset out\n");
                           } /* end cpt state*/
                   } /* end covariate */
           } /* End if prevfcast */
           
           
           /* proba elementaires */
           fprintf(ficgp,"\n##############\n#MLE estimated parameters\n#############\n");
   for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){    for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
     fprintf(ficgp,"# initial state %d\n",i);      fprintf(ficgp,"# initial state %d\n",i);
     for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){      for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){
Line 6039  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar) Line 6323  plot [%.f:%.f]  ", ageminpar, agemaxpar)
   
   
 /*************** Moving average **************/  /*************** Moving average **************/
 int movingaverage(double ***probs, double bage,double fage, double ***mobaverage, int mobilav){  /* int movingaverage(double ***probs, double bage, double fage, double ***mobaverage, int mobilav, double bageout, double fageout){ */
   int movingaverage(double ***probs, double bage, double fage, double ***mobaverage, int mobilav){
      
   int i, cpt, cptcod;    int i, cpt, cptcod;
   int modcovmax =1;    int modcovmax =1;
   int mobilavrange, mob;    int mobilavrange, mob;
     int iage=0;
   
     double sum=0.;
   double age;    double age;
     double *sumnewp, *sumnewm;
     double *agemingood, *agemaxgood; /* Currently identical for all covariates */
     
     
     /* modcovmax=2*cptcoveff;/\* Max number of modalities. We suppose  */
           /*                 a covariate has 2 modalities, should be equal to ncovcombmax  *\/ */
   
   modcovmax=2*cptcoveff;/* Max number of modalities. We suppose     sumnewp = vector(1,ncovcombmax);
                            a covariate has 2 modalities */    sumnewm = vector(1,ncovcombmax);
   if (cptcovn<1) modcovmax=1; /* At least 1 pass */    agemingood = vector(1,ncovcombmax);   
     agemaxgood = vector(1,ncovcombmax);
   
     for (cptcod=1;cptcod<=ncovcombmax;cptcod++){
                   sumnewm[cptcod]=0.;
                   sumnewp[cptcod]=0.;
                   agemingood[cptcod]=0;
                   agemaxgood[cptcod]=0;
           }
     if (cptcovn<1) ncovcombmax=1; /* At least 1 pass */
     
   if(mobilav==1||mobilav ==3 ||mobilav==5 ||mobilav== 7){    if(mobilav==1||mobilav ==3 ||mobilav==5 ||mobilav== 7){
     if(mobilav==1) mobilavrange=5; /* default */      if(mobilav==1) mobilavrange=5; /* default */
     else mobilavrange=mobilav;      else mobilavrange=mobilav;
     for (age=bage; age<=fage; age++)      for (age=bage; age<=fage; age++)
       for (i=1; i<=nlstate;i++)        for (i=1; i<=nlstate;i++)
         for (cptcod=1;cptcod<=modcovmax;cptcod++)                                  for (cptcod=1;cptcod<=ncovcombmax;cptcod++)
           mobaverage[(int)age][i][cptcod]=probs[(int)age][i][cptcod];                                          mobaverage[(int)age][i][cptcod]=probs[(int)age][i][cptcod];
     /* We keep the original values on the extreme ages bage, fage and for       /* We keep the original values on the extreme ages bage, fage and for 
        fage+1 and bage-1 we use a 3 terms moving average; for fage+2 bage+2         fage+1 and bage-1 we use a 3 terms moving average; for fage+2 bage+2
        we use a 5 terms etc. until the borders are no more concerned.          we use a 5 terms etc. until the borders are no more concerned. 
     */       */ 
     for (mob=3;mob <=mobilavrange;mob=mob+2){      for (mob=3;mob <=mobilavrange;mob=mob+2){
       for (age=bage+(mob-1)/2; age<=fage-(mob-1)/2; age++){        for (age=bage+(mob-1)/2; age<=fage-(mob-1)/2; age++){
         for (i=1; i<=nlstate;i++){                                  for (i=1; i<=nlstate;i++){
           for (cptcod=1;cptcod<=modcovmax;cptcod++){                                          for (cptcod=1;cptcod<=ncovcombmax;cptcod++){
             mobaverage[(int)age][i][cptcod] =probs[(int)age][i][cptcod];                                                  mobaverage[(int)age][i][cptcod] =probs[(int)age][i][cptcod];
               for (cpt=1;cpt<=(mob-1)/2;cpt++){                                                  for (cpt=1;cpt<=(mob-1)/2;cpt++){
                 mobaverage[(int)age][i][cptcod] +=probs[(int)age-cpt][i][cptcod];                                                          mobaverage[(int)age][i][cptcod] +=probs[(int)age-cpt][i][cptcod];
                 mobaverage[(int)age][i][cptcod] +=probs[(int)age+cpt][i][cptcod];                                                          mobaverage[(int)age][i][cptcod] +=probs[(int)age+cpt][i][cptcod];
               }                                                  }
             mobaverage[(int)age][i][cptcod]=mobaverage[(int)age][i][cptcod]/mob;                                                  mobaverage[(int)age][i][cptcod]=mobaverage[(int)age][i][cptcod]/mob;
           }                                          }
         }                                  }
       }/* end age */        }/* end age */
     }/* end mob */      }/* end mob */
   }else return -1;    }else
       return -1;
     for (cptcod=1;cptcod<=ncovcombmax;cptcod++){
       /* for (age=bage+(mob-1)/2; age<=fage-(mob-1)/2; age++){ */
       agemingood[cptcod]=fage-(mob-1)/2;
       for (age=fage-(mob-1)/2; age>=bage; age--){/* From oldest to youngest, finding the youngest wrong */
         sumnewm[cptcod]=0.;
         for (i=1; i<=nlstate;i++){
           sumnewm[cptcod]+=mobaverage[(int)age][i][cptcod];
         }
         if(fabs(sumnewm[cptcod] - 1.) <= 1.e-3) { /* good */
                                   agemingood[cptcod]=age;
         }else{ /* bad */
                                   for (i=1; i<=nlstate;i++){
                                           mobaverage[(int)age][i][cptcod]=mobaverage[(int)agemingood[cptcod]][i][cptcod];
                                   } /* i */
         } /* end bad */
       }/* age */
       sum=0.;
       for (i=1; i<=nlstate;i++){
         sum+=mobaverage[(int)agemingood[cptcod]][i][cptcod];
       }
       if(fabs(sum - 1.) > 1.e-3) { /* bad */
         printf("For this combination of covariate cptcod=%d, we can't get a smoothed prevalence which sums to one at any descending age!\n",cptcod);
         /* for (i=1; i<=nlstate;i++){ */
         /*   mobaverage[(int)age][i][cptcod]=mobaverage[(int)agemingood[cptcod]][i][cptcod]; */
         /* } /\* i *\/ */
       } /* end bad */
       /* else{ /\* We found some ages summing to one, we will smooth the oldest *\/ */
                   /* From youngest, finding the oldest wrong */
                   agemaxgood[cptcod]=bage+(mob-1)/2;
                   for (age=bage+(mob-1)/2; age<=fage; age++){
                           sumnewm[cptcod]=0.;
                           for (i=1; i<=nlstate;i++){
                                   sumnewm[cptcod]+=mobaverage[(int)age][i][cptcod];
                           }
                           if(fabs(sumnewm[cptcod] - 1.) <= 1.e-3) { /* good */
                                   agemaxgood[cptcod]=age;
                           }else{ /* bad */
                                   for (i=1; i<=nlstate;i++){
                                           mobaverage[(int)age][i][cptcod]=mobaverage[(int)agemaxgood[cptcod]][i][cptcod];
                                   } /* i */
                           } /* end bad */
                   }/* age */
                   sum=0.;
                   for (i=1; i<=nlstate;i++){
                           sum+=mobaverage[(int)agemaxgood[cptcod]][i][cptcod];
                   }
                   if(fabs(sum - 1.) > 1.e-3) { /* bad */
                           printf("For this combination of covariate cptcod=%d, we can't get a smoothed prevalence which sums to one at any ascending age!\n",cptcod);
                           /* for (i=1; i<=nlstate;i++){ */
                           /*   mobaverage[(int)age][i][cptcod]=mobaverage[(int)agemingood[cptcod]][i][cptcod]; */
                           /* } /\* i *\/ */
                   } /* end bad */
                   
                   for (age=bage; age<=fage; age++){
                           printf("%d %d ", cptcod, (int)age);
                           sumnewp[cptcod]=0.;
                           sumnewm[cptcod]=0.;
                           for (i=1; i<=nlstate;i++){
                                   sumnewp[cptcod]+=probs[(int)age][i][cptcod];
                                   sumnewm[cptcod]+=mobaverage[(int)age][i][cptcod];
                                   /* printf("%.4f %.4f ",probs[(int)age][i][cptcod], mobaverage[(int)age][i][cptcod]); */
                           }
                           /* printf("%.4f %.4f \n",sumnewp[cptcod], sumnewm[cptcod]); */
                   }
                   /* printf("\n"); */
       /* } */
       /* brutal averaging */
       for (i=1; i<=nlstate;i++){
         for (age=1; age<=bage; age++){
                                   mobaverage[(int)age][i][cptcod]=mobaverage[(int)agemingood[cptcod]][i][cptcod];
                                   /* printf("age=%d i=%d cptcod=%d mobaverage=%.4f \n",(int)age,i, cptcod, mobaverage[(int)age][i][cptcod]); */
         } 
         for (age=fage; age<=AGESUP; age++){
                                   mobaverage[(int)age][i][cptcod]=mobaverage[(int)agemaxgood[cptcod]][i][cptcod];
                                   /* printf("age=%d i=%d cptcod=%d mobaverage=%.4f \n",(int)age,i, cptcod, mobaverage[(int)age][i][cptcod]); */
         }
       } /* end i status */
       for (i=nlstate+1; i<=nlstate+ndeath;i++){
         for (age=1; age<=AGESUP; age++){
                                   /*printf("i=%d, age=%d, cptcod=%d\n",i, (int)age, cptcod);*/
                                   mobaverage[(int)age][i][cptcod]=0.;
         }
       }
     }/* end cptcod */
     free_vector(sumnewm,1, ncovcombmax);
     free_vector(sumnewp,1, ncovcombmax);
     free_vector(agemaxgood,1, ncovcombmax);
     free_vector(agemingood,1, ncovcombmax);
   return 0;    return 0;
 }/* End movingaverage */  }/* End movingaverage */
    
   
 /************** Forecasting ******************/  /************** Forecasting ******************/
 void prevforecast(char fileres[], double anproj1, double mproj1, double jproj1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anproj2, double p[], int cptcoveff){  void prevforecast(char fileres[], double anproj1, double mproj1, double jproj1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anproj2, double p[], int cptcoveff){
Line 6092  void prevforecast(char fileres[], double Line 6484  void prevforecast(char fileres[], double
   double agelim, ppij, yp,yp1,yp2,jprojmean,mprojmean,anprojmean;    double agelim, ppij, yp,yp1,yp2,jprojmean,mprojmean,anprojmean;
   double *popeffectif,*popcount;    double *popeffectif,*popcount;
   double ***p3mat;    double ***p3mat;
   double ***mobaverage;    /* double ***mobaverage; */
   char fileresf[FILENAMELENGTH];    char fileresf[FILENAMELENGTH];
   
   agelim=AGESUP;    agelim=AGESUP;
Line 6102  void prevforecast(char fileres[], double Line 6494  void prevforecast(char fileres[], double
   */    */
   /* freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint,strstart,\ */    /* freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint,strstart,\ */
   /*          firstpass, lastpass,  stepm,  weightopt, model); */    /*          firstpass, lastpass,  stepm,  weightopt, model); */
   prevalence(probs, ageminpar, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);  
     
   strcpy(fileresf,"F_");     strcpy(fileresf,"F_"); 
   strcat(fileresf,fileresu);    strcat(fileresf,fileresu);
Line 6115  void prevforecast(char fileres[], double Line 6506  void prevforecast(char fileres[], double
   
   if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;    if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;
   
   if (mobilav!=0) {  
     mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  
     if (movingaverage(probs, ageminpar, fage, mobaverage,mobilav)!=0){  
       fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);  
       printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);  
     }  
   }  
   
   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;    stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;
   if (stepm<=12) stepsize=1;    if (stepm<=12) stepsize=1;
Line 6154  void prevforecast(char fileres[], double Line 6538  void prevforecast(char fileres[], double
       k=k+1;        k=k+1;
       fprintf(ficresf,"\n#****** hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#");        fprintf(ficresf,"\n#****** hpijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
         fprintf(ficresf," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresf," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }        }
       fprintf(ficresf," yearproj age");        fprintf(ficresf," yearproj age");
       for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++){         for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++){ 
         for(i=1; i<=nlstate;i++)                                                for(i=1; i<=nlstate;i++)              
           fprintf(ficresf," p%d%d",i,j);            fprintf(ficresf," p%d%d",i,j);
         fprintf(ficresf," p.%d",j);                                  fprintf(ficresf," wp.%d",j);
       }        }
       for (yearp=0; yearp<=(anproj2-anproj1);yearp +=stepsize) {        for (yearp=0; yearp<=(anproj2-anproj1);yearp +=stepsize) {
         fprintf(ficresf,"\n");                                  fprintf(ficresf,"\n");
         fprintf(ficresf,"\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jproj1,mproj1,anproj1+yearp);                                     fprintf(ficresf,"\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jproj1,mproj1,anproj1+yearp);   
         for (agec=fage; agec>=(ageminpar-1); agec--){                                   for (agec=fage; agec>=(ageminpar-1); agec--){ 
           nhstepm=(int) rint((agelim-agec)*YEARM/stepm);                                           nhstepm=(int) rint((agelim-agec)*YEARM/stepm); 
           nhstepm = nhstepm/hstepm;                                           nhstepm = nhstepm/hstepm; 
           p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);                                          p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
           oldm=oldms;savm=savms;                                          oldm=oldms;savm=savms;
           hpxij(p3mat,nhstepm,agec,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);                                          hpxij(p3mat,nhstepm,agec,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);
                                                   
           for (h=0; h<=nhstepm; h++){                                          for (h=0; h<=nhstepm; h++){
             if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) {                                                  if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) {
               fprintf(ficresf,"\n");                fprintf(ficresf,"\n");
               for(j=1;j<=cptcoveff;j++)                 for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
                 fprintf(ficresf,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                  fprintf(ficresf,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
               fprintf(ficresf,"%.f %.f ",anproj1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm);                                                          fprintf(ficresf,"%.f %.f ",anproj1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm);
             }                                                   } 
             for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) {                                                  for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) {
               ppij=0.;                                                          ppij=0.;
               for(i=1; i<=nlstate;i++) {                                                          for(i=1; i<=nlstate;i++) {
                 if (mobilav==1)                                                                   if (mobilav==1) 
                   ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agec][i][cptcod];                                                                          ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agec][i][cptcod];
                 else {                                                                  else {
                   ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agec)][i][cptcod];                                                                          ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agec)][i][cptcod];
                 }                                                                  }
                 if (h*hstepm/YEARM*stepm== yearp) {                                                                  if (h*hstepm/YEARM*stepm== yearp) {
                   fprintf(ficresf," %.3f", p3mat[i][j][h]);                                                                          fprintf(ficresf," %.3f", p3mat[i][j][h]);
                 }                                                                  }
               } /* end i */                                                          } /* end i */
               if (h*hstepm/YEARM*stepm==yearp) {                                                          if (h*hstepm/YEARM*stepm==yearp) {
                 fprintf(ficresf," %.3f", ppij);                                                                  fprintf(ficresf," %.3f", ppij);
               }                                                          }
             }/* end j */                                                  }/* end j */
           } /* end h */                                          } /* end h */
           free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);                                          free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
         } /* end agec */                                  } /* end agec */
       } /* end yearp */        } /* end yearp */
     } /* end cptcod */      } /* end cptcod */
   } /* end  cptcov */    } /* end  cptcov */
                  
   if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  
   
   fclose(ficresf);    fclose(ficresf);
   printf("End of Computing forecasting \n");    printf("End of Computing forecasting \n");
   fprintf(ficlog,"End of Computing forecasting\n");    fprintf(ficlog,"End of Computing forecasting\n");
   
 }  }
   
 /************** Back Forecasting ******************/  /* /\************** Back Forecasting ******************\/ */
 void prevbackforecast(char fileres[], double anback1, double mback1, double jback1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anback2, double p[], int cptcoveff){  /* void prevbackforecast(char fileres[], double anback1, double mback1, double jback1, double ageminpar, double agemax, double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double bage, double fage, int firstpass, int lastpass, double anback2, double p[], int cptcoveff){ */
   /* back1, year, month, day of starting backection   /*   /\* back1, year, month, day of starting backection  */
      agemin, agemax range of age  /*      agemin, agemax range of age */
      dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed  /*      dateprev1 dateprev2 range of dates during which prevalence is computed */
      anback2 year of en of backection (same day and month as back1).  /*      anback2 year of en of backection (same day and month as back1). */
   */  /*   *\/ */
   int yearp, stepsize, hstepm, nhstepm, j, k, cptcod, i, h, i1;  /*   int yearp, stepsize, hstepm, nhstepm, j, k, cptcod, i, h, i1; */
   double agec; /* generic age */  /*   double agec; /\* generic age *\/ */
   double agelim, ppij, yp,yp1,yp2,jprojmean,mprojmean,anprojmean;  /*   double agelim, ppij, yp,yp1,yp2,jprojmean,mprojmean,anprojmean; */
   double *popeffectif,*popcount;  /*   double *popeffectif,*popcount; */
   double ***p3mat;  /*   double ***p3mat; */
   double ***mobaverage;  /*   /\* double ***mobaverage; *\/ */
   char fileresfb[FILENAMELENGTH];  /*   char fileresfb[FILENAMELENGTH]; */
           
   agelim=AGESUP;  /*   agelim=AGESUP; */
   /* Compute observed prevalence between dateprev1 and dateprev2 by counting the number of people  /*   /\* Compute observed prevalence between dateprev1 and dateprev2 by counting the number of people */
      in each health status at the date of interview (if between dateprev1 and dateprev2).  /*      in each health status at the date of interview (if between dateprev1 and dateprev2). */
      We still use firstpass and lastpass as another selection.  /*      We still use firstpass and lastpass as another selection. */
   */  /*   *\/ */
   /* freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint,strstart,\ */  /*   /\* freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint,strstart,\ *\/ */
   /*          firstpass, lastpass,  stepm,  weightopt, model); */  /*   /\*              firstpass, lastpass,  stepm,  weightopt, model); *\/ */
   prevalence(probs, ageminpar, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);  /*   prevalence(probs, ageminpar, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass); */
            
   strcpy(fileresfb,"FB_");   /*   strcpy(fileresfb,"FB_");  */
   strcat(fileresfb,fileresu);  /*   strcat(fileresfb,fileresu); */
   if((ficresfb=fopen(fileresfb,"w"))==NULL) {  /*   if((ficresfb=fopen(fileresfb,"w"))==NULL) { */
     printf("Problem with back forecast resultfile: %s\n", fileresfb);  /*     printf("Problem with back forecast resultfile: %s\n", fileresfb); */
     fprintf(ficlog,"Problem with back forecast resultfile: %s\n", fileresfb);  /*     fprintf(ficlog,"Problem with back forecast resultfile: %s\n", fileresfb); */
   }  /*   } */
   printf("Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb);  /*   printf("Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */
   fprintf(ficlog,"Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb);  /*   fprintf(ficlog,"Computing back forecasting: result on file '%s', please wait... \n", fileresfb); */
           
   if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;  /*   if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1; */
           
   if (mobilav!=0) {  /*   /\* if (mobilav!=0) { *\/ */
     mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  /*   /\*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); *\/ */
     if (movingaverage(probs, ageminpar, fage, mobaverage,mobilav)!=0){  /*   /\*   if (movingaverage(probs, ageminpar, fage, mobaverage,mobilav)!=0){ *\/ */
       fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);  /*   /\*     fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); *\/ */
       printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);  /*   /\*     printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); *\/ */
     }  /*   /\*   } *\/ */
   }  /*   /\* } *\/ */
           
   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;  /*   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM; */
   if (stepm<=12) stepsize=1;  /*   if (stepm<=12) stepsize=1; */
   if(estepm < stepm){  /*   if(estepm < stepm){ */
     printf ("Problem %d lower than %d\n",estepm, stepm);  /*     printf ("Problem %d lower than %d\n",estepm, stepm); */
   }  /*   } */
   else  hstepm=estepm;     /*   else  hstepm=estepm;    */
           
   hstepm=hstepm/stepm;   /*   hstepm=hstepm/stepm;  */
   yp1=modf(dateintmean,&yp);/* extracts integral of datemean in yp  and  /*   yp1=modf(dateintmean,&yp);/\* extracts integral of datemean in yp  and */
                                fractional in yp1 */  /*                                fractional in yp1 *\/ */
   anprojmean=yp;  /*   anprojmean=yp; */
   yp2=modf((yp1*12),&yp);  /*   yp2=modf((yp1*12),&yp); */
   mprojmean=yp;  /*   mprojmean=yp; */
   yp1=modf((yp2*30.5),&yp);  /*   yp1=modf((yp2*30.5),&yp); */
   jprojmean=yp;  /*   jprojmean=yp; */
   if(jprojmean==0) jprojmean=1;  /*   if(jprojmean==0) jprojmean=1; */
   if(mprojmean==0) jprojmean=1;  /*   if(mprojmean==0) jprojmean=1; */
           
   i1=cptcoveff;  /*   i1=cptcoveff; */
   if (cptcovn < 1){i1=1;}  /*   if (cptcovn < 1){i1=1;} */
       
   fprintf(ficresfb,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2);   /*   fprintf(ficresfb,"# Mean day of interviews %.lf/%.lf/%.lf (%.2f) between %.2f and %.2f \n",jprojmean,mprojmean,anprojmean,dateintmean,dateprev1,dateprev2);  */
       
   fprintf(ficresfb,"#****** Routine prevbackforecast **\n");  /*   fprintf(ficresfb,"#****** Routine prevbackforecast **\n"); */
   
 /*            if (h==(int)(YEARM*yearp)){ */  
   for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){  
     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){  
       k=k+1;  
       fprintf(ficresfb,"\n#****** hbijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#");  
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {  
         fprintf(ficresfb," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);  
       }  
       fprintf(ficresfb," yearbproj age");  
       for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++){   
         for(i=1; i<=nlstate;i++)                
           fprintf(ficresfb," p%d%d",i,j);  
         fprintf(ficresfb," p.%d",j);  
       }  
       for (yearp=0; yearp>=(anback2-anback1);yearp -=stepsize) {   
      /* for (yearp=0; yearp<=(anproj2-anproj1);yearp +=stepsize) {  */  
         fprintf(ficresfb,"\n");  
         fprintf(ficresfb,"\n# Back Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jback1,mback1,anback1+yearp);     
         for (agec=fage; agec>=(ageminpar-1); agec--){   
           nhstepm=(int) rint((agelim-agec)*YEARM/stepm);   
           nhstepm = nhstepm/hstepm;   
           p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  
           oldm=oldms;savm=savms;  
           hbxij(p3mat,nhstepm,agec,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);    
                   
           for (h=0; h<=nhstepm; h++){  /*      /\*           if (h==(int)(YEARM*yearp)){ *\/ */
             if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) {  /*   for(cptcov=1, k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
               fprintf(ficresfb,"\n");  /*     for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){ */
               for(j=1;j<=cptcoveff;j++)   /*       k=k+1; */
                 fprintf(ficresfb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);  /*       fprintf(ficresfb,"\n#****** hbijx=probability over h years, hp.jx is weighted by observed prev \n#"); */
               fprintf(ficresfb,"%.f %.f ",anback1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm);  /*       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) { */
             }   /*                              fprintf(ficresfb," V%d (=) %d",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */
             for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) {  /*       } */
               ppij=0.;  /*       fprintf(ficresfb," yearbproj age"); */
               for(i=1; i<=nlstate;i++) {  /*       for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++){  */
                 if (mobilav==1)   /*                              for(i=1; i<=nlstate;i++)               */
                   ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agec][i][cptcod];  /*           fprintf(ficresfb," p%d%d",i,j); */
                 else {  /*                              fprintf(ficresfb," p.%d",j); */
                   ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agec)][i][cptcod];  /*       } */
                 }  /*       for (yearp=0; yearp>=(anback2-anback1);yearp -=stepsize) {  */
                 if (h*hstepm/YEARM*stepm== yearp) {  /*                              /\* for (yearp=0; yearp<=(anproj2-anproj1);yearp +=stepsize) {  *\/ */
                   fprintf(ficresfb," %.3f", p3mat[i][j][h]);  /*                              fprintf(ficresfb,"\n"); */
                 }  /*                              fprintf(ficresfb,"\n# Back Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jback1,mback1,anback1+yearp);    */
               } /* end i */  /*                              for (agec=fage; agec>=(ageminpar-1); agec--){  */
               if (h*hstepm/YEARM*stepm==yearp) {  /*                                      nhstepm=(int) rint((agelim-agec)*YEARM/stepm);  */
                 fprintf(ficresfb," %.3f", ppij);  /*                                      nhstepm = nhstepm/hstepm;  */
               }  /*                                      p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm); */
             }/* end j */  /*                                      oldm=oldms;savm=savms; */
           } /* end h */  /*                                      hbxij(p3mat,nhstepm,agec,hstepm,p,prevacurrent,nlstate,stepm,oldm,savm,oldm,savm, dnewm, doldm, dsavm, k);       */
           free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  /*                                      for (h=0; h<=nhstepm; h++){ */
         } /* end agec */  /*                                              if (h*hstepm/YEARM*stepm ==yearp) { */
       } /* end yearp */  /*               fprintf(ficresfb,"\n"); */
     } /* end cptcod */  /*               for(j=1;j<=cptcoveff;j++)  */
   } /* end  cptcov */  /*                 fprintf(ficresfb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */
          /*                                                      fprintf(ficresfb,"%.f %.f ",anback1+yearp,agec+h*hstepm/YEARM*stepm); */
   if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  /*                                              }  */
   /*                                              for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++) { */
   fclose(ficresfb);  /*                                                      ppij=0.; */
   printf("End of Computing Back forecasting \n");  /*                                                      for(i=1; i<=nlstate;i++) { */
   fprintf(ficlog,"End of Computing Back forecasting\n");  /*                                                              if (mobilav==1)  */
   /*                                                                      ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*mobaverage[(int)agec][i][cptcod]; */
 }  /*                                                              else { */
   /*                                                                      ppij=ppij+p3mat[i][j][h]*probs[(int)(agec)][i][cptcod]; */
   /*                                                              } */
   /*                                                              if (h*hstepm/YEARM*stepm== yearp) { */
   /*                                                                      fprintf(ficresfb," %.3f", p3mat[i][j][h]); */
   /*                                                              } */
   /*                                                      } /\* end i *\/ */
   /*                                                      if (h*hstepm/YEARM*stepm==yearp) { */
   /*                                                              fprintf(ficresfb," %.3f", ppij); */
   /*                                                      } */
   /*                                              }/\* end j *\/ */
   /*                                      } /\* end h *\/ */
   /*                                      free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm); */
   /*                              } /\* end agec *\/ */
   /*       } /\* end yearp *\/ */
   /*     } /\* end cptcod *\/ */
   /*   } /\* end  cptcov *\/ */
           
   /*   /\* if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); *\/ */
           
   /*   fclose(ficresfb); */
   /*   printf("End of Computing Back forecasting \n"); */
   /*   fprintf(ficlog,"End of Computing Back forecasting\n"); */
           
   /* } */
   
 /************** Forecasting *****not tested NB*************/  /************** Forecasting *****not tested NB*************/
 void populforecast(char fileres[], double anpyram,double mpyram,double jpyram,double ageminpar, double agemax,double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double agedeb, double fage, int popforecast, char popfile[], double anpyram1,double p[], int i2){  void populforecast(char fileres[], double anpyram,double mpyram,double jpyram,double ageminpar, double agemax,double dateprev1, double dateprev2, int mobilav, double agedeb, double fage, int popforecast, char popfile[], double anpyram1,double p[], int i2){
Line 6349  void populforecast(char fileres[], doubl Line 6730  void populforecast(char fileres[], doubl
   double calagedatem, agelim, kk1, kk2;    double calagedatem, agelim, kk1, kk2;
   double *popeffectif,*popcount;    double *popeffectif,*popcount;
   double ***p3mat,***tabpop,***tabpopprev;    double ***p3mat,***tabpop,***tabpopprev;
   double ***mobaverage;    /* double ***mobaverage; */
   char filerespop[FILENAMELENGTH];    char filerespop[FILENAMELENGTH];
   
   tabpop= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);    tabpop= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);
Line 6371  void populforecast(char fileres[], doubl Line 6752  void populforecast(char fileres[], doubl
   
   if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;    if (cptcoveff==0) ncodemax[cptcoveff]=1;
   
   if (mobilav!=0) {    /* if (mobilav!=0) { */
     mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);    /*   mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
     if (movingaverage(probs, ageminpar, fage, mobaverage,mobilav)!=0){    /*   if (movingaverage(probs, ageminpar, fage, mobaverage,mobilav)!=0){ */
       fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);    /*     fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); */
       printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);    /*     printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav); */
     }    /*   } */
   }    /* } */
   
   stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;    stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;
   if (stepm<=12) stepsize=1;    if (stepm<=12) stepsize=1;
Line 6386  void populforecast(char fileres[], doubl Line 6767  void populforecast(char fileres[], doubl
       
   hstepm=1;    hstepm=1;
   hstepm=hstepm/stepm;     hstepm=hstepm/stepm; 
             
   if (popforecast==1) {    if (popforecast==1) {
     if((ficpop=fopen(popfile,"r"))==NULL) {      if((ficpop=fopen(popfile,"r"))==NULL) {
       printf("Problem with population file : %s\n",popfile);exit(0);        printf("Problem with population file : %s\n",popfile);exit(0);
Line 6398  void populforecast(char fileres[], doubl Line 6779  void populforecast(char fileres[], doubl
           
     i=1;         i=1;   
     while ((c=fscanf(ficpop,"%d %lf\n",&popage[i],&popcount[i])) != EOF) i=i+1;      while ((c=fscanf(ficpop,"%d %lf\n",&popage[i],&popcount[i])) != EOF) i=i+1;
          
     imx=i;      imx=i;
     for (i=1; i<imx;i++) popeffectif[popage[i]]=popcount[i];      for (i=1; i<imx;i++) popeffectif[popage[i]]=popcount[i];
   }    }
     
   for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i2;cptcov++){    for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i2;cptcov++){
    for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){      for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcoveff];cptcod++){
       k=k+1;        k=k+1;
       fprintf(ficrespop,"\n#******");        fprintf(ficrespop,"\n#******");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
Line 6418  void populforecast(char fileres[], doubl Line 6799  void populforecast(char fileres[], doubl
       for (cpt=0; cpt<=0;cpt++) {         for (cpt=0; cpt<=0;cpt++) { 
         fprintf(ficrespop,"\n\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jpyram,mpyram,anpyram+cpt);             fprintf(ficrespop,"\n\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jpyram,mpyram,anpyram+cpt);   
                   
         for (agedeb=(fage-((int)calagedatem %12/12.)); agedeb>=(ageminpar-((int)calagedatem %12)/12.); agedeb--){           for (agedeb=(fage-((int)calagedatem %12/12.)); agedeb>=(ageminpar-((int)calagedatem %12)/12.); agedeb--){ 
           nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm);             nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm); 
           nhstepm = nhstepm/hstepm;             nhstepm = nhstepm/hstepm; 
                       
           p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);            p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
           oldm=oldms;savm=savms;            oldm=oldms;savm=savms;
           hpxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);              hpxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);  
                     
           for (h=0; h<=nhstepm; h++){            for (h=0; h<=nhstepm; h++){
             if (h==(int) (calagedatem+YEARM*cpt)) {              if (h==(int) (calagedatem+YEARM*cpt)) {
               fprintf(ficrespop,"\n %3.f ",agedeb+h*hstepm/YEARM*stepm);                fprintf(ficrespop,"\n %3.f ",agedeb+h*hstepm/YEARM*stepm);
Line 6441  void populforecast(char fileres[], doubl Line 6822  void populforecast(char fileres[], doubl
               }                }
               if (h==(int)(calagedatem+12*cpt)){                if (h==(int)(calagedatem+12*cpt)){
                 tabpop[(int)(agedeb)][j][cptcod]=kk1;                  tabpop[(int)(agedeb)][j][cptcod]=kk1;
                   /*fprintf(ficrespop," %.3f", kk1);                  /*fprintf(ficrespop," %.3f", kk1);
                     if (popforecast==1) fprintf(ficrespop," [%.f]", kk1*popeffectif[(int)agedeb+1]);*/                    if (popforecast==1) fprintf(ficrespop," [%.f]", kk1*popeffectif[(int)agedeb+1]);*/
               }                }
             }              }
             for(i=1; i<=nlstate;i++){              for(i=1; i<=nlstate;i++){
               kk1=0.;                kk1=0.;
                 for(j=1; j<=nlstate;j++){                for(j=1; j<=nlstate;j++){
                   kk1= kk1+tabpop[(int)(agedeb)][j][cptcod];                   kk1= kk1+tabpop[(int)(agedeb)][j][cptcod]; 
                 }                }
                   tabpopprev[(int)(agedeb)][i][cptcod]=tabpop[(int)(agedeb)][i][cptcod]/kk1*popeffectif[(int)(agedeb+(calagedatem+12*cpt)*hstepm/YEARM*stepm-1)];                tabpopprev[(int)(agedeb)][i][cptcod]=tabpop[(int)(agedeb)][i][cptcod]/kk1*popeffectif[(int)(agedeb+(calagedatem+12*cpt)*hstepm/YEARM*stepm-1)];
             }              }
               
             if (h==(int)(calagedatem+12*cpt)) for(j=1; j<=nlstate;j++)               if (h==(int)(calagedatem+12*cpt))
               fprintf(ficrespop," %15.2f",tabpopprev[(int)(agedeb+1)][j][cptcod]);                for(j=1; j<=nlstate;j++) 
                   fprintf(ficrespop," %15.2f",tabpopprev[(int)(agedeb+1)][j][cptcod]);
           }            }
           free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);            free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
         }          }
       }        }
          
   /******/        /******/
         
       for (cpt=1; cpt<=(anpyram1-anpyram);cpt++) {         for (cpt=1; cpt<=(anpyram1-anpyram);cpt++) { 
         fprintf(ficrespop,"\n\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jpyram,mpyram,anpyram+cpt);             fprintf(ficrespop,"\n\n# Forecasting at date %.lf/%.lf/%.lf ",jpyram,mpyram,anpyram+cpt);   
         for (agedeb=(fage-((int)calagedatem %12/12.)); agedeb>=(ageminpar-((int)calagedatem %12)/12.); agedeb--){           for (agedeb=(fage-((int)calagedatem %12/12.)); agedeb>=(ageminpar-((int)calagedatem %12)/12.); agedeb--){ 
Line 6486  void populforecast(char fileres[], doubl Line 6868  void populforecast(char fileres[], doubl
           free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);            free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
         }          }
       }        }
    }       } 
   }    }
      
   if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);    /* if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX); */
     
   if (popforecast==1) {    if (popforecast==1) {
     free_ivector(popage,0,AGESUP);      free_ivector(popage,0,AGESUP);
     free_vector(popeffectif,0,AGESUP);      free_vector(popeffectif,0,AGESUP);
Line 6500  void populforecast(char fileres[], doubl Line 6882  void populforecast(char fileres[], doubl
   free_ma3x(tabpopprev,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);    free_ma3x(tabpopprev,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);
   fclose(ficrespop);    fclose(ficrespop);
 } /* End of popforecast */  } /* End of popforecast */
    
 int fileappend(FILE *fichier, char *optionfich)  int fileappend(FILE *fichier, char *optionfich)
 {  {
   if((fichier=fopen(optionfich,"a"))==NULL) {    if((fichier=fopen(optionfich,"a"))==NULL) {
Line 6641  double gompertz(double x[]) Line 7023  double gompertz(double x[])
   double A,B,L=0.0,sump=0.,num=0.;    double A,B,L=0.0,sump=0.,num=0.;
   int i,n=0; /* n is the size of the sample */    int i,n=0; /* n is the size of the sample */
   
   for (i=0;i<=imx-1 ; i++) {    for (i=1;i<=imx ; i++) {
     sump=sump+weight[i];      sump=sump+weight[i];
     /*    sump=sump+1;*/      /*    sump=sump+1;*/
     num=num+1;      num=num+1;
Line 6775  int readdata(char datafile[], int firsto Line 7157  int readdata(char datafile[], int firsto
   
   
   if((fic=fopen(datafile,"r"))==NULL)    {    if((fic=fopen(datafile,"r"))==NULL)    {
     printf("Problem while opening datafile: %s\n", datafile);fflush(stdout);      printf("Problem while opening datafile: %s with errno='%s'\n", datafile,strerror(errno));fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"Problem while opening datafile: %s\n", datafile);fflush(ficlog);return 1;      fprintf(ficlog,"Problem while opening datafile: %s with errno='%s'\n", datafile,strerror(errno));fflush(ficlog);return 1;
   }    }
   
   i=1;    i=1;
Line 7153  int decodemodel ( char model[], int last Line 7535  int decodemodel ( char model[], int last
 int calandcheckages(int imx, int maxwav, double *agemin, double *agemax, int *nberr, int *nbwarn )  int calandcheckages(int imx, int maxwav, double *agemin, double *agemax, int *nberr, int *nbwarn )
 {  {
   int i, m;    int i, m;
     int firstone=0;
     
   for (i=1; i<=imx; i++) {    for (i=1; i<=imx; i++) {
     for(m=2; (m<= maxwav); m++) {      for(m=2; (m<= maxwav); m++) {
       if (((int)mint[m][i]== 99) && (s[m][i] <= nlstate)){        if (((int)mint[m][i]== 99) && (s[m][i] <= nlstate)){
Line 7163  int calandcheckages(int imx, int maxwav, Line 7546  int calandcheckages(int imx, int maxwav,
       }        }
       if((int)moisdc[i]==99 && (int)andc[i]==9999 && s[m][i]>nlstate){        if((int)moisdc[i]==99 && (int)andc[i]==9999 && s[m][i]>nlstate){
         *nberr = *nberr + 1;          *nberr = *nberr + 1;
         printf("Error! Date of death (month %2d and year %4d) of individual %ld on line %d was unknown, you must set an arbitrary year of death or he/she is skipped and results are biased (%d)\n",(int)moisdc[i],(int)andc[i],num[i],i, *nberr);          if(firstone == 0){
         fprintf(ficlog,"Error! Date of death (month %2d and year %4d) of individual %ld on line %d was unknown, you must set an arbitrary year of death or he/she is skipped and results are biased (%d)\n",(int)moisdc[i],(int)andc[i],num[i],i, *nberr);            firstone=1;
           printf("Error! Date of death (month %2d and year %4d) of individual %ld on line %d was unknown, you must set an arbitrary year of death or he/she is skipped and results can be biased (%d) because status is a death state %d at wave %d. Wave dropped.\nOther similar cases in log file\n",(int)moisdc[i],(int)andc[i],num[i],i, *nberr,s[m][i],m);
           }
           fprintf(ficlog,"Error! Date of death (month %2d and year %4d) of individual %ld on line %d was unknown, you must set an arbitrary year of death or he/she is skipped and results can be biased (%d) because status is a death state %d at wave %d. Wave dropped.\n",(int)moisdc[i],(int)andc[i],num[i],i, *nberr,s[m][i],m);
         s[m][i]=-1;          s[m][i]=-1;
       }        }
       if((int)moisdc[i]==99 && (int)andc[i]!=9999 && s[m][i]>nlstate){        if((int)moisdc[i]==99 && (int)andc[i]!=9999 && s[m][i]>nlstate){
Line 7450  void syscompilerinfo(int logged) Line 7836  void syscompilerinfo(int logged)
 #endif  #endif
         
   
  }  }
   
  int prevalence_limit(double *p, double **prlim, double ageminpar, double agemaxpar, double ftolpl, int *ncvyearp){  int prevalence_limit(double *p, double **prlim, double ageminpar, double agemaxpar, double ftolpl, int *ncvyearp){
   /*--------------- Prevalence limit  (period or stable prevalence) --------------*/    /*--------------- Prevalence limit  (period or stable prevalence) --------------*/
   int i, j, k, i1 ;    int i, j, k, i1 ;
   /* double ftolpl = 1.e-10; */    /* double ftolpl = 1.e-10; */
Line 7473  void syscompilerinfo(int logged) Line 7859  void syscompilerinfo(int logged)
   for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficrespl,"%d-%d ",i,i);    for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficrespl,"%d-%d ",i,i);
   fprintf(ficrespl,"\n");    fprintf(ficrespl,"\n");
       
     /* prlim=matrix(1,nlstate,1,nlstate);*/ /* back in main */    /* prlim=matrix(1,nlstate,1,nlstate);*/ /* back in main */
   
     agebase=ageminpar;    agebase=ageminpar;
     agelim=agemaxpar;    agelim=agemaxpar;
   
     i1=pow(2,cptcoveff);    i1=pow(2,cptcoveff);
     if (cptcovn < 1){i1=1;}    if (cptcovn < 1){i1=1;}
   
     for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){    for(k=1; k<=i1;k++){
     /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
     /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=1;cptcov++){ */      /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=1;cptcov++){ */
       //for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){      //for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){
         k=k+1;      /* k=k+1; */
         /* to clean */      /* to clean */
         //printf("cptcov=%d cptcod=%d codtab=%d\n",cptcov, cptcod,codtabm(cptcod,cptcov));      //printf("cptcov=%d cptcod=%d codtab=%d\n",cptcov, cptcod,codtabm(cptcod,cptcov));
         fprintf(ficrespl,"#******");      fprintf(ficrespl,"#******");
         printf("#******");      printf("#******");
         fprintf(ficlog,"#******");      fprintf(ficlog,"#******");
         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {      for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
           fprintf(ficrespl," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficrespl," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
           printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
           fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
         }      }
         fprintf(ficrespl,"******\n");      fprintf(ficrespl,"******\n");
         printf("******\n");      printf("******\n");
         fprintf(ficlog,"******\n");      fprintf(ficlog,"******\n");
                   if(invalidvarcomb[k]){
         fprintf(ficrespl,"#Age ");                                                  printf("\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k); 
         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {                                                  fprintf(ficrespl,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k); 
           fprintf(ficrespl,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                                  fprintf(ficlog,"\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k); 
         }                                                  continue;
         for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficrespl,"  %d-%d   ",i,i);                  }
         fprintf(ficrespl,"Total Years_to_converge\n");  
       fprintf(ficrespl,"#Age ");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
         fprintf(ficrespl,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }
       for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficrespl,"  %d-%d   ",i,i);
       fprintf(ficrespl,"Total Years_to_converge\n");
                   
         for (age=agebase; age<=agelim; age++){      for (age=agebase; age<=agelim; age++){
         /* for (age=agebase; age<=agebase; age++){ */        /* for (age=agebase; age<=agebase; age++){ */
           prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, ncvyearp, k);        prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, ncvyearp, k);
           fprintf(ficrespl,"%.0f ",age );        fprintf(ficrespl,"%.0f ",age );
           for(j=1;j<=cptcoveff;j++)        for(j=1;j<=cptcoveff;j++)
             fprintf(ficrespl,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                                          fprintf(ficrespl,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
           tot=0.;        tot=0.;
           for(i=1; i<=nlstate;i++){        for(i=1; i<=nlstate;i++){
             tot +=  prlim[i][i];                                                          tot +=  prlim[i][i];
             fprintf(ficrespl," %.5f", prlim[i][i]);                                                          fprintf(ficrespl," %.5f", prlim[i][i]);
           }        }
           fprintf(ficrespl," %.3f %d\n", tot, *ncvyearp);        fprintf(ficrespl," %.3f %d\n", tot, *ncvyearp);
         } /* Age */      } /* Age */
         /* was end of cptcod */      /* was end of cptcod */
     } /* cptcov */    } /* cptcov */
         return 0;    return 0;
 }  }
   
  int back_prevalence_limit(double *p, double **bprlim, double ageminpar, double agemaxpar, double ftolpl, int *ncvyearp){  int back_prevalence_limit(double *p, double **bprlim, double ageminpar, double agemaxpar, double ftolpl, int *ncvyearp, double dateprev1,double dateprev2, int firstpass, int lastpass, int mobilavproj){
   /*--------------- Back Prevalence limit  (period or stable prevalence) --------------*/          /*--------------- Back Prevalence limit  (period or stable prevalence) --------------*/
           
           /* Computes the back prevalence limit  for any combination      of covariate values 
      * at any age between ageminpar and agemaxpar
            */
   int i, j, k, i1 ;    int i, j, k, i1 ;
   /* double ftolpl = 1.e-10; */    /* double ftolpl = 1.e-10; */
   double age, agebase, agelim;    double age, agebase, agelim;
   double tot;    double tot;
     /* double ***mobaverage; */
     /* double      **dnewm, **doldm, **dsavm;  /\* for use *\/ */
   
   strcpy(fileresplb,"PLB_");    strcpy(fileresplb,"PLB_");
   strcat(fileresplb,fileresu);    strcat(fileresplb,fileresu);
Line 7545  void syscompilerinfo(int logged) Line 7944  void syscompilerinfo(int logged)
   for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficresplb,"%d-%d ",i,i);    for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficresplb,"%d-%d ",i,i);
   fprintf(ficresplb,"\n");    fprintf(ficresplb,"\n");
       
     /* prlim=matrix(1,nlstate,1,nlstate);*/ /* back in main */    
     /* prlim=matrix(1,nlstate,1,nlstate);*/ /* back in main */
     agebase=ageminpar;    
     agelim=agemaxpar;    agebase=ageminpar;
     agelim=agemaxpar;
     i1=pow(2,cptcoveff);    
     if (cptcovn < 1){i1=1;}    
     i1=pow(2,cptcoveff);
     if (cptcovn < 1){i1=1;}
   
     for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){          for(k=1; k<=i1;k++){ 
     /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
     /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=1;cptcov++){ */      /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=1;cptcov++){ */
       //for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){      //for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){
         k=k+1;      /* k=k+1; */
         /* to clean */      /* to clean */
         //printf("cptcov=%d cptcod=%d codtab=%d\n",cptcov, cptcod,codtabm(cptcod,cptcov));      //printf("cptcov=%d cptcod=%d codtab=%d\n",cptcov, cptcod,codtabm(cptcod,cptcov));
         fprintf(ficresplb,"#******");      fprintf(ficresplb,"#******");
         printf("#******");      printf("#******");
         fprintf(ficlog,"#******");      fprintf(ficlog,"#******");
         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {      for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
           fprintf(ficresplb," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficresplb," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
           printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        printf(" V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
           fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);        fprintf(ficlog," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
         }      }
         fprintf(ficresplb,"******\n");      fprintf(ficresplb,"******\n");
         printf("******\n");      printf("******\n");
         fprintf(ficlog,"******\n");      fprintf(ficlog,"******\n");
                   if(invalidvarcomb[k]){
         fprintf(ficresplb,"#Age ");                                                  printf("\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k); 
         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {                                                  fprintf(ficresplb,"#Combination (%d) ignored because no cases \n",k); 
           fprintf(ficresplb,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                                  fprintf(ficlog,"\nCombination (%d) ignored because no cases \n",k); 
         }                                                  continue;
         for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficresplb,"  %d-%d   ",i,i);                  }
         fprintf(ficresplb,"Total Years_to_converge\n");      
               fprintf(ficresplb,"#Age ");
         for (age=agebase; age<=agelim; age++){      for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
         /* for (age=agebase; age<=agebase; age++){ */        fprintf(ficresplb,"V%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
           bprevalim(bprlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, ncvyearp, k);      }
           fprintf(ficresplb,"%.0f ",age );      for(i=1; i<=nlstate;i++) fprintf(ficresplb,"  %d-%d   ",i,i);
           for(j=1;j<=cptcoveff;j++)      fprintf(ficresplb,"Total Years_to_converge\n");
             fprintf(ficresplb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);      
           tot=0.;      
           for(i=1; i<=nlstate;i++){      for (age=agebase; age<=agelim; age++){
             tot +=  bprlim[i][i];        /* for (age=agebase; age<=agebase; age++){ */
             fprintf(ficresplb," %.5f", bprlim[i][i]);        if(mobilavproj > 0){
           }          /* bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, ageminpar, agemaxpar, oldm, savm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */
           fprintf(ficresplb," %.3f %d\n", tot, *ncvyearp);          /* bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, oldm, savm, dnewm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */
         } /* Age */                                  bprevalim(bprlim, mobaverage, nlstate, p, age, ftolpl, ncvyearp, k);
         /* was end of cptcod */        }else if (mobilavproj == 0){
     } /* cptcov */                                  printf("There is no chance to get back prevalence limit if data aren't non zero and summing to 1, please try a non null mobil_average(=%d) parameter or mobil_average=-1 if you want to try at your own risk.\n",mobilavproj);
         return 0;                                  fprintf(ficlog,"There is no chance to get back prevalence limit if data aren't non zero and summing to 1, please try a non null mobil_average(=%d) parameter or mobil_average=-1 if you want to try at your own risk.\n",mobilavproj);
                                   exit(1);
         }else{
                                   /* bprevalim(bprlim, probs, nlstate, p, age, oldm, savm, dnewm, doldm, dsavm, ftolpl, ncvyearp, k); */
                                   bprevalim(bprlim, probs, nlstate, p, age, ftolpl, ncvyearp, k);
         }
         fprintf(ficresplb,"%.0f ",age );
         for(j=1;j<=cptcoveff;j++)
                                   fprintf(ficresplb,"%d %d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
         tot=0.;
         for(i=1; i<=nlstate;i++){
                                   tot +=  bprlim[i][i];
                                   fprintf(ficresplb," %.5f", bprlim[i][i]);
         }
         fprintf(ficresplb," %.3f %d\n", tot, *ncvyearp);
       } /* Age */
       /* was end of cptcod */
     } /* cptcov */
     
     /* hBijx(p, bage, fage); */
     /* fclose(ficrespijb); */
     
     return 0;
 }  }
    
 int hPijx(double *p, int bage, int fage){  int hPijx(double *p, int bage, int fage){
     /*------------- h Pij x at various ages ------------*/      /*------------- h Pij x at various ages ------------*/
   
Line 7622  int hPijx(double *p, int bage, int fage) Line 8046  int hPijx(double *p, int bage, int fage)
     agelim=AGESUP;      agelim=AGESUP;
     hstepm=stepsize*YEARM; /* Every year of age */      hstepm=stepsize*YEARM; /* Every year of age */
     hstepm=hstepm/stepm; /* Typically 2 years, = 2/6 months = 4 */       hstepm=hstepm/stepm; /* Typically 2 years, = 2/6 months = 4 */ 
                   
     /* hstepm=1;   aff par mois*/      /* hstepm=1;   aff par mois*/
     pstamp(ficrespij);      pstamp(ficrespij);
     fprintf(ficrespij,"#****** h Pij x Probability to be in state j at age x+h being in i at x ");      fprintf(ficrespij,"#****** h Pij x Probability to be in state j at age x+h being in i at x ");
     i1= pow(2,cptcoveff);      i1= pow(2,cptcoveff);
    /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */                  /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
    /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */                  /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */
    /*   k=k+1;  */                  /*      k=k+1;  */
     for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
       fprintf(ficrespij,"\n#****** ");        fprintf(ficrespij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++)         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
Line 7663  int hPijx(double *p, int bage, int fage) Line 8087  int hPijx(double *p, int bage, int fage)
       }        }
       /*}*/        /*}*/
     }      }
         return 0;      return 0;
 }  }
    
  int hBijx(double *p, int bage, int fage){   int hBijx(double *p, int bage, int fage, double ***prevacurrent){
     /*------------- h Bij x at various ages ------------*/      /*------------- h Bij x at various ages ------------*/
   
   int stepsize;    int stepsize;
   int agelim;    /* int agelim; */
           int ageminl;
   int hstepm;    int hstepm;
   int nhstepm;    int nhstepm;
   int h, i, i1, j, k;    int h, i, i1, j, k;
           
   double agedeb;    double agedeb;
   double ***p3mat;    double ***p3mat;
   
     strcpy(filerespijb,"PIJB_");  strcat(filerespijb,fileresu);  
     if((ficrespijb=fopen(filerespijb,"w"))==NULL) {  
       printf("Problem with Pij back resultfile: %s\n", filerespijb); return 1;  
       fprintf(ficlog,"Problem with Pij back resultfile: %s\n", filerespijb); return 1;  
     }  
     printf("Computing pij back: result on file '%s' \n", filerespijb);  
     fprintf(ficlog,"Computing pij back: result on file '%s' \n", filerespijb);  
     
     stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;  
     /*if (stepm<=24) stepsize=2;*/  
   
     agelim=AGESUP;  
     hstepm=stepsize*YEARM; /* Every year of age */  
     hstepm=hstepm/stepm; /* Typically 2 years, = 2/6 months = 4 */   
   
     /* hstepm=1;   aff par mois*/  
     pstamp(ficrespijb);  
     fprintf(ficrespijb,"#****** h Pij x Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x ");  
     i1= pow(2,cptcoveff);  
    /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */  
    /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */  
    /*   k=k+1;  */  
     for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){  
       fprintf(ficrespijb,"\n#****** ");  
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++)   
         fprintf(ficrespijb,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);  
       fprintf(ficrespijb,"******\n");  
         
       /* for (agedeb=fage; agedeb>=bage; agedeb--){ /\* If stepm=6 months *\/ */  
       for (agedeb=bage; agedeb<=fage; agedeb++){ /* If stepm=6 months */  
         nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm); /* Typically 20 years = 20*12/6=40 */   
         nhstepm = nhstepm/hstepm; /* Typically 40/4=10 */  
           
         /*        nhstepm=nhstepm*YEARM; aff par mois*/  
                   
         p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);    strcpy(filerespijb,"PIJB_");  strcat(filerespijb,fileresu);
         oldm=oldms;savm=savms;    if((ficrespijb=fopen(filerespijb,"w"))==NULL) {
         hbxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);        printf("Problem with Pij back resultfile: %s\n", filerespijb); return 1;
         fprintf(ficrespijb,"# Cov Agex agex-h hpijx with i,j=");      fprintf(ficlog,"Problem with Pij back resultfile: %s\n", filerespijb); return 1;
     }
     printf("Computing pij back: result on file '%s' \n", filerespijb);
     fprintf(ficlog,"Computing pij back: result on file '%s' \n", filerespijb);
     
     stepsize=(int) (stepm+YEARM-1)/YEARM;
     /*if (stepm<=24) stepsize=2;*/
     
     /* agelim=AGESUP; */
     ageminl=30;
     hstepm=stepsize*YEARM; /* Every year of age */
     hstepm=hstepm/stepm; /* Typically 2 years, = 2/6 months = 4 */
     
     /* hstepm=1;   aff par mois*/
     pstamp(ficrespijb);
     fprintf(ficrespijb,"#****** h Pij x Back Probability to be in state i at age x-h being in j at x ");
     i1= pow(2,cptcoveff);
     /* for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){ */
     /*    /\*for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*\/ */
     /*    k=k+1;  */
     for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
       fprintf(ficrespijb,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++)
         fprintf(ficrespijb,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficrespijb,"******\n");
       
       /* for (agedeb=fage; agedeb>=bage; agedeb--){ /\* If stepm=6 months *\/ */
       for (agedeb=bage; agedeb<=fage; agedeb++){ /* If stepm=6 months and estepm=24 (2 years) */
         /* nhstepm=(int) rint((agelim-agedeb)*YEARM/stepm); /\* Typically 20 years = 20*12/6=40 *\/ */
         nhstepm=(int) rint((agedeb-ageminl)*YEARM/stepm); /* Typically 20 years = 20*12/6=40 */
         nhstepm = nhstepm/hstepm; /* Typically 40/4=10, because estepm=24 stepm=6 => hstepm=24/6=4 */
         
         /*          nhstepm=nhstepm*YEARM; aff par mois*/
         
         p3mat=ma3x(1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
         /* oldm=oldms;savm=savms; */
         /* hbxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,nlstate,stepm,oldm,savm, k);   */
         hbxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,prevacurrent,nlstate,stepm, k);
         /* hbxij(p3mat,nhstepm,agedeb,hstepm,p,prevacurrent,nlstate,stepm,oldm,savm, dnewm, doldm, dsavm, k); */
         fprintf(ficrespijb,"# Cov Agex agex-h hpijx with i,j=");
         for(i=1; i<=nlstate;i++)
           for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++)
             fprintf(ficrespijb," %1d-%1d",i,j);
         fprintf(ficrespijb,"\n");
         for (h=0; h<=nhstepm; h++){
           /*agedebphstep = agedeb + h*hstepm/YEARM*stepm;*/
           fprintf(ficrespijb,"%d %3.f %3.f",k, agedeb, agedeb - h*hstepm/YEARM*stepm );
           /* fprintf(ficrespijb,"%d %3.f %3.f",k, agedeb, agedeb + h*hstepm/YEARM*stepm ); */
         for(i=1; i<=nlstate;i++)          for(i=1; i<=nlstate;i++)
           for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++)            for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++)
             fprintf(ficrespijb," %1d-%1d",i,j);              fprintf(ficrespijb," %.5f", p3mat[i][j][h]);
         fprintf(ficrespijb,"\n");  
         for (h=0; h<=nhstepm; h++){  
           /*agedebphstep = agedeb + h*hstepm/YEARM*stepm;*/  
           fprintf(ficrespijb,"%d %3.f %3.f",k, agedeb, agedeb - h*hstepm/YEARM*stepm );  
           /* fprintf(ficrespijb,"%d %3.f %3.f",k, agedeb, agedeb + h*hstepm/YEARM*stepm ); */  
           for(i=1; i<=nlstate;i++)  
             for(j=1; j<=nlstate+ndeath;j++)  
               fprintf(ficrespijb," %.5f", p3mat[i][j][h]);  
           fprintf(ficrespijb,"\n");  
         }  
         free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);  
         fprintf(ficrespijb,"\n");          fprintf(ficrespijb,"\n");
       }        }
       /*}*/        free_ma3x(p3mat,1,nlstate+ndeath,1, nlstate+ndeath, 0,nhstepm);
         fprintf(ficrespijb,"\n");
     }      }
         return 0;      /*}*/
 }    }
     return 0;
    } /*  hBijx */
   
   
 /***********************************************/  /***********************************************/
Line 7769  int main(int argc, char *argv[]) Line 8198  int main(int argc, char *argv[])
   double agedeb=0.;    double agedeb=0.;
   
   double ageminpar=AGEOVERFLOW,agemin=AGEOVERFLOW, agemaxpar=-AGEOVERFLOW, agemax=-AGEOVERFLOW;    double ageminpar=AGEOVERFLOW,agemin=AGEOVERFLOW, agemaxpar=-AGEOVERFLOW, agemax=-AGEOVERFLOW;
     double ageminout=-AGEOVERFLOW,agemaxout=AGEOVERFLOW; /* Smaller Age range redefined after movingaverage */
   
   double fret;    double fret;
   double dum=0.; /* Dummy variable */    double dum=0.; /* Dummy variable */
   double ***p3mat;    double ***p3mat;
   double ***mobaverage;    /* double ***mobaverage; */
   
   char line[MAXLINE];    char line[MAXLINE];
   char path[MAXLINE],pathc[MAXLINE],pathcd[MAXLINE],pathtot[MAXLINE];    char path[MAXLINE],pathc[MAXLINE],pathcd[MAXLINE],pathtot[MAXLINE];
Line 8118  int main(int argc, char *argv[]) Line 8548  int main(int argc, char *argv[])
     fclose (ficlog);      fclose (ficlog);
     goto end;      goto end;
     exit(0);      exit(0);
   }    }  else if(mle==-5) { /* Main Wizard */
   else if(mle==-3) { /* Main Wizard */  
     prwizard(ncovmodel, nlstate, ndeath, model, ficparo);      prwizard(ncovmodel, nlstate, ndeath, model, ficparo);
     printf(" You chose mle=-3, look at file %s for a template of covariance matrix \n",filereso);      printf(" You chose mle=-3, look at file %s for a template of covariance matrix \n",filereso);
     fprintf(ficlog," You chose mle=-3, look at file %s for a template of covariance matrix \n",filereso);      fprintf(ficlog," You chose mle=-3, look at file %s for a template of covariance matrix \n",filereso);
     param= ma3x(1,nlstate,1,nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel);      param= ma3x(1,nlstate,1,nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel);
     matcov=matrix(1,npar,1,npar);      matcov=matrix(1,npar,1,npar);
     hess=matrix(1,npar,1,npar);      hess=matrix(1,npar,1,npar);
   }    }  else{ /* Begin of mle != -1 or -5 */
   else{  
     /* Read guessed parameters */      /* Read guessed parameters */
     /* Reads comments: lines beginning with '#' */      /* Reads comments: lines beginning with '#' */
     while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){      while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
Line 8142  int main(int argc, char *argv[]) Line 8570  int main(int argc, char *argv[])
           
     param= ma3x(1,nlstate,1,nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel);      param= ma3x(1,nlstate,1,nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel);
     for(i=1; i <=nlstate; i++){      for(i=1; i <=nlstate; i++){
       j=0;                          j=0;
       for(jj=1; jj <=nlstate+ndeath; jj++){        for(jj=1; jj <=nlstate+ndeath; jj++){
         if(jj==i) continue;                                  if(jj==i) continue;
         j++;                                  j++;
         fscanf(ficpar,"%1d%1d",&i1,&j1);                                  fscanf(ficpar,"%1d%1d",&i1,&j1);
         if ((i1 != i) || (j1 != jj)){                                  if ((i1 != i) || (j1 != jj)){
           printf("Error in line parameters number %d, %1d%1d instead of %1d%1d \n \                                          printf("Error in line parameters number %d, %1d%1d instead of %1d%1d \n \
 It might be a problem of design; if ncovcol and the model are correct\n \  It might be a problem of design; if ncovcol and the model are correct\n \
 run imach with mle=-1 to get a correct template of the parameter file.\n",numlinepar, i,j, i1, j1);  run imach with mle=-1 to get a correct template of the parameter file.\n",numlinepar, i,j, i1, j1);
           exit(1);                                          exit(1);
         }                                  }
         fprintf(ficparo,"%1d%1d",i1,j1);                                  fprintf(ficparo,"%1d%1d",i1,j1);
         if(mle==1)                                  if(mle==1)
           printf("%1d%1d",i,jj);                                          printf("%1d%1d",i,jj);
         fprintf(ficlog,"%1d%1d",i,jj);                                  fprintf(ficlog,"%1d%1d",i,jj);
         for(k=1; k<=ncovmodel;k++){                                  for(k=1; k<=ncovmodel;k++){
           fscanf(ficpar," %lf",&param[i][j][k]);                                          fscanf(ficpar," %lf",&param[i][j][k]);
           if(mle==1){                                          if(mle==1){
             printf(" %lf",param[i][j][k]);                                                  printf(" %lf",param[i][j][k]);
             fprintf(ficlog," %lf",param[i][j][k]);                                                  fprintf(ficlog," %lf",param[i][j][k]);
           }                                          }
           else                                          else
             fprintf(ficlog," %lf",param[i][j][k]);                                                  fprintf(ficlog," %lf",param[i][j][k]);
           fprintf(ficparo," %lf",param[i][j][k]);                                          fprintf(ficparo," %lf",param[i][j][k]);
         }                                  }
         fscanf(ficpar,"\n");                                  fscanf(ficpar,"\n");
         numlinepar++;                                  numlinepar++;
         if(mle==1)                                  if(mle==1)
           printf("\n");                                          printf("\n");
         fprintf(ficlog,"\n");                                  fprintf(ficlog,"\n");
         fprintf(ficparo,"\n");                                  fprintf(ficparo,"\n");
       }        }
     }        }  
     fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
Line 8193  run imach with mle=-1 to get a correct t Line 8621  run imach with mle=-1 to get a correct t
   
     for(i=1; i <=nlstate; i++){      for(i=1; i <=nlstate; i++){
       for(j=1; j <=nlstate+ndeath-1; j++){        for(j=1; j <=nlstate+ndeath-1; j++){
         fscanf(ficpar,"%1d%1d",&i1,&j1);                                  fscanf(ficpar,"%1d%1d",&i1,&j1);
         if ( (i1-i) * (j1-j) != 0){                                  if ( (i1-i) * (j1-j) != 0){
           printf("Error in line parameters number %d, %1d%1d instead of %1d%1d \n",numlinepar, i,j, i1, j1);                                          printf("Error in line parameters number %d, %1d%1d instead of %1d%1d \n",numlinepar, i,j, i1, j1);
           exit(1);                                          exit(1);
         }                                  }
         printf("%1d%1d",i,j);                                  printf("%1d%1d",i,j);
         fprintf(ficparo,"%1d%1d",i1,j1);                                  fprintf(ficparo,"%1d%1d",i1,j1);
         fprintf(ficlog,"%1d%1d",i1,j1);                                  fprintf(ficlog,"%1d%1d",i1,j1);
         for(k=1; k<=ncovmodel;k++){                                  for(k=1; k<=ncovmodel;k++){
           fscanf(ficpar,"%le",&delti3[i][j][k]);                                          fscanf(ficpar,"%le",&delti3[i][j][k]);
           printf(" %le",delti3[i][j][k]);                                          printf(" %le",delti3[i][j][k]);
           fprintf(ficparo," %le",delti3[i][j][k]);                                          fprintf(ficparo," %le",delti3[i][j][k]);
           fprintf(ficlog," %le",delti3[i][j][k]);                                          fprintf(ficlog," %le",delti3[i][j][k]);
         }                                  }
         fscanf(ficpar,"\n");                                  fscanf(ficpar,"\n");
         numlinepar++;                                  numlinepar++;
         printf("\n");                                  printf("\n");
         fprintf(ficparo,"\n");                                  fprintf(ficparo,"\n");
         fprintf(ficlog,"\n");                                  fprintf(ficlog,"\n");
       }        }
     }      }
     fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
                   
     /* Reads covariance matrix */      /* Reads covariance matrix */
     delti=delti3[1][1];      delti=delti3[1][1];
                   
                   
     /* free_ma3x(delti3,1,nlstate,1,nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel); */ /* Hasn't to to freed here otherwise delti is no more allocated */      /* free_ma3x(delti3,1,nlstate,1,nlstate+ndeath-1,1,ncovmodel); */ /* Hasn't to to freed here otherwise delti is no more allocated */
                     
     /* Reads comments: lines beginning with '#' */      /* Reads comments: lines beginning with '#' */
     while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){      while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
       ungetc(c,ficpar);        ungetc(c,ficpar);
Line 8232  run imach with mle=-1 to get a correct t Line 8660  run imach with mle=-1 to get a correct t
       fputs(line,ficlog);        fputs(line,ficlog);
     }      }
     ungetc(c,ficpar);      ungetc(c,ficpar);
                     
     matcov=matrix(1,npar,1,npar);      matcov=matrix(1,npar,1,npar);
     hess=matrix(1,npar,1,npar);      hess=matrix(1,npar,1,npar);
     for(i=1; i <=npar; i++)      for(i=1; i <=npar; i++)
       for(j=1; j <=npar; j++) matcov[i][j]=0.;        for(j=1; j <=npar; j++) matcov[i][j]=0.;
                         
     /* Scans npar lines */      /* Scans npar lines */
     for(i=1; i <=npar; i++){      for(i=1; i <=npar; i++){
       count=fscanf(ficpar,"%1d%1d%1d",&i1,&j1,&jk);        count=fscanf(ficpar,"%1d%1d%1d",&i1,&j1,&jk);
       if(count != 3){        if(count != 3){
         printf("Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\                                  printf("Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\
 This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\  This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);
         fprintf(ficlog,"Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\                                  fprintf(ficlog,"Error! Error in parameter file %s at line %d after line starting with %1d%1d%1d\n\
 This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\  This is probably because your covariance matrix doesn't \n  contain exactly %d lines corresponding to your model line '1+age+%s'.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",optionfile,numlinepar, i1,j1,jk, npar, model);
         exit(1);                                  exit(1);
       }else        }else{
       if(mle==1)                                  if(mle==1)
         printf("%1d%1d%1d",i1,j1,jk);                                          printf("%1d%1d%1d",i1,j1,jk);
                           }
       fprintf(ficlog,"%1d%1d%1d",i1,j1,jk);        fprintf(ficlog,"%1d%1d%1d",i1,j1,jk);
       fprintf(ficparo,"%1d%1d%1d",i1,j1,jk);        fprintf(ficparo,"%1d%1d%1d",i1,j1,jk);
       for(j=1; j <=i; j++){        for(j=1; j <=i; j++){
         fscanf(ficpar," %le",&matcov[i][j]);                                  fscanf(ficpar," %le",&matcov[i][j]);
         if(mle==1){                                  if(mle==1){
           printf(" %.5le",matcov[i][j]);                                          printf(" %.5le",matcov[i][j]);
         }                                  }
         fprintf(ficlog," %.5le",matcov[i][j]);                                  fprintf(ficlog," %.5le",matcov[i][j]);
         fprintf(ficparo," %.5le",matcov[i][j]);                                  fprintf(ficparo," %.5le",matcov[i][j]);
       }        }
       fscanf(ficpar,"\n");        fscanf(ficpar,"\n");
       numlinepar++;        numlinepar++;
       if(mle==1)        if(mle==1)
         printf("\n");                                  printf("\n");
       fprintf(ficlog,"\n");        fprintf(ficlog,"\n");
       fprintf(ficparo,"\n");        fprintf(ficparo,"\n");
     }      }
     /* End of read covariance matrix npar lines */      /* End of read covariance matrix npar lines */
     for(i=1; i <=npar; i++)      for(i=1; i <=npar; i++)
       for(j=i+1;j<=npar;j++)        for(j=i+1;j<=npar;j++)
         matcov[i][j]=matcov[j][i];                                  matcov[i][j]=matcov[j][i];
           
     if(mle==1)      if(mle==1)
       printf("\n");        printf("\n");
Line 8291  Please run with mle=-1 to get a correct Line 8720  Please run with mle=-1 to get a correct
     }      }
     fprintf(ficres,"#%s\n",version);      fprintf(ficres,"#%s\n",version);
   }    /* End of mle != -3 */    }    /* End of mle != -3 */
     
   /*  Main data    /*  Main data
    */     */
   n= lastobs;    n= lastobs;
Line 8300  Please run with mle=-1 to get a correct Line 8729  Please run with mle=-1 to get a correct
   annais=vector(1,n);    annais=vector(1,n);
   moisdc=vector(1,n);    moisdc=vector(1,n);
   andc=vector(1,n);    andc=vector(1,n);
     weight=vector(1,n);
   agedc=vector(1,n);    agedc=vector(1,n);
   cod=ivector(1,n);    cod=ivector(1,n);
   weight=vector(1,n);    for(i=1;i<=n;i++){
   for(i=1;i<=n;i++) weight[i]=1.0; /* Equal weights, 1 by default */                  num[i]=0;
                   moisnais[i]=0;
                   annais[i]=0;
                   moisdc[i]=0;
                   andc[i]=0;
                   agedc[i]=0;
                   cod[i]=0;
                   weight[i]=1.0; /* Equal weights, 1 by default */
           }
   mint=matrix(1,maxwav,1,n);    mint=matrix(1,maxwav,1,n);
   anint=matrix(1,maxwav,1,n);    anint=matrix(1,maxwav,1,n);
   s=imatrix(1,maxwav+1,1,n); /* s[i][j] health state for wave i and individual j */     s=imatrix(1,maxwav+1,1,n); /* s[i][j] health state for wave i and individual j */ 
Line 8400  Please run with mle=-1 to get a correct Line 8838  Please run with mle=-1 to get a correct
   free_vector(andc,1,n);    free_vector(andc,1,n);
   
   /* Routine tricode is to calculate cptcoveff (real number of unique covariates) and to associate covariable number and modality */    /* Routine tricode is to calculate cptcoveff (real number of unique covariates) and to associate covariable number and modality */
   
   nbcode=imatrix(0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);     nbcode=imatrix(0,NCOVMAX,0,NCOVMAX); 
   ncodemax[1]=1;    ncodemax[1]=1;
   Ndum =ivector(-1,NCOVMAX);      Ndum =ivector(-1,NCOVMAX);  
   if (ncovmodel-nagesqr > 2 ) /* That is if covariate other than cst, age and age*age */          cptcoveff=0;
     tricode(Tvar,nbcode,imx, Ndum); /**< Fills nbcode[Tvar[j]][l]; */    if (ncovmodel-nagesqr > 2 ){ /* That is if covariate other than cst, age and age*age */
       tricode(&cptcoveff,Tvar,nbcode,imx, Ndum); /**< Fills nbcode[Tvar[j]][l]; */
           }
           
           ncovcombmax=pow(2,cptcoveff);
           invalidvarcomb=ivector(1, ncovcombmax); 
           for(i=1;i<ncovcombmax;i++)
                   invalidvarcomb[i]=0;
   
   /* Nbcode gives the value of the lth modality (currently 1 to 2) of jth covariate, in    /* Nbcode gives the value of the lth modality (currently 1 to 2) of jth covariate, in
      V2+V1*age, there are 3 covariates Tvar[2]=1 (V1).*/       V2+V1*age, there are 3 covariates Tvar[2]=1 (V1).*/
   /* 1 to ncodemax[j] which is the maximum value of this jth covariate */    /* 1 to ncodemax[j] which is the maximum value of this jth covariate */
Line 8421  Please run with mle=-1 to get a correct Line 8866  Please run with mle=-1 to get a correct
    */     */
   
   h=0;    h=0;
   
   
   /*if (cptcovn > 0) */    /*if (cptcovn > 0) */
         
    
   m=pow(2,cptcoveff);    m=pow(2,cptcoveff);
     
           /**< codtab(h,k)  k   = codtab[h,k]=( (h-1) - mod(k-1,2**(k-1) )/2**(k-1) + 1            /**< codtab(h,k)  k   = codtab[h,k]=( (h-1) - mod(k-1,2**(k-1) )/2**(k-1) + 1
Line 8466  Please run with mle=-1 to get a correct Line 8907  Please run with mle=-1 to get a correct
      *              bbbbbbbb       *              bbbbbbbb
      *              76543210            *              76543210     
      *   h-1        00000101 (6-1=5)       *   h-1        00000101 (6-1=5)
      *(h-1)>>(k-1)= 00000001 >> (2-1) = 1 right shift       *(h-1)>>(k-1)= 00000010 >> (2-1) = 1 right shift
      *           &       *           &
      *     1        00000001 (1)       *     1        00000001 (1)
      *              00000001        = 1 & ((h-1) >> (k-1))       *              00000000        = 1 & ((h-1) >> (k-1))
      *          +1= 00000010 =2        *          +1= 00000001 =1 
      *       *
      * h=14, k=3 => h'=h-1=13, k'=k-1=2       * h=14, k=3 => h'=h-1=13, k'=k-1=2
      *          h'      1101 =2^3+2^2+0x2^1+2^0       *          h'      1101 =2^3+2^2+0x2^1+2^0
Line 8492  Please run with mle=-1 to get a correct Line 8933  Please run with mle=-1 to get a correct
      *                  2211       *                  2211
      *                  V1=1+1, V2=0+1, V3=1+1, V4=1+1       *                  V1=1+1, V2=0+1, V3=1+1, V4=1+1
      *                  V3=2       *                  V3=2
                    * codtabm and decodtabm are identical
      */       */
   
   /* /\* for(h=1; h <=100 ;h++){  *\/ */  
   /*   /\* printf("h=%2d ", h); *\/ */  
   /*    /\* for(k=1; k <=10; k++){ *\/ */  
   /*      /\* printf("k=%d %d ",k,codtabm(h,k)); *\/ */  
   /*    /\*   codtab[h][k]=codtabm(h,k); *\/ */  
   /*    /\* } *\/ */  
   /*    /\* printf("\n"); *\/ */  
   /* } */  
   /* for(k=1;k<=cptcoveff; k++){ /\* scans any effective covariate *\/ */  
   /*   for(i=1; i <=pow(2,cptcoveff-k);i++){ /\* i=1 to 8/1=8; i=1 to 8/2=4; i=1 to 8/8=1 *\/  */  
   /*     for(j=1; j <= ncodemax[k]; j++){ /\* For each modality of this covariate ncodemax=2*\/ */  
   /*    for(cpt=1; cpt <=pow(2,k-1); cpt++){  /\* cpt=1 to 8/2**(3+1-1 or 3+1-3) =1 or 4 *\/  */  
   /*      h++; */  
   /*      if (h>m)  */  
   /*        h=1; */  
   /*      codtab[h][k]=j; */  
   /*      /\* codtab[12][3]=1; *\/ */  
   /*      /\*codtab[h][Tvar[k]]=j;*\/ */  
   /*      /\* printf("h=%d k=%d j=%d codtab[h][k]=%d Tvar[k]=%d codtab[h][Tvar[k]]=%d \n",h, k,j,codtab[h][k],Tvar[k],codtab[h][Tvar[k]]); *\/ */  
   /*    }  */  
   /*     } */  
   /*   } */  
   /* }  */  
   /* printf("codtab[1][2]=%d codtab[2][2]=%d",codtab[1][2],codtab[2][2]);   
      codtab[1][2]=1;codtab[2][2]=2; */  
   /* for(i=1; i <=m ;i++){  */  
   /*    for(k=1; k <=cptcovn; k++){ */  
   /*      printf("i=%d k=%d %d %d ",i,k,codtab[i][k], cptcoveff); */  
   /*    } */  
   /*    printf("\n"); */  
   /* } */  
   /*   scanf("%d",i);*/  
   
  free_ivector(Ndum,-1,NCOVMAX);   free_ivector(Ndum,-1,NCOVMAX);
   
Line 8600  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d La Line 9010  Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d La
 #endif  #endif
                       
       
   /* Calculates basic frequencies. Computes observed prevalence at single age    /* Calculates basic frequencies. Computes observed prevalence at single age 
                    and for any valid combination of covariates
      and prints on file fileres'p'. */       and prints on file fileres'p'. */
   freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint,strstart,\    freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvaraff, invalidvarcomb, nbcode, ncodemax,mint,anint,strstart,    \
               firstpass, lastpass,  stepm,  weightopt, model);                firstpass, lastpass,  stepm,  weightopt, model);
   
   fprintf(fichtm,"\n");    fprintf(fichtm,"\n");
Line 8611  Youngest age at first (selected) pass %. Line 9022  Youngest age at first (selected) pass %.
 Interval (in months) between two waves: Min=%d Max=%d Mean=%.2lf<br>\n",\  Interval (in months) between two waves: Min=%d Max=%d Mean=%.2lf<br>\n",\
           imx,agemin,agemax,jmin,jmax,jmean);            imx,agemin,agemax,jmin,jmax,jmean);
   pmmij= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */    pmmij= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     oldms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */          oldms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     newms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */          newms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     savms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */          savms= matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath); /* creation */
     oldm=oldms; newm=newms; savm=savms; /* Keeps fixed addresses to free */          oldm=oldms; newm=newms; savm=savms; /* Keeps fixed addresses to free */
       
      
   /* For Powell, parameters are in a vector p[] starting at p[1]    /* For Powell, parameters are in a vector p[] starting at p[1]
      so we point p on param[1][1] so that p[1] maps on param[1][1][1] */       so we point p on param[1][1] so that p[1] maps on param[1][1][1] */
   p=param[1][1]; /* *(*(*(param +1)+1)+0) */    p=param[1][1]; /* *(*(*(param +1)+1)+0) */
Line 8625  Interval (in months) between two waves: Line 9035  Interval (in months) between two waves:
   /* For mortality only */    /* For mortality only */
   if (mle==-3){    if (mle==-3){
     ximort=matrix(1,NDIM,1,NDIM);       ximort=matrix(1,NDIM,1,NDIM); 
                   for(i=1;i<=NDIM;i++)
                           for(j=1;j<=NDIM;j++)
                                   ximort[i][j]=0.;
     /*     ximort=gsl_matrix_alloc(1,NDIM,1,NDIM); */      /*     ximort=gsl_matrix_alloc(1,NDIM,1,NDIM); */
     cens=ivector(1,n);      cens=ivector(1,n);
     ageexmed=vector(1,n);      ageexmed=vector(1,n);
Line 8634  Interval (in months) between two waves: Line 9047  Interval (in months) between two waves:
     for (i=1; i<=imx; i++){      for (i=1; i<=imx; i++){
       dcwave[i]=-1;        dcwave[i]=-1;
       for (m=firstpass; m<=lastpass; m++)        for (m=firstpass; m<=lastpass; m++)
         if (s[m][i]>nlstate) {                                  if (s[m][i]>nlstate) {
           dcwave[i]=m;                                          dcwave[i]=m;
           /*    printf("i=%d j=%d s=%d dcwave=%d\n",i,j, s[j][i],dcwave[i]);*/                                          /*      printf("i=%d j=%d s=%d dcwave=%d\n",i,j, s[j][i],dcwave[i]);*/
           break;                                          break;
         }                                  }
     }      }
                   
     for (i=1; i<=imx; i++) {      for (i=1; i<=imx; i++) {
       if (wav[i]>0){        if (wav[i]>0){
         ageexmed[i]=agev[mw[1][i]][i];                                  ageexmed[i]=agev[mw[1][i]][i];
         j=wav[i];                                  j=wav[i];
         agecens[i]=1.;                                   agecens[i]=1.; 
                                   
         if (ageexmed[i]> 1 && wav[i] > 0){                                  if (ageexmed[i]> 1 && wav[i] > 0){
           agecens[i]=agev[mw[j][i]][i];                                          agecens[i]=agev[mw[j][i]][i];
           cens[i]= 1;                                          cens[i]= 1;
         }else if (ageexmed[i]< 1)                                   }else if (ageexmed[i]< 1) 
           cens[i]= -1;                                          cens[i]= -1;
         if (agedc[i]< AGESUP && agedc[i]>1 && dcwave[i]>firstpass && dcwave[i]<=lastpass)                                  if (agedc[i]< AGESUP && agedc[i]>1 && dcwave[i]>firstpass && dcwave[i]<=lastpass)
           cens[i]=0 ;                                          cens[i]=0 ;
       }        }
       else cens[i]=-1;        else cens[i]=-1;
     }      }
           
     for (i=1;i<=NDIM;i++) {      for (i=1;i<=NDIM;i++) {
       for (j=1;j<=NDIM;j++)        for (j=1;j<=NDIM;j++)
         ximort[i][j]=(i == j ? 1.0 : 0.0);                                  ximort[i][j]=(i == j ? 1.0 : 0.0);
     }      }
           
     /*p[1]=0.0268; p[NDIM]=0.083;*/      /*p[1]=0.0268; p[NDIM]=0.083;*/
Line 8773  Interval (in months) between two waves: Line 9186  Interval (in months) between two waves:
   
     for(i=1; i <=NDIM; i++)      for(i=1; i <=NDIM; i++)
       for(j=i+1;j<=NDIM;j++)        for(j=i+1;j<=NDIM;j++)
         matcov[i][j]=matcov[j][i];                                  matcov[i][j]=matcov[j][i];
           
     printf("\nCovariance matrix\n ");      printf("\nCovariance matrix\n ");
     fprintf(ficlog,"\nCovariance matrix\n ");      fprintf(ficlog,"\nCovariance matrix\n ");
     for(i=1; i <=NDIM; i++) {      for(i=1; i <=NDIM; i++) {
       for(j=1;j<=NDIM;j++){         for(j=1;j<=NDIM;j++){ 
         printf("%f ",matcov[i][j]);                                  printf("%f ",matcov[i][j]);
         fprintf(ficlog,"%f ",matcov[i][j]);                                  fprintf(ficlog,"%f ",matcov[i][j]);
       }        }
       printf("\n ");  fprintf(ficlog,"\n ");        printf("\n ");  fprintf(ficlog,"\n ");
     }      }
Line 8821  Interval (in months) between two waves: Line 9234  Interval (in months) between two waves:
           
           
     replace_back_to_slash(pathc,pathcd); /* Even gnuplot wants a / */      replace_back_to_slash(pathc,pathcd); /* Even gnuplot wants a / */
                   ageminpar=50;
                   agemaxpar=100;
     if(ageminpar == AGEOVERFLOW ||agemaxpar == AGEOVERFLOW){      if(ageminpar == AGEOVERFLOW ||agemaxpar == AGEOVERFLOW){
         printf("Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\          printf("Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\
 This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\  This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\
Line 8828  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9243  Please run with mle=-1 to get a correct
         fprintf(ficlog,"Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\          fprintf(ficlog,"Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\
 This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\  This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);
     }else      }else{
                           printf("Warning! ageminpar %f and agemaxpar %f have been fixed because for simplification until it is fixed...\n\n",ageminpar,agemaxpar);
                           fprintf(ficlog,"Warning! ageminpar %f and agemaxpar %f have been fixed because for simplification until it is fixed...\n\n",ageminpar,agemaxpar);
       printinggnuplotmort(fileresu, optionfilefiname,ageminpar,agemaxpar,fage, pathc,p);        printinggnuplotmort(fileresu, optionfilefiname,ageminpar,agemaxpar,fage, pathc,p);
                   }
     printinghtmlmort(fileresu,title,datafile, firstpass, lastpass, \      printinghtmlmort(fileresu,title,datafile, firstpass, lastpass, \
                      stepm, weightopt,\                       stepm, weightopt,\
                      model,imx,p,matcov,agemortsup);                       model,imx,p,matcov,agemortsup);
Line 8837  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9255  Please run with mle=-1 to get a correct
     free_vector(lsurv,1,AGESUP);      free_vector(lsurv,1,AGESUP);
     free_vector(lpop,1,AGESUP);      free_vector(lpop,1,AGESUP);
     free_vector(tpop,1,AGESUP);      free_vector(tpop,1,AGESUP);
 #ifdef GSL      free_matrix(ximort,1,NDIM,1,NDIM);
     free_ivector(cens,1,n);      free_ivector(cens,1,n);
     free_vector(agecens,1,n);      free_vector(agecens,1,n);
     free_ivector(dcwave,1,n);      free_ivector(dcwave,1,n);
     free_matrix(ximort,1,NDIM,1,NDIM);  #ifdef GSL
 #endif  #endif
   } /* Endof if mle==-3 mortality only */    } /* Endof if mle==-3 mortality only */
   /* Standard  */    /* Standard  */
Line 8878  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9296  Please run with mle=-1 to get a correct
     fprintf(ficlog,"# Parameters nlstate*nlstate*ncov a12*1 + b12 * age + ...\n");      fprintf(ficlog,"# Parameters nlstate*nlstate*ncov a12*1 + b12 * age + ...\n");
     for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){      for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
       for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){        for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){
         if (k != i) {                                  if (k != i) {
           printf("%d%d ",i,k);                                          printf("%d%d ",i,k);
           fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);                                          fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);
           fprintf(ficres,"%1d%1d ",i,k);                                          fprintf(ficres,"%1d%1d ",i,k);
           for(j=1; j <=ncovmodel; j++){                                          for(j=1; j <=ncovmodel; j++){
             printf("%12.7f ",p[jk]);                                                  printf("%12.7f ",p[jk]);
             fprintf(ficlog,"%12.7f ",p[jk]);                                                  fprintf(ficlog,"%12.7f ",p[jk]);
             fprintf(ficres,"%12.7f ",p[jk]);                                                  fprintf(ficres,"%12.7f ",p[jk]);
             jk++;                                                   jk++; 
           }                                          }
           printf("\n");                                          printf("\n");
           fprintf(ficlog,"\n");                                          fprintf(ficlog,"\n");
           fprintf(ficres,"\n");                                          fprintf(ficres,"\n");
         }                                  }
       }        }
     }      }
     if(mle != 0){      if(mle != 0){
Line 8901  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9319  Please run with mle=-1 to get a correct
       printf("Parameters and 95%% confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W .\n But be careful that parameters are highly correlated because incidence of disability is highly correlated to incidence of recovery.\n It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");        printf("Parameters and 95%% confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W .\n But be careful that parameters are highly correlated because incidence of disability is highly correlated to incidence of recovery.\n It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");
       fprintf(ficlog, "Parameters, Wald tests and Wald-based confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W \n  It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");        fprintf(ficlog, "Parameters, Wald tests and Wald-based confidence intervals\n W is simply the result of the division of the parameter by the square root of covariance of the parameter.\n And Wald-based confidence intervals plus and minus 1.96 * W \n  It might be better to visualize the covariance matrix. See the page 'Matrix of variance-covariance of one-step probabilities' and its graphs.\n");
       for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){        for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
         for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){                                  for(k=1; k <=(nlstate+ndeath); k++){
           if (k != i) {                                          if (k != i) {
             printf("%d%d ",i,k);                                                  printf("%d%d ",i,k);
             fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);                                                  fprintf(ficlog,"%d%d ",i,k);
             for(j=1; j <=ncovmodel; j++){                                                  for(j=1; j <=ncovmodel; j++){
               printf("%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));                                                          printf("%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));
               fprintf(ficlog,"%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));                                                          fprintf(ficlog,"%12.7f W=%8.3f CI=[%12.7f ; %12.7f] ",p[jk], p[jk]/sqrt(matcov[jk][jk]), p[jk]-1.96*sqrt(matcov[jk][jk]),p[jk]+1.96*sqrt(matcov[jk][jk]));
               jk++;                                                           jk++; 
             }                                                  }
             printf("\n");                                                  printf("\n");
             fprintf(ficlog,"\n");                                                  fprintf(ficlog,"\n");
           }                                          }
         }                                  }
       }        }
     } /* end of hesscov and Wald tests */      } /* end of hesscov and Wald tests */
                   
     /*  */      /*  */
     fprintf(ficres,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      fprintf(ficres,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     printf("# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      printf("# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     fprintf(ficlog,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");      fprintf(ficlog,"# Scales (for hessian or gradient estimation)\n");
     for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){      for(i=1,jk=1; i <=nlstate; i++){
       for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){        for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){
         if (j!=i) {                                  if (j!=i) {
           fprintf(ficres,"%1d%1d",i,j);                                          fprintf(ficres,"%1d%1d",i,j);
           printf("%1d%1d",i,j);                                          printf("%1d%1d",i,j);
           fprintf(ficlog,"%1d%1d",i,j);                                          fprintf(ficlog,"%1d%1d",i,j);
           for(k=1; k<=ncovmodel;k++){                                          for(k=1; k<=ncovmodel;k++){
             printf(" %.5e",delti[jk]);                                                  printf(" %.5e",delti[jk]);
             fprintf(ficlog," %.5e",delti[jk]);                                                  fprintf(ficlog," %.5e",delti[jk]);
             fprintf(ficres," %.5e",delti[jk]);                                                  fprintf(ficres," %.5e",delti[jk]);
             jk++;                                                  jk++;
           }                                          }
           printf("\n");                                          printf("\n");
           fprintf(ficlog,"\n");                                          fprintf(ficlog,"\n");
           fprintf(ficres,"\n");                                          fprintf(ficres,"\n");
         }                                  }
       }        }
     }      }
           
Line 8960  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9378  Please run with mle=-1 to get a correct
     for(itimes=1;itimes<=2;itimes++){      for(itimes=1;itimes<=2;itimes++){
       jj=0;        jj=0;
       for(i=1; i <=nlstate; i++){        for(i=1; i <=nlstate; i++){
         for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){                                  for(j=1; j <=nlstate+ndeath; j++){
           if(j==i) continue;                                          if(j==i) continue;
           for(k=1; k<=ncovmodel;k++){                                          for(k=1; k<=ncovmodel;k++){
             jj++;                                                  jj++;
             ca[0]= k+'a'-1;ca[1]='\0';                                                  ca[0]= k+'a'-1;ca[1]='\0';
             if(itimes==1){                                                  if(itimes==1){
               if(mle>=1)                                                          if(mle>=1)
                 printf("#%1d%1d%d",i,j,k);                                                                  printf("#%1d%1d%d",i,j,k);
               fprintf(ficlog,"#%1d%1d%d",i,j,k);                                                          fprintf(ficlog,"#%1d%1d%d",i,j,k);
               fprintf(ficres,"#%1d%1d%d",i,j,k);                                                          fprintf(ficres,"#%1d%1d%d",i,j,k);
             }else{                                                  }else{
               if(mle>=1)                                                          if(mle>=1)
                 printf("%1d%1d%d",i,j,k);                                                                  printf("%1d%1d%d",i,j,k);
               fprintf(ficlog,"%1d%1d%d",i,j,k);                                                          fprintf(ficlog,"%1d%1d%d",i,j,k);
               fprintf(ficres,"%1d%1d%d",i,j,k);                                                          fprintf(ficres,"%1d%1d%d",i,j,k);
             }                                                  }
             ll=0;                                                  ll=0;
             for(li=1;li <=nlstate; li++){                                                  for(li=1;li <=nlstate; li++){
               for(lj=1;lj <=nlstate+ndeath; lj++){                                                          for(lj=1;lj <=nlstate+ndeath; lj++){
                 if(lj==li) continue;                                                                  if(lj==li) continue;
                 for(lk=1;lk<=ncovmodel;lk++){                                                                  for(lk=1;lk<=ncovmodel;lk++){
                   ll++;                                                                          ll++;
                   if(ll<=jj){                                                                          if(ll<=jj){
                     cb[0]= lk +'a'-1;cb[1]='\0';                                                                                  cb[0]= lk +'a'-1;cb[1]='\0';
                     if(ll<jj){                                                                                  if(ll<jj){
                       if(itimes==1){                                                                                          if(itimes==1){
                         if(mle>=1)                                                                                                  if(mle>=1)
                           printf(" Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                                                                                                          printf(" Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                         fprintf(ficlog," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                                                                                                  fprintf(ficlog," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                         fprintf(ficres," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);                                                                                                  fprintf(ficres," Cov(%s%1d%1d,%s%1d%1d)",ca,i,j,cb, li,lj);
                       }else{                                                                                          }else{
                         if(mle>=1)                                                                                                  if(mle>=1)
                           printf(" %.5e",matcov[jj][ll]);                                                                                                           printf(" %.5e",matcov[jj][ll]); 
                         fprintf(ficlog," %.5e",matcov[jj][ll]);                                                                                                   fprintf(ficlog," %.5e",matcov[jj][ll]); 
                         fprintf(ficres," %.5e",matcov[jj][ll]);                                                                                                   fprintf(ficres," %.5e",matcov[jj][ll]); 
                       }                                                                                          }
                     }else{                                                                                  }else{
                       if(itimes==1){                                                                                          if(itimes==1){
                         if(mle>=1)                                                                                                  if(mle>=1)
                           printf(" Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                                                                                                          printf(" Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                         fprintf(ficlog," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                                                                                                  fprintf(ficlog," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                         fprintf(ficres," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);                                                                                                  fprintf(ficres," Var(%s%1d%1d)",ca,i,j);
                       }else{                                                                                          }else{
                         if(mle>=1)                                                                                                  if(mle>=1)
                           printf(" %.7e",matcov[jj][ll]);                                                                                                           printf(" %.7e",matcov[jj][ll]); 
                         fprintf(ficlog," %.7e",matcov[jj][ll]);                                                                                                   fprintf(ficlog," %.7e",matcov[jj][ll]); 
                         fprintf(ficres," %.7e",matcov[jj][ll]);                                                                                                   fprintf(ficres," %.7e",matcov[jj][ll]); 
                       }                                                                                          }
                     }                                                                                  }
                   }                                                                          }
                 } /* end lk */                                                                  } /* end lk */
               } /* end lj */                                                          } /* end lj */
             } /* end li */                                                  } /* end li */
             if(mle>=1)                                                  if(mle>=1)
               printf("\n");                                                          printf("\n");
             fprintf(ficlog,"\n");                                                  fprintf(ficlog,"\n");
             fprintf(ficres,"\n");                                                  fprintf(ficres,"\n");
             numlinepar++;                                                  numlinepar++;
           } /* end k*/                                          } /* end k*/
         } /*end j */                                  } /*end j */
       } /* end i */        } /* end i */
     } /* end itimes */      } /* end itimes */
           
     fflush(ficlog);      fflush(ficlog);
     fflush(ficres);      fflush(ficres);
       while(fgets(line, MAXLINE, ficpar)) {                  while(fgets(line, MAXLINE, ficpar)) {
     /* If line starts with a # it is a comment */                          /* If line starts with a # it is a comment */
     if (line[0] == '#') {                          if (line[0] == '#') {
       numlinepar++;                                  numlinepar++;
       fputs(line,stdout);                                  fputs(line,stdout);
       fputs(line,ficparo);                                  fputs(line,ficparo);
       fputs(line,ficlog);                                  fputs(line,ficlog);
       continue;                                  continue;
     }else                          }else
       break;                                  break;
   }                  }
                   
     /* while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){ */      /* while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){ */
     /*   ungetc(c,ficpar); */      /*   ungetc(c,ficpar); */
     /*   fgets(line, MAXLINE, ficpar); */      /*   fgets(line, MAXLINE, ficpar); */
Line 9047  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9465  Please run with mle=-1 to get a correct
           
     estepm=0;      estepm=0;
     if((num_filled=sscanf(line,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm, &ftolpl)) !=EOF){      if((num_filled=sscanf(line,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm, &ftolpl)) !=EOF){
                           
     if (num_filled != 6) {                          if (num_filled != 6) {
       printf("Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n");                                  printf("Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);
       printf("but line=%s\n",line);                                  fprintf(ficlog,"Error: Not 6 parameters in line, for example:agemin=60 agemax=95 bage=55 fage=95 estepm=24 ftolpl=6e-4\n, your line=%s . Probably you are running an older format.\n",line);
       goto end;                                  goto end;
     }                          }
     printf("agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",ageminpar,agemaxpar, bage, fage, estepm, ftolpl);                          printf("agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%lf\n",ageminpar,agemaxpar, bage, fage, estepm, ftolpl);
   }                  }
   /* ftolpl=6*ftol*1.e5; /\* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit *\/ */                  /* ftolpl=6*ftol*1.e5; /\* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit *\/ */
   /*ftolpl=6.e-4;*/ /* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit */                  /*ftolpl=6.e-4;*/ /* 6.e-3 make convergences in less than 80 loops for the prevalence limit */
                   
     /* fscanf(ficpar,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm); */      /* fscanf(ficpar,"agemin=%lf agemax=%lf bage=%lf fage=%lf estepm=%d ftolpl=%\n",&ageminpar,&agemaxpar, &bage, &fage, &estepm); */
     if (estepm==0 || estepm < stepm) estepm=stepm;      if (estepm==0 || estepm < stepm) estepm=stepm;
     if (fage <= 2) {      if (fage <= 2) {
Line 9068  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9486  Please run with mle=-1 to get a correct
     fprintf(ficres,"# agemin agemax for life expectancy, bage fage (if mle==0 ie no data nor Max likelihood).\n");      fprintf(ficres,"# agemin agemax for life expectancy, bage fage (if mle==0 ie no data nor Max likelihood).\n");
     fprintf(ficres,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f estepm=%d ftolpl=%e\n",ageminpar,agemaxpar,bage,fage, estepm, ftolpl);      fprintf(ficres,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f estepm=%d ftolpl=%e\n",ageminpar,agemaxpar,bage,fage, estepm, ftolpl);
     fprintf(ficparo,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f estepm=%d, ftolpl=%e\n",ageminpar,agemaxpar,bage,fage, estepm, ftolpl);      fprintf(ficparo,"agemin=%.0f agemax=%.0f bage=%.0f fage=%.0f estepm=%d, ftolpl=%e\n",ageminpar,agemaxpar,bage,fage, estepm, ftolpl);
                   
     /* Other stuffs, more or less useful */          /* Other stuffs, more or less useful */    
     while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){      while((c=getc(ficpar))=='#' && c!= EOF){
       ungetc(c,ficpar);        ungetc(c,ficpar);
Line 9125  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9543  Please run with mle=-1 to get a correct
     ungetc(c,ficpar);      ungetc(c,ficpar);
           
     fscanf(ficpar,"backcast=%d starting-back-date=%lf/%lf/%lf final-back-date=%lf/%lf/%lf mobil_average=%d\n",&backcast,&jback1,&mback1,&anback1,&jback2,&mback2,&anback2,&mobilavproj);      fscanf(ficpar,"backcast=%d starting-back-date=%lf/%lf/%lf final-back-date=%lf/%lf/%lf mobil_average=%d\n",&backcast,&jback1,&mback1,&anback1,&jback2,&mback2,&anback2,&mobilavproj);
     fscanf(ficparo,"backcast=%d starting-back-date=%lf/%lf/%lf final-back-date=%lf/%lf/%lf mobil_average=%d\n",&backcast,&jback1,&mback1,&anback1,&jback2,&mback2,&anback2,&mobilavproj);      fprintf(ficparo,"backcast=%d starting-back-date=%lf/%lf/%lf final-back-date=%lf/%lf/%lf mobil_average=%d\n",backcast,jback1,mback1,anback1,jback2,mback2,anback2,mobilavproj);
     fscanf(ficlog,"backcast=%d starting-back-date=%lf/%lf/%lf final-back-date=%lf/%lf/%lf mobil_average=%d\n",&backcast,&jback1,&mback1,&anback1,&jback2,&mback2,&anback2,&mobilavproj);      fprintf(ficlog,"backcast=%d starting-back-date=%lf/%lf/%lf final-back-date=%lf/%lf/%lf mobil_average=%d\n",backcast,jback1,mback1,anback1,jback2,mback2,anback2,mobilavproj);
     fscanf(ficres,"backcast=%d starting-back-date=%lf/%lf/%lf final-back-date=%lf/%lf/%lf mobil_average=%d\n",&backcast,&jback1,&mback1,&anback1,&jback2,&mback2,&anback2,&mobilavproj);      fprintf(ficres,"backcast=%d starting-back-date=%lf/%lf/%lf final-back-date=%lf/%lf/%lf mobil_average=%d\n",backcast,jback1,mback1,anback1,jback2,mback2,anback2,mobilavproj);
     /* day and month of proj2 are not used but only year anproj2.*/      /* day and month of proj2 are not used but only year anproj2.*/
           
           
      /* freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint); */                  /* freqsummary(fileres, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx,Tvaraff,nbcode, ncodemax,mint,anint); */
     /* ,dateprev1,dateprev2,jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2); */      /* ,dateprev1,dateprev2,jprev1, mprev1,anprev1,jprev2, mprev2,anprev2); */
           
     replace_back_to_slash(pathc,pathcd); /* Even gnuplot wants a / */      replace_back_to_slash(pathc,pathcd); /* Even gnuplot wants a / */
     if(ageminpar == AGEOVERFLOW ||agemaxpar == -AGEOVERFLOW){      if(ageminpar == AGEOVERFLOW ||agemaxpar == -AGEOVERFLOW){
         printf("Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\                          printf("Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\
 This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\  This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);
         fprintf(ficlog,"Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\                          fprintf(ficlog,"Warning! Error in gnuplot file with ageminpar %f or agemaxpar %f overflow\n\
 This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\  This is probably because your parameter file doesn't \n  contain the exact number of lines (or columns) corresponding to your model line.\n\
 Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);  Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpar);
     }else      }else{
       printinggnuplot(fileresu, optionfilefiname,ageminpar,agemaxpar,fage, prevfcast, pathc,p);        printinggnuplot(fileresu, optionfilefiname,ageminpar,agemaxpar,fage, prevfcast, backcast, pathc,p);
           }
     printinghtml(fileresu,title,datafile, firstpass, lastpass, stepm, weightopt,\      printinghtml(fileresu,title,datafile, firstpass, lastpass, stepm, weightopt, \
                  model,imx,jmin,jmax,jmean,rfileres,popforecast,prevfcast,backcast, estepm, \                                                                   model,imx,jmin,jmax,jmean,rfileres,popforecast,prevfcast,backcast, estepm, \
                  jprev1,mprev1,anprev1,dateprev1,jprev2,mprev2,anprev2,dateprev2);                                                                   jprev1,mprev1,anprev1,dateprev1,jprev2,mprev2,anprev2,dateprev2);
                         
    /*------------ free_vector  -------------*/                  /*------------ free_vector  -------------*/
    /*  chdir(path); */                  /*  chdir(path); */
                    
     /* free_ivector(wav,1,imx); */  /* Moved after last prevalence call */      /* free_ivector(wav,1,imx); */  /* Moved after last prevalence call */
     /* free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx); */      /* free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx); */
     /* free_imatrix(bh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx); */      /* free_imatrix(bh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx); */
Line 9162  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9580  Please run with mle=-1 to get a correct
     /*free_matrix(covar,1,NCOVMAX,1,n);*/      /*free_matrix(covar,1,NCOVMAX,1,n);*/
     fclose(ficparo);      fclose(ficparo);
     fclose(ficres);      fclose(ficres);
                   
                   
     /* Other results (useful)*/      /* Other results (useful)*/
                   
                   
     /*--------------- Prevalence limit  (period or stable prevalence) --------------*/      /*--------------- Prevalence limit  (period or stable prevalence) --------------*/
     /*#include "prevlim.h"*/  /* Use ficrespl, ficlog */      /*#include "prevlim.h"*/  /* Use ficrespl, ficlog */
     prlim=matrix(1,nlstate,1,nlstate);      prlim=matrix(1,nlstate,1,nlstate);
     prevalence_limit(p, prlim,  ageminpar, agemaxpar, ftolpl, &ncvyear);      prevalence_limit(p, prlim,  ageminpar, agemaxpar, ftolpl, &ncvyear);
     fclose(ficrespl);      fclose(ficrespl);
   
     /*--------------- Back Prevalence limit  (period or stable prevalence) --------------*/  
     /*#include "prevlim.h"*/  /* Use ficresplb, ficlog */  
     bprlim=matrix(1,nlstate,1,nlstate);  
     back_prevalence_limit(p, bprlim,  ageminpar, agemaxpar, ftolpl, &ncvyear);  
     fclose(ficresplb);  
   
       
 #ifdef FREEEXIT2  
 #include "freeexit2.h"  
 #endif  
   
     /*------------- h Pij x at various ages ------------*/      /*------------- h Pij x at various ages ------------*/
     /*#include "hpijx.h"*/      /*#include "hpijx.h"*/
     hPijx(p, bage, fage);      hPijx(p, bage, fage);
     fclose(ficrespij);      fclose(ficrespij);
   
     hBijx(p, bage, fage);      /* ncovcombmax=  pow(2,cptcoveff); */
     fclose(ficrespijb);      /*-------------- Variance of one-step probabilities---*/
   
   /*-------------- Variance of one-step probabilities---*/  
     k=1;      k=1;
     varprob(optionfilefiname, matcov, p, delti, nlstate, bage, fage,k,Tvar,nbcode, ncodemax,strstart);      varprob(optionfilefiname, matcov, p, delti, nlstate, bage, fage,k,Tvar,nbcode, ncodemax,strstart);
   
       /* Prevalence for each covariates in probs[age][status][cov] */
     probs= ma3x(1,AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);      probs= ma3x(1,AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);
     for(i=1;i<=AGESUP;i++)      for(i=1;i<=AGESUP;i++)
       for(j=1;j<=NCOVMAX;j++)        for(j=1;j<=nlstate+ndeath;j++) /* ndeath is useless but a necessity to be compared with mobaverages */
         for(k=1;k<=NCOVMAX;k++)                                  for(k=1;k<=ncovcombmax;k++)
           probs[i][j][k]=0.;                                          probs[i][j][k]=0.;
       prevalence(probs, ageminpar, agemaxpar, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);
       if (mobilav!=0 ||mobilavproj !=0 ) {
         mobaverages= ma3x(1, AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);
                           for(i=1;i<=AGESUP;i++)
                                   for(j=1;j<=nlstate;j++)
                                           for(k=1;k<=ncovcombmax;k++)
                                                   mobaverages[i][j][k]=0.;
         mobaverage=mobaverages;
         if (mobilav!=0) {
                                   if (movingaverage(probs, ageminpar, agemaxpar, mobaverage, mobilav)!=0){
                                           fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);
                                           printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);
                                   }
         }
         /* /\* Prevalence for each covariates in probs[age][status][cov] *\/ */
         /* prevalence(probs, ageminpar, agemaxpar, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass); */
         else if (mobilavproj !=0) {
                                   if (movingaverage(probs, ageminpar, agemaxpar, mobaverage, mobilavproj)!=0){
                                           fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilavproj=%d\n",mobilavproj);
                                           printf(" Error in movingaverage mobilavproj=%d\n",mobilavproj);
                                   }
         }
       }/* end if moving average */
                   
     /*---------- Forecasting ------------------*/      /*---------- Forecasting ------------------*/
     /*if((stepm == 1) && (strcmp(model,".")==0)){*/      /*if((stepm == 1) && (strcmp(model,".")==0)){*/
     if(prevfcast==1){      if(prevfcast==1){
Line 9210  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9638  Please run with mle=-1 to get a correct
       prevforecast(fileresu, anproj1, mproj1, jproj1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj, bage, fage, firstpass, lastpass, anproj2, p, cptcoveff);        prevforecast(fileresu, anproj1, mproj1, jproj1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj, bage, fage, firstpass, lastpass, anproj2, p, cptcoveff);
     }      }
     if(backcast==1){      if(backcast==1){
       prevbackforecast(fileresu, anback1, mback1, jback1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj, bage, fage, firstpass, lastpass, anback2, p, cptcoveff);        ddnewms=matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);        
         ddoldms=matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);        
         ddsavms=matrix(1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
   
         /*--------------- Back Prevalence limit  (period or stable prevalence) --------------*/
   
         bprlim=matrix(1,nlstate,1,nlstate);
         back_prevalence_limit(p, bprlim,  ageminpar, agemaxpar, ftolpl, &ncvyear, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass, mobilavproj);
         fclose(ficresplb);
   
         /* hBijx(p, bage, fage, mobaverage); */
         /* fclose(ficrespijb); */
         free_matrix(bprlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */
   
         /* prevbackforecast(fileresu, anback1, mback1, jback1, agemin, agemax, dateprev1, dateprev2, mobilavproj,
            bage, fage, firstpass, lastpass, anback2, p, cptcoveff); */
         free_matrix(ddnewms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
         free_matrix(ddsavms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
         free_matrix(ddoldms, 1, nlstate+ndeath, 1, nlstate+ndeath);
     }      }
     /* (popforecast==1) populforecast(fileres, anpyram,mpyram,jpyram, agemin,agemax, dateprev1, dateprev2,mobilav, agedeb, fage, popforecast, popfile, anpyram1,p, i1);*/  
     /*      }  */  
     /*      else{ */  
     /*        erreur=108; */  
     /*        printf("Warning %d!! You can only forecast the prevalences if the optimization\n  has been performed with stepm = 1 (month) instead of %d or model=. instead of '%s'\n", erreur, stepm, model); */  
     /*        fprintf(ficlog,"Warning %d!! You can only forecast the prevalences if the optimization\n  has been performed with stepm = 1 (month) instead of %d or model=. instead of '%s'\n", erreur, stepm, model); */  
     /*      } */  
           
     
     /* ------ Other prevalence ratios------------ */      /* ------ Other prevalence ratios------------ */
   
     /* Computes prevalence between agemin (i.e minimal age computed) and no more ageminpar */  
   
     prevalence(probs, agemin, agemax, s, agev, nlstate, imx, Tvar, nbcode, ncodemax, mint, anint, dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);  
     /*  printf("ageminpar=%f, agemax=%f, s[lastpass][imx]=%d, agev[lastpass][imx]=%f, nlstate=%d, imx=%d,  mint[lastpass][imx]=%f, anint[lastpass][imx]=%f,dateprev1=%f, dateprev2=%f, firstpass=%d, lastpass=%d\n",\  
         ageminpar, agemax, s[lastpass][imx], agev[lastpass][imx], nlstate, imx, mint[lastpass][imx],anint[lastpass][imx], dateprev1, dateprev2, firstpass, lastpass);  
     */  
     free_ivector(wav,1,imx);      free_ivector(wav,1,imx);
     free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx);      free_imatrix(dh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx);
     free_imatrix(bh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx);      free_imatrix(bh,1,lastpass-firstpass+2,1,imx);
     free_imatrix(mw,1,lastpass-firstpass+2,1,imx);         free_imatrix(mw,1,lastpass-firstpass+2,1,imx);   
                   
                   
     if (mobilav!=0) {  
       mobaverage= ma3x(1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);  
       if (movingaverage(probs, bage, fage, mobaverage,mobilav)!=0){  
         fprintf(ficlog," Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);  
         printf(" Error in movingaverage mobilav=%d\n",mobilav);  
       }  
     }  
   
   
     /*---------- Health expectancies, no variances ------------*/      /*---------- Health expectancies, no variances ------------*/
                   
     strcpy(filerese,"E_");      strcpy(filerese,"E_");
     strcat(filerese,fileresu);      strcat(filerese,fileresu);
     if((ficreseij=fopen(filerese,"w"))==NULL) {      if((ficreseij=fopen(filerese,"w"))==NULL) {
Line 9254  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9678  Please run with mle=-1 to get a correct
     }      }
     printf("Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(stdout);      printf("Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"Computing Health Expectancies: result on file '%s' ...", filerese);fflush(ficlog);
     /*for(cptcov=1,k=0;cptcov<=i1;cptcov++){                  
       for(cptcod=1;cptcod<=ncodemax[cptcov];cptcod++){*/  
             
     for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
         fprintf(ficreseij,"\n#****** ");        fprintf(ficreseij,"\n#****** ");
         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
           fprintf(ficreseij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficreseij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
         }        }
         fprintf(ficreseij,"******\n");        fprintf(ficreseij,"******\n");
   
         eij=ma3x(1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int) fage);  
         oldm=oldms;savm=savms;  
         evsij(eij, p, nlstate, stepm, (int) bage, (int)fage, oldm, savm, k, estepm, strstart);    
               
         free_ma3x(eij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);        eij=ma3x(1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int) fage);
       /*}*/        oldm=oldms;savm=savms;
         evsij(eij, p, nlstate, stepm, (int) bage, (int)fage, oldm, savm, k, estepm, strstart);  
         
         free_ma3x(eij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);
     }      }
     fclose(ficreseij);      fclose(ficreseij);
     printf("done evsij\n");fflush(stdout);      printf("done evsij\n");fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"done evsij\n");fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"done evsij\n");fflush(ficlog);
                   
     /*---------- Health expectancies and variances ------------*/      /*---------- Health expectancies and variances ------------*/
                   
                   
     strcpy(filerest,"T_");      strcpy(filerest,"T_");
     strcat(filerest,fileresu);      strcat(filerest,fileresu);
     if((ficrest=fopen(filerest,"w"))==NULL) {      if((ficrest=fopen(filerest,"w"))==NULL) {
Line 9286  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9707  Please run with mle=-1 to get a correct
     }      }
     printf("Computing Total Life expectancies with their standard errors: file '%s' ...\n", filerest); fflush(stdout);      printf("Computing Total Life expectancies with their standard errors: file '%s' ...\n", filerest); fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"Computing Total Life expectancies with their standard errors: file '%s' ...\n", filerest); fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"Computing Total Life expectancies with their standard errors: file '%s' ...\n", filerest); fflush(ficlog);
                   
   
     strcpy(fileresstde,"STDE_");      strcpy(fileresstde,"STDE_");
     strcat(fileresstde,fileresu);      strcat(fileresstde,fileresu);
Line 9321  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9742  Please run with mle=-1 to get a correct
     for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
       fprintf(ficrest,"\n#****** ");        fprintf(ficrest,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++)         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
         fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficrest,"******\n");        fprintf(ficrest,"******\n");
               
       fprintf(ficresstdeij,"\n#****** ");        fprintf(ficresstdeij,"\n#****** ");
       fprintf(ficrescveij,"\n#****** ");        fprintf(ficrescveij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {        for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
         fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
         fprintf(ficrescveij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficrescveij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       }        }
       fprintf(ficresstdeij,"******\n");        fprintf(ficresstdeij,"******\n");
       fprintf(ficrescveij,"******\n");        fprintf(ficrescveij,"******\n");
               
       fprintf(ficresvij,"\n#****** ");        fprintf(ficresvij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++)         for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
         fprintf(ficresvij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresvij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
       fprintf(ficresvij,"******\n");        fprintf(ficresvij,"******\n");
               
       eij=ma3x(1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int) fage);        eij=ma3x(1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int) fage);
Line 9355  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9776  Please run with mle=-1 to get a correct
               
               
       for(vpopbased=0; vpopbased <= popbased; vpopbased++){ /* Done for vpopbased=0 and vpopbased=1 if popbased==1*/        for(vpopbased=0; vpopbased <= popbased; vpopbased++){ /* Done for vpopbased=0 and vpopbased=1 if popbased==1*/
         oldm=oldms;savm=savms; /* ZZ Segmentation fault */                                  oldm=oldms;savm=savms; /* ZZ Segmentation fault */
         cptcod= 0; /* To be deleted */                                  cptcod= 0; /* To be deleted */
         printf("varevsij %d \n",vpopbased);                                  printf("varevsij %d \n",vpopbased);
         fprintf(ficlog, "varevsij %d \n",vpopbased);                                  fprintf(ficlog, "varevsij %d \n",vpopbased);
         varevsij(optionfilefiname, vareij, matcov, p, delti, nlstate, stepm, (int) bage, (int) fage, oldm, savm, prlim, ftolpl, &ncvyear, k, estepm, cptcov,cptcod,vpopbased,mobilav, strstart); /* cptcod not initialized Intel */                                  varevsij(optionfilefiname, vareij, matcov, p, delti, nlstate, stepm, (int) bage, (int) fage, oldm, savm, prlim, ftolpl, &ncvyear, k, estepm, cptcov,cptcod,vpopbased,mobilav, strstart); /* cptcod not initialized Intel */
         fprintf(ficrest,"# Total life expectancy with std error and decomposition into time to be expected in each health state\n#  (weighted average of eij where weights are ");                                  fprintf(ficrest,"# Total life expectancy with std error and decomposition into time to be expected in each health state\n#  (weighted average of eij where weights are ");
         if(vpopbased==1)                                  if(vpopbased==1)
           fprintf(ficrest,"the age specific prevalence observed (cross-sectionally) in the population i.e cross-sectionally\n in each health state (popbased=1) (mobilav=%d)\n",mobilav);                                          fprintf(ficrest,"the age specific prevalence observed (cross-sectionally) in the population i.e cross-sectionally\n in each health state (popbased=1) (mobilav=%d)\n",mobilav);
         else                                  else
           fprintf(ficrest,"the age specific period (stable) prevalences in each health state \n");                                          fprintf(ficrest,"the age specific period (stable) prevalences in each health state \n");
         fprintf(ficrest,"# Age popbased mobilav e.. (std) ");                                  fprintf(ficrest,"# Age popbased mobilav e.. (std) ");
         for (i=1;i<=nlstate;i++) fprintf(ficrest,"e.%d (std) ",i);                                  for (i=1;i<=nlstate;i++) fprintf(ficrest,"e.%d (std) ",i);
         fprintf(ficrest,"\n");                                  fprintf(ficrest,"\n");
         /* printf("Which p?\n"); for(i=1;i<=npar;i++)printf("p[i=%d]=%lf,",i,p[i]);printf("\n"); */                                  /* printf("Which p?\n"); for(i=1;i<=npar;i++)printf("p[i=%d]=%lf,",i,p[i]);printf("\n"); */
         epj=vector(1,nlstate+1);                                  epj=vector(1,nlstate+1);
         printf("Computing age specific period (stable) prevalences in each health state \n");                                  printf("Computing age specific period (stable) prevalences in each health state \n");
         fprintf(ficlog,"Computing age specific period (stable) prevalences in each health state \n");                                  fprintf(ficlog,"Computing age specific period (stable) prevalences in each health state \n");
         for(age=bage; age <=fage ;age++){                                  for(age=bage; age <=fage ;age++){
           prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, &ncvyear, k); /*ZZ Is it the correct prevalim */                                          prevalim(prlim, nlstate, p, age, oldm, savm, ftolpl, &ncvyear, k); /*ZZ Is it the correct prevalim */
           if (vpopbased==1) {                                          if (vpopbased==1) {
             if(mobilav ==0){                                                  if(mobilav ==0){
               for(i=1; i<=nlstate;i++)                                                          for(i=1; i<=nlstate;i++)
                 prlim[i][i]=probs[(int)age][i][k];                                                                  prlim[i][i]=probs[(int)age][i][k];
             }else{ /* mobilav */                                                   }else{ /* mobilav */ 
               for(i=1; i<=nlstate;i++)                                                          for(i=1; i<=nlstate;i++)
                 prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][k];                                                                  prlim[i][i]=mobaverage[(int)age][i][k];
             }                                                  }
           }                                          }
                       
           fprintf(ficrest," %4.0f %d %d",age, vpopbased, mobilav);                                          fprintf(ficrest," %4.0f %d %d",age, vpopbased, mobilav);
           /* fprintf(ficrest," %4.0f %d %d %d %d",age, vpopbased, mobilav,Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */ /* to be done */                                          /* fprintf(ficrest," %4.0f %d %d %d %d",age, vpopbased, mobilav,Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]); */ /* to be done */
           /* printf(" age %4.0f ",age); */                                          /* printf(" age %4.0f ",age); */
           for(j=1, epj[nlstate+1]=0.;j <=nlstate;j++){                                          for(j=1, epj[nlstate+1]=0.;j <=nlstate;j++){
             for(i=1, epj[j]=0.;i <=nlstate;i++) {                                                  for(i=1, epj[j]=0.;i <=nlstate;i++) {
               epj[j] += prlim[i][i]*eij[i][j][(int)age];                                                          epj[j] += prlim[i][i]*eij[i][j][(int)age];
               /*ZZZ  printf("%lf %lf ", prlim[i][i] ,eij[i][j][(int)age]);*/                                                          /*ZZZ  printf("%lf %lf ", prlim[i][i] ,eij[i][j][(int)age]);*/
               /* printf("%lf %lf ", prlim[i][i] ,eij[i][j][(int)age]); */                                                          /* printf("%lf %lf ", prlim[i][i] ,eij[i][j][(int)age]); */
             }                                                  }
             epj[nlstate+1] +=epj[j];                                                  epj[nlstate+1] +=epj[j];
           }                                          }
           /* printf(" age %4.0f \n",age); */                                          /* printf(" age %4.0f \n",age); */
                       
           for(i=1, vepp=0.;i <=nlstate;i++)                                          for(i=1, vepp=0.;i <=nlstate;i++)
             for(j=1;j <=nlstate;j++)                                                  for(j=1;j <=nlstate;j++)
               vepp += vareij[i][j][(int)age];                                                          vepp += vareij[i][j][(int)age];
           fprintf(ficrest," %7.3f (%7.3f)", epj[nlstate+1],sqrt(vepp));                                          fprintf(ficrest," %7.3f (%7.3f)", epj[nlstate+1],sqrt(vepp));
           for(j=1;j <=nlstate;j++){                                          for(j=1;j <=nlstate;j++){
             fprintf(ficrest," %7.3f (%7.3f)", epj[j],sqrt(vareij[j][j][(int)age]));                                                  fprintf(ficrest," %7.3f (%7.3f)", epj[j],sqrt(vareij[j][j][(int)age]));
           }                                          }
           fprintf(ficrest,"\n");                                          fprintf(ficrest,"\n");
         }                                  }
       } /* End vpopbased */        } /* End vpopbased */
       free_ma3x(eij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);        free_ma3x(eij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);
       free_ma3x(vareij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);        free_ma3x(vareij,1,nlstate,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);
Line 9446  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9867  Please run with mle=-1 to get a correct
                       
     for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){      for (k=1; k <= (int) pow(2,cptcoveff); k++){
         fprintf(ficresvpl,"\n#****** ");          fprintf(ficresvpl,"\n#****** ");
         for(j=1;j<=cptcoveff;j++)                           for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
           fprintf(ficresvpl,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);                                  fprintf(ficresvpl,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,j)]);
         fprintf(ficresvpl,"******\n");                          fprintf(ficresvpl,"******\n");
               
         varpl=matrix(1,nlstate,(int) bage, (int) fage);                          varpl=matrix(1,nlstate,(int) bage, (int) fage);
         oldm=oldms;savm=savms;                          oldm=oldms;savm=savms;
         varprevlim(fileres, varpl, matcov, p, delti, nlstate, stepm, (int) bage, (int) fage, oldm, savm, prlim, ftolpl, &ncvyear, k, strstart);                          varprevlim(fileres, varpl, matcov, p, delti, nlstate, stepm, (int) bage, (int) fage, oldm, savm, prlim, ftolpl, &ncvyear, k, strstart);
         free_matrix(varpl,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);                          free_matrix(varpl,1,nlstate,(int) bage, (int)fage);
       /*}*/        /*}*/
     }      }
                   
     fclose(ficresvpl);      fclose(ficresvpl);
     printf("done variance-covariance of period prevalence\n");fflush(stdout);      printf("done variance-covariance of period prevalence\n");fflush(stdout);
     fprintf(ficlog,"done variance-covariance of period prevalence\n");fflush(ficlog);      fprintf(ficlog,"done variance-covariance of period prevalence\n");fflush(ficlog);
   
     /*---------- End : free ----------------*/      /*---------- End : free ----------------*/
     if (mobilav!=0) free_ma3x(mobaverage,1, AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);      if (mobilav!=0 ||mobilavproj !=0)
     free_ma3x(probs,1,AGESUP,1,NCOVMAX, 1,NCOVMAX);        free_ma3x(mobaverages,1, AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax); /* We need to have a squared matrix with prevalence of the dead! */
   }  /* mle==-3 arrives here for freeing */      free_ma3x(probs,1,AGESUP,1,nlstate+ndeath, 1,ncovcombmax);
  /* endfree:*/  
     free_matrix(prlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */      free_matrix(prlim,1,nlstate,1,nlstate); /*here or after loop ? */
     free_matrix(pmmij,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);      free_matrix(pmmij,1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
     }  /* mle==-3 arrives here for freeing */
    /* endfree:*/
     free_matrix(oldms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);      free_matrix(oldms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
     free_matrix(newms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);      free_matrix(newms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
     free_matrix(savms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);      free_matrix(savms, 1,nlstate+ndeath,1,nlstate+ndeath);
Line 9484  Please run with mle=-1 to get a correct Line 9906  Please run with mle=-1 to get a correct
     free_ivector(Tvar,1,NCOVMAX);      free_ivector(Tvar,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tprod,1,NCOVMAX);      free_ivector(Tprod,1,NCOVMAX);
     free_ivector(Tvaraff,1,NCOVMAX);      free_ivector(Tvaraff,1,NCOVMAX);
       free_ivector(invalidvarcomb,1,ncovcombmax);
     free_ivector(Tage,1,NCOVMAX);      free_ivector(Tage,1,NCOVMAX);
   
     free_imatrix(nbcode,0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);      free_imatrix(nbcode,0,NCOVMAX,0,NCOVMAX);
Removed from v.1.217  
changed lines
  Added in v.1.221

FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>