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Summary: In progress for quantitative
authorN. Brouard <brouard@ined.fr>
Thu, 25 Aug 2022 09:08:41 +0000 (09:08 +0000)
committerN. Brouard <brouard@ined.fr>
Thu, 25 Aug 2022 09:08:41 +0000 (09:08 +0000)
src/imach.c

index dd81f18f5fb633aba50ef06bffcb43519184bc4d..60eb1e939a94cb7f38df2d0e095dd461d1cd80df 100644 (file)
@@ -1,6 +1,25 @@
 /* $Id$
   $State$
   $Log$
+  Revision 1.333  2022/08/21 09:10:30  brouard
+  * src/imach.c (Module): Version 0.99r33 A lot of changes in
+  reassigning covariates: my first idea was that people will always
+  use the first covariate V1 into the model but in fact they are
+  producing data with many covariates and can use an equation model
+  with some of the covariate; it means that in a model V2+V3 instead
+  of codtabm(k,Tvaraff[j]) which calculates for combination k, for
+  three covariates (V1, V2, V3) the value of Tvaraff[j], but in fact
+  the equation model is restricted to two variables only (V2, V3)
+  and the combination for V2 should be codtabm(k,1) instead of
+  (codtabm(k,2), and the code should be
+  codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]]. Many many changes have been
+  made. All of these should be simplified once a day like we did in
+  hpxij() for example by using precov[nres] which is computed in
+  decoderesult for each nres of each resultline. Loop should be done
+  on the equation model globally by distinguishing only product with
+  age (which are changing with age) and no more on type of
+  covariates, single dummies, single covariates.
+
   Revision 1.332  2022/08/21 09:06:25  brouard
   Summary: Version 0.99r33
 
@@ -1277,7 +1296,7 @@ int cptcovs=0; /**< cptcovs number of simple covariates in the model V2+V1 =2 (d
 int cptcovsnq=0; /**< cptcovsnq number of simple covariates in the model but non quantitative V2+V1 =2 */
 int cptcovage=0; /**< Number of covariates with age: V3*age only =1 */
 int cptcovprodnoage=0; /**< Number of covariate products without age */   
-int cptcoveff=0; /* Total number of covariates to vary for printing results (2**cptcoveff combinations of dummies)(computed in tricode as cptcov) */
+int cptcoveff=0; /* Total number of single dummy covariates to vary for printing results (2**cptcoveff combinations of dummies)(computed in tricode as cptcov) */
 int ncovf=0; /* Total number of effective fixed covariates (dummy or quantitative) in the model */
 int ncovv=0; /* Total number of effective (wave) varying covariates (dummy or quantitative) in the model */
 int ncova=0; /* Total number of effective (wave and stepm) varying with age covariates (dummy of quantitative) in the model */
@@ -1288,6 +1307,7 @@ int nqfveff=0; /**< nqfveff Number of Quantitative Fixed Variables Effective */
 int ntveff=0; /**< ntveff number of effective time varying variables */
 int nqtveff=0; /**< ntqveff number of effective time varying quantitative variables */
 int cptcov=0; /* Working variable */
+int firstobs=1, lastobs=10; /* nobs = lastobs-firstobs+1 declared globally ;*/
 int nobs=10;  /* Number of observations in the data lastobs-firstobs */
 int ncovcombmax=NCOVMAX; /* Maximum calculated number of covariate combination = pow(2, cptcoveff) */
 int npar=NPARMAX; /* Number of parameters (nlstate+ndeath-1)*nlstate*ncovmodel; */
@@ -1505,12 +1525,13 @@ int *TvarsQind;
 #define MAXRESULTLINESPONE 10+1
 int nresult=0;
 int parameterline=0; /* # of the parameter (type) line */
-int TKresult[MAXRESULTLINESPONE];
-int resultmodel[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX];/* resultmodel[k1]=k3: k1th position in the model correspond to the k3 position in the resultline */
-int Tresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX];/* For dummy variable , value (output) */
+int TKresult[MAXRESULTLINESPONE]; /* TKresult[nres]=k for each resultline nres give the corresponding combination of dummies */
+int resultmodel[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX];/* resultmodel[k1]=k3: k1th position in the model corresponds to the k3 position in the resultline */
+int modelresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX];/* modelresult[k3]=k1: k1th position in the model corresponds to the k3 position in the resultline */
+int Tresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX];/* Tresult[nres][result_position]= value of the dummy variable at the result_position in the nres resultline */
 int Tinvresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX];/* Tinvresult[nres][Name of a dummy variable]= value of the variable in the result line  */
 double TinvDoQresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX];/* TinvDoQresult[nres][Name of a Dummy or Q variable]= value of the variable in the result line */
-int Tvresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX]; /* For dummy variable , variable # (output) */
+int Tvresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX]; /* Tvresult[nres][result_position]= name of the dummy variable at the result_position in the nres resultline */
 double Tqresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX]; /* Tqresult[nres][result_position]= value of the variable at the result_position in the nres resultline */
 double Tqinvresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX]; /* For quantitative variable , value (output) */
 int Tvqresult[MAXRESULTLINESPONE][NCOVMAX]; /* Tvqresult[nres][result_position]= id of the variable at the result_position in the nres resultline */
@@ -4956,7 +4977,7 @@ Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age
   j1=0;
   
   /* j=ncoveff;  /\* Only fixed dummy covariates *\/ */
-  j=cptcoveff;  /* Only dummy covariates of the model */
+  j=cptcoveff;  /* Only dummy covariates used in the model */
   /* j=cptcovn;  /\* Only dummy covariates of the model *\/ */
   if (cptcovn<1) {j=1;ncodemax[1]=1;}
   
@@ -5071,7 +5092,12 @@ Title=%s <br>Datafile=%s Firstpass=%d Lastpass=%d Stepm=%d Weight=%d Model=1+age
                                                                                      constant and age model which counts them. */
                      bool=0; /* not selected */
                  }else if( Fixed[Tmodelind[z1]]== 0) { /* fixed */
-                   if (covar[Tvaraff[z1]][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvaraff[z1]])]) {
+                   /* i1=Tvaraff[z1]; */
+                   /* i2=TnsdVar[i1]; */
+                   /* i3=nbcode[i1][i2]; */
+                   /* i4=covar[i1][iind]; */
+                   /* if(i4 != i3){ */
+                   if (covar[Tvaraff[z1]][iind]!= nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvaraff[z1]])]) { /* Bug valgrind */
                      bool=0;
                    }
                  }
@@ -5999,7 +6025,7 @@ void  concatwav(int wav[], int **dh, int **bh,  int **mw, int **s, double *agedc
         break;
        } /* end switch */
      } /* end dummy test */
-     if(Dummy[k]==1 && Typevar[k] !=1){ /* Dummy covariate and not age product */ 
+     if(Dummy[k]==1 && Typevar[k] !=1){ /* Quantitative covariate and not age product */ 
        for (i=1; i<=imx; i++) { /* Loop on individuals: reads the data file to get the maximum value of the  modality of this covariate Vj*/
         if(isnan(covar[Tvar[k]][i])){
           printf("ERROR, IMaCh doesn't treat fixed quantitative covariate with missing values V%d=., individual %d will be skipped.\n",Tvar[k],i);
@@ -6445,11 +6471,11 @@ void  concatwav(int wav[], int **dh, int **bh,  int **mw, int **s, double *agedc
    pstamp(ficresprobmorprev);
    fprintf(ficresprobmorprev,"# probabilities of dying before estepm=%d months for people of exact age and weighted probabilities w1*p1j+w2*p2j+... stand dev in()\n",estepm);
    fprintf(ficresprobmorprev,"# Selected quantitative variables and dummies");
-   for (j=1; j<= nsq; j++){ /* For each selected (single) quantitative value */
+   for (j=1; j<= nsq; j++){ /* For each selected (single) quantitative value */ /* To be done*/
      fprintf(ficresprobmorprev," V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]);
    }
    for(j=1;j<=cptcoveff;j++) 
-     fprintf(ficresprobmorprev,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(ij,TnsdVar[Tvaraff[j]])]);
+     fprintf(ficresprobmorprev," V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(ij,TnsdVar[Tvaraff[j]])]);
    fprintf(ficresprobmorprev,"\n");
 
    fprintf(ficresprobmorprev,"# Age cov=%-d",ij);
@@ -7080,7 +7106,7 @@ To be simple, these graphs help to understand the significativity of each parame
 
    for(nres=1;nres <=nresult; nres++){ /* For each resultline */
    for(j1=1; j1<=tj;j1++){ /* For any combination of dummy covariates, fixed and varying */
-     printf("Varprob  TKresult[nres]=%d j1=%d, nres=%d, cptcovn=%d, cptcoveff=%d tj=%d \n",  TKresult[nres], j1, nres, cptcovn, cptcoveff, tj);
+     printf("Varprob  TKresult[nres]=%d j1=%d, nres=%d, cptcovn=%d, cptcoveff=%d tj=%d cptcovs=%d\n",  TKresult[nres], j1, nres, cptcovn, cptcoveff, tj, cptcovs);
      if(tj != 1 && TKresult[nres]!= j1)
        continue;
 
@@ -7088,25 +7114,63 @@ To be simple, these graphs help to understand the significativity of each parame
      /* for(nres=1;nres <=1; nres++){ /\* For each resultline *\/ */
      /* /\* for(nres=1;nres <=nresult; nres++){ /\\* For each resultline *\\/ *\/ */
      if  (cptcovn>0) {
-       fprintf(ficresprob, "\n#********** Variable "); 
-       for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprob, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvaraff[z1]])]);
-       fprintf(ficresprob, "**********\n#\n");
+       fprintf(ficresprob, "\n#********** Variable ");
        fprintf(ficresprobcov, "\n#********** Variable "); 
-       for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcov, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvaraff[z1]])]);
+       fprintf(ficgp, "\n#********** Variable ");
+       fprintf(fichtmcov, "\n<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">********** Variable "); 
+       fprintf(ficresprobcor, "\n#********** Variable ");    
+
+       /* Including quantitative variables of the resultline to be done */
+       for (z1=1; z1<=cptcovs; z1++){ /* Loop on each variable of this resultline  */
+        printf("Varprob modelresult[%d][%d]=%d model=%s \n",nres, z1, modelresult[nres][z1], model);
+        fprintf(ficlog,"Varprob modelresult[%d][%d]=%d model=%s \n",nres, z1, modelresult[nres][z1], model);
+        /* fprintf(ficlog,"Varprob modelresult[%d][%d]=%d model=%s resultline[%d]=%s \n",nres, z1, modelresult[nres][z1], model, nres, resultline[nres]); */
+        if(Dummy[modelresult[nres][z1]]==0){/* Dummy variable of the variable in position modelresult in the model corresponding to z1 in resultline  */
+          if(Fixed[modelresult[nres][z1]]==0){ /* Fixed referenced to model equation */
+            fprintf(ficresprob,"V%d=%d ",Tvresult[nres][z1],Tresult[nres][z1]); /* Output of each value for the combination TKresult[nres], ordere by the covariate values in the resultline  */
+            fprintf(ficresprobcov,"V%d=%d ",Tvresult[nres][z1],Tresult[nres][z1]); /* Output of each value for the combination TKresult[nres], ordere by the covariate values in the resultline  */
+            fprintf(ficgp,"V%d=%d ",Tvresult[nres][z1],Tresult[nres][z1]); /* Output of each value for the combination TKresult[nres], ordere by the covariate values in the resultline  */
+            fprintf(fichtmcov,"V%d=%d ",Tvresult[nres][z1],Tresult[nres][z1]); /* Output of each value for the combination TKresult[nres], ordere by the covariate values in the resultline  */
+            fprintf(ficresprobcor,"V%d=%d ",Tvresult[nres][z1],Tresult[nres][z1]); /* Output of each value for the combination TKresult[nres], ordere by the covariate values in the resultline  */
+            fprintf(ficresprob,"fixed ");
+            fprintf(ficresprobcov,"fixed ");
+            fprintf(ficgp,"fixed ");
+            fprintf(fichtmcov,"fixed ");
+            fprintf(ficresprobcor,"fixed ");
+          }else{
+            fprintf(ficresprob,"varyi ");
+            fprintf(ficresprobcov,"varyi ");
+            fprintf(ficgp,"varyi ");
+            fprintf(fichtmcov,"varyi ");
+            fprintf(ficresprobcor,"varyi ");
+          }
+        }else if(Dummy[modelresult[nres][z1]]==1){ /* Quanti variable */
+          /* For each selected (single) quantitative value */
+          fprintf(ficresprob," V%d=%f ",Tvqresult[nres][z1],Tqresult[nres][z1]);
+          if(Fixed[modelresult[nres][z1]]==0){ /* Fixed */
+            fprintf(ficresprob,"fixed ");
+            fprintf(ficresprobcov,"fixed ");
+            fprintf(ficgp,"fixed ");
+            fprintf(fichtmcov,"fixed ");
+            fprintf(ficresprobcor,"fixed ");
+          }else{
+            fprintf(ficresprob,"varyi ");
+            fprintf(ficresprobcov,"varyi ");
+            fprintf(ficgp,"varyi ");
+            fprintf(fichtmcov,"varyi ");
+            fprintf(ficresprobcor,"varyi ");
+          }
+        }else{
+          printf("Error in varprob() Dummy[modelresult[%d][%d]]=%d, modelresult[%d][%d]=V%d cptcovs=%d, cptcoveff=%d \n", nres, z1, Dummy[modelresult[nres][z1]],nres,z1,modelresult[nres][z1],cptcovs, cptcoveff);  /* end if dummy  or quanti */
+          fprintf(ficlog,"Error in varprob() Dummy[modelresult[%d][%d]]=%d, modelresult[%d][%d]=V%d cptcovs=%d, cptcoveff=%d \n", nres, z1, Dummy[modelresult[nres][z1]],nres,z1,modelresult[nres][z1],cptcovs, cptcoveff);  /* end if dummy  or quanti */
+          exit(1);
+        }
+       } /* End loop on variable of this resultline */
+       /* for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprob, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvaraff[z1]])]); */
+       fprintf(ficresprob, "**********\n#\n");
        fprintf(ficresprobcov, "**********\n#\n");
-                       
-       fprintf(ficgp, "\n#********** Variable "); 
-       for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficgp, " V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvaraff[z1]])]);
        fprintf(ficgp, "**********\n#\n");
-                       
-                       
-       fprintf(fichtmcov, "\n<hr  size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">********** Variable "); 
-       /* for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(fichtm, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,z1)]); */
-       for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(fichtmcov, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvaraff[z1]])]);
        fprintf(fichtmcov, "**********\n<hr size=\"2\" color=\"#EC5E5E\">");
-                       
-       fprintf(ficresprobcor, "\n#********** Variable ");    
-       for (z1=1; z1<=cptcoveff; z1++) fprintf(ficresprobcor, "V%d=%d ",Tvaraff[z1],nbcode[Tvaraff[z1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvaraff[z1]])]);
        fprintf(ficresprobcor, "**********\n#");    
        if(invalidvarcomb[j1]){
         fprintf(ficgp,"\n#Combination (%d) ignored because no cases \n",j1); 
@@ -7118,57 +7182,66 @@ To be simple, these graphs help to understand the significativity of each parame
      trgradg=matrix(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath),1,npar);
      gp=vector(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));
      gm=vector(1,(nlstate)*(nlstate+ndeath));
-     for (age=bage; age<=fage; age ++){ 
+     for (age=bage; age<=fage; age ++){ /* Fo each age we feed the model equation with covariates, using precov as in hpxij() ? */
        cov[2]=age;
        if(nagesqr==1)
         cov[3]= age*age;
-       /* for (k=1; k<=cptcovn;k++) { */
-       /*       cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(j1,k)]; */
-       for (k=1; k<=nsd;k++) { /* For single dummy covariates only */
-        /* Here comes the value of the covariate 'j1' after renumbering k with single dummy covariates */
-        cov[2+nagesqr+TvarsDind[k]]=nbcode[TvarsD[k]][codtabm(j1,TnsdVar[TvarsD[k]])];
-        /*cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(j1,Tvar[k])];*//* j1 1 2 3 4
-                                                                   * 1  1 1 1 1
-                                                                   * 2  2 1 1 1
-                                                                   * 3  1 2 1 1
-                                                                   */
-        /* nbcode[1][1]=0 nbcode[1][2]=1;*/
-       }
-       /* V2+V1+V4+V3*age Tvar[4]=3 ; V1+V2*age Tvar[2]=2; V1+V1*age Tvar[2]=1, Tage[1]=2 */
-       /* ) p nbcode[Tvar[Tage[k]]][(1 & (ij-1) >> (k-1))+1] */
-       /*for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; */
-       for (k=1; k<=cptcovage;k++){  /* For product with age */
-        if(Dummy[Tage[k]]==2){ /* dummy with age */
-          cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvar[Tage[k]]])]*cov[2];
-          /* cov[++k1]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2]; */
-        } else if(Dummy[Tage[k]]==3){ /* quantitative with age */
-          printf("Internal IMaCh error, don't know which value for quantitative covariate with age, Tage[k]%d, k=%d, Tvar[Tage[k]]=V%d, age=%d\n",Tage[k],k ,Tvar[Tage[k]], (int)cov[2]);
-          /* cov[2+nagesqr+Tage[k]]=meanq[k]/idq[k]*cov[2];/\* Using the mean of quantitative variable Tvar[Tage[k]] /\* Tqresult[nres][k]; *\/ */
-          /* exit(1); */
-          /* cov[++k1]=Tqresult[nres][k];  */
-        }
-        /* cov[2+Tage[k]+nagesqr]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2]; */
-       }
-       for (k=1; k<=cptcovprod;k++){/* For product without age */
-        if(Dummy[Tvard[k][1]]==0){
-          if(Dummy[Tvard[k][2]]==0){
-            cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvard[k][1]])] * nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvard[k][2]])];
-            /* cov[++k1]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)] * nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)]; */
-          }else{ /* Should we use the mean of the quantitative variables? */
-            cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvard[k][1]])] * Tqresult[nres][resultmodel[nres][k]];
-            /* cov[++k1]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)] * Tqresult[nres][k]; */
-          }
+       /* New code end of combination but for each resultline */
+       for(k1=1;k1<=cptcovt;k1++){ /* loop on model equation (including products) */ 
+        if(Typevar[k1]==1){ /* A product with age */
+          cov[2+nagesqr+k1]=precov[nres][k1]*cov[2];
         }else{
-          if(Dummy[Tvard[k][2]]==0){
-            cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvard[k][2]])] * Tqinvresult[nres][TnsdVar[Tvard[k][1]]];
-            /* cov[++k1]=nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)] * Tqinvresult[nres][Tvard[k][1]]; */
-          }else{
-            cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=Tqinvresult[nres][TnsdVar[Tvard[k][1]]]*  Tqinvresult[nres][TnsdVar[Tvard[k][2]]];
-            /* cov[++k1]=Tqinvresult[nres][Tvard[k][1]]*  Tqinvresult[nres][Tvard[k][2]]; */
-          }
+          cov[2+nagesqr+k1]=precov[nres][k1];
         }
-        /* cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)]; */
-       }                       
+       }/* End of loop on model equation */
+/* Old code */
+       /* /\* for (k=1; k<=cptcovn;k++) { *\/ */
+       /* /\*   cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(j1,k)]; *\/ */
+       /* for (k=1; k<=nsd;k++) { /\* For single dummy covariates only *\/ */
+       /*       /\* Here comes the value of the covariate 'j1' after renumbering k with single dummy covariates *\/ */
+       /*       cov[2+nagesqr+TvarsDind[k]]=nbcode[TvarsD[k]][codtabm(j1,TnsdVar[TvarsD[k]])]; */
+       /*       /\*cov[2+nagesqr+k]=nbcode[Tvar[k]][codtabm(j1,Tvar[k])];*\//\* j1 1 2 3 4 */
+       /*                                                                  * 1  1 1 1 1 */
+       /*                                                                  * 2  2 1 1 1 */
+       /*                                                                  * 3  1 2 1 1 */
+       /*                                                                  *\/ */
+       /*       /\* nbcode[1][1]=0 nbcode[1][2]=1;*\/ */
+       /* } */
+       /* /\* V2+V1+V4+V3*age Tvar[4]=3 ; V1+V2*age Tvar[2]=2; V1+V1*age Tvar[2]=1, Tage[1]=2 *\/ */
+       /* /\* ) p nbcode[Tvar[Tage[k]]][(1 & (ij-1) >> (k-1))+1] *\/ */
+       /* /\*for (k=1; k<=cptcovage;k++) cov[2+Tage[k]]=cov[2+Tage[k]]*cov[2]; *\/ */
+       /* for (k=1; k<=cptcovage;k++){  /\* For product with age *\/ */
+       /*       if(Dummy[Tage[k]]==2){ /\* dummy with age *\/ */
+       /*         cov[2+nagesqr+Tage[k]]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvar[Tage[k]]])]*cov[2]; */
+       /*         /\* cov[++k1]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2]; *\/ */
+       /*       } else if(Dummy[Tage[k]]==3){ /\* quantitative with age *\/ */
+       /*         printf("Internal IMaCh error, don't know which value for quantitative covariate with age, Tage[k]%d, k=%d, Tvar[Tage[k]]=V%d, age=%d\n",Tage[k],k ,Tvar[Tage[k]], (int)cov[2]); */
+       /*         /\* cov[2+nagesqr+Tage[k]]=meanq[k]/idq[k]*cov[2];/\\* Using the mean of quantitative variable Tvar[Tage[k]] /\\* Tqresult[nres][k]; *\\/ *\/ */
+       /*         /\* exit(1); *\/ */
+       /*         /\* cov[++k1]=Tqresult[nres][k];  *\/ */
+       /*       } */
+       /*       /\* cov[2+Tage[k]+nagesqr]=nbcode[Tvar[Tage[k]]][codtabm(ij,k)]*cov[2]; *\/ */
+       /* } */
+       /* for (k=1; k<=cptcovprod;k++){/\* For product without age *\/ */
+       /*       if(Dummy[Tvard[k][1]]==0){ */
+       /*         if(Dummy[Tvard[k][2]]==0){ */
+       /*           cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvard[k][1]])] * nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvard[k][2]])]; */
+       /*           /\* cov[++k1]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)] * nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)]; *\/ */
+       /*         }else{ /\* Should we use the mean of the quantitative variables? *\/ */
+       /*           cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvard[k][1]])] * Tqresult[nres][resultmodel[nres][k]]; */
+       /*           /\* cov[++k1]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)] * Tqresult[nres][k]; *\/ */
+       /*         } */
+       /*       }else{ */
+       /*         if(Dummy[Tvard[k][2]]==0){ */
+       /*           cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(j1,TnsdVar[Tvard[k][2]])] * Tqinvresult[nres][TnsdVar[Tvard[k][1]]]; */
+       /*           /\* cov[++k1]=nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)] * Tqinvresult[nres][Tvard[k][1]]; *\/ */
+       /*         }else{ */
+       /*           cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=Tqinvresult[nres][TnsdVar[Tvard[k][1]]]*  Tqinvresult[nres][TnsdVar[Tvard[k][2]]]; */
+       /*           /\* cov[++k1]=Tqinvresult[nres][Tvard[k][1]]*  Tqinvresult[nres][Tvard[k][2]]; *\/ */
+       /*         } */
+       /*       } */
+       /*       /\* cov[2+nagesqr+Tprod[k]]=nbcode[Tvard[k][1]][codtabm(ij,k)]*nbcode[Tvard[k][2]][codtabm(ij,k)]; *\/ */
+       /* } */                 
 /* For each age and combination of dummy covariates we slightly move the parameters of delti in order to get the gradient*/                    
        for(theta=1; theta <=npar; theta++){
         for(i=1; i<=npar; i++)
@@ -10246,7 +10319,7 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
   int j=0, k=0, k1=0, k2=0, k3=0, k4=0, match=0, k2q=0, k3q=0, k4q=0;
   char resultsav[MAXLINE];
   /* int resultmodel[MAXLINE]; */
-  int modelresult[MAXLINE];
+  /* int modelresult[MAXLINE]; */
   char stra[80], strb[80], strc[80], strd[80],stre[80];
 
   removefirstspace(&resultline);
@@ -10255,18 +10328,18 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
   strcpy(resultsav,resultline);
   printf("Decoderesult resultsav=\"%s\" resultline=\"%s\"\n", resultsav, resultline);
   if (strlen(resultsav) >1){
-    j=nbocc(resultsav,'='); /**< j=Number of covariate values'=' */
+    j=nbocc(resultsav,'='); /**< j=Number of covariate values'=' in this resultline */
   }
   if(j == 0){ /* Resultline but no = */
     TKresult[nres]=0; /* Combination for the nresult and the model */
     return (0);
   }
   if( j != cptcovs ){ /* Be careful if a variable is in a product but not single */
-    printf("ERROR: the number of variables in the resultline which is %d, differs from the number %d of variables used in the model line, %s.\n",j, cptcovs, model);
-    fprintf(ficlog,"ERROR: the number of variables in the resultline which is %d, differs from the number %d of variables used in the model line, %s.\n",j, cptcovs, model);
+    printf("ERROR: the number of variables in the resultline which is %d, differs from the number %d of single variables used in the model line, %s.\n",j, cptcovs, model);
+    fprintf(ficlog,"ERROR: the number of variables in the resultline which is %d, differs from the number %d of single variables used in the model line, %s.\n",j, cptcovs, model);
     /* return 1;*/
   }
-  for(k=1; k<=j;k++){ /* Loop on any covariate of the result line */
+  for(k=1; k<=j;k++){ /* Loop on any covariate of the RESULT LINE */
     if(nbocc(resultsav,'=') >1){
       cutl(stra,strb,resultsav,' '); /* keeps in strb after the first ' ' (stra is the rest of the resultline to be analyzed in the next loop *//*     resultsav= "V4=1 V5=25.1 V3=0" stra= "V5=25.1 V3=0" strb= "V4=1" */
       /* If resultsav= "V4= 1 V5=25.1 V3=0" with a blank then strb="V4=" and stra="1 V5=25.1 V3=0" */
@@ -10290,13 +10363,13 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
   }
   /* Checking for missing or useless values in comparison of current model needs */
   /* Feeds resultmodel[nres][k1]=k2 for k1th product covariate with age in the model equation fed by the index k2 of the resutline*/
-  for(k1=1; k1<= cptcovt ;k1++){ /* Loop on model. model line V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
+  for(k1=1; k1<= cptcovt ;k1++){ /* Loop on MODEL LINE V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
     if(Typevar[k1]==0){ /* Single covariate in model */
       /* 0 for simple covariate (dummy, quantitative, fixed or varying), 1 for age product, 2 for  product */
       match=0;
       for(k2=1; k2 <=j;k2++){/* Loop on resultline. In result line V4=1 V5=24.1 V3=1  V2=8 V1=0 */
        if(Tvar[k1]==Tvarsel[k2]) {/* Tvar is coming from the model, Tvarsel from the result. Tvar[1]=5 == Tvarsel[2]=5   */
-         modelresult[k2]=k1;/* modelresult[2]=1 modelresult[1]=2  modelresult[3]=3  modelresult[6]=4 modelresult[9]=5 */
+         modelresult[nres][k2]=k1;/* modelresult[2]=1 modelresult[1]=2  modelresult[3]=3  modelresult[6]=4 modelresult[9]=5 */
          match=1; /* modelresult of k2 variable of resultline is identical to k1 variable of the model good */
          break;
        }
@@ -10311,7 +10384,7 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
       match=0;
       for(k2=1; k2 <=j;k2++){/* Loop on resultline.  jth occurence of = signs in the result line. In result line V4=1 V5=24.1 V3=1  V2=8 V1=0 */
        if(Tvar[k1]==Tvarsel[k2]) {/* Tvar is coming from the model, Tvarsel from the result. Tvar[1]=5 == Tvarsel[2]=5   */
-         modelresult[k2]=k1;/* we found a Vn=1 corrresponding to Vn*age in the model modelresult[2]=1 modelresult[1]=2  modelresult[3]=3  modelresult[6]=4 modelresult[9]=5 */
+         modelresult[nres][k2]=k1;/* we found a Vn=1 corrresponding to Vn*age in the model modelresult[2]=1 modelresult[1]=2  modelresult[3]=3  modelresult[6]=4 modelresult[9]=5 */
          resultmodel[nres][k1]=k2; /* Added here */
          printf("Decoderesult first modelresult[k2=%d]=%d (k1) V%d*AGE\n",k2,k1,Tvar[k1]);
          match=1; /* modelresult of k2 variable of resultline is identical to k1 variable of the model good */
@@ -10357,12 +10430,14 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
   }/* End loop cptcovt */
   /* Checking for missing or useless values in comparison of current model needs */
   /* Feeds resultmodel[nres][k1]=k2 for single covariate (k1) in the model equation */
-  for(k2=1; k2 <=j;k2++){ /* Loop on resultline variables: result line V4=1 V5=24.1 V3=1  V2=8 V1=0 */
+  for(k2=1; k2 <=j;k2++){ /* j or cptcovs is the number of single covariates used either in the model line as well as in the result line (dummy or quantitative)
+                          * Loop on resultline variables: result line V4=1 V5=24.1 V3=1  V2=8 V1=0 */
     match=0;
     for(k1=1; k1<= cptcovt ;k1++){ /* loop on model: model line V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
       if(Typevar[k1]==0){ /* Single only */
        if(Tvar[k1]==Tvarsel[k2]) { /* Tvar[2]=4 == Tvarsel[1]=4   */
          resultmodel[nres][k1]=k2;  /* k1th position in the model equation corresponds to k2th position in the result line. resultmodel[2]=1 resultmodel[1]=2  resultmodel[3]=3  resultmodel[6]=4 resultmodel[9]=5 */
+         modelresult[nres][k2]=k1; /* k1th position in the model equation corresponds to k2th position in the result line. modelresult[1]=2 modelresult[2]=1  modelresult[3]=3  remodelresult[4]=6 modelresult[5]=9 */
          ++match;
        }
       }
@@ -10377,7 +10452,7 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
       return 1;
     }
   }
-      
+  /* cptcovres=j /\* Number of variables in the resultline is equal to cptcovs and thus useless *\/     */
   /* We need to deduce which combination number is chosen and save quantitative values */
   /* model line V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */
   /* nres=1st result line: V4=1 V5=25.1 V3=0  V2=8 V1=1 */
@@ -10396,12 +10471,13 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
   /* V(Tvqresult)=Tqresult V5=25.1 V2=8 Tqresult[nres=1][1]=25.1 */
   /* V5*age V5 known which value for nres?  */
   /* Tqinvresult[2]=8 Tqinvresult[1]=25.1  */
-  for(k1=1, k=0, k4=0, k4q=0; k1 <=cptcovt;k1++){ /* loop k1 on position in the model line (excluding product) */
+  for(k1=1, k=0, k4=0, k4q=0; k1 <=cptcovt;k1++){ /* cptcovt number of covariates (excluding 1 and age or age*age) in the MODEL equation.
+                                                  * loop on position k1 in the MODEL LINE */
     /* k counting number of combination of single dummies in the equation model */
     /* k4 counting single dummies in the equation model */
     /* k4q counting single quantitatives in the equation model */
-    if( Dummy[k1]==0 && Typevar[k1]==0 ){ /* Dummy and Single */
-       /* k4+1= position in the resultline V(Tvarsel)=Tvalsel=Tresult[nres][pos](value); V(Tvresult[nres][pos] (variable): V(variable)=value) */
+    if( Dummy[k1]==0 && Typevar[k1]==0 ){ /* Dummy and Single, k1 is sorting according to MODEL, but k3 to resultline */
+       /* k4+1= (not always if quant in model) position in the resultline V(Tvarsel)=Tvalsel=Tresult[nres][pos](value); V(Tvresult[nres][pos] (variable): V(variable)=value) */
       /* modelresult[k3]=k1: k3th position in the result line corresponds to the k1 position in the model line (doesn't work with products)*/
       /* Value in the (current nres) resultline of the variable at the k1th position in the model equation resultmodel[nres][k1]= k3 */
       /* resultmodel[nres][k1]=k3: k1th position in the model correspond to the k3 position in the resultline                        */
@@ -10409,19 +10485,21 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
       /* Tvarsel[k3]: Name of the variable at the k3th position in the result line.                                                  */
       /* Tvalsel[k3]: Value of the variable at the k3th position in the result line.                                                 */
       /* Tresult[nres][result_position]= value of the dummy variable at the result_position in the nres resultline                   */
-      /* Tvresult[nres][result_position]= id of the dummy variable at the result_position in the nres resultline                     */
+      /* Tvresult[nres][result_position]= name of the dummy variable at the result_position in the nres resultline                     */
       /* Tinvresult[nres][Name of a dummy variable]= value of the variable in the result line                                        */
       /* TinvDoQresult[nres][Name of a Dummy or Q variable]= value of the variable in the result line                                                      */
       k3= resultmodel[nres][k1]; /* From position k1 in model get position k3 in result line */
       /* nres=1 k1=2 resultmodel[2(V4)] = 1=k3 ; k1=3 resultmodel[3(V3)] = 2=k3*/
       k2=(int)Tvarsel[k3]; /* from position k3 in resultline get name k2: nres=1 k1=2=>k3=1 Tvarsel[resultmodel[2]]= Tvarsel[1] = 4=k2 (V4); k1=3=>k3=2 Tvarsel[2]=3 (V3)*/
       k+=Tvalsel[k3]*pow(2,k4);  /* nres=1 k1=2 Tvalsel[1]=1 (V4=1); k1=3 k3=2 Tvalsel[2]=0 (V3=0) */
-      TinvDoQresult[nres][(int)Tvarsel[k3]]=Tvalsel[k3]; /* Stores the value into the name of the variable. */
+      TinvDoQresult[nres][(int)Tvarsel[k3]]=Tvalsel[k3]; /* TinvDoQresult[nres][Name]=Value; stores the value into the name of the variable. */
       /* Tinvresult[nres][4]=1 */
-      Tresult[nres][k4+1]=Tvalsel[k3];/* Tresult[nres=2][1]=1(V4=1)  Tresult[nres=2][2]=0(V3=0) */
-      Tvresult[nres][k4+1]=(int)Tvarsel[k3];/* Tvresult[nres][1]=4 Tvresult[nres][3]=1 */
+      /* Tresult[nres][k4+1]=Tvalsel[k3];/\* Tresult[nres=2][1]=1(V4=1)  Tresult[nres=2][2]=0(V3=0) *\/ */
+      Tresult[nres][k3]=Tvalsel[k3];/* Tresult[nres=2][1]=1(V4=1)  Tresult[nres=2][2]=0(V3=0) */
+      /* Tvresult[nres][k4+1]=(int)Tvarsel[k3];/\* Tvresult[nres][1]=4 Tvresult[nres][3]=1 *\/ */
+      Tvresult[nres][k3]=(int)Tvarsel[k3];/* Tvresult[nres][1]=4 Tvresult[nres][3]=1 */
       Tinvresult[nres][(int)Tvarsel[k3]]=Tvalsel[k3]; /* Tinvresult[nres][4]=1 */
-      precov[nres][k1]=Tvalsel[k3];
+      precov[nres][k1]=Tvalsel[k3]; /* Value from resultline of the variable at the k1 position in the model */
       printf("Decoderesult Dummy k=%d, k1=%d precov[nres=%d][k1=%d]=%.f V(k2=V%d)= Tvalsel[%d]=%d, 2**(%d)\n",k, k1, nres, k1,precov[nres][k1], k2, k3, (int)Tvalsel[k3], k4);
       k4++;;
     }else if( Dummy[k1]==1 && Typevar[k1]==0 ){ /* Quantitative and single */
@@ -10431,8 +10509,12 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
       k3q= resultmodel[nres][k1]; /* resultmodel[1(V5)] = 5 =k3q */
       k2q=(int)Tvarsel[k3q]; /*  Name of variable at k3q th position in the resultline */
       /* Tvarsel[resultmodel[1]]= Tvarsel[1] = 4=k2 */
-      Tqresult[nres][k4q+1]=Tvalsel[k3q]; /* Tqresult[nres][1]=25.1 */
-      Tvqresult[nres][k4q+1]=(int)Tvarsel[k3q]; /* Tvqresult[nres][1]=5 */
+      /* Tqresult[nres][k4q+1]=Tvalsel[k3q]; /\* Tqresult[nres][1]=25.1 *\/ */
+      /* Tvresult[nres][k4q+1]=(int)Tvarsel[k3q];/\* Tvresult[nres][1]=4 Tvresult[nres][3]=1 *\/ */
+      /* Tvqresult[nres][k4q+1]=(int)Tvarsel[k3q]; /\* Tvqresult[nres][1]=5 *\/ */
+      Tqresult[nres][k3q]=Tvalsel[k3q]; /* Tqresult[nres][1]=25.1 */
+      Tvresult[nres][k3q]=(int)Tvarsel[k3q];/* Tvresult[nres][1]=4 Tvresult[nres][3]=1 */
+      Tvqresult[nres][k3q]=(int)Tvarsel[k3q]; /* Tvqresult[nres][1]=5 */
       Tqinvresult[nres][(int)Tvarsel[k3q]]=Tvalsel[k3q]; /* Tqinvresult[nres][5]=25.1 */
       TinvDoQresult[nres][(int)Tvarsel[k3q]]=Tvalsel[k3q]; /* Tqinvresult[nres][5]=25.1 */
       precov[nres][k1]=Tvalsel[k3q];
@@ -10444,15 +10526,15 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
       
       k3= resultmodel[nres][k1]; /* nres=1 k1=2 resultmodel[2(V4)] = 1=k3 ; k1=3 resultmodel[3(V3)] = 2=k3*/
       k2=(int)Tvarsel[k3]; /* nres=1 k1=2=>k3=1 Tvarsel[resultmodel[2]]= Tvarsel[1] = 4=k2 (V4); k1=3=>k3=2 Tvarsel[2]=3 (V3)*/
-      TinvDoQresult[nres][(int)Tvarsel[k3]]=Tvalsel[k3]; /* Tinvresult[nres][4]=1 */
+      TinvDoQresult[nres][(int)Tvarsel[k3]]=Tvalsel[k3]; /* TinvDoQresult[nres][4]=1 */
       precov[nres][k1]=Tvalsel[k3];
       printf("Decoderesult Dummy with age k=%d, k1=%d precov[nres=%d][k1=%d]=%.f Tvar[%d]=V%d k2=Tvarsel[%d]=%d Tvalsel[%d]=%d\n",k, k1, nres, k1,precov[nres][k1], k1, Tvar[k1], k3,(int)Tvarsel[k3], k3, (int)Tvalsel[k3]);
     }else if( Dummy[k1]==3 ){ /* For quant with age product */
       k3q= resultmodel[nres][k1]; /* resultmodel[1(V5)] = 25.1=k3q */
       k2q=(int)Tvarsel[k3q]; /*  Tvarsel[resultmodel[1]]= Tvarsel[1] = 4=k2 */
-      TinvDoQresult[nres][(int)Tvarsel[k3q]]=Tvalsel[k3q]; /* Tqinvresult[nres][5]=25.1 */
+      TinvDoQresult[nres][(int)Tvarsel[k3q]]=Tvalsel[k3q]; /* TinvDoQresult[nres][5]=25.1 */
       precov[nres][k1]=Tvalsel[k3q];
-      printf("Decoderesult Quantitative with age nres=%d, k1=%d, precov[nres=%d][k1=%d]=%.f Tvar[%d]=V%d V(k2q=%d)= Tvarsel[%d]=%d, Tvalsel[%d]=%f\n",nres, k1, nres, k1,precov[nres][k1], k1,  Tvar[k1], k2q, k3q, Tvarsel[k3q], k3q, Tvalsel[k3q]);
+      printf("Decoderesult Quantitative with age nres=%d, k1=%d, precov[nres=%d][k1=%d]=%f Tvar[%d]=V%d V(k2q=%d)= Tvarsel[%d]=%d, Tvalsel[%d]=%f\n",nres, k1, nres, k1,precov[nres][k1], k1,  Tvar[k1], k2q, k3q, Tvarsel[k3q], k3q, Tvalsel[k3q]);
     }else if(Typevar[k1]==2 ){ /* For product quant or dummy (not with age) */
       precov[nres][k1]=TinvDoQresult[nres][Tvardk[k1][1]] * TinvDoQresult[nres][Tvardk[k1][2]];      
       printf("Decoderesult Quantitative or Dummy (not with age) nres=%d k1=%d precov[nres=%d][k1=%d]=%.f V%d(=%.f) * V%d(=%.f) \n",nres, k1, nres, k1,precov[nres][k1], Tvardk[k1][1], TinvDoQresult[nres][Tvardk[k1][1]], Tvardk[k1][2], TinvDoQresult[nres][Tvardk[k1][2]]);
@@ -10462,7 +10544,7 @@ int decoderesult( char resultline[], int nres)
     }
   }
   
-  TKresult[nres]=++k; /* Combination for the nresult and the model */
+  TKresult[nres]=++k; /* Number of combinations of dummies for the nresult and the model =Tvalsel[k3]*pow(2,k4) + 1*/
   return (0);
 }
 
@@ -10727,8 +10809,8 @@ Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy
       modell[k].maintype= FTYPE;
       modell[k].subtype= FQ;
       nsq++;
-      TvarsQ[nsq]=Tvar[k];
-      TvarsQind[nsq]=k;
+      TvarsQ[nsq]=Tvar[k]; /* Gives the variable name (extended to products) of first nsq simple quantitative covariates (fixed or time vary see below */
+      TvarsQind[nsq]=k;    /* Gives the position in the model equation of the first nsq simple quantitative covariates (fixed or time vary) */
       ncovf++;
       TvarF[ncovf]=Tvar[k];
       TvarFind[ncovf]=k;
@@ -10759,8 +10841,8 @@ Dummy[k] 0=dummy (0 1), 1 quantitative (single or product without age), 2 dummy
       modell[k].subtype= VQ;
       ncovv++; /* Only simple time varying variables */
       nsq++;
-      TvarsQ[nsq]=Tvar[k]; /* k=1 Tvar=5 nsq=1 TvarsQ[1]=5 */
-      TvarsQind[nsq]=k; /* For single quantitative covariate gives the model position of each single quantitative covariate */
+      TvarsQ[nsq]=Tvar[k]; /* k=1 Tvar=5 nsq=1 TvarsQ[1]=5 */ /* Gives the variable name (extended to products) of first nsq simple quantitative covariates (fixed or time vary here) */
+      TvarsQind[nsq]=k; /* For single quantitative covariate gives the model position of each single quantitative covariate *//* Gives the position in the model equation of the first nsq simple quantitative covariates (fixed or time vary) */
       TvarV[ncovv]=Tvar[k];
       TvarVind[ncovv]=k; /* TvarVind[1]=1 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Any time varying singele */
       TvarVQ[nqtveff]=Tvar[k]; /* TvarVQ[1]=V5 in V5+V4+V3+V4*V3+V5*age+V2+V1*V2+V1*age+V1 */ /* Only simple time varying quantitative variable */
@@ -11703,7 +11785,7 @@ int main(int argc, char *argv[])
   
   char pathr[MAXLINE], pathimach[MAXLINE]; 
   char *tok, *val; /* pathtot */
-  int firstobs=1, lastobs=10; /* nobs = lastobs-firstobs declared globally ;*/
+  /* int firstobs=1, lastobs=10; /\* nobs = lastobs-firstobs declared globally ;*\/ */
   int c,  h , cpt, c2;
   int jl=0;
   int i1, j1, jk, stepsize=0;
@@ -13612,8 +13694,8 @@ Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpa
        printf("V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]);
       }
       for (j=1; j<= nsq; j++){ /* For each selected (single) quantitative value */
-       printf(" V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]);
-       fprintf(ficreseij," V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]);
+       printf(" V%d=%f ",TvarsQ[j], TinvDoQresult[nres][TvarsQ[j]]); /* TvarsQ[j] gives the name of the jth quantitative (fixed or time v) */
+       fprintf(ficreseij,"V%d=%f ",TvarsQ[j], TinvDoQresult[nres][TvarsQ[j]]);
       }
       fprintf(ficreseij,"******\n");
       printf("******\n");
@@ -13670,23 +13752,70 @@ Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpa
     i1=pow(2,cptcoveff); /* Number of combination of dummy covariates */
     if (cptcovn < 1){i1=1;}
     
-    for(nres=1; nres <= nresult; nres++) /* For each resultline */
-    for(k=1; k<=i1;k++){ /* For any combination of dummy covariates, fixed and varying */
-      if(i1 != 1 && TKresult[nres]!= k)
+    for(nres=1; nres <= nresult; nres++) /* For each resultline, find the combination and output results according to the values of dummies and then quanti.  */
+    for(k=1; k<=i1;k++){ /* For any combination of dummy covariates, fixed and varying. For each nres and each value at position k
+                         * we know Tresult[nres][result_position]= value of the dummy variable at the result_position in the nres resultline
+                         * Tvqresult[nres][result_position]= id of the variable at the result_position in the nres resultline 
+                         * and Tqresult[nres][result_position]= value of the variable at the result_position in the nres resultline */
+      /* */
+      if(i1 != 1 && TKresult[nres]!= k) /* TKresult[nres] is the combination of this nres resultline. All the i1 combinations are not output */
        continue;
       printf("\n# model %s \n#****** Result for:", model);
       fprintf(ficrest,"\n# model %s \n#****** Result for:", model);
       fprintf(ficlog,"\n# model %s \n#****** Result for:", model);
-      for(j=1;j<=cptcoveff;j++){ 
-       printf("V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]);
-       fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]);
-       fprintf(ficlog,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]);
+      /* It might not be a good idea to mix dummies and quantitative */
+      /* for(j=1;j<=cptcoveff;j++){ /\* j=resultpos. Could be a loop on cptcovs: number of single dummy covariate in the result line as well as in the model *\/ */
+      for(j=1;j<=cptcovs;j++){ /* j=resultpos. Could be a loop on cptcovs: number of single covariate (dummy or quantitative) in the result line as well as in the model */
+       /* printf("V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]); /\* Output by variables in the resultline *\/ */
+       /* Tvaraff[j] is the name of the dummy variable in position j in the equation model:
+        * Tvaraff[1]@9={4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0}, in model=V5+V4+V3+V4*V3+V5*age
+        * (V5 is quanti) V4 and V3 are dummies
+        * TnsdVar[4] is the position 1 and TnsdVar[3]=2 in codtabm(k,l)(V4  V3)=V4  V3
+        *                                                              l=1 l=2
+        *                                                           k=1  1   1   0   0
+        *                                                           k=2  2   1   1   0
+        *                                                           k=3 [1] [2]  0   1
+        *                                                           k=4  2   2   1   1
+        * If nres=1 result: V3=1 V4=0 then k=3 and outputs
+        * If nres=2 result: V4=1 V3=0 then k=2 and outputs
+        * nres=1 =>k=3 j=1 V4= nbcode[4][codtabm(3,1)=1)=0; j=2  V3= nbcode[3][codtabm(3,2)=2]=1
+        * nres=2 =>k=2 j=1 V4= nbcode[4][codtabm(2,1)=2)=1; j=2  V3= nbcode[3][codtabm(2,2)=1]=0
+        */
+       /* Tvresult[nres][j] Name of the variable at position j in this resultline */
+       /* Tresult[nres][j] Value of this variable at position j could be a float if quantitative  */
+/* We give up with the combinations!! */
+       printf("\n j=%d In computing T_ Dummy[modelresult[%d][%d]]=%d, modelresult[%d][%d]=%d cptcovs=%d, cptcoveff=%d Fixed[modelresult[nres][j]]=%d\n", j, nres, j, Dummy[modelresult[nres][j]],nres,j,modelresult[nres][j],cptcovs, cptcoveff,Fixed[modelresult[nres][j]]);  /* end if dummy  or quanti */
+
+       if(Dummy[modelresult[nres][j]]==0){/* Dummy variable of the variable in position modelresult in the model corresponding to j in resultline  */
+         printf("V%d=%d ",Tvresult[nres][j],Tresult[nres][j]); /* Output of each value for the combination TKresult[nres], ordere by the covariate values in the resultline  */
+         fprintf(ficlog,"V%d=%d ",Tvresult[nres][j],Tresult[nres][j]); /* Output of each value for the combination TKresult[nres], ordere by the covariate values in the resultline  */
+         fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvresult[nres][j],Tresult[nres][j]); /* Output of each value for the combination TKresult[nres], ordere by the covariate values in the resultline  */
+         if(Fixed[modelresult[nres][j]]==0){ /* Fixed */
+           printf("fixed ");fprintf(ficlog,"fixed ");fprintf(ficrest,"fixed ");
+         }else{
+           printf("varyi ");fprintf(ficlog,"varyi ");fprintf(ficrest,"varyi ");
+         }
+         /* fprintf(ficrest,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]); */
+         /* fprintf(ficlog,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]); */
+       }else if(Dummy[modelresult[nres][j]]==1){ /* Quanti variable */
+         /* For each selected (single) quantitative value */
+         printf(" V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][j]);
+         if(Fixed[modelresult[nres][j]]==0){ /* Fixed */
+           printf("fixed ");fprintf(ficlog,"fixed ");fprintf(ficrest,"fixed ");
+         }else{
+           printf("varyi ");fprintf(ficlog,"varyi ");fprintf(ficrest,"varyi ");
+         }
+       }else{
+         printf("Error in computing T_ Dummy[modelresult[%d][%d]]=%d, modelresult[%d][%d]=%d cptcovs=%d, cptcoveff=%d \n", nres, j, Dummy[modelresult[nres][j]],nres,j,modelresult[nres][j],cptcovs, cptcoveff);  /* end if dummy  or quanti */
+         fprintf(ficlog,"Error in computing T_ Dummy[modelresult[%d][%d]]=%d, modelresult[%d][%d]=%d cptcovs=%d, cptcoveff=%d \n", nres, j, Dummy[modelresult[nres][j]],nres,j,modelresult[nres][j],cptcovs, cptcoveff);  /* end if dummy  or quanti */
+         exit(1);
+       }
       }
-      for (j=1; j<= nsq; j++){ /* For each selected (single) quantitative value */
-       printf(" V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]);
-       fprintf(ficrest," V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]);
-       fprintf(ficlog," V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]);
-      }        
+      /* for (j=1; j<= nsq; j++){ /\* For each selected (single) quantitative value *\/ */
+      /*       printf(" V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]); /\* Wrong j is not in the equation model *\/ */
+      /*       fprintf(ficrest," V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]); */
+      /*       fprintf(ficlog," V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]); */
+      /* }      */
       fprintf(ficrest,"******\n");
       fprintf(ficlog,"******\n");
       printf("******\n");
@@ -13694,12 +13823,13 @@ Please run with mle=-1 to get a correct covariance matrix.\n",ageminpar,agemaxpa
       fprintf(ficresstdeij,"\n#****** ");
       fprintf(ficrescveij,"\n#****** ");
       for(j=1;j<=cptcoveff;j++) {
-       fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]);
-       fprintf(ficrescveij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]);
+       fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvresult[nres][j],Tresult[nres][j]);
+       /* fprintf(ficresstdeij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]); */
+       /* fprintf(ficrescveij,"V%d=%d ",Tvaraff[j],nbcode[Tvaraff[j]][codtabm(k,TnsdVar[Tvaraff[j]])]); */
       }
-      for (j=1; j<= nsq; j++){ /* For each selected (single) quantitative value */
-       fprintf(ficresstdeij," V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]);
-       fprintf(ficrescveij," V%d=%f ",Tvqresult[nres][j],Tqresult[nres][resultmodel[nres][j]]);
+      for (j=1; j<= nsq; j++){ /* For each selected (single) quantitative value, TvarsQind gives the position of a quantitative in model equation  */
+       fprintf(ficresstdeij," V%d=%f ",Tvar[TvarsQind[j]],Tqresult[nres][resultmodel[nres][TvarsQind[j]]]);
+       fprintf(ficrescveij," V%d=%f ",Tvar[TvarsQind[j]],Tqresult[nres][resultmodel[nres][TvarsQind[j]]]);
       }        
       fprintf(ficresstdeij,"******\n");
       fprintf(ficrescveij,"******\n");